Apport d'un programme de génétique à une filière de production aquacole : l'exemple de l'ostréiculture

Two oyster species are currently present along the French coasts : the indigenous European flat oyster (Ostrea edulis), and the Pacific cupped oyster (Crassostrea gigas), that has been introduced from Japan since the beginning of the 70ies. The flat oyster successively suffered from two protozoan diseases during the 60ies and its production decreased from 20 000 tons/year by that time to 1 500 tons/year nowadays. Consequently, the oyster production is principally (99%) based upon the Pacific oyster species with approximately 150 000 tons/year among which 90% are grown from the natural spat. However, the hatchery production of this species is developing and was estimated to 400 to 800 millions spat in 2002. Moreover, strengthened relationships between IFREMER and the 5 commercial hatcheries, that all joined the SYSAAF (Union of the French poultry, shellfish and fish farming selectors), allow to plan for new genetic breeding programs. At the end of the 80ies, IFREMER initiated a genetic breeding program for the resistance of the European flat oyster to the bonamiosis, and obtained strains more tolerant to this disease. After two generations of massal selection, molecular markers had identified a reduced genetic basis in this program. It was then reoriented to an intra-familial selection. However, we were confronted to a zootechnic problem to manage such a scheme and we compromised by an intra-cohorts of families selection scheme managed using molecular markers. The program has now reached the transfer level with experimentation at a professional scale. Concerning the Pacific cupped oyster, and in parallel with the obtaining and the study of polyploids, performance of different Asian cupped oyster strains were compared to the one introduced in France thirty years ago and currently suffering from summer mortalities. The local strain exhibited better performance, certainly based upon a good local adaptation. In other respects, although early growth is a relevant criteria for selection for growth to commercial stage, it is not to be privileged in the context of an oyster producing region with a limited food availability. Contrary, the spat summer mortality became a priority for numerous teams (genetic, physiology, pathology, ecology,...) joined in the MOREST program. The first results showed important survival differences between fullsib and halsib families. They indicate a genetic determinism to this character "survival" and promote for its selection.

Recueil des campagnes océanographiques françaises 2006

Ce recueil présente les résumés des campagnes océanographiques des organismes publics français qui se sont déroulées en 2006 sur les navires français ou en coopération sur d’autres navires. Les navires océanographiques français sont gérés par les organismes suivants : * CNRS/INSU (Centre National de la Recherche Scientifique / Institut National des Sciences de l’Univers), * IFREMER (Institut Français de Recherche pour l’Exploitation de la Mer), * IPEV (Institut Polaire Français – Paul Emile Victor), * IRD (Institut de Recherche et Développement, anciennement ORSTOM), * MARINE NATIONALE/SHOM (Service Hydrographique et Océanographique de la Marine Nationale). Enfin, des accords d’échange de temps navire existent avec plusieurs pays dont la Grande-Bretagne, l’Allemagne, les Etats-Unis et l’Espagne. Ils permettent de réaliser des campagnes sur des navires de ces pays. Les résumés (Cruise Summary Reports) des campagnes sont publiés annuellement dans ce recueil depuis l’année 1977, et archivés dans la base du SISMER « Campagnes Océanographiques Françaises ». Par ailleurs, dans le cadre du programme européen SeaDataNet (contrat n°026212, http://www.seadatanet.org ), ces résumés sont transmis au BSH/DOD (Centre national de données allemand) qui assure la diffusion internationale des CSR (Cruise Summary Report) européens, en particulier vers le CIEM. La collecte et la circulation internationale de ces résumés constituent une composante importante des échanges internationaux de données océanographiques. En retour, ils facilitent la constitution de jeux de données globaux accessibles à tous. C’est un devoir d’y contribuer, c’est aussi un intérêt pour tous.

Recueil des campagnes océanographiques françaises 2005

Ce recueil présente les résumés des campagnes océanographiques des organismes publics français qui se sont déroulées en 2005 sur les navires français ou en coopération sur d’autres navires. Les navires océanographiques français sont gérés par les organismes suivants : * CNRS/INSU (Centre National de la Recherche Scientifique / Institut National des Sciences de l’Univers) * IFREMER (Institut Français de Recherche pour l’Exploitation de la Mer) * IPEV (Institut Polaire Français – Paul Emile Victor) * IRD (Institut de Recherche et Développement, anciennement ORSTOM) * SHOM (Service Hydrographique et Océanographique de la Marine Nationale) Enfin, des accords d’échange de temps navire existent avec plusieurs pays dont la Grande-Bretagne, l’Allemagne, les Etats-Unis et l’Espagne qui permettent de réaliser des campagnes sur des navires de ces pays. Les résumés (Cruise Summary Reports) des campagnes sont publiés annuellement dans ce recueil depuis l’année 1977, et archivés dans la base du SISMER « Campagnes Océanographiques Françaises ». Par ailleurs, dans le cadre du programme européen SeaDataNet (contrat n°026212, http://www.seadatanet.org), ces résumés sont transmis au BSH/DOD (Centre national de données allemand) qui assure la diffusion internationale des CSR (Cruise Summary Report) européens, en particulier vers le CIEM.

Analyse prospective jusqu'en 2025 de la demande en recherche des pays du sud dans le domaine des "ressources vivantes" - Rapport final

L'accélération des changements dans tous les domaines, qu'il s'agisse d'environnement, de technologies ou de la vie des sociétés humaines, est une donnée majeure de notre temps. Jusqu'au XIXe siècle, les hommes gardaient une relative maîtrise des révolutions, qu'elles soient techniques (la vapeur, l'électricité, l'atome, ... ) ou sociales (la démocratie, le communisme, etc). A la fin du XXe siècle, la complexité des sociétés humaines, le foisonnement des découvertes scientifiques rapidement exploitées par l'industrie à des fins économiques et l'interdépendance croissante de toutes les activités dans des écosystèmes fragilisés ont conduit les communautés humaines à davantage subir les révolutions: mondialisation d'une économie de plus en plus immatérielle, explosion de l'informatique dans tous les secteurs, évolution du climat, bouleversement des modes de vie et de la vie même (actions sur les génomes animaux, voire humains) ... Aussi, cette accélération des changements rend d'autant plus indispensable une capacité d'anticiper les tendances et les enjeux qui déterminent l'avenir afin de disposer d'une liberté de réflexion et d'action indépendante de la stricte contrainte des évènements.

Qualification zoo-sanitaire du naissain de captage 2014 de l'huître creuse Crassostrea gigas (QUALIF) - Détection précoce des maladies en épreuve thermique de laboratoire

Depuis 2008, des mortalités massives d’huîtres creuses âgées de moins d’un an sont relevées sur le littoral français dès que la température de l’eau de mer atteint le seuil de 16°C. Ces mortalités de naissains sont associées à la détection du virus OsHV-1 μVar. Depuis 2010, des travaux de qualification zoo-sanitaire ont montré qu’environ un lot de naissains de captage sur deux était infecté par le virus avant l’apparition des mortalités dans le milieu naturel. En 2014, dans le cadre de la première action QUALIF, les résultats de la qualification zoo-sanitaire des naissains du captage de l’année 2013 à l’échelle nationale ont mis en évidence le caractère infectieux des maladies développées par ces naissains porteurs latents d’OsHV-1 μVar. L’objectif 2015 du second volet QUALIF consistait à reproduire le travail de qualification zoo-sanitaire OsHV-1 μVar pour les naissains du captage de l’année 2014. Les résultats (2014 et 2015) permettront d’aborder la variation interannuelle du statut zoo-sanitaire des naissains pour chacun des sites étudiés. La méthodologie de l’épreuve de qualification zoo-sanitaire consiste en une période de 1 mois d’isolement des naissains en conditions contrôlées de laboratoire. Lors de cette épreuve, la température de l’eau de mer est maintenue constante à 21°C et la mortalité est relevée tous les 10 jours. La survie finale et les analyses qPCR permettent de qualifier le statut sanitaire en terme de portage OsHV-1 μVar de l’échantillon (infecté ou non infecté). De début janvier à fin mars 2015, 39 échantillons de naissains âgés de 5 à 7 mois ont été prélevés dans 6 sites du littoral français (étang de Thau, bassin d’Arcachon, bassin de Marennes Oléron, baie de Bourgneuf, embouchure de La Vilaine et rade de Brest) pour être testés en épreuve thermique de laboratoire (ETL) dans l’outil expérimental Ifremer à Argenton. Les résultats montrent que 25 des 39 (soit 64 %) lots de naissains de captage testés ont développé des maladies en ETL associés à des mortalités cumulées variant de 6 à 72 %. Cette valeur de 64 % de lots détectés est plus élevée que celle précédemment observée en 2014 (55 %). Les résultats de cette seconde campagne de qualification zoo-sanitaire sont favorables pour les naissains de l’étang de Thau (absence de mortalité), moins favorables pour ceux d’Arcachon, Marennes Oléron, et ceux de la baie de Bourgneuf (réponses contrastées en terme de mortalité intra-site) et très défavorables pour les naissains de La Vilaine et de la rade de Brest (mortalités observées sur tous les échantillons testés). La principale conclusion de cette seconde étude de qualification zoo-sanitaire est identique à celle de 2014, à savoir qu’il est existe dans le milieu naturel en période hivernale des lots de naissains de captage infectés par OsHV-1 μVar sans développement apparent des maladies. Ces lots de naissains porteurs latents d’OsHV-1 μVar sont détectables en ETL et la présence d’OsHV-1 μVar peut alors être confirmée par qPCR. Dans le contexte actuel d’épizooties chroniques, nos résultats confirment à nouveau qu’il est possible d’identifier précocement les lots de naissains infectés ou non par OsHV-1 μVar. Ces animaux infectés sont un réservoir du virus en période hivernale. Dès que la température de l’eau de mer franchit le seuil de 16°C, ils participeront à la réémergence des maladies en milieu naturel. Par ailleurs, cette seconde étude de qualification zoo-sanitaire confirme la possibilité d’apprécier le risque sanitaire pour chaque zone de captage en fonction de la détection précoce des lots de naissains infectés par OsHV-1 μVar.

L'amélioration de la qualité des huîtres à échelle professionnelle: intégration de l'eau salée souterraine traitée comme milieu d'élevage

Les travaux menés au LCPL depuis plusieurs année sur l'engraissement contrôlé de l'huître creuse Crassostrea gigas ont permis, à l'échelle expérimentale de définir les différents paramètres d'élevage: Température: 14°C ration alimentaire: 2.109 cell/ind/j de la diatomée Skeletonema costatum indice AFNOR initial sans incidence débit d'eau: 3 lIind/h eau de mer ou eau salée souterraine Dans ces conditions et après 30 jours d'engraissement, le poids total des huîtres a progressé de 10%, le poids sec de 230%, l'indice AFNOR de 80% et la concentration en glycogène de 450%. Le travail réalisé ici a pour but de transposer de l'échelle expérimentale à une échelle significative pour les professionnels, la technique d'engraissement contrôlé en utilisant l'eau salée souterraine pour la production de phytoplancton d'une part et comme vecteur de régulation thermique d'autre part. En effet, un des intérêts de l'utilisation de l'eau salée souterraine réside dans sa température constante de 14°C permettant un engraissement des huîtres en toute saison sans risque de déclenchement de la gamétogenèse. Afin de vérifier cette possibilité, l'étude a été réalisée au cours de deux saisons: printemps et automne. Pour l'eassai automnal, trois bassins de 8 m2 ont été utilisés, alimentés respectivement en eau de mer naturelle, eau de mer régulé en température par échange thermique avec de l'eau salée souterraine et eau salée souterraine traitée. Dans chaque bassin, 330 kg d'huîtres ont été disposées en 7 ruches de 4 clayettes. Pour l'essai printanier, seuls deux bassins ont été utilisés, alimentés en eau de mer thermorégulée à deux débits différents: 0.61/h et 3 lIh. L'étude a été conduite pour chaque saison sur une période de 35 jours. En automne 2000, l'indice de qualité de chair de 8.2 initialement, a atteint 12.5 en eau salée souterraine, 13.8 en eau de mer thermorégulée et 14.2 en eau de mer naturelle. Le poids de chair sèche passe de 0.9 g initialement à respectivement 2.32g, 2.39g et 2.37g. Les dosages de Pb, Cd, Hg, Mn et As ne montent pas d'évolution entre le début et la fin de l'élevage, par contre le Fe augmente sensiblement dans les huîtres sur eau salée souterraine traitée. En fin d'élevage, une période de stockage de 4 semaines des huîtres sans nourriture, n'a pas montré de perte de qualité. Au printemps 2001, un deuxième essai sera conduit pour vérifier les résultats obtenus à l'automne 2000, confirmer le choix du milieu d'élevage et proposer les éléments permettant d'approcher les coûts de production.