Utilização de métodos de comparação de sequências para a detecção de genes taxonomicamente restritos

Desde a década de 1990, os esforços internacionais para a obtenção de genomas completos levaram à determinação do genoma de inúmeros organismos. Isto, aliado ao grande avanço da computação, tem permitido o uso de abordagens inovadoras no estudo da estrutura, organização e evolução dos genomas e na predição e classificação funcional de genes. Entre os métodos mais comumente empregados nestas análises está a busca por similaridades entre sequências biológicas. Análises comparativas entre genomas completamente sequenciados indicam que cada grupo taxonômico estudado até o momento contém de 10 a 20% de genes sem homólogos reconhecíveis em outras espécies. Acredita-se que estes genes taxonomicamente restritos (TRGs) tenham um papel importante na adaptação a nichos ecológicos particulares, podendo estar envolvidos em importantes processos evolutivos. Entretanto, seu reconhecimento não é simples, sendo necessário distingui-los de ORFs não-funcionais espúrias e/ou artefatos derivados dos processos de anotação gênica. Além disso, genes espécie- ou gêneroespecíficos podem representar uma oportunidade para o desenvolvimento de métodos de identificação e/ou tipagem, tarefa relativamente complicada no caso dos procariotos, onde o método padrão-ouro na atualidade envolve a análise de um grupo de vários genes (MultiLocus Sequence Typing MLST). Neste trabalho utilizamos dados produzidos através de análises comparativas de genomas e de sequências para identificar e caracterizar genes espécie- e gênero-específicos, os quais possam auxiliar no desenvolvimento de novos métodos para identificação e/ou tipagem, além de poderem lançar luz em importantes processos evolutivos (tais como a perda e ou origem de genes em linhagens particulares, bem como a expansão de famílias de genes em linhagens específicas) nos organismos estudados.

Análise de marcadores moleculares do DNA mitocondrial em anuros da Mata Atlântica

A Mata Atlântica brasileira concentra uma das maiores diversidades biológicas da Terra com cerca de 7% das espécies animais e vegetais do planeta. Esse bioma abriga atualmente mais de 50% das espécies de anuros do Brasil (c.a. 500 espécies), mas sofre intensa perda e fragmentação de habitat. Um dos principais fragmentos da Mata Atlântica, a Reserva Ecológica de Guapiaçu (REGUA) abriga vasta anurofauna, com cerca de 71 espécies já descritas. Acredita-se, porém, que muitas ainda precisam ser identificadas e estudadas. A identificação de espécies baseada em caracteres moleculares vem se mostrando uma alternativa para dar suporte à identificação morfológica, e dentro deste contexto os genes de DNA mitocondrial, como o 16S, são utilizados para a realização de barcode. O objetivo deste estudo foi testar a metodologia de identificação molecular de espécies (DNA barcode) na comunidade de anfíbios anuros da REGUA utilizando o gene mitocondrial 16S. Para isso, foram coletados tecidos de 99 indivíduos, entre adultos e girinos de 23 espécies, agrupados em seis famílias distintas. Desses 99 indivíduos, 88 foram amplificados corretamente para o gene em referência e foram realizadas, com sucesso, a determinação de espécies de 84 anuros (95,45%) da REGUA. As espécies de Scinax albicans, Scinax flavoguttatus e Hylodes charadranaetes, cujas identificações haviam sido determinadas com base em critérios morfológicos, agruparam em clados de mesmo gênero, porém de espécies diferentes quando analisadas pelas metodologias neighbor-joining e maximum-likelihood. Além de altos valores de distância intraespecífica (2,18%, 3,49% e 3,77%, respectivamente) e distâncias interespecíficas nulas (0%) temos a indicação de possíveis equívocos em determinações de espécies feitas exclusivamente por critérios morfológicos. Nesse caso, as discordâncias morfológica e molecular são exclusivamente de girinos, demonstrando a dificuldade na identificação morfológica e a escassez de chaves de identificação dessas espécies em estágio larval. Os resultados mostram que o gene mitocondrial 16S teve seu uso na identificação de anuros da REGUA confirmada e apontam que, em casos de estudos com indivíduos em estágios larvais, como em girinos, a metodologia de barcode, quando complementada a identificação morfológica, suporta a correta identificação das espécies de anfíbios anuros.

Erros pré-analíticos em medicina laboratorial: uma revisão sistemática

MENEZES, Patrick Lourenço. Erros pré-analíticos em medicina laboratorial: uma revisão sistemática. 2013. 98 f. Dissertação (Mestrado em Saúde, Medicina Laboratorial e Tecnologia Forense) - Instituto de Biologia Roberto Alcântara Gomes, Universidade do Estado do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, 2013. A relevância evidente dos erros pré-analíticos como problema de saúde pública fica patente tanto no dano potencial aos pacientes quanto nos custos ao sistema de saúde, ambos desnecessários e evitáveis. Alguns estudos apontam que a fase pré-analítica é a mais vulnerável a erros, sendo responsável por, aproximadamente, 60 a 90% dos erros laboratoriais em consequência da falta orientação aos pacientes sobre os procedimentos que serão realizados no laboratório clínico. Objetivos: Sistematizar as evidências científicas relacionadas aos erros pré-analíticos dos exames laboratoriais de análises clínicas. Método: Uma revisão sistemática foi realizada, buscando as bases de dados do Medical Literature Analysis and Retrieval System Online (MEDLINE), Scopus(que inclui MEDLINE e Embase), ISI Web of Knowledge, SciFinder, Literatura Latino-Americana e do Caribe em Ciências da Saúde (Lilacs) (que inclui a Scientific Electronic Library Online SciELO) e o Índice Bibliográfico Espanhol de Ciências de Saúde (IBECS), para artigos publicados entre janeiro de 1990 e junho de 2012 sobre erros de exames laboratoriais que possam ocorrer na fase pré-analítica. Os estudos foram incluídos de acordo com os seguintes exames laboratoriais: hemograma, análise bioquímica do sangue total ou do soro, exames de coagulação sanguínea,uroanálise e exames hematológicos ou bioquímicos em outros materiais e categorizados pelo tipo de erro pré-analítico e pela frequência dos incidentes. Resultados: A busca nas bases de dados bibliográficas resultou no seguinte número de artigos recuperados: 547 na MEDLINE, 229 na Scopus, 110 na ISI, 163 na SciFinder, 228 na Lilacs e 64 na IBECS, perfazendo um total de 1.341 títulos. Ao fim da revisão sistemática, obteve-se um conjunto de 83 artigos para leitura de texto completo, dos quais 14 foram incluídos na revisão. Os estudos abrangeram diferentes tipos de laboratórios, setores técnicos e origem de erros, segundo a fase do processo laboratorial. Discussão: Sete artigos demonstraram erros de pedidos médicos, com uma alta variabilidade nos valores de incidência. Os seis artigos que estudaram erros de coleta de amostra observaram redução deste desfecho. As proporções de eventos adversos relatados e os impactos clínicos variaram, levando a consequências descritas como: erros decorrentes da flebotomia, recoleta de amostras, repetições de exames, atrasos na liberação de resultados de exames e possíveis danos ao paciente. Conclusões: O laboratório deve ter instruções por escrito para cada teste, que descreva o tipo de amostra e procedimento de coleta de amostra. Meios de identificação por código de barras, sistemas robóticos e analíticos reduzem os erros pré-analíticos. A melhoria da fase pré-analítica de testes laboratoriais permanece um desafio para muitos laboratórios clínicos.