ESPINA: a tool for the automated segmentation and counting of synapses in large stacks of electron microscopy images

The synapses in the cerebral cortex can be classified into two main types, Gray’s type I and type II, which correspond to asymmetric (mostly glutamatergic excitatory) and symmetric (inhibitory GABAergic) synapses, respectively. Hence, the quantification and identification of their different types and the proportions in which they are found, is extraordinarily important in terms of brain function. The ideal approach to calculate the number of synapses per unit volume is to analyze 3D samples reconstructed from serial sections. However, obtaining serial sections by transmission electron microscopy is an extremely time consuming and technically demanding task. Using focused ion beam/scanning electron microscope microscopy, we recently showed that virtually all synapses can be accurately identified as asymmetric or symmetric synapses when they are visualized, reconstructed, and quantified from large 3D tissue samples obtained in an automated manner. Nevertheless, the analysis, segmentation, and quantification of synapses is still a labor intensive procedure. Thus, novel solutions are currently necessary to deal with the large volume of data that is being generated by automated 3D electron microscopy. Accordingly, we have developed ESPINA, a software tool that performs the automated segmentation and counting of synapses in a reconstructed 3D volume of the cerebral cortex, and that greatly facilitates and accelerates these processes.

Diseño y aplicación de una metodología prospectiva para la determinación de los condicionantes futuros del crecimiento de los grandes buques portacontenedores

Durante las últimas décadas se observa una tendencia sostenida al crecimiento en las dimensiones de los grandes buques portacontenedores, que produce, que las infraestructuras portuarias y otras destinadas al tráfico de contenedores deban adaptarse para poder brindar los servicios correspondientes y mantenerse competitivas con otras para no perder el mercado. Esta situación implica importantes inversiones y modificaciones en los sistemas de transporte de contenedores por el gran volumen de carga que se debe mover en un corto periodo de tiempo, lo que genera la necesidad de tomar previsiones relacionadas con la probable evolución a futuro de las dimensiones que alcanzarán los grandes buques portacontenedores. En relación a los aspectos citados surge la inquietud de determinar los condicionantes futuros del crecimiento de los grandes buques portacontenedores, con una visión totalizadora de todos los factores que incidirán en los próximos años, ya sea como un freno o un impulso a la tendencia que se verifica en el pasado y en el presente. En consideración a que el tema a tratar y resolver se encuentra en el futuro, con un horizonte de predicción de veinte años, se diseña y se aplica una metodología prospectiva, que permite alcanzar conclusiones con mayor grado de objetividad sobre probables escenarios futuros. La metodología prospectiva diseñada, conjuga distintas herramientas metodológicas, cualitativas, semi-cuantitativas y cuantitativas que se validan entre sí. Sobre la base del pasado y el presente, las herramientas cuantitativas permiten encontrar relaciones entre variables y hacer proyecciones, sin embargo, estas metodologías pierden validez más allá de los tres a cuatro años, por los vertiginosos y dinámicos cambios que se producen actualmente, en las áreas política, social y económica. Las metodologías semi-cuantitativas y cualitativas, empleadas en forma conjunta e integradas, permiten el análisis de circunstancias del pasado y del presente, obteniendo resultados cuantitativos que se pueden proyectar hacia un futuro cercano, los que integrados en estudios cualitativos proporcionan resultados a largo plazo, facilitando considerar variables cualitativas como la creciente preocupación por la preservación del medio ambiente y la piratería. La presente tesis, tiene como objetivo principal “identificar los condicionantes futuros del crecimiento de los grandes buques portacontenedores y determinar sus escenarios”. Para lo cual, la misma se estructura en fases consecutivas y que se retroalimentan continuamente. Las tres primeras fases son un enfoque sobre el pasado y el presente, que establece el problema a resolver. Se estudian los antecedentes y el estado del conocimiento en relación a los factores y circunstancias que motivaron y facilitaron la tendencia al crecimiento de los grandes buques. También se estudia el estado del conocimiento de las metodologías para predecir el futuro y se diseña de una metodología prospectiva. La cuarta fase, denominada Resultados, se desarrolla en distintas etapas, fundamentadas en las fases anteriores, con el fin de resolver el problema dando respuestas a las preguntas que se formularon para alcanzar el objetivo fijado. En el proceso de esta fase, con el objeto de predecir probables futuros, se aplica la metodología prospectiva diseñada, que contempla el análisis del pasado y el presente, que determina los factores cuya influencia provocó el crecimiento en dimensiones de los grandes buques hasta la actualidad, y que constituye la base para emplear los métodos prospectivos que permiten determinar qué factores condicionarán en el futuro la evolución de los grandes buques. El probable escenario futuro formado por los factores determinados por el criterio experto, es validado mediante un modelo cuantitativo dinámico, que además de obtener el probable escenario futuro basado en las tendencias de comportamiento hasta el presente de los factores determinantes considerados, permite estudiar distintos probables escenarios futuros en función de considerar un cambio en la tendencia futura de los factores determinantes. El análisis del pasado indica que la tendencia al crecimiento de los grandes buques portacontenedores hasta el presente, se ha motivado por un crecimiento económico mundial que se tradujo en un aumento del comercio internacional, particularmente entre los países de Asia, con Europa y Estados Unidos. Esta tendencia se ha visto favorecida por el factor globalización y la acelerada evolución tecnológica que ha permitido superar los obstáculos que se presentaron. Es de destacar que aún en periodos de crisis económicas, con pronósticos de contracciones en el comercio, en los últimos años continuó la tendencia al crecimiento en dimensiones, en busca de una economía de escala para el transporte marítimo de contenedores, en las rutas transoceánicas. La investigación de la evolución de los grandes buques portacontenedores en el futuro, se efectúa mediante el empleo de una metodología prospectiva en la que el criterio experto se valida con un método cuantitativo dinámico, y además se fundamenta en una solida base pre-prospectiva. La metodología diseñada permite evaluar con un alto grado de objetividad cuales serán los condicionantes que incidirán en el crecimiento en tamaño de los grandes buques portacontenedores en el escenario con mayor probabilidad de acontecer en los próximos veinte años (2032), y también en otros escenarios que podrían presentarse en el caso de que los factores modifiquen su tendencia o bien se produzcan hechos aleatorios. El resultado se sintetiza en que la tendencia al crecimiento de los grandes buques portacontenedores en los próximos 20 años se verá condicionada por factores en relación a los conceptos de oferta (los que facilitan u obstaculizan la tendencia), demanda (los que motivan o impulsan la tendencia) y factores externos (los que desestabilizan el equilibrio entre oferta y demanda). La tendencia al crecimiento de los grandes buques portacontenedores se verá obstaculizada / limitada principalmente por factores relacionados a las infraestructuras, resultando los pasos y/o canales vinculados a las rutas marítimas, los limitantes futuros al crecimiento en dimensiones de los grandes buques portacontenedores; y la interacción buque / infraestructura (grúas) un factor que tenderá a obstaculizar esta tendencia de los grandes portacontenedores. El desarrollo económico mundial que estimula el comercio internacional y los factores precio del petróleo y condicionantes medioambientales impulsarán la tendencia al crecimiento de los grandes buques portacontenedores. Recent years have seen a sustained tendency towards the growth in the dimensions of large container ships. This has meant that port and other infrastructure used for container traffic has had to be adapted in order to provide the required services and to maintain a competitive position, so as not to lose market share. This situation implies the need for major investments in modifications to the container transport system, on account of the large volume of traffic to be handled in a short period of time. This in turn has generated a need to make provision for the probable future evolution of the ultimate dimensions that will be reached by large container ships. Such considerations give rise to the question of what are the future determinants for the growth of large container ships, requiring an overall vision of all the factors that will apply in future years, whether as a brake on or an incentive to the growth tendency which has been seen in the past and present In view of the fact that the theme to be dealt with and resolved relates to the future, with a forecasting horizon of some 20 years, a foresight methodology has been designed and applied so as to enable conclusions about probable future scenarios to be reached with a greater degree of objectivity. The designed methodology contains different methodological tools, both qualitative, semi-quantitative and quantitative, which are internally consistent. On the basis of past and present observations, the quantitative elements enable relationships to be established and forecasts to be made. Nevertheless such an approach loses validity more than three or four years into the future, on account of the very rapid and dynamic changes which may be seen at present in political, social and economic spheres. The semi-quantitative and qualitative methodologies are used coherently together and allow the analysis of past and present conditions, thus obtaining quantitative results which for short-term projections, which when integrated with the qualitative studies provide results for the long-term, facilitating the consideration of qualitative variables such as the increasing importance of environmental protection and the impact of piracy. The principal objective of the present thesis is "to identify the future conditions affecting the growth of large container ships and to determine possible scenarios". The thesis is structured in consecutive and related phases. The first three phases focus on the past and present in order to determine the problem to be resolved. The background is studied in order to establish the state of knowledge about the factors and circumstances which have motivated and facilitated the growth tendency for large container ships and the methodologies that have been used. In this way a specific foresight methodology is designed. The fourth phase, Results, is developed in distinct stages based on the previous phases, so as to resolve the problem posed and responding to the questions that arise. In this way the determined objective is reached. The fourth phase sees the application of the methodology that has been designed in order to predict posible futures. This includes analysis of the past and present factors which have caused the growth in the dimensions of large container ships up to the present. These provide the basis on which to apply the foresight methods which enable the future factors which will condition the development of such large container ships. The probable future scenarios are made up of the factors identified by expert judgement (using the Delphi technique) and validated by means of a dynamic quantitative model. This model both identifies the probable future scenarios based on past and present factors and enables the different future scenarios to be analysed as a function of future changes in the conditioning factors. Analysis of the past shows that the growth tendency up to the present for large container ships has been motivated by the growth of the world economy and the consequent increased international trade, especially between the countries of Asia with Europe and the United States. This tendency has been favoured by the trend towards globalization and by the rapid technical evolution in ship design, which has allowed the obstacles encountered to be overcome. It should be noted that even in periods of economic crisis, with an expectation for reduced trade, as experienced in recent years, the tendency towards increased ship dimensions has continued in search of economies of scale for the maritime transport of containers on transoceanic routes. The present investigation of the future evolution of large container ships has been done using a foresight methodology in which the expert judgement is validated by a dynamic quantitative methodology, founded on a firm pre-foresight analysis. The methodology that has been designed permits the evaluation, with a high degree of objectivity, of the future factors that will affect the growth of large container ships for the most probable scenario expected in the next 20 years (up to 2032). The evaluation applies also to other scenarios which may arise, in the event that their component factors are modified or indeed in the light of random events. In summary, the conclusión is that the tendency for growth in large container ships in the future 20 years will be determined by: factors related to supply, which slow or halt the tendency; factors related to demand, which encourage the tendency and finally, external factors which interrupt the equilibrium between supply and demand. The tendency for increasing growth in large container ships will be limited or even halted by factors related to infrastructure, including the natural and man-made straits and canals used by maritime transport. In addition the infrastructure required to serve such vessels both in port (including cranes and other equipment) and related transport, will tend to slow the growth tendency. The factors which will continue to encourage the tendency towards the growth of large container ships include world economic development, which stimulates international trade, and an increasing emphasis on environmental aspects.

Nueva tecnología para la separación de gases atmosféricos y captura de dióxido de carbono por aplicación de campos electromagnéticos y fotoionización

Son numerosos los expertos que predicen que hasta pasado 2050 no se utilizarán masivamente las energías de origen renovable, y que por tanto se mantendrá la emisión de dióxido de carbono de forma incontrolada. Entre tanto, y previendo que este tipo de uso se mantenga hasta un horizonte temporal aún más lejano, la captura, concentración y secuestro o reutilización de dióxido de carbono es y será una de las principales soluciones a implantar para paliar el problema medioambiental causado. Sin embargo, las tecnologías existentes y en desarrollo de captura y concentración de este tipo de gas, presentan dos limitaciones: las grandes cantidades de energía que consumen y los grandes volúmenes de sustancias potencialmente dañinas para el medioambiente que producen durante su funcionamiento. Ambas razones hacen que no sean atractivas para su implantación y uso de forma extensiva. La solución planteada en la presente tesis doctoral se caracteriza por la ausencia de residuos producidos en la operación de captura y concentración del dióxido de carbono, por no utilizar substancias químicas y físicas habituales en las técnicas actuales, por disminuir los consumos energéticos al carecer de sistemas móviles y por evitar la regeneración química y física de los materiales utilizados en la actualidad. Así mismo, plantea grandes retos a futuras innovaciones sobre la idea propuesta que busquen fundamentalmente la disminución de la energía utilizada durante su funcionamiento y la optimización de sus componentes principales. Para conseguir el objetivo antes citado, la presente tesis doctoral, una vez establecido el planteamiento del problema al que se busca solución (capítulo 1), del estudio de las técnicas de separación de gases atmosféricos utilizadas en la actualidad, así como del de los sistemas fundamentales de las instalaciones de captura y concentración del dióxido de carbono (capítulo 2) y tras una definición del marco conceptual y teórico (capítulo 3), aborda el diseño de un prototipo de ionización fotónica de los gases atmosféricos para su posterior separación electrostática, a partir del estudio, adaptación y mejora del funcionamiento de los sistemas de espectrometría de masas. Se diseñarán y desarrollarán los sistemas básicos de fotoionización, mediante el uso de fuentes de fotones coherentes, y los de separación electrostática (capítulo 4), en que se basa el funcionamiento de este sistema de separación de gases atmosféricos y de captura y concentración de dióxido de carbono para construir un prototipo a nivel laboratorio. Posteriormente, en el capítulo 5, serán probados utilizando una matriz experimental que cubra los rangos de funcionamiento previstos y aporte suficientes datos experimentales para corregir y desarrollar el marco teórico real, y con los que se pueda establecer y corregir un modelo físico– matemático de simulación (capítulo 6) aplicable a la unidad en su conjunto. Finalmente, debido a la utilización de unidades de ionización fotónica, sistemas láseres intensos y sistemas eléctricos de gran potencia, es preciso analizar el riesgo biológico a las personas y al medioambiente debido al impacto de la radiación electromagnética producida (capítulo 7), minimizando su impacto y cumpliendo con la legislación vigente. En el capítulo 8 se planteará un diseño escalable a tamaño piloto de la nueva tecnología propuesta y sus principales modos de funcionamiento, así como un análisis de viabilidad económica. Como consecuencia de la tesis doctoral propuesta y del desarrollo de la unidad de separación atmosférica y de captura y concentración de dióxido de carbono, surgen diversas posibilidades de estudio que pueden ser objeto de nuevas tesis doctorales y de futuros desarrollos de ingeniería. El capítulo 9 tratará de incidir en estos aspectos indicando líneas de investigación para futuras tesis y desarrollos industriales. ABSTRACT A large number of experts predict that until at least 2050 renewable energy sources will not be massively used, and for that reason, current Primary Energy sources based on extensive use of fossil fuel will be used maintaining out of control emissions, Carbon Dioxide above all. Meanwhile, under this scenario and considering its extension until at least 2050, Carbon Capture, Concentration, Storage and/or Reuse is and will be one of the main solutions to minimise Greenhouse Gasses environmental effect. But, current Carbon Capture and Storage technology state of development has two main problems: it is a too large energy consuming technology and during normal use it produces a large volume of environmentally dangerous substances. Both reasons are limiting its development and its extensive use. This Ph Degree Thesis document proposes a solution to get the expected effect using a new atmospheric gasses separation system with the following characteristics: absence of wastes produced, it needs no chemical and/or physical substances during its operation, it reduces to minimum the internal energy consumptions due to absence of mobile equipment and it does not need any chemical and/or physical regeneration of substances. This system is beyond the State of the Art of current technology development. Additionally, the proposed solution raises huge challenges for future innovations of the proposed idea finding radical reduction of internal energy consumption during functioning, as well as regarding optimisation of main components, systems and modes of operation. To achieve this target, once established the main problem, main challenge and potential solving solutions (Chapter 1), it is established an initial starting point fixing the Atmospheric Gasses Separation and Carbon Capture and Storage developments (Chapter 2), as well as it will be defined the theoretical and basic model, including existing and potential new governing laws and mathematical formulas to control its system functioning (Chapter 3), this document will deal with the design of an installation of an operating system based on photonic ionization of atmospheric gasses to be separated in a later separation system based on the application of electrostatic fields. It will be developed a basic atmospheric gasses ionization prototype based on intense radioactive sources capable to ionize gasses by coherent photonic radiation, and a basic design of electrostatic separation system (Chapter 4). Both basic designs are the core of the proposed technology that separates Atmospheric Gasses and captures and concentrates Carbon Dioxide. Chapter 5 will includes experimental results obtained from an experimental testing matrix covering expected prototype functioning regimes. With the obtained experimental data, theoretical model will be corrected and improved to act as the real physical and mathematical model capable to simulate real system function (Chapter 6). Finally, it is necessary to assess potential biological risk to public and environment due to the proposed use of units of intense energy photonic ionization, by laser beams or by non–coherent sources and large electromagnetic systems with high energy consumption. It is necessary to know the impact in terms of and electromagnetic radiation taking into account National Legislation (Chapter 7). On Chapter 8, an up scaled pilot plant will be established covering main functioning modes and an economic feasibility assessment. As a consequence of this PhD Thesis, a new field of potential researches and new PhD Thesis are opened, as well as future engineering and industrial developments (Chapter 9).

Contaminantes orgánicos (PAHs) derivados de la escombrera de la Central Térmica de Aliaga (Teruel)

The aim of this study was to determine if the soils, waters and plants from the Aliaga dump contained polycyclic aromatic hydrocarbons (PAHs) and their quantification.The results showed that PAHs concentrations in soils are in general higher than the reference levels from the Spanish legislation. Waters and plants contained PAHs but in low concentrations. The possible actions for remediation (photodegradation and bioremediation) seem to be unviable here because of the large volume of materials involved, although its use as an additive for the cement industry and derivatives can be considered. It is proposed that fluorantene in waters, and phenanthrene and benzo[ghi]perilene in soils be considered as pollutants as well as to study the incorporation of PAHs to plants. Key-words: Polycyclic aromatic hydrocarbons, soil, plant and water contamination, fly- ash, power plant. RESUMEN: El objetivo de este estudio fue determinar y cuantificar los hidrocarburos policíclicos aromáticos (PAHs) en los suelos, plantas y aguas de la Escombrera de Aliaga. La concentración de PAHs en las cenizas supera, en general, los valores establecidos en la legislación española.Las aguas y plantas contienen PAHs, aunque en concentraciones bajas. La remoción de los materiales para someterlos a fotodegradación y biorremediación es inviable debido al gran volumen de la escombrera, aunque se plantea su uso como aditivo en la fabricación de productos derivados del cemento. Se propone incluir el fenantreno y benzo[ghi]perileno en la normativa de suelos, así como el naftaleno en la de aguas y la elaboración de una legislación sobre la incorporación de estos compuestos a las plantas.

Ammonia and Greenhouse Gases Emission from Slurry Storage with impermeable Cover and Landspreading of Cattle Slurry

Intensive farm systems handle large volume of livestock wastes, resulting in adverse environmental effects, such as gaseous losses into the atmosphere in form of ammonia (NH3) and greenhouse gases (GHG), i.e. methane (CH4), carbon dioxide (CO2) and nitrous oxide (N2O). In this study, the manure management continuum of slurry storage with impermeable cover and following cattle slurry band spreading and incorporation to soil was assessed for NH3 and GHG emissions. The experiment was conducted in an outdoor covered storage (flexible bag system) (study I), which collected the slurry produced in 7 dairy cattle farms (2,000 m3 slurry) during 12 days in the northern Spain.

Definición e implementación de métricas objetivas para la evaluación funcional del miembro superior: aplicación a población con lesión medular cervical

En personas que padecen una Lesión Medular cervical, la función de los miembros superiores se ve afectada en mayor o menor medida, dependiendo fundamentalmente del nivel de la lesión y de la severidad de la misma. El déficit en la función del miembro superior hace que la autonomía e independencia de las personas se vea reducida en la ejecución de Actividades de la Vida Diaria. En el entorno clínico, la valoración de la función del miembro superior se realiza principalmente con escalas clínicas. Algunas de ellas valoran el nivel de dependencia o independencia en la ejecución de Actividades de la Vida Diaria, como, por ejemplo, el índice de Barthel y la escala FIM (Medida de la Independencia Funcional). Otras escalas, como Jebsen-Taylor Hand Function, miden la función del miembro superior valorando la destreza y la habilidad en la ejecución de determinadas tareas funcionales. Estas escalas son generales, es decir, se pueden aplicar a distintas poblaciones de sujetos y a la presencia de distintas patologías. Sin embargo, existen otras escalas desarrolladas específicamente para valorar una patología concreta, con el objetivo de hacer las evaluaciones funcionales más sensibles a cambios. Un ejemplo es la escala Spinal Cord Independence Measure (SCIM), desarrollada para valorar Lesión Medular. Las escalas clínicas son instrumentos de medida estandarizados, válidos para su uso en el entorno clínico porque se han validado en muestras grandes de pacientes. No obstante, suelen poseer una elevada componente de subjetividad que depende principalmente de la persona que puntúa el test. Otro aspecto a tener en cuenta, es que la sensibilidad de las escalas es alta, fundamentalmente, a cambios groseros en el estado de salud o en la función del miembro superior, de forma que cambios sutiles en el sujeto pueden no ser detectados. Además, en ocasiones, poseen saturaciones en el sistema de puntuación, de forma que mejorías que se puedan producir por encima de un determinado umbral no son detectadas. En definitiva, estas limitaciones hacen que las escalas clínicas no sean suficientes, por sí mismas, para evaluar estrategias motoras del miembro superior durante la ejecución de movimientos funcionales, siendo necesaria la búsqueda de instrumentos de medida que aporten objetividad, complementen las valoraciones y, al mismo tiempo, intenten solventar las limitaciones que poseen las escalas. Los estudios biomecánicos son ejemplos de métodos objetivos, en los que diversas tecnologías se pueden utilizar para recoger información de los sujetos. Una concreción de estos estudios son los estudios cinemáticos. Mediante tecnología optoelectrónica, inercial o electromagnética, estos estudios proporcionan información objetiva acerca del movimiento realizado por los sujetos, durante la ejecución de tareas concretas. Estos sistemas de medida proporcionan grandes cantidades de datos que carecen de una interpretación inmediata. Estos datos necesariamente deben ser tratados y reducidos a un conjunto de variables que, a priori, posean una interpretación más sencilla para ser utilizados en la práctica clínica. Estas han sido las principales motivaciones de esta investigación. El objetivo principal fue proponer un conjunto de índices cinemáticos que, de forma objetiva, valoren la función del miembro superior; y validar los índices propuestos en poblaciones con Lesión Medular, para su uso como instrumentos de valoración en el entorno clínico. Esta tesis se enmarca dentro de un proyecto de investigación: HYPER (Hybrid Neuroprosthetic and Neurorobotic Devices for Functional Compensation and Rehabilitation of Motor Disorders, referencia CSD2009-00067 CONSOLIDER INGENIO 2010). Dentro de este proyecto se lleva a cabo investigación en el desarrollo de modelos, para determinar los requisitos biomecánicos y los patrones de movimiento de los miembros superiores en sujetos sanos y personas con lesión medular. Además, se realiza investigación en la propuesta de nuevos instrumentos de evaluación funcional en el campo de la rehabilitación de los miembros superiores. ABSTRACT In people who have suffered a cervical Spinal Cord Injury, upper limbs function is affected to a greater or lesser extent, depending primarily on the level of the injury and the severity of it. The deficit in the upper limb function reduces the autonomy and independence of persons in the execution of Activities of Daily Living. In the clinical setting, assessment of upper limb function is mainly performed based on clinical scales. Some value the level of dependence or independence in performing activities of daily living, such as the Barthel Index and the FIM scale (Functional Independence Measure). Other scales, such as the Jebsen-Taylor Hand Function, measure upper limb function in terms of the skill and ability to perform specific functional tasks. These scales are general, so can be applied to different populations of subjects and the presence of different pathologies. However, there are other scales developed for a specific injury, in order to make the functional assessments more sensitive to changes. An example is the Spinal Cord Independence Measure (SCIM), developed for people with Spinal Cord Injury. The clinical scales are standardized instruments measure, valid for use in the clinical setting because they have been validated in large patient samples. However, they usually have a high level of subjectivity which mainly depends on the person who scores the test. Another aspect to take into account is the high sensitivity of the scales mainly to gross changes in the health status or upper limb function, so that subtle changes in the subject may not be detected. Moreover, sometimes, have saturations in the scoring system, so that improvements which may occur above a certain threshold are not detected. For these reasons, clinical scales are not enough, by themselves, to assess motor strategies used during movements. So, it’s necessary to find measure instruments that provide objectivity, supplement the assessments and, at the same time, solving the limitations that scales have. Biomechanical studies are examples of objective methods, in which several technologies can be used to collect information from the subjects. One kind of these studies is the kinematic movement analysis. By means of optoelectronics, inertial and electromagnetic technology, these studies provide objective information about the movement performed by the subjects during the execution of specific tasks. These systems provide large quantities of data without easy and intuitive interpretation. These data must necessarily be treated and reduced to a set of variables that, a priori, having a simpler interpretation for their use in the clinical practice. These were the main motivations of this research. The main objective was to propose a set of kinematic indices, or metrics that, objectively, assess the upper limb function and validate the proposed rates in populations with Spinal Cord Injury, for use as assessment tools in the clinical setting. This dissertation is framed within a research project: HYPER (Neurorobotic Devices for Functional Compensation and Rehabilitation of Motor Disorders, grant CSD2009- 00067 CONSOLIDER INGENIO 2010). Within this research project, research is conducted in relation to the biomechanical models development for determining the biomechanical requirements and movement patterns of the upper limb in healthy and people with Spinal Cord Injury. Moreover, research is conducted with respect to the proposed of new functional assessment instruments in the field of upper limb rehabilitation.

Desarrollo de metodologías para mejorar la estimación de los hidrogramas de diseño para el cálculo de los órganos de desagüe de las presas

En la presente Tesis se ha llevado a cabo el contraste y desarrollo de metodologías que permitan mejorar el cálculo de las avenidas de proyecto y extrema empleadas en el cálculo de la seguridad hidrológica de las presas. En primer lugar se ha abordado el tema del cálculo de las leyes de frecuencia de caudales máximos y su extrapolación a altos periodos de retorno. Esta cuestión es de gran relevancia, ya que la adopción de estándares de seguridad hidrológica para las presas cada vez más exigentes, implica la utilización de periodos de retorno de diseño muy elevados cuya estimación conlleva una gran incertidumbre. Es importante, en consecuencia incorporar al cálculo de los caudales de diseño todas la técnicas disponibles para reducir dicha incertidumbre. Asimismo, es importante hacer una buena selección del modelo estadístico (función de distribución y procedimiento de ajuste) de tal forma que se garantice tanto su capacidad para describir el comportamiento de la muestra, como para predecir de manera robusta los cuantiles de alto periodo de retorno. De esta forma, se han realizado estudios a escala nacional con el objetivo de determinar el esquema de regionalización que ofrece mejores resultados para las características hidrológicas de las cuencas españolas, respecto a los caudales máximos anuales, teniendo en cuenta el numero de datos disponibles. La metodología utilizada parte de la identificación de regiones homogéneas, cuyos límites se han determinado teniendo en cuenta las características fisiográficas y climáticas de las cuencas, y la variabilidad de sus estadísticos, comprobando posteriormente su homogeneidad. A continuación, se ha seleccionado el modelo estadístico de caudales máximos anuales con un mejor comportamiento en las distintas zonas de la España peninsular, tanto para describir los datos de la muestra como para extrapolar a los periodos de retorno más altos. El proceso de selección se ha basado, entre otras cosas, en la generación sintética de series de datos mediante simulaciones de Monte Carlo, y el análisis estadístico del conjunto de resultados obtenido a partir del ajuste de funciones de distribución a estas series bajo distintas hipótesis. Posteriormente, se ha abordado el tema de la relación caudal-volumen y la definición de los hidrogramas de diseño en base a la misma, cuestión que puede ser de gran importancia en el caso de presas con grandes volúmenes de embalse. Sin embargo, los procedimientos de cálculo hidrológico aplicados habitualmente no tienen en cuenta la dependencia estadística entre ambas variables. En esta Tesis se ha desarrollado un procedimiento para caracterizar dicha dependencia estadística de una manera sencilla y robusta, representando la función de distribución conjunta del caudal punta y el volumen en base a la función de distribución marginal del caudal punta y la función de distribución condicionada del volumen respecto al caudal. Esta última se determina mediante una función de distribución log-normal, aplicando un procedimiento de ajuste regional. Se propone su aplicación práctica a través de un procedimiento de cálculo probabilístico basado en la generación estocástica de un número elevado de hidrogramas. La aplicación a la seguridad hidrológica de las presas de este procedimiento requiere interpretar correctamente el concepto de periodo de retorno aplicado a variables hidrológicas bivariadas. Para ello, se realiza una propuesta de interpretación de dicho concepto. El periodo de retorno se entiende como el inverso de la probabilidad de superar un determinado nivel de embalse. Al relacionar este periodo de retorno con las variables hidrológicas, el hidrograma de diseño de la presa deja de ser un único hidrograma para convertirse en una familia de hidrogramas que generan un mismo nivel máximo en el embalse, representados mediante una curva en el plano caudal volumen. Esta familia de hidrogramas de diseño depende de la propia presa a diseñar, variando las curvas caudal-volumen en función, por ejemplo, del volumen de embalse o la longitud del aliviadero. El procedimiento propuesto se ilustra mediante su aplicación a dos casos de estudio. Finalmente, se ha abordado el tema del cálculo de las avenidas estacionales, cuestión fundamental a la hora de establecer la explotación de la presa, y que puede serlo también para estudiar la seguridad hidrológica de presas existentes. Sin embargo, el cálculo de estas avenidas es complejo y no está del todo claro hoy en día, y los procedimientos de cálculo habitualmente utilizados pueden presentar ciertos problemas. El cálculo en base al método estadístico de series parciales, o de máximos sobre un umbral, puede ser una alternativa válida que permite resolver esos problemas en aquellos casos en que la generación de las avenidas en las distintas estaciones se deba a un mismo tipo de evento. Se ha realizado un estudio con objeto de verificar si es adecuada en España la hipótesis de homogeneidad estadística de los datos de caudal de avenida correspondientes a distintas estaciones del año. Asimismo, se han analizado los periodos estacionales para los que es más apropiado realizar el estudio, cuestión de gran relevancia para garantizar que los resultados sean correctos, y se ha desarrollado un procedimiento sencillo para determinar el umbral de selección de los datos de tal manera que se garantice su independencia, una de las principales dificultades en la aplicación práctica de la técnica de las series parciales. Por otra parte, la aplicación practica de las leyes de frecuencia estacionales requiere interpretar correctamente el concepto de periodo de retorno para el caso estacional. Se propone un criterio para determinar los periodos de retorno estacionales de forma coherente con el periodo de retorno anual y con una distribución adecuada de la probabilidad entre las distintas estaciones. Por último, se expone un procedimiento para el cálculo de los caudales estacionales, ilustrándolo mediante su aplicación a un caso de estudio. The compare and develop of a methodology in order to improve the extreme flow estimation for dam hydrologic security has been developed. First, the work has been focused on the adjustment of maximum peak flows distribution functions from which to extrapolate values for high return periods. This has become a major issue as the adoption of stricter standards on dam hydrologic security involves estimation of high design return periods which entails great uncertainty. Accordingly, it is important to incorporate all available techniques for the estimation of design peak flows in order to reduce this uncertainty. Selection of the statistical model (distribution function and adjustment method) is also important since its ability to describe the sample and to make solid predictions for high return periods quantiles must be guaranteed. In order to provide practical application of previous methodologies, studies have been developed on a national scale with the aim of determining a regionalization scheme which features best results in terms of annual maximum peak flows for hydrologic characteristics of Spanish basins taking into account the length of available data. Applied methodology starts with the delimitation of regions taking into account basin’s physiographic and climatic characteristics and the variability of their statistical properties, and continues with their homogeneity testing. Then, a statistical model for maximum annual peak flows is selected with the best behaviour for the different regions in peninsular Spain in terms of describing sample data and making solid predictions for high return periods. This selection has been based, among others, on synthetic data series generation using Monte Carlo simulations and statistical analysis of results from distribution functions adjustment following different hypothesis. Secondly, the work has been focused on the analysis of the relationship between peak flow and volume and how to define design flood hydrographs based on this relationship which can be highly important for large volume reservoirs. However, commonly used hydrologic procedures do not take statistical dependence between these variables into account. A simple and sound method for statistical dependence characterization has been developed by the representation of a joint distribution function of maximum peak flow and volume which is based on marginal distribution function of peak flow and conditional distribution function of volume for a given peak flow. The last one is determined by a regional adjustment procedure of a log-normal distribution function. Practical application is proposed by a probabilistic estimation procedure based on stochastic generation of a large number of hydrographs. The use of this procedure for dam hydrologic security requires a proper interpretation of the return period concept applied to bivariate hydrologic data. A standard is proposed in which it is understood as the inverse of the probability of exceeding a determined reservoir level. When relating return period and hydrological variables the only design flood hydrograph changes into a family of hydrographs which generate the same maximum reservoir level and that are represented by a curve in the peak flow-volume two-dimensional space. This family of design flood hydrographs depends on the dam characteristics as for example reservoir volume or spillway length. Two study cases illustrate the application of the developed methodology. Finally, the work has been focused on the calculation of seasonal floods which are essential when determining the reservoir operation and which can be also fundamental in terms of analysing the hydrologic security of existing reservoirs. However, seasonal flood calculation is complex and nowadays it is not totally clear. Calculation procedures commonly used may present certain problems. Statistical partial duration series, or peaks over threshold method, can be an alternative approach for their calculation that allow to solve problems encountered when the same type of event is responsible of floods in different seasons. A study has been developed to verify the hypothesis of statistical homogeneity of peak flows for different seasons in Spain. Appropriate seasonal periods have been analyzed which is highly relevant to guarantee correct results. In addition, a simple procedure has been defined to determine data selection threshold on a way that ensures its independency which is one of the main difficulties in practical application of partial series. Moreover, practical application of seasonal frequency laws requires a correct interpretation of the concept of seasonal return period. A standard is proposed in order to determine seasonal return periods coherently with the annual return period and with an adequate seasonal probability distribution. Finally a methodology is proposed to calculate seasonal peak flows. A study case illustrates the application of the proposed methodology.

Enriquecimiento de fuentes de datos con descripciones lingüísticas mediante bases de datos geográficas externas

El presente trabajo se ha centrado en la investigación de soluciones para automatizar la tarea del enriquecimiento de fuentes de datos sobre redes de sensores con descripciones lingüísticas, con el fin de facilitar la posterior generación de textos en lenguaje natural. El uso de descripciones en lenguaje natural facilita el acceso a los datos a una mayor diversidad de usuarios y, como consecuencia, permite aprovechar mejor las inversiones en redes de sensores. En el trabajo se ha considerado el uso de bases de datos abiertas para abordar la necesidad de disponer de un gran volumen y diversidad de conocimiento geográfico. Se ha analizado también el enriquecimiento de datos dentro de enfoques metodológicos de curación de datos y métodos de generación de lenguaje natural. Como resultado del trabajo, se ha planteado un método general basado en una estrategia de generación y prueba que incluye una forma de representación y uso del conocimiento heurístico con varias etapas de razonamiento para la construcción de descripciones lingüísticas de enriquecimiento de datos. En la evaluación de la propuesta general se han manejado tres escenarios, dos de ellos para generación de referencias geográficas sobre redes de sensores complejas de dimensión real y otro para la generación de referencias temporales. Los resultados de la evaluación han mostrado la validez práctica de la propuesta general exhibiendo mejoras de rendimiento respecto a otros enfoques. Además, el análisis de los resultados ha permitido identificar y cuantificar el impacto previsible de diversas líneas de mejora en bases de datos abiertas. ABSTRACT This work has focused on the search for solutions to automate the task of enrichment sensor-network-based data sources with textual descriptions, so as to facilitate the generation of natural language texts. Using natural language descriptions facilitates data access to a wider range of users and, therefore, allows better leveraging investments in sensor networks. In this work we have considered the use of open databases to address the need for a large volume and diversity of geographical knowledge. We have also analyzed data enrichment in methodological approaches and data curation methods of natural language generation. As a result, it has raised a general method based on a strategy of generating and testing that includes a representation using heuristic knowledge with several stages of reasoning for the construction of linguistic descriptions of data enrichment. In assessing the overall proposal three scenarios have been addressed, two of them in the environmental domain with complex sensor networks and another real dimension in the time domain. The evaluation results have shown the validity and practicality of our proposal, showing performance improvements over other approaches. Furthermore, the analysis of the results has allowed identifying and quantifying the expected impact of various lines of improvement in open databases.

Generación automática de la configuración de subestaciones eléctricas según el Estándar IEC 61850 a partir de una herramienta de diseño gráfico

La evolución de las redes eléctricas se dirige hacia lo que se conoce como “Smart Grids” o “Redes Eléctricas Inteligentes”. Estas “Smart Grids” se componen de subestaciones eléctricas, que a su vez se componen de unos dispositivos llamados IEDs (Dispositivos Electrónicos Inteligentes – Intelligent Electronic Devices). El diseño de IEDs se encuentra definido en la norma IEC 61850, que especifica además un Lenguaje de Configuración de Subestaciones (Substation Configuration Language SCL) para la definición de la configuración de subestaciones y sus IEDs. Hoy en día, este estándar internacional no sólo se utiliza para diseñar correctamente IEDs y asegurar su interoperabilidad, sino que también se utiliza para el diseño de otros dispositivos de la red eléctrica, como por ejemplo, medidores inteligentes. Sin embargo, aunque existe una tendencia cada vez mayor del uso de este estándar, la comprensión y el manejo del mismo resulta difícil debido al gran volumen de información que lo compone y del nivel de detalle que utiliza, por lo que su uso para el diseño de IEDs se hace tedioso sin la ayuda de un soporte software. Es por ello que, para facilitar la aplicación del estándar IEC 61850 en el diseño de IEDs se han desarrollado herramientas como “Visual SCL”, “SCL Explorer” o “61850 SCLVisual Design Tool”. En concreto, “61850 SCLVisual Design Tool” es una herramienta gráfica para el modelado de subestaciones electricas, generada mediante el uso de los frameworks Eclipse Modeling Framework (EMF) y Epsilon Generative Modeling Technologies (GMT) y desarrollada por el grupo de investigación SYST de la UPM. El objetivo de este proyecto es añadir una nueva funcionalidad a la herramienta “61850 Visual SCL DesignTool”. Esta nueva funcionalidad consiste en la generación automática de un fichero de configuración de subestaciones eléctricas según el estándar IEC 61850 a partir de de una herramienta de diseño gráfico. Este fichero, se denomina SCD (Substation Configuration Description), y se trata de un fichero XML conforme a un esquema XSD (XML Schema Definition) mediante el que se define el lenguaje de configuración de subestaciones SCL del IEC 61850. Para el desarrollo de este proyecto, es necesario el estudio del lenguaje para la configuración de subestaciones SCL, así como del lenguaje gráfico específico de dominio definido por la herramienta “61850 SCLVisual Design Tool”, la estructura de los ficheros SCD, y finalmente, del lenguaje EGL (Epsilon Generation Language) para la transformación y generación automática de código a partir de modelos EMF. ABSTRACT Electrical networks are evolving to “Smart Grids”. Smart Grids are composed of electrical substations that in turn are composed of devices called IEDs (Intelligent Electronic Devices). The design of IEDs is defined by the IEC 61850 standard, which also specifies a Substation Configuration Languaje (SCL) used to define the configuration of substations and their IEDs. Nowadays, this international standard is not only used to design properly IEDs and guarantee their interoperability, but it is also used to design different electrical network devices, such as, smart meters. However, although the use of this standard is growing, its compression as well as its management, is still difficult due to its large volume of information and its level of detail. As a result, designing IEDs becomes a tedious task without a software support. As a consequence of this, in order to make easier the application of the IEC 61850 standard while designing IEDs, some software tools have been developed, such as: “Visual SCL”, “SCL Explorer” or “61850 SCLVisual Design Tool”. In particular, “61850 SCLVisual Design Tool” is a graphical tool used to make electrical substations models, and developed with the Eclipse Modeling Framework (EMF) and Epsilon Generative Modeling Technologies (GMT) by the research group SYST of the UPM. The aim of this project is to add a new functionality to “61850 Visual SCL DesignTool”. This new functionality consists of the automatic code generation of a substation configuration file according to the IEC 61850 standard. This file is called SCD (Substation Configuration Description), and it is a XML file that follows a XSD (XML Schema Definition) that defines the Substation Configuration Language (SCL) of the IEC 61850. In order to develop this project, it is necessary to study the Substation Configuration Language (SCL), the domain-specific graphical languaje defined by the tool “61850 SCLVisual Design Tool”, the structure of a SCD file, and the Epsilon Generation Language (EGL) used for the automatic code generation from EMF models

Volume, Surface, Connectivity and Size Distribution of Soil Pore Space in CT Images: Comparison of Samples at Different Depths from Nearby Natural and Tillage Areas

The study of soil structure, i.e., the pores, is of vital importance in different fields of science and technology. Total pore volume (porosity), pore surface, pore connectivity and pore size distribution are some (probably the most important) of the geometric measurements of pore space. The technology of X-ray computed tomography allows us to obtain 3D images of the inside of a soil sample enabling study of the pores without disturbing the samples. In this work we performed a set of geometrical measures, some of them from mathematical morphology, to assess and quantify any possible difference that tillage may have caused on the soil. We compared samples from tilled soil with samples from a soil with natural vegetation taken in a very close area. Our results show that the main differences between these two groups of samples are total surface area and pore connectivity per unit pore volume.