Análise da estrutura populacional e do desequilíbrio de ligação de um painel de acessos de sorgo: uma abordagem usando teoria da coalescência

A estrutura populacional e o desequilíbrio de ligação são dois processos fundamentais para estudos evolutivos e de mapeamento associativo. Tradicionalmente, ambos têm sido investigados por meio de métodos clássicos comumente utilizados. Tais métodos certamente forneceram grandes avanços no entendimento dos processos evolutivos das espécies. No entanto, em geral, nenhum deles utiliza uma visão genealógica de forma a considerar eventos genéticos ocorridos no passado, dificultando a compreensão dos padrões de variação observados no presente. Uma abordagem que possibilita a investigação retrospectiva com base no atual polimorfismo observado é a teoria da coalescência. Assim, o objetivo deste trabalho foi analisar, com base na teoria da coalescência, a estrutura populacional e o desequilíbrio de ligação de um painel mundial de acessos de sorgo (Sorghum bicolor). Para tanto, análises de mutação, migração com fluxo gênico e recombinação foram realizadas para cinco regiões genômicas relacionadas à altura de plantas e maturidade (Dw1, Dw2, Dw4, Ma1 e Ma3) e sete populações previamente selecionadas. Em geral, elevado fluxo gênico médio (Μ = m/μ = 41,78 − 52,07) foi observado entre as populações considerando cada região genômica e todas elas simultaneamente. Os padrões sugeriram intenso intercâmbio de acessos e história evolutiva específica para cada região genômica, mostrando a importância da análise individual dos locos. A quantidade média de migrantes por geração (Μ) não foi simétrica entre pares recíprocos de populações, de acordo com a análise individual e simultânea das regiões. Isso sugere que a forma pela qual as populações se relacionaram e continuam interagindo evolutivamente não é igual, mostrando que os métodos clássicos utilizados para investigar estrutura populacional podem ser insatisfatórios. Baixas taxas médias de recombinação (ρL = 2Ner = 0,030 − 0,246) foram observadas utilizando o modelo de recombinação constante ao longo da região. Baixas e altas taxas médias de recombinação (ρr = 2Ner = 0,060 − 3,395) foram estimadas utilizando o modelo de recombinação variável ao longo da região. Os métodos tradicional (r2) e via coalescência (E[r2 rhomap]) utilizados para a estimação do desequilíbrio de ligação mostraram resultados próximos para algumas regiões genômicas e populações. No entanto, o r2 sugeriu padrões descontínuos de desequilíbrio em várias ocasiões, dificultando o entendimento e a caracterização de possíveis blocos de associação. O método via coalescência (E[r2 rhomap]) forneceu resultados que pareceram ter sido mais consistentes, podendo ser uma estratégia eventualmente importante para um refinamento dos padrões não-aleatórios de associação. Os resultados aqui encontrados sugerem que o mapeamento genético a partir de um único pool gênico pode ser insuficiente para detectar associações causais importantes para características quantitativas em sorgo.

Análise de ligação do gene de resistência Zym-2 com marcadores microssatélites e reação de acessos de meloeiro ao Zucchini yellow mosaic virus (ZYMV)

As viroses causam perdas significativas na cultura do melão. Dentre essas, o vírus do mosaico amarelo da abobrinha-de-moita (Zucchini yellow mosaic virus- ZYMV) possui grande importância para a cultura e é encontrado em todos os locais de plantio de cucurbitáceas. O controle desse vírus através da resistência genética é a forma mais eficiente de manejo. O acesso PI414723 é a única fonte de resistência de meloeiro ao ZYMV. Essa resistência é oligogênica e supostamente condicionada por três genes dominantes: Zym-1, Zym-2 e Zym-3. A localização cromossômica do gene Zym-1 já foi confirmada no grupo de ligação 2, próximo ao marcador CMAG36. Entretanto, a localização de Zym-2 ainda carece de confirmação experimental, muito embora existam evidências de sua localização no grupo de ligação 10 (LGX). Sendo assim, um dos objetivos do presente trabalho foi confirmar a localização do gene Zym-2 através de análises de ligação com marcadores microssatélites (SSRs). Para tanto, foi utilizada uma população F2 derivada do cruzamento PI414723 x \'Védrantais\'. As plantas foram inoculadas mecanicamente com o isolado RN6-F, patótipo 0, duas vezes em um intervalo de 24 h. A confirmação da infecção e a quantificação dos títulos virais nas plantas F2 foram realizadas através do teste PTA-ELISA. O DNA genômico das plantas foi extraído da primeira folha verdadeira e utilizado nas reações de PCR com primers específicos para SSRs selecionados pertencentes ao LGX. Observou-se uma distribuição assimétrica de classes de absorbância e maior frequência de indivíduos F2 na classe com menor valor (0,1 a 0,2), sugerindo a existência de um gene de efeito maior. O teste chi-quadrado mostrou que todos os marcadores segregaram na frequência esperada (1:2:1), exceto o marcador CMCT134b. A ligação do Zym-2 aos marcadores foi confirmada por meio de regressão linear simples. Dos marcadores analisados, a regressão linear foi significativa para MU6549 e CMBR55, com p-valores de 0,011 e 0,0054, respectivamente. As análises de ligação mostraram que as ordens e as distâncias entre os marcadores condizem com os mapas presentes na literatura. Um segundo objetivo do estudo foi o de avaliar a reação ao ZYMV de 42 acessos de meloeiro oriundos da região Nordeste do Brasil, com o intuito de explorar novas fontes de resistência. Foram realizados dois experimentos utilizando a mesma metodologia citada anteriormente. O título viral médio entre os acessos variou de 0,123 a 0,621 no experimento 1 e de 0,019 a 0,368 no experimento 2. Alguns acessos apresentaram consistentemente baixos títulos virais, próximos aos do acesso resistente PI414723 e dos controles negativos (plantas não inoculadas da cultivar \'Védrantais\'). Portanto, estes acessos mostram-se como potenciais fontes de resistência ao vírus para o emprego em programas de melhoramento.

Ensaio clínico randomizado do uso do curativo gel de clorexidina para a prevenção da colonização do cateter venoso central em pacientes adultos críticos

Os acessos venosos são indispensáveis para assistência do paciente em situação crítica. O cateter venoso central (CVC) é um acesso que viabiliza a terapêutica dessa clientela, mas o seu uso pode levar à infecções. Estas infecções ocasionam maior permanência hospitalar, elevam os custos totais das instituições e aumentam a morbidade e a mortalidade do paciente. O uso de curativos como cobertura do sítio de saída do CVC é eficaz na prevenção das infecções relacionadas a estes cateteres, em particular, o uso de curativos impregnados com antissépticos como o curativo gel de clorexidina. Este estudo teve como objetivo comparar a efetividade do curativo gel de clorexidina com a do filme transparente de poliuretano na prevenção da colonização do cateter venoso central em pacientes adultos críticos. Trata-se de estudo experimental, do tipo ensaio clínico randomizado, com tratamentos em paralelo, prospectivo e monocêntrico, realizado de acordo com as recomendações do Consolidated Standards of Reporting Trials (CONSORT). O estudo foi realizado na Unidade de Terapia Intensiva e na Unidade Coronariana de um hospital de ensino do interior do Estado de São Paulo. Participaram do estudo 102 indivíduos hospitalizados nestes locais, divididos aleatoriamente em dois grupos: grupo intervenção, no qual o tipo de cobertura utilizada foi o curativo de gel de clorexidina e grupo controle, que utilizou como cobertura o filme transparente de poliuretano. O desfecho primário mensurado foi a colonização do cateter e os desfechos secundários foram a infecção clínica do sítio de saída, a infecção microbiológica do sítio de saída e a infecção da corrente sanguínea relacionada ao cateter. Para a coleta de dados foi elaborado um instrumento, e este validado quanto ao seu conteúdo e forma por 13 enfermeiros pertencentes aos locais do estudo. Estes profissionais foram treinados para a realização dos curativos e coleta das pontas dos cateteres centrais, swabs dos sítios de saída e hemoculturas. Análises descritivas foram usadas para todas as variáveis do estudo. O teste Exato de Fisher foi utilizado para comparar as proporções de cada desfecho nos grupos de intervenção e controle, e a regressão logística para explorar se a colonização no CVC poderia ser associada com o tempo de uso do cateter e com o Acute Physiology and Chronic Health Evaluation II (APACHE II) dos pacientes do estudo. De acordo com os resultados não houve diferença estatisticamente significante entre a colonização nos dois grupos (p valor = 1.00), para a infecção microbiológica do sítio de saída (p valor = 0.08), para a infecção clínica do sítio de saída (p valor = 0.77) e para as infecções da corrente sanguínea relacionadas ao cateter (p valor = 1,00). Conclui-se que o presente estudo pode contribuir para que as unidades de saúde tenham subsídios para realizar a escolha do tipo de curativo baseado em suas necessidades institucionais e no desenvolvimento de protocolos relacionados à medidas de inserção e manutenção do cateter, bem como medidas educativas permanentes

Dando uma moral\' Moralidades, prazeres e poderes no caminho da adesão ao tratamento e da cura da tuberculose na população em situação de rua do município de São Paulo

A tuberculose entre pessoas em situação de rua é um grave problema de saúde pública, que carece de entendimentos e respostas melhor construídas. Questões envolvendo a dimensão coletiva do controle da doença, a dimensão individual do tratamento e o caminho para cura desta população são trazidos neste trabalho que tem como objetivo investigar os aspectos relacionados ao processo de gestão dos tratamentos e busca da cura nesta população. Para isto foram realizados estudos etnográficos junto as equipes de Consultório na Rua da cidade de São Paulo e no Hospital Leonor de Barros, em Campos do Jordão (SP), referência para internação deste grupo. A presença do uso de drogas, as co-infecções com o HIV, DSTs e as Hepatites Virais e o passado de tráfico e criminalidade são elementos presentes na história de vida dos internados, muitos dos quais já com passagem em presídios e alguns com problemas de saúde mental. Mesmo se sujeitando as regras do local em busca de um alento a seu estado de saúde, os pacientes buscam no uso de drogas escondido e no sexo discreto e não comentado, uma alternativa mediadora para suportarem as limitações a que estão expostos. A situação ainda revela uma dificuldade das instituições de internação no lidar com o tema a prática da estratégia de Redução de Danos ao uso de álcool e outras drogas, notando-se uma tendência a destacar práticas proibicionistas em qualquer ação desenvolvida. O entendimento do paciente frente à realidade encarada, revela-se principalmente pelas formas de resistência que eles desenvolvem para o período de reclusão que estarão submetidos durante o tratamento. Ao final se conclui que as diferenças sociais, oriundas de acessos dificultados, preconceitos, segregações e outros atos discriminatórios tem forte influência no processo de adesão do tratamento e cura. Além disto, percebeu-se a existência de vários enfoques de moralidades, envolvendo principalmente os profissionais de saúde e pacientes que refletem na gestão da atenção e cuidado e ainda a presença de uma diferenciação entre o conceito de ficar doente e ficar bom entre estes atores, criando um distanciamento de entendimentos e práticas.

Expression profiling and sequence diversity of novel DREB genes from common bean (Phaseolus vulgaris L.) and their association with drought-related traits

Common bean is a major dietary component in several countries, but its productivity is negatively affected by abiotic stresses. Dissecting candidate genes involved in abiotic stress tolerance is a paramount step toward the improvement of common bean performance under such constraints. Thereby, this thesis presents a systematic analysis of the DEHYDRATION RESPONSIVE ELEMENT-BINDING (DREB) gene subfamily, which encompasses genes that regulate several processes during stress responses, but with limited information for common bean. First, a series of in silico analyses with sequences retrieved from the P. vulgaris genome on Phytozome supported the categorization of 54 putative PvDREB genes distributed within six phylogenetic subgroups (A-1 to A-6), along the 11 chromosomes. Second, we cloned four novel PvDREB genes and determined their inducibility-factors, including the dehydration-, salinity- and cold-inducible genes PvDREB1F and PvDREB5A, and the dehydration- and cold-inducible genes PvDREB2A and PvDREB6B. Afterwards, nucleotide polymorphisms were searched through Sanger sequencing along those genes, revealing a high number of single nucleotide polymorphisms within PvDREB6B by the comparison of Mesoamerican and Andean genotypes. The nomenclature of PvDREB6B is discussed in details. Furthermore, we used the BARCBean6K_3 SNP platform to identify and genotype the closest SNP to each one of the 54 PvDREB genes. We selected PvDREB6B for a broader study encompassing a collection of wild common bean accessions of Mesoamerican origin. The population structure of the wild beans was accessed using sequence polymorphisms of PvDREB6B. The genetic clusters were partially associated with variation in latitude, altitude, precipitation and temperature throughout the areas such beans are distributed. With an emphasis on drought stress, an adapted tube-screening method in greenhouse conditions enabled the phenotyping of several drought-related traits in the wild collection. Interestingly, our data revealed a correlation between root depth, plant height and biomass and the environmental data of the location of the accessions. Correlation was also observed between the population structure determined through PvDREB6B and the environmental data. An association study combining data from the SNP array and DREB polymorphisms enabled the detection of SNP associated with drought-related traits through a compressed mixed linear model (CMLM) analysis. This thesis highlighted important features of DREB genes in common bean, revealing candidates for further strategies aimed at improvement of abiotic stress tolerance, with emphasis on drought tolerance