Occurrence and analysis of selected pharmaceutical compounds in soil from Spanish agricultural fields

This work describes the analysis of 15 pharmaceutical compounds, belonging to different therapeutic classes (anti-inflammatory/analgesics, lipid regulators, antiepileptics, ?-blockers and antidepressants) and with diverse physical?chemical properties, in Spanish soils with different farmland uses. The studied compounds were extracted from soil by ultrasound-assisted extraction (UAE) and determined, after derivatization, by gas chromatography with mass spectrometric detection (GC?MS). The limits of detection (LODs) ranged from 0.14 ng g?1 (naproxen) to 0.65 ng g?1 (amitriptyline). At least two compounds where detected in all samples, being ibuprofen, salicylic acid, and paracetamol, the most frequently detected compounds. The highest levels found in soil were 47 ng g?1 for allopurinol and 37 ng g?1 for salicylic acid. The influence of the type of crop and the sampling area on the levels of pharmaceuticals in soil, as well as their relationship with soil physical?chemical properties, was studied. The frequent and widespread detection of some of these compounds in agricultural soils show a diffuse contamination, although the low levels found do not pose a risk to the environment or the human health.

Influencia de los fármacos presentes en el agua residual sobre la resistencia de la bacteria Escherichia coli y su eliminación por oxidación avanzada

Los fármacos en el agua han sido considerados en los últimos años un problema medioambiental grave, y se ha incrementado el interés por los efectos que pueden producirse en el medio acuático. Aunado a este problema se encuentra el consumo excesivo de medicamentos no controlados, los cuales pueden ser desechados sin tener el tratamiento adecuado; por lo que se ingresan a los cursos de agua. Estos contaminantes emergentes son compuestos cuyo vertido supone un problema sanitario y ambiental. Se trata de contaminantes solubles en agua por lo que son capaces de estar presentes en todas las etapas del ciclo del agua. Han sido numerosos estudios los que se han realizado en diferentes países, ya que su presencia se ha convertido en un tema emergente en la química del medio ambiente, debido a que en las investigaciones realizadas muestran que no hay una eliminación completa a pesar de los distintos procesos que se aplican en las plantas de tratamiento de aguas residuales. Esta contaminación, incrementa la necesidad de conocer cuál es el efecto toxicológico sobre los organismos acuáticos y, en consecuencia, en las personas. La bacteria Escherichia Coli, es un organismo muy estudiado, debido a que se encuentra en los intestinos de los animales y humanos y por lo consiguiente en las aguas negras. Teniendo en cuenta la crítica situación, se planteó estudiar el efecto sobre la bacteria E. coli de 4 fármacos: Atenolol, Azitromicina, Estradiol e Ibuprofeno, para conocer cual era su comportamiento y el efecto que podían producir la presencia de los fármacos en la eliminación por procesos de oxidación. Así también, los efectos producidos sobre E. Coli, después de estar en contacto con los fármacos 1, 3 y 7 días. Se observó que los fármacos tienen efectos en el aumento o eliminación de los microrganismos dependiendo de los tiempos de exposición y la concentración del fármaco. Así mismo se observó que los microorganismos asimilan mejor las concentraciones menores de fármacos, a tiempos de contacto mayores de 24 horas. Con todos los desinfectantes de estudio se observaron ligeras resistencias de la bacteria ante la presencia de los fármacos. Drugs in water have been considered in recent years a serious environmental problem, and has increased interest in the effects that may occur in the aquatic environment. Added to this problem is the excessive consumption of non-controlled drugs, which can be disposed of without proper treatment, so they enter waterways. These are compounds emerging contaminants being discharged is a health and environmental problem. It is water soluble contaminants and are therefore able to be present in all stages of the water cycle. There have been numerous studies conducted in different countries, since their presence has become an emerging issue in environmental chemistry, because in the research shows that there isn’t a removal despite the different processes used in wastewater treatment plants. This contamination, increases the need to know what is the toxicological effects on aquatic organisms and, consequently, in people. The bacterium Escherichia coli, is a well-studied organism because it is found in the intestines of animals and humans and is therefore in the wastewater. Given the critical situation, was proposed to study the effect on the bacterium E. coli of 4 drugs: Atenolol, Azithromycin, Estradiol and Ibuprofen, to know what his behavior and the effect it could produce the presence of drugs in the removal by oxidation processes. Also, the effects on E. Coli, after being in contact with the drug 1, 3 and 7 days. It was noted that the drugs have effects on the growth or elimination of microorganisms depending on exposure time and the drug concentration. Also it was observed that the microorganisms assimilate lower concentrations of drug better over 24 hours. With all disinfectants study were observed resistances of the bacteria in the presence of the drugs.

Eliminación de nutrientes mediante el empleo de cultivos hidropónicos

La presente investigación se presenta como una alternativa para la reducción de la contaminación por nutrientes que produce el vertido de aguas residuales provenientes de núcleos urbanos que acaban en lagos, lagunas o embalses acelerando los procesos de eutrofización de los mismos. El objetivo de esta tesis es analizar la reducción de nutrientes, fundamentalmente nitrógeno, fósforo y potasio, del agua residual doméstica sometida a tratamiento a través de cultivos hidropónicos en un determinado periodo de tiempo, observando a su vez la evolución del cultivo seleccionado. El sistema se diseñó para funcionar en circuito cerrado con el agua residual circulando por entre las raíces de los vegetales estudiados. El cultivo seleccionado fue el “kenaf”, aunque después de mucho tiempo dedicado a la obtención de semillas de “kenaf “por diferentes proveedores, se decidió comenzar un primer ensayo utilizando plantas de aloe vera durante un periodo de un mes de verano. Se procedió a la colocación de plantas en un tubo conteniendo agua residual de una fosa séptica domiciliaria. La reducción de la DBO5 y la DQO fue notable aunque los resultados de la variación de nitratos y fosfatos no fueron concluyentes. Las altas temperaturas alcanzada en esas fechas por el agua circulante, finalmente imposibilitó la continuación del ensayo. Si bien esta primera puesta en marcha no resultó como se esperaba, aportó numerosa información para modificar el planteo del estudio, la forma de llevarlo a cabo y la puesta a punto de la propia instalación. El segundo ensayo se llevó a cabo en otoño con plantas de kenaf obtenidas del ensayo previo en suelo en una parcela piloto en los llanos de Villamartín, en la provincia de Cádiz. Antes de incorporar el agua al sistema hidropónico se analizaron todos los parámetros requeridos por la normativa española del agua para determinar su clasificación como agua residual doméstica. Luego se le dio seguimiento a la variación de los nutrientes, nitrógeno, fósforo y potasio a lo largo de varias semanas para evaluar la efectividad del tratamiento. Las plantas de kenaf continuaron su desarrollo utilizando las sustancias disueltas en el agua residual como única fuente de nutrientes disponible. This research is presented as an alternative to reduce the pollution that wastewater discharges from towns generate when they end in lakes, ponds and reservoirs, by accelerating the eutrophication processes. The objective of this thesis is to analyze the reduction of nutrients, mainly nitrogen, phosphorus and potassium, of domestic wastewater treated through hydroponics crops in a given period of time, noting at the same time the evolution of the selected crop. The system was designed to operate in closed circuit with the wastewater circulating through the roots of the studied plants. The selected crop was "kenaf", although after much time spent in obtaining seeds of "kenaf"by different vendors and the impossibility of achieving its germination; it was decided to start a first test using Aloe Vera plants for a period of one month in the summer. The plants were introduced in the holes of a tube containing septic wastewater. The BOD5 and COD reduction was remarkable though the results of the variation in nitrates and phosphates were inconclusive. High temperatures achieved in those dates by circulating water, eventually precluded the continuation of the test. Although this first implementation was not running as expected, it provided information to modify the proposal of the study, the way to carry it out and the development of the installation itself. The second test was conducted in autumn with kenaf plants obtained from the previous test in a pilot plant in the flatness of Villamartín, province of Cádiz. Before adding the water to the hydroponic system all the parameters required by the Spanish water regulations were analyzed to determine their classification as domestic waste water. Then, the variation of nutrients, nitrogen, phosphorus and potassium was tracking over several weeks to evaluate the effectiveness of the treatment. Kenaf plants continued its development using the substances dissolved in wastewater as sole source of nutrients available.

Nanoinformatics approaches for information extraction and text mining in nanomedical research texts

La nanotecnología es un área de investigación de reciente creación que trata con la manipulación y el control de la materia con dimensiones comprendidas entre 1 y 100 nanómetros. A escala nanométrica, los materiales exhiben fenómenos físicos, químicos y biológicos singulares, muy distintos a los que manifiestan a escala convencional. En medicina, los compuestos miniaturizados a nanoescala y los materiales nanoestructurados ofrecen una mayor eficacia con respecto a las formulaciones químicas tradicionales, así como una mejora en la focalización del medicamento hacia la diana terapéutica, revelando así nuevas propiedades diagnósticas y terapéuticas. A su vez, la complejidad de la información a nivel nano es mucho mayor que en los niveles biológicos convencionales (desde el nivel de población hasta el nivel de célula) y, por tanto, cualquier flujo de trabajo en nanomedicina requiere, de forma inherente, estrategias de gestión de información avanzadas. Desafortunadamente, la informática biomédica todavía no ha proporcionado el marco de trabajo que permita lidiar con estos retos de la información a nivel nano, ni ha adaptado sus métodos y herramientas a este nuevo campo de investigación. En este contexto, la nueva área de la nanoinformática pretende detectar y establecer los vínculos existentes entre la medicina, la nanotecnología y la informática, fomentando así la aplicación de métodos computacionales para resolver las cuestiones y problemas que surgen con la información en la amplia intersección entre la biomedicina y la nanotecnología. Las observaciones expuestas previamente determinan el contexto de esta tesis doctoral, la cual se centra en analizar el dominio de la nanomedicina en profundidad, así como en el desarrollo de estrategias y herramientas para establecer correspondencias entre las distintas disciplinas, fuentes de datos, recursos computacionales y técnicas orientadas a la extracción de información y la minería de textos, con el objetivo final de hacer uso de los datos nanomédicos disponibles. El autor analiza, a través de casos reales, alguna de las tareas de investigación en nanomedicina que requieren o que pueden beneficiarse del uso de métodos y herramientas nanoinformáticas, ilustrando de esta forma los inconvenientes y limitaciones actuales de los enfoques de informática biomédica a la hora de tratar con datos pertenecientes al dominio nanomédico. Se discuten tres escenarios diferentes como ejemplos de actividades que los investigadores realizan mientras llevan a cabo su investigación, comparando los contextos biomédico y nanomédico: i) búsqueda en la Web de fuentes de datos y recursos computacionales que den soporte a su investigación; ii) búsqueda en la literatura científica de resultados experimentales y publicaciones relacionadas con su investigación; iii) búsqueda en registros de ensayos clínicos de resultados clínicos relacionados con su investigación. El desarrollo de estas actividades requiere el uso de herramientas y servicios informáticos, como exploradores Web, bases de datos de referencias bibliográficas indexando la literatura biomédica y registros online de ensayos clínicos, respectivamente. Para cada escenario, este documento proporciona un análisis detallado de los posibles obstáculos que pueden dificultar el desarrollo y el resultado de las diferentes tareas de investigación en cada uno de los dos campos citados (biomedicina y nanomedicina), poniendo especial énfasis en los retos existentes en la investigación nanomédica, campo en el que se han detectado las mayores dificultades. El autor ilustra cómo la aplicación de metodologías provenientes de la informática biomédica a estos escenarios resulta efectiva en el dominio biomédico, mientras que dichas metodologías presentan serias limitaciones cuando son aplicadas al contexto nanomédico. Para abordar dichas limitaciones, el autor propone un enfoque nanoinformático, original, diseñado específicamente para tratar con las características especiales que la información presenta a nivel nano. El enfoque consiste en un análisis en profundidad de la literatura científica y de los registros de ensayos clínicos disponibles para extraer información relevante sobre experimentos y resultados en nanomedicina —patrones textuales, vocabulario en común, descriptores de experimentos, parámetros de caracterización, etc.—, seguido del desarrollo de mecanismos para estructurar y analizar dicha información automáticamente. Este análisis concluye con la generación de un modelo de datos de referencia (gold standard) —un conjunto de datos de entrenamiento y de test anotados manualmente—, el cual ha sido aplicado a la clasificación de registros de ensayos clínicos, permitiendo distinguir automáticamente los estudios centrados en nanodrogas y nanodispositivos de aquellos enfocados a testear productos farmacéuticos tradicionales. El presente trabajo pretende proporcionar los métodos necesarios para organizar, depurar, filtrar y validar parte de los datos nanomédicos existentes en la actualidad a una escala adecuada para la toma de decisiones. Análisis similares para otras tareas de investigación en nanomedicina ayudarían a detectar qué recursos nanoinformáticos se requieren para cumplir los objetivos actuales en el área, así como a generar conjunto de datos de referencia, estructurados y densos en información, a partir de literatura y otros fuentes no estructuradas para poder aplicar nuevos algoritmos e inferir nueva información de valor para la investigación en nanomedicina. ABSTRACT Nanotechnology is a research area of recent development that deals with the manipulation and control of matter with dimensions ranging from 1 to 100 nanometers. At the nanoscale, materials exhibit singular physical, chemical and biological phenomena, very different from those manifested at the conventional scale. In medicine, nanosized compounds and nanostructured materials offer improved drug targeting and efficacy with respect to traditional formulations, and reveal novel diagnostic and therapeutic properties. Nevertheless, the complexity of information at the nano level is much higher than the complexity at the conventional biological levels (from populations to the cell). Thus, any nanomedical research workflow inherently demands advanced information management. Unfortunately, Biomedical Informatics (BMI) has not yet provided the necessary framework to deal with such information challenges, nor adapted its methods and tools to the new research field. In this context, the novel area of nanoinformatics aims to build new bridges between medicine, nanotechnology and informatics, allowing the application of computational methods to solve informational issues at the wide intersection between biomedicine and nanotechnology. The above observations determine the context of this doctoral dissertation, which is focused on analyzing the nanomedical domain in-depth, and developing nanoinformatics strategies and tools to map across disciplines, data sources, computational resources, and information extraction and text mining techniques, for leveraging available nanomedical data. The author analyzes, through real-life case studies, some research tasks in nanomedicine that would require or could benefit from the use of nanoinformatics methods and tools, illustrating present drawbacks and limitations of BMI approaches to deal with data belonging to the nanomedical domain. Three different scenarios, comparing both the biomedical and nanomedical contexts, are discussed as examples of activities that researchers would perform while conducting their research: i) searching over the Web for data sources and computational resources supporting their research; ii) searching the literature for experimental results and publications related to their research, and iii) searching clinical trial registries for clinical results related to their research. The development of these activities will depend on the use of informatics tools and services, such as web browsers, databases of citations and abstracts indexing the biomedical literature, and web-based clinical trial registries, respectively. For each scenario, this document provides a detailed analysis of the potential information barriers that could hamper the successful development of the different research tasks in both fields (biomedicine and nanomedicine), emphasizing the existing challenges for nanomedical research —where the major barriers have been found. The author illustrates how the application of BMI methodologies to these scenarios can be proven successful in the biomedical domain, whilst these methodologies present severe limitations when applied to the nanomedical context. To address such limitations, the author proposes an original nanoinformatics approach specifically designed to deal with the special characteristics of information at the nano level. This approach consists of an in-depth analysis of the scientific literature and available clinical trial registries to extract relevant information about experiments and results in nanomedicine —textual patterns, common vocabulary, experiment descriptors, characterization parameters, etc.—, followed by the development of mechanisms to automatically structure and analyze this information. This analysis resulted in the generation of a gold standard —a manually annotated training or reference set—, which was applied to the automatic classification of clinical trial summaries, distinguishing studies focused on nanodrugs and nanodevices from those aimed at testing traditional pharmaceuticals. The present work aims to provide the necessary methods for organizing, curating and validating existing nanomedical data on a scale suitable for decision-making. Similar analysis for different nanomedical research tasks would help to detect which nanoinformatics resources are required to meet current goals in the field, as well as to generate densely populated and machine-interpretable reference datasets from the literature and other unstructured sources for further testing novel algorithms and inferring new valuable information for nanomedicine.

Spatio-temporal distribution of pyrethroids in soil in Mediterranean paddy fields

Purpose The demand of rice by the increase in population in many countries has intensified the application of pesticides and the use of poor quality water to irrigate fields. The terrestrial environment is one compartment affected by these situations, where soil is working as a reservoir, retaining organic pollutants. Therefore, it is necessary to develop methods to determine insecticides in soil and monitor susceptible areas to be contaminated, applying adequate techniques to remediate them. Materials and methods This study investigates the occurrence of ten pyrethroid insecticides (PYs) and its spatio-temporal variance in soil at two different depths collected in two periods (before plow and during rice production), in a paddy field area located in the Mediterranean coast. Pyrethroids were quantified using gas chromatography?mass spectrometry (GC?MS) after ultrasound-assisted extraction with ethyl acetate. The results obtained were assessed statistically using non-parametric methods, and significant statistical differences (p < 0.05) in pyrethroids content with soil depth and proximity to wastewater treatment plants were evaluated. Moreover, a geographic information system (GIS) was used to monitor the occurrence of PYs in paddy fields and detect risk areas. Results and discussion Pyrethroids were detected at concentrations ?57.0 ng g?1 before plow and ?62.3 ng g?1 during rice production, being resmethrin and cyfluthrin the compounds found at higher concentrations in soil. Pyrethroids were detected mainly at the top soil, and a GIS program was used to depict the obtained results, showing that effluents from wastewater treatment plants (WWTPs) were the main sources of soil contamination. No toxic effects were expected to soil organisms, but it is of concern that PYs may affect aquatic organisms, which represents the worst case scenario. Conclusions A methodology to determine pyrethroids in soil was developed to monitor a paddy field area. The use of water fromWWTPs to irrigate rice fields is one of the main pollution sources of pyrethroids. It is a matter of concern that PYs may present toxic effects on aquatic organisms, as they can be desorbed from soil. Phytoremediation may play an important role in this area, reducing the possible risk associated to PYs levels in soil.