Simulação e modelagem computacional de dados de espalhamento à baixos ângulos - enfoque em estruturas de alta simetria

Esta tese apresenta uma abordagem para a criação rápida de modelos em diferentes geometrias (complexas ou de alta simetria) com objetivo de calcular a correspondente intensidade espalhada, podendo esta ser utilizada na descrição de experimentos de es- palhamento à baixos ângulos. A modelagem pode ser realizada com mais de 100 geome- trias catalogadas em um Banco de Dados, além da possibilidade de construir estruturas a partir de posições aleatórias distribuídas na superfície de uma esfera. Em todos os casos os modelos são gerados por meio do método de elementos finitos compondo uma única geometria, ou ainda, compondo diferentes geometrias, combinadas entre si a partir de um número baixo de parâmetros. Para realizar essa tarefa foi desenvolvido um programa em Fortran, chamado de Polygen, que permite modelar geometrias convexas em diferentes formas, como sólidos, cascas, ou ainda com esferas ou estruturas do tipo DNA nas arestas, além de usar esses modelos para simular a curva de intensidade espalhada para sistemas orientados e aleatoriamente orientados. A curva de intensidade de espalhamento é calculada por meio da equação de Debye e os parâmetros que compõe cada um dos modelos, podem ser otimizados pelo ajuste contra dados experimentais, por meio de métodos de minimização baseados em simulated annealing, Levenberg-Marquardt e algorítmicos genéticos. A minimização permite ajustar os parâmetros do modelo (ou composição de modelos) como tamanho, densidade eletrônica, raio das subunidades, entre outros, contribuindo para fornecer uma nova ferramenta para modelagem e análise de dados de espalhamento. Em outra etapa desta tese, é apresentado o design de modelos atomísticos e a sua respectiva simulação por Dinâmica Molecular. A geometria de dois sistemas auto-organizado de DNA na forma de octaedro truncado, um com linkers de 7 Adeninas e outro com linkers de ATATATA, foram escolhidas para realizar a modelagem atomística e a simulação por Dinâmica Molecular. Para este sistema são apresentados os resultados de Root Mean Square Deviations (RMSD), Root Mean Square Fluctuations (RMSF), raio de giro, torção das hélices duplas de DNA além da avaliação das ligações de Hidrogênio, todos obtidos por meio da análise de uma trajetória de 50 ns.

Contribuição ao conhecimento da malacofauna das camadas basais da Formação Corumbataí (Permiano), Estado de São Paulo

Os principais objetivos deste trabalho são: 1) estudar o material malacofaunístico de novos jazigos da região de Rio Claro - Piracicaba (SP) e de testemunhos de sondagem de Conchas (SP), referentes à porção basal da Formação Corumbataí, termo superior do Grupo Passa Dois de idade permiana e 2) determinar sua distribuição bioestratigráfica. Incluiu-se um exame parcial da provável correlação entre as faunas das bases das Formações Corumbataí (São Paulo) e Estrada Nova (Paraná) e considerações de ordem paleoecológica da malacofauna. A análise taxonômica dos bivalves da porção basal da Formação Corumbataí no Estado, forneceu apreciável diversidade genérica e específica. Duas secções colunares, uma de superfície e outra de subsuperfície são apresentadas, mostrando a distribuição bioestratigráfica dessa malacofauna. Os bivalves identificados e descritos nos diversos afloramentos foram: Angatubia cf. A. cowperesioides Mendes, Anthraconaia ? mezzalirai sp. n., Barbosaia cf. B. angulata Mendes, Barbosaia roxoi sp n., Casterella cf. C. camargoi Beurlen, Ferrazia simplicicarinata Mezzalira, Ferrazia sp., Holdhausiella elongata Mendes, Holdhausiella sp., Kidodia cf. K. stockleyi Cox, Mendesia piracicabensis gen. et sp. n., Plesiocyprinella sp., Rioclaroa cf. R. lefrevei Mezzalira. Com base na composição observada, sugeriu-se reunir as Zonas Leinzia froezi Mendes e Barbosaia angulata Mendes propostas por MEZZALIRA (1980) em uma única designada Zona Leinzia froezi - Barbosaia angulata. Os quatro níveis fossilíferos reconhecidos em subsuperfície (Poço 1-IG-Conchas) com as espécies: Casterella cf. C. gratiosa, Ferrazia cardinalis Reed e Pinzonella cf. P. illusa, a julgar pela distribuição vertical em relação à base da formação, situar-se-iam na Zona III de MEZZALIRA (1980) considerada quando definida como afossilífera. Dentre as principais conclusões, notou-se a predominância de bivalves com carenas simples e a duplas, provavelmente caráter adaptativo ao ambiente que seria provavelmente circunscrito, mixo-halino, de águas rasas, turvas e mal oxigenadas em certos intervalos.