Koala: sistema para integração de métodos de predição e análise de estruturas de proteína

A Biologia Computacional tem desenvolvido algoritmos aplicados a problemas relevantes da Biologia. Um desses problemas é a Protein Structure Prediction (PSP). Vários métodos têm sido desenvolvidos na literatura para lidar com esse problema. Porém a reprodução de resultados e a comparação dos mesmos não têm sido uma tarefa fácil. Nesse sentido, o Critical Assessment of protein Structure Prediction (CASP), busca entre seus objetivos, realizar tais comparações. Além disso, os sistemas desenvolvidos para esse problema em geral não possuem interface amigável, não favorecendo o uso por não especialistas da computação. Buscando reduzir essas dificuldades, este trabalho propões o Koala, um sistema baseado em uma plataforma web, que integra vários métodos de predição e análises de estruturas de proteínas, possibilitando a execução de experimentos complexos com o uso de fluxos de trabalhos. Os métodos de predição disponíveis podem ser integrados para a realização de análises dos resultados, usando as métricas RMSD, GDT-TS ou TM-Score. Além disso, o método Sort by front dominance (baseado no critério de optimalidade de Pareto), proposto nesse trabalho, consegue avaliar predições sem uma estrutura de referência. Os resultados obtidos, usando proteínas alvo de artigos recentes e do CASP11, indicam que o Koala tem capacidade de realizar um conjunto relativamente grande de experimentos estruturados, beneficiando a determinação de melhores estruturas de proteínas, bem como o desenvolvimento de novas abordagens para predição e análise por meio de fluxos de trabalho.

Desenvolvimento de um aplicativo do Kinect para fins de intervenção com pacientes com hanseníase

Os sistemas interativos estão cada vez mais presentes como recursos tecnológicos utilizados pelo homem, sendo que para que a interação ocorra é necessária uma adaptação destes aparatos às reais necessidades do homem. Para garantir a qualidade de interação é preciso focar no princípio da usabilidade do sistema, desenvolvido por Jakob Nielsen, (1994) aprimorando com isso aspectos de acessibilidade, flexibilidade e eficiência no uso, para que o recurso tecnológico torne-se um objeto de modificação nesta relação. Objetivo: desenvolver um painel interativo utilizando a tecnologia Kinect e com isso fornecer informações sobre autocuidado e prevenção de incapacidades da hanseníase para pacientes e profissionais da saúde. Metodologia: Está baseada no modelo consensual que propõe uma solução para o problema de projeto e apresenta-se dividida em quatro fases: (1) projeto informacional; (2) projeto conceitual; (3) projeto preliminar e (4) projeto detalhado. Resultados: foi produzido um protótipo contendo imagens, texto e vídeos com informações sobre a Hanseníase. Este é composto por material coletado nos manuais produzidos pelo Ministério da Saúde para orientação de cuidados na Hanseníase e um vídeo inserido para demonstrar como seria o acesso a este recurso, acessados por meio dos movimentos dos membros superiores no qual a pessoa posiciona-se, em frente ao painel, a uma distância de 80 cm, e seleciona o que deseja ver com uma das mãos, que se torna a \"mão virtual\" movida na tela e seleciona o material instrucional. Os requisitos funcionais e não funcionais foram organizados contendo a caracterização das imagens de forma legível e nítida e opções de textos buscando a compreensão e o acesso da população. Foram desenvolvidos 16 vídeos que ensinam como realizar os exercícios para prevenir incapacidades e possíveis deformidades, estimulando assim o autocuidado. Conclusão: O desenvolvimento de material educacional sobre a Hanseníase que utilize as novas tecnologias é escasso e pouco explorado pelos profissionais da reabilitação na hanseníase. Investir em ações que visem tornar a pessoa mais informada sobre sua doença e segura sobre seu tratamento, pode contribuir para a autonomia em parte dos cuidados e as novas tecnologias podem funcionar como importante aliado neste processo.

Modelo computacional para avaliação do desempenho hidrodinâmico de embarcações de planeio em águas calmas.

Em geral, uma embarcação de planeio é projetada para atingir elevados níveis de velocidade. Esse atributo de desempenho está diretamente relacionado ao porte da embarcação e à potência instalada em sua planta propulsiva. Tradicionalmente, durante o projeto de uma embarcação, as análises de desempenho são realizadas através de resultados de embarcações já existentes, retirados de séries sistemáticas ou de embarcações já desenvolvidas pelo estaleiro e/ou projetista. Além disso, a determinação dos atributos de desempenho pode ser feita através de métodos empíricos e/ou estatísticos, onde a embarcação é representada através de seus parâmetros geométricos principais; ou a partir de testes em modelos em escala reduzida ou protótipos. No caso específico de embarcações de planeio, o custo dos testes em escala reduzida é muito elevado em relação ao custo de projeto. Isso faz com que a maioria dos projetistas não opte por ensaios experimentais das novas embarcações em desenvolvimento. Ao longo dos últimos anos, o método de Savitsky foi largamente utilizado para se realizar estimativas de potência instalada de uma embarcação de planeio. Esse método utiliza um conjunto de equações semi-empíricas para determinar os esforços atuantes na embarcação, a partir dos quais é possível determinar a posição de equilíbrio de operação e a força propulsora necessária para navegar em uma dada velocidade. O método de Savitsky é muito utilizado nas fases iniciais de projeto, onde a geometria do casco ainda não foi totalmente definida, pois utiliza apenas as características geométricas principais da embarcação para realização das estimativas de esforços. À medida que se avança nas etapas de projeto, aumenta o detalhamento necessário das estimativas de desempenho. Para a realização, por exemplo, do projeto estrutural é necessária uma estimativa do campo de pressão atuante no fundo do casco, o qual não pode ser determinado pelo método de Savitsky. O método computacional implementado nesta dissertação, tem o objetivo de determinar as características do escoamento e o campo de pressão atuante no casco de uma embarcação de planeio navegando em águas calmas. O escoamento é determinado através de um problema de valor de contorno, no qual a superfície molhada no casco é considerada um corpo esbelto. Devido ao uso da teoria de corpo esbelto o problema pode ser tratado, separadamente, em cada seção, onde as condições de contorno são forçadamente respeitadas através de uma distribuição de vórtices.