Estudos sobre a organização genômica, evolução e expressão de microRNAs

Os microRNAs (miRNAs) são pequenos RNAs não codificadores de proteínas presentes na maioria dos eucariotos. Esses RNAs regulam a expressão gênica em nível pós-transcricional através do silenciamento de mRNAs-alvo que possuem sítios complementares às suas sequências, atuando em praticamente todos os processos celulares. Embora a estrutura e função dos miRNAs estejam bem caracterizadas, aspectos relacionados à sua organização genômica, evolução e atuação em doenças são tópicos que apresentam enormes lacunas. Nesta tese, utilizamos abordagens computacionais para investigar estes temas em três trabalhos. No primeiro, processamos e integramos um vasto volume de dados publicamente disponíveis referentes aos miRNAs e genes codificadores de proteínas para cinco espécies de vertebrados. Com isso, construimos uma ferramenta web que permite a fácil inspeção da organização genômica dos miRNAs em regiões inter e intragênicas, o acesso a dados de expressão de miRNAs e de genes codificadores de proteínas (classificados em genes hospedeiros e não hospedeiros de miRNAs), além de outras informações pertinentes. Verificamos que a ferramenta tem sido amplamente utilizada pela comunidade científica e acreditamos que ela possa facilitar a geração de hipóteses associadas à regulação dos miRNAs, principalmente quando estão inseridos em genes hospedeiros. No segundo estudo, buscamos compreender como o contexto genômico e a origem evolutiva dos genes hospedeiros influenciam a expressão e evolução dos miRNAs humanos. Nossos achados mostraram que os miRNAs intragênicos surgem preferencialmente em genes antigos (origem anterior à divergência de vertebrados). Observamos que os miRNAs inseridos em genes antigos têm maior abrangência de expressão do que os inseridos em genes novos. Surpreendentemente, miRNAs jovens localizados em genes antigos são expressos em um maior número de tecidos do que os intergênicos de mesma idade, sugerindo uma vantagem adaptativa inicial que pode estar relacionada com o controle da expressão dos genes hospedeiros, e como consequência, expondo-os a contextos celulares e conjuntos de alvos diversos. Na evolução a longo prazo, vimos que genes antigos conferem maior restrição nos padrões de expressão (menor divergência de expressão) para miRNAs intragênicos, quando comparados aos intergênicos. Também mostramos possíveis associações funcionais relacionadas ao contexto genômico, tais como o enriquecimento da expressão de miRNAs intergênicos em testículo e dos intragênicos em tecidos neurais. Propomos que o contexto genômico e a idade dos genes hospedeiros são fatores-chave para a evolução e expressão dos miRNAs. Por fim, buscamos estabelecer associações entre a expressão diferencial de miRNAs e a quimioresistência em câncer colorretal utilizando linhagens celulares sensíveis e resistentes às drogas 5-Fluoruracil e Oxaliplatina. Dentre os miRNAs identificados, o miR-342 apresentou níveis elevados de expressão nas linhagens sensíveis à Oxaliplatina. Com base na análise dos alvos preditos, detectamos uma significativa associação de miR-342 com a apoptose. A superexpressão de miR-342 na linhagem resistente SW620 evidenciou alterações na expressão de genes da via apoptótica, notavelmente a diminuição da expressão do fator de crescimento PDGFB, um alvo predito possivelmente sujeito à regulação direta pelo miR-342.

Análise da composição, abundância e distribuição da comunidade fitoplanctônica nos reservatórios do sistema em cascata do Médio e Baixo rio Tietê/SP

Com a finalidade de atender a demanda energética, muitos reservatórios foram construídos no Brasil e, notadamente na região Sudeste, as construções das barragens não somente atenderam aos usos múltiplos (geração de energia, irrigação, lazer e abastecimento público), como também foram elementos propulsores da economia regional, contribuindo para a expansão das atividades industriais e rurais, bem como, um desordenado crescimento urbano. Em conseqüência da falta de planejamento, áreas naturais foram desmatadas, sendo substituídas por formas de plantio inadequadas e por projetos de especulação imobiliária não condizentes com a sustentabilidade ambiental. No decorrer das últimas décadas, os impactos aumentaram em magnitude e extensão, ocasionando sérios problemas aos recursos hídricos, culminando em conflitos pelo uso da água. Dentro deste contexto, destaca-se o rio Tietê, o qual percorre importantes cidades e extensas áreas rurais no Estado de São Paulo, sendo que, neste longo percurso, recebe a contribuição de diversos tributários (poluídos ou não) e efluentes urbanos, industriais e aqueles derivados de fontes não pontuais, além do processo de fragmentação que foi instalado a partir da construção de inúmeras barragens. De forma conjunta, todos os fatores promoveram alterações significativas no sistema e, procurando avaliar a situação atual dos reservatórios, desenvolveu-se uma pesquisa direcionada à análise da composição, densidade e distribuição da comunidade fitoplanctônica e sua relação com as variáveis limnológicas, climatológicas e hidrodinâmicas dos reservatórios da Barra Bonita, Bariri, Ibitinga, Promissão, Nova Avanhandava, Três Irmãos, além dos rios Tietê e Piracicaba e parte do rio Paraná (reservatório de Jupiá e a Jusante do reservatório de Ilha Solteira). Para tanto, foram realizadas coletas nos meses de fevereiro, maio, julho e outubro de 2000 e os resultados obtidos demonstram uma elevada concentração de nutrientes, com redução na seqüência dos reservatórios, além da variabilidade temporal, com efeito significativo da precipitação no transporte de materiais, promovendo alterações no estado trófico de cada sistema. A disponibilidade de nutrientes, transparência da água, vazão e tempo de residência, associados aos fatores climatológicos, foram elementos importantes no estabelecimento das populações, influenciando a composição, densidade e distribuição da comunidade fitoplanctônica, a qual apresentou maior dominância das classes Cyanophyceae e Chlorophyceae, com maior contribuição em densidade e riqueza de espécies, respectivamente.

Da luta pela terra à territorialização quilombola: o caso da comunidade Porto Velho, Iporanga/SP

As mudanças nas formas de apropriação do espaço na região do Vale do Ribeira têm proporcionado metamorfoses da territorialidade de populações camponesas. É nessa conjuntura que a luta pela terra de trabalho ganha nova expressão: resistência e permanência no território ancestral por meio da construção da identidade quilombola. Portanto, a territorialização da comunidade remanescente de quilombo Porto Velho é analisada frente aos desafios e estratégias de resistência para permanecer no território ancestral. O histórico de origem deste bairro rural identifica estes sujeitos sociais como descendentes dos escravos que habitavam estas terras desde 1860. Todavia, entre as décadas de 1950 e 1980, houve um período importante de submissão e relações de trabalho precárias a fazendeiros e terceiros. No final dos anos 1980, os camponeses enfrentaram ameaças que culminaram em expropriações e expulsões de boa parte dos quilombolas do território. No contexto marcado pela emergência do conflito, o grupo negro se organiza e inicia a luta pela terra com apoio da Pastoral da Terra, MOAB e EAACONE. A pesquisa sobre a população remanescente de quilombo Porto Velho, situada no município de Iporanga (SP), refletiu a perspectiva geográfica de como estes sujeitos sociais constroem suas relações no território quilombola, sua organização comunitária e sociabilidade, e as transformações no âmbito material e imaterial. Trata-se de um estudo cuja metodologia é constituída por trabalhos de campo, entrevistas, pesquisa bibliográfica e documental. O estudo realizado identificou a complexidade do processo de transformação deste território quilombola na busca por autonomia e liberdade. Os impactos de novas demandas, justapostas sobre o território e sobre a vida destes sujeitos sociais, trouxeram a necessidade de criar e recriar estratégias para a conservação de costumes e de luta pela terra e permanência no território que habitam há gerações. Entende-se que neste processo de conflitos por terra, a lógica imposta pelo capital não só provocou forte transformação no território ancestral, como ofereceu situação de risco social e cultural à própria sobrevivência da comunidade quilombola.

Sistemática de transformação: desenvolvimento teórico para o alinhamento entre estratégia e cultura organizacional nos projetos de Lean

Desde o final do Século XX e início do Século XXI, estudos analisam a elevada taxa de insucesso ou insatisfação com os Programas de Lean. Esta taxa tem se demonstrado demasiadamente elevada, variando entre 66% e 90%. Como efeito deste insucesso, tem-se o desperdício de tempo, dinheiro, recursos e, talvez o pior, tem-se a propagação do medo nos agentes de mudança em empreitar novas iniciativas de mudança. Estudos apontam a falta de alinhamento de tais projetos com a Cultura Organizacional como uma das questões fundamentais deste insucesso. Partindo desta temática de pesquisa, este ensaio teórico pode ser caracterizado como uma abordagem qualitativa de análise do problema, de natureza básica de pesquisa buscando gerar conhecimentos novos e úteis às organizações, sem aplicação prática prevista neste primeiro estágio de pesquisa. A fonte de evidências para sustentar o modelo proposto foi revisão dos estudos de caso encontrados na literatura, sendo utilizadas tanto uma Revisão Bibliográfica Sistemática (RBS) quanto Exploratória, de tal maneira a buscar o \"estado da arte\" no campo de estudo. A Fundamentação Teórica do trabalho é baseada na literatura de quatro grandes campos de estudo: (i) Estratégia, (ii) Lean, (iii) Cultura Organizacional e (iv) Gestão de Mudanças. A RBS tem foco nas interseções destes grandes campos, agregando 190 trabalhos internacionais. Por sua vez, a Revisão Exploratória traz algumas das principais referências dos três campos de estudo, como: Edgar Schein, John Kotter, Kim Cameron, Robert Quinn, David Mann, dentre outros. Desta maneira, este trabalho estudou a influência da cultura organizacional nos projetos de transformação e, a partir da ruptura com a teoria atual, construiu e propôs uma sistemática teórica, intitulada de \"Sistemática de Transformação\" (ou simplesmente \"Sistemática T\"), a qual propõe o alinhamento entre três dimensões: Estratégia, Projeto de Transformação e Cultura Organizacional. Fazendo uso desta sistemática, é esperado que os agentes de mudança consigam ter um planejamento mais eficaz do processo de diagnóstico, avaliação e gestão da cultura organizacional alinhado à Estratégia e também ao Projeto de Transformação da organização, com ênfase nos Programas de Lean. A proposição e uso desta sistemática pode favorecer tanto a discussão acadêmica na área de Gestão de Operações sobre o tema, quanto fornecer subsídios para aplicações práticas mais eficazes.