Development of Imaging Mass Spectrometry Analysis of Lipids in Biological and Clinically Relevant Applications

La spectrométrie de masse mesure la masse des ions selon leur rapport masse sur charge. Cette technique est employée dans plusieurs domaines et peut analyser des mélanges complexes. L’imagerie par spectrométrie de masse (Imaging Mass Spectrometry en anglais, IMS), une branche de la spectrométrie de masse, permet l’analyse des ions sur une surface, tout en conservant l’organisation spatiale des ions détectés. Jusqu’à présent, les échantillons les plus étudiés en IMS sont des sections tissulaires végétales ou animales. Parmi les molécules couramment analysées par l’IMS, les lipides ont suscité beaucoup d'intérêt. Les lipides sont impliqués dans les maladies et le fonctionnement normal des cellules; ils forment la membrane cellulaire et ont plusieurs rôles, comme celui de réguler des événements cellulaires. Considérant l’implication des lipides dans la biologie et la capacité du MALDI IMS à les analyser, nous avons développé des stratégies analytiques pour la manipulation des échantillons et l’analyse de larges ensembles de données lipidiques. La dégradation des lipides est très importante dans l’industrie alimentaire. De la même façon, les lipides des sections tissulaires risquent de se dégrader. Leurs produits de dégradation peuvent donc introduire des artefacts dans l’analyse IMS ainsi que la perte d’espèces lipidiques pouvant nuire à la précision des mesures d’abondance. Puisque les lipides oxydés sont aussi des médiateurs importants dans le développement de plusieurs maladies, leur réelle préservation devient donc critique. Dans les études multi-institutionnelles où les échantillons sont souvent transportés d’un emplacement à l’autre, des protocoles adaptés et validés, et des mesures de dégradation sont nécessaires. Nos principaux résultats sont les suivants : un accroissement en fonction du temps des phospholipides oxydés et des lysophospholipides dans des conditions ambiantes, une diminution de la présence des lipides ayant des acides gras insaturés et un effet inhibitoire sur ses phénomènes de la conservation des sections au froid sous N2. A température et atmosphère ambiantes, les phospholipides sont oxydés sur une échelle de temps typique d’une préparation IMS normale (~30 minutes). Les phospholipides sont aussi décomposés en lysophospholipides sur une échelle de temps de plusieurs jours. La validation d’une méthode de manipulation d’échantillon est d’autant plus importante lorsqu’il s’agit d’analyser un plus grand nombre d’échantillons. L’athérosclérose est une maladie cardiovasculaire induite par l’accumulation de matériel cellulaire sur la paroi artérielle. Puisque l’athérosclérose est un phénomène en trois dimension (3D), l'IMS 3D en série devient donc utile, d'une part, car elle a la capacité à localiser les molécules sur la longueur totale d’une plaque athéromateuse et, d'autre part, car elle peut identifier des mécanismes moléculaires du développement ou de la rupture des plaques. l'IMS 3D en série fait face à certains défis spécifiques, dont beaucoup se rapportent simplement à la reconstruction en 3D et à l’interprétation de la reconstruction moléculaire en temps réel. En tenant compte de ces objectifs et en utilisant l’IMS des lipides pour l’étude des plaques d’athérosclérose d’une carotide humaine et d’un modèle murin d’athérosclérose, nous avons élaboré des méthodes «open-source» pour la reconstruction des données de l’IMS en 3D. Notre méthodologie fournit un moyen d’obtenir des visualisations de haute qualité et démontre une stratégie pour l’interprétation rapide des données de l’IMS 3D par la segmentation multivariée. L’analyse d’aortes d’un modèle murin a été le point de départ pour le développement des méthodes car ce sont des échantillons mieux contrôlés. En corrélant les données acquises en mode d’ionisation positive et négative, l’IMS en 3D a permis de démontrer une accumulation des phospholipides dans les sinus aortiques. De plus, l’IMS par AgLDI a mis en évidence une localisation différentielle des acides gras libres, du cholestérol, des esters du cholestérol et des triglycérides. La segmentation multivariée des signaux lipidiques suite à l’analyse par IMS d’une carotide humaine démontre une histologie moléculaire corrélée avec le degré de sténose de l’artère. Ces recherches aident à mieux comprendre la complexité biologique de l’athérosclérose et peuvent possiblement prédire le développement de certains cas cliniques. La métastase au foie du cancer colorectal (Colorectal cancer liver metastasis en anglais, CRCLM) est la maladie métastatique du cancer colorectal primaire, un des cancers le plus fréquent au monde. L’évaluation et le pronostic des tumeurs CRCLM sont effectués avec l’histopathologie avec une marge d’erreur. Nous avons utilisé l’IMS des lipides pour identifier les compartiments histologiques du CRCLM et extraire leurs signatures lipidiques. En exploitant ces signatures moléculaires, nous avons pu déterminer un score histopathologique quantitatif et objectif et qui corrèle avec le pronostic. De plus, par la dissection des signatures lipidiques, nous avons identifié des espèces lipidiques individuelles qui sont discriminants des différentes histologies du CRCLM et qui peuvent potentiellement être utilisées comme des biomarqueurs pour la détermination de la réponse à la thérapie. Plus spécifiquement, nous avons trouvé une série de plasmalogènes et sphingolipides qui permettent de distinguer deux différents types de nécrose (infarct-like necrosis et usual necrosis en anglais, ILN et UN, respectivement). L’ILN est associé avec la réponse aux traitements chimiothérapiques, alors que l’UN est associé au fonctionnement normal de la tumeur.

Bcl-xL (S49) and (S62) sequential phosphorylation/dephosphorylation during mitosis prevents chromosome instability and aneuploidy

Une caractéristique intéressante de la protéine Bcl-xL est la présence d'un domaine en boucle non-structurée entre les hélices α1 and α2 de la protéine. Ce domaine protéique n'est pas essentiel pour sa fonction anti-apoptotique et absent chez CED-9, la protéine orthologue chez Caenorhabditis elegans. A l'intérieur de ce domaine, Bcl-xL subit une phosphorylation et déphosphorylation dynamique sur les résidus Ser49 et Ser62 en phase G2 du cycle cellulaire et lors de la mitose. Lorsque ces résidus sont mutés et les protéines exprimées dans des cellules cancéreuses, les cellules démontrent plusieurs défauts mitotiques liés à l'instabilité chromosomique. Pour analyser les effets de Bcl-xL Ser49 et Ser62 dans les cellules normales, les présentes études ont été réalisées dans des cellules diploïdes humaines normales, et in vivo chez Caenorhabditis elegans. Dans une première étude, nous avons utilisé la lignée cellulaire de cellules fibroblastiques diploïdes humaines normales BJ, exprimant Bcl-xL (type sauvage), (S49A), (S49D), (S62A), (S62D) et les double (S49/62A) et (S49/62D) mutants. Les cellules exprimant les mutants de phosphorylation ont montré des cinétiques de doublement de la population cellulaire réduites. Ces effets sur la cinétique de doublement de la population cellulaire corrèle avec l'apparition de la sénescence cellulaire, sans impact sur les taux de mort cellulaire. Ces cellules sénescentes affichent des phénotypes typiques de sénescence associés notamment à haut niveau de l'activité β-galactosidase associée à la sénescence, la sécrétion d' interleukine-6, l'activation de p53 et de p21WAF1/ Cip1, un inhibiteur des complexes kinase cycline-dépendant, ainsi que la formation de foyers de chromatine nucléaire associés à γH2A.X. Les analyses de fluorescence par hybridation in situ et des caryotypes par coloration au Giemsa ont révélé que l'expression des mutants de phosphorylation de Bcl-xL provoquent de l'instabilité chromosomique et l'aneuploïdie. Ces résultats suggèrent que les cycles de phosphorylation et déphosphorylation dynamiques de Bcl-xL Ser49 et Ser62 sont importants dans le maintien de l'intégrité des chromosomes lors de la mitose dans les cellules normales. Dans une deuxième étude, nous avons entrepris des expériences chez Caenorhabditis elegans pour comprendre l'importance des résidus Ser49 et Ser62 de Bcl-xL in vivo. Les vers transgéniques portant les mutations de Bcl-xL (S49A, S62A, S49D, S62D et S49/62A) ont été générés et leurs effets ont été analysés sur les cellules germinales des jeunes vers adultes. Les vers portant les mutations de Bcl-xL ont montré une diminution de ponte et d'éclosion des oeufs, des variations de la longueur de leurs régions mitotiques et des zones de transition, des anomalies chromosomiques à leur stade de diplotène, et une augmentation de l'apoptose des cellules germinales. Certaines de ces souches transgéniques, en particulier les variants Ser/Ala, ont également montré des variations de durée de vie par rapport aux vers témoins. Ces observations in vivo ont confirmé l'importance de Ser49 et Ser62 à l'intérieur du domaine à boucle de Bcl-xL pour le maintien de la stabilité chromosomique. Ces études auront une incidence sur les futures stratégies visant à développer et à identifier des composés qui pourraient cibler non seulement le domaine anti-apoptotique de la protéine Bcl-xL, mais aussi son domaine mitotique pour la thérapie du cancer.

Anomalies immunitaires chez les enfants exposés au VIH mais non infectés

La thérapie antirétrovirale prévient la transmission mère-enfant du VIH dans plus de 98% des cas lorsqu’administrée pendant la grossesse, le travail et au nouveau-né. L’accessibilité à la thérapie antirétrovirale dans près de 70% des 1,5 millions cas de grossesses VIH+ dans le monde mène à la naissance de plus d’un million d’enfants exposés non infectés chaque année. Le nombre d’enfants exposés non infectés est à la hausse ainsi que les préoccupations concernant leur santé. En effet, plusieurs groupes ont signalé une augmentation de la morbidité et de la mortalité chez les enfants exposés non infectés. L’analyse des données rétrospectives de 705 enfants exposés non infectés de la cohorte mère-enfant du CMIS a révélé qu’à 2 mois d’âge, les enfants nés de mères ayant une charge virale supérieure à 1,000 copies d’ARN / ml avaient une fréquence de lymphocytes B significativement plus élevés par rapport aux enfants exposés non infectés nés de mères ayant une charge virale indétectable. L’objectif de cette étude est de caractériser ces anomalies. Les lymphocytes, provenant du sang de cordon ombilical et de sang veineux obtenu à 6 et 12 mois d’âge, ont été phénotypés par cytométrie en flux à l’aide des marqueurs CD3 / CD10 / CD14 / CD16 / CD19 / CD20 / CD21 / CD27 / IgM pour les lymphocytes B et CD4 / CD8 / CD3 / CCR7 / CD45RA pour les lymphocytes T. De plus, afin d’étudier les capacités fonctionnelles des lymphocytes B CD19+, la réponse antigène-spécifique au vaccin antitétanique a été mesurée par marquage avec des tétramères fluorescents de fragment C du toxoïde tétanique. Nos travaux ont mis en évidence des différences statistiquement significatives entre les enfants exposés non-infectés (ENI) nés de mères avec une charge virale détectable comparativement à ceux nés de mères avec une charge virale indétectable. À la naissance, les enfants ENI nés de mères avec une charge virale détectable avaient significativement moins de lymphocytes B totaux, plus de lymphocytes B mémoires classiques, activés, plasmablastes et lymphocytes T CD8+ mémoires centrales. À 6 mois, ils avaient significativement plus de lymphocytes B naïfs et significativement moins de lymphocytes T CD8+ effecteurs mémoires. À 12 mois d’âge, ils avaient significativement plus de lymphocytes B et T CD8+ totaux; significativement moins de lymphocytes T CD4+ totaux et leurs lymphocytes T affichaient un profil significativement plus activé (plus de cellules mémoires). L’analyse de la réponse antigène-spécifique a révélé une fréquence plus élevé de lymphocytes B mémoires IgM+ suggérant que les enfants nés de mères avec une virémie détectable ont plus de mal à établir une mémoire immunitaire efficace face au vaccin antitétanique. Nos données suggèrent qu’il y a exposition durant le premier trimestre de grossesse à la virémie maternelle et que cette exposition impacte le système immunitaire en développement du fœtus. Les mécanismes sous-jacents causant ces anomalies doivent encore être élucidés et l’épuisement du compartiment T à la naissance et à 6 mois reste à être investigué. Dans un pays industrialisé où l’accès aux soins est facilité, ces anomalies ont des conséquences modérées mais dans des pays à faible et moyen revenu, les conséquences peuvent être beaucoup plus tragiques voir fatales.

Dialyse à domicile : évaluation du modèle de dialyse à domicile intégrée

Les modalités de dialyse à domicile, soit la dialyse péritonéale (DP) et l’hémodialyse à domicile (HDD), offrent plusieurs avantages aux patients avec insuffisance rénale terminale (IRT), que ce soit par rapport à la qualité de vie ou à une diminution des complications liées à l’IRT. Peu de données sont toutefois disponibles quant aux répercussions cliniques de l’initiation de la thérapie de suppléance rénale via la DP ou l’HDD et de l’optimisation subséquente du traitement à domicile. Le présent mémoire visait donc à répondre aux trois questions suivantes soit (1) la comparaison entre la survie des patients débutant la thérapie de suppléance rénale par une ou l’autre des modalités à domicile, (2) l’évaluation du modèle de dialyse à domicile intégrée (c’est la dire l’initiation de la suppléance rénale en DP avec un transfert subséquent en HDD) et (3) l’évaluation des prédicteurs dudit modèle de dialyse à domicile intégrée. L’évaluation de 11 416 patients ayant débuté la suppléance rénale en Australie et Nouvelle-Zélande entre 2000 et 2012 a montré une association entre une mortalité globale inférieure chez les patients traités par HDD comparativement à ceux traités par DP (rapport des risques [hazard ratio - HR] 0.47, intervalle de confiance [IC] de 95%, 0.38-0.59). Par contre, les patients ayant débuté la suppléance rénale en DP et ayant ensuite été transférés en HDD (modèle de dialyse à domicile intégrée) avaintt une survie en dialyse à domicile similaire à ceux directement traités par l’HDD (HR 0.92, IC de 95%, 0.52-1.62). Finalement, les caractéristiques démographiques de base (jeune âge, sexe masculin, ethnie), les comorbidités, la cause de l’insuffisance rénale terminale, la durée du traitement et la raison de l’arrêt de la DP étaient des prédicteurs du modèle de dialyse à domicile intégrée.

Prévention de la maladie du greffon contre l'hôte par thérapie photodynamique

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Rôle de la topoisomérase I dans l'expression génique chez Escherichia coli

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Effet de l'antiterminaison de la transcription sur l'expression génique chez Escherichia coli en absence de topoisomérase I

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Étude de l'expression génique des molécules reliées à l'apoptose durant la maturation des cellules dendritiques : rôle pro-apoptotique de fas

Thèse numérisée par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

La machinerie transcriptionnelle basale : étude de son organisation moléculaire au promoteur génique et de ses interactions avec les régulateurs XAB1 et DDX5

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Rôle physiologique de la MAP kinase atypique ERK3 : analyse génétique et étude de l'expression génique chez la souris

Thèse numérisée par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Retombées du cirque social (Cirque du Soleil) en contexte de réadaptation sur la participation sociale de jeunes adultes avec déficiences physiques en transition vers la vie active : étude qualitative

Introduction : Les adolescents avec déficiences physiques en transition vers la vie adulte éprouvent des difficultés à établir une participation sociale optimale. Cette étude explore les retombées d'un programme de cirque social sur la participation sociale de ces jeunes selon leur point de vue et celui de leurs parents. Méthode : Étude qualitative exploratoire d’orientation phénoménologique. Neuf personnes avec déficiences physiques, âgées de 18 et 25 ans, ont participé au programme pendant neuf mois. Données recueillies : perceptions de leur qualité de participation sociale à partir d’entrevues semi-structurées en pré, mi-temps et post-intervention avec les participants et un de leurs parents. Le guide d’entrevue validé est ancré sur le Modèle du développement humain- Processus de production du handicap - 2 (HDM-PPH2). L’enregistrement audio des entretiens a été transcrit en verbatim. Le contenu a été analysé avec le logiciel Nvivo 9 à travers une grille de codage préalablement validée (co-codage, codage-inverse). Résultats : Corpus de 54 entrevues. L’âge moyen des jeunes était de 20,0 ± 1,4 années et de 51 ± 3,6 années pour les parents. Selon tous, la participation sociale des jeunes adultes a été optimisée, surtout sur le plan de la communication, des déplacements, des relations interpersonnelles, des responsabilités et de la vie communautaire. La perception de soi et les habiletés sociales, également améliorées, ont favorisé une plus grande auto-efficacité. Conclusion : Cette étude soutient donc le potentiel du cirque social comme approche novatrice et probante en réadaptation physique pour cette population, et appuie la pertinence d’autres études rigoureuses mesurant les diverses retombées possibles et identifiées.

Réadaptation et performance visuelle chez la personne hémianopsique : une étude de cas portant sur les saccades oculaires et le blindsight

But: La perte unilatérale du cortex visuel postérieur engendre une cécité corticale controlatérale à la lésion, qu’on appelle hémianopsie homonyme (HH). Celle-ci est notamment accompagnée de problèmes d’exploration visuelle dans l’hémichamp aveugle dus à des stratégies oculaires déficitaires, qui ont été la cible des thérapies de compensation. Or, cette perte de vision peut s’accompagner d’une perception visuelle inconsciente, appelée blindsight. Notre hypothèse propose que le blindsight soit médié par la voie rétino-colliculaire extrastriée, recrutant le colliculus supérieur (CS), une structure multisensorielle. Notre programme a pour objectif d’évaluer l’impact d’un entraînement multisensoriel (audiovisuel) sur la performance visuelle inconsciente des personnes hémianopsiques et les stratégies oculaires. Nous essayons, ainsi, de démontrer l’implication du CS dans le phénomène de blindsight et la pertinence de la technique de compensation multisensorielle comme thérapie de réadaptation. Méthode: Notre participante, ML, atteinte d’une HH droite a effectué un entraînement d’intégration audiovisuel pour une période de 10 jours. Nous avons évalué la performance visuelle en localisation et en détection ainsi que les stratégies oculaires selon trois comparaisons principales : (1) entre l’hémichamp normal et l’hémichamp aveugle; (2) entre la condition visuelle et les conditions audiovisuelles; (3) entre les sessions de pré-entraînement, post-entraînement et 3 mois post-entraînement. Résultats: Nous avons démontré que (1) les caractéristiques des saccades et des fixations sont déficitaires dans l’hémichamp aveugle; (2) les stratégies saccadiques diffèrent selon les excentricités et les conditions de stimulations; (3) une adaptation saccadique à long terme est possible dans l’hémichamp aveugle si l’on considère le bon cadre de référence; (4) l’amélioration des mouvements oculaires est liée au blindsight. Conclusion(s): L’entraînement multisensoriel conduit à une amélioration de la performance visuelle pour des cibles non perçues, tant en localisation qu’en détection, ce qui est possiblement induit par le développement de la performance oculomotrice.

Le rôle de la méthylation de l’ADN dans les fonctions cérébrales fronto-limbiques et la réactivité au stress quotidien

La sérotonine (5-HT) joue un rôle crucial dans l'étiologie des troubles mentaux comme la dépression majeure, les troubles de comportement et les troubles anxieux. Des études ont montré que des altérations précoces du système 5-HT peuvent potentiellement influencer le développement du cerveau et le fonctionnement du système fronto-limbique, engendrant des conséquences pour la régulation émotionnelle. Il existe aussi des évidences que le stress précoce peut affecter la méthylation de l'ADN résultant d'une altération de l'expression génique. Toutefois, le lien entre la méthylation de l'ADN et la réactivité comportementale à des facteurs de stress de la vie quotidienne est inconnu. La méthylation du gène transporteur 5-HT (SLC6A4) est d'un intérêt particulier, étant donné le rôle de SLC6A4 dans le développement du cerveau, les troubles mentaux et la régulation du stress. L'objectif de cette thèse est d'étudier l'association entre (1) les niveaux périphériques de méthylation de l'ADN dans le gène SLC6A4 et les réponses neurales aux stimuli émotionnels dans les circuits fronto-limbiques du cerveau, ainsi qu’entre (2) la méthylation périphérique de SLC6A4 et la réactivité comportementale au stress de la vie quotidienne. Nous explorons également l'association entre les réponses neuronales fronto-limbique à des stimuli émotionnels et la réactivité comportementale au stress de la vie quotidienne (3). À cette fin, vingt-deux personnes (11 femmes) d’âge moyen de 34,0 ans (SD : 1,5) avec différents niveaux de méthylation au gène SLC6A4 ont été recrutés à partir de deux études longitudinales. Les participants ont subi une analyse IRMf qui comprenait une tâche de traitement émotionnel. Un questionnaire en ligne sur la réactivité au stress quotidien de la vie a été réalisé pendant 5 jours consécutifs. Des analyses corrélationnelles et de régression ont été effectuées pour examiner les associations entre les variables primaires. Les résultats préliminaires de cette étude ont montré que la méthylation de l'ADN est associée à la désactivation significative du gyrus précentral et gyrus fusiforme respectivement face à des stimuli de peur et de tristesse. Aucune association significative n'a été observée entre les niveaux de méthylation et l'activation de l'amygdale. En outre, les scores obtenus aux variables de stress de la vie quotidienne tels que la détresse chronique ont été associées à la désactivation du précuneus et du cortex cingulaire postérieur face à la tristesse. Ces résultats suggèrent l'implication potentielle des processus épigénétiques dans l'activation cérébrale spécifique et la sensibilité au stress de la vie courante.

La psychanalyse des contes de fées : quelle histoire!

Jusqu’à son suicide dans la nuit du 12 au 13 mars 1990, à l’âge de 86 ans, Bruno Bettelheim a marqué l’histoire de la psychologie. Dix-sept ouvrages, dont quatre écrits en collaboration, constituent, pour l’essentiel, sa contribution originale au traitement de l’autisme infantile : une thérapie de milieu, entièrement fondée sur les travaux de Freud. Certains n’hésitent pas, d’ailleurs, à le considérer comme un pionnier de l’histoire de la psychanalyse. Après sa mort, cependant, les langues se délient. D’anciens pensionnaires de l’école orthogénique de Chicago racontent que Bettelheim les battait, témoignages corroborés par d’anciens membres du personnel. Des proches collaborateurs ont même affirmé que Bettelheim mentait tout le temps, mensonges qui ont contribué à créer « le mythe Bettelheim », bien décrit dans l’ouvrage de Pollak (1997/2003), Bruno Bettelheim ou la fabrication d’un mythe. L’objectif de ce texte n’est pas d’aborder l’ensemble des reproches adressés à Bettelheim et à son oeuvre, mais d’examiner les failles de son fameux ouvrage Psychanalyse des contes de fées (Bettelheim, 1976). Salué par deux prix en 1977 (National Book Critics Circle Award et National Book Award), Psychanalyse des contes de fées reste, sans conteste, le plus grand succès populaire de tous ses ouvrages, tant aux États-Unis d’Amérique que dans les pays francophones. En 1995, la New York Public Library plaçait l’ouvrage parmi les 159 « livres du siècle », en dépit des quelques critiques dévastatrices parues dès sa sortie (Arthur, 1978 ; Blos, 1978 ; Heisig, 1977 ; Lurie, 1976 ; Zipes, 1979), dont une accusation de plagiat, laquelle accusation réapparaîtra après sa mort (Dundes, 1991b ; Pollak, 1997/2003). Nous présenterons, d’abord, le point de vue de Bettelheim, quant aux bienfaits, pour les enfants, de s’entendre raconter, par un adulte, les contes de fées. Nous verrons alors, à notre grande surprise, que la valeur qu’il leur accorde, en utilisant une grille psychanalytique, est non seulement largement exagérée, mais contraire aux données empiriques et historiques. Le recours de Bettelheim à la notion du complexe d’OEdipe, largement commentée dans son ouvrage, servira d’exemple. Nous discuterons brièvement, ensuite, du silence de Bettelheim sur les auteurs qui ont écrit sur le sujet et de l’accusation de plagiat portée contre lui.

Nouvelles thérapies immunosuppressives dans la prévention et le traitement du rejet aigu d'allogreffes vascularisées chez le rat

Thèse numérisée par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.