Data integration from two microarray platforms identifies bi-allelic genetic inactivation of RIC8A in a breast cancer cell line

Background: Using array comparative genomic hybridization (aCGH), a large number of deleted genomic regions have been identified in human cancers. However, subsequent efforts to identify target genes selected for inactivation in these regions have often been challenging. Methods: We integrated here genome-wide copy number data with gene expression data and non-sense mediated mRNA decay rates in breast cancer cell lines to prioritize gene candidates that are likely to be tumour suppressor genes inactivated by bi-allelic genetic events. The candidates were sequenced to identify potential mutations. Results: This integrated genomic approach led to the identification of RIC8A at 11p15 as a putative candidate target gene for the genomic deletion in the ZR-75-1 breast cancer cell line. We identified a truncating mutation in this cell line, leading to loss of expression and rapid decay of the transcript. We screened 127 breast cancers for RIC8A mutations, but did not find any pathogenic mutations. No promoter hypermethylation in these tumours was detected either. However, analysis of gene expression data from breast tumours identified a small group of aggressive tumours that displayed low levels of RIC8A transcripts. qRT-PCR analysis of 38 breast tumours showed a strong association between low RIC8A expression and the presence of TP53 mutations (P = 0.006). Conclusion: We demonstrate a data integration strategy leading to the identification of RIC8A as a gene undergoing a classical double-hit genetic inactivation in a breast cancer cell line, as well as in vivo evidence of loss of RIC8A expression in a subgroup of aggressive TP53 mutant breast cancers.

Activation and persistence of implicit causality information in spoken language comprehension

A visual world eye-tracking study investigated the activation and persistence of implicit causality information in spoken language comprehension. We showed that people infer the implicit causality of verbs as soon as they encounter such verbs in discourse, as is predicted by proponents of the immediate focusing account (Greene & McKoon, 1995; Koornneef & Van Berkum, 2006; Van Berkum, Koornneef, Otten, & Nieuwland, 2007). Interestingly, we observed activation of implicit causality information even before people encountered the causal conjunction. However, while implicit causality information was persistent as the discourse unfolded, it did not have a privileged role as a focusing cue immediately at the ambiguous pronoun when people were resolving its antecedent. Instead, our study indicated that implicit causality does not affect all referents to the same extent, rather it interacts with other cues in the discourse, especially when one of the referents is already prominently in focus.

Finlandismer i fokus : Finlandssvenska studerandes syn på ett urval finlandismer och allmänsvenska ord och uttryck

Syftet med studien är att undersöka sydfinlandssvenska högskolestuderandes kännedom om och inställning till ett urval finlandssvenska ord och uttryck samt till dessa ords allmänsvenska motsvarigheter. För att undersöka detta har jag gjort en enkätundersökning bland svenskspråkiga högskolestuderande i Helsingfors. Jag undersöker i vilken utsträckning informanterna använder finlandssvenska ord och uttryck och i vilken utsträckning allmänsvenska. Jag undersöker även vilka finlandssvenska ord och uttryck de använder mest och vilka minst, samt vilka allmänsvenska ord och uttryck de använder mest och vilka minst. Dessutom undersöker jag om informanternas språkliga bakgrund har ett samband med deras kännedom om och användning av finlandssvenska respektive allmänsvenska ord och uttryck. Avsikten med den här undersökningen är att öka kunskapen om hur unga finlandssvenskar förhåller sig till sin finlandssvenska varietet samt till den allmänsvenska varieteten som de i vuxen ålder förutsätts behärska åtminstone i någon mån. Idén till enkätundersökningen kommer från Margareta Södergårds och Sofie Tjärus studie Blivande barnträdgårdslärares syn på finlandismer (2008). Urvalet finlandismer kommer från en mindre undersökning Goda och onda finlandismer som Mikael Reuter (2004) har gjort bland en grupp finlandssvenska och sverigesvenska språkvårdare. Sammanlagt ingår 55 finlandismer av olika slag i enkäten. För varje finlandism finns det även en eller fler allmänsvenska motsvarigheter och sammanlagt ingår därför 122 ord och uttryck i enkäten. Mina informanter är 162 studerande vid två svenska högskolor i Helsingfors. För att få reda på relevanta bakgrundsfakta om informanterna har jag använt samma formulär som Therese Leinonen i Svenskan i Finland ett språk i kläm? (Leinonen & Tandefelt 2000). Jag har utgående från informanternas generella språkanvändning delat in dem i tre grupper. En grupp vars vardag är finskdominerad, en vars vardag är svenskdominerad och en vars vardag utspelar sig till ungefär lika stor del på svenska som på finska. Undersökningen är kvantitativ och för att behandla materialet har statistikprogrammet SPSS använts. Studien visar att informanterna förhåller sig rätt lika till finlandismerna och de allmänsvenska orden och uttrycken. De känner ungefär lika bra till de finlandssvenska och de allmänsvenska orden och uttrycken, men de prefererar ändå i viss mån finlandismerna framför de allmänsvenska orden och uttrycken. Mina informanter förefaller i viss mån vara mer accepterande mot finskpåverkade finlandismer än vad Reuters (2004) informanter är, och de förhåller sig mindre positiva till metaforiska uttryck än vad Reuters informanter gör. Informanter med en svenskspråkig vardag verkar använda allmänsvenska ord och uttryck i högre utsträckning än vad informanterna med en finskspråkig vardag gör. Resultaten tyder dessutom på att informanterna med en svenskspråkig vardag också känner till fler allmänsvenska ord och uttryck även om de inte alltid själva är beredda att använda dem. Studien visar även att informanter med en svenskspråkig vardag använder en del metaforiska uttryck mer än vad informanterna med en finskspråkig vardag gör. Det är överlag tydligt att undersökningens informanter, finlandssvenska högskolestuderande från södra Finland, varken har en speciellt stor kännedom om metaforiska uttryck eller en speciellt positiv inställning till dessa. Bristande behärskning av metaforiska uttryck, idiom och kollokationer kan ses som ett första steg mot språkförlust och sett ur den synvinkeln är resultatet oroväckande. Det stärker den rådande uppfattningen att allt inte står helt rätt till med den svenska språkbehärskningen bland unga finlandssvenskar.