5 resultados para literature based discovery

em Universidad Politécnica de Madrid


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¿La gente utiliza la bicicleta porque les gusta? ¿O es el propio hecho de usarla la razón por la que les gusta hacerlo? ¿O es una combinación de las dos? Este tipo de preguntas reflejan un problema que se puede llamar ‘el círculo de la consideración de la bicicleta’: para poder considerar el uso de la bicicleta en el conjunto de posibles opciones a escoger, un individuo tiene que tener creencias positivas sobre ella, sobre todo en el caso de ‘contextos de bajo uso’. Pero parece poco probable que se formen creencias positivas cuando hay bajos niveles de familiaridad al modo, es decir, con un bajo conocimiento de sus características, su funcionamiento y del imaginario asociado; al mismo tiempo, la familiaridad irá alcanzando niveles más altos conforme aumente el tiempo y la intensidad con la que se utilice la bicicleta a lo largo de la vida de los individuos. El problema parece un circulo recursivo huevo-gallina, ya que es difícil que alguien considere el usar la bicicleta en lugares donde su uso es una práctica poco extendida. En estos lugares, y dentro del conglomerado actual de tecnologías, infraestructuras, reglas, prácticas de los usuarios y preferencias culturales que se han desarrollado alrededor del automóvil (el actual "sistema socio-técnico de la movilidad urbana", Urry 2004; Geels 2005, 2012) usar la bicicleta es considerado por la mayoría como algo difícil, inseguro, y anormal. Como consecuencia, los procesos de aumento de familiaridad con la bicicleta permanecen inactivos. La tesis asume la familiaridad como una fuente de información e influencia sobre las creencias positivas sobre la bicicleta. En ‘contextos de bajo uso’, sin familiaridad al uso de la bicicleta, estas creencias sólo pueden surgir de ciertos rasgos personales (afecto, valores, identidades, voluntad, etc.). Tal como han evidenciado investigaciones recientes, en estos contextos la posibilidad de considerar el uso de la bicicleta (y su eventual adopción), se circunscribe principalmente a los ‘entusiastas’, a los que están dispuestos a “ir contra corriente” (Horton & Parkin 2012), limitando el alcance de las políticas de promoción. La investigación llevada a cabo en esta tesis ofrece un nuevo enfoque al problema del ‘círculo de la consideración de la bicicleta’. Para ello, plantea un modelo en el que se introduce a la familiaridad como un constructo que media entre el comportamiento final –qué modo de transporte elige el individuo– y el conjunto de constructos psicosociales que preceden la elección modal (creencias y actitudes). La familiaridad al uso de la bicicleta se concibe como una medida de la intensidad relativa del uso de una bicicleta, real y percibida (basándose en Diana & Mokhtarian 2009) que puede formarse de manera distinta según sus fines (utilitarios o no utilitarios). El constructo familiaridad con el modo bicicleta está relacionado con la cantidad de tiempo, la intensidad y la regularidad con la que un individuo ha hecho uso de la bicicleta a lo largo de su vida. La familiaridad se concibe así como una condición que permite definir adecuadamente el contexto en el que se toman las decisiones modales de los individuos, en línea con investigaciones que postulan patrones de causalidad alternativos entre los procesos cognitivos de elección y los comportamientos modales (Tardif 1977; Dobson et al. 1978; Golob et al. 1979; Golob 2001; Schwanen et al. 2012; Diana et al. 2009; Vij & Walker 2014). De este modo se plantea que el esquema unidireccional actitudesconductas podría no ser completamente valido en el caso de la consideración de la bicicleta, explorando la hipótesis que sean las propias conductas a influenciar la formación de las actitudes. En esta tesis, el constructo de familiaridad se articula teórica y metodológicamente, y se emplea un instrumento de diseño transversal para contrastarlo. Los resultados de una encuesta telefónica a una muestra representativa de 736 personas en la ciudad española de Vitoria-Gasteiz proveen evidencias que sugieren –aunque de forma preliminar– que la familiaridad juega un papel de mediadora en la relación entre la utilización de la bicicleta y la formación de las creencias y actitudes hacia el su uso. La tesis emplea mediciones para cada individuo con respecto tanto a su consideración como a su familiaridad al uso de la bicicleta. Éstas mediciones se definen haciendo uso del análisis factorial exploratorio (AFE). Por un lado, el AFE arroja una estructura del constructo ‘consideración’ formada por cuatro factores, tres de ellos asociados con elementos positivos y uno con elementos negativos: (1) de cómo el uso de la bicicleta se considera verde e inteligente (G&S); (2) sobre su carácter agradable y adecuado (P&S); (3) sobre su eficacia como modo de transporte para ir al trabajo (E); y (4) sobre los principales inconvenientes de su uso, es decir, las dificultades implícitas (sudoración y estar expuestos a las inclemencias del tiempo) y la sensación de inseguridad que genera (sentirse en riesgo de accidentes y estresarse por el tráfico) (D&T). Por otro lado, la familiaridad al uso de la bicicleta se mide en dos distintas variables ordinales (según se base en el uso utilitario o no utilitario). Como resultado, se puede hablar de que cada individuo se encuentra en una de las siguientes cuatro etapas en orden creciente hacia una familiaridad completa al modo: no familiarizados; apenas familiarizados; moderadamente familiarizados; totalmente familiarizados. El análisis de los datos de los cuatro grupos de sujetos de la muestra, –definidos de acuerdo con cada una de las cuatro etapas de familiaridad definidas– ha evidenciado la existencia de diferencias intergrupo estadísticamente significativas, especialmente para la medida relacionada con el uso utilitario. Asimismo, las personas en los niveles inferiores de familiaridad tienen una consideración menor de los aspectos positivos de la bicicleta y por el contrario presentan preocupaciones mayores hacia las características negativas respecto a aquellas personas que están más familiarizados en el uso utilitario. El uso, aunque esporádico, de una bicicleta para fines utilitarios (ir de compras, hacer recados, etc.), a diferencia de no usarla en absoluto, aparece asociado a unas puntuaciones significativamente más altas en los tres factores positivos (G&S, E, P&S), mientras que parece estar asociado a puntuaciones significativamente más bajas en el factor relacionado con las características negativas (D&U). Aparecen resultados similares cuando se compara un uso moderado, con uno esporádico, sobre todo con respecto a la consideración de las características negativas. Los resultados de esta tesis están en línea con la literatura anterior que se ha basado en variables similares (por ejemplo, de Geus et al. 2008; Stinson & Bhat 2003, 2004; Hunt & Abraham 2006; y van Bekkum et al. 2011a, entre otros), pero en este estudio las diferencias se observan en un contexto de bajo uso y se derivan de un análisis de toda la población de personas que se desplazan a su lugar de trabajo o estudio, lo cual eleva la fiabilidad de los resultados. La posibilidad de que unos niveles más altos de uso de la bicicleta para fines utilitarios puedan llevar a niveles más positivos de su consideración abre el camino a implicaciones teóricas y de políticas que se discuten en la tesis. Con estos resultados se argumenta que el enfoque convencional basado en el cambio de actitudes puede no ser el único y prioritario para lograr cambios a la hora de fomentar el uso de la bicicleta. Los resultados apuntan al potencial de otros esquemas de causalidad, basados en patrones de influencia más descentrados y distribuidos, y que adopten una mirada más positiva hacia los hábitos de transporte, conceptualizándolos como “inteligencia encarnada y pre-reflexiva” (Schwanen et al. 2012). Tales esquemas conducen a un enfoque más práctico para la promoción del uso de la bicicleta, con estrategias que podrían basarse en acciones de ‘degustación’ de su uso o de mayor ‘exposición’ a su uso. Is the fact that people like cycling the reason for them to cycle? Or is the fact that they do cycle the reason for them to like cycling? Or is a combination of the two? This kind of questions reflect a problem that can be called ‘the cycle of cycling consideration’: in order to consider cycling in the set of possible options to be chosen, an individual needs to have positive beliefs about it, especially in the case of ‘low-cycling contexts’. However, positive beliefs seem unlikely to be formed with low levels of mode familiarity, say, with a low acquaintance with mode features, functioning and images; at the same time, higher levels of familiarity are likely to be reached if cycling is practised over relative threshold levels of intensities and extensively across individual life courses. The problem looks like a chicken-egg recursive cycle, since the latter condition is hardly met in places where cycling is little practised. In fact, inside the current conglomerate of technologies, infrastructures, regulations, user practices, cultural preferences that have grown around the automobile (the current “socio-technical system of urban mobility”, Urry 2004; Geels 2005, 2012) cycling is commonly considered as difficult, unsafe, and abnormal. Consequently, the processes of familiarity forming remain disabled, and, as a result, beliefs cannot rely on mode familiarity as a source of information and influence. Without cycling familiarity, origins of positive beliefs are supposed to rely only on personal traits (affect, values, identities, willingness, etc.), which, in low-cycling contexts, confine the possibility of cycling consideration (and eventual adoption) mainly to ‘cycling enthusiasts’ who are willing to “go against the grain” (Horton & Parkin 2012), as it results from previous research. New research conducted by author provides theoretical insights for a different approach of the cycling consideration problem in which the presence of the new construct of cycling familiarity is hypothesised in the relationship between mode choice behaviour and the set of psychosocial constructs that are supposed to precede it (beliefs and attitudes). Cycling familiarity is conceived as a measure of the real and the perceived relative intensity of use of a bicycle (building upon Diana & Mokhtarian 2009) which may be differently formed for utilitarian or non-utilitarian purposes. The construct is assumed to be related to the amount of time, the intensity and the regularity an individual spends in using a bicycle for the two distinct categories of purposes, gaining in this way a certain level of acquaintance with the mode. Familiarity with a mode of transport is conceived as an enabling condition to properly define the decision-making context in which individual travel mode choices are taken, in line with rather disperse research efforts postulating inverse relationships between mode behaviours and mode choices (Tardiff 1977; Dobson et al. 1978; Golob et al. 1979; Golob 2001; Schwanen et al. 2012; Diana et al. 2009; Vij & Walker 2014). The new construct is built theoretically and methodologically, and a cross-sectional design instrument is employed. Results from a telephone survey in a representative sample of 736 commuters in the Spanish city of Vitoria-Gasteiz, provide suggestive –although preliminary– evidence on the role of mode familiarity as a mediator in the relationship between cycling use and the formation of beliefs and attitudes toward cycling. Measures of both cycling consideration and cycling familiarity are defined making use of exploratory factor analysis. On the one hand, four distinct cycling consideration measures are created, based on attitude expressions on four underlying factors relating to the cycling commuting behaviour: on how cycling commuting is considered green and smart (G&S); on its pleasant and suited character (P&S); on its efficiency as a mode of transport for commuting (E); and on the main drawbacks of its use, namely the difficulties implied (sweating and being exposed to adverse weather conditions) and the sense of unsafety it generates (feeling at risk of accidents and getting stressed by traffic) (D&U). On the other hand, dimensions of cycling familiarity are measured on two distinct ordinal variables (whether based on the utilitarian or non-utilitarian use) comprising four stages to a complete mode familiarity: not familiar; barely familiar; moderately familiar; fully familiar. For each of the four stages of cycling familiarity defined, statistical significant differences are found, especially for the measure related to the utilitarian use. Consistently, people at the lower levels of cycling familiarity have a lower consideration of the positive aspects of cycling and conversely they exhibit higher concerns towards the negative characteristics than those individuals that are more familiar in utilitarian cycling. Using a bicycle occasionally for practical purposes, as opposed to not using it at all, seems associated to significant higher scores in the three positive factors (G&S, E, P&S) while it appears to be associated to significant lower scores in the factor relating with the negative characteristics of cycling commuting (D&U). A same pattern also occurs with a moderate use, as opposed to an occasional one, especially for the consideration of the negative characteristics. The results are in line with previous literature based on similar variables (e.g. de Geus et al. 2008; Stinson & Bhat 2003, 2004; Hunt & Abraham 2006; and van Bekkum et al. 2011a, among others), but in this study the differences are observed in a low-cycling context and derive from an analysis of the entire population of commuters, which rises the reliability of results.

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Specialized search engines such as PubMed, MedScape or Cochrane have increased dramatically the visibility of biomedical scientific results. These web-based tools allow physicians to access scientific papers instantly. However, this decisive improvement had not a proportional impact in clinical practice due to the lack of advanced search methods. Even queries highly specified for a concrete pathology frequently retrieve too many information, with publications related to patients treated by the physician beyond the scope of the results examined. In this work we present a new method to improve scientific article search using patient information. Two pathologies have been used within the project to retrieve relevant literature to patient data and to be integrated with other sources. Promising results suggest the suitability of the approach, highlighting publications dealing with patient features and facilitating literature search to physicians.

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Over the last few decades, the ever-increasing output of scientific publications has led to new challenges to keep up to date with the literature. In the biomedical area, this growth has introduced new requirements for professionals, e.g., physicians, who have to locate the exact papers that they need for their clinical and research work amongst a huge number of publications. Against this backdrop, novel information retrieval methods are even more necessary. While web search engines are widespread in many areas, facilitating access to all kinds of information, additional tools are required to automatically link information retrieved from these engines to specific biomedical applications. In the case of clinical environments, this also means considering aspects such as patient data security and confidentiality or structured contents, e.g., electronic health records (EHRs). In this scenario, we have developed a new tool to facilitate query building to retrieve scientific literature related to EHRs. Results: We have developed CDAPubMed, an open-source web browser extension to integrate EHR features in biomedical literature retrieval approaches. Clinical users can use CDAPubMed to: (i) load patient clinical documents, i.e., EHRs based on the Health Level 7-Clinical Document Architecture Standard (HL7-CDA), (ii) identify relevant terms for scientific literature search in these documents, i.e., Medical Subject Headings (MeSH), automatically driven by the CDAPubMed configuration, which advanced users can optimize to adapt to each specific situation, and (iii) generate and launch literature search queries to a major search engine, i.e., PubMed, to retrieve citations related to the EHR under examination. Conclusions: CDAPubMed is a platform-independent tool designed to facilitate literature searching using keywords contained in specific EHRs. CDAPubMed is visually integrated, as an extension of a widespread web browser, within the standard PubMed interface. It has been tested on a public dataset of HL7-CDA documents, returning significantly fewer citations since queries are focused on characteristics identified within the EHR. For instance, compared with more than 200,000 citations retrieved by breast neoplasm, fewer than ten citations were retrieved when ten patient features were added using CDAPubMed. This is an open source tool that can be freely used for non-profit purposes and integrated with other existing systems.

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After more than 40 years of life, software evolution should be considered as a mature field. However, despite such a long history, many research questions still remain open, and controversial studies about the validity of the laws of software evolution are common. During the first part of these 40 years the laws themselves evolved to adapt to changes in both the research and the software industry environments. This process of adaption to new paradigms, standards, and practices stopped about 15 years ago, when the laws were revised for the last time. However, most controversial studies have been raised during this latter period. Based on a systematic and comprehensive literature review, in this paper we describe how and when the laws, and the software evolution field, evolved. We also address the current state of affairs about the validity of the laws, how they are perceived by the research community, and the developments and challenges that are likely to occur in the coming years.

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Tradicionalmente, el uso de técnicas de análisis de datos ha sido una de las principales vías para el descubrimiento de conocimiento oculto en grandes cantidades de datos, recopilados por expertos en diferentes dominios. Por otra parte, las técnicas de visualización también se han usado para mejorar y facilitar este proceso. Sin embargo, existen limitaciones serias en la obtención de conocimiento, ya que suele ser un proceso lento, tedioso y en muchas ocasiones infructífero, debido a la dificultad de las personas para comprender conjuntos de datos de grandes dimensiones. Otro gran inconveniente, pocas veces tenido en cuenta por los expertos que analizan grandes conjuntos de datos, es la degradación involuntaria a la que someten a los datos durante las tareas de análisis, previas a la obtención final de conclusiones. Por degradación quiere decirse que los datos pueden perder sus propiedades originales, y suele producirse por una reducción inapropiada de los datos, alterando así su naturaleza original y llevando en muchos casos a interpretaciones y conclusiones erróneas que podrían tener serias implicaciones. Además, este hecho adquiere una importancia trascendental cuando los datos pertenecen al dominio médico o biológico, y la vida de diferentes personas depende de esta toma final de decisiones, en algunas ocasiones llevada a cabo de forma inapropiada. Ésta es la motivación de la presente tesis, la cual propone un nuevo framework visual, llamado MedVir, que combina la potencia de técnicas avanzadas de visualización y minería de datos para tratar de dar solución a estos grandes inconvenientes existentes en el proceso de descubrimiento de información válida. El objetivo principal es hacer más fácil, comprensible, intuitivo y rápido el proceso de adquisición de conocimiento al que se enfrentan los expertos cuando trabajan con grandes conjuntos de datos en diferentes dominios. Para ello, en primer lugar, se lleva a cabo una fuerte disminución en el tamaño de los datos con el objetivo de facilitar al experto su manejo, y a la vez preservando intactas, en la medida de lo posible, sus propiedades originales. Después, se hace uso de efectivas técnicas de visualización para representar los datos obtenidos, permitiendo al experto interactuar de forma sencilla e intuitiva con los datos, llevar a cabo diferentes tareas de análisis de datos y así estimular visualmente su capacidad de comprensión. De este modo, el objetivo subyacente se basa en abstraer al experto, en la medida de lo posible, de la complejidad de sus datos originales para presentarle una versión más comprensible, que facilite y acelere la tarea final de descubrimiento de conocimiento. MedVir se ha aplicado satisfactoriamente, entre otros, al campo de la magnetoencefalografía (MEG), que consiste en la predicción en la rehabilitación de lesiones cerebrales traumáticas (Traumatic Brain Injury (TBI) rehabilitation prediction). Los resultados obtenidos demuestran la efectividad del framework a la hora de acelerar y facilitar el proceso de descubrimiento de conocimiento sobre conjuntos de datos reales. ABSTRACT Traditionally, the use of data analysis techniques has been one of the main ways of discovering knowledge hidden in large amounts of data, collected by experts in different domains. Moreover, visualization techniques have also been used to enhance and facilitate this process. However, there are serious limitations in the process of knowledge acquisition, as it is often a slow, tedious and many times fruitless process, due to the difficulty for human beings to understand large datasets. Another major drawback, rarely considered by experts that analyze large datasets, is the involuntary degradation to which they subject the data during analysis tasks, prior to obtaining the final conclusions. Degradation means that data can lose part of their original properties, and it is usually caused by improper data reduction, thereby altering their original nature and often leading to erroneous interpretations and conclusions that could have serious implications. Furthermore, this fact gains a trascendental importance when the data belong to medical or biological domain, and the lives of people depends on the final decision-making, which is sometimes conducted improperly. This is the motivation of this thesis, which proposes a new visual framework, called MedVir, which combines the power of advanced visualization techniques and data mining to try to solve these major problems existing in the process of discovery of valid information. Thus, the main objective is to facilitate and to make more understandable, intuitive and fast the process of knowledge acquisition that experts face when working with large datasets in different domains. To achieve this, first, a strong reduction in the size of the data is carried out in order to make the management of the data easier to the expert, while preserving intact, as far as possible, the original properties of the data. Then, effective visualization techniques are used to represent the obtained data, allowing the expert to interact easily and intuitively with the data, to carry out different data analysis tasks, and so visually stimulating their comprehension capacity. Therefore, the underlying objective is based on abstracting the expert, as far as possible, from the complexity of the original data to present him a more understandable version, thus facilitating and accelerating the task of knowledge discovery. MedVir has been succesfully applied to, among others, the field of magnetoencephalography (MEG), which consists in predicting the rehabilitation of Traumatic Brain Injury (TBI). The results obtained successfully demonstrate the effectiveness of the framework to accelerate and facilitate the process of knowledge discovery on real world datasets.