An intimate link between antimicrobial peptide sequence diversity and binding to essential components of bacterial membranes

Antimicrobial peptides and proteins (AMPs) are widespread in the living kingdom. They are key effectors of defense reactions and mediators of competitions between organisms. They are often cationic and amphiphilic, which favors their interactions with the anionic membranes of microorganisms. Several AMP families do not directly alter membrane integrity but rather target conserved components of the bacterial membranes in a process that provides them with potent and specific antimicrobial activities. Thus, lipopolysaccharides (LPS), lipoteichoic acids (LTA) or the peptidoglycan precursor Lipid II are targeted by a broad series of AMPs. Studying the functional diversity of immune effectors tells us about the essential residues involved in AMP mechanism of action. Marine invertebrates have been found to produce a remarkable diversity of AMPs. Molluscan defensins and crustacean anti-LPS factors (ALF) are diverse in terms of amino acid sequence and show contrasted phenotypes in terms of antimicrobial activity. Their activity is directed essentially against Gram-positive or Gram-negative bacteria due their specific interactions with Lipid II or Lipid A, respectively. Through those interesting examples, we discuss here how sequence diversity generated throughout evolution informs us on residues required for essential molecular interaction at the bacterial membranes and subsequent antibacterial activity. Through the analysis of molecular variants having lost antibacterial activity or shaped novel functions, we also discuss the molecular bases of functional divergence in AMPs.

Comparative phylogeography of the western Indian Ocean reef fauna

Assessing patterns of connectivity at the community and population levels is relevant to marine resource management and conservation. The present study reviews this issue with a focus on the western Indian Ocean (WIO) biogeographic province. This part of the Indian Ocean holds more species than expected from current models of global reef fish species richness. In this study, checklists of reef fish species were examined to determine levels of endemism in each of 10 biogeographic provinces of the Indian Ocean. Results showed that the number of endemic species was higher in the WIO than in any other region of the Indian Ocean. Endemic species from the WIO on the average had a larger body size than elsewhere in the tropical Indian Ocean. This suggests an effect of peripheral speciation, as previously documented in the Hawaiian reef fish fauna, relative to other sites in the tropical western Pacific. To explore evolutionary dynamics of species across biogeographic provinces and infer mechanisms of speciation, we present and compare the results of phylogeographic surveys based on compilations of published and unpublished mitochondrial DNA sequences for 19 Indo-Pacific reef-associated fishes (rainbow grouper Cephalopholis argus, scrawled butterflyfish Chaetodon meyeri, bluespot mullet Crenimugil sp. A, humbug damselfish Dascyllus abudafur/Dascyllus aruanus, areolate grouper Epinephelus areolatus, blacktip grouper Epinephelus fasciatus, honeycomb grouper Epinephelus merra, bluespotted cornetfish Fistularia commersonii, cleaner wrasse Labroides sp. 1, longface emperor Lethrinus sp. A, bluestripe snapper Lutjanus kasmira, unicornfishes Naso brevirosris, Naso unicornis and Naso vlamingii, blue-spotted maskray Neotrygon kuhlii, largescale mullet Planiliza macrolepis, common parrotfish Scarus psicattus, crescent grunter Terapon jarbua, whitetip reef shark Triaenodon obesus) and three coastal Indo-West Pacific invertebrates (blue seastar Linckia laevigata, spiny lobster Panulirus homarus, small giant clam Tridacna maxima). Heterogeneous and often unbalanced sampling design, paucity of data in a number of cases, and among-species discrepancy in phylogeographic structure precluded any generalization regarding phylogeographic patterns. Nevertheless, the WIO might have been a source of haplotypes in some cases and it also harboured an endemic clade in at least one case. The present survey also highlighted likely cryptic species. This may eventually affect the accuracy of the current checklists of species, which form the basis of some of the recent advances in Indo-West Pacific marine ecology and biogeography.

Bilan 2015 du dispositif national de surveillance de la santé des mollusques marins

Depuis 1992, la surveillance de la santé des mollusques marins du littoral français est assurée par le réseau de Pathologie des Mollusques (Repamo). Ses activités s’inscrivent dans le cadre de la Directive Européenne 2006/88/CE. Depuis son évaluation par la plateforme nationale d’épidémiosurveillance en santé animale en 2012, l’objectif de surveillance est la détection précoce des infections dues à des organismes pathogènes exotiques et émergents affectant les mollusques marins sauvages et d’élevage. L’année 2015 est la première année de transition pour laquelle un début d’évolution des modalités de surveillance de la santé des mollusques marins animées par l’Ifremer a été amorcé. Un dispositif hybride de surveillance a été mis en place, s’appuyant sur l’existant et intégrant des débuts d’évolution. La surveillance événementielle a constitué l’activité principale du dispositif en 2015 et s’est appuyée sur des réseaux existants : (1) la surveillance des mortalités observées sur des animaux sentinelles déployés sur les sites ateliers des réseaux Ifremer RESCO 2 (12 sites) pour l’huître creuse Crassostrea gigas et MYTILOBS 2 (8 sites) pour la moule bleue Mytilus edulis. Pour l’huître creuse Crassostrea gigas, la mortalité cumulée moyenne était de 50,3% (écart-type 10,9%) pour le naissain standardisé Ifremer (NSI), de 11,0% (écart-type 9,1%) pour les huîtres de 18 mois et de 7,3% (écart-type 5,6%) pour les huîtres de 30 mois. Les mortalités ont été observées principalement entre le début du mois de mai et la mi-juillet. Lors de ces épisodes de mortalité, des prélèvements d’animaux ont été réalisés en vue d’analyses diagnostiques : 7 prélèvements pour le NSI, 2 pour les huîtres de 18 mois et 1 pour les huîtres de 30 mois. Aucun agent réglementé n’a été détecté dans les échantillons d’huîtres creuses prélevés et analysés. Le virus OsHV-1 a été détecté dans les 7 échantillons analysés de NSI, dans 2 échantillons analysés d’huîtres de 18 mois et dans 1 échantillon analysé d’huîtres de 30 mois. La bactérie Vibrio aestuarianus a été détectée dans 5 échantillons analysés de NSI, dans 1 échantillon d’huîtres de 18 mois et dans 1’échantillon d’huîtres de 30 mois. Pour la moule bleue Mytilus edulis, des mortalités cumulées variant de 9% sur le site du Vivier à 51% sur le site des filières du Pertuis Breton ont été estimées. Les mortalités ont été observées au printemps sur des moules âgées d’une année et en automne sur des moules plus jeunes. Lors de ces épisodes de mortalités, des prélèvements d’animaux ont été réalisés en vue d’analyses diagnostiques : 2 prélèvements pour les moules d’une année et 1 pour les jeunes moules. Ces prélèvements ont eu lieu dans le Pertuis Breton. Aucun agent réglementé n’a été détecté dans les échantillons de moules prélevés et analysés. Des bactéries du groupe Splendidus ont été détectées dans les 3 échantillons de moules analysés. (2) la surveillance s’appuyant sur les déclarations de mortalités de mollusques par les conchyliculteurs et pêcheurs à pied professionnels auprès des Directions départementales des territoires et de la mer (DDTM). Cette modalité s’applique aux huîtres creuses et aux moules bleues lorsqu’il n’existe pas de site atelier RESCO 2 ou MYTILOBS 2 dans la zone où des mortalités sont déclarées par les conchyliculteurs ou pêcheurs à pied. Le réseau REPAMO 2 a réalisé 22 interventions, dont 15 pour les moules Mytilus edulis, 4 pour les coques Cerastoderma edule, 2 pour les palourdes Ruditapes sp. et 1pour les coquilles saint Jacques Pecten maximus. La recherche d’agents infectieux dans ces espèces de mollusques prélevés lors de hausse de mortalité a permis de mettre en évidence les parasites réglementés Perkinsus olseni dans 1 lot de palourdes, et Marteilia refringens dans 4 lots de moules, ainsi que le virus OsHV-1 dans 1 lot de palourdes et 1 lot de coques, la bactérie Vibrio aestuarianus dans 3 lots de coques, et des bactéries du groupe Splendidus dans 3 lots de coques et dans 13 lots de moules. L’année 2015 a également permis la démonstration sur un site atelier d’un exercice de surveillance programmée, ciblée et fondée sur les risques d’introduction et d’installation d’un organisme pathogène exotique. Elle a concerné le parasite Mikrocytos mackini de l’huître creuse Crassostrea gigas, sur un site atelier de la Charente-Maritime, suivi par le réseau RESCO 2. Le parasite Mikrocytos mackini n’a pas été détecté. En revanche, le parasite Marteilia refringens a été détecté dans ¾ des prélèvements d’huîtres réalisés. Dans le cadre du soutien scientifique et technique de l’évolution de la surveillance événementielle, l’année 2015 a également permis de poursuivre la démarche relative aux développements méthodologiques en lien avec la surveillance événementielle des mortalités de mollusques marins. Une étude de faisabilité de la recherche prospective de regroupements spatio-temporels d’événements de mortalités d’huîtres creuses a été préparée en collaboration avec tous les acteurs de la santé des mollusques marins en Normandie. Un outil de collecte et d’analyse des données de signalements des mortalités, automatisé, simple d’utilisation et flexible, a été élaboré.

Diurnal temporal patterns of the diversity and the abundance of reef fishes in a branching coral patch in New Caledonia

Small-scale spatial and temporal variability in animal abundance is an intrinsic characteristic of marine ecosystems but remains largely unknown for most animals, including coral reef fishes. In this study, we used a remote autonomous unbaited video system and recorded reef fish assemblages during daylight hours, 10 times a day for 34 consecutive days in a branching coral patch of the lagoon of New Caledonia. In total, 50 031 fish observations belonging to 114 taxa, 66 genera and 31 families were recorded in 256 recorded videos. Carnivores and herbivore-detritus feeders dominated the trophic structure. We found significant variations in the composition of fish assemblages between times of day. Taxa richness and fish abundance were greater in the early morning and in the late afternoon than during the day. Fourteen taxa displayed well-defined temporal patterns in abundance with one taxon influenced by time of day, six influenced by tidal state and seven influenced by both time of day and tidal state. None of these 14 taxa were piscivores, 10 were herbivore-detritus feeders, three were carnivores and one was plankton feeder. Our results suggest a diel migration from feeding grounds to shelter areas and highlight the importance of taking into account small-scale temporal variability in animal diversity and abundance when studying connectivity between habitats and monitoring communities.

Characterization of 27 microsatellite loci in the European flat oyster Ostrea edulis

The flat oyster Ostrea edulis is native to Europe and populations have been severely depleted by the parasite Bonamia ostreae since the 1980s. Additional genetic markers are required to improve population genetics study and linkage map development for selection for B. ostrea-resistance in this species. Here, we characterized 27 novel microsatellite loci for O. edulis. Number of alleles per locus ranged from 6 to 25 and observed heterozygosity between 0.375 and 1. Null alleles were suggested at a few loci but most loci were in Hardy-Weinberg agreement enabling their reliable use in further population and mapping genetics approaches.

PAMPA - Indicateurs de la Performance d’Aires Marines Protégées pour la gestion des écosystèmes côtiers, des ressources et de leurs usAges. Rapport du site Nouvelle-Calédonie

This documents reports activities conducted within the PAMPA project for the New Caledonia case study (Noumea Marine Reserves)