Molecular methods for the epidemiological analysis of methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) and Streptococcus pneumoniae

Methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) and Streptococcus pneumoniae are major health problems worldwide, both found in symptomless carriage but also causing even life-threatening infections. The aim of this thesis was to characterise MRSA and S. pneumoniae in detail by using several molecular typing methods for various epidemiological purposes: clonality analysis, epidemiological surveillance, outbreak investigation, and virulence factor analysis. The characteristics of MRSA isolates from the strain collection of the Finnish National Infectious Disease Register (NIDR) and pneumococcal isolates collected from military recruits and children with acute otitis media (AOM) were analysed using various typing techniques. Antimicrobial susceptibility testing, pulsed-field gel electrophoresis (PFGE), multilocus sequence typing (MLST), spa typing, staphylococcal cassette chromosome mec (SCCmec) typing, and the detection of Panton-Valentine leukocidin (PVL) genes were performed for MRSA isolates. Pneumococcal isolates were analysed using antimicrobial susceptibility testing, serotyping, MLST, and by detecting pilus islet 1 (PI-1) and 2 (PI-2) genes. Several international community- and hospital-associated MRSA clones were recognised in Finland. The genetic diversity among MRSA FIN-4 isolates and among FIN-16 isolates was low. Overall, MRSA blood isolates from 1997 to 2006 were genetically diverse. spa typing was found to be a highly discriminatory, rapid and accurate typing method and it also qualifies as the primary typing method in countries with a long history of PFGE-based MRSA strain nomenclature. However, additional typing by another method, e.g. PFGE, is needed in certain situations to be able to provide adequate discrimination for epidemiological surveillance and outbreak investigation. An outbreak of pneumonia was associated with one pneumococcal strain among military recruits, previously healthy young men living in a crowded setting. The pneumococcal carriage rate after the outbreak was found to be exceptionally high. PI-1 genes were detected at a rather low prevalence among pneumococcal isolates from children with AOM. However, the study demonstrated that PI-1 has existed among pneumococcal isolates prior to pneumococcal conjugate vaccine and the increased antimicrobial resistance era. Moreover, PI-1 was found to associate with the serotype rather than the genotype. This study adds to our understanding of the molecular epidemiology of MRSA strains in Finland and the importance of an appropriate genotyping method to be able to perform high-level laboratory-based surveillance of MRSA. Epidemiological and molecular analyses of S. pneumoniae add to our knowledge of the characteristics of pneumococcal strains in Finland.

Paradox between democracy and security- case study on Pakistan

Pro gradu-tutkielma tutkii demokratian ja turvallisuuden paradoksia Pakistanissa esitellen kuusi tekijää, jotka vaikuttavat kyseiseen paradoksiin. Näitä tekijöitä ovat historiallinen kehitys; eliittihallinto; taloudellinen kehitys; Pakistanin poliittisten tekijöiden demokratian eri määritelmät; opetuksen puuttuminen; ja valtataistelu hallituksen, armeijan, tiedustelupalvelun, oikeusjärjestelmän, poliittisten puolueiden sekä eri heimojen, uskonnollisten ja etnisten ryhmien välillä. Tutkimus tarkastelee myös sitä miten nämä tekijät vaikuttavat demokratian kehitykseen Pakistanissa. Keskeinen argumentti on, että länsimainen demokratia ei esiinny eikä toimi Pakistanissa vallitsevissa oloissa, etenkin historiallisen kehityksen ja ulkoisen turvallisuuden takia. Pro gradu-tutkielma käyttää sekundäärisiä lähteitä, kuten kirjoja, artikkeleita, maaraportteja, kommentaareja sekä omiin kokemuksiin perustuvia havaintoja Pakistanin matkalta 2010-2011. Keskeiset teoriat gradussa ovat Guillermo O’ Donnelin delegaattidemokratia sekä Duncan McCargon eliittihallintoteoria, jotka yhdessä selittävät historiallista kehitystä ja eliittihallinnon dynamiikkaa, mitkä johtavat paradoksiin. Kautta historian armeija on hallinnut Pakistania, ja siviilihallinto on ainoastaan neljä kertaa onnistunut olemaan vallassa, mutta silloinkin siviilihallinto päättyi korruptioväitteisiin tai armeijan vallankaappaukseen. Armeijahallinnoille on luonteenomaista hyvät suhteet USA:n, positiivinen taloudellinen kehitys ja vakaus, kun taas siviilihallinnot ovat epävakaita ja korruptoituneita. Tämä kehitys on paradoksin tausta, joka rakentuu turvallisuuspoliittisen tilanteen pohjalle eli hallitusten ja muiden tekijöiden yritykseen löytää vastapaino Intian uhalle. Tämä on ollut keskeinen huoli kelle tahansa poliittiselle päättäjälle itsenäisyydestä lähtien. Loputon valtataistelu eri poliittisten tekijöiden kesken sekä eliittihallinto pitävät yllä paradoksia, koska eliitit ovat kiinnostuneempia oman valtansa säilyttämisestä kuin kansan tahdon huomioonottamisesta. Koska valtaosa ihmisistä ei ole koulutettuja, he ovat paljolti kiinnostuneita omasta selviytymisestään, ja tämän takia sekä kansa että eliitit suosivat armeijahallintoa, koska se tuo vakautta ja taloudellista kehitystä. Sen vuoksi vallitsevissa oloissa demokratian tulevaisuus Pakistanissa näyttää huonolta, koska liberaalidemokratian vaatimukset eivät täyty puoliksi vapaan oikeussysteemin, puoliksi vapaan lehdistön, valtavan korruption ja monien ihmisoikeusloukkauksien takia unohtamatta armeijan ja tiedustelupalvelun sekaantumista siviilihallintoon.