Estudos sobre a organização genômica, evolução e expressão de microRNAs

Os microRNAs (miRNAs) são pequenos RNAs não codificadores de proteínas presentes na maioria dos eucariotos. Esses RNAs regulam a expressão gênica em nível pós-transcricional através do silenciamento de mRNAs-alvo que possuem sítios complementares às suas sequências, atuando em praticamente todos os processos celulares. Embora a estrutura e função dos miRNAs estejam bem caracterizadas, aspectos relacionados à sua organização genômica, evolução e atuação em doenças são tópicos que apresentam enormes lacunas. Nesta tese, utilizamos abordagens computacionais para investigar estes temas em três trabalhos. No primeiro, processamos e integramos um vasto volume de dados publicamente disponíveis referentes aos miRNAs e genes codificadores de proteínas para cinco espécies de vertebrados. Com isso, construimos uma ferramenta web que permite a fácil inspeção da organização genômica dos miRNAs em regiões inter e intragênicas, o acesso a dados de expressão de miRNAs e de genes codificadores de proteínas (classificados em genes hospedeiros e não hospedeiros de miRNAs), além de outras informações pertinentes. Verificamos que a ferramenta tem sido amplamente utilizada pela comunidade científica e acreditamos que ela possa facilitar a geração de hipóteses associadas à regulação dos miRNAs, principalmente quando estão inseridos em genes hospedeiros. No segundo estudo, buscamos compreender como o contexto genômico e a origem evolutiva dos genes hospedeiros influenciam a expressão e evolução dos miRNAs humanos. Nossos achados mostraram que os miRNAs intragênicos surgem preferencialmente em genes antigos (origem anterior à divergência de vertebrados). Observamos que os miRNAs inseridos em genes antigos têm maior abrangência de expressão do que os inseridos em genes novos. Surpreendentemente, miRNAs jovens localizados em genes antigos são expressos em um maior número de tecidos do que os intergênicos de mesma idade, sugerindo uma vantagem adaptativa inicial que pode estar relacionada com o controle da expressão dos genes hospedeiros, e como consequência, expondo-os a contextos celulares e conjuntos de alvos diversos. Na evolução a longo prazo, vimos que genes antigos conferem maior restrição nos padrões de expressão (menor divergência de expressão) para miRNAs intragênicos, quando comparados aos intergênicos. Também mostramos possíveis associações funcionais relacionadas ao contexto genômico, tais como o enriquecimento da expressão de miRNAs intergênicos em testículo e dos intragênicos em tecidos neurais. Propomos que o contexto genômico e a idade dos genes hospedeiros são fatores-chave para a evolução e expressão dos miRNAs. Por fim, buscamos estabelecer associações entre a expressão diferencial de miRNAs e a quimioresistência em câncer colorretal utilizando linhagens celulares sensíveis e resistentes às drogas 5-Fluoruracil e Oxaliplatina. Dentre os miRNAs identificados, o miR-342 apresentou níveis elevados de expressão nas linhagens sensíveis à Oxaliplatina. Com base na análise dos alvos preditos, detectamos uma significativa associação de miR-342 com a apoptose. A superexpressão de miR-342 na linhagem resistente SW620 evidenciou alterações na expressão de genes da via apoptótica, notavelmente a diminuição da expressão do fator de crescimento PDGFB, um alvo predito possivelmente sujeito à regulação direta pelo miR-342.

Poluição sonora urbana: a influência de modificações em escapamentos de motocicletas na emissão de ruído

A poluição sonora urbana, em especial a gerada por motocicletas com escapamentos modificados, afeta indistintamente a saúde de toda população de diversas maneiras e tende a aumentar, ao contrário da emissão de gases, que vem se reduzindo ao longo dos anos. Com o objetivo de conter o ruído gerado pelo tráfego urbano, vários países desenvolvem procedimentos, leis e ações mitigatórias como barreiras acústicas e asfaltos fonoabsorventes, porém há grande quantidade de motocicletas, veículo tipicamente de alto potencial de incômodo e ruidoso, que circulam com sistemas de escapamento adulterados e emitem ainda mais excesso de ruído. A inspeção veicular é ferramenta importante no controle de emissões de gases poluentes de veículos em uso, mas falha em restringir aqueles que ultrapassam os limites legais de ruído e, somado a isto, há o agravante de o condutor submeter-se a poluição sonora que ele mesmo produz. A fiscalização de rua surge como alternativa de controle ambiental, mas algumas vezes é contestada por ser subjetiva ou por faltar uma metodologia simples, confiável e eficaz. Buscou-se então compreender a relação entre o aumento do nível sonoro da motocicleta com escapamento modificado ao circular no trânsito e a emissão sonora medida na condição de inspeção, o chamado ruído parado, para trazer subsídios à formação de métodos mais eficazes de fiscalização e controle. Para isto foram avaliadas motocicletas quanto à emissão de ruído em circulação e ruído parado e os resultados obtidos apontam que os escapamentos modificados possuem nível sonoro muito mais elevado que os originais, com forte correspondência entre os dois métodos de medição. Esta poluição sonora atinge de modo particularmente intenso os profissionais, motoboys, que modificam suas motocicletas, pois eles se submetem a todos os fatores que favorecem a perda auditiva por excesso de ruído. Outras questões surgiram em paralelo ao tema principal e foram brevemente avaliadas para se compor o quadro geral, como o nível sonoro de escapamentos não originais avaliados segundo os procedimentos de homologação, a contribuição que a motocicleta traz ao ruído urbano e que resultados estes trazem quanto ao torque e potência da motocicleta. Estes estudos indicaram que a motocicleta modificada contribui fortemente para a poluição sonora urbana, afetando principalmente o condutor e sem trazer ganhos efetivos em termos de potência e dirigibilidade.

Caracterização do perfil audiológico de escolares de escola pública do município de Bauru/SP

Muitos dos problemas auditivos não são notados por pais e professores. Este fato prejudica a aprendizagem da criança principalmente no ambiente escolar. Por isso, programas de triagem auditiva podem ser utilizados com o intuito de detectar e, posteriormente, diagnosticar escolares a fim de que se possa prevenir ou minimizar o impacto a que possíveis sequelas auditivas venham prejudicar o rendimento escolar da criança. Hoje em dia podemos contar com programas que permitem o melhor acompanhamento de populações que necessitam de cuidados preventivos e curativos, e a audição é um aspecto muito importante que pode ser avaliado quando estes programas são colocados em prática. O Programa Nacional de Reorientação da Formação Profissional em Saúde (Pró-Saúde), que visou reorientar a formação profissional, teve como objetivo integrar ensino-serviço e promover atenção básica por meio da abordagem integral do processo saúde-doença. Ambientes externos podem ser utilizados por alunos e professores universitários para que possam colocadas em prática ações que possibilitem a humanização das práticas de atenção a saúde e a integralidade das mesmas, por meio da articulação de ações e serviços de saúde, preventivos e curativos, individuais e coletivos. A escola é considerada um dos ambientes que este trabalho pode ser realizado. O Programa Saúde na Escola (PSE) abre o ambiente escolar com a finalidade de contribuir para a formação integral dos estudantes da rede pública de educação básica por meio de ações de prevenção, promoção e atenção à saúde. Sendo um estudo do tipo retrospectivo transversal, como objetivo principal caracterizar o perfil audiológico de escolares de escola pública do município de Bauru SP, contando com a integração de profissionais da área da saúde e educação no ambiente escolar, o que teve como base os programas citados acima. A triagem auditiva foi realizada com a aplicação dos seguintes procedimentos: imitanciometria, inspeção visual do meato acústico externo, emissões otoacústicas por produto de distorção e audiometria tonal liminar. Observou-se que do total de 652 estudantes, a grande maioria (97,1%) dos participantes com faixa etária entre 10 e 18 anos, apresentaram audição normal. Em 2,9% desta população foi encontrada alguma alteração auditiva temporária. Com a exceção de um único participante, portador de perda auditiva sensorioneural. Apesar de encontrarmos muitas crianças e adolescentes com audição normal, o que mais ressalta a importância deste trabalho é a necessidade da triagem auditiva em ambientes escolares e, essencialmente, o acompanhamento das mesmas nesta faixa etária, já que são escassos os estudos referentes a ela. Apesar das poucas alterações auditivas encontradas serem passageiras, são exatamente estas que interferem no bom rendimento escolar e outros fatores.

Vídeo-Mapa: uma interface de geovisualização multimídia aplicada a transportes e meio ambiente.

A presente tese propõe uma metodologia de vídeo-mapeamento móvel georreferenciado a partir do desenvolvimento de protótipos que utilizam uma Interface de Geovisualização Multimídia para sincronizar o registro (em vídeo) de um local ou evento de interesse com a rota percorrida pelo veículo de inspeção (sobre mapa ou imagem), através da coleta de dados por sensores móveis: câmera digital, microfone, receptor GNSS e bússola digital. A interface permite a integração desses sensores com os atuais serviços de mapas digitais disponíveis na web. Sistemas como esse melhoram significativamente as análises temporais, a gestão e a tomada de decisão. A interface proposta e desenvolvida no presente trabalho é útil para muitas aplicações como ferramenta de monitoramento e inventário. Esta interface pode ser entendida como o componente visual de um sistema de mapeamento móvel ou como um sistema cartográfico alternativo ou complementar, para aplicações em que a precisão geométrica do receptor GNSS, na modalidade de navegação, é suficiente e sua acessibilidade, um fator competitivo. As aplicações desenvolvidas no presente trabalho foram duas: um sistema de monitoramento e inventário de placas de sinalização viária e um sistema de monitoramento de cheias/secas e inventário de propriedades na borda de reservatórios de hidroelétricas, ambos em pleno funcionamento.

Procedimento de avaliação de integridade estrutural de juntas soldadas circunferenciais em tubulações submarinas rígidas submetidas à flexão.

A demanda crescente por energia tem motivado a procura por petróleo e gás natural em ambientes com condições extremas, como operações em águas profundas e o transporte de fluídos corrosivos. Avanços tecnológicos recentes favorecem o uso de tubos de aço contendo uma camada interna resistente a corrosão (comumente chamados de Lined ou Clad Pipes) para o transporte de tais fluidos agressivos. Além disso, as tubulações submarinas são sujeitas a condições de instalação muito severas e, um caso de interesse, é o procedimento de reeling que permite com que a fabricação e inspeção da tubulação seja feita em terra. Apesar de possuir vantagens econômicas, a avaliação da integridade estrutural e especificação dos tamanhos toleráveis de trinca em juntas soldadas, nestas condições, torna-se uma tarefa complexa, devido a natureza dissimilar dos materiais e ao grande nível de deformação plástica no processo. Dessa maneira, este trabalho tem por objetivo o desenvolvimento de um procedimento de avaliação de forças motrizes elasto-plásticas em tubos contendo juntas soldadas circunferenciais sujeitos a flexão, para uma extensa gama de configurações geométricas. Dois métodos distintos foram desenvolvidos e analisados: a metodologia EPRI e o procedimento que utiliza a curva de tensão vs. deformação equivalente. As análises numéricas 3D fornecem os parâmetros de fratura necessários para a resolução do problema e a acurácia dos procedimentos é verificada a partir de estudos de casos e análises paramétricas.

Estudo do efeito de pausas introduzidas em testes de fadiga de amplitude variável.

É muito importante para a indústria fornecer produtos competitivos e que exerçam corretamente as suas funções perante o cliente. Uma das ferramentas existentes para atingir estes objetivos é a realização de testes de fadiga e durabilidade cada vez mais refinados e em espaço mais curto de tempo. Uma das maneiras de se executar testes de fadiga mais precisos é utilizando parâmetros que sejam fiéis à solicitação que o produto sofre durante o seu uso. Com esse intuito surgiram os testes de fadiga sob amplitude variável. Juntamente com eles surgem as particularidades deste tipo de solicitação, que é de natureza complexa. Algumas particularidades são a dependência do resultado na história de carregamento (também chamada de \"interação de cargas\") e a variação abrupta do nível de carga durante o tempo de aplicação. Fenômenos estes chamados de sobrecarga ou subcarga (overload e underload), que aqui serão agrupados, muitas vezes de forma simplista, de perturbações no espectro de fadiga. A finalidade principal deste trabalho é descrever a influência das perturbações ocorridas nas solicitações nos testes de fadiga em regime de amplitude variável, mais precisamente em testes de bancada, em que se busca a reprodução de situações de trabalho reais de um componente. Apesar de esse assunto ser alvo de diversas investigações recentes, nenhum trabalho tem como foco a influência das paradas (completa remoção de carga) realizadas durante um teste de fadiga acelerado. Essas paradas são extremamente comuns na prática laboratorial, seja por manutenção do equipamento, inspeção da amostra ou necessidade de operação. O objeto alvo de estudo nesta pesquisa é um suporte metálico de buzina, utilizado em automóveis de passeio. Apesar de sua concepção simples, tal componente é responsável por exercer funções importantes e é sujeito a uma interessante gama de solicitações. Como resultado observou-se que a aplicação das paradas durante os testes de fadiga simulados no componente automotivo, provoca variações em sua vida útil total. E o tempo de parada também exerce influência nesta variação observada. Essas paradas não se encaixam perfeitamente nas classificações de perturbações no espectro registradas na literatura. Por esse motivo o trabalho se propõe ainda a sintetizar e uniformizar a terminologia para as variações abruptas de tensão aplicadas no tempo (as sobrecargas e as subcargas), tendo em vista que ocorre a falta de consenso entre os termos utilizados atualmente na literatura e seus respectivos conceitos.

Reconciliação de dados de uma malha de gasodutos.

O trabalho aborda a aplicação da técnica de reconciliação de dados para o balanço da movimentação de gás natural em uma malha de escoamento de gás não processado, elaborando também um método de cálculo rápido de inventário de um duto. Foram aplicadas, separadamente, a reconciliação volumétrica à condição padrão de medição e a reconciliação mássica, bem como realizadas comparações dos resultados em relação ao balanço original e verificação do balanço resultante de energia em termos de poder calorífico superior. Dois conjuntos de pesos foram aplicados, um arbitrado de acordo com o conhecimento prévio da qualidade do sistema de medição de cada um dos pontos, outro baseado no inverso da variância dos volumes diários apurados no período. Ambos apresentaram bons resultados e o segundo foi considerado o mais apropriado. Por meio de uma abordagem termodinâmica, foi avaliado o potencial impacto, ao balanço, da condensação de parte da fase gás ao longo do escoamento e a injeção de um condensado de gás natural não estabilizado por uma das fontes. Ambos tendem a impactar o balanço, sendo o resultado esperado um menor volume, massa e energia de fase gás na saída. Outros fatores de considerável impacto na qualidade dos dados e no resultado final da reconciliação são a qualidade da medição de saída do sistema e a representatividade da composição do gás neste ponto. O inventário é calculado a partir de uma regressão que se baseia em um regime permanente de escoamento, o que pode apresentar maior desvio quando fortes transientes estão ocorrendo no último dia do mês, porém a variação de inventário ao longo do mês possui baixo impacto no balanço. Concluiu-se que a reconciliação volumétrica é a mais apropriada para este sistema, pois os dados reconciliados levam os balanços mássicos e de energia em termos de poder calorífico, ambos na fase gás, para dentro do perfil esperado de comportamento. Embora um balanço volumétrico nulo apenas da fase gás não seja por si só o comportamento esperado quando se considera os efeitos descritos, para desenvolver um balanço mais robusto é necessário considerar as frações líquidas presentes no sistema, agregando maior dificuldade na aquisição e qualidade dos dados.

Metodologia para a homologação dos equipamentos do Sistema Canal Azul da Carne - MHECAC.

Este trabalho de pesquisa apresenta a Metodologia para a Homologação dos Equipamentos do Sistema Canal Azul da Carne - MHECAC. Esta proposta de metodologia é complementar ao desenvolvimento do Sistema Canal Azul da Carne e tem o objetivo de apoiar o MAPA (Ministério da Agricultura, Pecuária e Abastecimento) no estabelecimento de um processo de verificação da conformidade de equipamentos, buscando garantir a interoperabilidade, o desempenho e a segurança de seus componentes de hardware. O Sistema Canal Azul é uma realização do MAPA em conjunto com o GAESI da Escola Politécnica da Universidade de São Paulo (EPUSP) e a iniciativa privada, e tem o objetivo de reduzir o tempo empregado nos processos de exportação de carnes no Brasil. A MHECAC baseia-se na estrutura de processo de avaliação de conformidade estabelecida pelo Sistema Brasileiro de Avaliação da Conformidade - SBAC e seus requisitos gerais podem ser aplicados à avaliação de conformidade de produtos em setores variados. No desenvolvimento da MHECAC foram aplicadas as principais referências técnicas e normativas correspondentes aos equipamentos que compõe a arquitetura do sistema Canal Azul. Além disto, foram definidos os modelos de homologação, auditoria e inspeção, os planos de amostragem, os requisitos mínimos e a metodologia de ensaio. A MHECAC subdivide-se em dois segmentos principais. O primeiro apresenta os requisitos gerais para o estabelecimento de sistemas de avaliação da conformidade e certificação de produtos, a aplicação destes requisitos não se limita ao Sistema Canal Azul, e o segundo apresenta requisitos específicos ao sistema estabelecido pelo MAPA. A aplicação da MHECAC favorece o tratamento isonômico de fornecedores e é um importante balizador para a seleção de equipamentos, pois permite a qualificação e a comparação de soluções, por meio de um embasamento técnico, pautado pela qualidade.