Genome-Wiide estimates of coancestry, in breeding and effective population size in the Spanish Holstein population

Estimates of effective population size in the Holstein cattle breed have usually been low despite the large number of animals that constitute this breed. Effective population size is inversely related to the rates at which coancestry and inbreeding increase and these rates have been high as a consequence of intense and accurate selection. Traditionally, coancestry and inbreeding coefficients have been calculated from pedigree data. However, the development of genome-wide single nucleotide polymorphisms has increased the interest of calculating these coefficients from molecular data in order to improve their accuracy. In this study, genomic estimates of coancestry, inbreeding and effective population size were obtained in the Spanish Holstein population and then compared with pedigree-based estimates. A total of 11,135 animals genotyped with the Illumina BovineSNP50 BeadChip were available for the study. After applying filtering criteria, the final genomic dataset included 36,693 autosomal SNPs and 10,569 animals. Pedigree data from those genotyped animals included 31,203 animals. These individuals represented only the last five generations in order to homogenise the amount of pedigree information across animals. Genomic estimates of coancestry and inbreeding were obtained from identity by descent segments (coancestry) or runs of homozygosity (inbreeding). The results indicate that the percentage of variance of pedigree-based coancestry estimates explained by genomic coancestry estimates was higher than that for inbreeding. Estimates of effective population size obtained from genome-wide and pedigree information were consistent and ranged from about 66 to 79. These low values emphasize the need of controlling the rate of increase of coancestry and inbreeding in Holstein selection programmes.

Current Trends in Pan-European Identity Management Systems

The demand for electronic identity has grown as a result of governments? promotion of e-Government, in which the citizen-public administration relationship often has a strictly personal nature and requires digital identification systems that are univocal, secure, and global. The management of this identity by public administrations is an important challenge, accentuated when interoperability among public administrations of different countries become necessary. In this paper current trends in pan-euroean identity management systems are analysized and a outlook of the future European scenary is shown.

Variance and covariance of actual relationship between relatives at one locus.

The relationship between pairs of individuals is an important topic in many areas of population and quantitative genetics. It is usually measured as the proportion of thegenome identical by descent shared by the pair and it can be inferred from pedigree information. But there is a variance in actual relationships as a consequence of Mendelian sampling, whose general formula has not been developed. The goal of this work is to develop this general formula for the one-locus situation,. We provide simple expressions for the variances and covariances of all actual relationships in an arbitrary complex pedigree. The proposed method relies on the use of the nine identity coefficients and the generalized relationship coefficients; formulas have been checked by computer simulation. Finally two examples for a short pedigree of dogs and a long pedigree of sheep are given.

Solución para la delegación de identidad en Sistemas de Gestión de Identidad paneuropeos basada en infraestructuras de certificación y lenguajes formales de asertos de seguridad

La estrategia i2010 de la UE tiene como objetivo garantizar el liderazgo europeo en materia de TIC y poner los beneficios de la Sociedad de la Información al servicio de la economía, la sociedad y la calidad de vida personal, teniendo presente que los éxitos de Europa hasta la fecha se han basado en favorecer la competencia leal en los mercados de las telecomunicaciones y crear un mercado sin fronteras para contenidos y medios de comunicación digitales. En esta línea, la Comisión Europea ha establecido que los distintos estados miembros deben contribuir activamente al desarrollo y uso seguro de los servicios telemáticos entre sus ciudadanos. Más concretamente, atribuye a las Administraciones Públicas, tanto a nivel nacional, regional como local, un papel dinamizador de la Sociedad de la Información que les obliga a ofrecer paulatinamente todos los actos administrativos a los ciudadanos a través de Internet. Como primer paso para el uso seguro de los servicios telemáticos que ofrecen las instituciones públicas se hace preciso dotar a los ciudadanos de una identidad digital que les permita identificarse ante un Proveedor de Servicio o ante otros ciudadanos de manera inequívoca. Por esta razón, la mayoría de países europeos – y otros en el resto del mundo – están promoviendo, sistemas fiables de gestión de identidad electrónica (eIDM), de tal manera que los ciudadanos, las empresas y departamentos gubernamentales (incluso en Estados miembros diferentes) pueden identificar y certificar sus operaciones con precisión, rapidez y sencillez. Sin embargo, la gestión de esta identidad por las Administraciones Públicas supone un importante desafío, acentuado cuando se hace necesaria la interoperabilidad entre Administraciones de diferentes países, puesto que personas y entidades tienen credenciales de identificación diferentes en función de su propio marco jurídico nacional. Consciente del problema, en la Unión Europea se han puesto en marcha una serie de proyectos con el objetivo de conseguir la interoperabilidad de los eIDMs entre las instituciones públicas de diferentes Estados miembros. A pesar de ello, las soluciones adoptadas hasta la fecha son insuficientes porque no prevén todos los posibles casos de interacción del usuario con las instituciones. En concreto, no tienen en cuenta un aspecto muy importante que se ofrece en los distintos sistemas jurídicos nacionales, a saber, la delegación de la identidad, mediante la cual un ciudadano puede autorizar a otro para que actúe en su nombre para acceder a determinados servicios prestados por las instituciones públicas. En esta tesis se realizan un conjunto de aportaciones que dan solución a distintos aspectos de los problemas planteados y que, de forma conjunta, permiten la interoperabilidad y la delegación de identidad en determinados Sistemas de Gestión de Identidad aplicados al entorno de las Administraciones Públicas. En el caso de la delegación, se ha definido un sistema de delegación dinámica de identidad entre dos entidades genéricas que permite solucionar el problema del acceso delegado a los servicios telemáticos ofrecidos por las Administraciones Públicas. La solución propuesta se basa en la generación de un token de delegación, constituido a partir de un Certificado Proxy, que permite a la entidad que delega establecer la delegación de identidad en otra entidad en base a un subconjunto de sus atributos como delegador, estableciendo además, en el propio token de delegación, restricciones en el conjunto de servicios accesibles a la entidad delegada y el tiempo de validez de la delegación. Adicionalmente, se presentan los mecanismos necesarios tanto para poder revocar un token de delegación como para comprobar sin un token de delegación ha sido o no revocado. Para ello se propone una solución para la identificación unívoca de tokens de delegación y la creación de una nueva entidad denominada Autoridad de Revocación de Tokens de Delegación. Entre las características del sistema de delegación propuesto destaca el que es lo suficientemente seguro como para ser utilizado en el entorno de la Administración Pública, que no requiere el uso de mecanismos off‐line para la generación de la delegación y que se puede realizar la delegación de forma instantánea y sin la necesidad de trámites complejos o la participación de un elevado número de entidades. Adicionalmente, el token de delegación propuesto es perfectamente integrable en las infraestructura de clave pública actual lo que hace que, dado que gran parte de las Administraciones Públicas europeas basan sus sistemas de identidad digital en el uso de la PKI y certificados de identidad X.509, la solución pueda ser puesta en marcha en un entorno real sin necesidad de grandes cambios o modificaciones de comportamiento. En lo referente a la interoperabilidad, se realiza un análisis exhaustivo y la correspondiente evaluación de las principales propuestas de Sistemas de Gestión de Identidad orientados a conseguir la interoperabilidad realizadas hasta la fecha en el marco de la Unión Europea y se propone, a alto nivel, una arquitectura de interoperabilidad para la gestión de identidad en las Administraciones Públicas. Dicha arquitectura es lo suficientemente genérica como para poder ser aplicada tanto en el entorno pan‐Europeo como en los entornos nacionales, autonómicos y locales, de tal forma que la interoperabilidad en la gestión de la identidad esté garantizada en todos los niveles de la Administración Pública. Por último, mediante la integración de la solución de delegación dinámica de identidad y la arquitectura de interoperabilidad propuestas se presenta una solución al problema de la delegación en un escenario pan‐Europeo de gestión de identidad, dando lugar a una arquitectura global de interoperabilidad pan‐Europea con soporte a la delegación de identidad. SUMMARY The i2010 European Union Plan aims to ensure European leadership in ICT and to promote the positive contribution that information and communication technologies can make to the economic, social and personal quality of life, bearing in mind that, to date, success in Europe has been based on promoting fair competition in telecommunications markets and on creating a borderless market for contents and digital media. In this line, the European Commission has established that the different member states should contribute actively to the development and secure use of telematic services among their citizens. More specifically, it is attributed to national, regional and local Public Administrations to have a supportive role of the Information Society, requiring them to gradually provide the citizens with Internet‐based access to all administrative procedures acts. As a first step for the secure use of telematic services offered by public institutions, it is necessary to provide the citizens with a digital identity to enable them to identify themselves unequivocally to a Service Provider or to other citizens. For this reason, most European countries ‐ and others in the rest of the world ‐ are promoting reliable systems for managing electronic identity (eIDM), so that citizens, businesses and government departments (even in different Member States) can identify and certify their operations with precision, speed and simplicity. However, the identity management by Public Administrations is a major challenge that becomes more difficult when interoperability between administrations of different countries is needed, due to the fact that individuals and entities have different identification credentials according to their own national legal framework. Aware of the problem, the European Union has launched a series of projects with the aim of achieving interoperability of eIDMs between public institutions of different Member States. However, the solutions adopted to date are insufficient because they do not foresee all possible cases of user interaction with the institutions. In particular, solutions do not take into account a very important aspect that is offered in different national legal systems, namely, the delegation of identity, by which a citizen can authorize another to act on his/her behalf to access certain services provided by public institutions. In this thesis a collection of contributions that provide solution to different aspects of the aforementioned problems are carried out. The solutions, in global, enable interoperability and identity delegation in some of the Identity Management Systems applied to Public Administration environment. In the case of delegation, a dynamic identity delegation system between generic entities is defined. This system makes it possible to solve the problem of delegated access to telematic services offered by Public Administrations. The proposed solution is based on the generation of a piece of information called delegation token. This delegation token, derived from a Proxy Certificate, allows the establishment of identity delegation by an entity that delegates (delegator) in other entity (delegatee) making use of a subset of delegator attributes. It also establishes restrictions on services that can be used by the delegated entity and the expiry date of delegation. In addition to this, the mechanisms necessary to revoke and check the revocation status of a delegation token are presented. To do this, a solution to univocally identify delegation tokens and the creation of a completely new entity, called Token Delegation Revocation Authority, are proposed. The most remarkable characteristics of the proposed delegation system are its security, enough for it to be used in the Public Administration environment, the fact that it does not require off‐line processes in order to generate the delegation, and the possibility of performing the delegation instantaneously and without neither complex processes nor the intervention of a large number of entities. The proposed delegation token can be completely incorporated into current Public Key Infrastructure (PKI). Thus, since most of the European Public Administrations base their digital identity systems on PKI and X.509 identity certificates, the solution can be adopted in a real environment without great changes or performance modifications. Regarding interoperability, an exhaustive analysis and evaluation of most significant proposals on Identity Management Systems that aim to achieve interoperability carried out in the European Union framework until now are performed. A high level identity management interoperability architecture for Public Administrations is also proposed. This architecture is sufficiently generic to be applied to both pan‐European environment and national, regional or local environments, thus interoperability in identity management at all Public Administration levels is guaranteed. Finally, through the integration of the proposed dynamic identity delegation solution and the high level interoperability architecture, a solution to the problem of identity delegation in a pan‐European identity management environment is suggested, leading to a pan‐European global interoperability architecture with identity delegation support.

Evaluación del ruido ambiental en espacios naturales protegidos: implicaciones para su gestión

Esta Tesis Doctoral trata sobre la caracterización acústica de los ecosistemas naturales y la evaluación del impacto ambiental del ruido antropogénico sobre sus potenciales receptores en estos lugares, incluidos los receptores no humanos y sus efectos ecológicos, además, analiza las implicaciones para su gestión a distintas escalas y se lleva a cabo una valoración económica. Este trabajo ofrece soluciones para caracterizar los paisajes sonoros de forma compatible con distintas escalas de trabajo, nivel de esfuerzo técnico y en contextos de recursos limitados que haga viable su tratamiento como cualquier otra variable ambiental en el ámbito de la conservación y gestión del medio natural. Se han adaptado herramientas y metodologías propias de disciplinas como la acústica ambiental, bioacústica y ecología del paisaje, para servir a los objetivos específicos de la evaluación y gestión de los paisajes sonoros y el ruido ambiental en amplias extensiones geográficas. Se ha establecido un método general de muestreo sistemático para trabajo de campo y también se han adaptado métodos de modelización informática, que permiten analizar escenarios sonoros dinámicos en el tiempo y en el espacio, desde localizaciones puntuales hasta la escala del paisaje. Es posible elaborar cartografía ambiental con esta información y se ha representado gráficamente la zona de influencia de distintas fuentes de ruido sobre la calidad de distintos hábitats faunísticos. Se recomienda el uso del indicador del nivel de presión sonora equivalente (Leq) por su operatividad en medición y modelización, y su adaptabilidad a cualquier dimensión espacial y temporal que se requiera, por ejemplo en función del paisaje, actividades o especies que se establezcan como objeto de análisis. Se ha comprobado que las voces y conversaciones de parte de los excursionistas en zonas de reposo, observación y descanso (Laguna Grande de Peñalara) es la fuente de ruido que con mayor frecuencia identifican los propios visitantes (51%) y causa un incremento del nivel de presión sonora equivalente de unos 4,5 dBA sobre el nivel correspondiente al ambiente natural (Lnat). También se ha comprobado que carreteras con bajo nivel de tráfico (IMD<1000) pueden causar estrés fisiológico sobre la fauna y afectar a la calidad de sus hábitats. La isófona de 30 dBA del índice Leq (24h) permite dividir a los corzos de la zona de estudio en dos grupos con diferente nivel de estrés fisiológico, más elevado en los que se sitúan más cerca de la carretera con mayor volumen de tráfico y se expone a mayores niveles de ruido. Por otro lado, ha sido posible delimitar una zona de exclusión para la nidificación de buitre negro alrededor de las carreteras, coincidente con la isófona Leq (24h) de 40 dBA que afecta al 11% de su hábitat potencial. Además se ha llevado a cabo una novedosa valoración económica de la contaminación acústica en espacios naturales protegidos, mediante el análisis de la experiencia sonora de los visitantes del antiguo Parque Natural de Peñalara, y se ha constatado su disposición al pago de una entrada de acceso a estos lugares (aproximadamente 1 euro) si redundara en una mejora de su estado de conservación. En conclusión, los espacios naturales protegidos pueden sufrir un impacto ambiental significativo causado por fuentes de ruido localizadas en su interior pero también lejanas a ellos, que se sitúan fuera del ámbito de competencias de sus gestores. Sucesos sonoros como el sobrevuelo de aviones pueden incrementar en aproximadamente 8 dBA el nivel de referencia Lnat en las zonas tranquilas del parque. Se recomienda llevar a cabo una gestión activa del medio ambiente sonoro y se considera necesario extender la investigación sobre los efectos ecológicos del ruido ambiental a otros lugares y especies animales. ABSTRACT This PhD Thesis deals with acoustic characterization of natural ecosystems and anthropogenic noise impact assessment on potential receivers, including non-human receivers and their ecological effects. Besides, its management implications at different scales are analyzed and an economic valuation is performed. This study provides solutions for characterizing soundscapes in a compatible way with different working scales, level of technical effort and in a context of limited resources, so its treatment becomes feasible as for any other environmental variable in conservation and environmental management. Several tools and methodologies have been adapted from a variety of disciplines such as environmental acoustics, bioacoustics and landscape ecology, to better serve the specific goals of assessing and managing soundscapes and environmental noise in large areas. A procedure has been established for systematic field measurement surveys and noise common computer modelling methods have also been adapted in order to analyze dynamic soundscapes across time and space, from local to landscape scales. It is possible to create specific thematic cartography as for instance delimiting potential influence zone from different noise sources on animal habitats quality. Use of equivalent continuous sound pressure level index (Leq) is recommended because it provides great flexibility in operation for noise measurement and modelling, and because of its adaptability to any required temporal and spatial dimension, for instance landscape, activities or the target species established as study subjects. It has been found that human voices and conversations in a resting and contemplation area (Laguna Grande de Peñalara) is the most frequently referred noise source by national park visitors (51 %) when asked. Human voices alter this recreational area by increasing the sound pressure level approximately 4.5 dBA over the natural ambient level (Lnat). It has also been found that low traffic roads (AADT<1000 ) may cause physiological stress on wildlife and affect the quality of their habitats. It has also been possible to define a road-effect zone by noise mapping, which suggests an effective habitat loss within the Leq (24h) 30 dBA isophone in case of Roe deer and also divide the study area in two groups with different physiological stress level, higher for those exposed to higher noise levels and traffic volume. On the other hand, it has been possible to determine an exclusion area for Cinereous vulture nesting surrounding roads which is coincident with the Leq (24h) 40 dBA isophone and affects 11 % of the vulture potential habitat. It has also been performed an economic estimation of noise pollution impact on visitors’ perception and results showed that visitors would be willing to pay an entrance fee of approximately 1 euro if such payment is really bringing an improvement of the conservation status. In conclusion, protected areas may be significantly affected by anthropogenic noise sources located within the park borders but perturbations may also be caused by large-distance noise sources outside the park managers’ jurisdiction. Aircraft overflight events disrupted quietness and caused Leq increases of almost 8 dBA during a monitoring period with respect to Lnat reference levels in the park quiet areas. It is recommended to actively manage the acoustic environment. Finally, further research on ecological impacts of environmental noise needs to be extended to other species and places.

Correction of the Colour Variations under Uncontrolled Lighting Conditions

Esta tesis trata sobre métodos de corrección que compensan la variación de las condiciones de iluminación en aplicaciones de imagen y video a color. Estas variaciones hacen que a menudo fallen aquellos algoritmos de visión artificial que utilizan características de color para describir los objetos. Se formulan tres preguntas de investigación que definen el marco de trabajo de esta tesis. La primera cuestión aborda las similitudes que se dan entre las imágenes de superficies adyacentes en relación a su comportamiento fotométrico. En base al análisis del modelo de formación de imágenes en situaciones dinámicas, esta tesis propone un modelo capaz de predecir las variaciones de color de la región de una determinada imagen a partir de las variaciones de las regiones colindantes. Dicho modelo se denomina Quotient Relational Model of Regions. Este modelo es válido cuando: las fuentes de luz iluminan todas las superficies incluídas en él; estas superficies están próximas entre sí y tienen orientaciones similares; y cuando son en su mayoría lambertianas. Bajo ciertas circunstancias, la respuesta fotométrica de una región se puede relacionar con el resto mediante una combinación lineal. No se ha podido encontrar en la literatura científica ningún trabajo previo que proponga este tipo de modelo relacional. La segunda cuestión va un paso más allá y se pregunta si estas similitudes se pueden utilizar para corregir variaciones fotométricas desconocidas en una región también desconocida, a partir de regiones conocidas adyacentes. Para ello, se propone un método llamado Linear Correction Mapping capaz de dar una respuesta afirmativa a esta cuestión bajo las circunstancias caracterizadas previamente. Para calcular los parámetros del modelo se requiere una etapa de entrenamiento previo. El método, que inicialmente funciona para una sola cámara, se amplía para funcionar en arquitecturas con varias cámaras sin solape entre sus campos visuales. Para ello, tan solo se necesitan varias muestras de imágenes del mismo objeto capturadas por todas las cámaras. Además, este método tiene en cuenta tanto las variaciones de iluminación, como los cambios en los parámetros de exposición de las cámaras. Todos los métodos de corrección de imagen fallan cuando la imagen del objeto que tiene que ser corregido está sobreexpuesta o cuando su relación señal a ruido es muy baja. Así, la tercera cuestión se refiere a si se puede establecer un proceso de control de la adquisición que permita obtener una exposición óptima cuando las condiciones de iluminación no están controladas. De este modo, se propone un método denominado Camera Exposure Control capaz de mantener una exposición adecuada siempre y cuando las variaciones de iluminación puedan recogerse dentro del margen dinámico de la cámara. Los métodos propuestos se evaluaron individualmente. La metodología llevada a cabo en los experimentos consistió en, primero, seleccionar algunos escenarios que cubrieran situaciones representativas donde los métodos fueran válidos teóricamente. El Linear Correction Mapping fue validado en tres aplicaciones de re-identificación de objetos (vehículos, caras y personas) que utilizaban como caracterísiticas la distribución de color de éstos. Por otra parte, el Camera Exposure Control se probó en un parking al aire libre. Además de esto, se definieron varios indicadores que permitieron comparar objetivamente los resultados de los métodos propuestos con otros métodos relevantes de corrección y auto exposición referidos en el estado del arte. Los resultados de la evaluación demostraron que los métodos propuestos mejoran los métodos comparados en la mayoría de las situaciones. Basándose en los resultados obtenidos, se puede decir que las respuestas a las preguntas de investigación planteadas son afirmativas, aunque en circunstancias limitadas. Esto quiere decir que, las hipótesis planteadas respecto a la predicción, la corrección basada en ésta y la auto exposición, son factibles en aquellas situaciones identificadas a lo largo de la tesis pero que, sin embargo, no se puede garantizar que se cumplan de manera general. Por otra parte, se señalan como trabajo de investigación futuro algunas cuestiones nuevas y retos científicos que aparecen a partir del trabajo presentado en esta tesis. ABSTRACT This thesis discusses the correction methods used to compensate the variation of lighting conditions in colour image and video applications. These variations are such that Computer Vision algorithms that use colour features to describe objects mostly fail. Three research questions are formulated that define the framework of the thesis. The first question addresses the similarities of the photometric behaviour between images of dissimilar adjacent surfaces. Based on the analysis of the image formation model in dynamic situations, this thesis proposes a model that predicts the colour variations of the region of an image from the variations of the surrounded regions. This proposed model is called the Quotient Relational Model of Regions. This model is valid when the light sources illuminate all of the surfaces included in the model; these surfaces are placed close each other, have similar orientations, and are primarily Lambertian. Under certain circumstances, a linear combination is established between the photometric responses of the regions. Previous work that proposed such a relational model was not found in the scientific literature. The second question examines whether those similarities could be used to correct the unknown photometric variations in an unknown region from the known adjacent regions. A method is proposed, called Linear Correction Mapping, which is capable of providing an affirmative answer under the circumstances previously characterised. A training stage is required to determine the parameters of the model. The method for single camera scenarios is extended to cover non-overlapping multi-camera architectures. To this extent, only several image samples of the same object acquired by all of the cameras are required. Furthermore, both the light variations and the changes in the camera exposure settings are covered by correction mapping. Every image correction method is unsuccessful when the image of the object to be corrected is overexposed or the signal-to-noise ratio is very low. Thus, the third question refers to the control of the acquisition process to obtain an optimal exposure in uncontrolled light conditions. A Camera Exposure Control method is proposed that is capable of holding a suitable exposure provided that the light variations can be collected within the dynamic range of the camera. Each one of the proposed methods was evaluated individually. The methodology of the experiments consisted of first selecting some scenarios that cover the representative situations for which the methods are theoretically valid. Linear Correction Mapping was validated using three object re-identification applications (vehicles, faces and persons) based on the object colour distributions. Camera Exposure Control was proved in an outdoor parking scenario. In addition, several performance indicators were defined to objectively compare the results with other relevant state of the art correction and auto-exposure methods. The results of the evaluation demonstrated that the proposed methods outperform the compared ones in the most situations. Based on the obtained results, the answers to the above-described research questions are affirmative in limited circumstances, that is, the hypothesis of the forecasting, the correction based on it, and the auto exposure are feasible in the situations identified in the thesis, although they cannot be guaranteed in general. Furthermore, the presented work raises new questions and scientific challenges, which are highlighted as future research work.

Estimación del coste de almacenamiento de una solución de preservación de la privacidad en archivos BAM reales

A menudo los científicos secuencian el ADN de un gran número de personas con el objetivo de determinar qué genes se asocian con determinadas enfermedades. Esto permite meóon del genoma humano. El precio de un perfil genómico completo se ha posicionado por debajo de los 200 dólares y este servicio lo ofrecen muchas compañías, la mayor parte localizadas en EEUU. Como consecuencia, en unos pocos a~nos la mayoría de las personas procedentes de los países desarrollados tendrán los medios para tener su ADN secuenciado. Alrededor del 0.5% del ADN de cada persona (que corresponde a varios millones de nucleótidos) es diferente del genoma de referencia debido a variaciones genéticas. Así que el genoma contiene información altamente sensible y personal y representa la identidad biológica óon sobre el entorno o estilo de vida de uno (a menudo facilmente obtenible de las redes sociales), sería posible inferir el fenotipo del individuo. Multiples GWAS (Genome Wide Association Studies) realizados en los últimos a~nos muestran que la susceptibilidad de un paciente a tener una enfermedad en particular, como el Alzheimer, cáncer o esquizofrenia, puede ser predicha parcialmente a partir de conjuntos de sus SNP (Single Nucleotide Polimorphism). Estos resultados pueden ser usados para medicina genómica personalizada (facilitando los tratamientos preventivos y diagnósticos), tests de paternidad genéticos y tests de compatibilidad genética para averiguar a qué enfermedades pueden ser susceptibles los descendientes. Estos son algunos de los beneficios que podemos obtener usando la información genética, pero si esta información no es protegida puede ser usada para investigaciones criminales y por compañías aseguradoras. Este hecho podría llevar a discriminaci ón genética. Por lo que podemos concluir que la privacidad genómica es fundamental por el hecho de que contiene información sobre nuestra herencia étnica, nuestra predisposición a múltiples condiciones físicas y mentales, al igual que otras características fenotópicas, ancestros, hermanos y progenitores, pues los genomas de cualquier par de individuos relacionados son idénticos al 99.9%, contrastando con el 99.5% de dos personas aleatorias. La legislación actual no proporciona suficiente información técnica sobre como almacenar y procesar de forma segura los genomas digitalizados, por lo tanto, es necesaria una legislación mas restrictiva ---ABSTRACT---Scientists typically sequence DNA from large numbers of people in order to determine genes associated with particular diseases. This allows to improve the modern healthcare and to provide a better understanding of the human genome. The price of a complete genome profile has plummeted below $200 and this service is ofered by a number of companies, most of them located in the USA. Therefore, in a few years, most individuals in developed countries will have the means of having their genomes sequenced. Around 0.5% of each person's DNA (which corresponds to several millions of nucleotides) is diferent from the reference genome, owing to genetic variations. Thus, the genome contains highly personal and sensitive information, and it represents our ultimate biological identity. By combining genomic data with information about one's environment or lifestyle (often easily obtainable from social networks), could make it possible to infer the individual's phenotype. Multiple Genome Wide Association Studies (GWAS) performed in recent years have shown that a patient's susceptibility to particular diseases, such as Alzheimer's, cancer, or schizophrenia, can be partially predicted from sets of his SNPs. This results can be used for personalized genomic medicine (facilitating preventive treatment and diagnosis), genetic paternity tests, ancestry and genealogical testing, and genetic compatibility tests in order to have knowledge about which deseases would the descendant be susceptible to. These are some of the betefts we can obtain using genoma information, but if this information is not protected it can be used for criminal investigations and insurance purposes. Such issues could lead to genetic discrimination. So we can conclude that genomic privacy is fundamental due to the fact that genome contains information about our ethnic heritage, predisposition to numerous physical and mental health conditions, as well as other phenotypic traits, and ancestors, siblings, and progeny, since genomes of any two closely related individuals are 99.9% identical, in contrast with 99.5%, for two random people. The current legislation does not ofer suficient technical information about safe and secure ways of storing and processing digitized genomes, therefore, there is need for more restrictive legislation.

Aplicación de herramientas gis para la cartografía y correlación de datos de ensayos no destructivos en el diagnóstico de edificios históricos

La presente tesis propone un nuevo método de cartografía de ensayos no destructivos en edificios históricos mediante el uso de técnicas basadas en SIG. Primeramente, se define el método por el cual es posible elaborar y convertir una cartografía 3D basada en nubes de puntos de un elemento arquitectónico obtenida mediante fotogrametría, en cartografía raster y vectorial, legible por los sistemas SIG mediante un sistema de coordenadas particular que referencian cada punto de la nube obtenida por fotogrametría. A esta cartografía inicial la denominaremos cartografía base. Después, se define el método por el cual los puntos donde se realiza un ensayo NDT se referencian al sistema de coordenadas del plano base, lo que permite la generación de cartografías de los ensayos referenciadas y la posibilidad de obtener sobre un mismo plano base diferentes datos de múltiples ensayos. Estas nuevas cartografías las denominaremos cartografías de datos, y se demostrará la utilidad de las mismas en el estudio del deterioro y la humedad. Se incluirá el factor tiempo en las cartografías, y se mostrará cómo este nuevo hecho posibilita el trabajo interdisciplinar en la elaboración del diagnóstico. Finalmente, se generarán nuevas cartografías inéditas hasta entonces consistentes en la combinación de diferentes cartografías de datos con la misma planimetría base. Estas nuevas cartografías, darán pie a la obtención de lo que se ha definido como mapas de isograma de humedad, mapa de isograma de salinidad, factor de humedad, factor de evaporación, factor de salinidad y factor de degradación del material. Mediante este sistema se facilitará una mejor visión del conjunto de los datos obtenidos en el estudio del edificio histórico, lo que favorecerá la correcta y rigurosa interpretación de los datos para su posterior restauración. ABSTRACT This research work proposes a new mapping method of non-destructive testing in historical buildings, by using techniques based on GIS. First of all, the method that makes it possible to produce and convert a 3D map based on cloud points from an architectural element obtained by photogrammetry, are defined, as raster and vector, legible by GIS mapping systems using a particular coordinate system that will refer each cloud point obtained by photogrammetry. This initial mapping will be named base planimetry. Afterwards, the method by which the points where the NDT test is performed are referenced to the coordinate system of the base plane , which allows the generation of maps of the referenced tests and the possibility of obtaining different data from multiple tests on the same base plane. These new maps will be named mapping data and their usefulness will be demonstrated in the deterioration and moisture study. The time factor in maps will be included, and how this new fact will enable the interdisciplinary work in the elaboration of the diagnosis will be proved. Finally, new maps (unpublished until now) will be generated by combining different mapping from the same planimetry data base. These new maps will enable us to obtain what have been called isograma moisture maps, isograma salinity- maps, humidity factor, evaporation factor, salinity factor and the material degradation factor. This system will provide a better vision of all data obtained in the study of historical buildings , and will ease the proper and rigorous data interpretation for its subsequent restoration.

Sola romani: morteros hidráulicos romanos en la Península Ibérica

En esta investigación se han analizado morteros de cal de cronología romana en el interior de la Península Ibérica. Para ello, se seleccionó una serie de muestras procedentes de diversos yacimientos, y de estructuras de carácter industrial. Estas muestras presentan aditivos cerámicos y conglomerantes de cal, como característica principal. Desde un principio el esfuerzo debía de centrarse en los fragmentos cerámicos presentes en los morteros. Para ello se documentaron varios morteros con aditivos cerámicos, a fin de conocer sus características básicas (componentes, distribución, micro-estratigrafía, granulometría, etc.). Por ello, y una vez tomadas las muestras, ésta fueron tratadas y procesadas para desarrollar una primera fase de estudio por medio de macroscopía. Se obtuvieron buenos resultados en cuanto a la caracterización visual de los morteros, localizando y documentando los fragmentos cerámicos. Durante la observación de dichos aditivos se observó que los fragmentos cerámicos tenían unas coronas o anillos de coloración que recorrían el borde, justo al contacto con la matriz de cal. Fueron seleccionados algunos fragmentos en los que eran más visibles dichos anillos. A fin de conocer la posible relación entre algunos yacimientos cercanos y la presencia de dicho anillo cromáticos se desarrolló una microscopía óptica polarizada, realizando láminas delgadas de las muestras y sobre los fragmentos cerámicos más determinantes, en concreto de una serie de enclaves del valle del Henares. Además de caracterizar microscópicamente los morteros, se observó que los anillos no eran un defecto visual ni una alteración física, producida tal vez por la extracción, la fase del corte o por la cocción de la cerámica. Tras analizar varios ejemplares se pudo apreciar que esos anillos eran habituales en todas las muestras y que se presentaban de diferente manera, es decir, que se observaban en granos cerámicos de diferentes características físicas (cochura, tamaño, situación con respecto del conglomerante, etc.). A fin de conocer los aspectos químicos de dicha alteración se seleccionó un grupo de muestras en las que los resultados macroscópicos habían sido muy claros, y en las que la microscopía óptica polarizada había determinado en los bordes, áreas adecuadas para otros análisis. Se realizó un mapeado o mapping de elementos químicos, a fin de saber qué podía estar sucediendo en esa interfaz entre el fragmento cerámico y la matriz de cal. Gracias a los resultados obtenidos se comprobó que existía una acumulación potencial de calcio tanto en el interior de los granos cerámicos como en el exterior, justo en la zona de contacto con el conglomerante, formando manchas que recorrían longitudinalmente el borde. Estos datos fueron muy útiles para llevar a cabo la siguiente fase de estudio, que permitiría conocer puntualmente qué estaba sucediendo químicamente en esa zona de contacto. Finalmente y con el objetivo de describir química y puntualmente este efecto en las adiciones cerámicas, se volvió a seleccionar una serie de muestras, escogidas esta vez en función de los granos cerámicos que cumpliesen unas variables estadísticas. Se eligieron granos con distintos tipos de cocciones, así como granos con tamaños diversos y granos con aditivo ceniciento en la matriz de cal, pensando que podrían ser las variables más útiles de interpretar de existir algún tipo de cambio químico entre la arcilla cocida y la matriz de cal. Tales variables se adaptaron a un sistema estadístico multi-varial y geométrico, con el objetivo de sintetizar los resultados y visualizar de forma óptima los datos en conjunto, como se ha comentado en varias ocasiones en este trabajo. Una vez seleccionados los granos por variables se procedió a realizar un análisis lineal y espectral semi-cuantitativo de SEM-EDX, con el que se caracterizaba químicamente una sección lineal del grano, desde la matriz de arcilla cocida de la cerámica hasta la matriz de cal –del interior al exterior del grano- pasando por el centro de la banda de reacción. Este análisis permitió determinar que se había producido una serie de cambios químicos porcentuales en los granos de cerámica. Dichos cambios se resumen en un incremento global de los porcentajes de calcio en el interior de las bandas de reacción de la cerámica, desde el borde mismo del anillo hasta el exterior. Así también se observaron picos porcentuales en el interfaz del fragmento cerámico con la matriz de cal, lo que confirmaba los resultados obtenidos por medio del mapping. Globalmente en todas las muestras se apreció un hombro en las gráficas de calcio a su paso por la zona de afección del anillo de reacción. Los restantes porcentajes de magnesio, silicio y aluminio se mantienen normales. En esta tesis se ha confirmado que dicho incremento global de calcio se acentúa en las muestras en donde no hay cenizas en la matriz de cal. Los casos correspondientes a estos granos sufren un incremento mayor que en el resto. La segunda variable que sufre un mayor incremento de calcio es la que corresponde a granos con buena cocción de la arcilla. Por lo tanto, parece que la tercera variable, la que corresponde con el tamaño del fragmento cerámico, no es decisiva. Por lo tanto, teniendo en cuenta la prueba visual de los anillos de reacción, y atendiendo a los resultados químicos, podríamos pensar que ese incremento de calcio en la banda de reacción de los fragmentos cerámicos se debió a una absorción de calcio en el interior de la arcilla cocida en la fase inmediatamente previa al fraguado, incluso durante el apagado de la cal. Es en este punto donde estaría la clave del cambio químico que se produce en esta interfaz, el calcio sílice-aluminato del que algunos autores ya han investigado. Esta absorción de calcio en el interior del grano no vendría sola, sino que generaría una costra de cal en el interfaz exterior de la cerámica, la cual ha sido observada químicamente por mapping y mineralógicamente por medio de microscopía óptica de polarización. La consecuencia de estos resultados es, primero, la mejora de nuestro conocimiento general acerca del factor hidráulico en los morteros. Asimismo se aprecia que la incorporación de materiales orgánicos como cenizas, puede alterar los porcentajes de calcio en el interior de los aditivos cerámicos, por lo que habría que sopesar, en trabajos futuros, si este tipo de material es adecuado o no en las mezclas destinadas a la restauración, así como seguir indagando en las propiedades de los morteros con la incorporación de aditivos orgánicos. Desde el punto de vista de la catalogación de los suelos industriales hidráulicos de época romana, además de mejorar la documentación incorporando micro-estratigrafías y granulometrías, la investigación de este material histórico constructivo mejora en cuanto a que se incorporan ensayos sencillos, que facilitan incluso la peritación de un estado de conservación por medio de una lupa binocular. Arqueológicamente hablando, es muy interesante correlacionar fábricas diferentes de estructuras situadas o bien en un mismo yacimiento, o bien en una misma área regional. Los estudios de caracterización y micro-estratigrafía no sólo aportan datos nuevos de cara a la restauración de morteros, sino que crean la posibilidad de generar patrones constructivos que sirvan de fósiles-guía para datar relativamente a unas estructuras o a otras. En lo referido a los resultados obtenidos en los diferentes complejos arqueológicos se ha observado una diferencia entre los morteros destinados a piletas y cubetas con respecto a los suelos industriales de uso indeterminado. La muestra correspondiente al yacimiento de Las Arenas no dispone de ninguna micro-estratigrafía, como sí por el contrario en las muestras obtenidas en Rotonda de Mejorada, Val de la Viña y La Magdalena. En estos enclaves las estructuras presentan grandes similitudes, con diferentes niveles constructivos empleando morteros de cal con áridos y gravas en las capas interiores, y áridos con adiciones cerámicas en las exteriores. En lo relativo a la granulometría las adiciones cerámicas de las muestras de Val de la Viña y La Magdalena presentan varias coincidencias en cuanto al tamaño de los granos y la distribución. Asimismo, de las muestras tomadas en La Magdalena, existe una gran diferencia entre las muestras MG1, MG2, MG3 y MG4 con respecto a las muestras MG5 y MG6, correspondientes éstas últimas a un mortero con fragmentos cerámicos de gran tamaño. Las estructuras EMG1 y EMG2, correspondientes a una cubeta y una pileta de La Magdalena, guardan similitud en lo referido a la micro-estratigrafía y a la granulometría. Se ha determinado que su función, así como su fabricación, debieron estar vinculadas a un mismo contexto cronocultural. Química y mineralógicamente, las muestras presentan características iguales, con presencia de un conglomerante de cal con áridos y aditivos cerámicos de diferentes cochuras. Destaca la muestra de Las Arenas, con un tamaño de los fragmentos cerámicos muy superior al resto, seguido de la estructura EMG3 de La Magdalena. Las muestras restantes de éste enclave, junto con las muestras recogidas en Val de la Viña y Rotonda de Mejorada presentan condiciones similares. En conclusión, los datos revelan que existían diferentes fábricas destinadas a distintas finalidades, y que las estructuras industriales empleaban aditivos cerámicos para la manipulación de productos con líquidos, de distintas densidades pero que requerían de cierto grado de hidraulicidad. ABSTRACT Lime Roman mortars from the Iberian Peninsula has been analyzed in this reesearch. A group of samples were selected from some sites and all the samples come from industrial structures. All this samples show ceramic additives. From the start, the effort was centered in the pieces of pottery that were found in the mortars. The samples were treated and processed to develop a first phase of the research using macroscopy. With this technique, great results were achieved in the characterization of mortars, the microstratigraphy and the location of the ceramic pieces. While observing these pieces, it was seen that the fragments of pottery had a ring bordering the piece. The pieces with the bigger and more vivid rings were chosen and they were analyzed by a polarized light microscope. The mortars were characterized microscopically and it also showed that the rings were not a physical alteration or a visual defect. After some more tests, the rings were a chemical change associated with the hydraulicity of the mortar. The best samples were selected and mappings of their chemical elements were performed in order to know what could be happening in the interface between the ceramic matrix fragment and lime. With the results obtained it was found that there was a potential; both calcium accumulation within the ceramic grains and outside, just in the area of contact with the binder, forming spots longitudinally along the edge. These data were very useful for carrying out the next phase of study, which would meet promptly what was happening chemically in the area of contact. Another group of samples were taken, and this time focused on ceramic grains that met a statistical variables. Grains were chosen with two types of cooking as well as grains with different sizes and grains with ash additive in the matrix of lime, thinking that might be the most logical to be some sort of chemical change between the baked clay and lime array variables . Such variables were adapted to a multi-varial and geometric statistical system in order to synthesize the results and optimally display the data together, as mentioned several times in this work. After selecting the variables grains proceeded to perform a linear and spectral analysis SEM-EDX. This analysis led to determine that the chemical changes were graduals. These changes are summarized in an increase in the percentages of calcium inside the reaction rim of ceramics, from the edge to the outer ring. So percentage increasing is also observed at the interface of the ceramic matrix fragment with lime, confirming the results obtained by the mapping. Overall in all samples can be seen a shoulder in graphic calcium through the area of the ring reaction condition. The remaining percentages of magnesium, silicon and aluminum are usual. We have promptly confirmed that the increase of calcium is accentuated in samples where there is no ash and lime matrix. Cases for these grains suffer a greater increase than the rest. The second variable suffering more calcium is increased corresponding to good cooking grains with clay. Therefore, it appears that the variable size of the fragment is not critical. Therefore, considering the visual tests to the rings and their response to chemical results, we might think that increasing calcium inside the ceramic fragments was due to an injection of calcium inside clay in the run-up to the setting phase. It is at this point that would be the key to the chemical change that occurs at this interface, silica-calcium aluminate some authors have already investigated. This injection of calcium into the grain does not come alone, but generate a lime crust on the outside interface of ceramics, which we tested for mapping is real in our samples. The consequence of these results is the improvement of our understanding of historical hydraulic factor in building materials, such as mortar. For example, knowing that the incorporation of organic materials such as ash powder, may be detrimental to the injection of calcium inside the ceramic additives. Archaeologically speaking, it's very interesting to correlate different factories or structures located on a single site, or in the same regional area. Characterization studies and microstratigraphy not only provide new information to help restore mortars, but create the possibility of generating constructive patterns that serve as guide fossils to determinate the age of the structures. With regard to the results obtained in different archaeological sites it has seen a difference between mortars of pools or sinks with respect to industrial floors of undetermined use. The sample of the site of Las Arenas does not have any micro-stratigraphy, as if instead in the samples obtained in Rotonda de Mejorada, Val de la Viña and La Magdalena sites. In these settlements the structures are really similar, with different construction levels using lime mortars with aggregates and gravel in the inner layers, and ceramic aggregates as external additions. With regard to the grain size of the ceramic additions Val de la Viña and La Magdalena samples has several coincidences about the size of grains and distribution. Also, samples taken at La Magdalena, there is a difference between the MG1, MG2, MG3 and MG4 samples and the MG5 and MG6 samples, so the last corresponding to a mortar samples with larger ceramic fragments. The EMG1 and EMG2 structures, corresponding to a bucket and a pool of La Magdalena settlement, have similarities with regard to micro-stratigraphy and grain size. It has been determined that the function and manufacturing must be linked with a same chronocultural context.

Land Cover Mapping by an Optimized Object-Oriented Approach. Case of Study Mediterranean Landscapes

Remote sensing information from spaceborne and airborne platforms continues to provide valuable data for different environmental monitoring applications. In this sense, high spatial resolution im-agery is an important source of information for land cover mapping. For the processing of high spa-tial resolution images, the object-based methodology is one of the most commonly used strategies. However, conventional pixel-based methods, which only use spectral information for land cover classification, are inadequate for classifying this type of images. This research presents a method-ology to characterise Mediterranean land covers in high resolution aerial images by means of an object-oriented approach. It uses a self-calibrating multi-band region growing approach optimised by pre-processing the image with a bilateral filtering. The obtained results show promise in terms of both segmentation quality and computational efficiency.