Preprocess and data analysis techniques for affymetrix DNA microarrays using bioconductor: a case study in Alzheimer disease

DNA microarray, or DNA chip, is a technology that allows us to obtain the expression level of many genes in a single experiment. The fact that numerical expression values can be easily obtained gives us the possibility to use multiple statistical techniques of data analysis. In this project microarray data is obtained from Gene Expression Omnibus, the repository of National Center for Biotechnology Information (NCBI). Then, the noise is removed and data is normalized, also we use hypothesis tests to find the most relevant genes that may be involved in a disease and use machine learning methods like KNN, Random Forest or Kmeans. For performing the analysis we use Bioconductor, packages in R for the analysis of biological data, and we conduct a case study in Alzheimer disease. The complete code can be found in https://github.com/alberto-poncelas/ bioc-alzheimer

Ingurumen epigenetika : ingurumen faktoreek gure epigenoman eta gure ondorengoenetan duten eragina

Epigenetika DNA sekuentzian aldaketarik gertatu gabe, geneen adierazpenean sortzen diren aldaketa heredagarrien multzoa da. Lan honetan ingurune faktore ezberdinak aztertzen dira, gugan duten eragin epigenetikoak ezagutzeko helburuarekin. Nahiz eta guztiz ulertzen ez diren, hiru mekanismo nagusi bereizten dira; DNA metilazioa, histonen eraldaketa eta RNA ez-kodetzailea. Inguruneak gure DNA eta kromosomen egoera baldintzatzen du eta, gainera, ondorengo belaunaldietan hereda daitezken sortutako aldaketak, gametogenesian epigenomaren berrantolaketa globala gertatu arren. Lan hau burutzeko “National Center for Biotechnology Information” web-guneko PudMed datu-basetik hainbat artikulu jaso ditut. Ondoren, artikuluetan oinarrituta lau multzotan sailkatutako eragileek (dieta, eguneko aktibitatea, tabako eta alkohola, metalak eta beste konposatu kimikoak) gene eta sekuentzia errepikakor desberdinetan duten eragina aztertu dut. Bildutako informazioa, hiru tauletan jaso ditut. Ikerlari desberdinek gene eta sekuentzia errepikakorren metilazio-maila neurtzeko erabiltzen dituzten metodo desberdinak ere bildu ditut. Amaitzeko, gene eta sekuentzia errepikakorrak erkatzen dira, eta etorkizunean, ikerketetan biomarkatzeile modura erabilita eskaini ditzeketen zenbait aukera aipatzen dira. Horrela, ingurune faktoreek sortutako gaixotasun eta ondorioak hobeto kontrolatu ahal izango dira.