Efeitos da proteção e do envigoramento na germinação e estabelecimento de plântulas de duas espécies arbóreas visando a semeadura direta

A importância das florestas na mitigação do clima é reconhecida e a necessidade da conservação e restauração se tornou mais evidente. Diversas técnicas tem sido estudadas para facilitar a restauração. Nesse sentido, a semeadura direta se apresenta como uma alternativa de baixo custo para a restauração, entretanto o sucesso dessa técnica depende da criação de condições favoráveis para a germinação e estabelecimento de plântulas. O objetivo desse estudo foi avaliar os efeitos de técnicas que podem ser associadas à semeadura direta, aumentando a chance de sucesso. Dois diferentes tipos de protetores (gaiolas metálicas e bambus) foram utilizadas para avaliar a germinação e estabelecimento de Euterpe edulis Mart., uma espécie de sementes recalcitrante. Além disso, outros fatores foram considerados, como o tamanho da semente, presença dos envoltórios do fruto e posição de semeadura. A porcentagem de persistência de sementes ou frutos, germinação (%), emergência de plântulas (%), altura e diâmetro do colo das plântulas e recrutamento foram avaliados no primeiro experimento e germinação (%), emergência de plântulas (%), altura e recrutamento foram avaliados no segundo experimento. A exclusão da redação nãofoi o fator mais importante no sucesso do uso da semente, mas sim a mudança microclimática provocada pela proteção de tubos de bambu. Para a outra espécie estudada, Simira cf. glaziovii (Standl) Steyerm, uma espécie de sementes não recalcitrantes, técnicas de condicionamento foram utilizadas para avaliar a viabilidade e manutenção da qualidade fisiológica após três meses de armazenamento. Os tratamentos consistiram em hidrocondicionamento e osmocondicionamento e estes, seguidos por secagem e armazenamento. O controle também foi armazenado para comparação entre os tratamentos. Os resultados foram favoráveis tanto para condicionamento quanto para o armazenamento após condicionamento. Este estudo mostrou que a semeadura direta pode ser uma alternativa para ambas espécies quando associadas a práticas que favorecem a germinação e estabelecimento. O sucesso no uso das sementes recalcitrantes depende da criação de condições climáticas favoráveis, que podem ser conseguidas com o uso de protetores de tubos de bambu. Para espécies não recalcitrantes, a manutenção da viabilidade das sementes durante o armazenamento permite o uso em períodos mais favoráveis à germinação.

Estudo fenotípico e molecular de resistência aos antimicrobianos em amostras clínicas e ambientais de enterobactérias

Buscamos detectar evidências da presença de genes envolvidos na produção de Enzimas Modificadoras de Aminoglicosídeos (EMAs), Beta-lactamases de espectro estendido (ESBLs) e Mecanismos Plasmidiais de Resistência a Quinolonas (PMQRs) em cepas de K. pneumoniae, K. ozaenae e E. coli isoladas de amostras de água de rios afluentes da Baía de Guanabara e de materiais clínicos de origem hospitalar, além de avaliar o "status sanitário" dos corpos aquáticos abordados no tocante à contaminação fecal recente e indicações de contaminação hospitalar e por outros ambientes de alta seletividade. As cepas de materiais clínicos foram selecionadas entre Maio e Julho de 2010, a partir da semeadura em meio de cultura contendo 8g/mL de gentamicina. As amostras de água foram coletadas em Abril e em Julho de 2009. Realizamos testes de colimetria, empregando para tal, a metodologia convencional e outra, na qual adicionamos 32g/mL de cefalotina e 8g/mL de gentamicina aos caldos Lactosado e Escherichia coli (caldo EC), a fim de detectar e quantificar coliformes resistentes. Para o isolamento das cepas empregamos meios de cultura contendo 32g/mL de cefalotina e 8g/mL de gentamicina. As cepas foram identificadas e submetidas a testes de susceptibilidade aos antimicrobianos (TSA), testes presuntivos para presença de ESBLs, extração de DNA plasmidial e ensaios de Reação em Cadeia de Polimerase (PCR) para a detecção dos genes. A utilização de agentes antimicrobianos nos testes de colimetria nos permitiu detectar a presença e quantificar coliformes totais e fecais resistentes nas amostras de água analisadas nos diferentes pontos. O TSA das cepas isoladas de amostras de água exibiu perfis de multirresistência, compatíveis com o de bactérias de origem hospitalar, semelhante ao encontrado nas cepas isoladas de materiais clínicos. Todas as cepas isoladas de amostras de água e 90% das cepas de materiais clínicos apresentaram pelo menos uma banda plasmidial. Os ensaios de PCR evidenciaram a presença de produtos de amplificação para EMAs, ESBLs e PMQRs, sendo que 7,4% das cepas de amostras de água e 20% das cepas de materiais clínicos apresentaram produtos de amplificação para as três classes de antimicrobianos. A realização de testes de colimetria empregando antimicrobianos, como gentamicina e cefalotina, pode ser uma ferramenta adicional importante ao teste convencional, quando o interesse for, o monitoramento e a prevenção de contaminação ambiental, especialmente associada a microrganismos carreando genes de resistência. O uso criterioso de antimicrobianos em atividades de cunho hospitalar e veterinário e medidas no sentido de prevenção de lançamento de esgoto e/ou tratamento dos efluentes, são fundamentais para o controle da disseminação de elementos genéticos de resistência transferíveis entre os microrganismos. A detecção e identificação de microrganismos apresentando elementos de resistência em ambiente extra-hospitalar como em água e solo, em particular, o emprego de testes de colimetria empregando antimicrobianos, se faz necessária, como forma de prevenção e controle de disseminação destes microrganismos com potencial de causar infecções em humanos e outros animais que eventualmente entram em contato com estes ambientes.

Hardware paralelo reconfigurável para identificação de alinhamentos de sequências de DNA.

Amostras de DNA são encontradas em fragmentos, obtidos em vestígios de uma cena de crime, ou coletados de amostras de cabelo ou sangue, para testes genéticos ou de paternidade. Para identificar se esse fragmento pertence ou não a uma sequência de DNA, é necessário compará-los com uma sequência determinada, que pode estar armazenada em um banco de dados para, por exemplo, apontar um suspeito. Para tal, é preciso uma ferramenta eficiente para realizar o alinhamento da sequência de DNA encontrada com a armazenada no banco de dados. O alinhamento de sequências de DNA, em inglês DNA matching, é o campo da bioinformática que tenta entender a relação entre as sequências genéticas e suas relações funcionais e parentais. Essa tarefa é frequentemente realizada através de softwares que varrem clusters de base de dados, demandando alto poder computacional, o que encarece o custo de um projeto de alinhamento de sequências de DNA. Esta dissertação apresenta uma arquitetura de hardware paralela, para o algoritmo BLAST, que permite o alinhamento de um par de sequências de DNA. O algoritmo BLAST é um método heurístico e atualmente é o mais rápido. A estratégia do BLAST é dividir as sequências originais em subsequências menores de tamanho w. Após realizar as comparações nessas pequenas subsequências, as etapas do BLAST analisam apenas as subsequências que forem idênticas. Com isso, o algoritmo diminui o número de testes e combinações necessárias para realizar o alinhamento. Para cada sequência idêntica há três etapas, a serem realizadas pelo algoritmo: semeadura, extensão e avaliação. A solução proposta se inspira nas características do algoritmo para implementar um hardware totalmente paralelo e com pipeline entre as etapas básicas do BLAST. A arquitetura de hardware proposta foi implementada em FPGA e os resultados obtidos mostram a comparação entre área ocupada, número de ciclos e máxima frequência de operação permitida, em função dos parâmetros de alinhamento. O resultado é uma arquitetura de hardware em lógica reconfigurável, escalável, eficiente e de baixo custo, capaz de alinhar pares de sequências utilizando o algoritmo BLAST.