P-QuantWiz:一种基于质谱的并行非标记定量软件

本文设计并实现了基于质谱的非标记定量软件QuantWiz,通过改变肽段定量的顺序,提高了定量软件的时间局部性和质谱数据缓存的命中次数。分析了QuantWiz的多种数据并行策略,设计并实现了按保留时间划分的并行定量软件P-QuantWiz。通过实验验证P-QuantWiz具有良好的并行效率,当进程数为32时,并行效率为63%。

FM-index分块并行算法及其实现

查询海量数据有压缩和索引两种方法来提高速度,该文结合这两种方法提出了压缩查询的方法.FM-index是一种自索引的全文查询算法,存在内存占用过大的问题,对于复杂的查询效率也不理想.该文提出分块FM-index算法,在分块的基础上采用MPI对算法进行并行化,解决了内存占用过多的问题,达到了较好的并行效率.

有限元单元计算子程序的OpenMP并行化

Intel和AMD双核乃至4核处理器的推出,使得并行计算已经普及到PC机。为了充分利用多核,需要对原有程序进行多线程改造,使其充分利用多核处理带来的性能提升。该文利用共享存储编程的工业标准OpenMP对有限元方法涉及的单元计算子程序进行了并行化实现。在机群的一个双CPU的SMP节点上的测试表明,共享并行化使得该单元子程序的性能提高了一倍。

有限元单元计算予程序的OpenMP并行化

Intel和AMD双核乃至4核处理器的推出，使得并行计算已经普及到PC机。为了充分利用多核，需要对原有程序进行多线程改造，使其充分利用多核处理带来的性能提升。该文利用共享存储编程的工业标准OpenMP对有限元方法涉及的单元计算子程序进行了并行化实现。在机群的一个双CPU的SMP节点上的测试表明，共享并行化使得该单元子程序的性能提高了一倍。

FM—index算法性能测试及并行化

介绍了FM-index压缩查询技术，详细阐述了FM—index的工作流程，描述了实现计算字符串在压缩文本中出现次数的算法。对FM-index的源代码在Linux平台上进行了测试，从测试结果分析了使用FM-index进行压缩查询的优点和不足。最后给出了加快FM-index压缩速度的一个并行化算法的初步设计思路。