Systems biology approaches for the design of novel Saccharomyces cerevisiae winemaking strains for enhanced flavour compounds synthesis

Tese de Doutoramento em Biologia Ambiental e Molecular

Hydrocarbonoclastic bacteria: from bioremediation to bioenergy feedstock

Tese de Doutoramento em Engenharia Química e Biológica.

A glycolytic phenotype is associated with prostate cancer progression and aggressiveness: a role for Monocarboxylate Transporters as metabolic targets for therapy.

Metabolic adaptation is considered an emerging hallmark of cancer, whereby cancer cells exhibit high rates of glucose consumption with consequent lactate production. To ensure rapid efflux of lactate, most cancer cells express high levels of monocarboxylate transporters (MCTs), which therefore may constitute suitable therapeutic targets. The impact of MCT inhibition, along with the clinical impact of altered cellular metabolism during prostate cancer (PCa) initiation and progression, has not been described. Using a large cohort of human prostate tissues of different grades, in silico data, in vitro and ex vivo studies, we demonstrate the metabolic heterogeneity of PCa and its clinical relevance. We show an increased glycolytic phenotype in advanced stages of PCa and its correlation with poor prognosis. Finally, we present evidence supporting MCTs as suitable targets in PCa, affecting not only cancer cell proliferation and survival but also the expression of a number of hypoxia-inducible factor target genes associated with poor prognosis. Herein, we suggest that patients with highly glycolytic tumours have poorer outcome, supporting the notion of targeting glycolytic tumour cells in prostate cancer through the use of MCT inhibitors.

SMYD3 contributes to a more aggressive phenotype of prostate cancer and targets Cyclin D2 through H4K20me3

Prostate cancer (PCa) is one of the most incident cancers worldwide but clinical and pathological parameters have limited ability to discriminate between clinically significant and indolent PCa. Altered expression of histone methyltransferases and histone methylation patterns are involved in prostate carcinogenesis. SMYD3 transcript levels have prognostic value and discriminate among PCa with different clinical aggressiveness, so we decided to investigate its putative oncogenic role on PCa.We silenced SMYD3 and assess its impact through in vitro (cell viability, cell cycle, apoptosis, migration, invasion assays) and in vivo (tumor formation, angiogenesis). We evaluated SET domain's impact in PCa cells' phenotype. Histone marks deposition on SMYD3 putative target genes was assessed by ChIP analysis.Knockdown of SMYD3 attenuated malignant phenotype of LNCaP and PC3 cell lines. Deletions affecting the SET domain showed phenotypic impact similar to SMYD3 silencing, suggesting that tumorigenic effect is mediated through its histone methyltransferase activity. Moreover, CCND2 was identified as a putative target gene for SMYD3 transcriptional regulation, through trimethylation of H4K20.Our results support a proto-oncogenic role for SMYD3 in prostate carcinogenesis, mainly due to its methyltransferase enzymatic activity. Thus, SMYD3 overexpression is a potential biomarker for clinically aggressive disease and an attractive therapeutic target in PCa.

Deteção remota na avaliação das alterações da cobertura do solo no Parque Nacional da Peneda-Gerês

Dissertação de mestrado integrado em Engenharia Civil

Exploring the factor structure of neurocognitive measures in older individuals

Here we focus on factor analysis from a best practices point of view, by investigating the factor structure of neuropsychological tests and using the results obtained to illustrate on choosing a reasonable solution. The sample (n=1051 individuals) was randomly divided into two groups: one for exploratory factor analysis (EFA) and principal component analysis (PCA), to investigate the number of factors underlying the neurocognitive variables; the second to test the "best fit" model via confirmatory factor analysis (CFA). For the exploratory step, three extraction (maximum likelihood, principal axis factoring and principal components) and two rotation (orthogonal and oblique) methods were used. The analysis methodology allowed exploring how different cognitive/psychological tests correlated/discriminated between dimensions, indicating that to capture latent structures in similar sample sizes and measures, with approximately normal data distribution, reflective models with oblimin rotation might prove the most adequate.

Biodegradação de Ochratoxin A por Pediococcus parvulus

Algumas bactérias do ácido láctico (BAL) são capazes de destoxificar micotoxinas através de processos de adsorção às suas paredes celulares ou através de processos de biotransformação em compostos menos tóxicos. Uma das micotoxinas mais importantes encontradas em produtos agrícolas é a ocratoxina A (OTA). A OTA é conhecida principalmente pela sua nefro e carcinogenicidade, estando classificada no Grupo 2B pelo IARC. O presente trabalho descreve a destoxificação de OTA por estirpes de Pediococcus parvulus que foram isoladas de vinhos do Douro. As estirpes foram identificadas e caracterizadas utilizando uma abordagem polifásica que utilizou métodos feno e genotípicos. Para identificar e caracterizar a sua capacidade para destoxificar a OTA, as estirpes foram cultivadas em meio MRS suplementado com esta micotoxina (1 µg/mL). A concentração de OTA, a temperatura de incubação e a concentração de inóculo foram os parâmetros cujo efeito na destoxificação foi avaliado. Verificou-se que a OTA foi degradada em OT pelas estirpes de P. parvulus em todas as condições testadas e que a estirpe tipo desta espécie não apresentou essa capacidade. Ademais, a OT foi confirmada por LC-MS/MS. A conversão de OTA em OT indica que a ligação amida presente na micotoxina foi hidrolisada por uma peptidase. Verificou-se também que a taxa de biodegradação da OTA depende do tamanho do inóculo e da temperatura de incubação. Às condições ótimas (10 9 CFU/mL e 30 ºC), 50% e 90% da OTA foi degradado em 6 e 19 h, respetivamente. Por outro lado, observou-se que as células mortas de P. parvulus adsorveram apenas 1,3% da OTA, o que exclui este mecanismo na eliminação da micotoxina pelas bactérias. A biodegradação de OTA por P. parvulus UTAD 473 foi também avaliada e observada em mostos de uvas. Experiências de vinificação foram também realizadas. Uma vez que algumas estirpes de P. parvulus têm propriedades probióticas relevantes, as estirpes isoladas de vinhos do Douro podem ser de particular interesse para aplicações em alimentos e rações de forma a neutralizar os efeitos tóxicos da OTA.

Zeolite-based nanomaterials for the control of opportunistic pathogenic microorganisms

Dissertação de mestrado em Applied Biochemistry (área de especialização em Biomedicine)

Contributos para a elucidação do modo de ação de própolis português: o caso do própolis do Pereiro

Dissertação de mestrado em Genética Molecular

Engineering a commercial cold-adapted xylanase for improved low pH stability

Dissertação de mestrado em Genética Molecular

Evaluation of bioactivities of a propolis sample (Gerês) of Portuguese origin

Dissertação de mestrado em Genética Molecular

The role of macroH2A1 in prostate carcinogenesis

Dissertação de mestrado em Genética Molecular

Construction of an innocuous Salmonella phage

Dissertação de mestrado em Bioengenharia

Novel strategies to combat gram-negative bacterial pathogens using bacteriophage proteins

Dissertação de mestrado em Bioengenharia

Estudo de estirpes probióticas como inoculantes de silagens para o controlo de micotoxinas

Dissertação de mestrado em Bioengenharia