Utilização de métodos de comparação de sequências para a detecção de genes taxonomicamente restritos

Desde a década de 1990, os esforços internacionais para a obtenção de genomas completos levaram à determinação do genoma de inúmeros organismos. Isto, aliado ao grande avanço da computação, tem permitido o uso de abordagens inovadoras no estudo da estrutura, organização e evolução dos genomas e na predição e classificação funcional de genes. Entre os métodos mais comumente empregados nestas análises está a busca por similaridades entre sequências biológicas. Análises comparativas entre genomas completamente sequenciados indicam que cada grupo taxonômico estudado até o momento contém de 10 a 20% de genes sem homólogos reconhecíveis em outras espécies. Acredita-se que estes genes taxonomicamente restritos (TRGs) tenham um papel importante na adaptação a nichos ecológicos particulares, podendo estar envolvidos em importantes processos evolutivos. Entretanto, seu reconhecimento não é simples, sendo necessário distingui-los de ORFs não-funcionais espúrias e/ou artefatos derivados dos processos de anotação gênica. Além disso, genes espécie- ou gêneroespecíficos podem representar uma oportunidade para o desenvolvimento de métodos de identificação e/ou tipagem, tarefa relativamente complicada no caso dos procariotos, onde o método padrão-ouro na atualidade envolve a análise de um grupo de vários genes (MultiLocus Sequence Typing MLST). Neste trabalho utilizamos dados produzidos através de análises comparativas de genomas e de sequências para identificar e caracterizar genes espécie- e gênero-específicos, os quais possam auxiliar no desenvolvimento de novos métodos para identificação e/ou tipagem, além de poderem lançar luz em importantes processos evolutivos (tais como a perda e ou origem de genes em linhagens particulares, bem como a expansão de famílias de genes em linhagens específicas) nos organismos estudados.

Avaliação comparativa dos riscos à saúde dos trabalhadores de enfermagem em Centro de Material e Esterilização

Estudo piloto para a avaliação da aplicabilidade de instrumento de pesquisa nas versões impressa e eletrônica sobre riscos e agravos à saúde do trabalhador. Objetiva avaliar comparativamente a aplicação do instrumento sobre riscos e danos no formato eletrônico e formato impresso em trabalhadores de enfermagem. O local do estudo foi o Centro de Material e Esterilização (CME) e a população os profissionais da unidade. Os participantes foram divididos através de sorteio em dois grupos de vinte e oito trabalhadores nomeados grupo impresso e grupo eletrônico. O primeiro grupo respondeu o questionário em formato impresso e o segundo o mesmo questionário no formato eletrônico através de uma home page. Os dados foram analisados através da estatística descritiva simples. Após a aplicação do questionário nos dois formatos, obteve-se resposta de 27 trabalhadores, sendo 20 (71,4%) do grupo impresso e 7 (36,4%) do grupo eletrônico. A aplicação do questionário revelou que no formato eletrônico não há possibilidade de item sem resposta e a análise dos dados pode ser imediata; é uma metodologia limpa e possui menor custo direto de aplicação. Entretanto houve uma taxa de resposta menor que no questionário no formato impresso. Na forma impressa, os pontos negativos foram o custo direto de aplicação mais elevado, possibilidade maior de erros, maior tempo gasto para a coleta e criação de banco de dados. Como pontos positivos tem-se a possibilidade de aplicação a trabalhadores sem experiência em informática, consequentemente apresenta maior taxa de respostas. Ambos os grupos observaram que o questionário possui boas instruções e fácil compreensão, além de curto tempo para resposta. Os trabalhadores observaram a existência de riscos físicos, ergonômicos, químicos, biológicos e de acidentes. As varizes, problemas osteomusculares e problemas oculares foram os mais relatados pelos profissionais como agravos à saúde relacionada ao trabalho. Concluiu-se que este grupo de trabalhadores ainda não está preparado para a realização de pesquisas no formato eletrônico e que a forma impressa ainda tem melhor aceitabilidade. A diferença de respostas nos grupos deveu-se a características pessoais dos respondentes e não a forma de coleta de dados. Ambas as metodologias identificaram fatores de riscos e agravos à saúde dos trabalhadores. Conclui-se que deve ser indicada a aplicação do questionário eletrônico em trabalhadores capacitados no uso da tecnologia computacional. Quanto à evidência da análise dos dados coletados, sugere-se a melhoria da planta física; contratação de profissionais capacitados; treinamento em equipe relacionado aos riscos e medidas de proteção a saúde do trabalhador.

Emissões atmosféricas e implicações potenciais sobre a biota terrestre devido as atividades antrópicas na Baía do Almirantado/ Ilha Rei George Antártica

Neste trabalho foi realizado um estudo sobre o impacto sobre a atmosfera e a biota terrestre devido às emissões antrópicas na Baia do Almirantado/Ilha Rei George Antártica. Foram monitoradas as emissões dos compostos orgânicos voláteis e semi-voláteis, tanto nas fontes emissoras como no entorno da Estação Antártica Comandante Ferraz e estimadas as emissões dos navios, dos geradores a diesel e da incineração de lixo. Na avaliação do entorno, coletaram-se amostras de ar, neve e penas de aves. Com os resultados das emissões, do estudo topográfico e da meteorologia, realizou-se uma modelagem de plumas gaussiana para avaliar os impactos. Quatro cenários foram avaliados: dois com a presença dos navios NApOc Ary Rongel e Maximiano apresentaram concentrações máximas de até 356 g m-3 de COV e 18 g m-3 de material particulado, enquanto os demais, sem a presença dos navios, apenas considerando as estações de pesquisa EACF e Arctowski, apresentaram concentrações máximas de até 2,5 g m-3 de COV e 1,3 g m-3 de material particulado. Amostras de COV coletadas foram compatíveis com o cenário mais crítico. O estudo de correlação para carbonilas e HPA atmosférico e Carbono elementar e HPA, depositados em neve, apontaram a EACF como a principal fonte de emissão. As concentrações de levoglucosano detectadas a aproximadamente 2 km da EACF apontaram para a prática de incineração de lixo da EACF. Todas as áreas de interesse biológicos, anteriormente mapeados, dentro da AAEG, são vulneráveis às emissões antrópicas, como sugeriu o modelo de dispersão e a sobreposição dos resultados encontrados.

Avaliação da presença de mutações de resistência no gene da NS5B e do prognóstico da infecção pelo HCV através da IL-28B em pacientes monoinfectados com HCV no RJ

Estima-se que a prevalência global da população mundial com hepatite C é de 3%. Pouco se sabe sobre a resposta ao tratamento com respeito à resistência viral. Algumas mutações no fragmento de 109 aminoácidos da NS5B são associadas com resistência ao interferon (IFN) e ribavirina (RBV). Estudos moleculares e clínicos identificaram fatores associados com o hospedeiro e vírus relacionados associada com a resposta ao tratamento, tal como o gene que codifica a IL-28B. Este estudo foi dividido em duas fases, cujos objetivos foram caracterizar a frequência de mutações que conferem resistência ao HCV e avaliar a relevância das mutações em pacientes Respondedores (R) ou Não Respondedores (NR) ao tratamento e caracterizar geneticamente as populações sobre polimorfismos genéticos nos SNPs da IL-28B em relação ao prognóstico da resposta ao tratamento. As amostras dos pacientes foram submetidas a testes de genotipagem e carga viral. As sequências geradas foram comparadas no BLAST e no banco de dados Los Alamos HCV. Realizamos o alinhamento das sequências homólogas e as mutações identificadas. Com base no genótipo e carga viral determinamos a classificação dos pacientes de acordo com a resposta à terapia. O DNA genômico foi isolado a partir de sangue periférico para a realização da tipagem de SNPs de IL-28B. A metodologia utilizada foi de PCR em tempo real utilizando sondas TaqMan SNP específico. A análise dos dados foi realizada utilizando GraphPad Prism com qui-quadrado, risco relativo (RR), Odds Ratio (OR) e intervalo de confiança de 95%, com um nível de significância de P <0,05. Foi encontrado na primeira fase deste estudo uma taxa significativa mutações associadas ao tratamento nas amostras estudadas. A prevalência de mutações associadas à resistência ao IFN e RBV bem como a novos medicamentos antivirais localizados no fragmento de 109 aminoácidos da NS5B foi examinado em 69 indivíduos infectados naïve no Rio de Janeiro, Brasil. Na segunda fase, as mutações foram clinicamente relevantes. Desde então, procuramos observar as diferenças entre melhor ou pior prognóstico de acordo com a imunogenética que mostrou diferenciação entre os grupos R e NR ao tratamento em relação ao prognóstico da resposta terapêutica. Quando as diferenças entre as sequências da NS5B e a resposta ao tratamento foram consideradas verificou-se que associada a mutação R254K, estava a C316N que poderia conduzir a uma não resposta à terapia no genótipo 1b. Os nossos dados também suportaram forte associação de IL-28B rs12979860, com elevada probabilidade de resposta à terapia de IFN + RBV. Nossos dados evidenciam a presença de pacientes virgens de tratamento que abrigam mutações de resistência previamente descritas na literatura. A análise dos fatores preditores de resposta virológica mostrou que a predição de boa resposta ou não ao tratamento e ainda da progressão da doença é dependente de uma importante interação entre a genética viral e a do hospedeiro. Fato este importante para que no momento de avaliação de diagnóstico e conduta terapêutica, o médico possa tomar medidas apropriadas para o tratamento de cada paciente individualmente independentemente do genótipo do HCV em questão.

Inovação tecnológica: análise comparativa entre dois métodos de coleta de dados sobre riscos e danos em enfermagem

Estudo de comparação entre dois métodos de coleta de dados, através da aplicação de um software, para avaliação dos fatores de risco e danos no trabalho de enfermagem em hospital. Objetiva analisar o uso do software (eletrônico) em comparação com o uso do instrumento impresso. Trata-se de um estudo estatístico, descritivo com abordagem quantitativa, desenvolvido nas enfermarias dos Serviços de Internações Clínicas e Serviços de Internações Cirúrgicas de um Hospital Universitário, no estado do Rio de Janeiro. A população do estudo foram os trabalhadores de enfermagem das unidades. A amostra foi definida por meio de amostragem não-probabilística e alocação da amostra ocorreu de forma aleatória em dois grupos, denominados grupo impresso e grupo eletrônico, com 52 participantes cada. Previamente a coleta de dados foram implementadas estratégias de pesquisa denominada teaser, através da comunicação digital aos trabalhadores. Posteriormente, foi ofertado aos participantes do formato impresso o questionário impresso, e os participantes do formato eletrônico receberam um link de acesso a home page. Os dados foram analisados através da estatística descritiva simples. Após a aplicação do questionário nos dois formatos, obteve-se resposta de 47 trabalhadores do grupo impresso (90,3%), e 17 trabalhadores do grupo eletrônico (32,7%). A aplicação do questionário impresso revelou algumas vantagens como o número de pessoas atingidas pela pesquisa, maior interação pesquisador e participante, taxa de retorno mais alta, e quanto às desvantagens a demanda maior de tempo, erros de transcrição, formulação de banco de dados, possibilidades de resposta em branco e erros de preenchimento. No formato eletrônico as vantagens incluem a facilidade de tabulação e análise dos dados, impossibilidade de não resposta, metodologia limpa e rápida, e como desvantagens, o acesso à internet no período de coleta de dados, saber usar o computador e menor taxa de resposta. Ambos os grupos observaram que o questionário possui boas instruções e fácil compreensão, além de curto tempo para resposta. Os trabalhadores perceberam a existência dos riscos ocupacionais, principalmente os ergonômicos, biológicos e de acidentes. Os principais danos à saúde provocados ou agravos pelo trabalho percebidos pelos trabalhadores foram os problemas osteomusculares, estresse, transtornos do sono, mudanças de humor e alterações de comportamento e varizes. Pode-se afirmar que não ocorreram diferenças acentuadas de percentual ao comparar a percepção dos trabalhadores do grupo impresso e do grupo eletrônico frente aos riscos e danos à saúde. Conclui-se que os dois processos de coleta de dados tiveram boa aceitação, no entanto, deve ser indicada a aplicação do questionário eletrônico junto com a ferramenta de acesso, no caso o computador, tablet.

Efeito da vibração gerada em plataforma oscilante/vibratória em indivíduos com síndrome metabólica ou paralisia cerebral

A realização de atividade física regular é uma intervenção não farmacológica com grandes benefícios para melhora da qualidade de vida, redução da morbidade e da mortalidade de disfunções cardiorrespiratórias, controle da síndrome metabólica (SM), bem como no manejo de portadores de distúrbios neurológicos como na paralisia cerebral (PC). Os exercícios de vibração de corpo inteiro (EVCI) são produzidos quando o indivíduo está em contato com a base de uma plataforma oscilante/vibratória (POV) ligada devido a efeitos de vibrações sinusoidais e deterministas produzidas por essas plataformas. Os EVCI têm sido utilizados por pessoas treinadas e não treinadas e no tratamento de pacientes com diferentes desordens clínicas. Efeitos biológicos como aumento da flexibilidade e da força muscular são relatados através da realização destes exercícios. O objetivo deste estudo foi investigar os efeitos das vibrações geradas em POV em pacientes com SM ou com PC. Em relação aos estudos com SM, foi realizada uma busca no banco de dados PubMed para a palavra-chave flexibilidade e sua relação com os EVCI, bem como um estudo de caso sobre o efeito dos EVCI na flexibilidade de paciente com SM. Em relação à investigação com PC, revisão sistemática foi realizada sobre os efeitos dos EVCI em portadores de PC através de pesquisas nas bases de dados PubMed, Cochrane Library, Cinahl (Ebsco Host), PEDro, Science Direct and Scopus. Os resultados obtidos através do uso de protocolo de EVCI com baixa frequência (5 a 14 Hz) foi verificado aumento da flexibilidade anterior de tronco em paciente com SM e parece haver uma estabilização desta medida ao longo do protocolo proposto de onze sessões. Um importante número de publicações é encontrado no PubMed para a palavra-chave flexibilidade e os achados de nossa investigação revelam que há interesse em avaliar o efeito dos EVCI na flexibilidade dos indivíduos. Os efeitos pesquisados em pacientes com PC incluem fortalecimento muscular, redução da espasticidade, aumento na flexibilidade, aumento de densidade mineral óssea e melhora do controle postural. Em conclusão, a análise dos estudos apresentados permite sugerir que os EVCI podem ser uma modalidade de intervenção segura para portadores de SM, melhorando a flexibilidade anterior de tronco. Além disso, a revisão realizada mostra melhora da flexibilidade em vários grupos estudados. Para portadores de PC, foi verificado que os EVCI melhoram vários parâmetros clínicos de portadores, porém, como os protocolos não são descritos com detalhes, as evidências para uma definição de melhores parâmetros para esta população permanecem inconclusiva.