Mechanisms of E2F2-mediated transcriptional repression

In this work we wanted to study the mechanism of E2F2-mediated repression. Our hypothesis is that E2F2 activates the expression of one or more E2F members of the “repressor” subset of the family through the E2F motifs present in their promoters, and those repressor E2F(s) would subsequently repress the target promoters. To address this hypothesis, we focused on E2F7. E2F7 is a repressor that lacks the Rb binding domain, and associates with DNA through E2F binding sites (de Bruin et al., 2003). Furthermore, E2F7 itself is also regulated by E2F motifs on its own promoter, and it has been shown to repress DNA metabolism and replication genes in late S-phase (de Bruin et al., 2003; Westendorp et al., 2012). E2F7, together with E2F8 has been found to form heterodimers, being critical on cell proliferation and development, and both seem to have similar functions (Li et al., 2008). Preliminary results from Zubiaga’s group have indicated that E2F2 activates E2F7 transcription in U2OS cells, suggesting that E2F2’s repressor function could be mediated by E2F7. For this purpose, we focused on studying E2F7’s role on the target genes previously known to be repressed by E2F2: Chk1 and Mcm5. The specific aims for this work were the following: - Confirm that E2F2 induces E2F7 in HEK-293T cells - Assess whether E2F7 acts as a transcriptional repressor on E2F sites - Evaluate the role of E2F7 on E2F2-mediated transcriptional repression of Chk1 and Mcm5.

miRNA polymorphisms are associated with risk of developing chronic lymphocytic leukemia

Chronic Lymphocytic Leukemia (CLL) is the most frequent leukemia of adults in Western countries and shows a ~8.5-fold increased relative risk in first-degree relatives. Up to date several studies have identified low-penetrance susceptibility alleles in CLL. Nevertheless, these studies scarcely study regions that do not encode proteins such as microRNAs (miRNAs). Abnormalities in miRNAs, as altered expression patterns and mutations, have been described in CLL, suggesting their implication in the development of the disease. Polymorphisms in these miRNAs may deregulate miRNAs expression levels and affect to the miRNA function. However, despite accumulating evidence that inherited genetic variation in miRNA genes can contribute to the predisposition for CLL, the role of these in the risk of CLL has not been extensively studied. Therefore, the aim of this study was to find new genetic markers of risk to CLL. To that end, we made a systematic search for SNPs in miRNAs and miRNAs deregulated in CLL and genotyped 213 polymorphisms in 401 samples of Spanish individuals. The literature search resulted in more than 100 miRNAs deregulated in CLL and 43 polymorphisms studied in the disease. Out of 213 genotyped SNPs, 13 showed to be significantly associated with CLL risk. rs2682818 in pre-mature miR618 was the most significant result, with 0.49 fold decreased risk to CLL. Interestingly, a previous study associated this SNP with an increased risk of developing follicular lymphoma. Secondly, rs10173558 SNP in mir- 1302-4 showed the highest risk association, with a 5.24 fold increased risk, but there were no previous works studying it. Finally, rs61992671 in miR412, previously associated with CLL risk, showed also association in our sample. In conclusion, we find 13 alleles which could contribute to the risk of CLL. However, new large-scale studies including functional analyses will be needed to validate our findings.

Study and comparison of four forest structures on Mt. Chortiatis (northern Greece)

EL proyecto estudia y analiza la estructura de cuatro bosques en el monte Chortiatis, Grecia.

El VIH: el origen, la patología y el tratamiento

The HIV (Human Immunodeficiency Virus) is a very important disease in the world, with approximately 35 million people infected. In this study we have tried to expose the main characters of the virus, explaining the disease and the illness associated to the HIV. Besides, we have explained the antiretroviral treatments that are the most important weapon against the HIV. However, any of these treatments do not eliminate the HIV in the human body. For this reason, we have been looking for the new treatments and researches that have been development in the last years, including vaccines and genetic resistance. In addition, we have described the situation of the SIV (Simian Immunodeficiency Virus) in Africa, because it is the origin of the disease. The prevalence of the virus in primates population is something that have being studied for the last years, because it could be a new threat to the human population. Finally, we have proposed the researches lines that seems to be more effective and the ones that, in a future, could eliminate the virus in the human body.

El uso de juegos de Rol en la docencia: el juego de la Negociación Climática Internacional

En este artículo presentamos un juego de rol sobre negociación climática internacional que ha sido diseñado por los autores. El juego ha sido utilizado tanto en la universidad, con alumnos que están cursando los mismos estudios, como en cursos de verano con alumnos de diferentes niveles de formación (estudiantes de grado o master, estudiantes de doctorado e investigadores postdoctorales) y áreas de conocimiento (economía, derecho, ingeniería, arquitectura, biología,.. etc.). Se muestra, además, cómo encaja el juego en el proceso de aprendizaje por competencias, así como los beneficios que tiene el uso de juegos, y concretamente juegos de rol o “role-playing” en la docencia. A través del juego, los alumnos asumen el rol de representante institucional de un país y viven, en primera persona, los pormenores de una negociación internacional sobre Cambio Climático.

Is inbreeding avoidance driving female mate choice in Verreaux's sifaka lemurs?

Females of different species might exert female mate choice for different reasons, one of them the aim of avoiding inbreeding. In this study I examine the implication of inbreeding avoidance as a mechanism driving female mate choice in Verreaux’s sifaka lemurs (Propithecus verreauxi). In fact, in this species females are dominant and appear to be able to choose certain males to mate with, while observations indicate that rank, body size, canine size and proportions of fights won are not factors influencing female mate choice. So I hypothesized that females mate choice is driven by inbreeding avoidance in Verreaux’s sifaka lemurs. Tissue and fecal samples were collected in the Kirindy Mitea National Park in western Madagascar as a source of DNA. Parentage was assigned for a sample of the population and relatedness coefficients between dams and sires were estimated and compared to those of between random female and male pairs, dams and other candidate sires within the population and within the groups were the offspring were conceived. I found that there were no significant differences in none of the comparisons which means that Verreaux’s sifaka females do not mate more with males that are more distantly related to them. I concluded that inbreeding avoidance does not appear to be the main force driving female mate choice in Verreaux’s sifaka lemurs and I addressed explanations for these findings. With this study I contribute to our knowledge of female mate choice in lemurs.

Migración descendente de esguines de Salmón Atlántico en el río Urumea: control de la población y factores ambientales

El objetivo de este estudio es realizar el control de la de la población de esguines de salmón atlántico en migración descendente al mar,y analizar dicha migración en un marco de parámetros hidrológicos. Para ello, se instaló un capturadero portátil en el canal de derivación de la Papelera Zikuñaga que permitiera capturar una parte de la población de esguines y poder así monitorizarla. Se estimó una población de esguines en migración mayor que en los últimos datos publicados para este emplazamiento, en 2011.

Mintz ereduetan toxina proteiko batekin egindako ikerketa espektroskopikoa

Lan honetan ACT toxinaren mutante batek, ACTΔN482, mintzean eskuratzen duen konformazioa aztertu da MC540 zunda erabiliz.

Neutral red uptake (NRU) entseguaren optimizazioa lur-zizareen sistema immuneko zelulen kultibo primarioetan

Azken urteotan eman diren kutsatzaile desberdinen gehiegizko isurpen edo erabilpena dela eta, lurzoruetan metal astunak metatu dira eta horrek , kate trofikoaren oinarrian dauden organismoen gainean k altea k sorrarazi d itu. Eisenia fetida zizarea espezie zent inela gisa erabili da lur entsegu ekotoxikologi koet an . Esperimentu honetan Eisenia fetida - ren jariakin zelomikoan dauden eta babes funtzioa duten zelomozitoak pH desberdinetara edo Kadmio bezalako metalera esposatzeak Neutral Red (NR) edo gorri neutro tindatzaile kationikoaren harreran eta fagoz itosi ahalmenean , eragina duen aztertu nahi izan da. Esperimentua in vitro egin zen 3R filosofia jarraituz. Alde batetik, pH desberdinen eragin ari dagokio nez gorri neutroaren harrera ( NRU ) entsegua n erantzun bimodal bat behatu zen eta beste alde bate tik, f agozitatzeko ahalmenari dagokiola zelomozitoak Eagle medioan kultibatzean ez zen aldaketa esangarria ikusi kadmioa ren, kontr olaren eta kontrol positi boaren artean. Bai ordea L - 1 5 medioarekin, non kontrol posit iboa k beste biak baino absorbantzia handiagoa erakutsi zuen. Emaitza hauek erakusten dute zelomozitoe n mintza gradualki kaltetzen doala pH neutrotik aldentzen doan heinean eta puntu batetik aurrera NRU emendatzen da zelomozito batzuen (amebozitoen) fagozitosia aktibatzen d el a ko .

Nukleosidoen gehikuntzaren eragina estres erreplikatiboan eta seneszentzia zelularrean: E2F1-/-/E2F2-/- makrofagoen kasua

E2F1 eta E2F2 transkripzio-faktoreek funtzio garrantzitsua dute ziklo zelularraren errgulazioan. Sagu knockout-etan eginiko saioetan deskribatu da E2F1 eta E2F2 geneen absentzian DNAren bikoizketa-tasa emendatuta dagoela makrofagoetan, eta ondorioz seneszentzia goiztiarra aktibatuta dagoela zelula hauetan. Seneszentzia horren mekanismoak ez dira ezagutzen, baina uste da DNAren estres erreplikatiboaren eraginez gertatzen dela. Oraintsu argitaratutako lan batzuren arabera, onkogeneek eragindako desegonkortasun genomikoa nukleosido mailaren urritasunagatik sortzen dela proposatu da. Emaitza hauek kontutan harturik, E2F1-/-/E2F2-/- (DKO) makrofagoen kultiboei nukleosidoak gehitu dizkiet exogenoki, eta zelula hauen proliferazioaren jarraipena egin dut. Nukleosidoekin trataturiko kultiboetan DNAren kalteen jaitsiera eta seneszenziaren saihespena detektatu ditut. Emaitza hauek zera iradokitzen dute, DKO zeluletako seneszentzia goiztiarraren arrazoia DNAren hiper-erreplikazioak sortutako nukleosidoen urritasuna izan daitekeela.

Nup93: informazio-bilketa eta proteomika ituratuaren bidez aztertzeko esperimentuaren diseinua

Gaur egun informazio teknologiei esker edozein gairi buruz eskuratu dezakegun informazioa izugarria da. Proteinei buruzko informazioa leku askotan sakabanatuta dago eta informazio hori bilatu eta biltzeak garrantzi handia du ikerketa proiektu bat abiatzerakoan. Proteomikak oso lagin konplexuetan dauden proteinak identifikatu eta kuantifikatzen ditu. Orain arte proteomika egiteko modurik arruntena shotgun proteomika izan da, bere helburua ahalik eta proteina gehien inolako aurreiritzirik gabe analizatzea delarik. Orain dela gutxi, proteomika kuantitatibo ituratua aplikatzen hasi da, proteina jakin batzuk oso modu sentikorrean eta fidagarrian kuantifikatzeko asmotan, Western plapaketaren alternatiba izatera helduz. Behin metodo ituratua diseinatu eta gero, lagin askotan erabiltzeko aukera ematen du, baina estrategia honek proteina bakoitzarentzako metodo ituratua diseinatzea eskatzen du. Nukleoko poro-konplexuak [Nuclear pore complexes (NPCs)] nukleoaren azalean zeharreko zitoplasma eta nukleoplasmaren arteko proteinen eta azido nukleikoen garraioan dira bitartekari. Aldi berean, iragazkortasun-hesia osatzen dute sarbidea mugatuz. NPCak zelulako konplexu handienetarikoak dira. Euren tamaina handia izanik ere (60 MDa ornodunen kasuan), gutxi gora behera nukleoporina (Nups) izeneko 30 proteina desberdinez osatuta daude. Nukleoporina desberdinak azpikonplexuak osatuz agertu ohi dira. Nup93 konplexuak, NPC egiturara errekrutatutako bigarren azpi-konplexurik handienak, NPCaren mihiztaduran ezinbesteko rola betetzen duela argitaratu dute berriki. Hizkuntza/Idioma: Euskera

Optimización de la metodología para la producción de hongos comestibles

El cultivo de hongos comestibles saprófitos constituye un sistema de producción-consumo, que ha adquirido gran relevancia social, económica y ecológica. Con el fin de abaratar costes a la vez que aprovechar y reciclar residuos forestales, el objetivo de este trabajo se ha centrado en evaluar la viabilidad del aserrín de Eucalyptus globulus como soporte del cultivo en bolsa de Lentinula edodes (hongo comercializado conocido como Shiitake) y Agrocybe aegerita (hongo no comercializado comúnmente llamado Seta de Chopo). Se han evaluado 6 formulaciones, todas ellas con el aserrín como componente principal y con adición de diferentes suplementos: cereales (salvado y mijo), un controlador del pH (CaCO3) y un estimulador de crecimiento (CaSO4). Se ha determinado el crecimiento miceliar sobre cada uno de los sustratos, así como la producción de carpoforos (tanto en cantidad como en calidad) y la duración del periodo de fructificación. La mezcla más efectiva para la producción de L. edodes fue aquella que contenía yeso y azúcar mientras que para A. aegerita el salvado resultó ser el mejor suplemento.

Papel de E2F1 y E2F2 en la instauración de esteatosis inducida por dieta rica en grasa

Los factores de transcripción E2F son cruciales en la transición G1/S del ciclo celular. El factor de transcripción E2F1 regula el metabolismo oxidativo y su falta genera resistencia a obesidad. Se desconoce si E2F1 y E2F2 están implicados en la regulación de la homeostasis metabólica hepática. Por ello, el objetivo fue investigar el papel de E2F1 y E2F2 en la modulación del metabolismo lipídico hepático y su repercusión a nivel orgánico. Se utilizaron ratones macho de 3 meses E2F1-/-, E2F2-/- y sus controles que serán alimentados con dieta control o rica en grasa (HFD) durante 10 semanas. Se analizaron parámetros séricos en estado de alimento y tras 13 horas de ayuno. Se investigaron in vivo los flujos metabólicos hepáticos implicados en la disponibilidad de fosfolípidos, diglicéridos y triglicéridos (TG) tras administración de sustratos radiactivos.

Papel de la N-nervonil esfingomielina en la organización lateral y la estabilidad nanomecánica de bicapas lipídicas

Los lípidos de las membranas biológicas no son perfectamente miscibles entre sí, con frecuencia dan origen a “dominios” bidimensionales separados lateralmente cuando se resuspenden en agua. Las mezclas esfingomielina/dioleilfosfatidilcolina/colesterol dan origen con frecuencia a dominios, pero esto no ocurre cuando la esfingomielina es insaturada (p. ej. N-nervonil esfingomielina). En este trabajo se han aplicado técnicas calorimétricas y estructurales para estudiar el comportamiento de mezclas N-nervonil esfingomielina/dioleilfosfatidilcolina/colesterol/ceramida. En presencia de ceramida y de N-nervonil esfingomielina se observa formación de dominios laterales, al contrario de lo que ocurría en ausencia de ceramida.

Estudio de los sueros ricos en factores de crecimiento y de su efecto sobre células de epitelio corneal

Objetivos: Estudiar cómo afecta a la concentración de determinados factores de crecimiento presentes en los sueros la filtración (utilizado como método de esterilización) y el tratamiento por calor (utilizado para la inactivación del complemento). Además de estudiar el efecto de un bioadhesivo (ácido hialurónico, HaNa), aplicado solo o conjuntamente con el suero rico en factores de crecimiento (s-PRGF), sobre la capacidad de las células de epitelio corneal (HCE) para proliferar y migrar. Materiales y métodos: Se midió mediante kits ELISA comerciales la concentración en las diferentes condiciones de filtración y calentamiento de las siguientes biomoléculas EGF (Epidermal Growth Factor), VEGF (Vascular Endothelial Growth Factor), HGF (Hepatocyte Growth Factor), PDGF (Platelet-derived Growth Factor) y la Fibronectina. Teniendo en cuenta el papel de la proliferación y migración celular en los procesos de cicatrización se han realizado dos ensayos diferentes in vitro: un ensayo MTT para estudiar la viabilidad y la proliferación celular y el método de la herida (Scratch wound-healing assay) para determinar la capacidad migratoria de células bajo ciertos tratamientos: BSA (Bovine Serum Albumin) al 1% como control, FBS (Fetal Bovine Serum) al 10%, s-PRGF al 45%, s-PRGF al 45% con HaNa 0,1% y HaNa al 0,1% Resultados: En el caso de la filtración, se observa una mayor pérdida de factores utilizando un filtro con una membrana de PVDF (Durapore®) para todos los factores estudiados. El calentamiento produce una reducción de la concentración superior al 50% en el caso del HGF y EGF, manteniéndose constante en el caso del VEGF.La mezcla de diferentes muestras con el complemento inactivado para formar un pool no presenta cambios en la concentración al compararlo con la media de las muestras utilizadas. Por tanto, la utilización de un pool del hemoderivado no supone perdida de factores de crecimiento, haciendo de ello un procedimiento perfectamente aceptable para los ensayos celulares. El tratamiento con s-PRGF y el combinado con el bioadhesivo promueven la proliferación y migración de las células de epitelio corneal humano(HCE) in vitro de manera similar, no encontrándose diferencias estadísticamente significativas entre ambos. Conclusiones: La adicción del bioadhesivo no produce efecto tóxico en las células, sin embargo, no se han encontrado efectos beneficiosos en cuanto a proliferación y migración se refiere. A este respecto, creemos que hay que dar un paso más haciendo comprobaciones in vivo, ya que, a diferencia de la experimentación in vitro los componentes de los hemoderivados no están indefinidamente en contacto con las células sino por un espacio de tiempo muy reducido. Por ello, la concentración de factores de crecimiento en la aplicación in vivo es especialmente importante, y no sería conveniente reducirla mediante procedimientos físicos como la filtración o el calentamiento.