Identification and characterization of novel reptile cathelicidins from elapid snakes

Three cDNA sequences coding for elapid cathelicidins were cloned from constructed venom gland cDNA libraries of Naja atra, Bungarus fasciatus and Ophiophagus hannah. The open reading frames of the cloned elapid cathelicidins were all composed of 576 bp an

Molecular Cloning and Sequence Analysis of Two cDNAs Encoding Metalloproteinase2disintegrin from Trimeresurus jerdonii

　从菜花烙铁头蛇的毒腺中,利用RT2PCR 进行体外扩增,克隆到2 个金属蛋白酶2去整合素基 因,命名为TJM21、TJM22. TJM21 cDNA 全长为1 528 bp ,编码481 个氨基酸;TJM22 cDNA 全长为1 578 bp ,编码484 个氨基酸. TJM21 和TJM22 都属于Ⅱ型蛇毒金属蛋白酶,由信号肽、前肽、金属蛋白酶、 间隔肽和去整合素5 部分组成. Ⅱ型蛇毒金属蛋白酶氨基酸序列的比较及进化分析显示,它可进一 步分为两类,一类包括大多数Ⅱ型蛇毒金属蛋白酶(其中含有TJM21) ,而TJM22 和agkistin 则组成了 另一类. 并且TJM22 和agkistin 的第407 位和第426 位残基都是半胱氨酸,而在其它Ⅱ型金属蛋白酶 的相应位置,407 位是丝氨酸,426 位则缺失. TJM22 和agkistin 均有可与整合素α2 Ⅰ区域特异性结合 的片段QPNRKRHDNAQ(残基276～284) ,这个片段在其它Ⅱ型金属蛋白酶中并没有发现. 因此推 断, TJM22 和agkistin 可能属于一类新型的Ⅱ型蛇毒金属蛋白酶.

四个烙铁头蛇毒凝集素样蛋白基因的克隆与序列分析

从烙铁头蛇（Trimeresurus mucrosquamatus）的毒腺中提取mRNA，利用RT-PCR进行体外扩增，获得凝集素样蛋白基因，克隆至PMD18-T载体中，筛选出4种凝集素样蛋白基因（命名为TML-1、TML-2、TML-3和TML-4）。由基因序列推导出的氨基酸序列表明：TML-1，2，3，4序列中均有CRD结构。序列同源性比较和Cys位点分析推测：TML-1和TML-2可能分别是类似于flavocetin-A的蛇毒凝集素样蛋白的#alpha#亚基和#beta#亚基；TML-3可能类似于GPIb-bp的蛇毒凝集素样蛋白的#alpha#亚基，TML-4则可能是类似于IX/X-bp的蛇毒凝集素样蛋白的β亚基。

人猿超科和旧大陆猴7种高等灵长类FKN全基因序列的测定及进化分析

测定人猿超科(人、黑猩猩、大猩猩、红毛猩猩和长臂猿)和旧大陆猴(猕猴和叶猴)7种高等灵长类FKN全基因序列,探讨其系统进化分析.用简并引物PCR(Degenerated PCR)法分别扩增FKN的3个外显子,其产物经琼脂糖凝胶回收、纯化后测序,然后用BioEdit软件剪切拼接FKN基因全序列,用DNAStar比对后比较基因和氨基酸序列同源性,Mega软件重构FKN基因进化树,应用Datamonkey分析FKN的负选择位点.序列分析发现人猿超科较旧大陆猴FKN基因除了有散在的点突变外,还有一明显的30 bp的核苷酸缺失突变;人FKN基因序列与黑猩猩、大猩猩、红毛猩猩、长臂猿、猕猴和叶猴的同源性分别是99.2%、98.4%、98.1%、96.5%%、95.95和93.8%,由此推导的氨基酸序列同源性分别是98.5%、98.0%、97.7%、94.7%、93.7%和90.5%;FKN基因进化树表明人与黑猩猩关系更近,FKN基因进化和通常认为的物种进化一致;Datamonkey分析结果显示FKN存在3个负选择位点53Q.84D、239N.成功获得人、黑猩猩、大猩猩、红毛猩猩、长臂猿、猕猴和叶猴7种高等灵长类物种FKN全基因序列,为后续探讨FKN在高等灵长类物种进化过程中免疫学功能演变及其结构与功能的关系奠定基础. 作 者： 洪晓武 张亚平 储以微 高海峰 蒋正刚 熊思东 HONG Xiao-Wu ZHANG Ya-Ping CHU Yi-Wei GAO Hai-Feng JIANG Zheng-Gang XIONG Si-Dong 作者单位： 洪晓武,储以微,高海峰,蒋正刚,熊思东,HONG Xiao-Wu,CHU Yi-Wei,GAO Hai-Feng,JIANG Zheng-Gang,XIONG Si-Dong(复旦大学上海医学院免疫学系,免疫生物学研究所,上海,200032) 张亚平,ZHANG Ya-Ping(中国科学院昆明动物研究所细胞与分子进化开放实验室,昆明,650223) 刊 名： 遗传 ISTIC PKU 英文刊名： HEREDITAS 年，卷(期)： 2008 30(5) 分类号： Q94 关键词： 人猿超科 旧大陆猴 FKN 测序 进化分析 机标分类号： R5 S86 机标关键词： 大陆灵长类全基因序列测定系统进化分析phylogenetic analysis基因进化树黑猩猩序列同源性长臂猿物种进化猕猴红毛负选择氨基酸琼脂糖凝胶基因全序列序列分析位点软件重构 基金项目： 国家自然科学基金，复旦大学校科研和教改项目 DOI：

梭鱼的分子系统地理学研究——晚更新世西北太平洋边缘海隔离分化及其有限的扩散能力

下载PDF阅读器西北太平洋具有独特的板块特征和地质历史,几个边缘海将亚洲大陆和太平洋隔开.在更新世冰期的低海平面时期,海洋生物群体可能会被隔离在日本海、东海和南海.伴随冰后期海平面的上升,以往的研究认为被隔离在3个边缘海的群体会因为扩散的作用而重新混匀.为了检验该假说,本研究探讨了梭鱼的系统地理格局.采集梭鱼分布范围内9个地点的272个梭鱼个体,分析其线粒体控制区5'端435 bp的片段.共检测到3个不同的单倍型类群,这3个单倍型类群可能是在更新世冰期被隔离在3个边缘海内而产生的分化.这一研究结果与以往的假设相反,3个单倍型类群在地理上的频率分布存在很大差异.分子方差分析和群体多样性指数都表明3个边缘海内的梭鱼群体间存在显著的遗传差异.这些结果表明:与基于生物学特性预期的梭鱼具有较高的扩散能力相反,梭鱼群体空间上的基因交流是很有限的.东海的梭鱼群体间缺乏系统地理格局,这可能是因为末次冰盛期后梭鱼群体发生了近期的栖息地扩张,群体间没有足够的进化时间在迁移-漂变间取得平衡.

人、黑猩猩和叶猴FKN全基因的克隆及体外表达的比较研究

下载PDF阅读器目的:克隆人、黑猩猩和叶猴FKN全基因及体外表达,比较研究FKN在进化过程中基因组水平和蛋白表达水平的差异.方法:应用基因重叠延伸拼接PCR法(Gene splicing by overlapping extension PCR,SOE-PCR)将FKN的3个外显子编码序列依次进行前后拼接,然后插入pcDNA3.1/myc-His(-)A真核表达载体中,经酶切、测序鉴定后转染CHO细胞体外表达,RT-PCR、SDS-PAGE和Western blot检测其表达产物.结果:酶切、测序鉴定证实插入的基因片段为完整的FKN,RT-PCR可从转染的CHO细胞中扩增出一条与目的基因大小一致的DNA片段,其表达蛋白能分泌至胞外,SDS-PAGE显示其分子量约为95 000,抗c-myc抗体可与载体上的c-myc蛋白特异性结合.测序显示人、黑猩猩和叶猴相比,FKN基因除了有散在的点突变外,还发现有一明显的30 bp的缺失,但此缺失对FKN蛋白的表达并不影响.结论:成功克隆人、黑猩猩和叶猴FKN全基因,基因组水平和蛋白表达水平的比较研究为后续探讨FKN在高级灵长类物种进化过程中免疫学功能的演变奠定基础.

Mitochondrial DNA D2loop Variation and Genetic Background of Brahman Cattle

对10 头原种婆罗门牛mtDNA D2loop 全序列912 bp 测序, 婆罗门牛遗传多样性丰富, 检测到的9 种单 倍型兼有瘤牛( B . indicus) 与普通牛( B . taurus) 的遗传背景, 核苷酸变异率为6125 % , 单倍型多态度为01978 ± 01054 , 核苷酸多态度为01014 30 ±01008 68。所有单倍型聚为明显的两大分支, 婆罗门牛的大部分单倍型为普通 牛单倍型类群, 并占绝对优势(90 %) , 仅Brah26 与亚洲瘤牛聚在一起, 属于亚洲瘤牛线粒体单倍型, 表明婆罗门 牛的确是集亚洲瘤牛、欧洲普通牛等优良特性于一身(易产犊、产肉性能好、耐热与体表寄生虫等) 的瘤牛品种之 一。育种学家引种瘤牛的目的是改善当地牛的生产力与适应性, 现代普通牛表现出明显又普遍的瘤牛渐渗现象。 对现代的瘤牛品种而言, 除亚洲瘤牛品种外, 普通牛对其他瘤牛品种育成的贡献同样高。支持瘤牛( B . indicus ) 为独立驯化、起源于印度次大陆的假说。

中国主要家鹅品种的遗传分化研究

利用PCR和DNA测序技术扩增了15个中国家鹅品种线粒体DNA控制区部分序列(1 042 bp ) 。研究 结果表明:伊犁鹅与14个品种间的核苷酸分歧度最高,为31805%～41067%;不同品种内核苷酸多样度表现出较 大的差异,为0～01116%。除伊犁鹅外的14 个家鹅品种中,豁眼鹅与其他品种间的核苷酸分歧度为01211% ～ 01272% ,明显高于其他品种间的0～01094%。中国家鹅品种的遗传分化格局与地理分布有关,豁眼鹅的分歧时 间较早,遗传漂变是导致豁眼鹅遗传分化的主要因素(Nm = 0102～0154 ) ,基因流则是另外13 个家鹅品种间遗传 分化不明显的主要因素(Nm = 1210～65133 ) 。

Molecular Phylogeny of Slow Lorises ( Nycticebus) Revealed by D2loop Sequences and Complete Cytochrome bGene Sequences of Mitochondrial DNA

本研究测定了懒猴属( Nycticebus) D 环的部分序列和细胞色素b 基因的全序列(1 140 bp) , 分析了 该属物种之间的系统发育进化关系。在DNA 水平上, 序列分析结果一致地提供了新的分类学证据: 支持Rata2 jszczak 和Groves 的观点, 即N1intermedus 只是N1 pygmaeus 的成体(Ratajszczak , 1998 ; Groves , 1971) 。对两种 序列的数据做了联合及个别分析, 获得相似的系统树, 支持懒猴属由两个单系群组成: 第一群由N1 pygmaeus 聚成, 第二群由N1coucang 聚成。该结果也提供了新的分子遗传证据, 支持懒猴属由N1coucang 和 N1 pygmaeus 两物种组成。

养殖褐牙鲆细胞色素b 基因序列的初步研究

对养殖褐牙鲆( Paralichthys olivaceus) 的线粒体DNA Cytb 基因的部分序列进行测定,测得的目的DNA 片段的长 度为410 bp ,其A(104 bp) 、T(119 bp) 、C(117 bp) 、G(70 bp) 4 种碱基平均含量分别为25. 4 %、29. 0 %、28. 5 %、17. 1 %。 在28 个褐牙鲆个体中共出现了3 种单倍型。白化褐牙鲆出现的第1 种和第3 种单倍型个体数分别为10 尾(占白 化褐牙鲆样本数的90. 91 %) 和1 尾(9. 09 %) ;6 尾黑化褐牙鲆均出现第1 种单倍型(100 %) ;正常褐牙鲆出现的3 种 单倍型尾数分别为7 尾(占正常褐牙鲆样本数的55. 56 %) 、2 尾(22. 22 %) 和2 尾(22. 22 %) ;测得的序列与既知序列 间在第6 bp 、第19 bp 和第402 bp 碱基处出现差异。由于褐牙鲆Cytb 基因的高度同源性,研究其白化、黑化和正常 状态时出现的序列差异,对于寻找褐牙鲆白化机理研究的分子标记意义重大。

六种鱼巴亚科鱼类线粒体细胞色素b 基因序列分析

测定了鱼巴亚科云南光唇鱼( Acrossocheilus yunnanensis) 、宽头四须鱼巴( Barbodes laticeps) 、抚仙金线鱼巴 ( Sinocyclocheilus tingi) 和滇池金线鱼巴( Sinocyclocheilus grahami) 4 种鱼类线粒体细胞色素b 基因DNA 序列402 bp ,结合已知的云南倒刺鱼巴( S pinibarb denticulatus yunnanensis) 和细尾长臀鱼巴( Mystacoleucus lepturus) 的同源 序列,组成1 个6 种代表鱼巴亚科5 属鱼类的数据集. 选用已知的云南鲴( Xenocypris yunnanensis) 作为外群,采用 邻接法、最大简约法和最大似然法构建了分子系统树. 结果显示: 倒刺鱼巴属( S pinibarbus) 和光唇鱼属 ( Acrossocheilus) 有较近的亲缘关系,四须鱼巴属( Barbodes) 和长臀鱼巴属( Mystacoleucus) 有较近的亲缘关系,而金 线鱼巴属( Sinocyclocheilus) 和它们的关系不能确定. 上述结果与它们的地理分布基本吻合.

Study on Mitochondrial DNA Cytochrome b Gene of Chinese sea bass, Lateolabrax sp.

参考鳗鲡等鱼类线粒体 DNA序列进行了中国花鲈线粒体 DNA细胞色素 b基因片断的引物设计、PCR扩增及其序列测定。得到中国花鲈的碱基序列为 4 10 bp,其 A、T、G、C含量分别为 10 1bp(2 4 .6 3% )、112 bp(2 7.32 % )、72 bp(17.56 % )、12 5bp(30 .4 9% ) ,与鳗鲡等其他鱼类相同基因片断序列碱基含量相似。

中国民族人群线粒体DNA 9bp序列 缺失的分布

采用PCR—PAGE方法，对16个少数民族群体和9个地区的汉族群体共1521 人进行了线粒体基因组COIl和tRNAb8基因间非编码序列中串联重复的9 bp序列缺失情况的检测．贵州苗族、布依旅的缺失频率在所研究的民族人群中最高，分别达到 32·4％和30．8％，云南佤族、拉祜族和新疆维吾尔族、蒙古族频率相当低(≤4％)，新疆哈萨克族群体中未检测到缺失类型，而其他群体的频率表现为中等或较低(6％。 24％)·除新疆汉族、贵州汉族和报道的台湾汉族外，其他各地汉族群体间缺失频率差异不大；有些来自同一地区或共同历史起源的民族群体的缺失频率没有表现出相边的分布趋势·总体上南方的、沿海的民族群体比北方的、内地的群体表现出较高的缺失频率．综合统计已报道的和此次研究的中国人群的9 bp缺失频率约为17．20％．另外，还在4个个体中检测到并经测序证实存在9 bp的3个重复；在随机抽样选择测定的有缺失和没有妖失的27个个体中，仅在1例中发现有报道的X．II型9 bp模式，

白头叶猴线粒体ND4基因和D-环区的序列及其分类地位初探

用PCR(多聚酶链式反应)扩增方法测定白头叶猴、黑叶猴和菲氏叶猴各1只的线粒体DNA ND4整个基因(1377 bp)和D-环500多bp序列。黑叶猴与菲氏叶猴的ND4基因序列碱基差异数高达123,基于ND4基因的遗传距离值为8.9%;白头叶猴与黑叶猴ND4基因序列间碱基差异数为25,遗传距离值为1.8%。在D-环区域,白头叶猴与黑叶猴间的遗传距离为4.3%,而白头叶猴、黑叶猴两者与菲氏叶猴间的遗传距离则分别高达26.4%和26.0%。分析结果表明,白头叶猴恐怕还只是黑叶猴的一个亚种。从保护遗传学角度看,白头叶猴应被看作一个进化显著性单元(evolutionary significant units, ESU),在动物的保护行动中应得到充分的重视。

黄牛、水牛体内人肉孢子虫18S rRNA基因研究及虫种鉴定

对自然感染的水牛源的人肉孢子虫以及黄牛源人肉孢子虫DNA的18S rRNA基因的PCR扩增产物进行了测序。对所获的863 bp的18S rRNA基因分析比较表明，二者有较高的同源性，因此认为二者可能同是一种肉孢子虫——人肉孢子虫（Sarcocystis hominis Railliet and Lucet，1891）。由此推断，不仅黄牛可作为人肉孢子虫的中间宿主，水牛也可作为人肉孢子虫的中间宿主。