Bilan 2015 du dispositif national de surveillance de la santé des mollusques marins

Depuis 1992, la surveillance de la santé des mollusques marins du littoral français est assurée par le réseau de Pathologie des Mollusques (Repamo). Ses activités s’inscrivent dans le cadre de la Directive Européenne 2006/88/CE. Depuis son évaluation par la plateforme nationale d’épidémiosurveillance en santé animale en 2012, l’objectif de surveillance est la détection précoce des infections dues à des organismes pathogènes exotiques et émergents affectant les mollusques marins sauvages et d’élevage. L’année 2015 est la première année de transition pour laquelle un début d’évolution des modalités de surveillance de la santé des mollusques marins animées par l’Ifremer a été amorcé. Un dispositif hybride de surveillance a été mis en place, s’appuyant sur l’existant et intégrant des débuts d’évolution. La surveillance événementielle a constitué l’activité principale du dispositif en 2015 et s’est appuyée sur des réseaux existants : (1) la surveillance des mortalités observées sur des animaux sentinelles déployés sur les sites ateliers des réseaux Ifremer RESCO 2 (12 sites) pour l’huître creuse Crassostrea gigas et MYTILOBS 2 (8 sites) pour la moule bleue Mytilus edulis. Pour l’huître creuse Crassostrea gigas, la mortalité cumulée moyenne était de 50,3% (écart-type 10,9%) pour le naissain standardisé Ifremer (NSI), de 11,0% (écart-type 9,1%) pour les huîtres de 18 mois et de 7,3% (écart-type 5,6%) pour les huîtres de 30 mois. Les mortalités ont été observées principalement entre le début du mois de mai et la mi-juillet. Lors de ces épisodes de mortalité, des prélèvements d’animaux ont été réalisés en vue d’analyses diagnostiques : 7 prélèvements pour le NSI, 2 pour les huîtres de 18 mois et 1 pour les huîtres de 30 mois. Aucun agent réglementé n’a été détecté dans les échantillons d’huîtres creuses prélevés et analysés. Le virus OsHV-1 a été détecté dans les 7 échantillons analysés de NSI, dans 2 échantillons analysés d’huîtres de 18 mois et dans 1 échantillon analysé d’huîtres de 30 mois. La bactérie Vibrio aestuarianus a été détectée dans 5 échantillons analysés de NSI, dans 1 échantillon d’huîtres de 18 mois et dans 1’échantillon d’huîtres de 30 mois. Pour la moule bleue Mytilus edulis, des mortalités cumulées variant de 9% sur le site du Vivier à 51% sur le site des filières du Pertuis Breton ont été estimées. Les mortalités ont été observées au printemps sur des moules âgées d’une année et en automne sur des moules plus jeunes. Lors de ces épisodes de mortalités, des prélèvements d’animaux ont été réalisés en vue d’analyses diagnostiques : 2 prélèvements pour les moules d’une année et 1 pour les jeunes moules. Ces prélèvements ont eu lieu dans le Pertuis Breton. Aucun agent réglementé n’a été détecté dans les échantillons de moules prélevés et analysés. Des bactéries du groupe Splendidus ont été détectées dans les 3 échantillons de moules analysés. (2) la surveillance s’appuyant sur les déclarations de mortalités de mollusques par les conchyliculteurs et pêcheurs à pied professionnels auprès des Directions départementales des territoires et de la mer (DDTM). Cette modalité s’applique aux huîtres creuses et aux moules bleues lorsqu’il n’existe pas de site atelier RESCO 2 ou MYTILOBS 2 dans la zone où des mortalités sont déclarées par les conchyliculteurs ou pêcheurs à pied. Le réseau REPAMO 2 a réalisé 22 interventions, dont 15 pour les moules Mytilus edulis, 4 pour les coques Cerastoderma edule, 2 pour les palourdes Ruditapes sp. et 1pour les coquilles saint Jacques Pecten maximus. La recherche d’agents infectieux dans ces espèces de mollusques prélevés lors de hausse de mortalité a permis de mettre en évidence les parasites réglementés Perkinsus olseni dans 1 lot de palourdes, et Marteilia refringens dans 4 lots de moules, ainsi que le virus OsHV-1 dans 1 lot de palourdes et 1 lot de coques, la bactérie Vibrio aestuarianus dans 3 lots de coques, et des bactéries du groupe Splendidus dans 3 lots de coques et dans 13 lots de moules. L’année 2015 a également permis la démonstration sur un site atelier d’un exercice de surveillance programmée, ciblée et fondée sur les risques d’introduction et d’installation d’un organisme pathogène exotique. Elle a concerné le parasite Mikrocytos mackini de l’huître creuse Crassostrea gigas, sur un site atelier de la Charente-Maritime, suivi par le réseau RESCO 2. Le parasite Mikrocytos mackini n’a pas été détecté. En revanche, le parasite Marteilia refringens a été détecté dans ¾ des prélèvements d’huîtres réalisés. Dans le cadre du soutien scientifique et technique de l’évolution de la surveillance événementielle, l’année 2015 a également permis de poursuivre la démarche relative aux développements méthodologiques en lien avec la surveillance événementielle des mortalités de mollusques marins. Une étude de faisabilité de la recherche prospective de regroupements spatio-temporels d’événements de mortalités d’huîtres creuses a été préparée en collaboration avec tous les acteurs de la santé des mollusques marins en Normandie. Un outil de collecte et d’analyse des données de signalements des mortalités, automatisé, simple d’utilisation et flexible, a été élaboré.

Bilan des résultats du dispositif de vigilance pour les phycotoxines lipophiles - Année 2015

L’Ifremer est chargé d’apporter à l’État et aux autres personnes morales de droit public son concours pour l’exercice de leurs responsabilités notamment pour le contrôle de la qualité des produits de la mer et du milieu marin. La mise en œuvre d’un Réseau d'Observation et de Surveillance du Phytoplancton et des Phycotoxines (REPHY) depuis sa création en 1984, répond à cette mission et le concours apporté à l’Administration Centrale se concrétise en un soutien aux autorités publiques dont la Direction Générale de l’Alimentation (DGAL) du Ministère de l’Agriculture, de l’Agroalimentaire et de la Forêt (MAAF), pour ce qui concerne l’application de la réglementation relative au suivi de la salubrité des zones de production de coquillages. Un changement majeur dans la stratégie de surveillance réglementaire des toxines lipophiles est intervenu au 1er janvier 2010, avec le remplacement du bio-essai sur souris par une analyse chimique en CL-SM/SM. Afin de mettre en évidence d’éventuelles substances toxiques non détectables via l'analyse chimique des toxines lipophiles répertoriées, la surveillance réglementaire a été complété à la même date par un dispositif de vigilance basé sur un réseau de lieux de prélèvement (points de vigilance), sur lesquels une stratégie d'échantillonnage spécifique est appliquée, avec prélèvements mensuels systématiques de mollusques qui font l’objet à la fois d’une analyse chimique des toxines lipophiles en CL-SM/SM et d’un test sur souris. Suite à la mise en place de ce dispositif de vigilance en 2010, certaines évolutions ont été appliquées les années suivantes. Ce rapport présente les évolutions apportées au dispositif, les résultats obtenus en 2015 et les évolutions proposées pour 2016.

Contrat de Plan État-Région Bretagne. Relance de l'huître plate. Rapport d'avancement des travaux 1988.

Un contrat de Plan État-Région Bretagne a été signé en 1983 pour financer des recherches sur la période 1984-1988 dans le but de permettre la relance de l'élevage de l'huître plate, à la suite de la deuxième épizootie due à un protozaire, Bonamia ostreae. Ce rapport présente les travaux réalisés et les résultats acquis durant l'année 1988, dans les domaines de la pathologie (étude de la maladie et des mécanismes de défense des mollusques) de la génétique (recherche de souches résistantes), de l'épidémiologie descriptive et de la zootechnie.

Qualité du Milieu Marin Littoral - Bulletin de la surveillance 2015. Région Corse

L’Ifremer coordonne, sur l’ensemble du littoral métropolitain, la mise en oeuvre de réseaux d’observation et de surveillance de la mer côtière. Ces outils de collecte de données sur l’état du milieu marin répondent à deux objectifs : · servir des besoins institutionnels en fournissant aux pouvoirs publics des informations répondant aux exigences de la Directive Cadre sur l’Eau (DCE), des conventions régionales marines (OSPAR et Barcelone) et de la réglementation sanitaire relative à la salubrité des coquillages des zones de pêche et de production conchylicoles ; · acquérir des séries de données nourrissant les programmes de recherche visant à mieux comprendre le fonctionnement des écosystèmes côtiers et à identifier les facteurs à l’origine des changements observés dans ces écosystèmes. Le dispositif comprend : le réseau d’observation et de surveillance du phytoplancton et des phycotoxines (REPHY) qui porte aussi sur l’hydrologie et les nutriments, le réseau d’observation de la contamination chimique (ROCCH), le réseau de contrôle microbiologique (REMI) et le réseau de surveillance benthique (REBENT). Ces réseaux sont mis en oeuvre par les Laboratoires Environnement Ressources (LER) qui opèrent également des observatoires de la ressource : l'observatoire national conchylicole (RESCO) qui évalue la survie, la croissance et la qualité des huîtres creuses élevées sur les trois façades maritimes françaises ; et le réseau de pathologie des mollusques (REPAMO). Pour approfondir les connaissances sur certaines zones particulières et enrichir le diagnostic de la qualité du milieu, plusieurs Laboratoires Environnement Ressources mettent aussi en oeuvre des réseaux régionaux : sur la côte d’Opale (SRN), sur le littoral normand (RHLN), dans le bassin d’Arcachon (ARCHYD) ainsi que dans les étangs languedociens et corses (RSL). Les prélèvements et les analyses sont effectués sous démarche qualité. Les analyses destinées à la surveillance sanitaire des coquillages sont réalisées par des laboratoires agréés. Les données obtenues sont validées et saisies par les laboratoires. Elles intègrent la base de données Quadrige² qui héberge le référentiel national des données de la surveillance des eaux littorales et forme une composante du Système national d’information sur l’eau (SIEau). Les bulletins régionaux annuels contiennent une synthèse et une analyse des données collectées par les réseaux pour les différentes régions côtières. Des représentations graphiques homogènes pour tout le littoral français, assorties de commentaires, donnent des indications sur les niveaux et les tendances des paramètres mesurés. Les stations d’observation et de surveillance figurant sur les cartes et les tableaux de ces bulletins régionaux s’inscrivent dans un schéma national. Une synthèse des résultats portant sur l’ensemble des côtes françaises métropolitaines complète les bulletins des différentes régions. Ces documents sont téléchargeables sur le site Internet de l’Ifremer : http://envlit.ifremer.fr/documents/bulletins/regionaux_de_la_surveillance, http://envlit.ifremer.fr/documents/bulletins/nationaux_de_la_surveillance. Les Laboratoires Environnement Ressources de l’Ifremer sont vos interlocuteurs privilégiés sur le littoral. Ils sont particulièrement ouverts à vos remarques et suggestions d’amélioration de ces bulletins.

Qualité du Milieu Marin Littoral. Bulletin de la surveillance 2015. Région PACA (Provence‐Alpes‐Côte d’Azur)

L’Ifremer coordonne, sur l’ensemble du littoral métropolitain, la mise en oeuvre de réseaux d’observation et de surveillance de la mer côtière. Ces outils de collecte de données sur l’état du milieu marin répondent à deux objectifs : · servir des besoins institutionnels en fournissant aux pouvoirs publics des informations répondant aux exigences de la Directive Cadre sur l’Eau (DCE), des conventions régionales marines (OSPAR et Barcelone) et de la réglementation sanitaire relative à la salubrité des coquillages des zones de pêche et de production conchylicoles ; · acquérir des séries de données nourrissant les programmes de recherche visant à mieux comprendre le fonctionnement des écosystèmes côtiers et à identifier les facteurs à l’origine des changements observés dans ces écosystèmes. Le dispositif comprend : le réseau d’observation et de surveillance du phytoplancton et des phycotoxines (REPHY) qui porte aussi sur l’hydrologie et les nutriments, le réseau d’observation de la contamination chimique (ROCCH), le réseau de contrôle microbiologique (REMI) et le réseau de surveillance benthique (REBENT). Ces réseaux sont mis en oeuvre par les Laboratoires Environnement Ressources (LER) qui opèrent également des observatoires de la ressource : l'observatoire national conchylicole (RESCO), qui remplace depuis 2009 le réseau REMORA (Réseau Mollusques des Ressources Aquacoles) et qui évalue la survie, la croissance et la qualité des huîtres creuses élevées sur les trois façades maritimes françaises ; et le Réseau de Pathologie des Mollusques (REPAMO). Pour approfondir les connaissances sur certaines zones particulières et enrichir le diagnostic de la qualité du milieu, plusieurs Laboratoires Environnement Ressources mettent aussi en oeuvre des réseaux régionaux : sur la côte d’Opale (SRN), sur le littoral normand (RHLN), dans le bassin d’Arcachon (ARCHYD) ainsi que dans les étangs languedociens et corses (RSL). Les prélèvements et les analyses sont effectués sous démarche qualité. Les analyses destinées à la surveillance sanitaire des coquillages sont réalisées par des laboratoires agréés. Les données obtenues sont validées et saisies par les laboratoires. Elles intègrent la base de données Quadrige² qui héberge le référentiel national des données de la surveillance des eaux littorales et forme une composante du Système national d’information sur l’eau (SIEau). Les bulletins régionaux annuels contiennent une synthèse et une analyse des données collectées par les réseaux pour les différentes régions côtières. Des représentations graphiques homogènes pour tout le littoral français, assorties de commentaires, donnent des indications sur les niveaux et les tendances des paramètres mesurés. Les stations d’observation et de surveillance figurant sur les cartes et les tableaux de ces bulletins régionaux s’inscrivent dans un schéma national. Une synthèse des résultats portant sur l’ensemble des côtes françaises métropolitaines complète les bulletins des différentes régions. Ces documents sont téléchargeables sur le site Internet de l’Ifremer : http://envlit.ifremer.fr/documents/bulletins/regionaux_de_la_surveillance http://envlit.ifremer.fr/documents/bulletins/nationaux_de_la_surveillance. Les Laboratoires Environnement Ressources de l’Ifremer sont vos interlocuteurs privilégiés sur le littoral. Ils sont particulièrement ouverts à vos remarques et suggestions d’amélioration de ces bulletins.

Intérêt biogéographique de la côte basque rocheuse

During recent decades, works on rocky shore biodiversity have been multiplied in the southern part of the Bay of Biscay and more precisely on intertidal and subtidal area were communities present a great interest. Necessity of conservation of coastal habitats and their communities and a growing pressure on coastal environments explain awareness of services provided by these ecosystems. Those communities are very sensitive to water quality change. Moreover, since the beginning of the XXI century various European directives require a good ecological status of coastal waters and conservation of their communities : Water Framework Directive (WFD), Marine Strategy Framework Directive (MSFD) and conservation of habitats with Directive Habitat Fauna and Flora (DHFF).... Integrated environmental status assessment approach is needed for this requirement in front of specific component at the regional scale of the Bay of Biscay. This analyze, at this regional scale, bring a particular interest to follow some biological groups in front of their ecological sensitivity. Among them, some example are listed like algae, invertebrate as species of mollusc opistobranch and fishes of the family blennidae are targets of interest for future monitoring. The biogeographic specificity of species of these groups is to present strong ecological requirements, in a trophic point of view for example, as well as boundary in local distribution in the southern part of the Bay of Biscay. Thus, monitoring of their distribution and abundance should be a relevant indicator of environmental change. If the presence of individuals is relatively easy to implement, monitoring in terms of abundance are more complex to develop to obtain representative data in coastal areas. The mobile character of the individual and their high location variability based on fluctuating environmental conditions is a challenge that needs to be considered. Interest concerns both the development of their number and their migration to the north for species in northern limit, and/or disappearance for species in southern distribution limits. Moreover, acquisition of knowledge on the taxonomy of local species is a way to improve biodiversity knowledge and assessment of global change as climatic change.

Faisabilité biologique de la production de larves d'huîtres creuses Crassostrea gigas à partir d'eau de mer du site de Leucate. Convention de recherche Ifremer/Région Languedoc-Roussillon - Rapport final.

Afin de vérifier sur un site régional la présence d'une qualité d'eau de mer permettant la réalisation d'élevages larvaires d'huîtres creuses Crassostrea gigas (et/ou d'huîtres plates Ostrea edulis) sur une base régulière tout au long de l'année, une série d'élevages comparatifs a été réalisée à la Station IFREMER de Palavas, de mars 1995 à septembre 1995. Le matériel biologique nécessaire à cette comparaison est constitué de larves d'huîtres creuses Crassostrea gigas et en algues unicellulaires provenant de l'éc1oserie commerciale de la SATMAR. Les résultats obtenus démontrent la capacité de l'eau de mer du site étudié sur Leucate à supporter la production de larves d'huîtres creuses compétentes à se métamorphoser et à se fixer. Cette étude s'inscrit dans la démarche de la Région Languedoc-Roussillon et du CEPRALMAR visant à favoriser l'implantation d'une écloserie de production de Mollusques Bivalves sur le littoral méditerranéen.