Identifying Genetic Risk Factors in Canine Autoimmune Disorders

Autoimmune diseases are more common in dogs than in humans and are already threatening the future of some highly predisposed dog breeds. Susceptibility to autoimmune diseases is controlled by environmental and genetic factors, especially the major histocompatibility complex (MHC) gene region. Dogs show a similar physiology, disease presentation and clinical response as humans, making them an excellent disease model for autoimmune diseases common to both species. The genetic background of canine autoimmune disorders is largely unknown, but recent annotation of the dog genome and subsequent development of new genomic tools offer a unique opportunity to map novel autoimmune genes in various breeds. Many autoimmune disorders show breed-specific enrichment, supporting a strong genetic background. Furthermore, the presence of hundreds of breeds as genetic isolates facilitates gene mapping in complex autoimmune disorders. Identification of novel predisposing genes establishes breeds as models and may reveal novel candidate genes for the corresponding human disorders. Genetic studies will eventually shed light on common biological functions and interactions between genes and the environment. This study aimed to identify genetic risk factors in various autoimmune disorders, including systemic lupus erythematosus (SLE)-related diseases, comprising immune-mediated rheumatic disease (IMRD) and steroid-responsive meningitis arteritis (SMRA) as well as Addison s disease (AD) in Nova Scotia Duck Tolling Retrievers (NSDTRs) and chronic superficial keratitis (CSK) in German Shepherd dogs (GSDs). We used two different approaches to identify genetic risk factors. Firstly, a candidate gene approach was applied to test the potential association of MHC class II, also known as a dog leukocyte antigen (DLA) in canine species. Secondly, a genome-wide association study (GWAS) was performed to identify novel risk loci for SLE-related disease and AD in NSDTRs. We identified DLA risk haplotypes for an IMRD subphenotype of SLE-related disease, AD and CSK, but not in SMRA, and show that the MHC class II gene region is a major genetic risk factor in canine autoimmune diseases. An elevated risk was found for IMRD in dogs that carried the DLA-DRB1*00601/DQA1*005011/DQB1*02001 haplotype (OR = 2.0, 99% CI = 1.03-3.95, p = 0.01) and for ANA-positive IMRD dogs (OR = 2.3, 99% CI = 1.07-5.04, p-value 0.007). We also found that DLA-DRB1*01502/DQA*00601/DQB1*02301 haplotype was significantly associated with AD in NSDTRs (OR = 2.1, CI = 1.0-4.4, P = 0.044) and the DLA-DRB1*01501/DQA1*00601/DQB1*00301 haplotype with the CSK in GSDs (OR=2.67, CI=1.17-6.44, p= 0.02). In addition, we found that homozygosity for the risk haplotype increases the risk for each disease phenotype and that an overall homozygosity for the DLA region predisposes to CSK and AD. Our results have enabled the development of genetic tests to improve breeding practices by avoiding the production of puppies homozygous for risk haplotypes. We also performed the first successful GWAS for a complex disease in dogs. With less than 100 cases and 100 controls, we identified five risk loci for SLE-related disease and AD and found strong candidate genes involved in a novel T-cell activation pathway. We show that an inbred dog population has fewer risk factors, but each of them has a stronger genetic risk. Ongoing studies aim to identify the causative mutations and bring new knowledge to help diagnostics, treatment and understanding of the aetiology of SLE-related diseases.

Suomalaisen alkuperäiskarjan liha – kuluttajien osto- ja maksuhalukkuus

Tutkielman tavoitteena on selvittää suomalaisen alkuperäiskarjan lihan potentiaalista kysyntää. Alkuperäiskarjan lihan erikoistuotemarkkinat voivat auttaa pitämään uhanalaiset, kotimaiset karjarodut tuotantokäytössä. Näin ollen erikoistuotemarkkinat voivat auttaa arvokkaiden suomalaisten eläingeenivarojen säilyttämisessä. Koska alkuperäiskarjan lihan tuotannon kannattavuus riippuu lihasta saatavasta lisähinnasta, tutkimuksen tavoitteena on myös tutkia, millainen kuluttajien maksuhalukkuus alkuperäiskarjan lihasta on verrattuna tavanomaiseen lihaan. Tutkimusaineisto kerättiin Maa- ja elintarviketalouden tutkimuskeskuksen ja Kuluttajatutkimuskeskuksen suunnittelemalla kyselytutkimuksella keväällä 2010. Tutkimuksessa käytettiin ehdollisen käyttäytymisen ja ehdollisen arvottamisen menetelmiä ja sen otoskoko on 1623. Kuluttajien ostohalukkuutta ja siihen vaikuttavia tekijöitä tutkittiin sekä binäärisen että ordinaalisen regression malleilla. Kuluttajien maksuhalukkuutta alkuperäiskarjan lihasta ja siihen vaikuttavia tekijöitä tutkittiin grouped data -mallin avulla. Malleissa käytettiin selittävinä muuttujina sosioekonomisten muuttujien lisäksi kuluttajien asenteita ja käyttäytymistä kuvaavia muuttujia. Tutkielman tulosten mukaan jopa 86 % vastaajista ostaisi alkuperäiskarjan lihaa, jos sitä olisi tarjolla kaupoissa. Ostohalukkuutta lisää muun muassa, jos vastaajalla on alle 18-vuotiaita lapsia ja vastaaja arvostaa lähellä tuotettua, paikallista ruokaa sekä ympäristöystävällisyyttä. Miehet ostaisivat alkuperäiskarjan lihaa todennäköisemmin kuin naiset. Suurin osa vastaajista ostaisi alkuperäiskarjan lihaa, jos se olisi samanhintaista kuin tavanomainen liha, mutta noin neljäsosa (23,5 %) vastaajista olisi valmis maksamaan alkuperäiskarjan lihasta korkeampaa hintaa kuin tavanomaisesta lihasta. Maksuhalukkuuteen vaikuttivat positiivisesti muun muassa kuuluminen ympäristöjärjestöön ja korkea tulotaso. Negatiivisesti vaikutti puolestaan esimerkiksi se, että vastaaja on nainen. Keskimääräinen maksuhalukkuus alkuperäiskarjan lihasta oli 6,25 % korkeampi kuin tavanomaisesta lihasta. Maksuhalukkuus alkuperäiskarjan lihasta oli selvästi yhteydessä siihen, kuinka usein vastaaja olisi halukas ostamaan sitä. Maksuhalukkuus oli korkein niillä vastaajilla, jotka haluaisivat ostaa lihaa säännöllisesti.

Talouskäsitysten vaikutus hallituksen suosioon Puolassa 2006–2007

Tutkimuksessa tarkastellaan äänestäjien talouskäsitysten vaikutusta hallituksen suosioon Puolassa vuosina 2006 ja 2007. Tutkimusasetelma juontaa juurensa poliittisten suhdannevaihteluiden teoriaan, jonka mukaan poliitikot pyrkivät manipuloimaan taloutta vaalien alla tullakseen uudelleen valituiksi. Vastuullisuushypoteesin mukaan äänestäjät palkitsevat poliitikot hyvästä taloustilanteesta. Näin ollen mikäli äänestäjät ovat tyytyväisiä talouteen he äänestävät hallitusta. Mikäli eivät, he äänestävät oppositiota. Miten äänestäjät sitten tekevät arvionsa taloudesta? Tutkielmassa selvitetään vaikuttiko äänestäjien mielipiteisiin käsitys nykyisestä vai tulevaisuuden taloustilanteesta. Käsitys nykyisestä taloustilanteesta perustuu havaintoihin jo toteutuneesta talouspolitiikasta. Tätä käsitystä kutsutaan retrospektiiviseksi näkemykseksi. Prospektiiviset talousnäkemykset koostuvat näkemyksestä ja odotuksista talouden tulevasta tilasta ja uskosta hallituksen kykyyn tarjota paras vaihtoehto suotuisalle talouskehitykselle. Aikaulottuvuuden lisäksi tutkielmassa testataan, vaikuttaako äänestäjiin enemmän heidän oma taloustilanteensa vai näkemys yleisestä talouden tilanteesta. Mikäli hallituksen suosio perustuu näkemyksiin henkilökohtaisen talouden tilasta, ovat äänestäjät egotrooppisia. Mikäli kannatuspäätös perustuu näkemykseen kansantalouden tilasta, ovat äänestäjät puolestaan sosiotrooppisia. Aineistona tutkielmassa käytetään uusinta saatavilla olevaa Puolan mielipidetiedustelun (Centrum Badania Opinii Publicznej) keräämää kyselyaineistoa vuosilta 2006 ja 2007. Tutkielmassa on yhdistetty kyselyaineistot 22:n kuukauden ajalta. Aineistoa on analysoitu logistisen regressioanalyysin menetelmin. Tutkielman perusteella talousnäkemyksistä suurin vaikutus hallituksen suosioon on äänestäjien näkemyksillä kansantalouden tulevaisuuden tilasta. Henkilökohtaisen talouden osalta positiiviset tulevaisuudennäkymät vaikuttavat positiivisesti myös hallituksen kannatukseen. Retrospektiivinen arvio henkilökohtaisesta taloudesta toimii kuitenkin teorian vastaisesti; oman taloudellisen tilanteen hyväksi arvioineiden todennäköisyys kannatta hallitusta oli pienempää kuin niillä, jotka arvioivat oman taloustilanteensa huonoksi. Kontrollimuuttujiksi valittiin joukko aiemmassa tutkimuksessa äänestyskäyttäytymiseen Puolassa vaikuttaneita tekijöitä. Näitä olivat ikä, sukupuoli, koulutus, asuinpaikka, näkemys työllisyystilanteesta, ideologinen sijoittuminen oikeisto–vasemmisto-akselilla sekä uskonnollisuus. Kontrollimuuttujista merkitseviksi osoittautuivat uskonnollisuus, oikeisto–vasemmisto-ideologia, koulutus, asuinpaikka sekä ikä. Kun edellä mainitut taustamuuttujat on kontrolloitu, taloustekijät selittävät noin viidesosan hallituksen kannatuksen todennäköisyyden vaihtelusta.