海洋喇叭虫rRNA基因18S -ITS1序列及其系统发育分析(英文)

海洋喇叭虫Maristentordinoferus 1996年在关岛(Guam)的珊瑚暗礁上被发现 ,至今尚未阐明其确切的系统发育地位。克隆到的海洋喇叭虫的 18S ITS1 5 8SrDNA序列包括 2 2 2bp的 18S序列 ,77bp的ITS1序列和 2 2bp的 5 8S序列。比较分析了纤毛虫主要类群的ITS1序列后得出 :短的ITS1序列可能是异毛类纤毛虫的特征。根据 18S序列 ,利用邻接法构建 ,最大简约法和最大似然法构建系统发育树。其拓扑结构显示海洋喇叭虫属于异毛纲纤毛虫 ,但并不隶属喇

牡丹复合体的分子进化和系统学研究---细胞核核糖体基因变异的分析

牡丹复合体(Paeonia suffruticosa Andr. Complex)属芍药属牡丹组，为中国特有的落叶亚灌木，野生类型均为濒危种，仅局限分布于以秦岭为中心的较小区域。由于分布区有限，个体数量少，栽培历史长，育种广泛，种间极易杂交，网状进化的广泛发生，使得该复合体分类混乱。本文选取牡丹复合体6个野生种以及2个近缘类群，采用分别基于核酸印迹杂交和聚合酶链式反应的限制性酶切片段长度多态性分析，对细胞核核糖体基因片段ITS/18s的变异进行了分析，并且结合采用微卫星DNA指纹分析技术。选取18种内切酶对特异片段进行酶切消化。共得149个酶切位点，其中67个为变异位点，占45.0%。其中编码区(2．Okb，含18s，5.8s，26s)有突变位点29个，占该区段长度的1.4%;非编码区(490bp，含ITS-1，ITS-2)有突变位点38个，占该区段长度的7.8%。由此，可明显比较二者进化的保守程度和进化速率。两段间隔区的变异程度也存在差异。ITS-1为6.0%．ITS-2为9.9%。这说明构建系统树时二者的选用应得到综合考虑或加权。在复合体内不存在长度变异，即无缺失或插入发生，暗示了该复合体各种之间亲缘关系的紧密。根据Neighbor-joining法并计算遗传距离构建系统关系图，结果如下：(1)卵叶牡丹（神农架红花类群）与紫斑牡丹分化较早，考虑其与复合体内其它各种之间的遗传距离，支持将其定为新种的观点;(2)神农架白花类群与与卵叶牡丹亲缘关系非常相近，这一结果支持了来自其它分子和表型分析的结果;(3)延安牡丹与紫斑牡丹亲缘关系极近，但与矮牡丹关系较远，是否为上述两个种的杂交种，目前为止尚无充分的证据，作为存疑种处理;(4)川牡丹和矮牡丹进化关系密切，这一结果与ITS序列分析结果完全一致，加之其地理分布式样的不连续性说明了它们的古老和残存性质，这可进而推广至本复合体乃至整个牡丹组。我们认为现存的分布格局可能是地理与气候演化的产物，估计牡丹组的野牡丹复合体从本复合体分化出去的时间约为310 - 750万年前。由于基因间协调进化的不均一作用和该类群杂种的早期起源限制了核糖体基因在追溯其网状进化历程上的作用，这符合基因转换的梯度理论。最后讨论了nrDNA得到的基因树与其它的基因树和种系树之间的关系。

芍药属芍药组的变异与进化：形态、染色体和分子证据

芍药属Paeonia是芍药科Paeoniacea内唯一的一个属。包括大约35个种，间断性的分布于北温带地区。其内三个组分别是牡丹组(sect. Moutan)、北美芍药组(sect. Onaepia)和芍药组(sect. Paeonia)。芍药组是芍药属中最大，也是唯一具有染色体倍性变化的一个组，现有大约25个种。其中，大约半数的种是四倍体（2n＝20），主要分布于地中海地区。虽然有证据表明四倍体类群大多为异源起源，但芍药属内一致的核型、相似的形态和重叠的地理分布使得它们的起源和分类一直存在很大的争议。本研究利用了4个细胞核DNA片段（乙醇脱氢酶基因－Adh1和 Adh2;nrDNA的内转录间隔区－ITS;甘油－3磷酸乙酰转移酶基因－GPAT）和4个叶绿体DNA片段（matK基因;基因间隔区trnL-trnF、psbA-trnH和rps16－trnQ）对芍药组的网状进化进行部分重建。并在此基础上，对推测为杂交起源的P. anomala进行了形态学和细胞发生的研究。主要研究结果如下： 1． 芍药组的系统学 利用多个DNA分子标记(cpDNA: matK, rps16-trnQ; nrDNA: ITS, Adh1, Adh2)，芍药组的二倍体和四倍体类群的系统发育被部分重建。基于最大简约法、贝叶斯法和最大似然法的系统发育分析表明： (a) 除P. tenuifolia之外，所有地中海地区分布的二倍体类群构成一个单系分支。该支与亚洲分布的二倍体类群以及P. tenuifolia成并系关系。 (b) 核和叶绿体DNA系统发育树的不一致，以及ITS、Adh基因的多态性的分析，表明部分二倍体类群间和四倍体类群间都存在杂交事件。这些类群包括：中国新疆阿勒泰地区分布的二倍体种P. anomala和P. intermedia（杂种个体XJ053）;高加索地区分布的二倍体种P. tenuifolia和P. daurica（杂种个体H9933）;土耳其分布的四倍体种P. mascula和P. kesrouanensis（杂交个体在两个居群中检测到）。 (c) 不一致的核和叶绿体DNA系统发育树，以及Adh基因表现出的相同多态性模式进一步支持早先的推测，即四倍体类群P. arietina是异源四倍体。同时扩大的数据分析显示P. obovata近缘类群为其母系亲本，P. tenuifolia近缘类群为其父系亲本。此外，形态上具有一定分化的两个亚种P. arietina ssp. arietina和P. arietina ssp. parnassica是多次起源。 (d) 现今地中海分布类群的近缘种参与了四倍体种P. kesrouanensis 和P. coriacea，以及P. wittmanniana和P. mascula的物种形成。依据Adh序列种内的多态性，初步推测P. kesrouanensis 和P. coriacea可能是异源四倍体，其另一个亲本与P. arietina母系亲本近源。而P. wittmanniana和P. mascula可能是同源四倍体。 (e) P. saueri和P. peregrina的两个亲本类群分别与P. tenuifolia和现今地中海分布二倍体种的近缘类群。 (f) Adh1基因序列中近缘的重组类型暗示：四倍体种P. macrophylla和P. banatica很可能是同倍性杂种。 2． P. anomala的杂交起源和细胞发生 P. anomala新疆阿勒泰地区分布的居群核型第一次被报道。该地区分布的类群核型为2A型(核型公式：2n = 2x = 10 = 6m+2sm+2st)。减数分裂的观察统计显示：阿勒泰地区所有检测个体都是臂内倒位杂合子。基于断片大小以及不同个体染色体桥和/或断片出现率的差异，我们发现该类群臂内倒位存在多态性。荧光原位杂交（FISH）证实P. anomala共有8个18S rDNA位点，并且定位了一个倒位片段在3号染色体的短臂上。此外，高频率的棒状二价体和单价体，以及低的同源染色体的配对系数说明该类群同源染色体间存在分化。染色体结构杂合能够导致部分花粉败育，所有被检测个体的花粉败育率约为8.8 – 29.4%。 扩大的居群取样以及多基因(cpDNA: matK, psbA-trnH, rps16-trnQ, trnL-trnF; nrDNA: ITS, Adh1, Adh2, Gpat)的系统发育分析，进一步支持P. anomala杂交起源于P. veitchii 和P. lactiflora的近缘类群。cpDNA片段和核DNA片段（ITS、GPAT）基因树间的不一致，以及P. anomala Adh1和Adh2序列表现出的多态性都支持该类群杂交起源的推测。不过，表型分析显示P. anomala在形态上偏向于P. veitchii。 3． P. obovata Maxim.四倍体类群的起源 与原先基于形态性状的认识不同，P. obovata 四倍体类群并不是一个严格意义上的同源四倍体。它起源于二倍体P. obovata中国和日本分布的两个地理亚种之间的杂交。Adh2基因仅在中国分布二倍体居群的扩增失败支持这一推测。此外，Adh基因系统发育分析显示：间断性分布于中国中部和中国东北部的四倍体类群是独立起源。

黄牛、水牛体内人肉孢子虫18S rRNA基因研究及虫种鉴定

对自然感染的水牛源的人肉孢子虫以及黄牛源人肉孢子虫DNA的18S rRNA基因的PCR扩增产物进行了测序。对所获的863 bp的18S rRNA基因分析比较表明，二者有较高的同源性，因此认为二者可能同是一种肉孢子虫——人肉孢子虫（Sarcocystis hominis Railliet and Lucet，1891）。由此推断，不仅黄牛可作为人肉孢子虫的中间宿主，水牛也可作为人肉孢子虫的中间宿主。

Identification of Sarcocystis hominis-like (Protozoa : Sarcocystidae) cyst in water buffalo (Bubalus bubalis) based on 18S rRNA gene sequences

DNA templates were extracted from isolates of Sarcocystis hominis-like cysts collected from cattle and water buffalo, as well as from Sarcocystis fusiformis cysts and Sarcocystis suihominis cysts. The 18S rRNA genes were amplified using DNA from a single

Characterization of Sarcocystis species in domestic animals using a PCR-RFLP analysis of variation in the 18S rRNA gene: a cost-effective and simple technique for routine species identification

Thirteen restriction endonucleases were used to investigate nucleotide sequence variation in the 18S rRNA DNA of 88 individuals from ten Sarcocystis taxa collected as cysts from their intermediate hosts, swine, cattle and water buffalo. A DNA sequence of

Analysis of 18S rRNA gene of Octostigma sinensis (Projapygoidea : Octostigmatidae) supports the monophyly of Diplura

The phylogenetic position of Diplura within Hexapoda has been controversial. There are three major lineages in Diplura: Campodeoidea, Projapygoidea, and Japygoidea. However, most of the previous studies were restricted to Campodeoidea and Japygoidea. Unti

汉江硅藻水华优势种的形态及18S rDNA序列分析

中国科学院知识创新项目(KZCX2-YW-426); 国家自然科学基金重大项目(30490232)

从18S rRNA基因序列探讨盾腹吸虫的系统发育关系

盾腹亚纲吸虫被认为是寄生扁形动物中古老的类群,包括盾腹科、多萼科、裂杯科和皱腹科,科间系统发育关系尚存争议。本研究收集GenBank数据库中所有的盾腹吸虫18S rRNA基因序列,测定了三种盾腹吸虫的相应序列,分别采用最大简约法和最大似然法构建分子系统发育树。结果显示,多萼科的分类地位不成立,多萼属应还原到盾腹科;盾腹科的盾腹亚科和杯盾亚科均非单系,吸槽列数可能是平行进化特征,不能反映盾腹科各亚科间的系统发育关系。建议将具有边缘器的吸槽型腹吸盘,以及不具边缘器的吸杯型和皱褶型腹吸盘分别鉴定为盾腹科、裂杯科

中国9种嗜子宫线虫系统发育的初步研究

为了探讨鱼类寄生嗜子宫线虫的系统发育关系,测定了8种嗜子宫线虫的ITS rDNA(核糖体转录内间隔区核 糖核酸)序列和9种嗜子宫线虫的18S rDNA(小亚基核糖体核糖核酸)部分序列,并构建了18S rDNA序列的系统发 育树。在比较和分析ITS rDNA和18S rDNA两种分子标记对嗜子宫科线虫系统发育适用性的基础上,分析了嗜子 宫线虫的系统发育关系。结果表明:中国嗜子宫线虫是单系起源;黄颡鱼似嗜子宫线虫、赣州似嗜子宫线虫和棍头 嗜子宫线虫亲缘关系非常接近,可能是较晚形成的种;似嗜子宫线虫属可能应该被

淡水鱼类粘孢子虫的18S rDNA分子系统学研究

利用两个通用引物myxoF(5′ CGCGGTAATTCCAGCTCCAGTAG 3′)和myxoR(5′ ACCAGGTAAGTTTTCCCGTGTTGA 3′)成功扩增出圆形碘泡虫、全圆碘泡虫、武汉单极虫、微山尾孢虫和库班碘泡虫 5种粘孢子虫的部分 18SrDNA序列 ,其GenBank登录号为 :AY16 5 179—AY16 5 183。并结合GenBank其他 13个相关序列构建了 18个物种的分子系统树。结果表明 ,碘泡虫 ,尾孢虫和单极虫较Tetracapsulabryozoides和“PK