Processamento e classificação de imagens biológicas: aplicação à histologia

A Histologia, o estudo de tecidos, é uma das áreas fundamentais da Biologia que permitiu enormes avanços científicos. Sendo uma tarefa exigente, meticulosa e demorada, será importante aproveitar a existência de ferramentas e algoritmos computacionais no seu auxílio, tornando o processo mais rápido e possibilitando a descoberta de informação que poderá não estar visível à partida. Esta dissertação tem como principal objectivo averiguar se um animal foi ou não sujeito à ingestão de um xenobiótico. Com esse objectivo em vista, utilizaram-se técnicas de processamento e segmentação de imagem aplicadas a imagens de tecido renal de ratos saudáveis e ratos que ingeriram o xenobiótico. Destas imagens extraíram-se inúmeras características do corpúsculo renal que após serem analisadas através de vários algoritmos de classificação mostraram ser possível saber se o animal ingeriu ou não o xenobiótico, com um reduzido grau de incerteza. ABSTRACT: Histology, the study of tissues, is one of the key areas of Biology that has allowed huge advances in Science. Being a demanding, meticulous and time consuming task, it is important to use the existence of computational tools and algorithms in its aid, making the process faster and enabling the discovery of information that may not be initially visible. The main goal of this thesis is to ascertain if an animal was subjected or not to the ingestion of a xenobiotic. With this in mind, were used image processing and segmentation techniques applied on images of kidney tissue from healthy rats and rats that ingested the xenobiotic. From these images were extracted several features of renal glomeruli that after being analyzed by various classification algorithms had shown to be possible to know, with an acceptable degree of certainty, if the animal ingested or not the xenobiotic.

"C. elegans: modelo biológico do presente e do futuro"

Nos meados da década de 60, o Nobel da Medicina Sidney Brenner propôs a utilização do nemátode bacteriófago, do solo, Caenorhabditis elegans, também conhecido como C. elegans, para estudos de genética e desenvolvimento, dado possuir um conjunto de características que o tornavam o ideal para modelo biológico, nomeadamente a sua pequena dimensão (ca. de 1 mm), facilidade de observação, facilidade de cultivo e manutenção em laboratório, curto ciclo de vida com uma capacidade reprodutiva notável, presença de hermafroditas e machos (5%). O seu artigo seminal de 1974, “The genetics of C. elegans” abriu o caminho para a investigação nesta área. Hoje em dia, revistas como a Nature, Science, Genes and Development, etc… publicam frequentemente os resultados da investigação com recurso a este modelo. É de notar, no entanto, que os nemátodes têm sido utilizados há muito tempo como modelo de estudo, tais como van Beneden, em finais do século XIX, que observando células de Ascaris equorum, descobriu o fenómeno da meiose. O fenómeno da fertilização foi igualmente descoberto num nemátode. Desde a década de setenta até aos nossos dias, o C. elegans tem sido intensamente utilizado para estudos de anatomia interna e sua correlação com linhagens celulares e desenvolvimento. Assim, Sulston e Horvitz elucidaram a origem e desenvolvimento das 959 células somáticas que, de uma forma constante, se produzem nesta espécie (eutelia). Um dos primeiros sistemas a ser estudado foi o sistema nervoso, sendo este nemátode o primeiro animal de que se conhece perfeitamente a identidade de todos os neurónios, a sua linhagem e o circuito nervoso global. Para além de modelo de biologia do desenvolvimento, o C. elegans tem sido alvo de estudo do fenómeno do envelhecimento celular, tendo sido possível identificar os respectivos genes. Kennyon, nos anos 90, e mais recentemente Arantes e Oliveira, têm demonstrado ser possível “prolongar” a vida deste animal de 21 para mais de 180 dias, o que corresponde a 675 anos em vida humana, através de manipulações diversas, tais como agentes mutagénicos, ablação com raio laser, etc.. Também o mecanismo de morte celular programada ou “apoptose” tem sido estudado neste modelo. Em 2002, o Comité Nobel entendeu atribuir o prémio Nobel da Medicina a Brenner, Sulston e Horvitz “for their discoveries concerning genetic regulation of organ development and programmed cell death”. É interessante notar pela leitura de “The common thread”, de John Sulston, a importância decisiva da sequenciação do genoma de C. elegans, em 1998, para o avanço na sequenciação do genoma humano efectuada em 2000, e de cuja mega-equipa Sulston participou de forma decisiva. Finalmente, e como modelo pedagógico, o nemátode C. elegans constitui a escolha ideal para diversas disciplinas dos cursos de Biologia, tais como Biologia celular, Histologia, Biologia do Desenvolvimento, Genética, Etologia, etc….

Effect of storage on physical-chemical properties and phenolics of sweet cherry from São Julião region.

Effect of storage on physical-chemical properties and phenolics of sweet cherry from São Julião region. A.C. Agulheiro-Santos1, F. Vieira1, D. Gonzalez2, M. Lozano2, V. Palma1, A.E. Rato1 1Universidade de Évora. Instituto de Ciências Agrárias e Ambientais Mediterrânica (ICAAM). 7000 Évora, Portugal. 2Centro de Investigaciones Científicas y Tecnológicas de Extremadura (CICYTEX). Ctra. San Vicente. Finca Santa Engracia. 06071 Badajoz, Spain. Worldwide the consumption of fruit and vegetables is increasing due to the dietary guidelines recommended by nutritionist. Because of their high content on phenols, vitamins, mineral and antioxidants, berry fruits are consumed not only in fresh forms but also as processed and derivative products such as juices, yogurts, jellies and dried fruits. As a high consumed red fruit, sweet cherry has been the focus on some studies, mainly regarding bioactive compounds content. “Sweetheart” cherries from São Julião region (Alentejo, Portugal) from two different production campaigns were kept in different storage conditions in order to evaluate both the environmental and storage effect on some physical-chemical properties and phenolics. Cold conditions - Cold (1 ºC, 95% RH) and modified atmosphere - MA (1 ºC, 95% RH with micro-perforated bags of Pplus®, Sidlaw Packaging, Bristol, UK) were tested. In order to establish the appropriate storage conditions, individual phenolic acids and physical-chemical properties were analysed during two consecutive years. Results show a general decrease on phenolic compounds content between cherries from both years. It is also observed that MA conditions do not affect significantly both phenolics and physical-chemical parameters when compared with Cold conditions. Additionally, it is observed similar behaviour on Cold and MA sweet cherries regarding its pH, total soluble solids content (TSS), titratable acidity (TA) and colour and individual phenols during storage time. Concluding, these results show, as expected, changes between cultivars which may be correlated with the environmental conditions on different years. Keywords: sweet cherry, postharvest, phenols, physical-chemical, storage conditions.