Desarrollo de herramientas bioinformáticas para estudios de proteómica a gran escala de "Candida albicans"

El concepto de Proteómica, acuñado en analogía al de Genómica, fue usado por primera vez por Marc Wilkins a mediados de los años 90 para describir al conjunto total de proteínas que se expresan por los genes de una célula, tejido u organismo. Anteriormente, a finales de los 80, el desarrollo de las técnicas de ionización suave, como la Ionización por Electrospray, ESI (Electrospray Ionization) o la Desorción Suave por Láser, SLD (Soft Laser Desorption), permitió ionizar grandes biomoléculas como los péptidos y proteínas manteniéndolas relativamente intactas. Esto sentó las bases de la espectrometría de masas aplicada a la proteómica. En la proteómica shotgun (el término inglés está muy asentado), el primer paso del experimento generalmente consiste en la digestión de las proteínas de la muestra en péptidos por acción de una enzima proteolítica como la tripsina. Esto incrementa notablmente el rendimiento en términos de número de proteínas que pueden ser identificadas en un sólo experimento comparado con los experimentos basados en gel. Sin embargo, tiene el coste asociado de provocar una gran complejidad de la mezcla de péptidos y el problema añadido de la inferencia de las proteínas originarias. Los péptidos son separados por cromatografía líquida e ionizados para entrar a continuación en el espectrómetro de masas donde son separados en función de la proporción entre su masa y su carga (m/z) y los valores obtenidos son registrados en un espectro MS1. En la espectrometría de masas en tándem (MS/MS), los péptidos con mayor intensidad son seleccionados para ser fragmentados de modo que se generan espectros MS/MS, colecciones de valores m/z y de intensidad para cada precursor y sus fragmentos...

Efectos de la administración exógena de rhGH y de la ingesta de dietas con lactoalbúmina sobre el perfil lipídico, la actividad paraoxonasa y parámetros ponderales en ratones BALB/c adultos y viejos

El progreso de la edad lleva en los seres vivos al envejecimiento como un proceso ineludible y viene acompañado de una serie de alteraciones y procesos deletéreos que no son exclusivos de la vejez. En este estudio se seleccionaron dos estrategias antienvejecimiento: por un lado la estrategia endocrina consistente en la administración exógena de hormona de crecimiento humana recombinante (rhGH), y por otro la estrategia nutricional que propone el suministro de una proteína de alta calidad nutricional como es la lactoalbúmina en dos concentraciones en la dieta. Los objetivos de esta tesis doctoral fueron los siguientes: 1)Aplicar dos estrategias antienvejecimiento: el tratamiento con rhGH y la alimentación con dietas conteniendo dos concentraciones de lactoalbúmina (14% y 20%) a ratones BALB/c maduros y viejos, para determinar sus efectos, así como la diferencia de edad, sobre los parámetros ponderales, la ingesta, y la distribución de sustratos corporales, en especial la grasa y la proteína, así como la razón proteína/grasa. 2)Estudiar, los efectos de dichas estrategias y la edad, sobre el perfil lipídico y la actividad de la enzima paraoxonasa (PON1). 3)Evaluar los posibles efectos de los factores (EDAD, TRATAMIENTO y DIETA), así como de las interacciones de dichos factores (análisis de la varianza) y el estudio posterior de las diferencias de entre grupos (comparación post hoc). 4)Realizar estudios comparativos con controles a dos niveles. Por una parte, con controles del tratamiento endocrino y nutricional, comparando ratones tratados con rhGH frente a salinos, así como 20% frente a 14%; y en segundo lugar comparando los ratones alimentados con las dietas experimentales frente a controles alimentados con una dieta comercial control. 5)Se realizó un estudio histológico del parénquima hepático para poder comprobar y comparar el estado de los hepatocitos entre los diversos grupos experimentales y controles...