Habitat use and population dynamics of brown bears (Ursus arctos) in Scandinavia

Large carnivore populations are currently recovering from past extirpation efforts and expanding back into their original habitats. At the same time human activities have resulted in very few wilderness areas left with suitable habitats and size large enough to maintain populations of large carnivores without human contact. Consequently the long-term future of large carnivores depends on their successful integration into landscapes where humans live. Thus, understanding their behaviour and interaction with surrounding habitats is of utmost importance in the development of management strategies for large carnivores. This applies also to brown bears (Ursus arctos) that were almost exterminated from Scandinavia and Finland at the turn of the century, but are now expanding their range with the current population estimates being approximately 2600 bears in Scandinavia and 840 in Finland. This thesis focuses on the large-scale habitat use and population dynamics of brown bears in Scandinavia with the objective to develop modelling approaches that support the management of bear populations. Habitat analysis shows that bear home ranges occur mainly in forested areas with a low level of human influence relative to surrounding areas. Habitat modelling based on these findings allows identification and quantification of the potentially suitable areas for bears in Scandinavia. Additionally, this thesis presents novel improvements to home range estimation that enable realistic estimates of the effective area required for the bears to establish a home range. This is achieved through fitting to the radio-tracking data to establish the amount of temporal autocorrelation and the proportion of time spent in different habitat types. Together these form a basis for the landscape-level management of the expanding population. Successful management of bears requires also assessment of the consequences of harvest on the population viability. An individual-based simulation model, accounting for the sexually selected infanticide, was used to investigate the possibility of increasing the harvest using different hunting strategies, such as trophy harvest of males. The results indicated that the population can sustain twice the current harvest rate. However, harvest should be changed gradually while carefully monitoring the population growth as some effects of increased harvest may manifest themselves only after a time-delay. The results and methodological improvements in this thesis can be applied to the Finnish bear population and to other large carnivores. They provide grounds for the further development of spatially-realistic management-oriented models of brow bear dynamics that can make projections of the future distribution of bears while accounting for the development of human activities.

Vastakkainasettelusta takaisin neuvottelupöytiin - presidentti Ronald Reaganin neuvostosuhteet 1981-1987

Tutkielmassa tutkitaan Yhdysvaltain presidentti Ronald Reaganin (1911-2004) Neuvostoliittoa koskevaa retoriikkaa hänen käyttämissään julkisissa virallisissa puheissa. Tutkimuskohde on valittu siksi, että Reaganin kahden virkakauden välillä tapahtui merkittävä linjanmuutos juuri neuvostosuhteissa ja tämän tutkimuksen tarkoituksena on pyrkiä selittämään retoriikan merkitystä todellisuuteen. Ajanjakso on rajattu periodille 1981-1987, koska juuri tällä periodilla ratkaiseva retoriikan ja turvallisuuspoliittisen linjan muutos suhteessa Neuvostoliittoon tapahtui. Vedenjakajana on vuosi 1985 Reaganin toisen kauden alkaessa ja Mihail Gorbatšovin tullessa valtaan Neuvostoliitossa. Johdon vaihtuminen Neuvostoliitossa ajatellaan usein olevan ratkaiseva tekijä Yhdysvaltain ja Reaganin asenteiden muuttumiselle. Tutkimuksen avulla pyritään avaamaan diplomatian kulisseja, mitä todellisuudessa milloinkin tapahtui ja missä mentiin kilpavarustelun ja aseriisuntaneuvottelujen samanaikaisten ristiriitaisten vuorovaikutusten akanvirroissa. Aiemmassa tutkimuksessa on taustoitettu erityisesti aseriisuntaneuvottelujen historiaa myös Reaganin kolmen edeltäjän ajalta 1969-1981 periodilta sekä kuvattu Reaganin presidenttikauden pääkysymykset Neuvostoliiton suhteen. Aiemmassa tutkimuksessa on esitetty, että Reagan palasi neuvostopolitiikassaan käytännössä liennytyksen linjalle, merkittävänä retorisena erona kuitenkin, ettei tätä termiä virallisesti koskaan käytetty Reaganin aikana. Toisaalta Reagania on pidetty omalaatuisena ja hieman pinnallisena, kuitenkin retorisesti maan historian yhtenä taitavimmista presidenteistä. Reagan jatkoi pitkälti edeltäjänsä Jimmy Carterin jo käynnistämiä asevarusteluhankkeita mutta hän pyrki saamaan uuden alun neuvotteluilmapiiriin omalla täysin edeltäjistään poikkeavalla kovennetulla retoriikallaan. Varsinkin kautensa alkupuolella Reagan joutui hyvin haastavasti retorisesti todistelemaan haluaan rauhaan samalla kun hänen piti perustella uudet mittavat asevarusteluhankkeet omalle kansalleen. Erityisesti kiistanalainen SDI-avaruuspuolustushanke oli presidentin oma aloite, jota oli vaikeinta perustella riittävän uskottavasti kotimaassa ja varsinkin ulkomailla. Tutkielman tutkimusote on kvalitatiivinen ja induktiivinen. Metodina toimii retorinen analyysi. Retorisen pakottamisen mallia käyttämällä on tarkoituksena jäsentää retoriikan ja turvallisuuspolitiikan välistä yhteyttä sekä näin samalla paikantaa puheiden ja todellisuuden välistä kokonaisuutta. Tutkimuksen avulla pyritään tunnistamaan muutoksia retoriikan menetelmissä puheiden sisällä ja etsimään näiden muutosten syy-seuraussuhteita samanaikaisesti tapahtuneisiin kilpavarustelu –ja aseriisuntaprosesseihin. Lähtöoletuksena on että Reaganin kaudella tapahtunut kolmas johtajanvaihdos, Gorbatšovin valtaantulo oli merkittävä tekijä sekä Reaganin retoriikan että politiikan muuttumisessa. Tutkimus nojautuu pitkälti primaariaineistoon presidentti Reaganin virallisten puheiden toimiessa tärkeimpänä lähdemateriaalina. Merkittävin tutkimustulos on, että vuoden 1985 johtajavaihdos Neuvostoliitossa oli merkittävä tekijä Reaganin konkreettisessa suunnan muutoksessa Neuvostoliittoon nähden, mutta retoriikan tasolla tämä muutos ei ollut yhtä selvä. Hänen puheissaan oli vaihtelevia sävyjä sekä ennen että jälkeen Gorbatšovin valtaantulon. Reaganin sävy puheissa pehmeni jonkin verran, mutta kovistelevia sanoja 1985 jälkeenkin oli silti välillä kohtalaisen paljon ja toisaalta jo aiempien neuvostojohtajien aikana hän puhui välillä sovinnollisempaan sävyyn. Muutos retoriikan suhteen on ollut näin ollen varovaisempaa ja vaikeammin kohdistettavissa yhden tietyn tapahtuman seurauksena. Aseriisuntaneuvotteluissa sen sijaan mentiin selvästi eteenpäin johtajien 1985-1986 tapaamisten siivittämänä. Reagan oli retorisen pakottamisen mallin soveltamisessa pääsääntöisesti aloitteellinen osapuoli, joka halusi vaikuttaa merkittävästi muutoksiin erityisesti Neuvostoliiton sisällä.

Jälkimaterialismi traditiosidonnaisten varmuuksien hajotessa. Voiko Ronald Inglehartin hiljaista arvovallankumousta selittää refleksiivisen modernisaatioteorian kautta?

Tutkimuksessa tarkastellaan Ronald Inglehartin hiljaisen arvovallankumouksen teoriaa refleksiivisen modernisaatioteorian piiristä johdettujen vaihtoehtoisten yhteiskunnallisen epävarmuuden kasvuun liitty-vien selitysmallien kautta. Inglehartin teoria antaa ymmärtää, että modernisaation myötä käynnissä on ollut hiljainen prosessi, jossa aineellisen hyvinvoinnin ja turvallisuuden parissa kasvavat sukupolvet omaksuvat edeltäjiään jälkimaterialistisempia arvoja. Tutkimuksessa johdetaan Inglehartin teorialle kaksi rinnakkaista selitysmallia, jotka perustuvat Ulrich Beckin ja Anthony Giddensin modernisaatioteoretisoin-teihin. Ensimmäisessä mallissa Inglehartin määrittämää jälkimaterialismia pyritään selittämään Giddensin teorian avulla modernisaation myötä tapahtuvan traditioiden purkautumisen myötä yksilötasolla ilmenevän uudenlaisen autonomian kokemisen kautta, jolloin jälkimaterialismin oletetaan olevan yleisempää sellais-ten ihmisten keskuudessa, jotka traditioista irtautuessaan kykenevät onnistuneeseen itsereflektioon. Empiiristä mallinnusta varten koostetaan faktorianalyysillä kaksi Giddensin teoriaan perustuvaa jälkima-terialismia selittävää muuttujaa, joiden välinen yhteisvaikutus on tilastollisen analyysin keskiössä. Toinen malli perustuu Beckin riskiyhteiskuntateoretisointiin ja perustuu pitkälle kehittyneen modernisaa-tion mukanaan tuomien uudenlaisten riskien ja epävarmuuksien kokemiseen ja olettaa, että huolestunei-suus uudenlaisten riskien ja epävarmuuksien suhteen näkyy suurempana materialististen arvojen omak-sumisena. Selitysmalleja testataan empiirisesti ordinaalisella regression- sekä kovarianssianalyysillä World Values Survey 2005:n, European Values Study 2008:n sekä saksalaisen Political Attitudes, Political Participati-on and Voter Conduct in United Germany –surveyn vuosien 1994-2002 aineistoilla. Empiirisen analyysin perusteella kumpaakaan mallia ei kuitenkaan voida näyttää toteen käytettävissä olevilla aineistoilla. Tut-kimuksessa pyritään siten vielä problematisoimaan tutkimusasetelman operationalisointiin liittyviä on-gelmakohtia survey-aineistojen suhteen mahdollisten jatkotutkimuksien kannalta.

Vastakkainasettelusta takaisin neuvottelupöytiin - presidentti Ronald Reaganin neuvostosuhteet 1981-1987

Tutkielmassa tutkitaan Yhdysvaltain presidentti Ronald Reaganin (1911-2004) Neuvostoliittoa koskevaa retoriikkaa hänen käyttämissään julkisissa virallisissa puheissa. Tutkimuskohde on valittu siksi, että Reaganin kahden virkakauden välillä tapahtui merkittävä linjanmuutos juuri neuvostosuhteissa ja tämän tutkimuksen tarkoituksena on pyrkiä selittämään retoriikan merkitystä todellisuuteen. Ajanjakso on rajattu periodille 1981-1987, koska juuri tällä periodilla ratkaiseva retoriikan ja turvallisuuspoliittisen linjan muutos suhteessa Neuvostoliittoon tapahtui. Vedenjakajana on vuosi 1985 Reaganin toisen kauden alkaessa ja Mihail Gorbatšovin tullessa valtaan Neuvostoliitossa. Johdon vaihtuminen Neuvostoliitossa ajatellaan usein olevan ratkaiseva tekijä Yhdysvaltain ja Reaganin asenteiden muuttumiselle. Tutkimuksen avulla pyritään avaamaan diplomatian kulisseja, mitä todellisuudessa milloinkin tapahtui ja missä mentiin kilpavarustelun ja aseriisuntaneuvottelujen samanaikaisten ristiriitaisten vuorovaikutusten akanvirroissa. Aiemmassa tutkimuksessa on taustoitettu erityisesti aseriisuntaneuvottelujen historiaa myös Reaganin kolmen edeltäjän ajalta 1969-1981 periodilta sekä kuvattu Reaganin presidenttikauden pääkysymykset Neuvostoliiton suhteen. Aiemmassa tutkimuksessa on esitetty, että Reagan palasi neuvostopolitiikassaan käytännössä liennytyksen linjalle, merkittävänä retorisena erona kuitenkin, ettei tätä termiä virallisesti koskaan käytetty Reaganin aikana. Toisaalta Reagania on pidetty omalaatuisena ja hieman pinnallisena, kuitenkin retorisesti maan historian yhtenä taitavimmista presidenteistä. Reagan jatkoi pitkälti edeltäjänsä Jimmy Carterin jo käynnistämiä asevarusteluhankkeita mutta hän pyrki saamaan uuden alun neuvotteluilmapiiriin omalla täysin edeltäjistään poikkeavalla kovennetulla retoriikallaan. Varsinkin kautensa alkupuolella Reagan joutui hyvin haastavasti retorisesti todistelemaan haluaan rauhaan samalla kun hänen piti perustella uudet mittavat asevarusteluhankkeet omalle kansalleen. Erityisesti kiistanalainen SDI-avaruuspuolustushanke oli presidentin oma aloite, jota oli vaikeinta perustella riittävän uskottavasti kotimaassa ja varsinkin ulkomailla. Tutkielman tutkimusote on kvalitatiivinen ja induktiivinen. Metodina toimii retorinen analyysi. Retorisen pakottamisen mallia käyttämällä on tarkoituksena jäsentää retoriikan ja turvallisuuspolitiikan välistä yhteyttä sekä näin samalla paikantaa puheiden ja todellisuuden välistä kokonaisuutta. Tutkimuksen avulla pyritään tunnistamaan muutoksia retoriikan menetelmissä puheiden sisällä ja etsimään näiden muutosten syy-seuraussuhteita samanaikaisesti tapahtuneisiin kilpavarustelu –ja aseriisuntaprosesseihin. Lähtöoletuksena on että Reaganin kaudella tapahtunut kolmas johtajanvaihdos, Gorbatšovin valtaantulo oli merkittävä tekijä sekä Reaganin retoriikan että politiikan muuttumisessa. Tutkimus nojautuu pitkälti primaariaineistoon presidentti Reaganin virallisten puheiden toimiessa tärkeimpänä lähdemateriaalina. Merkittävin tutkimustulos on, että vuoden 1985 johtajavaihdos Neuvostoliitossa oli merkittävä tekijä Reaganin konkreettisessa suunnan muutoksessa Neuvostoliittoon nähden, mutta retoriikan tasolla tämä muutos ei ollut yhtä selvä. Hänen puheissaan oli vaihtelevia sävyjä sekä ennen että jälkeen Gorbatšovin valtaantulon. Reaganin sävy puheissa pehmeni jonkin verran, mutta kovistelevia sanoja 1985 jälkeenkin oli silti välillä kohtalaisen paljon ja toisaalta jo aiempien neuvostojohtajien aikana hän puhui välillä sovinnollisempaan sävyyn. Muutos retoriikan suhteen on ollut näin ollen varovaisempaa ja vaikeammin kohdistettavissa yhden tietyn tapahtuman seurauksena. Aseriisuntaneuvotteluissa sen sijaan mentiin selvästi eteenpäin johtajien 1985-1986 tapaamisten siivittämänä. Reagan oli retorisen pakottamisen mallin soveltamisessa pääsääntöisesti aloitteellinen osapuoli, joka halusi vaikuttaa merkittävästi muutoksiin erityisesti Neuvostoliiton sisällä.

Molecular Characterization of Viruses Causing the Cassava Brown Streak Disease Epidemic in Eastern Africa

Cassava brown streak disease (CBSD) was described for the first time in Tanganyika (now Tanzania) about seven decades ago. Tanganyika (now Tanzania) about seven decades ago. It was endemic in the lowland areas of East Africa and inland parts of Malawi and caused by Cassava brown streak virus (CBSV; genus Ipomovirus; Potyviridae). However, in 1990s CBSD was observed at high altitude areas in Uganda. The causes for spread to new locations were not known.The present work was thus initiated to generate information on genetic variability, clarify the taxonomy of the virus or viruses associated with CBSD in Eastern Africa as well as to understand the evolutionary forces acting on their genes. It also sought to develop a molecular based diagnostic tool for detection of CBSD-associated virus isolates. Comparison of the CP-encoding sequences of CBSD-associated virus isolates collected from Uganda and north-western Tanzania in 2007 and the partial sequences available in Genbank revealed occurrence of two genetically distinct groups of isolates. Two isolates were selected to represent the two groups. The complete genomes of isolates MLB3 (TZ:Mlb3:07) and Kor6 (TZ:Kor6:08) obtained from North-Western (Kagera) and North-Eastern (Tanga) Tanzania, respectively, were sequenced. The genomes were 9069 and 8995 nucleotides (nt), respectively. They translated into polyproteins that were predicted to yield ten mature proteins after cleavage. Nine proteins were typical in the family Potyviridae, namely P1, P3, 6K1, CI, 6K2, VPg, NIa-Pro, NIb and CP, but the viruses did not contain HC-Pro. Interestingly, genomes of both isolates contained a Maf/HAM1-like sequence (HAM1h; 678 nucleotides, 25 kDa) recombined between the NIb and CP domains in the 3’-proximal part of the genomes. HAM1h was also identified in Euphorbia ringspot virus (EuRSV) whose sequence was in GenBank. The HAM1 gene is widely spread in both prokaryotes and eukaryotes. In yeast (Saccharomyces cerevisiae) it is known to be a nucleoside triphosphate (NTP) pyrophosphatase. Novel information was obtained on the structural variation at the N-termini of polyproteins of viruses in the genus Ipomovirus. Cucumber vein yellowing virus (CVYV) and Squash vein yellowing virus (SqVYV) contain a duplicated P1 (P1a and P1b) but lack the HC-Pro. On the other hand, Sweet potato mild mottle virus (SPMMV), has a single but large P1 and has HC-Pro. Both virus isolates (TZ:Mlb3:07 & TZ:Kor6:08) characterized in this study contained a single P1 and lacked the HC-Pro which indicates unique evolution in the family Potyviridae. Comparison of 12 complete genomes of CBSD-associated viruses which included two genomes characterized in this study, revealed genetic identity of 69.0–70.3% (nt) and amino acid (aa) identities of 73.6–74.4% at polyprotein level. Comparison was also made among 68 complete CP sequences, which indicated 69.0-70.3 and 73.6-74.4 % identity at nt and aa levels, respectively. The genetic variation was large enough for dermacation of CBSD-associated virus isolates into two distinct species. The name CBSV was retained for isolates that were related to CBSV isolates available in database whereas the new virus described for the first time in this study was named Ugandan cassava brown streak virus (UCBSV) by the International Committee on Virus Taxonomy (ICTV). The isolates TZ:Mlb3:07 and TZ:Kor6:08 belong to UCBSV and CBSV, respectively. The isolates of CBSV and UCBSV were 79.3-95.5% and 86.3-99.3 % identitical at nt level, respectively, suggesting more variation amongst CBSV isolates. The main sources of variation in plant viruses are mutations and recombination. Signals for recombination events were detected in 50% of isolates of each virus. Recombination events were detected in coding and non-coding (3’-UTR) sequences except in the 5’UTR and P3. There was no evidence for recombination between isolates of CBSV and UCBSV. The non-synonomous (dN) to synonomous (dS) nucleotide substitution ratio (ω) for the HAM1h and CP domains of both viruses were ≤ 0.184 suggesting that most sites of these proteins were evolving under strong purifying selection. However, there were individual amino acid sites that were submitted to adaptive evolution. For instance, adaptive evolution was detected in the HAM1h of UCBSV (n=15) where 12 aa sites were under positive selection (P< 0.05) but not in CBSV (n=12). The CP of CBSV (n=23) contained 12 aa sites (p<0.01) while only 5 aa sites in the CP gene of UCBSV were predicted to be submitted to positive selection pressure (p<0.01). The advantages offered by the aa sites under positive selection could not be established but occurrence of such sites in the terminal ends of UCBSV-HAMIh, for example, was interpreted as a requirement for proteolysis during polyprotein processing. Two different primer pairs that simultaneously detect UCBSV and CBSV isolates were developed in this study. They were used successfully to study distribution of CBSV, UCBSV and their mixed infections in Tanzania and Uganda. It was established that the two viruses co-infect cassava and that incidences of co-infection could be as high as 50% around Lake Victoria on the Tanzanian side. Furthermore, it was revealed for the first time that both UCBSV and CBSV were widely distributed in Eastern Africa. The primer pair was also used to confirm infection in a close relative of cassava, Manihot glaziovii (Müller Arg.) with CBSV. DNA barcoding of M. glaziovii was done by sequencing the matK gene. Two out of seven M. glaziovii from the coastal areas of Korogwe and Kibaha in north eastern Tanzania were shown to be infected by CBSV but not UCBSV isolates. Detection in M. glaziovii has an implication in control and management of CBSD as it is likely to serve as virus reservoir. This study has contributed to the understanding of evolution of CBSV and UCBSV, which cause CBSD epidemic in Eastern Africa. The detection tools developed in this work will be useful in plant breeding, verification of the phytosanitary status of materials in regional and international movement of germplasm, and in all diagnostic activities related to management of CBSD. Whereas there are still many issues to be resolved such as the function and biological significance of HAM1h and its origin, this work has laid a foundation upon which the studies on these aspects can be based.