Morphological and molecular phylogenetic analysis of two Saprolegnia sp (Oomycetes) isolated from silver crucian carp and zebra fish

Two Saprolegnia isolates, JY isolated from silver crucian carp (Carassius auratus gibelio Bloch) and BMY isolated from zebra fish (Brachydanio rerio Hamilton) came from infections occurring concurrently in different locations in China. To confirm whether the two isolates were from the same Saprolegnia clone, comparative studies have been carried out based on their morphological, physiological and molecular characteristics. Observations showed that morphologically (both asexual and sexual organs) the two isolates were broadly similar and both isolates under-went repeated zoospore emergence. Comparing 704 base pairs of internal transcribed spacer (ITS) region and the 5.8S rDNA, we found isolates JY and BMY shared an identical ITS sequence with a minor variation (99.6 % similarity). Forty available sequences for representatives Saprolegnia spp. belonged to four phylogenetically separate clades. The two studied isolates fell within clade I that comprised a group of isolates which showed almost an identical ITS sequence but had been identified as a number of different morphological species. our findings suggest that isolates JY and BMY appear to belong to the S. ferax clade and this clade (1) contains a number of closely related phylogenetic species. This is distinct from the more common fish pathogenic isolates, which belong to the S. parasitica clade (III) and are characterized by having cysts decorated by bundles of long hooked hairs and two further clades (II and IV) containing largely saprotrophic or soil born species. (C) 2009 Published by Elsevier Ltd on behalf of The British Mycological Society.

Influence of Potamogeton crispus growth on nutrients in the sediment and water of Lake Tangxunhu

An incubation experiment was performed on Potamogeton crispus (P. crispus) using sediment collected from Lake Tangxunhu in the center of China, in order to determine the effects of plant growth on Fe, Si, Cu, Zn, Mn, Mg, P, and Ca concentrations in the sediments and overlying waters. After 3 months of incubation, Ca, Mg, and Si concentrations in the water column were significantly lower, and P and Cu concentrations were significantly higher than in unplanted controls. The effect of P. crispus growth on sediment pore waters and water-extractable elements varied. Concentrations of Ca, Mg, Si, Fe, Cu, and Zn were significantly higher, and P was significantly lower, than in pore waters of the control. Water-extracted concentrations of Fe, Mg, and Si in the sediments were lower, and P was higher, than in the control. Presence of P. crispus generally enhanced concentration gradients of elements between pore waters and overlying waters but not for P. The growth of P. crispus was associated with an increase in water pH and formation of root plaques, resulting in complex effects on the sediment nutritional status.

Synopsis of the species of Myxobolus Butschli, 1882 (Myxozoa : Myxosporea : Myxobolidae)

A synopsis of 744 nominal species of Myxobolus Butschli, 1882 (Myxozoa, Myxosporea, Myxobolidae) is presented. For each species, the relevant morphometric and morphological data are indicated, as well as the host(s), site(s) of infection within the host and type-locality.

Retroposon analysis of major cetacean lineages: The monophyly of toothed whales and the paraphyly of river dolphins

SINE (short interspersed element) insertion analysis elucidates contentious aspects in the phylogeny of toothed whales and dolphins (Odontoceti), especially river dolphins. Here, we characterize 25 informative SINEs inserted into unique genomic loci during evolution of odontocetes to construct a cladogram. and determine a total of 2.8 kb per taxon of the flanking sequences of these SINE loci to estimate divergence times among lineages. We demonstrate that: (i) Odontocetes are monophyletic; (ii) Ganges River dolphins, beaked whales, and ocean dolphins diverged (in this order) after sperm whales; (iii) three other river dolphin taxa, namely the Amazon, La Plata, and Yangtze river dolphins, form a monophyletic group with Yangtze River dolphins being the most basal; and (iv) the rapid radiation of extant cetacean lineages occurred some 28-33 million years B.P., in strong accord with the fossil record. The combination of SINE and flanking sequence analysis suggests a topology and set of divergence times for odontocete relationships, offering alternative explanations for several long-standing problems in cetacean evolution.

The quantum tunnelling between two-component Bose-Einstein condensates in a double-well configuration

We examine in terms of exact solutions of the time-dependent Schrodinger equation, the quantum tunnelling process in Bose-Einstein condensates of two interacting species trapped in a double well configuration. Based on the two series of time-dependent SU(2) gauge transformations, we diagonalize the Hamilton operator and obtain analytic time-evolution formulas of the population imbalance and the berry phase. the particle population imbalance (a(L)(+)aL - a(R)(+)a(R)) of species A between the two wells is studied analytically.

The quantum tunneling between two-component Bose-Einstein condensates in a double-well configuration

In terms of exact solution of the time-dependent Schrodinger equation. we examine the quantum tunneling process in Bose condensates of two interacting species trapped in a double well configuration. We use the two series of time-dependent SU(2) gauge transformation to diagonalize the Hamilton operator obtain analytic time-evolution formulas of the population imbalance and the berry phase. The particle population imbalance (a(L)(+)a(L) - a(R)(+)a(R)) of species A between the two wells is studied analytically.

金属酞菁对单加氧酶的模拟

合成Mn~(++)、Fe~(++)、Co~(++)、Cu~(++)、Zn~(++)过渡金属酞菁和Sn~(++)酞菁，并对它们作了红外、紫外和元素分析。用上述金属酞菁、抗坏血酸和分子氧构成了一种新的单加氧酶和化学模拟体系，发现都可以在常温、常压下使苯羟化成酚。其中以铁酞菁活性最高，反应八小时苯的克分子转化率可达0.7%左右，其余（包括铈酞菁）大约比铁体系活性低20倍，约为0.02%～0.04%。与典型的模拟单加氧酶Udenfriend试剂比较，在没有丙酮等有机介质的情况下具有更高的活性。考察了抗坏血酸浓度、P~H值。底物苯的加入量以及温度等对羟化反应起始吸氧速度、苯的转化率的影响。发现，羟化反应速度与加入反应的抗坏血酸浓度成反比；中性、微酸性介质（P~H=4.7）对羟化反应有利，温度以35℃为宜；在抗坏血酸浓度较低时，苯的转化率几乎与其成正比关系，在浓度大于1M/g时，苯转化率的提高就比较小了。考察了含氮的各种胺类及含氧的丙酮等配位对化学模拟体系中Fe~(++)活性的影响。发现Fe~(++)周围的N原子数与铁离子的比例按1：1、1：2、1：3、1：4增加时铁模拟体系的活性几乎成正比提高，但是这又不如铁酞菁体系的活性，说明含N大环配位体-酞菁对铁离子的活化更为优越。并利用量子化学的概念对此作了解释。发现以往作为分散剂而加入到体系中的丙酮也是一种可以活化Fe~(++)的配位体。根据实验事实以及反应液的电子光谱分析，对羟化反应机理作了探讨，提出Fe~(++)、抗坏血酸(AsH_2)与适当配位体在微酸性介质中(P~H=4.7)形成中间三元络合物是羟化反应的第一步，指出G.A.Hamilton等人提出的“Oxenoid”机理忽略了适当配位体的重要作用；指明了Udenfriend试剂中的CDTA以及本实验所用的各种胺和丙酮的作用实质。提出Fe~(++)、适当配位体在低浓度和高浓度的抗坏血酸溶液中形成五配位和六配位的中间三元络合物，二者处于化学平衡状态。因为只有五配位的中间三元络合物才有活性，园满地解释了在抗坏血酸浓度低时羟化反应速度反而高于高浓度的这一反常的实验现象。根据五配位中间三元络合物的模型，进一步指出在模拟体纱中抗坏血酸不仅仅起到了授氢体的作用，它与单加氧酸酶P-450辅基的轴向第五配位体-含硫的胱氨酸残基类似，在分子氧的还原断裂中起着非常重要的作用。根据实验中的一些现象，对中间双氧络合物的存在也提出了看法。

海底沉积物声衰减同轴差距衰减测量法与其他测量方法的对比研究

以精度较高的现场测量Hamilton的原位测量所得数据为标准，对比研究了钱正明的直立同轴衰减测量法、刘强

支承弹簧对输液曲管固有频率和极限流速的影响

基于Hamilton变分原理,导出具有弹性支撑的1/4圆形输液曲管的变分—积分方程.采用多个函数组合的方法,选取满足边界条件的试函数,利用Galerkin直接法求出系统的固有频率和极限流速的近似解析公式.数值结果表明,弹簧对固有频率和极限流速都有显著影响.根据数值结果,用最小二乘法给出固有频率和极限流速与弹簧刚度的关系公式

不同积分变分原理的统一

依据定量因果原理的数学表示,统一地导出了Lagrange量中含坐标关于时间一阶、二阶导数的积分型的Hamilton原理、Voss原理、Hlder原理和Maupertuis-Lagrange原理等,给出了这些原理的本质联系和统一描述.得出f0=0并不是通常的保持Euler-Lagrange方程不变的结果,而是满足定量因果原理的结果.还得出Lagrange量的所有的积分型变分原理等价地对应于两类满足定量因果原理的不变形式.同时发现所有积分型变分原理的运动方程都是Euler-Lagrange方程,但不同条件的变分原理所对应的不同群G作用下的守恒量是不同的.从而可对过去众多零散的积分型变分原理有一个系统和深入的理解,并使这些变分原理自然地成为定量因果原理的推论.

Unified expressions of all integral variational principles

In terms of the quantitative causal principle, this paper obtains a general variational principle, gives unified expressions of the general, Hamilton, Voss, Holder, Maupertuis-Lagrange variational principles of integral style, the invariant quantities of the general, Voss, Holder, Maupertuis-Lagrange variational principles are given, finally the Noether conservation charges of the general, Voss, Holder, Maupertuis-Lagrange variational principles axe deduced, and the intrinsic relations among the invariant quantities and the Noether conservation charges of all the integral variational principles axe achieved.

Identification of a quasiparticle band in very neutron-rich Zr-104

The high spin levels of a very neutron-rich Zr-104 nucleus have been reinvestigated by measuring the prompt. rays in the spontaneous fission of Cf-252. The ground-state band has been confirmed. A new sideband has been identified with a band-head energy at 1928.7 keV. The projected shell model is employed to investigate the band structure of Zr-104. The results of calculated levels are in good agreement with the experimental data, and suggest that the new band in Zr-104 may be based on the neutron nu 5/2(-)[532] circle times nu 3/2(+)[411] configuration.

等时性回旋加速器的理论与设计

本论文比较系统地介绍了等时性回旋加速器的理论，并以兰州重离子加速器系统的注入器SFC和主加速器SSC两台等时性回旋加速器为例介绍该类型加速器的设计特点和设计方法，以及作者在这两台加速器上所做的一些具体设计和改进工作。 首先一般性地介绍加速器尤其是回旋加速器在原子核物理及粒子物理中的作用以及在其它应用学科中的作用，加速器学科尤其是回旋加速器的发展水平和发展趋势。在第二章中给出经典回旋加速器和等时性回旋加速器的理论基础，包括等时性加速原理，轴向聚焦和径向聚焦的稳定加速条件以及由扇块产生的方位角调变磁场提供的轴向聚焦力，径向运动稳定区和共振理论，和加速平衡轨道理论。从第三章到第五章，从等时场的建立，注入系统及引出系统等比较具体的方面来阐述该类型加速器的理论和各种实现方法。第三章介绍GORDON理论和Kb——Kr两种比较常见的理论等时场的建立方法，磁铁和线圈的设计和作用，以及磁场的测量。还介绍了对实际等时性磁场的评价以及通过对束流相位的测量来反映实际等时场的作用和对等时场的再优化等方法。在第四章中，系统地介绍了利用外离子源或利用其它加速器作为注入器时通常采用轴向或者径向注入方法。注入引出系统尤其是注入系统通常是影响一台加速器传输效率的关键性部分，因而在如何提高注入系统的效率方面人们做了大量的工作，特别是轴向注入方法。回旋加速器的中心区是注入的结束和正常加速过程的开始，其设计的好坏对注入效率和后面的束流轨道也是很重要的。第五章在讨论束流从加速器中的引出时，主要强调束流用户或后级加速器对引出束流品质的要求以及引出效率，因而强调了较高的内束流质量和单圈引出的重要性，以及提高引出点的圈距的具体的方法如提高加速圈距、共振进动和非共振进动方法。引出路径上的束流聚焦也是引出系统设计应考虑的一个方面。另外还介绍了再生引出和剥离膜引出方法。在这几章中不仅介绍了回旋加速器的理论，通常从Hamilton方法出发，而且还介绍了进行实际加速器设计中常用的束流轨道数值计算方法。但前者在理解加速器的物理图像方法以及在设计初期对某些重要的参数的评价和估计方面是很必要的。在介绍等时性回旋加速器的理论和设计方法的同时还以SFC和SSC两台回旋加速器和它们的分系统的具体设计为例子作了比较详细的实际应用对照。 论文的最后部分，即第六章是介绍作者自己在回旋加速器的理论和设计方面的部分工作，为了保持整篇论文的协调一致，没有将在国外所做的工作列入，只编入了在HIRFL上进行的直接与回旋加速器的物理设计有关的工作： ① 作者提出的一种新的等时场垫补和优化方法，该方法利用回旋加速器垫补线圈的磁场贡献具有台阶性的特点，对垫补或优化区域采取从小半径到大半径或反过来逐步垫补的方法，它既适用于紧凑式回旋加速器也适用于分离扇回旋加速器，它具有直观性和可对垫补及优化过程进行直接干预的特点。 ② 对SFC的轴向注入系统进行了改进设计，新的注入系统配备两台在线ECR离子源并加强和增加了注入束运线的功能，如增加了离子源的电荷态分析能力，束流发射度的限制功能、进行发射度测量和束流状态的监测功能等等。新的注入系统还提高了三次谐波加速情况下的注入电压以减小空间电荷效应的影响。相比原系统新的轴向注入束运系统有更高的注入效率，更好的调束手段和更好的空间安排。 ③ 对SFC轴向注入束运线的聚束器系统进行了重新设计，用二台分别工作再SFC采用基波加速模式和三次谐波加速模式下的不同聚束器结构代替原来的一台聚束器，以适应SFC较宽的加速粒子和能量范围，并提高了聚束器本身的指标，可以明显地提高轴向注入系统的传输效率和SFC的内束流质量，同时该聚束器系统还采用了新的半频聚束模式，在不影响SFC的效率和束流质量的情况下可以将SFC与SSC的理论纵向匹配效率由原设计的50%提高到100%。 ④ 对SFC加速器的中心区进行了改进设计，配合轴向注入系统将三次谐波加速时的注入半径由2.5cm提高到3.0cm，使加速较重的重离子的条件得到改善，并保留基波加速时2.5cm的注入半径，即新的中心区要适应两套注入参数，每次仅更换新的螺旋线型静电偏转镜。新的中心区还照顾到SFC高频DEE电压在某些情况下偏低的不足。 ⑤ 在对HIRFL加速器系统进行了全面的分析后，提出了一系列的提高其束流指标和运行效率的改进措施，作为进一步工作的方向，并给出了在完成目前正在进行的改进工作后和2000年前后HIRFL可能达到的束流指标。 在附录中一般性地介绍了Hamilton分析力学和带电粒子束的相空间理论，在讨论了束流动力学研究中经常用到的传输矩阵方法和轨迹跟踪方法。在附录二中介绍了加速器用的多电荷态离子源的情况，尤其是以ECR离子源为代表的高电荷重离子源的情况。

非相对论重离子碰撞动力学的两体关联输运理论

论文系统地介绍和分析了当前几类描述重离子碰撞动力学过程输运理论的优点和缺点，并针对这些理论的不足作为建立我们理论模型的出发点。例如BUU（Boltzmann-Uehling-Uhlenbeck）系列的输运过程，可以通过不同方法从量子多体理论依照扩展的时间相关的Hartree-Fock（ETDHF）的基本思想推导出来，并对重离子碰撞过程中有关平均场物理量给出了合理的描述。但由于推导中采用了一些半经典近似和参数化近似，破坏了平均场合碰撞项之间的动力学自洽耦合。特别是数值计算中采用了实验粒子系综平均法，从而丢失了多体关联和涨落，使其无法直接描述重离子碰撞中基本的碎块形成和多重碎裂过程。而量子分子动力学（QMD）系列的理论能够给出重离子碰撞过程中碎块形成的动力学描述，但至今无法从量子多体理论推导出有关QMD的输运方程。碰撞项是在数值计算中通过Monte Carlo抽样技术人为地加入的。那么，如何从量子多体理论出发推导出描述重离子碰撞动力学过程的，可将时间相关的平均场，多体关联进行自洽耦合描述的量子输运理论就成了本论文工作的中心目的。 基于王顺金等人建立的多体关联动力学理论，选用时间相关的相干态单粒子基矢作为新理论的工作表象，对两体关联动力学中的一体密度矩阵和两体关联函数进行轨道展开，推导出了描述非相对论重离子碰撞动力学过程的两体关联输运理论TBCTT（Two-Body Correlation Transport Theory）。TBCTT是一组包括时间相关的平均场，两体关联和Pauli原理的自洽耦合的动力学方程组。其中时间相关的相干单粒子基矢是该理论的一个关键问题。其时间演化的动力学可由多种不同的方法得到，如时间相关的Hartree-Fock方法，时间相关的变分方法等。但作为建立TBCTT工作的第一步，为了计算简便，我们采用经典的Hamilton方程来描述相干单粒子基矢中相空间参数的时间演化，然后通过与两体关联动力学的耦合而恢复TBCCT基本的量子特征。 利用TBCTT对几组轻的碰撞系统进行了数值计算和分析。计算结果表明：TBCTT可以给出重离子碰撞过程中的有关物理量时间演化过程的合理描述，得到了在不同入射道条件下与QMD模型的可比性结果。同时也在组态空间的有限截断和两体关联函数不同的等级截断下均得到了碰撞系统总动量，总能量和总粒子数的近似守恒结果，特别是能量守恒，这是一般半经典输运理论中一个重要的困难问题。另外还得到了两体关联函数不同的等级截断近似对碰撞动力学方面不同的描述。所用这些数值计算结果充分表明：TBCTT是一个有希望和有发展前途的能够描述重离子碰撞动力学的量子输运理论。最后我们对当前计算中所采用的近似和存在的问题进行了分析和讨论，提出了进一步改进和完善TBCTT的途径和方案。 我们在开始TBCTT的研究之前还对QMD进行了仔细的研究和改进。通过在平均场中引入Pauli势和对称势并利用摩擦冷却方法构造原子核基态，得到了一种改进的量子分子动力学MQMD。利用这种MQMD研究了12C+12C反应多重碎裂过程中的核结构效应，得到了与AMD和实验数据基本一致的结果。对QMD的改进和应用为开展TBCTT的研究工作创造了必要条件和准备。

原子力显微镜Tapping模式探针动力学与操作方法研究

自从1986年G. Binnig 等发明原子力显微镜(AFM)以来，纳米科技研究得到了快速发展，纳米科技研究的最终目标是从纳米甚至分子与原子尺度上制造功能器件或系统，而实现此目标的手段之一是研制能够在纳米尺度上进行精确可控操作的装置、方法与技术。对此，学者们对基于 AFM 的纳米操作进行了大量研究。基于AFM-Tapping模式的纳米观测与操作具有成本低、易实现性等特点，因而近年来成为纳米技术研究的热点。但基于AFM探针的纳米观测和操作的基本理论仍然很不完善，许多情况下缺乏基于探针观测与操作的纳观作用力的合理解释与描述，因此限制了基于探针的纳米技术发展。为了解决这一问题，本论文在国家自然科学基金项目“基于机器人化的纳米操作方法研究(60575060)”的支持下，广泛收集和查阅国内外相关资料，重点开展了AFM-Tapping模式下探针动力学解释方法与建模研究，并进行了基于AFM-Tapping的纳米操作方法研究。主要研究工作如下： 1)针对探针动力学建模问题，开展了基于Hamilton原理和变分原理的有边界条件的探针一维悬臂梁建模方法研究。利用模态叠加法和模态函数正交性对探针各阶模态进行了解耦分析，得到了解耦的探针动力学方程。 2)开展了纳观尺度下探针-样品作用力研究。分析与阐述了毛细力、接触力和摩擦力等纳观尺度作用力；开展了基于Lennard-Jones势模型的不同形状探针与样品间的相互作用势描述方法研究；并根据势能-力之间的关系，研究了可描述半球形探针与样品间相互作用力的数学表达式。 3)开展了基于弹簧振子模型的纳观非线性力作用下探针振动问题分析研究。首次提出了基于探针弹性力与非线性纳观力平衡关系的探针振动状态区域划分方法。在探针振动能量平衡分析的基础上，研究了AFM-Tapping模式中的双稳态现象，进而得到了描述双稳态现象的解析表达式。最后采用Lyapunov指数分析的方法，证明了探针在非线性振动中确实存在着混沌现象。 4)研究了基于AFM-Tapping模式的纳米操作方法。通过研究探针振幅调节控制和预编程作业轨迹规划策略，提出了一种具有增强探针概念的纳米作业方法。该方法可以在参数设定和预编程条件下自动完成纳米尺度的平移和旋转操作，从而可以大大提高纳米操作的效率和精度。实验结果验证了该方法的有效性。本文的工作为纳米操作方法的研究提供了可以借鉴的理论与实验经验，有助于推动基于AFM的纳米操作与制造技术的发展。