Etude sanitaire de la zone 17.48 de Fouras. Charente-Maritime

Suite à la demande d’exploitation de la zone de Fouras, n°17.48 par le Comité Régional de la Conchyliculture du Poitou-Charentes (CRCPC), la Direction Départementale des Territoires et de la Mer (DDTM) a demandé la réalisation d’une étude sanitaire en vue du classement de la zone de production de coquillages pour les bivalves fouisseurs (groupe 2). Cette étude réalisée par le Laboratoire Environnement Ressources des Pertuis Charentais (LER/PC) bénéficie d’un financement de la Direction Générale de l 'Alimentation (DGAL). Basée sur les paramètres microbiologiques (Escherichia coli) et chimiques (plomb, mercure, cadmium), l’étude sanitaire a pour objectifs d'estimer la qualité microbiologique et chimique de la zone en vue du classement sanitaire de la zone par l'administration conformément aux exigences du Règlement CE n° 854/2004 ; et de déterminer la stratégie d'échantillonnage à mettre en oeuvre dans le cadre de la surveillance sanitaire régulière de cette zone suite à son classement. L’étude des informations disponibles a permis l’identification de sources de contamination potentielle et la définition d’une stratégie d’échantillonnage. Deux points de suivis ont été positionnés dans les secteurs jugés sensibles aux sources de contamination et ont été échantillonnés du 29 juillet 2011 au 4 octobre 2012. Les concentrations maximales en cadmium, mercure et plomb sont inférieures aux critères chimiques réglementaires et sont compatibles avec un classement A, B ou C. Le suivi microbiologique réalisé indique une qualité B pour chacun des deux points de suivi. La qualité de la zone semble donc homogène, et est estimée B dans son ensemble. Le point « Les Ecussons » est le plus sensible aux contaminations microbiologiques, la surveillance régulière REMI de la zone du Fier d’Ars pour le groupe 2 sera donc basée sur ce point.

Etude sanitaire de la zone 17.52 - Ronce les Bains - Barat, Charente-Maritime

Suite à la demande d'exploitation de la zone de Ronce les Bains – Barat par le Comité Régional de la Conchyliculture du Poitou-Charentes (CRCPC), la Direction Départementale du Territoire et de la Mer (DDTM) a demandé la réalisation d'une étude sanitaire en vue du classement de cette zone de production pour les bivalves fouisseurs (groupe 2). Cette étude réalisée par le Laboratoire Environnement Ressources des Pertuis Charentais bénéficie d'un financement de la Direction Générale de l'Alimentation (DGAL). Basée sur le paramètre microbiologique (Escherichia coli) et chimiques (plomb, mercure, cadmium). L'étude sanitaire a pour objectifs : d'estimer la qualité microbiologique et chimique de la zone en vue du classement sanitaire de la zone par l'administration conformément aux exigences du Règlement CE n° 854/2004 ; et de déterminer la stratégie d'échantillonnage à mettre en oeuvre dans le cadre de la surveillance sanitaire régulière de cette zone suite à son classement. L’étude des informations disponibles a permis l’identification de sources de contamination potentielle et la définition d’une stratégie d’échantillonnage. Trois points de suivi ont été positionnés dans des secteurs jugés sensibles aux sources de contamination, et ont été échantillonnés de février 2011 à janvier 2013. Les concentrations maximales en cadmium, mercure et plomb sont inférieures aux critères chimiques réglementaires et sont compatibles avec un classement A, B ou C. Le suivi microbiologique réalisé indique une qualité B pour chacun des deux points de suivi selon les seuils microbiologiques définis par le règlement (CE) n° 854/2004 (un troisième point a été arrêté au cours de l’étude pour manque de ressource). La qualité de la zone est donc estimée B dans son ensemble. Le point « Ronce » est le plus sensible aux contaminations microbiologiques, la surveillance régulière REMI de la zone de Ronce les Bains – Barat pour le groupe 2 sera donc basée sur ce point.

Relative contribution of natural productivity and compound feed to tissue growth in blue shrimp (Litopenaeus stylirostris) reared in biofloc: Assessment by C and N stable isotope ratios and effect on key digestive enzymes

The aim of this study was to assess the relative contribution of natural productivity and compound food to the growth of the juvenile blue shrimp Litopenaeus stylirostris reared in a biofloc system. Two experiments were carried out based on the same protocol with three treatments: clear water with experimental diet (CW), biofloc with experimental diet (BF) and biofloc unfed (BU). Shrimp survival was significantly higher in biofloc rearing than in CW rearing. The contribution of the biofloc to shrimp diet was estimated through measurement of carbon and nitrogen stable isotope ratios in shrimp and food sources. Different isotopic compositions between feeds were obtained by feeding natural productivity with a mixture rich in fish meal and the shrimps with a pellet containing a high level of soy protein concentrate. Using a two source one-isotope mixing model, we found that the natural productivity of the biofloc system contributed to shrimp growth at a level of 39.8% and 36.9%, for C and N, respectively. The natural food consumed by the shrimps reared in the biofloc system resulted in higher gene expression (mRNA transcript abundance) and activities of two digestive enzymes in their digestive gland: α-amylase and trypsin. The growth of shrimp biomass reared in biofloc was, on average, 4.4 times that of those grown in clear water. Our results confirmed the best survival and promoted growth of shrimps using biofloc technology and highlighted the key role of the biofloc in the nutrition of rearing shrimps. Statement of relevance In this study, we have applied an original protocol to determine the respective contribution of natural productivity and artificial feeds on the alimentation of the juvenile blue shrimp L. stylirostris reared in biofloc system by using C and N natural stable isotope analysis. Moreover, we have compared, in shrimp digestive gland, the α-amylase and trypsin enzyme activities at biochemical and molecular levels for two different shrimp rearing systems, biofloc and clear water. In our knowledge, the use of molecular tool to study the influence of biofloc consumption on digest process of shrimp was never carried out. We think that our research is new and important to increase knowledge on biofloc topic.

Projet GERMON. Structure génétique et migration du thon Germon

The GERMON project had several aims i) to understand the populations’ structure between albacore tuna southwest of the Indian Ocean and southeast Atlantic, ii) to determine the origin of juveniles observed in South Africa iii) to improve the understanding of the biology field (Size/Size and Size/Weight; reproduction and feeding area; trophic linkages) and iv) to initiate work on chemical analyzes and adaptation of the albacore species to its environment. These aims have been held and the results allow a better understanding of the management albacore. A general summary of results is presented in Part 9.

Sources de variation intra-populationelle de la morphologie des otolithes: asymétrie directionnelle et régime alimentaire

Otoliths are calcified structures located in Osteichthyes’ inner ear that are involved in audition and balance. Their morphology is used as an indicator of various ecological processes or properties. This application requires identifying the endogenous and exogenous factors that act simultaneously as sources of shape variation. This thesis aims at detecting and quantifying the relative contributions of directional asymmetry and diet to otolith shape variation at the intra-population level. Directional asymmetry between left and right otoliths was found in flat-fishes, the blind-side otolith being always longer and larger, whereas it was negligible in round-fishes. However, asymmetry amplitude never exceeded 18 %, which suggests evolutionary canalization of otolith shape symmetry. A correlation between global diet and otolith was detected in 4 species studied in situ. Diet composition contributed more than food amount to morphological variation and affected otolith shape both globally and locally. An experimental study on sea bass (Dicentrarchus larbrax) showed that diet composition in terms of essential polyunsaturated fatty acids at larval stage affects otolith morphogenesis during juvenile stage without impacting on individuals’ somatic growth. This result suggests a direct effect of diet on otolith shape and not an indirect one through the somatic-otolith growth relationship. This effect disappeared at later stages, morphogenetic trajectories converging back to a similar shape, which suggests ontogenetic canalization of otolith shape.

Projet ANCRE-DMX2 : Indicateurs biologiques et écologiques pour une gestion durable des stocks de poissons DéMersauX profonds (100–700 m) d’intérêt halieutique à La Réunion

L'usage de la ligne à main mécanisée (moulinet électrique) s'est développé à La Réunion au cours des années 2000. Ce métier s’est développé à la suite d’une campagne de prospection des ressources halieutiques profondes (200-700m), menée conjointement par le CRPMEM et l’Ifremer en 2000. L’objectif de cette campagne par pêche au moulinet électrique visait à identifier de nouvelles ressources démersales à des fins de diversification pour la petite pêche artisanale côtière professionnelle réunionnaise. Ainsi, les premiers résultats de cette étude avaient mis en évidence l'existence de nouvelles espèces et des stocks encore peu exploités à l’époque. Leur exploitation par la pêche professionnelle mais aussi par la pêche plaisancière s’est dès lors développée rapidement, sans aucun contrôle. En l’absence de cadre juridique et de mesures de gestion appropriés, la baisse rapide des rendements et les conflits pour l’accès à ces ressources profondes limitées et réputées sensibles à l’exploitation avaient motivé un précédent projet d'étude pour caractériser l’état de ces ressources (ANCRE-DMX, nommé DMX1, Ifremer 2011). Ce premier diagnostic réalisé à peine 10 ans après le début de l’exploitation des principales espèces avait mis en évidence des premiers signes d’une exploitation non soutenable des ressources dans l'ouest et le nord de La Réunion. Il avait été alors préconisé de lever des lacunes importantes concernant la biologie et l’écologie des espèces, d’évaluer l’état de ces stocks et enfin, de définir des indicateurs biologiques et halieutiques permettant de suivre l’évolution de ces différents stocks. En effet, les stocks de poissons démersaux profonds sont connus pour leur vulnérabilité (croissance lente, maturité sexuelle tardive, recrutement aléatoire…), et ce d’autant plus que leurs habitats sont particulièrement restreints à La Réunion. Le présent projet DMX2 a donc eu pour principal objectif d’établir, à partir d’une approche « indicateur », les bases des connaissances halieutiques, biologiques et écologiques manquantes sur les 6 principales espèces ciblées par la pêcherie à la ligne mécanisée. Le plan d’échantillonnage mis en place a couvert des profondeurs comprises entre 80 et 700 mètres, intégrant pour la première fois les zones de transition plus côtières. La période d’échantillonnage s’est déroulée sur un cycle annuel complet, soit d’avril 2014 à mai 2015, avec le concours de 10 pêcheurs professionnels répartis tout autour de l’île. Ainsi, 143 marées ont permis d’échantillonner 3984 individus et plus de 60 espèces différentes. Pour les principales espèces retenues, le suivi des captures en mer et les prélèvements biologiques réalisés ont permis d’appréhender leur rendement, leur structure démographique, leurs relations biométriques, l’étude de leur croissance, leur cycle de reproduction, leur taille de première maturité, la composition relative de leur alimentation ainsi que la variabilité de leur condition corporelle selon les saisons et en fonction des secteurs géographiques de l’île. Pour certaines espèces, les paramètres biologiques et écologiques obtenus n’avaient jamais été étudiés à ce jour. A partir des indicateurs populationnels et bio-écologiques retenus dans le projet, il a été possible d’évaluer l’état de santé des principaux stocks exploités et de les confronter à la situation et à l’évolution de la pêcherie ciblant ces espèces. Sur la base d’une approche de précaution, les diagnostics rendus sont variables selon l’état de santé de chacun des stocks et de leur sensibilité à l’exploitation. L’approche « indicateur » développée dans le cadre de ce projet a été appliquée aux données historiques disponibles. Ces indicateurs seront désormais proposés dans le cadre des suivis qui devront être mis en place dans la définition d’un plan de gestion des ressources démersales profondes à La Réunion. La définition du plan de gestion devra être discutée et validée auprès des différents usagers pêcheurs ainsi que des gestionnaires scientifiques, professionnels et administratifs.