Analyse prospective jusqu'en 2025 de la demande en recherche des pays du sud dans le domaine des "ressources vivantes" - Rapport final

L'accélération des changements dans tous les domaines, qu'il s'agisse d'environnement, de technologies ou de la vie des sociétés humaines, est une donnée majeure de notre temps. Jusqu'au XIXe siècle, les hommes gardaient une relative maîtrise des révolutions, qu'elles soient techniques (la vapeur, l'électricité, l'atome, ... ) ou sociales (la démocratie, le communisme, etc). A la fin du XXe siècle, la complexité des sociétés humaines, le foisonnement des découvertes scientifiques rapidement exploitées par l'industrie à des fins économiques et l'interdépendance croissante de toutes les activités dans des écosystèmes fragilisés ont conduit les communautés humaines à davantage subir les révolutions: mondialisation d'une économie de plus en plus immatérielle, explosion de l'informatique dans tous les secteurs, évolution du climat, bouleversement des modes de vie et de la vie même (actions sur les génomes animaux, voire humains) ... Aussi, cette accélération des changements rend d'autant plus indispensable une capacité d'anticiper les tendances et les enjeux qui déterminent l'avenir afin de disposer d'une liberté de réflexion et d'action indépendante de la stricte contrainte des évènements.

ECOSCOPA. Evaluer la qualité des écosystèmes conchylicoles en lien avec les pressions climatiques et anthropiques. Rapport annuel campagne 2015

Le réseau ECOSCOPA, co-financé par la DPMA, a pour objectif de développer un outil permettant de mesurer, à plusieurs échelles, des paramètres environnementaux et biologiques en lien avec la croissance et la survie d’huîtres creuses en élevage. Sur l’année 2015 et afin de préparer de façon concertée ce projet, il a été proposé dans un premier temps de renforcer la synergie existante entre les réseaux RESCO et VELYGER afin de disposer d’un suivi proactif du cycle complet de production de l’huître (incluant le captage, la croissance, la reproduction, les éventuelles mortalités) à partir d’animaux communs sur différents sites ateliers, en lien avec l’acquisition de descripteurs environnementaux et physiologiques susceptibles d’influencer chacune de ces traits de vie. En complément du fonctionnement des réseaux VELYGER et RESCO II, le projet ECOSCOPA a donc pris en charge le dispositif de déploiement et de suivi bimensuel d’huîtres sentinelles sur 6 sites (Arcachon, Marennes Oléron, Baie de Bourgneuf, Rade de Brest, Etang de Thau, Rivière de Pénerf). Plus précisément, ECOSCOPA a suivi les paramètres biologiques de survie et de croissance, sur ces six sites ateliers. Les huîtres sentinelles(identiques à celles utilisées par le réseau RESCO II) correspondant à 3 classes d’âge d’huîtres creuses (« 6 mois », « 18 mois » et « 30 mois ») ont été déployées et suivies de manière synchrone sur l’ensemble des sites, selon le même calendrier que celui établie pour RESCO II. Les descripteurs environnementaux ont été obtenus grâce à des enregistrements en haute fréquence de la température, de la pression et de la salinité, réalisés sur l'ensemble des 6 sites au moyen de sondes SMATCH permettant la transmission en temps réel de ces paramètres sur un serveur dédié. La totalité des sites ateliers équipés avec ce type de sondes, en complément des sondes de type STPS prévues par le réseau RESCO II, apermis d'assurer une prise de données sans discontinuité pendant les opérations d'entretien.Les données sur les populations phytoplanctoniques ont été acquises grâce aux points de suivi du réseau REPHY là où ces points existent. Des prélèvements additionnels ont été réalisés dans le cas contraire via des partenaires extérieurs. Enfin, des descripteurs physiologiques ont été acquis dans cette étude afin de qualifier le statut physiologique de l’huître en lien avec les variations de l’environnement. Plus précisément, une étude spécifique permettant d’approfondir les résultats acquis dans le cadre de l’expérimentation PHYSITU en 2014, a été réalisée. En effet, dans cette étude, des mesures d’expression de gènes impliqués dans la réponse des naissains aux mortalités ont été réalisées afin de qualifier l’évolution du statut physiologique de l’huître avant, pendant, et après les mortalités. Cette action a permis, entre autre, d’identifier 4 gènes d’intérêt, dont l’expression varie significativement selon les périodes avant et après mortalité. L’action ECOSCOPA a donc pris en charge la poursuite de cette étude afin de tester l’intérêt de ces marqueurs en tant qu’indicateur précoce de la réponse de l’huître face aux agents pathogènes, et de valider si ces marqueurs pourraient être utilisés à plus large échelle pour la surveillance de la qualité des écosystèmes côtiers.

Processing bio-Argo chlorophyll-A concentration at the DAC level

This document does NOT address the issue of chlorophyll-a quality control (either real-time or delayed mode). As a preliminary step towards that goal, this document seeks to ensure that all countries deploying floats equipped with chlorophyll-a sensors document the data and metadata related to these floats properly. We produced this document in response to action item 3 from the first Bio-Argo Data Management meeting in Hyderabad (November 12-13, 2012). If the recommendations contained herein are followed, we will end up with a more uniform set of chlorophyll-a data within the Bio-Argo data system, allowing users to begin analyzing not only their own chlorophyll-a data, but also those of others, in the true spirit of Argo data sharing.

Typologie de la flottille chalutière du port de Sète par une méthode de segmentation

This work aims to define a typology of trawler f1eet in Sète, the main fishing harbour along the French Mediterranean coast, using several multivariate analysis methods. The fishing ships taken to account are represented by annual profiles of landing specific compositions. Five fishing strategies have been identified. A segmentation method using symbolic objects allows a formaI characterisation of the different strategies. These strategies are studied according to several general characteristics usually used for management rules elaboration (power, length, ship age). The typological analysis allows to characterise two main exploitation ways, one directed to the catch of a few species (Engraulis encrasicolus, Sardina pilchardus), the other characterised by the exploitation of a great diversity of species. By this way, it is possible to estimate how the catch of low represented species can significantly contribute to the exploitation of a resource.

Analyse des tendances des séries temporelles de la concentration en azote minéral dissous dans les trois principaux estuaires de la façade Manche-Atlantique

Estuaries are areas which, from their structure, their fonctioning, and their localisation, are subject to significant contribution of nutrients. One of the objectif of the RNO, the French network for coastal water quality monitoring, is to assess the levels and trends of nutrient concentrations in estuaries. A linear model was used in order to describe and to explain the total dissolved nitrogen concentration evolution in the three most important estuaries on the Chanel-Atlantic front (Seine, Loire and Gironde). As a first step, the selection of a reliable data set was performed. Then total dissolved nitrogen evolution schemes in estuary environment were graphically studied, and allowed a resonable choice of covariables. The salinity played a major role in explaining nitrogen concentration variability in estuary, and dilution lines were proved to be a useful tool to detect outlying observations and to model the nitrogenlsalinity relation. Increasing trends were detected by the model, with a high magnitude in Seine, intermediate in Loire, and lower in Gironde. The non linear trend estimated in Loire and Seine estuaries could be due to important interannual variations as suggest in graphics. In the objective of the QUADRIGE database valorisation, a discussion on the statistical model, and on the RNO hydrological data sampling strategy, allowed to formulate suggestions towards a better exploitation of nutrient data.

Analyse de la structure du système de pêche artisanal guyanais. Introduction à sa dynamique

Les activités de la petite pêche et de la pêche côtière en Guyane ne sont pas encore assez bien organisées pour permettre un suivi rigoureux. On sait surtout qu'il s'agit d'une activité en baisse et le déclin amorcé au début des années 80 n'a fait que se confirmer dans les années récentes. Alors que le nombre de bateaux pratiquant de façon régulière la petite pêche avoisinait les 150 en 1985, en 1998, la flottille était réduite à 65 unités. Un chiffre fera mieux comprendre cette évolution: dans les années 80, il y a eu jusqu'à 12 tapouilles à Cayenne, alors qu'à la fin 1998, il en restait 4. On peut espérer qu'en 1999, 2 tapouilles supplémentaires et les 3 navires expérimentaux construits par la Région Guyane viendront s'ajouter à cette flottille et permettront d'améliorer le suivi des captures et de l'effort. La perspective du Marché d'Intérêt Régional abritant une criée stimulera le passage des captures sous la halle à marée et favorisera la tenue de statistiques de débarquements. L'activité de cette flottille est difficile à cerner, car seules les tapouilles dont les captures sont importantes en raison de la durée de leurs sorties peuvent donner lieu à des statistiques sinon précises du moins régulières dans le temps. Quelques doris et canots créoles sont également dans ce cas et ont permis des comparaisons inter flottilles. Pendant la période sèche, d'août à novembre, tous les bateaux sont actifs. Pendant la saison des pluies, de décembre à juillet, en raison de la houle, les tapouilles réduisent leurs sorties et la plupart des pirogues de mer et des canots créoles opèrent dans les estuaires.

Observer, Analyser et Gérer la variabilité de la reproduction et du recrutement de l’huître creuse en France : Le Réseau Velyger. Rapport annuel 2015

La conchyliculture, et principalement l’élevage de l’huître creuse, Crassostrea gigas, constitue la principale activité aquacole française. Cette activité repose, en grande partie, sur le recrutement naturel de l’espèce qui assure 60 à 70% des besoins en jeunes huîtres (naissain) : cette activité de collecte s’appelle le captage. Les deux principaux centres de captage en France sont les bassins d’Arcachon et de Marennes-Oléron. Or, depuis une dizaine d'années, sur le bassin d'Arcachon, le captage devient très variable: à des années de captage nul (par exemple 2002, 2005, 2007) ou faible (2009, 2010, 2011) succèdent des années excellentes voire pléthoriques (2003, 2006, 2008, 2012, 2014). A Marennes-Oléron, cette variabilité existe, mais s’avère beaucoup moins marquée. En outre, à la faveur du lent réchauffement des eaux, le captage peut désormais se pratiquer de plus en plus vers le nord. Ainsi, la baie de Bourgneuf, mais aussi la rade de Brest sont devenues, depuis quelques années, des secteurs où un nombre croissant d’ostréiculteurs pratiquent le captage avec succès, mais avec, là aussi, des irrégularités dans le recrutement qu’il convient de comprendre. Enfin, depuis la crise des mortalités de 2008, il se développe aussi sur la lagune de Thau une volonté de pratiquer le captage. Afin de mieux comprendre les facteurs de variations du captage, l’Ifremer a mis en place, à la demande du Comité National de la Conchyliculture, un réseau national de suivi de la reproduction : le Réseau Velyger. Créé en 2008 sur financements européens et financé désormais par la Direction des Pêches Maritimes et de l’Aquaculture, ce réseau apporte, chaque année, sur les écosystèmes cités précédemment, une série d’indicateurs biologiques (maturation, fécondité, date de ponte, abondance et survie larvaire, intensité du recrutement, survie du naissain) dont l’analyse croisée avec des indicateurs hydrologiques et climatiques permet progressivement de mieux appréhender les causes de variabilité du recrutement de l’huître creuse en France, modèle biologique et espèce clé de la conchyliculture française. Ce rapport présente donc les résultats 2015 de ce réseau d’observation et fait appel, pour la partie hydro-climatique, à des données acquises par d’autres réseaux régionaux et nationaux. Il détaille et analyse par site toutes les caractéristiques du cycle de reproduction de l’huître creuse : maturation et fécondité des adultes, période de ponte, abondance et survie des larves, intensité du captage et mortalités précoces. Il fournit ensuite une interprétation et une synthèse des résultats 2015 à la lueur des résultats des années antérieures. Ainsi, pour l’année 2015, on retient les faits majeurs suivants : • Sur le plan hydro-climatique, cette année se caractérise par un hiver doux et un printemps dans les normales, suivis d’un été là aussi très proches des normales à quelques exceptions près : l’étang de Thau affiche tout au long de l’été des températures largement excédentaires. Compte tenu d’une pluviométrie là aussi proche des normales, les concentrations en phytoplancton sont restées à un niveau moyen de la rade de Brest aux pertuis charentais et plutôt déficitaires dans le bassin d’Arcachon et la lagune de Thau. • En termes de biologie, ces conditions hydro-climatiques se sont traduites, chez les populations d’huîtres adultes, par des indices de condition, proxy de la fécondité, généralement proches des moyennes, avec toujours l’existence d’un gradient nord-sud observé chaque année, corrélativement à la concentration en phytoplancton. En outre, l’absence d’excédent thermique au printemps et en début d’été n’a pas permis de ponte précoce (à l’exception de la lagune de Thau), elle a même été plutôt tardive surtout dans le bassin d’Arcachon. • Sur la façade atlantique, les températures de l’eau lors du développement larvaire des principales cohortes ont été plutôt basses (inférieures à 20°C en rade de Brest et inférieures à 21°C ailleurs) et donc la vitesse de croissance larvaire a été ralentie et la survie amoindrie. Les rendements larvaires ont été effectivement très bas (e.g. 0,002 % à Arcachon). In fine, il y a eu peu de larves grosses dans l’eau, ce qui s’est traduit par un captage faible à modéré. Une exception tout de même : dans la lagune de Thau, les températures caniculaires tout au long de l’été ont permis une concentration moyenne de larves ‘grosses’ modérée (80 larves/1,5m3). Cependant, les méthodes et les techniques de captage sont encore en cours d’optimisation sur ce secteur et cette année, malgré cette présence de larves grosses, le captage est resté faible (< 10 naissains par coupelle à l’automne). • En conséquence, l’année 2015, se caractérise par un captage globalement « faible à modéré » dans tous les secteurs s’échelonnant autour de 10 naissains/coupelle dans la lagune de Thau et en baie de Bourgneuf à plus de 200 naissains/coupelle dans les pertuis charentais. Enfin, à partir de l’ensemble des résultats acquis depuis 2008, ce rapport fournit en conclusion une série de recommandations à prendre en compte pour préserver le captage dans les années à venir.