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La investigación se realizó en el Distrito de Riego del Cantón Atiocoyo Municipio de San Pablo Tacachico, La Libertad entre los meses de julio a septiembre del año 2014. El objetivo de la investigación fue determinar el perfil parasitológico de Oreochromis niloticus y su relación con la calidad del agua en granjas acuícolas de dicho Distrito de Riego, ya que Atiocoyo representa la zona de producción acuícola más grande de El Salvador y su principal fuente de abastecimiento de agua es el Rio Sucio, el cual es uno de los ríos más contaminados del país por lo tanto utilizar sus aguas sin tratamientos de descontaminación para la producción de alimentos, representa un enorme riesgo a la salud humana. Para el estudio se muestrearon diez granjas y se analizaron un total de 90 tilapias utilizando las técnicas de Disección, Raspado de piel y Coproparasitologicas, para la detección de parásitos adultos y huevos. Se encontraron 14 géneros de parásitos de los cuales cuatro son específicos de peces y diez de otros vertebrados, los géneros Phagobranchium sp y Trichodina sp presentaron mayor prevalencia con un 24.44% y 22.22% respectivamente, siendo los de menor prevalencia Ascaris sp, Enterobious sp, Heterakis sp y Paragonimus sp con 1.11% cada género. Se determinó que los parámetros indicadores de calidad de agua en los cultivos de tilapia en Atiocoyo, no influye sobre la presencia de parásitos ya que no se encontró relación significativa entre dichas variables según el Coeficiente de Correlación de Pearson, ya que el p-valor es mayor que 0.05, por lo tanto la presencia de parásitos en los cultivos de tilapias en Atiocoyo se le atribuye a la contaminación microbiológica de la fuente de abastecimiento de agua.