Processing bio-Argo chlorophyll-A concentration at the DAC level

This document does NOT address the issue of chlorophyll-a quality control (either real-time or delayed mode). As a preliminary step towards that goal, this document seeks to ensure that all countries deploying floats equipped with chlorophyll-a sensors document the data and metadata related to these floats properly. We produced this document in response to action item 3 from the first Bio-Argo Data Management meeting in Hyderabad (November 12-13, 2012). If the recommendations contained herein are followed, we will end up with a more uniform set of chlorophyll-a data within the Bio-Argo data system, allowing users to begin analyzing not only their own chlorophyll-a data, but also those of others, in the true spirit of Argo data sharing.

Qualification des données acquises par la station de mesure MOLIT en baie de Vilaine entre février et octobre 2014

La station de mesure Molit entre dans la gamme des produits MAREL. Cette gamme est constituée d’outils développés pour l’observation en continu de paramètres hydrologiques. La bouée Molit a été déployée en baie de Vilaine du 26 février 2014 au 17 octobre 2014. Cette station est équipée d’une sonde multiparamètre MP6 qui mesure les paramètres : température, salinité, oxygène dissous, turbidité et fluorescence. Les mesures sont réalisées à 2 niveaux (surface et fond) avec une fréquence d’une mesure horaire. Les données acquises par la bouée MOLIT sont transmises par liaison GSM numérique et peuvent être consultées sur le site web : http://www.ifremer.fr/co-en/. Un outil de contrôle qualité SCOOP2 permet de valider les données. Elles peuvent être qualifiées selon plusieurs états : bon, moyen, douteux, mauvais, modifié, interpolé ou absent. Ce document synthétise les informations permettant de qualifier les données : contrôles in-situ de la sonde multiparamètre réalisés par le laboratoire LER/MPL, historique des opérations de maintenance pendant la période de déploiement, constats de vérification des sondes multiparamètres après campagne.

Sous projet 4. Gestion des ressources des Pêches de Poitou- Charentes

L'enjeu du sous-projet 4 «Gestion des Ressources des Pêches de Poitou-Charentes» est de fournir une information pertinente pour une gestion responsable des ressources des pêches de Poitou-Charentes garante de la durabilité de leur exploitation. Le sous-projet se focalise sur quatre espèces phares de la production halieutique régionale ainsi que sur certaines interactions estimées critiques entre les pêches régionales et d'autres activités. La coquille Saint-Jacques et le pétoncle noir constituent deux ressources majeures pour la pêche dans les pertuis Charentais. Leur importance devrait encore croître avec la limitation la pêche de la civelle envisagée dans le cadre du plan de gestion de l'anguille. Les travaux ont pour objectif le maintien de la pêche des pectinidés pour d'une part, l'adaptation de l'effort de pêche à l'état de ces ressources et d'autre part en progressant dans les capacités de contrôle de l'abondance et de la qualité de ces ressources. La sole et l'anguille sont en valeur les deux premières espèces exploitées du golfe de Gascogne. Elles ont en commun un état préoccupant justifiant des mesures européennes de gestion de leur pêche. Cette partie vise à mieux connaître la contribution des pertuis charentais à la dynamique de ces deux stocks, l'impact sur ceux-ci des diverses activités humaines régionales et aussi d'apprécier l'impact sur les pêches charentaises des mesures de conservation prises pour ces deux ressources majeures au niveau national mais aussi régional.

Directive cadre sur l’eau - Bassin Loire-Bretagne. Contrôle de surveillance dans les masses d’eau côtières et de transition. Actions menées par Ifremer en 2014

Le contrôle de surveillance 2014 pour la DCE appliquée dans les eaux littorales de Loire Bretagne a porté sur les 25 masses d’eau côtières (sur 39 au total) et les 16 masses d’eau de transition (sur 30 au total) retenues au titre du contrôle de surveillance. L’ensemble des résultats acquis, aussi bien sur les paramètres biologiques que chimiques, a permis de mettre à jour l’évaluation de l’état des masses d’eau affiché sur l’atlas DCE accessible sur la page web d’Envlit correspondante.

ECOSCOPA. Evaluer la qualité des écosystèmes conchylicoles en lien avec les pressions climatiques et anthropiques. Rapport annuel campagne 2015

Le réseau ECOSCOPA, co-financé par la DPMA, a pour objectif de développer un outil permettant de mesurer, à plusieurs échelles, des paramètres environnementaux et biologiques en lien avec la croissance et la survie d’huîtres creuses en élevage. Sur l’année 2015 et afin de préparer de façon concertée ce projet, il a été proposé dans un premier temps de renforcer la synergie existante entre les réseaux RESCO et VELYGER afin de disposer d’un suivi proactif du cycle complet de production de l’huître (incluant le captage, la croissance, la reproduction, les éventuelles mortalités) à partir d’animaux communs sur différents sites ateliers, en lien avec l’acquisition de descripteurs environnementaux et physiologiques susceptibles d’influencer chacune de ces traits de vie. En complément du fonctionnement des réseaux VELYGER et RESCO II, le projet ECOSCOPA a donc pris en charge le dispositif de déploiement et de suivi bimensuel d’huîtres sentinelles sur 6 sites (Arcachon, Marennes Oléron, Baie de Bourgneuf, Rade de Brest, Etang de Thau, Rivière de Pénerf). Plus précisément, ECOSCOPA a suivi les paramètres biologiques de survie et de croissance, sur ces six sites ateliers. Les huîtres sentinelles(identiques à celles utilisées par le réseau RESCO II) correspondant à 3 classes d’âge d’huîtres creuses (« 6 mois », « 18 mois » et « 30 mois ») ont été déployées et suivies de manière synchrone sur l’ensemble des sites, selon le même calendrier que celui établie pour RESCO II. Les descripteurs environnementaux ont été obtenus grâce à des enregistrements en haute fréquence de la température, de la pression et de la salinité, réalisés sur l'ensemble des 6 sites au moyen de sondes SMATCH permettant la transmission en temps réel de ces paramètres sur un serveur dédié. La totalité des sites ateliers équipés avec ce type de sondes, en complément des sondes de type STPS prévues par le réseau RESCO II, apermis d'assurer une prise de données sans discontinuité pendant les opérations d'entretien.Les données sur les populations phytoplanctoniques ont été acquises grâce aux points de suivi du réseau REPHY là où ces points existent. Des prélèvements additionnels ont été réalisés dans le cas contraire via des partenaires extérieurs. Enfin, des descripteurs physiologiques ont été acquis dans cette étude afin de qualifier le statut physiologique de l’huître en lien avec les variations de l’environnement. Plus précisément, une étude spécifique permettant d’approfondir les résultats acquis dans le cadre de l’expérimentation PHYSITU en 2014, a été réalisée. En effet, dans cette étude, des mesures d’expression de gènes impliqués dans la réponse des naissains aux mortalités ont été réalisées afin de qualifier l’évolution du statut physiologique de l’huître avant, pendant, et après les mortalités. Cette action a permis, entre autre, d’identifier 4 gènes d’intérêt, dont l’expression varie significativement selon les périodes avant et après mortalité. L’action ECOSCOPA a donc pris en charge la poursuite de cette étude afin de tester l’intérêt de ces marqueurs en tant qu’indicateur précoce de la réponse de l’huître face aux agents pathogènes, et de valider si ces marqueurs pourraient être utilisés à plus large échelle pour la surveillance de la qualité des écosystèmes côtiers.

Qualité sanitaire des gisements naturels de coquillages Ille-et-Vilaine & Côtes d’Armor. Pêche à pied récréative. Année 2016

Le présent document dresse le bilan de la qualité sanitaire de l’ensemble des gisements naturels suivis par l’ARS Bretagne et l’Ifremer dans les départements des Côtes d’Armor et d’Ille-et-Vilaine, sur la période 2013-2015. Ce rapport s’inscrit dans le cadre du projet RESP²ONsable, mené par l’Ifremer et l’ARS Bretagne depuis 2013 sur la communication des risques sanitaires de la pêche à pied récréative. Son support principal est un site internet mettant à disposition du public une information complète et actualisée, à l’échelle de la Bretagne.

Qualité sanitaire des gisements naturels de coquillages. Morbihan. Pêche à pied récréative. Année 2016

Le présent document dresse le bilan de la qualité sanitaire de l’ensemble des gisements naturels suivis par l’ARS Bretagne et l’Ifremer dans le département du Morbihan, sur la période 2013-2015. Ce rapport s’inscrit dans le cadre du projet RESP²ONsable, mené par l’Ifremer et l’ARS Bretagne depuis 2013 sur la communication des risques sanitaires de la pêche à pied récréative. Son support principal est un site internet mettant à disposition du public une information complète et actualisée, à l’échelle de la Bretagne.

Qualité sanitaire des gisements naturels de coquillages. Finistère. Pêche à pied récréative. Année 2016

Le présent document dresse le bilan de la qualité sanitaire de l’ensemble des gisements naturels suivis par l’ARS Bretagne et l’Ifremer dans le département du Morbihan, sur la période 2013-2015. Ce rapport s’inscrit dans le cadre du projet RESP²ONsable, mené par l’Ifremer et l’ARS Bretagne depuis 2013 sur la communication des risques sanitaires de la pêche à pied récréative. Son support principal est un site internet mettant à disposition du public une information complète et actualisée, à l’échelle de la Bretagne.

Essai inter-analystes Ifremer pour l’évaluation de la qualité des connaissances en taxinomie et dénombrement du phytoplancton marin – Rapport d'évaluation des analystest du phytoplancton marin dans le cadre du REPHY

Les essais d'aptitude par comparaison inter-laboratoires ou inter-analystes sont utilisés pour évaluer les performances des laboratoires ou analystes sur des compétences spécifiques. Un exercice d’inter-comparaison international est organisé tous les ans par le Marine Institute Phytoplankton unit de Galway (Ireland), sous couvert du NMBAQC-BEQUALM, pour évaluer les performances en identification et en dénombrement du phytoplancton marin. La détermination des espèces phytoplanctoniques et l’estimation de leur abondance dans le cadre du Réseau d’observation et de surveillance du Phytoplancton et de l’Hydrologie, mis en oeuvre par l’Ifremer (REPHY) s’appuie sur 28 analystes, répartis dans 11 laboratoires. Onze d’entre eux ont été inscrits à titre individuel en 2015 pour participer à l’inter-comparaison réalisé par le Marine Institute de Galway (ICN-BEQUALM). Les échantillons envoyés aux analystes concernés ont été utilisés pour évaluer aussi les compétences des analystes non-inscrits à l’ICN-BEQUALM, mais réalisant également des analyses de phytoplancton dans ces mêmes laboratoires pour le REPHY. L’analyse statistique des résultats s’appuie sur la même mesure de performance que celle utilisée par le Marine Institute. Ce rapport décrit le déroulement de l’ICN-BEQUALM et de l’essai complémentaire Ifremer (EIA) et, présente seulement les résultats obtenus pour l’essai Ifremer. L'objectif est d'apporter des éléments à l'ensemble du personnel du REPHY afin d'entretenir une amélioration continue des pratiques et de déterminer des actions à mettre en oeuvre pour cette amélioration. En terme d'identification des taxa, les résultats reçus montrent que les analystes sont hautement qualifiés dans l'identification du phytoplancton marin et démontrent qu'il existe un consensus parmi les analystes sur la majorité des identifications des espèces présentes dans les échantillons de cet essai. Toutefois, des formations ciblées sur les espèces des genres Pseudo-nitszschia et Guinardia sont à envisager pour certains analystes. L'analyse des résultats des dénombrements obtenus cette année a mis principalement en évidence l'importance de la bonne application des protocoles et des instructions particulièrement en ce qui concerne la maitrise de la préservation des échantillons. Cette dernière, repose en grande partie sur les conditions ambiantes de stockage et sur les délais d'analyse. Les différents exercices d'inter-comparaison qui ont été menés jusqu'à présent apportent souvent des éléments différents et complémentaires. Ils s'intègrent dans la démarche qualité, et devront, avec leur pérennisation, attester des bonnes pratiques et de leur optimisation. L'Ifremer, prévoit donc de faire participer chaque année à l'ICN-BEQUALM un tiers des analystes du REPHY et continuer aussi l’évaluation des différents analystes.

Bilan des résultats du dispositif de vigilance pour les phycotoxines lipophiles - Année 2015

L’Ifremer est chargé d’apporter à l’État et aux autres personnes morales de droit public son concours pour l’exercice de leurs responsabilités notamment pour le contrôle de la qualité des produits de la mer et du milieu marin. La mise en œuvre d’un Réseau d'Observation et de Surveillance du Phytoplancton et des Phycotoxines (REPHY) depuis sa création en 1984, répond à cette mission et le concours apporté à l’Administration Centrale se concrétise en un soutien aux autorités publiques dont la Direction Générale de l’Alimentation (DGAL) du Ministère de l’Agriculture, de l’Agroalimentaire et de la Forêt (MAAF), pour ce qui concerne l’application de la réglementation relative au suivi de la salubrité des zones de production de coquillages. Un changement majeur dans la stratégie de surveillance réglementaire des toxines lipophiles est intervenu au 1er janvier 2010, avec le remplacement du bio-essai sur souris par une analyse chimique en CL-SM/SM. Afin de mettre en évidence d’éventuelles substances toxiques non détectables via l'analyse chimique des toxines lipophiles répertoriées, la surveillance réglementaire a été complété à la même date par un dispositif de vigilance basé sur un réseau de lieux de prélèvement (points de vigilance), sur lesquels une stratégie d'échantillonnage spécifique est appliquée, avec prélèvements mensuels systématiques de mollusques qui font l’objet à la fois d’une analyse chimique des toxines lipophiles en CL-SM/SM et d’un test sur souris. Suite à la mise en place de ce dispositif de vigilance en 2010, certaines évolutions ont été appliquées les années suivantes. Ce rapport présente les évolutions apportées au dispositif, les résultats obtenus en 2015 et les évolutions proposées pour 2016.

Rapport de mission sur la conférence mondiale sur l'aquaculture, organisée conjointement par la World Aquaculture Society et la European Aquaculture Society. Florence, Italie, 9-13 mai 2006

Ce congrès était organisé conjointement par les deux grandes associations de développement de l'aquaculture dans le monde: la World Aquaculture Society (WAS, 2300 membres) et la European Aquaculture Society (EAS, 550 membres). Le précédent s'était tenu à Nice, en mai 2000. Il a rassemblé pendant 5 jours plus de 3000 chercheurs et responsables institutionnels de 95 nationalités. Environ 600 communications orales étaient réparties sur 67 sessions suivant un système de 11 salles en parallèle. Entre les salles de conférence étaient présentés les panneaux des 460 posters. Sur le site, l'exposition commerciale accueillait 135 entreprises et organismes; elle a reçu la visite d'environ 2000 visiteurs dont la moitié d'Italiens (source: EAS). Le thème général du congrès était le lien entre la tradition et la technologie. L'objectif était de montrer que les technologies, dont l'image est ambivalente, constituent un outil remarquable de développement de l'aquaculture, y compris en tenant compte des contraintes de durabilité. En effet, les attentes du citoyen, comme du consommateur, restent centrées autour des notions de qualité, sécurité alimentaire, bien-être et santé animale. Les travaux portaient sur les disciplines classiques de l'aquaculture (nutrition, physiologie, génétique, etc) et leur relation avec les biotechnologies. Il faut souligner l'émergence de thèmes de plus en plus liés la démonstration que l'aquaculture peut s'intégrer dans détruire (capacité de charge d'un écosystème, animaux échappés, etc) et à la perception de la société (perception du consommateur, aquaculture et société, position des ONG écologistes, etc). L'U.E. était très présente avec 5 représentants et une implication marquée dans de plusieurs sessions. Sous différentes formes, ses représentants ont rappelé la volonté de l'UE de continuer à soutenir l'aquaculture, avec l'objectif de poursuivre le développement de ce secteur (4 % de croissance moyenne par an). L'aquaculture devrait générer 8 à 10 000 emplois nouveaux sur les 15 prochaines années, notamment dans la conchyliculture et la pisciculture marine au large avec comme mot clef l'intégration dans l'environnement, dans le tissu socio-économique côtier et dans l'imaginaire des gens, touristes, consommateurs, élus, etc. Ce congrès à vocation mondiale a attiré des représentants de régions habituellement peu représentées comme le Moyen Orient et la Chine, présente à de nombreuses sessions. Il a été aussi le lieu de multiples réunions satellites impliquant presque toujours des chercheurs français: grands programmes européens en cours comme SeaFood+, ASEM (coop. Europe - Asie) ou Consensus, assemblée générale de l'EAS, groupe de travail de l'UICN, etc. Ce type de réunion confirme l'importance des contacts personnels directs pour 1. Evaluer les grandes tendances mondiales du secteur 2. Etablir des contacts directs avec des chercheurs seniors des grandes équipes de recherche et des décideurs au niveau européen et extra-européen 3. Tester des idées et des projets de collaboration et de partenariat Il constitue un forum exceptionnel de diffusion de connaissances, d'informations et de messages. Il offre un espace de perception et de reconnaissance d'Ifremer par de nombreux acteurs de la communauté de recherche en aquaculture. Grâce à la variété thématique des sessions où des chercheurs d'Ifremer sont actifs, l'institut renforce sa notoriété notamment dans la dimension pluridisciplinaire. Cette capacité d'ensemblier est la qualité la plus demandée dans les conclusions d'ateliers et la plus rare dans les instituts présents. Le congrès révèle bien l'évolution de l'aquaculture mondiale: il y a 10 ans, la production de masse était au Sud et la technologie et les marchés au Nord (USA, Europe, Japon). Aujourd'hui, la progression économique et scientifique rapide des pays du Sud, surtout en Asie, crée des marchés locaux .solvables pour l'aquaculture (Chine, Inde) et fait émerger une capacité de recherche « de masse». Cette situation exige que la recherche occidentale évolue pour rester compétitive. Pour préserver un secteur important, qui concourt à la sécurité alimentaire en protéines de manière croissante (4% par an, record de toutes les productions alimentaires), la recherche européenne en aquaculture doit maintenir son effort afin de garder une longueur d'avance, surtout dans les secteurs qui seront vitaux dans la décennie: relations avec l'environnement naturel (durabilité dont la maîtrise des coûts énergétiques), qualité des produits, sécurité alimentaire, intégration socio-économique dans des espaces de plus en plus convoités, maîtrise de l'image de l'espèce « cultivée» (industrielle mais contrôlée) par rapport à l'image de l'espèce « sauvage» (naturelle mais polluée et surexploitée). En conséquence, l'UE conserve tout son potentiel de développement car l'essentiel de la valeur ajoutée sera de moins en moins dans la production en quantité mais dans sa maîtrise de la qualité. Cette évolution donne toute sa valeur à la recherche menée par Ifremer et ce d'autant plus que l'institut sera capable d'anticiper les besoins et les attentes des entreprises, des consommateurs, des associations comme des organisations internationales. Dans cette vision, réactivité, capacité d'ensemblier et réflexion prospective sont les qualités à développer pour que l'lfremer puisse donner toute sa mesure notamment dans la recherche en aquaculture. Ces enjeux sont à l'échelle internationale et Ifremer fait partie du petit nombre d'instituts capables de les traiter en large partenariat, en accord complet avec la politique souhaitée par l'UE