Validation and aplication of Bioelectrical Impedance (BIA) method to determine body and carcass composition and nutrient retention of growing rabbits = Validación y aplicación de la técnica de la Impedancia Bioeléctrica (BIA) para determinar la composición corporal, de la canal y la retención de nutrientes de conejos en crecimiento

Los objetivos de esta tesis fueron 1) obtener y validar ecuaciones de predicción para determinar in vivo la composición corporal y de la canal de conejos en crecimiento de 25 a 77 días de vida utilizando la técnica de la Impedancia Bioeléctrica (BIA), y 2) evaluar su aplicación para determinar diferencias en la composición corporal y de la canal, así como la retención de nutrientes de animales alimentados con diferentes fuentes y niveles de grasa. El primer estudio se realizó para determinar y después validar, usando datos independientes, las ecuaciones de predicción obtenidas para determinar in vivo la composición corporal de los conejos en crecimiento. Se utilizaron 150 conejos a 5 edades distintas (25, 35, 49, 63 y 77 días de vida), con un rango de pesos entre 231 y 3138 g. Para determinar los valores de resistencia (Rs,) and reactancia (Xc,) se usó un terminal (Model BIA-101, RJL Systems, Detroit, MI USA) con cuatro electrodos. Igualmente se registró la distancia entre electrodos internos (D), la longitud corporal (L) y el peso vivo (PV) de cada animal. En cada edad, los animales fueron molidos y congelados (-20 ºC) para su posterior análisis químico (MS, grasa, proteína, cenizas y EB). El contenido en grasa y energía de los animales se incrementó, mientras que los contenidos en proteína, cenizas y agua de los animales disminuyeron con la edad. Los valores medios de Rs, Xc, impedancia (Z), L y D fueron 83.5 ± 23.1 , 18.2 ± 3.8 , 85.6 ± 22.9 , 30.6 ± 6.9 cm y 10.8 ± 3.1 cm. Se realizó un análisis de regresión lineal múltiple para determinar las ecuaciones de predicción, utilizando los valores de PV, L and Z como variables independientes. Las ecuaciones obtenidas para estimar los contenidos en agua (g), PB (g), grasa (g), cenizas (g) and EB (MJ) tuvieron un coeficiente de determinación de (R2) de 0.99, 0.99, 0.97, 0.98 y 0.99, y los errores medios de predicción relativos (EMPR) fueron: 2.79, 6.15, 24.3, 15.2 y 10.6%, respectivamente. Cuando el contenido en agua se expresó como porcentaje, los valores de R2 y EMPR fueron 0.85 and 2.30%, respectivamente. Al predecir los contenidos en proteína (%MS), grasa (%MS), cenizas (%MS) y energía (kJ/100 g MS), se obtuvieron valores de 0.79, 0.83, 0.71 y 0.86 para R2, y 5.04, 18.9, 12.0 y 3.19% para EMPR. La reactancia estuvo negativamente correlacionada con el contenido en agua, cenizas y PB (r = -0.32, P < 0.0001; r = -0.20, P < 0.05; r = -0.26, P < 0.01) y positivamente correlacionada con la grasa y la energía (r = 0.23 y r = 0.24; P < 0.01). Sin embargo, Rs estuvo positivamente correlacionada con el agua, las cenizas y la PB (r = 0.31, P < 0.001; r = 0.28, P < 0.001; r = 0.37, P < 0.0001) y negativamente con la grasa y la energía (r = -0.36 y r = -0.35; P < 0.0001). Igualmente la edad estuvo negativamente correlacionada con el contenido en agua, cenizas y proteína (r = -0.79; r = -0.68 y r = -0.80; P < 0.0001) y positivamente con la grasa y la energía (r = 0.78 y r = 0.81; P < 0.0001). Se puede concluir que el método BIA es una técnica buena y no invasiva para estimar in vivo la composición corporal de conejos en crecimiento de 25 a 77 días de vida. El objetivo del segundo estudio fue determinar y validar con datos independientes las ecuaciones de predicción obtenidas para estimar in vivo la composición de la canal eviscerada mediante el uso de BIA en un grupo de conejos de 25 a 77 días, así como testar su aplicación para predecir la retención de nutrientes y calcular las eficacias de retención de la energía y del nitrógeno. Se utilizaron 75 conejos agrupados en 5 edades (25, 35, 49, 63 y 77 días de vida) con unos pesos que variaron entre 196 y 3260 g. Para determinar los valores de resistencia (Rs, ) y reactancia (Xc, ) se usó un terminal (Model BIA-101, RJL Systems, Detroit, MI USA) con cuatro electrodos. Igualmente se registró la distancia entre electrodos internos (D), la longitud corporal (L) y el peso vivo (PV) del cada animal. En cada edad, los animales fueron aturdidos y desangrados. Su piel, vísceras y contenido digestivo fueron retirados, y la canal oreada fue pesada y molida para posteriores análisis (MS, grasa, PB, cenizas y EB). Los contenidos en energía y grasa aumentaron mientras que los de agua, cenizas y proteína disminuyeron con la edad. Los valores medios de Rs, Xc, impedancia (Z), L y D fueron 95.9±23.9 , 19.5±4.7 , 98.0±23.8 , 20.6±6.3 cm y 13.7±3.1 cm. Se realizó un análisis de regresión linear múltiple para determinar las ecuaciones de predicción, utilizando los valores de PV, L and Z como variables independientes. Los coeficientes de determinación (R2) de las ecuaciones obtenidas para estimar los contenidos en agua (g), PB (g), grasa (g), cenizas (g) and EB (MJ) fueron: 0.99, 0.99, 0.95, 0.96 y 0.98, mientras que los errores medios de predicción relativos (EMPR) fueron: 4.20, 5.48, 21.9, 9.10 y 6.77%, respectivamente. Cuando el contenido en agua se expresó como porcentaje, los valores de R2 y EMPR fueron 0.79 y 1.62%, respectivamente. Cuando se realizó la predicción de los contenidos en proteína (%MS), grasa (%MS), cenizas (%MS) y energía (kJ/100 g MS), los valores de R2 fueron 0.68, 0.76, 0.66 and 0.82, y los de RMPE: 3.22, 10.5, 5.82 and 2.54%, respectivamente. La reactancia estuvo directamente correlacionada con el contenido en grasa (r = 0.24, P < 0.05), mientras que la resistencia guardó una correlación positiva con los contenidos en agua, cenizas y proteína (r = 0.55, P < 0.001; r = 0.54, P < 0.001; r = 0.40, P < 0.005) y negativa con la grasa y la energía (r = -0.44 y r = -0.55; P < 0.001). Igualmente la edad estuvo negativamente correlacionada con los contenidos en agua, cenizas y PB (r = -0.94; r = -0.85 y r = -0.75; P < 0.0001) y positivamente con la grasa y la energía (r = 0.89 y r = 0.90; P < 0.0001). Se estudió la eficacia global de retención de la energía (ERE) y del nitrógeno (ERN) durante todo el periodo de cebo (35-63 d), Los valores de ERE fueron 20.4±7.29%, 21.0±4.18% and 20.8±2.79% en los periodos 35 a 49, 49 a 63 y 35 a 63 d, respectivamente. ERN fue 46.9±11.7%, 34.5±7.32% y 39.1±3.23% para los mismos periodos. La energía fue retenida en los tejidos para crecimiento con una eficiencia del 52.5% y la eficiencia de retención de la energía como proteína y grasa fue de 33.3 y 69.9% respectivamente. La eficiencia de utilización del nitrógeno para crecimiento fue cercana al 77%. Este trabajo muestra como el método BIA es técnica buena y no invasiva para determinar in vivo la composición de la canal y la retención de nutrientes en conejos en crecimiento de 25 a 77 días de vida. En el tercer estudio, se llevaron a cabo dos experimentos con el fin de investigar los efectos del nivel de inclusión y de la fuente de grasa, sobre los rendimientos productivos, la mortalidad, la retención de nutrientes y la composición corporal total y de la canal eviscerada de conejos en crecimiento de 34 a 63 d de vida. En el Exp. 1 se formularon 3 dietas con un diseño experimental factorial 3 x 2 con el tipo de grasa utilizada: Aceite de Soja (SBO), Lecitinas de Soja (SLO) y Manteca (L) y el nivel de inclusión (1.5 y 4%) como factores principales. El Exp. 2 también fue diseñado con una estructura factorial 3 x 2, pero usando SBO, Aceite de Pescado (FO) y Aceite de Palmiste como fuentes de grasa, incluidas a los mismos niveles que en el Exp. 1. En ambos experimentos 180 animales fueron alojados en jaulas individuales (n=30) y 600 en jaulas colectivas en grupos de 5 animales (n=20). Los animales alimentados con un 4% de grasa añadida tuvieron unos consumos diarios y unos índices de conversión más bajos que aquellos alimentados con las dietas con un 1.5% de grasa. En los animales alojados en colectivo del Exp. 1, el consumo fue un 4.8% más alto en los que consumieron las dietas que contenían manteca que en los animales alimentados con las dietas SBO (P = 0.036). La inclusión de manteca tendió a reducir la mortalidad (P = 0.067) en torno al 60% y al 25% con respecto a las dietas con SBO y SLO, respectivamente. La mortalidad aumentó con el nivel máximo de inclusión de SLO (14% vs. 1%, P < 0.01), sin observarse un efecto negativo sobre la mortalidad con el nivel más alto de inclusión de las demás fuentes de grasa utilizadas. En los animales alojados colectivo del Exp. 2 se encontró una disminución del consumo (11%), peso vivo a 63 d (4.8%) y de la ganancia diaria de peso (7.8%) con la inclusión de aceite de pescado con respecto a otras dietas (P < 0.01). Los dos últimos parámetros se vieron especialmente más reducidos cuando en las dietas se incluyó el nivel más alto de FO (5.6 y 9.5%, respectivamente, (P < 0.01)). Los animales alojados individualmente mostraron unos resultados productivos muy similares. La inclusión de aceite pescado tendió (P = 0.078) a aumentar la mortalidad (13.2%) con respecto al aceite de palmiste (6.45%), siendo intermedia para las dietas que contenían SBO (8.10%). La fuente o el nivel de grasa no afectaron la composición corporal total o de la canal eviscerada de los animales. Un incremento en el nivel de grasa dio lugar a una disminución de la ingesta de nitrógeno digestible (DNi) (1.83 vs. 1.92 g/d; P = 0.068 en Exp. 1 y 1.79 vs. 1.95 g/d; P = 0.014 en Exp. 2). Debido a que el nitrógeno retenido (NR) en la canal fue similar para ambos niveles (0.68 g/d (Exp. 1) y 0.71 g/d (Exp. 2)), la eficacia total de retención del nitrógeno (ERN) aumentó con el nivel máximo de inclusión de grasa, pero de forma significativa únicamente en el Exp. 1 (34.9 vs. 37.8%; P < 0.0001), mientras que en el Exp. 2 se encontró una tendencia (36.2 vs. 38.0% en Exp. 2; P < 0.064). Como consecuencia, la excreción de nitrógeno en heces fue menor en los animales alimentados con el nivel más alto de grasa (0.782 vs. 0.868 g/d; P = 0.0001 en Exp. 1, y 0.745 vs. 0.865 g/d; P < 0.0001 en Exp.2) al igual que el nitrógeno excretado en orina (0.702 vs. 0.822 g/d; P < 0.0001 en Exp. 1 y 0.694 vs. 0.7999 g/d; P = 0.014 en Exp.2). Aunque no hubo diferencias en la eficacia total de retención de la energía (ERE), la energía excretada en heces disminuyó al aumentar el nivel de inclusión de grasa (142 vs. 156 Kcal/d; P = 0.0004 en Exp. 1 y 144 vs. 154 g/d; P = 0.050 en Exp. 2). Sin embargo, la energía excretada como orina y en forma de calor fue mayor en el los animales del Exp. 1 alimentados con el nivel más alto de grasa (216 vs. 204 Kcal/d; P < 0.017). Se puede concluir que la manteca y el aceite de palmiste pueden ser considerados como fuentes alternativas al aceite de soja debido a la reducción de la mortalidad, sin efectos negativos sobre los rendimientos productivos o la retención de nutrientes. La inclusión de aceite de pescado empeoró los rendimientos productivos y la mortalidad durante el periodo de crecimiento. Un aumento en el nivel de grasa mejoró el índice de conversión y la eficacia total de retención de nitrógeno. ABSTRACT The aim of this Thesis is: 1) to obtain and validate prediction equations to determine in vivo whole body and carcass composition using the Bioelectrical Impedance (BIA) method in growing rabbits from 25 to 77 days of age, and 2) to study its application to determine differences on whole body and carcass chemical composition, and nutrient retention of animals fed different fat levels and sources. The first study was conducted to determine and later validate, by using independent data, the prediction equations obtained to assess in vivo the whole body composition of growing rabbits. One hundred and fifty rabbits grouped at 5 different ages (25, 35, 49, 63 and 77 days) and weighing from 231 to 3138 g were used. A four terminal body composition analyser was used to obtain resistance (Rs, ) and reactance (Xc, ) values (Model BIA-101, RJL Systems, Detroit, MI USA). The distance between internal electrodes (D, cm), body length (L, cm) and live BW of each animal were also registered. At each selected age, animals were slaughtered, ground and frozen (-20 ºC) for later chemical analyses (DM, fat, CP, ash and GE). Fat and energy body content increased with the age, while protein, ash, and water decreased. Mean values of Rs, Xc, impedance (Z), L and D were 83.5 ± 23.1 , 18.2 ± 3.8 , 85.6 ± 22.9 , 30.6 ± 6.9 cm and 10.8 ± 3.1 cm. A multiple linear regression analysis was used to determine the prediction equations, using BW, L and Z data as independent variables. Equations obtained to estimate water (g), CP (g), fat (g), ash (g) and GE (MJ) content had, respectively, coefficient of determination (R2) values of 0.99, 0.99, 0.97, 0.98 and 0.99, and the relative mean prediction error (RMPE) was: 2.79, 6.15, 24.3, 15.2 and 10.6%, respectively. When water was expressed as percentage, the R2 and RMPE were 0.85 and 2.30%, respectively. When prediction of the content of protein (%DM), fat (%DM), ash (%DM) and energy (kJ/100 g DM) was done, values of 0.79, 0.83, 0.71 and 0.86 for R2, and 5.04, 18.9, 12.0 and 3.19% for RMPE, respectively, were obtained. Reactance was negatively correlated with water, ash and CP content (r = -0.32, P < 0.0001; r = -0.20, P < 0.05; r = -0.26, P < 0.01) and positively correlated with fat and GE (r = 0.23 and r = 0.24; P < 0.01). Otherwise, resistance was positively correlated with water, ash and CP (r = 0.31, P < 0.001; r = 0.28, P < 0.001; r = 0.37, P < 0.0001) and negatively correlated with fat and energy (r = -0.36 and r = -0.35; P < 0.0001). Moreover, age was negatively correlated with water, ash and CP content (r = -0.79; r = -0.68 and r = -0.80; P < 0.0001) and positively correlated with fat and energy (r = 0.78 and r = 0.81; P < 0.0001). It could be concluded that BIA is a non-invasive good method to estimate in vivo whole body composition of growing rabbits from 25 to 77 days of age. The aim of the second study was to determine and validate with independent data, the prediction equations obtained to estimate in vivo carcass composition of growing rabbits by using the results of carcass chemical composition and BIA values in a group of rabbits from 25 to 77 days. Also its potential application to predict nutrient retention and overall energy and nitrogen retention efficiencies was analysed. Seventy five rabbits grouped at 5 different ages (25, 35, 49, 63 and 77 days) with weights ranging from 196 to 3260 g were used. A four terminal body composition analyser (Model BIA-101, RJL Systems, Detroit, MI USA) was used to obtain resistance (Rs, ) and reactance (Xc, ) values. The distance between internal electrodes (D, cm), body length (L, cm) and live weight (BW, g) were also registered. At each selected age, all the animals were stunned and bled. The skin, organs and digestive content were removed, and the chilled carcass were weighed and processed for chemical analyses (DM, fat, CP, ash and GE). Energy and fat increased with the age, while CP, ash, and water decreased. Mean values of Rs, Xc, impedance (Z), L and D were 95.9±23.9 , 19.5±4.7 , 98.0±23.8 , 20.6±6.3 cm y 13.7±3.1 cm. A multiple linear regression analysis was done to determine the equations, using BW, L and Z data as parameters. Coefficient of determination (R2) of the equations obtained to estimate water (g), CP (g), fat (g), ash (g) and GE (MJ) content were: 0.99, 0.99, 0.95, 0.96 and 0.98, and relative mean prediction error (RMPE) were: 4.20, 5.48, 21.9, 9.10 and 6.77%, respectively. When water content was expressed as percentage, the R2 and RMPE were 0.79 and 1.62%, respectively. When prediction of protein (%DM), fat (%DM), ash (%DM) and energy (kJ/100 g DM) content was done, R2 values were 0.68, 0.76, 0.66 and 0.82, and RMPE: 3.22, 10.5, 5.82 and 2.54%, respectively. Reactance was positively correlated with fat content (r = 0.24, P < 0.05) while resistance was positively correlated with water, ash and protein carcass content (r = 0.55, P < 0.001; r = 0.54, P < 0.001; r = 0.40, P < 0.005) and negatively correlated with fat and energy (r = -0.44 and r = -0.55; P < 0.001). Moreover, age was negatively correlated with water, ash and CP content (r = -0.97, r = -0.95 and r = -0.89, P < 0.0001) and positively correlated with fat and GE (r = 0.95 and r = 0.97; P < 0.0001). In the whole growing period (35-63 d), overall energy retention efficiency (ERE) and nitrogen retention efficiency (NRE) were studied. The ERE values were 20.4±7.29%, 21.0±4.18% and 20.8±2.79%, from 35 to 49, 49 to 63 and from 35 to 63 d, respectively. NRE was 46.9±11.7%, 34.5±7.32% and 39.1±3.23% for the same periods. Energy was retained in body tissues for growth with an efficiency of approximately 52.5% and efficiency of the energy for protein and fat retention was 33.3 and 69.9%, respectively. Efficiency of utilization of nitrogen for growth was near to 77%. This work shows that BIA it’s a non-invasive and good method to estimate in vivo carcass composition and nutrient retention of growing rabbits from 25 to 77 days of age. In the third study, two experiments were conducted to investigate the effect of the fat addition and source, on performance, mortality, nutrient retention, and the whole body and carcass chemical composition of growing rabbits from 34 to 63 d. In Exp. 1 three diets were arranged in a 3 x 2 factorial structure with the source of fat: Soybean oil (SBO), Soya Lecithin Oil (SLO) and Lard (L) and the dietary fat inclusion level (1.5 and 4%) as the main factors. Exp. 2 had also arranged as a 3 x 2 factorial design, but using SBO, Fish Oil (FO) and Palmkernel Oil (PKO) as fat sources, and included at the same levels than in Exp. 1. In both experiments 180 animals were allocated in individual cages (n=30) and 600 in collectives cages, in groups of 5 animals (n=20). Animals fed with 4% dietary fat level showed lower DFI and FCR than those fed diets with 1.5%. In collective housing of Exp. 1, DFI was a 4.8% higher in animals fed with diets containing lard than SBO (P = 0.036), being intermediate for diet with SLO. Inclusion of lard also tended to reduce mortality (P = 0.067) around 60% and 25% with respect SBO and SLO diets, respectively. Mortality increased with the greatest level of soya lecithin (14% vs. 1%, P < 0.01). In Exp. 2 a decrease of DFI (11%), BW at 63 d (4.8%) and DWG (7.8%) were observed with the inclusion of fish oil with respect the other two diets (P < 0.01). These last two traits impaired with the highest level of fish oil (5.6 and 9.5%, respectively, (P < 0.01)). Animals housed individually showed similar performance results. The inclusion of fish oil also tended to increase (P = 0.078) mortality (13.2%) with respect palmkernel oil (6.45%), being mortality of SBO intermediate (8.10%). Fat source and level did not affect the whole body or carcass chemical composition. An increase of the fat sources addition led to a decrease of the digestible nitrogen intake (DNi) (1.83 vs. 1.92 g/d; P = 0.068 in Exp. 1 and 1.79 vs. 1.95 g/d; P = 0.014 in Exp. 2). As the nitrogen retained (NR) in the carcass was similar for both fat levels (0.68 g/d (Exp. 1) and 0.71 g/d (Exp. 2)), the overall efficiency of N retention (NRE) increased with the highest level of fat, but only reached significant level in Exp. 1 (34.9 vs. 37.8%; P < 0.0001), while in Exp. 2 a tendency was found (36.2 vs. 38.0% in Exp. 2; P < 0.064). Consequently, nitrogen excretion in faeces was lower in animals fed with the highest level of fat (0.782 vs. 0.868 g/d; P = 0.0001 in Exp. 1, and 0.745 vs. 0.865 g/d; P < 0.0001 in Exp.2). The same effect was observed with the nitrogen excreted as urine (0.702 vs. 0.822 g/d; P < 0.0001 in Exp. 1 and 0.694 vs. 0.7999 g/d; P = 0.014 in Exp.2). Although there were not differences in ERE, the energy excreted in faeces decreased as fat level increased (142 vs. 156 Kcal/d; P = 0.0004 in Exp. 1 and 144 vs. 154 g/d; P = 0.050 in Exp. 2). In Exp. 1 the energy excreted as urine and heat production was significantly higher when animals were fed with the highest level of dietary fat (216 vs. 204 Kcal/d; P < 0.017). It can be concluded that lard and palmkernel oil can be considered as alternative sources to soybean oil due to the reduction of the mortality, without negative effects on performances or nutrient retention. Inclusion of fish impaired animals´ productivity and mortality. An increase of the dietary fat level improved FCR and overall protein efficiency retention.

A combined measure for quantifying and qualifying the topology preservation of growing self-organizing maps

The Self-OrganizingMap (SOM) is a neural network model that performs an ordered projection of a high dimensional input space in a low-dimensional topological structure. The process in which such mapping is formed is defined by the SOM algorithm, which is a competitive, unsupervised and nonparametric method, since it does not make any assumption about the input data distribution. The feature maps provided by this algorithm have been successfully applied for vector quantization, clustering and high dimensional data visualization processes. However, the initialization of the network topology and the selection of the SOM training parameters are two difficult tasks caused by the unknown distribution of the input signals. A misconfiguration of these parameters can generate a feature map of low-quality, so it is necessary to have some measure of the degree of adaptation of the SOM network to the input data model. The topologypreservation is the most common concept used to implement this measure. Several qualitative and quantitative methods have been proposed for measuring the degree of SOM topologypreservation, particularly using Kohonen's model. In this work, two methods for measuring the topologypreservation of the Growing Cell Structures (GCSs) model are proposed: the topographic function and the topology preserving map

Nutritive value of palm kernel meal in diets for growing rabbits

The aim of this work was to determine the nutritive value of palm kernel meal (PKM) in diets for growing rabbits. In Experiment 1, 20 New Zealand × Californian growing rabbits 50 d-old were used to determine energy, crude protein, fibre and fat digestibility of PKM. The nutritive value was estimated by the difference method using a basal diet and another diet made by substituting 200 g/kg of basal diet with PKM. Energy, crude protein, ether extract and neutral detergent fibre of PKM digestibilities were, respectively, 0.549 (±0.056, SE), 0.541 (±0.069), 0.850 (±0.048) and 0.430 (±0.101), and the digestible energy concentration was 10.9 MJ/kg (±1.03) DM. In Experiment 2, 412 rabbits were allocated at random to the two experimental diets to measure growing performance. Inclusion of 200 g PKM/kg in the diet did not affect feed or digestible energy intake but decreased slightly (by around 5%) average daily gain (P = 0.003) and feed efficiency (P < 0.001). Neither mortality nor Clostridium perfringens counts in soft faeces were affected by type of diet. Palm kernel meal can be considered a palatable source of fibre, protein and fat for rabbits and can substitute significant amounts of other fibrous ingredients in the diet without adverse effects on growth performance.

Effect of starch substitution with crude glycerol on growing rabbit and lactating doe performance

The aim of this work was to study the effect of dietary inclusion of 2.5 or 5.0% of glycerol in substitution for starch on performance of lactating does and fattening rabbits. Over four consecutive reproductive cycles, a total of 81 New Zealand ´ Californian rabbit does and 813 young rabbits weaned at 25 (fattening trial 1) or 35 (fattening trial 2) days of age were allocated at random to the experimental treatments. Inclusion of glycerol in the diet up to 5% did not influence total feed consumption of does and suckling rabbits, body weight and bioelectrical impedance of does at parturition or at day 21 of lactation and litter weight at weaning, or reproductive efficiency. Substitution of starch with glycerol did not affect feed intake, weight gain or mortality during fattening. The results of the current study indicate that crude glycerol from the biofuel industry can be used at levels up to 5% in rabbit diets without any detrimental or beneficial effect on performance

Seasonal evolution of soil respiration in a mixed forestry plantation of walnuts (Juglans × intermedia Carr.) and alders (Alnus cordata (Loisel.) Duby) in Domaine de Restinclières (France)

The ecological intensification of crops is proposed as a solution to the growing demand of agricultural and forest resources, in opposition to intensive monocultures. The introduction of mixed cultures as mixtures between nitrogen fixing species and non nitrogen fixing species intended to increase crop yield as a result of an improvement of the available nitrogen and phosphorus in soil. Relationship between crops have received little attention despite the wide range of advantages that confers species diversity to these systems, such as increased productivity, resilience to disruption and ecological sustainability. Forests and forestry plantations can develop an important role in storing carbon in their tissues, especially in wood which become into durable product. A simplifying parameter to analyze the amount allocated carbon by plantation is the TBCA (total belowground carbon allocation), whereby, for short periods and mature plantations, is admitted as the subtraction between soil carbon efflux and litterfall. Soil respiration depends on a wide range of factors, such as soil temperature and soil water content, soil fertility, presence and type of vegetation, among others. The studied orchard is a mixed forestry plantation of hybrid walnuts(Juglans × intermedia Carr.) for wood and alders (Alnus cordata (Loisel.) Duby.), a nitrogen fixing specie through the actinomycete Frankia alni ((Woronin, 1866) Von Tubeuf 1895). The study area is sited at Restinclières, a green area near Montpellier (South of France). In the present work, soil respiration varied greatly throughout the year, mainly influenced by soil temperature. Soil water content did not significantly influence the response of soil respiration as it was constant during the measurement period and under no water stress conditions. Distance between nearest walnut and measurement was also a highly influential factor in soil respiration. Generally there was a decreasing trend in soil respiration when the distance to the nearest tree increased. It was also analyzed the response of soil respiration according to alder presence and fertilizer management (50 kg N·ha-1·año-1 from 1999 to 2010). None of these treatments significantly influenced soil respiration, although previous studies noticed an inhibition in rates of soil respiration under fertilized conditions and high rates of available nitrogen. However, treatments without fertilization and without alder presence obtained higher respiration rates in those cases with significant differences. The lack of significant differences between treatments may be due to the high coefficient of variation experienced by soil respiration measurements. Finally an asynchronous fluctuation was observed between soil respiration and litterfall during senescence period. This is possibly due to the slowdown in the emission of exudates by roots during senescence period, which are largely related to microbial activity.

Olive growing in the arid valleys of Northwest Argentina (provinces of Catamarca, La Rioja and San Juan)

En este artículo se describe la situación del olivar en las provincias argentinas de Catamarca, La Rioja y San Juan.

Estudios termodinámicos de los procesos de vitrificación en la crioconservación de germoplasma vegetal=Thermodynamic studies of vitrification processes in plant germplasm cryopreservation

En la actualidad, las técnicas de crioconservación poseen una importancia creciente para el almacenamiento a largo plazo de germoplasma vegetal. En las dos últimas décadas, estos métodos experimentaron un gran desarrollo y se han elaborado protocolos adecuados a diferentes sistemas vegetales, utilizando diversas estrategias como la vitrificación, la encapsulación-desecación con cuentas de alginato y el método de “droplet”-vitrificación. La presente tesis doctoral tiene como objetivo aumentar el conocimiento sobre los procesos implicados en los distintos pasos de un protocolo de crioconservación, en relación con el estado del agua presente en los tejidos y sus cambios, abordado mediante diversas técnicas biofísicas, principalmente calorimetría diferencial de barrido (DSC) y microscopía electrónica de barrido a baja temperatura (crio-SEM). En un primer estudio sobre estos métodos de crioconservación, se describen las fases de enfriamiento hasta la temperatura del nitrógeno líquido y de calentamiento hasta temperatura ambiente, al final del periodo de almacenamiento, que son críticas para la supervivencia del material crioconservado. Tanto enfriamiento como calentamiento deben ser realizados lo más rápidamente posible pues, aunque los bajos contenidos en agua logrados en etapas previas de los protocolos reducen significativamente las probabilidades de formación de hielo, éstas no son del todo nulas. En ese contexto, se analiza también la influencia de las velocidades de enfriamiento y calentamiento de las soluciones de crioconservación de plantas en sus parámetros termofísicos referente a la vitrificación, en relación su composición y concentración de compuestos. Estas soluciones son empleadas en la mayor parte de los protocolos actualmente utilizados para la crioconservación de material vegetal. Además, se estudia la influencia de otros factores que pueden determinar la estabilidad del material vitrificado, tales como en envejecimiento del vidrio. Se ha llevado a cabo una investigación experimental en el empleo del crio-SEM como una herramienta para visualizar el estado vítreo de las células y tejidos sometidos a los procesos de crioconservación. Se ha comparado con la más conocida técnica de calorimetría diferencial de barrido, obteniéndose resultados muy concordantes y complementarios. Se exploró también por estas técnicas el efecto sobre tejidos vegetales de la adaptación a bajas temperaturas y de la deshidratación inducida por los diferentes tratamientos utilizados en los protocolos. Este estudio permite observar la evolución biofísica de los sistemas en el proceso de crioconservación. Por último, se estudió la aplicación de películas de quitosano en las cuentas de alginato utilizadas en el protocolo de encapsulación. No se observaron cambios significativos en su comportamiento frente a la deshidratación, en sus parámetros calorimétricos y en la superficie de las cuentas. Su aplicación puede conferir propiedades adicionales prometedoras. ABSTRACT Currently, cryopreservation techniques have a growing importance for long term plant germplasm storage. These methods have undergone great progress during the last two decades, and adequate protocols for different plant systems have been developed, making use of diverse strategies, such as vitrification, encapsulation-dehydration with alginate beads and the dropletvitrification method. This PhD thesis has the goal of increasing the knowledge on the processes underlying the different steps of cryopreservation protocols, in relation with the state of water on tissues and its changes, approached through diverse biophysical techniques, especially differential scanning calorimetry (DSC) and low-temperature scanning electron microscopy (cryo-SEM). The processes of cooling to liquid nitrogen temperature and warming to room temperature, at the end of the storage period, critical for the survival of the cryopreserved material, are described in a first study on these cryopreservation methods. Both cooling and warming must be carried out as quickly as possible because, although the low water content achieved during previous protocol steps significantly reduces ice formation probability, it does not completely disappear. Within this context, the influence of plant vitrification solutions cooling and warming rate on their vitrification related thermophysical parameters is also analyzed, in relation to its composition and component concentration. These solutions are used in most of the currently employed plant material cryopreservation protocols. Additionally, the influence of other factors determining the stability of vitrified material is studied, such as glass aging. An experimental research work has been carried out on the use of cryo-SEM as a tool for visualizing the glassy state in cells and tissues, submitted to cryopreservation processes. It has been compared with the better known differential scanning calorimetry technique, and results in good agreement and complementary have been obtained. The effect on plant tissues of adaptation to low temperature and of the dehydration induced by the different treatments used in the protocols was explored also by these techniques. This study allows observation of the system biophysical evolution in the cryopreservation process. Lastly, the potential use of an additional chitosan film over the alginate beads used in encapsulation protocols was examined. No significant changes could be observed in its dehydration and calorimetric behavior, as well as in its surface aspect; its application for conferring additional properties to gel beads is promising.

Physical characterization of growing media using standard methods (CEN)- Limitations of Applicability for pine bark and vermiculite

CEN standards have helped to harmonize analytical methods for substrate analysis.Though, for special substrates or constituents the applicability might be Iimited. In this paper a comparative study of implementation of CEN standards to samples of pine bark and vermiculite has been carried out. For composted pine bark, an elongation of the equilibrium period up to 72 instead of 48 hours might increase the accuracy of determinations physical parameters according to EN 13041. For vermiculite, we suggest pycnometry as a feasible technique for the determination of particle density (PD), as the determination of organic matter (OM) as requested by EN 13041 for the calculation of the PD seems not to be applicable for this kind of material.

Descriptive study of production factors affecting performance traits in growing-finishing pgis in Spain.

The objective of this study was to build up a data set including productive performance and production factors data of growing-finishing (GF) pigs in Spain in order to perform a representative and reliable description of the traits of Spanish growing-finishing pig industry. Data from 764 batches from 452 farms belonging to nine companies (1,157,212 pigs) were collected between 2008 and 2010 through a survey including five parts: general, facilities, feeding, health status and performance. Most studied farms had only GF pigs on their facilities (94.7%), produced ‘industrial’ pigs (86.7%), had entire male and female (59.5%) and Pietrain-sired pigs (70.0%), housed between 13-20 pigs per pen (87.2%), had  50% of slatted floor (70%), single-space dry feeder (54.0%), nipple drinker (88.7%) and automatic ventilation systems (71.2%). A 75.0% of the farms used three feeding phases using mainly pelleted diets (91.0%), 61.3% performed three or more antibiotic treatments and 36.5% obtained water from the public supply. Continuous variables studied had the following average values: number of pigs placed per batch, 1,515 pigs; initial and final body weight, 19.0 and 108 kg; length of GF period, 136 days; culling rate, 1.4%; barn occupation, 99.7%; feed intake per pig and fattening cycle, 244 kg; daily gain, 0.657 kg; feed conversion ratio, 2.77 kg kg-1 and mortality rate, 4.3%. Data reflecting the practical situation of the Spanish growing and finishing pig production and it may contribute to develop new strategies in order to improve the productive and economic efficiency of GF pig units.

Respuesta fisiológica y agronómica del olivar en seto (cv. Arbequina) a la orientación de filas y al ancho de calle: relación entre la producción y calidad del aceite y la radiación interceptada

En las últimas dos décadas, los productores han plantado olivares en seto para lograr la mecanización de la poda y en especial de la cosecha, reducir los costes de mano de obra y permitir intervenciones de manejo rápidas y oportunas. Los olivares se desarrollaron en ausencia del conocimiento científico, sobre el diseño óptimo de la estructura de la copa, necesario para incrementar la producción y calidad del aceite. En contraste, con los árboles muy espaciados y distribuidos uniformemente de las plantaciones tradicionales, en el olivar en seto hay una marcada variabilidad espacial y temporal de la radiación disponible en función del diseño de la plantación. Así, conocer la respuesta fisiológica y productiva del olivo a la radiación resulta fundamental en el olivar en seto. La orientación de las filas y el ancho de calle son aspectos que se deciden en el diseño de las plantaciones en seto. Ambos aspectos modifican la radiación interceptada por la canopia y, por lo tanto, pueden incidir en la productividad y calidad del aceite. Una vez realizada la plantación no pueden ser modificados, y así las ventajas o desventajas permanecerán fijas durante toda la vida productiva del olivar. A pesar de esto, el impacto de la orientación de las filas y el ancho de calle han recibido poca atención en olivos y en la mayoría de los frutales conducidos en seto. Por todo ello, los objetivos principales de esta tesis fueron, (i) evaluar el efecto de la orientación del seto y del ancho de calle, sobre la productividad y calidad del aceite, (ii) evaluar un modelo que estime la radiación dentro de la canopia. Este modelo permitirá cuantificar las relaciones entre la radiación y los componentes del rendimiento y calidad del aceite de olivares en setos con un amplio rango de estructuras y (iii) conocer la variabilidad en las características de las hojas (morfológicas y fisiológicas) y de los tejidos del fruto (tamaño y composición) en diferentes posiciones de la copa de los setos. Para ello, se dispuso de 3 ensayos de olivar en seto (cv. Arbequina) implantados en 2008 en el municipio de La Puebla de Montalbán, Toledo. La primera cosecha fue en 2010 y a partir del 2012 los setos formaron una copa continua. A partir de ese año, los setos se mantuvieron mediante poda, con similar ancho (~1 m) y altura (~2,5 m), acordes a las dimensiones de la cosechadora vendimiadora. En los años 2012 y 2013 se estudió en profundidad la respuesta de las plantas de estos ensayos. En el ensayo 1, los setos fueron plantados con cuatro orientaciones de filas: N–S, NE–SO, NO–SE y E–O y el mismo ancho de calle (4 m). En los otros dos ensayos, los setos fueron plantados con tres anchos de calle (5,0, 4,0 y 2,5 m), y con filas orientadas N–S (ensayo 2) y E–O (ensayo 3). La respuesta de la orientación de las filas se evaluó a nivel de seto y de estratos del seto (alturas y caras), a través de mediciones del crecimiento de brotes, componentes reproductivos, características y temperatura del fruto, estado hídrico del suelo y de las plantas, fotosíntesis neta de las hojas y contenido de ácidos grasos. Los setos orientados NE–SO (2,7 t/ha) lograron la mayor producción de aceite, que fue significativamente más alta que la de los setos E–O (2,3 t/ha). La producción de aceite de los setos E–O no se diferenció estadísticamente de los setos N–S (2,5 t/ha). Las diferencias productivas entre orientaciones fueron explicadas por el número de frutos en cosecha, a su vez la variación en el número de frutos estuvo asociada al efecto de la orientación de las filas sobre el número de yemas desarrolladas y el porcentaje de inflorescencias fértiles. Las hojas en las caras iluminadas de los setos NE–SO y N–S presentaron mayor tasa fotosintética a la mañana (~10.0 h) que los setos E–O, en el año 2012, pero no en 2013. La orientación de las filas no tuvo un efecto significativo en el contenido de ácidos grasos de los aceites extraídos, esto ocurrió a pesar de variaciones en la temperatura interna de los frutos (3 °C) y de la radiación (40%) entre las distintas caras de los setos. La orientación del seto afectó significativamente al contenido relativo de agua del suelo, donde setos E–O presentaron valores más altos (12%) que setos N–S durante el verano y otoño. Sin embargo, el potencial hídrico de tallo fue similar entre orientaciones. En los ensayos 2 y 3, se evaluó el efecto que produce, a nivel de seto y de estratos (caras y alturas), reducir el ancho de calle de 5,0 a 4,0 y 2,5 m, en un seto orientado N–S y otro E–O, respectivamente. La relación entre altura/ancho de calle libre aumentó 0,6 a 0,8 y 1,6, al reducir 5,0, 4,0 y 2,5 m el ancho de calle, mientras la longitud de seto y el volumen de copa por hectárea incrementó 100% al reducir de 5,0 a 2,5 m, el ancho de calle. En los setos orientados N–S, la producción de aceite por ha acumulada en 4 campañas, incrementó significativamente un 52 %, al reducir de 5,0 a 2,5 m el ancho de calle. Los setos N–S con calle más estrecha (2,5 m) tuvieron un 19% menos frutos que los setos con calle más ancha (5,0 m) y a su vez el 60% de los mismos se localizaron los estratos altos de la canopia de los setos con calles estrecha en comparación al 40% en setos con calle de 5,0 m. En los estratos más bajos de los setos con calles de 2,5m hubo menor crecimiento de los brotes y los frutos tuvieron menor peso seco, contenido de aceite y madurez, que los frutos en los estratos bajos de los setos a 5,0 m. Los componentes del rendimiento y características de los frutos (agua y madurez) fueron similares entre la caras E y O, independientemente del ancho de calle. En los setos orientados E–O, la producción de aceite por ha acumulada en 4 campañas, no respondió significativamente al ancho de calle, debido a una disminución significativa en el número de frutos y producción de aceite por m de seto, al reducir de 5,0 a 2,5 m, el ancho de calle. En los setos orientados E–O, con calles de 5,0 m, los frutos presentaron similar peso seco, contenido de aceite y agua, en las caras S y N, sin embargo, cuando la calle fue reducida a 2,5, los frutos de la cara S fueron más pesado y maduros que en la cara N. Independientemente del ancho de calle y de la orientación del seto, el aceite presentó mayor contenido de ácidos palmitoleico, palmítico, esteárico y linoleico en los frutos del estrato más alto de la canopia disminuyendo hacia la base. En contraste, el contenido de ácido oleico aumentó desde el estrato más alto hacia la base de los setos. Las diferencias en el contenido de ácidos grasos entre la parte alta y baja de los setos, incrementó al reducir el ancho de calle en los setos N–S, pero no en los E-O. En conclusión, en olivares en seto, reducir el ancho de calle permite incrementar la producción de aceite, en setos orientados N–S, pero no en E–O. Un modelo que estima la cantidad y distribución de la radiación en toda la copa del seto, fue utilizado para estimar la radiación interceptada en distintos estratos del seto. El modelo requiere un valor del coeficiente de extinción (k) para estimar la transmisión de radiación a través de la copa, el cual fue obtenido experimentalmente (k=1,2). Utilizando los datos del ensayo 1, un único modelo lineal relacionó el peso seco y el rendimiento graso de setos con la radiación interceptada por los distintos estratos de setos con cuatro orientaciones de filas. La densidad de frutos fue también relacionada con la radiación, pero más débilmente. En los setos orientados N–S, plantados con tres anchos de calles, (ensayo 2) el contenido de ácidos palmitoleico y linoleico del aceite incrementó linealmente con el incremento de la radiación interceptada, mientras el contenido ácido oleico disminuyó linealmente con el incremento de la radiación. El contenido de ácidos grasos del aceite no estuvo relacionado con la radiación interceptada en setos orientados E–O (Ensayo 3). En los setos N–S y E–O, plantados con anchos de calle de 2,5 m, se estudiaron las interacciones entre la radiación y características de las hojas, número de fruto, tamaño y composición de los frutos a nivel de órgano, tejido y células. Independientemente de la orientación del seto, el área y el contenido de clorofila de las hojas incrementaron significativamente en los estratos más bajos de los setos. Mientras, las hojas de los estratos medios del seto presentaron mayor capacidad fotosintética que en los estratos bajos y alto de los setos. Los estratos del seto que interceptaron más radiación produjeron frutos con mayor tamaño y contenido de aceite en el mesocarpo, sin efectos sobre el tamaño y composición del endocarpo. A nivel celular, los frutos expuestos a mayor nivel de radiación desarrollaron en el mesocarpo células de mayor tamaño en comparación a frutos menos expuestos, mientras el número de células no fue afectado. Adicionalmente, el número y tamaño de las células estuvo relacionado con la composición del mesocarpo en términos de aceite, agua y peso seco menos aceite. Esta tesis, contribuye, desde una perspectiva integral del cultivo del olivo, a cuantificar el impacto de la orientación y ancho de calle sobre la producción y calidad del aceite en olivares conducidos en setos. El análisis y discusión de la relación entre la radiación y los componentes del rendimiento y calidad del aceite, puede ayudar a diseñar plantaciones en seto con dimensiones óptimas para la intercepción de la radiación. ABSTRACT In the last two decades, olive hedgerow system has been established by commercial growers to allow continuous mechanized pruning and especially harvest, reduce costs of manual labour and allow more rapid and timely management interventions. The adoption of hedgerow was done in the absence of adequate scientific knowledge of the impact of this orchard structure and associated mechanization on tree response, yield and quality, after centuries in low-density orchards and open-formed trees. The row orientation and width alley are fundamental aspects in the hedgerow design and have been scarcely studied in olive. Both aspects modify the radiation intercepted by the canopy, and consequently the productivity and oil quality, and once defined in orchard planting cannot be changed, so advantages and disadvantages remain fixed for the lifespan of the orchard. The main objectives of this thesis were to (i) evaluate the impact of the row orientation and width alley on productivity and oil quality by the measurements of profile of the determining processes of shoot growth, fruit temperature, yield components and fruit and oil characteristics on opposite sides of olive hedgerows. Additionally, the effect of row orientation on the plant water status was also evaluated; (ii) evaluate a mathematical model for estimating the radiation within the canopy and quantify the relationships between the radiation estimated and yield components and oil quality in olive hedgerows under wide range of structures and; (iii) determine the variability in the characteristics of the leaves (morphological and physiological) and fruit tissues (size and composition) in different positions of the hedgerows canopy. Three plots of olive hedgerows (cv. Arbequina) planted in 2008 in La Puebla de Montalbán, Toledo were evaluated during the 2012 and 2013 seasons. The hedgerows were maintained by lateral pruning and topping with the same width (1 m) and height (2.5 m) compatible with the intended harvester. In a plot (experiment 1), the hedgerows were planted with the same width alley (4 m) and four row orientations: N–S, NE–SW, NW–SE and E–W. Other two plots (Experiments 2 and 3) separated by approximately 100 m were planted with N–S and E–O oriented rows and three alley widths in each orientation: 5.0, 4.0 and 2.5 m. In the exp. 1, maximum fruit yield were achieved by NE–SW and NW–SW (15.7 t/ha). Of these, NE–SW achieved the highest oil yield (2.7 t/ha). There were no differences in fruit or oil yield between N–S (2.5 t oil/ha) and E–W (2.3 t oil/ha) orientations. Fruit number was the most important component to explain these differences, by previous influence on number of bud developed and percentage of fertile inflorescences. Fruit maturity and oil quality on both sides of the hedgerows were not affected by row orientation. This occurred despite significant variations in the internal fruit temperature, which was closely related to the irradiance received by the canopy and the time of day. Additionally, row orientation significantly affected the relative water content of the soil, where E–W oriented hedgerows showed consistently higher values than N–S during summer-autumn season. The stem water potential at midday, however, was similar between orientations, revealing possible lower water consumption of E–W than N–S oriented hedgerows. In the exp. 2, regardless of row orientation, reduction of row spacing from 5.0 to 4.0 and 2.5 m increases the ratio of canopy depth to free alley width (Al/An) from 0.6 to 0.8 and 1.6, respectively, and ads 25 and 100 % more hedgerow length per ha. In N–S oriented hedgerows, oil production per ha increased significantly by 14 and 52 % in 4.0 m and 2.5 m relative to 5.0 m row spacing, the effect being proportionally less than the increase in hedgerow length per ha. Hedgerows spaced 2.5 m with Al/An = 1.6 produced relatively fewer fruits per unit length than did wider spacings and were preferentially distributed in upper layers. Fruits located at the bottom of the canopy were smaller, with lower oil content and were less mature. In E–W oriented hedgerows, oil production per ha did not respond significantly to row spacing, despite the doubling of row length from the 5.0 to the 2.5 m row spacing. The explanation was found in fewer fruit per unit length of hedgerow and smaller oil content at 2.5 m than 5.0 m row spacing, averaged over the experimental period. In E–W hedgerows spaced at 5.0 m with Al/An = 0.6, the vertical profiles of fruit characteristics (mass, oil and water contents, and maturity) were similar between opposing sides, but at 4.0 m (Al/An= 0.8) and 2.5 m (Al/An=1.6) spacings, fruits on the S side were heavier and more mature than on N side. The oil extracted from fruits harvested at different heights of N–S and E–W oriented hedgerows showed higher palmitoleic, palmitic, stearic and linoleic contents at the canopy top decreasing toward base. The oleic content was reverse, increased from top to base. In N–S hedgerows, vertical gradients increased by reducing the alley width, but not in the E–W oriented hedgerows. The simulation of internal canopy irradiance was related in a single relationship (R2 = 0.63) to the vertical profiles of fruit weight and oil content of olive hedgerows with wide range of structures. The density of fruits was also associated with the irradiance but more weakly (R2 = 0.27), and revealed a more complex response involving changes in the vegetative structure by canopy management (topping) and the effect of radiation on the previous sequence that defines the number of fruits. The vertical profiles of oil quality traits were closely associated to canopy irradiance, but only when the N–S oriented hedgerows were considered. The contents of palmitoleic and linoleic acid in the oil increased linearly when intercepted irradiance increased from 9 to 19 mol PAR/m2. In contrast, oleic content decreased linearly in this irradiance range. Additionally, we advanced knowledge regarding the interactions among irradiance and leaf, fruit number, size and composition at organ-, tissue- and cellular- levels. The irradiance received at different positions in the canopy strongly affected the leaf area and chlorophyll content, and mesocarp size and composition (water and oil), without effects on endocarp size and composition. At the cellular level, light-exposed fruit developed larger mesocarp cells than shaded fruits, but cell number was not affected. Our results indicate that cell number and size are related to mesocarp composition in term of oil, water, and dry weight menus oil, although the specific manner in which they interact remains to be determined. This research contributes from an integral perspective of olive growing to quantify the impact of row orientation and width alley on productivity and oil quality in hedgerows systems. The analysis and discussion of the relationships between radiation and yield components and oil quality can help understand the impact of design olive hedgerows in general and in a wide range of environmental conditions.