Catalogue illustré des images d’un set d'apprentissage réalisé à l'aide de l’outil FlowCAM – ZooPhytoImage utilisé dans le cadre du REPHY. Images issues de numérisations de phytoplancton au grossissement 4X, d'échantillons d'eau, pour le set d’apprentissage global Manche-Atlantique

). L’ordre de présentation des classes intégrées au set correspond à l’ordre d’apparition de ces classes dans l’outil ZooPhytoImage, qui correspond à l’ordre des classes dans l’arborescence des répertoires contenant les vignettes.

Journées Rémi des 23 et 24 novembre 1998 - Réseau de contrôle microbiologique (Rémi) et surveillance microbiologique

Ce document est un rapport de synthèse des présentations faites lors des journées REMI, tenues à Nantes les 23 et 24 novembre 1998. Les exposés de la première journée sont principalement destinés aux actions visant à améliorer le fonctionnement du réseau REMI. Ils concernent les sujets suivants : bilan de la mise en oeuvre du réseau de contrôle REMI en 1998 (nouvelle version), bilan de l'état d'avancement du plan qualité surveillance microbiologique et du programme Malthus (méthodologie, normalisation), approches préliminaires pour la détermination des fréquences d'échantillonnage en vue de la surveillance régulière des zones de production classées. La seconde journée est dédiée aux études conduites par les laboratoires côtiers, dont les procédures sont définies par la charte de surveillance microbiologique, ou réalisées par le Laboratoire de Microbiologie. Le dispositif de programmation des études de surveillance et de saisie des données dans la base Quadrige est présenté. Les sujets abordés se rapportent aux thèmes suivants : impact de la plaisance, des populations aviaires, des rejets agricoles et urbains sur la contamination bactériologique des coquillages ou des eaux littorales, les bactériophages, évaluation de l'importance de la pêche récréative par survol aérien des gisements coquilliers, objectifs et réflexions sur les perspectives d'un système d'évaluation de la qualité des eaux littorales (SEQ Littoral). Le bilan des journées REMI s'analyse à travers les commentaires recueillis lors du tour de table, et le relevé des propositions d'actions.

Evaluation de la qualité des zones de production conchylicole - Départements : Nord, Pas-de-Calais et Somme - Edition 2008

Après un rappel des objectifs, du fonctionnement et de la méthode d'interprétation des résultats du réseau de contrôle microbiologique REMI, ce rapport effectue un bilan national et décrit le programme annuel des départements Nord, Pas-de-Calais, et Somme. Il présente l'ensemble des résultats obtenus, en particulier l'estimation de la qualité des zones de production de coquillages classées et l'évolution de leur qualité. La qualité a pu être estimée sur 13 zones. Suivant les seuils microbiologiques de l'arrêté du 21 mai 1999, onze zones sont estimées de qualité B, et deux zones de qualité C. Suivant les seuils microbiologiques du Règlement (CE) no 85412004, onze zones sont estimées de qualité B et deux zones de qualité D. Les tendances d'évolution des niveaux de contamination mettent en évidence une décroissance du niveau de contamination sur une zone et une croissance pour une zone. L'année 2007 a été marquée par une augmentation du nombre d'alertes.

Evaluation de la qualité des zones de production conchylicole. Région Corse. Edition 2016

Après un rappel des objectifs, du fonctionnement et de la méthode d’interprétation des résultats du réseau de contrôle microbiologique REMI et du réseau de surveillance chimique ROCCH, ce rapport inclut un bilan national et décrit le programme annuel de la Région Corse. Il présente l’ensemble des résultats obtenus, en particulier l’estimation de la qualité microbiologique et chimique des zones de production de coquillages classées : les étangs de la plaine orientale de la Corse.

Evaluation de la qualité des zones de production conchylicole en Normandie. Département du Calvados, de la Manche et de la Seine-Maritime. Edition 2016

Après un rappel des objectifs, du fonctionnement et de la méthode d’interprétation des résultats du réseau de contrôle microbiologique REMI et du réseau de surveillance chimique ROCCH, ce rapport décrit les programmes annuels de suivi microbiologique et chimique des zones conchylicoles de Normandie (départements Seine-Maritime, Calvados, Manche). Il présente l’ensemble des résultats obtenus de 2013 à 2015, en particulier l’estimation de la qualité microbiologique et chimique des zones de production de coquillages classées. Ce rapport intègre également les résultats du réseau « Coquillages » de l’Agence Régionale de Santé de Basse Normandie dans le cadre de la surveillance de la qualité des zones de pêche à pieds récréative.

ECOSCOPA. Evaluer la qualité des écosystèmes conchylicoles en lien avec les pressions climatiques et anthropiques. Rapport annuel campagne 2015

Le réseau ECOSCOPA, co-financé par la DPMA, a pour objectif de développer un outil permettant de mesurer, à plusieurs échelles, des paramètres environnementaux et biologiques en lien avec la croissance et la survie d’huîtres creuses en élevage. Sur l’année 2015 et afin de préparer de façon concertée ce projet, il a été proposé dans un premier temps de renforcer la synergie existante entre les réseaux RESCO et VELYGER afin de disposer d’un suivi proactif du cycle complet de production de l’huître (incluant le captage, la croissance, la reproduction, les éventuelles mortalités) à partir d’animaux communs sur différents sites ateliers, en lien avec l’acquisition de descripteurs environnementaux et physiologiques susceptibles d’influencer chacune de ces traits de vie. En complément du fonctionnement des réseaux VELYGER et RESCO II, le projet ECOSCOPA a donc pris en charge le dispositif de déploiement et de suivi bimensuel d’huîtres sentinelles sur 6 sites (Arcachon, Marennes Oléron, Baie de Bourgneuf, Rade de Brest, Etang de Thau, Rivière de Pénerf). Plus précisément, ECOSCOPA a suivi les paramètres biologiques de survie et de croissance, sur ces six sites ateliers. Les huîtres sentinelles(identiques à celles utilisées par le réseau RESCO II) correspondant à 3 classes d’âge d’huîtres creuses (« 6 mois », « 18 mois » et « 30 mois ») ont été déployées et suivies de manière synchrone sur l’ensemble des sites, selon le même calendrier que celui établie pour RESCO II. Les descripteurs environnementaux ont été obtenus grâce à des enregistrements en haute fréquence de la température, de la pression et de la salinité, réalisés sur l'ensemble des 6 sites au moyen de sondes SMATCH permettant la transmission en temps réel de ces paramètres sur un serveur dédié. La totalité des sites ateliers équipés avec ce type de sondes, en complément des sondes de type STPS prévues par le réseau RESCO II, apermis d'assurer une prise de données sans discontinuité pendant les opérations d'entretien.Les données sur les populations phytoplanctoniques ont été acquises grâce aux points de suivi du réseau REPHY là où ces points existent. Des prélèvements additionnels ont été réalisés dans le cas contraire via des partenaires extérieurs. Enfin, des descripteurs physiologiques ont été acquis dans cette étude afin de qualifier le statut physiologique de l’huître en lien avec les variations de l’environnement. Plus précisément, une étude spécifique permettant d’approfondir les résultats acquis dans le cadre de l’expérimentation PHYSITU en 2014, a été réalisée. En effet, dans cette étude, des mesures d’expression de gènes impliqués dans la réponse des naissains aux mortalités ont été réalisées afin de qualifier l’évolution du statut physiologique de l’huître avant, pendant, et après les mortalités. Cette action a permis, entre autre, d’identifier 4 gènes d’intérêt, dont l’expression varie significativement selon les périodes avant et après mortalité. L’action ECOSCOPA a donc pris en charge la poursuite de cette étude afin de tester l’intérêt de ces marqueurs en tant qu’indicateur précoce de la réponse de l’huître face aux agents pathogènes, et de valider si ces marqueurs pourraient être utilisés à plus large échelle pour la surveillance de la qualité des écosystèmes côtiers.

Evaluation de la qualité des zones de production conchylicole - Département des Côtes d'Armor - Edition 2016

Après un rappel des objectifs, du fonctionnement et de la méthode d’interprétation des résultats du réseau de contrôle microbiologique des zones de production conchylicoles (REMI) et du réseau d’observation de la contamination chimique (ROCCH), ce rapport inclut un bilan national et décrit le programme annuel du département des Côtes d’Armor (22). Il présente l’ensemble des résultats obtenus, en particulier l’estimation de la qualité microbiologique et chimique des zones de production de coquillages classées. Pour la deuxième fois consécutive, les résultats du suivi microbiologique sont globalement bons dans le département des Côtes d’Armor. Les alertes ont été également peu nombreuses. Il y en a eu cinq de niveau 1 et une de niveau 2. L’estimation de la qualité sanitaire s’améliore en 2015 notamment pour les fouisseurs, mais les résultats de l’année 2013 pénalisent encore certaines zones proches de la bonne qualité. Il n’existe plus de zone présentant une mauvaise ou très mauvaise qualité sanitaire dans les Côtes d’Armor.

Evaluation de la qualité des zones de production conchylicole - Département d'Ille et Vilaine - Edition 2016

Après un rappel des objectifs, du fonctionnement et de la méthode d’interprétation des résultats du réseau de contrôle microbiologique des zones de production conchylicoles (REMI) et du réseau d’observation de la contamination chimique (ROCCH), ce rapport inclut un bilan national et décrit le programme annuel du département de l’Ille-et-Vilaine (35). Il présente l’ensemble des résultats obtenus, en particulier l’estimation de la qualité microbiologique et chimique des zones de production de coquillages classées. Pour la deuxième année consécutive, les résultats du suivi microbiologique sont globalement bons dans le département d’Ille-et-Vilaine. Les alertes ont été également très peu nombreuses, une seule alerte en centre Rance en 2015 est recensée. L’estimation de la qualité sanitaire s’améliore en 2015 pour quelques sites. Par exemple en baie du Mont Saint- Michel où trois zones sont estimées de bonne qualité. Mais les résultats de l’année 2013 pénalisent encore certaines zones conchylicoles, notamment en Rance et en baie de Saint-Malo ou la situation reste fragile. Cela concerne notamment deux zones estimées en très mauvaise qualité. Deux autres zones, en baie de Saint-Malo et dans l’estuaire de la Rance, actuellement classées B, ne disposent pas d’assez de données pour pouvoir estimer leur qualité. La récupération des échantillons provenant de ces zones est dépendante de la collaboration des pêcheurs. Une convention avec le CDPMEM 35 (Comité Départementale des Pêches Maritimes et des Elevages Marin d’Ille-et-Vilaine) a été signée en novembre 2015 pour améliorer la situation.

Evaluation de la qualité des zones de production conchylicole. Départements de l’Aude et des Pyrénées Orientales. Edition 2016

Après un rappel des objectifs, du fonctionnement et de la méthode d’interprétation des résultats du réseau de contrôle microbiologique REMI et du réseau de surveillance chimique ROCCH, ce rapport inclut un bilan national et décrit le programme annuel des départements de l’Aude et des Pyrénées orientales. Il présente l’ensemble des résultats obtenus, en particulier l’estimation de la qualité microbiologique et chimique des zones de production de coquillages classées.

Evaluation de la qualité des zones de production conchylicole. Départements de l’Hérault et du Gard. Edition 2016

Après un rappel des objectifs, du fonctionnement et de la méthode d’interprétation des résultats du réseau de contrôle microbiologique REMI et du réseau de surveillance chimique ROCCH, ce rapport inclut un bilan national et décrit le programme annuel des départements de l’Hérault et du Gard. Il présente l’ensemble des résultats obtenus, en particulier l’estimation de la qualité microbiologique et chimique des zones de production de coquillages classées.