棕色固氮菌突变株DJ35 中钼铁蛋白和HBP59 蛋白的研究—纯化特性及晶体生长

我们从A. vinelandii突变株DJ35中纯化得到了ΔnifE Av1，并通过与OP Av1相比较对其特性进行了研究。虽然ΔnifE Av1以四聚体形式(α2β2)存在，但却表现出两种天然电泳行为。与OP Av1相比，ΔnifE Av1中的金属含量较低，每个蛋白分子仅含9.96个铁原子、0.36个钼原子。OP Av1和ΔnifE Av1的吸收光谱相似，均在280 nm附近出现蛋白吸收峰，在300-600 nm波长范围内光吸收普遍降低，并无特征峰出现。虽然ΔnifE Av1可见光区域CD谱的摩尔消光系数（Δε）总比OP Av1小，但在520nm区域附近摩尔消光系数减少的相对值明显大于在450nm附近摩尔消光系数减少的相对值。ΔnifE Av1的EPR信号明显与OP Av1不同，在g≈3.7处的EPR信号完全消失，在g≈4.3 和2.0处的EPR信号强度也分别降低了75%和50%以上。ΔnifE Av1不能与Fe蛋白组成活性单位，但被FeMoco激活后可与Fe蛋白组成活性单位。上述结果表明, ΔnifE Av1不含FeMoco，但具有与OP Av1相同的P-cluster。 我们在纯化ΔnifE Av1的过程中，发现一个类似OP Av1的β亚基的污染蛋白，经MALDI-TOF质谱鉴定这种蛋白是棕色固氮菌中一预测基因的产物。通过改进纯化方法, 我们首次得到80%电泳纯的蛋白，并将其命名为HBP59蛋白。HBP59为一单体蛋白，分子量约为59k Da。金属测定结果表明每个蛋白分子中含有0.42个铁原子。HBP59蛋白的可见光谱表现出典型的血红素蛋白光谱特征，还原态的HBP59蛋白在421nm处有最大吸收峰，同时在517nm、556nm处有两个伴随肩峰出现, A421/A280仅为0.146。HBP59蛋白氧化后，吸收峰发生蓝移，最大吸收峰从421nm移到413nm，517nm和556nm处的肩峰消失，A413/A280为0.168。HBP59蛋白的可见光区圆二色谱比较复杂，正峰出现在420nm, 406nm, 379nm 和364nm; 其摩尔消光系数分别为0.75, 0.94, 0.68 和 0.99;负峰出现在433 nm 和392nm，其摩尔消光系数分别为-1.13 和-0.78。血红素滴定实验结果说明每个HBP59蛋白分子结合了0.1个血红素，但每个蛋白分子具有最大结合1个血红素的能力。这低结合能力与这低比率的比率是非常一致的。该蛋白对温度相对敏感，高于40℃蛋白开始沉淀。上述结果说明HBP59是一个结合具有低自旋和不对称的血红素的蛋白，它在菌体内可能并未扮演贮藏血红素的角色，而是可能参与血红素的运输或附着。 此外，经过结晶条件的大量筛选后获得了ΔnifE Av1和ΔnifH Av1的优质小单晶,并对HBP59的晶体培养进行了初步探索。

含铬或锰的新型固氮酶的纯化, 特性和结晶—棕色固氮菌突变种UW3中CrFe蛋白和MnFe蛋白的研究

以含MnSO4或Na2CrO4的无钼无氨的修改Burk’s培养基， 培养不能合成含钼固氮酶体系的棕色固氮菌 (Azotobacter vinelandii Lipmann) 突变种UW3， 发现在一定浓度范围内， MnSO4或Na2CrO4的加入有助于促进其生长。 菌体生长和C2H2还原活性曲线测定结果表明， 这种促进作用很可能是通过Mn或Cr取代Mo， 参与组装固氮酶中心原子簇， 从而影响固氮活性而实现的。 利用阴离子交换 (DEAE-52和Q-Sepharose FF) 和凝胶过滤 (Sephacryl S-200) 柱层析从两种菌体中纯化得到固氮酶组分Ⅰ蛋白 (分别命名为MnFe蛋白和CrFe蛋白)， 并对其进行了特性研究。 厌氧天然聚丙烯酰胺凝胶电泳 (PAGE) 和SDS-PAGE结果显示， 两种蛋白均为两种亚基组成的四聚体。 亚基可以与OP MoFe蛋白抗体发生免疫反应， 分子量分别略小于野生种OP MoFe蛋白的α和β亚基。 CrFe蛋白的C2H2还原活性， Ar下放氢活性和固氮活性分别相当于OP MoFe蛋白的36%， 38%和43%， 而MnFe蛋白活性相当于OP MoFe蛋白的50%左右， 并且两种蛋白与OP MoFe蛋白具有相似的固氮电子利用率。 对两种蛋白金属含量的测定证实其中分别含有Mn和Cr， 但仍存在少量Mo污染。 与OP MoFe蛋白相比，这两种蛋白圆二色谱的摩尔椭圆率 ([θ]) 除在450nm较接近外，在可见光区的其它波长处均显著降低。 与DT还原OP MoFe蛋白相似， CrFe蛋白和MnFe蛋白具有g≈4。3、3。7和2。0的特征EPR信号， 但各处信号强度比例不同。 在对污染Mo可能引起的信号进行校正后，CrFe蛋白的三个信号强度分别相当于DT还原OP MoFe蛋白的20%， 0%和10%， 而MnFe蛋白则分别相当于112%， 49%和65%。 上述结果表明， CrFe蛋白和MnFe蛋白与OP MoFe蛋白金属原子簇的主要差异很可能在于FeMco (M=Cr， Mn或Mo)的M种类， 而P-cluster结构和组成均未见大的差异。 利用气相扩散悬滴法对MnFe蛋白和CrFe蛋白结晶条件进行了筛选和初步优化， 确定了以Tris/Hepes， NaCl， MgCl2和PEG 8000为主要变量的沉淀剂体系， 寻找各组分对于晶体生长的最适浓度。 以此为基础探讨了应用气相扩散坐滴法和液-液扩散法对两种蛋白结晶条件的优化。 在一定条件下， 两种蛋白分别通过液-液扩散法获得了优质大单晶。 对从CrFe蛋白和MnFe蛋白制备物中培养出的蛋白质晶体的SDS-PAGE鉴定显示， 晶体由与OP MoFe蛋白相似的两种亚基组成。 通过 “神舟三号” 飞船搭载实验探讨了空间微重力对于厌氧蛋白质结晶的影响， 结果表明， 微重力有助于避免孪晶形成， 并具有长期培养后获得适于进行X-射线衍射分析的优质大单晶的潜在前景。 结合空间科学使固氮酶结构与功能研究得以发展， 这项工作是有意义并且可行的。

缺失nifZ的棕色固氮菌突变株DJ194的钼铁蛋白研究—纯化、结晶及金属簇的组成与分布

从棕色固氮菌DJ194菌株得到的固氮酶粗提液经DEAE－52、Sephacryl S－200及Q－Sepharose等柱厌氧层析，分离纯化得到nifZ基因缺失的固氮酶MoFe蛋白（ΔnifZ Av1）制备物。通过天然电泳和SDS变性电泳发现早期纯化所得的ΔnifZ Av1制备物中残存相当比例的三个主要污染蛋白：属于热激蛋白60家族（Hsp 60 family）成员的分子伴侣GroEL、糖酵解过程的一个多功能酶——6-磷酸葡萄糖异构酶（6-Phosphate Glucose Isomerase，PGI）及棕色固氮菌细菌铁蛋白（Bacterioferritin，Bfr）。初步鉴定表明，它们分别为由约55kD亚基组成的14聚合体，62kD亚基组成的10聚体和20kD亚基组成的24聚体。首次发现PGI有如此高的聚合体。虽然GroEL和PGI在天然电泳中的迁移率小于ΔnifZ Av1蛋白，但它们的亚基在SDS变性电泳中与ΔnifZ Av1亚基具有相似的迁移率，互相重叠，从而使变性电泳比天然电泳显出更高的ΔnifZ Av1纯度;而细菌铁蛋白虽然不会在变性电泳中污染ΔnifZ Av1，但往往会在ΔnifZ Av1制备物的结晶中优先或较多地结晶出来,从而给它的晶体生长和解析研究带来干扰（Zhao等，2004）。 通过Sephacryl S－200柱洗脱峰收集精度的调整及Q－Sepharose柱的NaCl浓度梯度洗脱，得到了纯度大于90%的ΔnifZ Av1制备物。它的厌氧天然电泳及其免疫印渍（Western blotting），以及SDS-变性凝胶电泳显出，ΔnifZ Av1的电泳迁移率、分子量和亚基组成等均与野生种钼铁蛋白（OP Av1）相似，表明nifZ基因缺失并未改变ΔnifZ Av1的α2β2四聚体构成。ΔnifZ Av1的Mo含量、EPR信号（g≈4.3, 3.65和2.01）和520-660 nm附近的圆二色摩尔消光系数（Δε）也都与OP Av1较相似，从而表明ΔnifZ Av1含有与OP Av1数量相当的具有3/2自旋态的还原FeMoco。然而，ΔnifZ Av1的Fe含量和对底物（C2H2、H+和N2）的还原活性都较低, 分别约为OP Av1的74%和46-50%;而反映P-cluster状况的450nm附近的Δε也明显低于OP Av1。此外，与OP Av1相同的ΔnifZ Av1在g≈2.01的EPR信号却与推测含由双[4Fe-4S]簇组成的P-cluster前体的His-tagged ΔnifZ Av1（Hu等，2004）的信号明显不同。这就表明，ΔnifZ Av1与OP Av1的差别不在于FeMoco的结构、含量和氧还状态，也不在于P-cluster的结构和氧还状态，而仅在于ΔnifZ Av1中P-cluster数目的减少（约一半）。据此推测出与国外提出的His-tagged ΔnifZ Av1模型不同的ΔnifZ Av1(DJ194)的如下结构模型。一个αβ亚基对含有一个FeMoco和一个P-cluster，而另一个αβ亚基对只含FeMoco，其P-cluster区域则是空的。由于nifZ基因的缺失只造成了钼铁蛋白中两个P-cluster中的一个不能组装，因此推测P-cluster的组装可能不是受单一基因产物的影响。根据Lee等（1998）对nifZ产物（NifZ）和nifW产物（NifW）可以形成[NifWx-NifZy]多聚体，并可能是通过同一途径来影响固氮酶的合成的研究，提出NifZ的如下的可能作用机理。[NifWx-NifZy]多聚体影响与P-cluster合成相关的金属簇(如[4Fe-4S])的进入和P-cluster的最终合成，而其中的一个αβ对上的P-cluster的形成可能较多的受到NifZ的影响;nifZ的某些突变或缺失虽然不影响[NifWx-NifZy]多聚体的形成，但对于更依赖于NifZ的那个αβ对上的P-cluster的合成可能会产生不同的影响。 对这一高纯度的ΔnifZ Av1制备物结晶的研究表明，使用Tris缓冲系统的25%PEG 6K/MgCl2晶体培养液可以在较短的晶体培养时间内得到较大的晶体;在一定条件下，pH为7.5和8.3的培养液对出晶数和晶体大小的影响不明显;PEG 6K的浓度与MgCl2的浓度对出晶大小的影响有一定的相关性，即较低的PEG浓度在较低的MgCl2浓度下和较高的PEG浓度搭配较高的MgCl2浓度较易长出较大的晶体。虽然ΔnifZ Av1制备物的纯度达到90%以上，并且在染铁实验中表明其基本不含细菌铁蛋白，但我们在对得到的晶体进行电泳鉴定中仍然发现了一种与以前报导的砖红色晶体不同的深棕红色的细菌铁蛋白晶体，之所以颜色不同可能和所含的铁元素的氧化状态有关。不过在所鉴定的5支结晶管中只在一个管内发现了与固氮酶晶体同时存在的这种细菌铁蛋白晶体，说明通过蛋白纯度的提高减少细菌铁蛋白的含量以及晶体培养条件的优化，细菌铁蛋白晶体形成的几率就可大大降低。

分子运动性预测顽拗性种子麻栎离体胚轴适宜贮藏条件初探

顽拗性种子在分类上分布广泛。由于顽拗性种子贮藏特性极为特殊，对脱水和低温均十分敏感，易受损伤，所以种子寿命很短，因此在植物种质资源保存领域，顽拗性种子的保存一直被列为重点研究课题，至今仍难以找到顽拗性种子的适宜贮藏条件，或该类种子保存通行的方法，仅推测长期保存顽拗性种子种质资源最有前途的方式是超低温保存，顽拗性种子资源保存是一个世界性难题。 本文试图使用分子运动性预测顽拗性种子离体胚轴的适宜贮藏条件。选用壳斗科植物麻栎种子为实验材料。应用电子顺磁共振波谱仪和自旋标记技术，以硝基氧探针CP为标记物，检测到室温下麻栎种子离体胚轴脱水过程中分子运动性的变化。含水量0.7 g H2O/g DW至0.64 g H2O/g DW范围是细胞质粘度的转折区域，低于这个含水量区域，细胞质粘度骤然上升，推测这个区域是室温下保存离体胚轴的适宜含水量下限。 通过变温电子顺磁测定，找到离体胚轴含水量在0.43 g H2O/g DW至1.02 g H2O/g DW范围内，分子运动性的临界温度和玻璃态相变温度所在区间。根据分子运动性随温度变化规律，预测含水量为0.69 g H2O/g DW的麻栎种子离体胚轴适宜贮藏温度约为-50 ℃。 根据EPR实验结果，将胚轴脱水，并根据实验条件选择不同温度进行低温贮藏验证实验，应用颜色观测法和TTC存活力鉴定法，初步验证分子运动性理论可以应用在顽拗性种子离体胚轴的低温贮藏研究中。 本研究说明顽拗性种子资源的保存有可能通过离体胚轴的低温贮藏实现，用分子运动性预测低温贮藏的适宜条件，很可能为上述问题的解决提供了有效的技术参数。

三个外周蛋白在PSII核心复合物上的作用及33KD蛋白的特性研究

本文第一部分以四种PSII核心复合物（PCC，- 1824PCC、一33U、- 33C）为材料，研究了18、24、33kD3个外周蛋白在PSII核心复合物上的功能，结果如下： 1．相继去除3个外周蛋白，导致PSII核心复合物放氧活性和DCIP光还原活性下降。外加适量电子供体DPC可使- 1824PCC、- 33U和- 33C的DCIP光还原活性得到完全恢复（- 1824PCC）和部分恢复（- 33U和- 33C）。如果再提高DPC用量，则- 33U和- 33C的DCIP光还原活性均可恢复到对照水平。说明去除3个外周蛋白后电子传递出现障碍，可能与电子传递链本身无关，而是由于水的光裂解出现障碍，水裂解酶无法裂解水分子以及向电子传递链输送电子的结果。 2．EPR信号分析证明，去除3个外周蛋白，Signal IIs暗稳定信号（D+）下降，信号特征改变。光照后，Signal IIf(Z+)信号明显增强。这说明，去除3个外周蛋白对电子供体Z和D有一定的影响。 3．金属Mn原子在PSII核心复合物上的作用比较复杂，从本实验结果可以看出，去除3个外周蛋白对Mn含量变化不是很明显。 4．用光谱法分析3个外周蛋白在PSII核心复合物上的功能，发现：a．去除3个外周蛋白后，PSII核心复合物的Chla/b不变。但从吸收光谱可以看出，PSII核心复合物光吸收下降，且蓝区和红区最高吸收峰均产生红移。四阶导数分析进一步表明，去除3个外周蛋白导致P680红移。b．荧光光谱表明，去除3个外周蛋白会导致PSII核心复合物荧光发射强度下降，但不影响荧光发射峰位。c．FTIR测定结果说明，去除3个外周蛋白可使PSII核心复合物的光吸收产生变化，还使PSII核心复合物的蛋白质二级结构出现变化，其a-螺旋下降，无序结构增多。d．CD光谱同样表明，去除3个外周蛋白后光谱吸收峰产生变化或者位移。e．拉曼光谱表明，去除3个外周蛋白会导致B-胡萝卜素光吸收下降。光谱分析说明，3个外周蛋白可能通过维持PSII核心复合物的正常功能结构而影响着PSII核心复合物内光能的吸收利用。 综合上述结果和有关报道，我们认为，去除3个外周蛋白导致天线色素吸收的光能传递至反应中心出现障碍，光吸收相对降低的原因，一方面可能3个外周蛋白起能量传递的中间媒介作用，去除它们将影响能量传递，另一方面还有可能去除3个外周蛋白后破坏了PSII核心复合物各组分在光合膜上有规则的排列，造成微环境变化，导致能量传递出现障碍，光吸收下降。 本文的第二部分以Urea和CaC12分别分离纯化得到的33kD蛋白为材料，研究了33kD蛋白特性，结果如下： 1．对两种方法分离得到的33kD蛋白进行SDS- PAGE分析，没有发现明显区别。吸收光谱法证明了这两种33kD蛋白在200- 320IⅡn之间都有两个吸收峰。四阶导数分析显示，这两个吸收峰分别由不同的几个小峰所贡献，在两种33kD蛋白中它们的峰位和吸收强度有所差别。荧光光谱分析显示，两种33kD蛋白的荧光发射峰位均为306nm左右。 2. 33kD蛋白对外界条件变化很敏感，随着溶液pH值降低，33kD蛋白吸收峰不断增强且红移;随着溶液温度不断升高，33kD蛋白吸收峰也不断增强且兰移。所以，缓冲液的pH值和温度变化对33kD蛋白的性质有影响。 3．对分离得到的33kD蛋白提取物进行透析（去除其中的CaC12和尿素），首次发现33kD蛋白出现降解现象。电泳分析证明，两种方法分离的33kD蛋白降解产物的多肽数目和多肽分子量均有差别。 4．用等电聚焦电泳法首次证明了用Urea分离的33kD蛋白不是纯蛋白，它是由若干等电点不同的小肽和33kD纯蛋白组成，33kD纯蛋白的等电点为pl—5.2。双向电泳更充分证明了用Urea分离的33kD蛋白结合有许多小肽，其分子量几乎与33kD纯蛋白一致，但等电点不同。

Karyotypic relationships of horses and zebras: results of cross-species chromosome painting

Complete sets of chromosome-specific painting probes, derived from flow-sorted chromosomes of human (HSA), Equus caballus (ECA) and Equus burchelli (EBU) were used to delineate conserved chromosomal segments between human and Equits burchelli, and among four equid species, E. przewalskii (EPR), E. caballus, E. burchelli and E. zebra hartmannae (EZH) by cross-species chromosome painting. Genome-wide comparative maps between these species have been established. Twenty-two human autosomal probes revealed 48 conserved segments in E. burchelli. The adjacent segment combinations HSA3/21, 7/16p, 16q/19q, 14/15, 12/22 and 4/8, presumed ancestral syntenies for all eutherian mammals, were also found conserved in E. burchelli. The comparative maps of equids allow for the unequivocal characterization of chromosomal rearrangements that differentiate the karyotypes of these equid species. The karyotypes of E. przewalskii and E. caballus differ by one Robertsonian translocation (ECA5 = EPR23 + EPR24); numerous Robertsonian translocations and tandem fusions and several inversions account for the karyotypic differences between the horses and zebras. Our results shed new light on the karyotypic evolution of Equidae. Copyright (C) 2003 S. Karger AG, Basel.

Chryseobacterium flavum sp nov., isolated from polluted soil

A Gram-negative, non-motile, rod-shaped bacterial strain, designated CW-E 2(T), was isolated from a polluted soil sample collected from Jiangsu Province, China. A taxonomic study of the isolate, including phylogenetic analysis based on 16S rRNA gene seque

Bacillus pallidus sp nov., isolated from forest soil

A Gram-positive bacterium, designated strain CW 7(T), was isolated from forest soil in Anhui Province, south-east China. Cells were strictly aerobic, motile with peritrichous flagella and rod-shaped. The strain grew optimally at 30-37 degrees C and pH 7.0-8.0. The major fatty acids of strain CW 7(T) were anteiso-C-15:0, iso-C-15:0 and anteiso-C-17:0. The predominant menaquinone was MK-7. The cell-wall peptidoglycan contained meso-diaminopimelic acid. The G + C content of the genomic DNA was 42.3 mol%. Phylogenetic analysis indicated that strain CW 7(T) belonged to a monophyletic cluster within the genus Bacillus and showed 16S rRNA gene sequence similarities of less than 96.5% to recognized species of the genus Bacillus. The results of the polyphasic taxonomic study, including phenotypic, chemotaxonomic and phylogenetic analyses, showed that strain CW 7(T) represents a novel species of the genus Bacillus, for which the name Bacillus pallidus sp. nov. is proposed. The type strain is CW 7(T) (=KCTC 13200(T)=CCTCC AB 207188(T)=LMG 24451(T)).

Proposal of Sinomonas flava gen. nov., sp nov., and description of Sinomonas atrocyanea comb. nov to accommodate Arthrobacter atrocyaneus

A novel actinomycete strain, designated CW 108(T), was isolated from a forest soil in Anhui Province, China. The cells were strictly aerobic, non-motile, bent rods. The strain grew optimally at 30-37 degrees C and pH 6.0-8.0. Chemotaxonomically, the pepti

Phylogeny and biogeography of the Petaurista philippensis complex (Rodentia : Sciuridae), inter- and intraspecific relationships inferred from molecular and morphometric analysis

With modified DNA extraction and Purification protocols, the complete cytochrome b gene sequences (1140 bp) were determined from degraded museum specimens. Molecular analysis and morphological examination of cranial characteristics of the giant flying squirrels of Petaurista philippensis complex (P. grandis, P. hainana, and P. yunanensis) and other Petaurista species yielded new insights into long-standing controversies in the Petaurista systematics. Patterns of genetic variations and morphological differences observed in this study indicate that P. hainana, P. albiventer, and P. yunanensis can be recognized as distinct species, and P. grandis and P. petaurista are conspecific populations. Phylogenetic relationships reconstructed by using parsimony, likelihood, and Bayesian methods reveal that, with P. leucogenys as the basal branch, all Petaurista groups formed two distinct clades. Petaurista philippensis, P. hainana, P. yunanensis, and P. albiventer are clustered in the same clade, while P. grandis shows a close relationship to P. petaurista. Deduced divergence times based on Bayesian analysis and the transversional substitution at the third codon suggest that the retreating of glaciers and upheavals or movements of tectonic plates in the Pliocene-Pleistocene were the major factors responsible for the present geographical distributions of Petaurista groups. (c) 2005 Elsevier Inc. All rights reserved.

蛇毒因子消耗补体对大鼠同种心脏移植急性排斥反应的影响

探讨蛇毒因子(CW)消耗补体对大鼠同种心脏移植急性排斥反应的影响。方法建立Wistar至sD大 鼠同种异位心脏移植模型，实验组经静脉注射CVF以消耗受体血清中补体，观察移植心存活时间，并从实验组和对照组中分别 抽取5只大鼠于术后1、3、5、6、7 d定时活杀，对比观察移植心急性排斥反应程度，血清补体活性以及CIM+、CD8+T细胞浸润程 度。结果使用CVF的实验组，其移植一fi,存活时间显著延长，平均达(32．39±23．82)d，部分移植心甚至达到长期存活，而对照 组为(6．60±0．65)d(P<0．01)，病理检查及免疫组化证实实验组急性排斥反应程度、组织内C3沉积情况和CD4+、CD8+T细胞 浸润程度均较同期对照组明显减轻。结论CVF清除补体可抑制大鼠同种心脏移植急性排斥反应，显著延长移植心存活 时间。