ClpB proteina: informazio-bilketa eta proteomika ituratuaren bidez aztertzeko esperimentuaren diseinua

Zelulen bizi zikloan zehar zein inguruneko estimulu edo erasoen aurrean, geneek adierazpenean aldaketak pairatzen dituzte; proteinen sintesia beraz, prozesu dinamikoa da. Proteomikak izugarrizko jauzia suposatu du egoera ezberdinetan sintetizatzen diren proteinen inguruko ezagutzan. Hasiera batean esfortzu gehienak identifikaziora bideratzen ziren arren, azken hamarkadetan identifikazioaz gain, kuantifikazioak indar handia hartu du. Hala izanik, gaur egun ikerkuntza arloan lagin biologiko konplexuetako proteinen identifikazio eta kuantifikazioa bereizmen handiz eta era errepikakorrean burutzeko metodoen behar handia dago. Proteomika diziplina sortu zenetik eta berrikuntza teknologikoek lagunduta, geneen adierazpen mailaren, isoformen eta itzulpen ondoko eraldaketen inguruko geroz eta informazio gehiago lortzen den arren, egunera arte erabilitako metodo guztiek zenbait muga edo traba agertzen dituztela ukaezina da. 2D geletako proteinen analisiarekin hasi eta masa espektrometrian oinarritutako eskala handiko proteomikatik igarota, gaur egun masa espektrometrian oinarritzen den eta puri-purian dagoen proteomika ituratura heldu gara. Azken hurbilketa honek lagin konplexuetan bereizmen eta espezifikotasun handiz, interesekoa den proteina jakin bat edo batzuk identifikatu eta kuantifikatzeko aukera eskaintzen du. Proteomika ituratua SRM (Single Reaction Monitoring) teknikaren eskutik agertu zen arren, gaur egun PRM (Parallel Reaction Monitoring) teknika ari da aurrekoarekiko gailentzen are bereizmen eta sentikortasun handiagoa eskaintzen baitu. Testuingurua hau izanik, aurkezten den lan honetan, Escherichia coliren (E. coli) ClpB proteinaren identifikazioa burutzeko PRM bidezko esperimentu bat diseinatu da. Batetik, proteina honen jarraipena egiteko erabiliko diren peptido proteotipikoen aukeraketa eskala handiko MS/MS esperimentuen bidez zein eskuragarri dauden datu-baseak erabilita burutu daitekeela frogatu da. Bestetik, PRM esperimentua lagin konplexu batekin burutu eta hautatutako peptidoak behatu daitezkeela ikusi da. Are gehiago, lortutako emaitzei erreparatuta, peptidoen aukeraketa esperimentuaren arrakastarako faktore erabakigarria dela ondorioztatu da. Gainera, proiektu honetan aurkezten den lanarekin, orain arteko biokimikako beste teknikek eskatzen duten lan eskerga ekiditen da. Hortaz, PRM teknika lagin konplexuetan inolako frakzionamendu, purifikazio edo aberastasun pausorik gabe intereseko proteina baten kuantifikazioa burutzeko metodo egokia dela frogatu da.

GIB-1 birusaren env fusio proteinaren ingurune lipidikoaren azterketa

1-motako Giza Immunoeskasiaren Birusa (GIB-1) HIESaren erretrobirus eragilea da, sistema Immunearen infekzio kronikoa sortarazten baitu. Birus hau estalki lipidiko batez inguraturik dago, non bertan, zelula ostalaria ezagutzeaz eta berarekin fusionatzeaz arduratzen diren fusio proteinak (env) txertaturik dauden. Baina, env transmintz proteina hauen ingurune lipidikoa ezezaguna da, eta bere ikerketa interes berezikoa da, aipaturiko proteina horien aktibitatea erregulatzen duen osagaietako bat izan baitaiteke. Hori dela eta, proiektu honen helburu orokorra env transmintz proteinaren ingurune lipidikoa aztertzea izango da.

Nup93: informazio-bilketa eta proteomika ituratuaren bidez aztertzeko esperimentuaren diseinua

Gaur egun informazio teknologiei esker edozein gairi buruz eskuratu dezakegun informazioa izugarria da. Proteinei buruzko informazioa leku askotan sakabanatuta dago eta informazio hori bilatu eta biltzeak garrantzi handia du ikerketa proiektu bat abiatzerakoan. Proteomikak oso lagin konplexuetan dauden proteinak identifikatu eta kuantifikatzen ditu. Orain arte proteomika egiteko modurik arruntena shotgun proteomika izan da, bere helburua ahalik eta proteina gehien inolako aurreiritzirik gabe analizatzea delarik. Orain dela gutxi, proteomika kuantitatibo ituratua aplikatzen hasi da, proteina jakin batzuk oso modu sentikorrean eta fidagarrian kuantifikatzeko asmotan, Western plapaketaren alternatiba izatera helduz. Behin metodo ituratua diseinatu eta gero, lagin askotan erabiltzeko aukera ematen du, baina estrategia honek proteina bakoitzarentzako metodo ituratua diseinatzea eskatzen du. Nukleoko poro-konplexuak [Nuclear pore complexes (NPCs)] nukleoaren azalean zeharreko zitoplasma eta nukleoplasmaren arteko proteinen eta azido nukleikoen garraioan dira bitartekari. Aldi berean, iragazkortasun-hesia osatzen dute sarbidea mugatuz. NPCak zelulako konplexu handienetarikoak dira. Euren tamaina handia izanik ere (60 MDa ornodunen kasuan), gutxi gora behera nukleoporina (Nups) izeneko 30 proteina desberdinez osatuta daude. Nukleoporina desberdinak azpikonplexuak osatuz agertu ohi dira. Nup93 konplexuak, NPC egiturara errekrutatutako bigarren azpi-konplexurik handienak, NPCaren mihiztaduran ezinbesteko rola betetzen duela argitaratu dute berriki. Hizkuntza/Idioma: Euskera

Zeliakoentzako elikagaien elaborazioa. AKKPA eta laguntza-plangintza

Gaixotasun zeliakoa glutenarekiko intolerantzia jarraia da. Glutena gari, garagar, zekale, tritikale, kamut, espelta eta ziurrenik ere oloan dagoen proteina da. Glutenak zeliakoen heste-mukosan kalte larria eragin dezake eta ondorioz nutrienteen (poteina, gantz, karbohidrato, gatz mineral eta bitaminen) xurgapena muga dezake, kasu batzuetan desoreka nutrizionala eraginez. Gaixotasunaren sintoma ohikoenak beherakoa, malnutrizioa, sabeldistentsioa, elikagaien ukoa, anemia, osteoporosia eta, umeetan, hazkuntza-atzerapena dira. Espainian gaixotasun zeliakoaren prebalentzia %1 da, baina, hala ere, azken ikerketen arabera, zeliakoen %75 diagnostikatu gabe dago oraindik. Gaur egun, glutenik gabeko dieta jarraitzea da gaixotasun honek duen tratamendu bakarra. Glutenik gabeko dieta zorrotz bat jarraitzen denean, zeliakoek hestearen egitura normala berreskuratzen dute, eta aipatutako sintomak desagertzen dira. Pertsona zeliakoak glutena duten zerealak eta horien eratorriak baztertu behar ditu dietatik. Elikagai batzuk erraz identifikatzen dira: hala nola, irina, pasta, opilak, pastelak eta horien eratorriak, eta abar. Beste batzuk, ordea, elikagaiaren osagai direnez, ez dira elikagaitzat ezagutzen eta antzemateko zailagoak izaten dira. Talde horretan fekulak, malta, semolak, gehigarri loditzaileak, eta abar daude.

Membrane activities of Dynamin-related protein 1 (DRP1) and BCL2-related Ovarian Killer (BOK)

311 p.

FMDV 2B biroporina aktibitatearen liposoma-saioak eta erabilpena antibiralen garapenean

FMDV 2B biroporinak duen egitura eta funtzio aztertzeko helburuarekin, peptidoetan oinarritutako analisiak egin dira. Modu honetan, 2B proteina ezestrukturalak bi transmintz domeinu agertu ditu, II motako biroporina dela bermatuz. FMDV 2B biroporinaren aminoazido sekuentziak pikornabirusen 2B aminoazido sekuentziekin homologia erakusten du, 2B4 peptidoari dagokion sekuentzia gehigarria kontuan hartu gabe. Sekuentzia gehigarri hau bigarren domeinu litiko bat da, birus familia honetan deigarria dena. Jakinik birusek haien bizi zikloa aurrera eramateko behar-beharrezkoa den material genetikoa baino ez dutela, bi domeinu litiko izateak ebolutiboki zein funtzionalki garrantzia handia duela onar daiteke.

Pestivirus-en p7 biroporinaren adierazpena eta purifikazioa bakterioetan

Hepacivirus eta Pestivirus generoen artean antzekotasun handia dago, bai genomaren egituran zein erreplikazio mekanismoetan. Antzekotasun hau ez da ematen aldiz, Flavivirus generoko birusekin. Hepacivirus zein Pestivirus generoko birusek euren RNA poliproteina aitzindari bakar batera itzultzen dute; jarraian, birus beraren zein ostalariaren proteasa espezifikoek aitzindari honen prozesamendu proteolitikoa burutuko dute, era honetan, birusaren infekzioa aurrera eraman ahal izateko proteina estruktural eta ez estrukturalak lortuz.

Pseudomona sp-ren bidez kate ertaineko gantz azidoen esterasa ekoizteko bio-erreaktore baten operazio baldintzen eta zinetikaren azterketa

[EUS] Proiektu honen helburua esterasaren lorpena aztertzeaz gain, lorpenerako erabilitako Pseudomona putida mikroorganismoaren hartzidura aztertzea da, ondoren mikroorganismo horri dagokion parametro zinetikoak lortzeko eta erreaktore baten diseinua egin ahal izateko. Horrekin batera, hartziduran eragin dezaketen faktoreak aztertuko dira (tenperatura, aparra, aireztapena, pH …) kontrol eta monitoriazioan kontutan izateko. Horrez guztiaz gain eta prozesua erreaktorean aztertzeaz gain, matrazeetan ere aztertu da, ondoren bi sistemetako hazkuntzak konparatzeko eta aztertzeko helburuarekin. Hartzidura prozesuaren ostean, esterasa proteina lorpena mintzen bidezko prozesuetan oinarrituko da. Proiektu honetan mintzak duten eraginkortasuna kalkulatuko da, baita lortutako emaitzen inguruko hausnarketa bat egin ere.