随机扩增多态DNA影响因素的研究

随机扩增多态 DNA(PAPD）分析受诸多因素的影响, 作者发现不同厂家制造的 PCR 扩增仪, 不同厂家出品的 TaqDNA 聚合酶和 PCR 缓冲液, PAPD 反应体系中的引物浓度, Mg~(2+)浓度, dNTP 浓度, BSA（牛血清白蛋白）和明胶, 以及模板 DNA的量等均可能对 PAPD 结果有不同程度的影响. 为了使 PAPD 结果在不同实验室间具有重复性和可比性, 提高 PAPD 数据的科学价值, 作者建议在 PAPD 分析过程和文章写作中应规范化. 方法部分, 除一般写明的引物浓度、TaqDNA 聚合酶单位数、dNTP 浓度、每一次 PCR 反应的循环条件和循环数等外, 还应注明 PCR 仪的制造厂家及型号、TaqDNA 聚合酶生产厂家 、PCR 缓冲液的成分、Mg~(2+)浓度, 模板 DNA 浓度等。

甘蔗细茎野生种(Saccharum spontaneum L.)的遗传多样性和系统演化研究

利用RAPD技术,采用25个随机引物对来自中国不同生态环境的195份甘蔗细茎野生种材料进行了地理群体结构的遗传多样性研究。结果表明:甘蔗细茎野生种的种内遗传变异较大,各地理类群的遗传分化明显,具有丰富的遗传多样性。基于分子聚类分析,推论中国甘蔗细茎野生种的起源演化方式为:起源于云南,然后由云南→四川→贵州→广西→广东→海南→福建→江西;进一步证明了云南为野生甘蔗的起源中心之一的可能性。

东方蜜蜂DNA随机扩增多态及其遗传分化研究

该研究对云南及马来西亚的37个东方蜜蜂样本进行随机扩增多态DNA分析,从20个引物中筛选出11个引物,其中9个引物扩增出多态带。共检测到66条扩增片段,其中56条为多态带。用UPGMA聚类方法构建的分子系统树显示,云南的样本、马来西亚的样本各自分别聚在一起,说明两个样本间遗传差异较大,群体之间存在着遗传分化。但就云南的32个个体而言,虽然聚类图中大多数采自同一地区的样本聚在一起,但也存在一定交叉,提示云南地理群体间近期可能存在一定的基因流。

Genetic diversity and relationship of Yunnan native cattle breeds and introduced beef cattle breeds

In this study, random amplified polymorphic DNA (RAPD) analysis was used to estimate genetic diversity and relationship in 134 samples belonging to two native cattle breeds from the Yunnan province of China (DeHong cattle and DiQing cattle) and four intro

乙醇浸泡蜜蜂标本DNA的提取纯化

利用RAPD、PCR、RFLP、分子杂交等分子生物学 技术研究生物的遗传变异、遗传多态、分子进化等，必 须以DNA作为模板，目前所见有关DNA提取纯化的 报道均用活体或冰冻蜜蜂，这给样品采集、保存带来不 便。本实验以采自云南不同地区以及马来西亚的蜜蜂 乙醇(75％)浸泡标本为材料，参照王文(1994年)的蛋 白酶K提取法并加以改进，对DNA进行提取纯化。

一种新的小鼠被毛突变基因定位

分别尝试用RAPD法和重组率测定法对所发现的被毛突变进行基因定位。结果为所选用的100个10bp RAPD引物中,87个获得了扩增产物,由于所获得的产物与小鼠表型间缺乏相关性,利用RAPD法未能将该基因定位到染色体上。以分布于小鼠11条染色体上的Idh1、Car2、Mup1、Pgm1、Hbb、Es10、Es1、Mod1、Gdc1、Ce2、Es3等生化基因位点为遗传标记,对分别与CBA/N和C57BL/6小鼠互交-回交所获得的F2代进行两点测试,结果表明该突变与Es3连锁,位于小鼠第11号染色体上。

牛山湖浮游生物群落DNA指纹结构与物种组成的关系

利用RAPD及DGGE指纹技术揭示牛山湖5个采样点浮游生物群落的DNA多态性,并定性地探讨其与物种组成的关系。结果如下:(1)从40条随机引物中筛选出9条引物,共获得93条谱带,多态率为58%;各采样点所得谱带平均为67条,其中Ⅰ站最少,为61条,Ⅴ站最多,为74条;(2)PCR-DGGE指纹图谱共含102条谱带,其中原核生物56条,真核生物46条,谱带总数以Ⅲ站、Ⅳ站和Ⅴ站较多,Ⅰ站和Ⅱ站较少;(3)5个采样点共观察到62种/类浮游生物,其中Ⅰ站和Ⅱ站种类较少,Ⅲ站、Ⅳ站和Ⅴ站种类较多,分布概率在100

转基因鱼试验湖浮游生物群落DNA多态性与物种组成关系

采用RAPD和PCR-DGGE指纹技术对转基因鱼试验湖的浮游生物群落DNA多态性进行了研究,并探讨了DNA多态性与物种组成的关系.结果显示:(1)形态学分类共鉴定到44种/类浮游生物:其中藻类13种,原生动物11种,轮虫16种,枝角类和桡足类各2种.多甲藻(Peridinium sp.)、球形砂壳虫(Difflugia globulosa)、螺形龟甲轮虫(Keratella cochlearis)和针簇多肢轮虫(Polyarthra trigla)4个物种在各个站丰度相对较高.(2)RAPD扩增共获得12

三峡库区浮游生物群落DNA结构与水体理化因子的分析

本文对三峡水库大坝至香溪河段所设A、B、C、D、E、F和G等7个站点浮游生物群落DNA进行了RAPD分子生物学研究,并分析了其与水体理化因子的关系。各站点间RAPD研究表明:D和E首先聚到一组,然后与A聚到一起,最后与C聚成一大类;B和F聚成一大类;站点G独自归于一类。而理化因子聚类结果显示:B首先与C聚为一小类,再与D聚到一起,然后与G、F聚成的小类聚为一类,而E与A分别单独归为一类。比较发现,RAPD聚类结果中相距较近的站点在理化因子聚类中显示为相距较远的站点(如站点A、C、D、E之间),而在RAPD

松花江浮游生物群落DNA指纹与物种组成比较研究

对2006年1月采自松花江红旗渡口到同江7个样点的浮游生物群落进行了RAPD指纹分析,进而探讨了河流生态系统浮游生物群落DNA指纹与物种组成之间的关系.筛选出的8条随机引物扩增的谱带全为多态性带,其中特有条带所占比例最大(30.2%);形态分类共检测到浮游生物66种,且没有检测到7个样点的共有种类;这些结果显示研究区域浮游生物群落相似性比较低,环境差异性较大.基于DNA指纹的聚类进一步表明,同江、红旗渡口和佳木斯的浮游生物群落较为相似而聚为一枝,哨口、肇源和哈尔滨为一枝,而松原成为单独的一枝.物种组成则将

牛山湖浮游生物群落DNA指纹结构与理化因子的关系

对牛山湖5个站点的浮游生物群落DNA多态性进行了RAPD指纹和PCR-DGGE指纹分析,并探讨了其与理化因子的关系.结果如下:1)从40条随机引物中筛选出9条引物,共获得93条谱带,多态率为58%;各站点所得谱带平均为67条,其中Ⅰ站最少,为61条,Ⅴ站最多,为74条;2)PCR-DGGE指纹图谱共含102条谱带,其中原核生物56条,真核生物46条,谱带总数以Ⅲ站、Ⅳ站和Ⅴ站较多,Ⅰ站和Ⅱ站较少;3)Ⅱ站的总磷、叶绿素、化学耗氧量、硬度及电导率最高;各站点间溶氧和pH差异较小.相似性聚类分析表明,浮游生物

鄱阳湖南矶山自然保护区鲤、鲫的随机扩增多态DNA分析

利用RAPD(随机扩增多态)标记分析湖内鲤、鲫群体遗传多样性,从40个随机引物中各筛选出8个引物适合鲤、鲫群体RAPD扩增。在鲤群体中,共检测出60条带,其中多态性带42条,多态位点比率为70.00%;而在鲫群体中,共检测出61条带,其中多态性带40条,多态位点比率为65.57%。用POPGENE软件分析实验数据,结果显示:湖内鲤群体的遗传多样性水平(He=0.230 1,H0=0.391 0)和鲫群体的遗传多样性水平(He=0.218 6,H0=0.375 8)都较高,都有较大的遗传变异。而在鲤、鲫群体

三峡库区浮游生物群落结构与DNA多态性比较分析

以三峡库区所设A、B、C、D、E、F和G等7个站点为研究区域,利用RAPD技术就其浮游生物群落遗传多样性与物种多样性的关系进行了探索性研究．共鉴定出浮游生物41种,其中藻类4种,原生动物10种,轮虫类19种,枝角类4种,桡足类4种．物种组成相似性最高的是B站和C站,最低的是A站和F站．而站点间浮游生物群落遗传距离分析表明:相距最近的是C站与D站,最远的为D站与F站．树状聚类图也显示:各站点物种组成聚为一类;而DNA多态性RAPD最先聚在一起的是B与F,它们的对应枝由A、C、D、E构成,G单独成为一枝．研究

东湖天蓝喇叭虫(Stentor coeruleus)种群的离散分化

利用筛选的12条10 bp的随机引物对采自武汉市东湖(3个样点)、南湖(3个样点)、月湖(1个样点)和关桥(1个样点)四个水体的天蓝喇叭虫(Stentor coeruleus)种群进行了随机扩增多态DNA(RAPD)研究,所得清晰条带显示不同样点样本之间存在着一定的变异,其遗传距离在0．076-0．416之间．用Rapdistance 1．04构建聚类图并探讨不同样点之间的遗传距离远近．结果显示南湖的3样点的遗传距离较近,在聚类图上聚成一枝,应该为同一个种群;而东湖的3个样点可能是由于地理隔离原因,在聚类

东湖浮游生物群落DNA指纹结构及其与环境理化因子的关系

对武汉东湖5个不同湖区的浮游生物群落DNA进行了RAPD指纹分析,并探讨了DNA指纹结构与环境理化因子的关系.结果表明:所筛选的9条随机引物共扩增210条大小为150~2 000 bp的谱带,多态率为93.3%.各站点平均有42条谱带,其中Ⅳ站最多(53条),Ⅴ站最少(35条).Ⅰ站的PO43--P、TP含量最高,Ⅴ站的NH4+-N、TN、NO2--N含量最高,Ⅳ站各理化因子含量均低于其他站点,站点间COD、碱度、硬度、钙含量差异不大.相似性聚类分析表明,基于RAPD标记的浮游生物群落指纹将5个站点划分为