N-acetyl-β-D-glucosaminidaasi-entsyymiaktiivisuus normaalimaidossa sekä utaretulehdusta sairastavien lypsylehmien maidossa.

N-acetyl-β-D-glucosaminidaasi (NAGaasi) on glykosidaaseihin kuuluva, solujen lysosomeissa esiintyvä entsyymi, jota vapautuu maitoon utaretulehduksen aikana vaurioituneista utareen epiteelisoluista, neutrofiileistä ja makrofageista. NAGaasientsyymiaktiivisuuden on useissa tutkimuksissa havaittu korreloivan utareen tulehdustilan ja maidon soluluvun (SCC) kanssa ja sitä on ehdotettu käytettäväksi utareen epiteelisolutuhon mittaamiseen yksinään tai yhdistettynä SCC:n määritykseen. Koska saostuminen ei häiritse NAGaasi-entsyymiaktiivisuuden mittausta maidosta, entsyymiaktiivisuus ei muutu maitoa säilytettäessä ja entsyymin mittaaminen on melko yksinkertaista ja nopeaa, menetelmä vaikuttaisi sopivan hyvin seulontatestiksi piileville utaretulehduksille. NAGaasin käyttö on toistaiseksi rajoittunut tutkimuskäyttöön. Sen hyödyntämistä vaikeuttaa se, että terveille lehmille eri tutkimuksissa määritetyissä NAGaasi-entsyymiaktiivisuuden viitearvoissa on suurta vaihtelua. NAGaasi-entsyymiaktiivisuus maidossa on useiden tutkimusten mukaan korkeampi silloin, kun tulehduksen on aiheuttanut jokin merkittävä patogeeni kuin silloin, kun tulehduksen taustalla on vähäpätöinen patogeeni. Lypsykauden vaiheen on havaittu vaikuttavan maidon NAGaasi-entsyymiaktiivisuuteen siten, että aktiivisuudet ovat korkeampia heti poikimisen jälkeen ja lypsykauden lopulla. On myös havaittu, että normaalimaidossa NAGaasi-entsyymiaktiivisuus on hieman korkeampi loppumaidossa kuin alkumaidossa. Poikimakerran vaikutuksista NAGaasi-entsyymiaktiivisuuteen on ristiriitaisia tutkimustuloksia. Tämän tutkimuksen tavoitteena oli määrittää NAGaasi-entsyymiaktiivisuuden viitearvot terveen sekä utaretulehdusta sairastavan lypsylehmän maidossa, sekä selvittää tulehduksen voimakkuuden, aiheuttajapatogeenin, poikimakerran ja lypsykauden vaiheen vaikutusta kyseisen entsyymin aktiivisuuteen maidossa. Tutkimusaineistossa oli mukana kaikkiaan 838 vuosina 2000–2010 otettua maitonäytettä 62 eri lypsykarjatilalta Suomesta ja Virosta. Normaalimaidon NAGaasi-entsyymiaktiivisuuden viitearvot määritettiin yhdeksältä suomalaiselta lypsykarjatilalta kerätyistä 196 maitonäytteestä, jotka täyttivät asettamamme normaalimaidon kriteerit. Normaalimaidon kriteerit olivat seuraavat: SCC < 100 000, lehmällä ei ole utaretulehduksen oireita, poikimisesta on kulunut aikaa yli 30 vuorokautta ja edellisestä lypsystä yli 6 tuntia. NAGaasi-entsyymiaktiivisuus mitattiin modifioidulla Mattilan menetelmällä (Mattila 1985) vakioiduissa olosuhteissa. Aineisto analysoitiin käyttäen Stata Intercooler tilasto-ohjelman versiota 11.0 (Stata Corporation, Texas, USA). Maidon NAGaasientsyymiaktiivisuuteen terveessä neljänneksessä vaikuttavia tekijöitä tutkittiin lineaarisella sekamallilla, jossa sekoittavana tekijänä oli tila. SCC:n ja NAGaasi-entsyymiaktiivisuuden korrelaatiota arvioitiin terveillä lehmillä, piilevää utaretulehdusta sairastaneilla lehmillä ja koko aineistossa. Korrelaatiot laskettiin Pearsonin korrelaatiokertoimella. Tilastollisesti merkitsevänä raja-arvona kaikissa analyyseissä pidettiin p < 0.05. Normaalimaidon NAGaasi-entsyymiaktiivisuuden viitearvoiksi lehmillä, joilla poikimisesta oli kulunut yli 30 vrk, saatiin 0,09–1,04 pmol/min/μl maitoa. Verrattuna normaalimaidon NAGaasi-entsyymiaktiivisuuksien keskiarvoon (0,56) ja piilevää utaretulehdusta sairastaneiden lehmien NAGaasi-entsyymiaktiivisuuksien keskiarvoon (2,49), kliinistä utaretulehdusta sairastavien lehmien maidon NAGaasi-entsyymiaktiivisuus oli keskimäärin selvästi korkeampi (16,65). Keskiarvoissa oli selvä ero paikallisoireisten (12,24) ja yleisoireisten (17,74) lehmien välillä. Terveiden neljännesten maitonäytteistä määritetyn NAGaasi-entsyymiaktiivisuuden ja SCC:n välillä ei havaittu korrelaatiota. Piilevässä utaretulehduksessa havaittiin positiivinen korrelaatio (0,74) maidon NAGaasientsyymiaktiivisuuden ja SCC:n välillä. NAGaasi-entsyymiaktiivisuuteen vaikuttivat tilastollisesti merkitsevästi SCC, poikimisesta kulunut aika ja poikimakerta. Eri patogeeniryhmien osalta havaitsimme, että neljänneksissä, joista eristettiin vähäpätöinen patogeeni, NAGaasi-entsyymiaktiivisuus oli selvästi matalampi kuin neljänneksissä, joista eristettiin merkittävä patogeeni. NAGaasi-entsyymiaktiivisuuden keskiarvoksi vähäpätöisille patogeeneille (KNS, koryneformi) saatiin 2,82 ja merkittäville patogeeneille (S. aureus, Str. uberis, Str, agalactiae, Str. dysgalactiae, E.coli) 16,87.

Vitamin D deficiency in children with chronic illnesses: Predisposing and protecting factors

This thesis assesses clinical differences in patients with low and high vitamin D levels. The factors analyzed included the underlying disease, body size, age, ethnic background, use of vitamin D supplements and the season when the blood sample was taken. Fifty patients with the lowest and 50 patients with the highest vitamin D concentrations were selected from a cohort of 1351 chronically ill children and adolescents who had had their vitamin D status assessed at Children's Hospital. Protective factors appeared to be the usage of vitamin D supplements and young age, especially age <2 years. Predisposing factors included non-Finnish ethnic background and older age, especially age 12-18 years. High vitamin D values were more prevalent in the summer and autumn and low values in the winter and spring. Patients with non-Finnish background were overrepresented in the low value group. No differences regarding the underlying diseases could be detected. Conclusions: In the Northern latitudes UVB-radiation is insufficient for vitamin D synthesis. Vitamin D recommendations appear to be inadequate to fulfill the needs of chronically ill patients whose requirements for vitamin D are elevated compared to the general population. New guidelines for vitamin D supplementation are needed particularly for those at risk of developing vitamin D deficiency.

Sensitivity of wetland methane emissions to model assumptions: application and model testing against site observations

Abstract. Methane emissions from natural wetlands and rice paddies constitute a large proportion of atmospheric methane, but the magnitude and year-to-year variation of these methane sources is still unpredictable. Here we describe and evaluate the integration of a methane biogeochemical model (CLM4Me; Riley et al., 2011) into the Community Land Model 4.0 (CLM4CN) in order to better explain spatial and temporal variations in methane emissions. We test new functions for soil pH and redox potential that impact microbial methane production in soils. We also constrain aerenchyma in plants in always-inundated areas in order to better represent wetland vegetation. Satellite inundated fraction is explicitly prescribed in the model because there are large differences between simulated fractional inundation and satellite observations. A rice paddy module is also incorporated into the model, where the fraction of land used for rice production is explicitly prescribed. The model is evaluated at the site level with vegetation cover and water table prescribed from measurements. Explicit site level evaluations of simulated methane emissions are quite different than evaluating the grid cell averaged emissions against available measurements. Using a baseline set of parameter values, our model-estimated average global wetland emissions for the period 1993–2004 were 256 Tg CH4 yr−1, and rice paddy emissions in the year 2000 were 42 Tg CH4 yr−1. Tropical wetlands contributed 201 Tg CH4 yr−1, or 78 % of the global wetland flux. Northern latitude (>50 N) systems contributed 12 Tg CH4 yr−1. We expect this latter number may be an underestimate due to the low high-latitude inundated area captured by satellites and unrealistically low high-latitude productivity and soil carbon predicted by CLM4. Sensitivity analysis showed a large range (150–346 Tg CH4 yr−1) in predicted global methane emissions. The large range was sensitive to: (1) the amount of methane transported through aerenchyma, (2) soil pH (± 100 Tg CH4 yr−1), and (3) redox inhibition (± 45 Tg CH4 yr−1).

FIN-CLARIN: A Framework for Depositing and Disseminating Language Resources for R&D

Researchers and developers in academia and industry would benefit from a facility that enables them to easily locate, licence and use the kind of empirical data they need for testing and refining their hypotheses and to deposit and disseminate their data e.g. to support replication and validation of reported scientific experiments. To answer these needs initially in Finland, there is an ongoing project at University of Helsinki and its collaborators to create a user-friendly web service for researchers and developers in Finland and other countries. In our talk, we describe ongoing work to create a palette of extensive but easily available Finnish language resources and technologies for the research community, including lexical resources, wordnets, morphologically tagged corpora, dependency syntactic treebanks and parsebanks, open-source finite state toolkits and libraries and language models to support text analysis and processing at customer site. Also first publicly available results are presented.