Tandemmassaspektrometrinen menetelmä neutraalien isomeeristen oligosakkaridien rakenteen määrittämisessä

Tutkimuksen tavoitteena oli ottaa käyttöön tandemmassaspektrometrinen (MS/MS) menetelmä, jolla voidaan analysoida polysakkarideista purkautuneiden oligosakkaridien rakenteita. Tavoitteena oli, että menetelmällä voidaan määrittää glykosidisten sidosten eri asemat monosakkaridirakenteiltaan samanlaisista neutraaleista lineaarisista oligosakkarideista. Kirjallisuustutkimuksessa tarkasteltiin oligosakkaridien rakenteiden määrittämiseen käytettyjä MS/MS-menetelmiä ja oligosakkaridien pilkkoutumisreaktioita MS/MS-analyysissa. Kirjallisuuden perusteella MS/MS-analyysissa oligosakkaridien pilkkoutuminen voi tapahtua joko glykosidisen sidoksen katkeamisella tai monosakkaridirenkaan halkeamisella. Monosakkaridirenkaan pilkkoutumisesta muodostuvia tuoteioneja voidaan käyttää glykosidisen sidoksen aseman määrittämiseen. Kokeellisessa tutkimuksessa selvitettiin aluksi monosakkaridirakenteiltaan isomeerisilla disakkaridimalliaineilla glykosidisen sidoksen sijainnin vaikutus disakkaridin pilkkoutumiseen MS/MS-analyysissa. Tämän jälkeen pyrittiin löytämään tunnetuista tri- ja tetrasakkaridimalliaineista näitä eri sidoksille tyypillisiä tuoteionien jakaumia. Tunnettujen tri- ja tetrasakkaridien pilkkoutuminen yhdenmukaisesti disakkaridien pilkkoutumisen kanssa antaisi mahdollisuuden pitkäketjuisempien oligosakkaridien glykosidisten sidosten tunnistamiseen sovelletulla MS/MS-menetelmällä. MS/MS-analyysit tehtiin ioniloukkumassadetektorilaitteistolla käyttäen sähkösumutusionisaatiota (ESI). Oligosakkaridit määritettiin positiivisella ionisaatiolla litium- ja natriumaddukti-ioneina ja negatiivisella ionisaatiolla kloridiaddukti-ioneina. Vertaamalla tri- ja tetrasakkarideista MS/MS-analyyseissa muodostuneita tuoteioneja disakkarideista muodostuneisiin tuoteioneihin, voitiin sekä positiivisella että negatiivisella ionisaatiolla määrittää oligosakkaridin pelkistävän pään sidoksen asema. Negatiivisella ionisaatiolla tri- ja tetrasakkarideista muodostuneista tuoteioneista voitiin määrittää myös muiden kuin pelkistävän pään sidosten asemia. Positiivisella ionisaatiolla muiden sidosten määrittäminen ei ollut mahdollista, koska rengasfragmentti-ioneja muodostui pääosin oligosakkaridin pelkistävästä päästä. Glykosidisen sidoksen katkeamisesta muodostuneet tuoteionit analysoitiin edelleen MS3-analyysilla. MS3-analyysissa muodostuneista tuoteioneista ei voitu tulkita sidosten asemia, koska lähtöionit koostuivat sekä terminaalisen että pelkistävän pään isomeerisista ioneista.

Desorptioilmanpainefotoionisaatio- ja desorptiosähkösumutusionisaatio-massaspektrometria lipidien analytiikassa

Lipidit ovat rasvaliukoisia kudoksesta peräisin olevia yhdisteitä, joilla on monia eri fysiologisia tehtäviä. Lipidien analyysimenetelmien kehittämien on tärkeää, sillä niiden esiintymistä elimistössä voidaan käyttää biomarkkerina sairauksien diagnostiikassa ja apuna sairauksien kehittymismekanismien tutkimisessa. Lipideihin kuuluu polaarisuudeltaan ja rakenteeltaan hyvin erilaisia yhdisteitä. Niiden massaspektrometria-analytiikassa on aikaisemmin käytetty useita erilaisia ionisaatiomenetelmiä, jotka vaativat näytteen esikäsittelyn ennen analyysia. Desorptiosähkösumutusionisaatio-massaspektrometria (DESI-MS) ja desorptio-ilmanpainefotoionisaatio-massaspektrometria (DAPPI-MS) ovat uusia ionisaatio-menetelmiä, jotka mahdollistavat yhdisteiden analysoinnin suoraan eri matriiseista, kuten kudosnäytteistä, usein ilman esikäsittelyä. DESI-MS soveltuu parhaiten suhteellisen polaaristen yhdisteiden analytiikkaan, kun taas DAPPI:lla voidaan ionisoida myös poolittomia yhdisteitä. DESI-MS:lla on jo aikaisemmin analysoitu erilaisia lipidejä, kun taas DAPPI-MS:lla on aikaisemmin analysoitu vain steroideja. DAPPI- ja DESI-MS:lla tutkittiin erilaisten lipidien (fosfolipidit, triglyseridit, rasvahapot, rasvaliukoiset vitamiinit ja steroidit) ionisoitumista. Molemmilla menetelmillä optimoitiin standardiyhdisteille mittausolosuhteet. Lipidejä analysoitiin myös suoraan farmaseuttisista valmisteista. DAPPI:n ja DESI:n soveltuvuudessa erilaisten lipidien ionisoimiseen oli jonkin verran eroja. DAPPI toimi hyvin varsinkin poolittomampien lipidien, eli triglyseridien, steroidien, vitamiinien ja rasvahappojen ionisaatiossa, mutta huonosti hieman polaarisempien ja herkästi hajoavien fosfolipidien ionisaatiossa. Fosfolipidit fragmentoituivat DAPPI-ionisaatiossa, eikä moolimassatiedon sisältävää ionia saatu näkyviin. DESI puolestaan toimii hyvin fosfolipidien ionisoimisessa ja melko hyvin myös muiden tutkittavien lipidien ionisoimisessa, lukuunottamatta kaikkein poolittomimpia lipidejä. Uutta tietoa tutkimuksessa saatiin varsinkin DAPPI:n soveltuvuudesta erilaisten lipidien analytiikkaan. Tulosten perusteella voidaan sanoa, että DAPPI toimii yhtä hyvin tai jopa DESI:a paremmin useiden eri lipidien analytiikkassa. Menetelmää tulisi kuitenkin kehittää edelleen, jotta fosfolipidien, jotka ovat elimistön tärkeä lipidiryhmä, analysointi onnistuisi DAPPI:lla. Työssä ei analysoitu lipidejä suoraan kudosnäytteestä, joten DAPPI:n soveltuvuudesta lipidien analysointiin suoraan kudosnäytteistä ei voida tehdä johtopäätöksiä tämän työn perusteella.

Algorithms for Exact Structure Discovery in Bayesian Networks

Bayesian networks are compact, flexible, and interpretable representations of a joint distribution. When the network structure is unknown but there are observational data at hand, one can try to learn the network structure. This is called structure discovery. This thesis contributes to two areas of structure discovery in Bayesian networks: space--time tradeoffs and learning ancestor relations. The fastest exact algorithms for structure discovery in Bayesian networks are based on dynamic programming and use excessive amounts of space. Motivated by the space usage, several schemes for trading space against time are presented. These schemes are presented in a general setting for a class of computational problems called permutation problems; structure discovery in Bayesian networks is seen as a challenging variant of the permutation problems. The main contribution in the area of the space--time tradeoffs is the partial order approach, in which the standard dynamic programming algorithm is extended to run over partial orders. In particular, a certain family of partial orders called parallel bucket orders is considered. A partial order scheme that provably yields an optimal space--time tradeoff within parallel bucket orders is presented. Also practical issues concerning parallel bucket orders are discussed. Learning ancestor relations, that is, directed paths between nodes, is motivated by the need for robust summaries of the network structures when there are unobserved nodes at work. Ancestor relations are nonmodular features and hence learning them is more difficult than modular features. A dynamic programming algorithm is presented for computing posterior probabilities of ancestor relations exactly. Empirical tests suggest that ancestor relations can be learned from observational data almost as accurately as arcs even in the presence of unobserved nodes.

Valikoiva muuttoliike Uudellamaalla

This thesis explores selective migration in Greater Helsinki region from the perspective of counterurbanisation. The aim of the study is to research whether the migration is selective by migrants age, education, income level or the rate of employment and to study any regional patterns formed by the selectivity. In the Helsinki region recent migratory developments have been shifting the areas of net migration gain away from the city of Helsinki to municipalities farther off on the former countryside. There has been discussion about Helsinki s decaying tax revenue base and whether the city s housing policy has contributed to the exodus of wealthier households. The central question of the discussion is one of selective migration: which municipalities succeed in capturing the most favourable migrants and which will lose in the competition. Selective migration means that region s in-migrants and out-migrants significantly differ from each other demographically, socially and economically. Sometimes selectivity is also understood as some individuals greater propensity to migrate than others but the proper notion for this would be differential migration. In Finnish parlance these two concepts have tended to get mixed up. The data of the study covers the total migration of the 34 municipalities of Uusimaa provinces during the years 2001 to 2003. The data was produced by Statistics Finland. Two new methods of representing the selectivity of migration as a whole were constructed during the study. Both methods look at the proportions of favourably selected migrants in regions inward and outward migrant flow. A large share in the inward flow and a small share in the outward flow is good for region s economy and demography. The first method calculates the differences of the proportions of favourably selected four migrant groups and sums the differences up. The other ranks the same proportions between regions giving value 1 to the largest proportion in inward flow and 34 to the smallest, and respectively in outward flow the smallest proportion gets value 1 and the largest 34. The total sum of the ranks or differences in proportions represents region s selectivity of migration. The results show that migration is indeed selective in the Greater Helsinki region. There also seems to be a spatial pattern centred around the Helsinki metropolitan region. The municipalities surrounding the four central communes are generally better of than those farther away. Not only these eight municipalities of the so called capital region benefit from the selective migration, but the favourable structure of migration extends to some of the small municipalities farther away. Some municipalities situated along the main northbound railway line are not coming through as well as other municipalities of the capital region. The selectivity of migration in Greater Helsinki region shows signs of counter-urbanisation. People look for suburban or small-town lifestyle no longer from Espoo or Vantaa, the neighbouring municipalities to Helsinki, but from the municipalities surrounding these two or even farther off. This kind of pattern in selective migration leads to unbalanced development in population structure and tax revenue base in the region. Migration to outskirts of the urban area also leads to urban sprawl and fragmentation of the urban structure: these issues have ecological implications. Selective migration should be studied more. Also the concept itself needs clearer definition and so do the methods to study the selectivity of migration.