Catálogo de recursos de información geográfica para proyectos de cooperación al desarrollo en la UPM:Infraestructura de Datos Espaciales (IDE) "Comunidades Rurales del Milenio"

El objetivo del proyecto es diseñar e implantar en un servidor de la ETSITGC una Infraestructura de Datos Espaciales (IDE) que proporcione un espacio único de acceso a información Geoespacial asociada al Proyecto de Cooperación al Desarrollo “Comunidades Rurales del Milenio”, de tal forma que los diferentes investigadores puedan acceder públicamente, compartiendo recursos de información geográfica y técnica asociados al Programa. Esta IDE conforme a las especificaciones del OGC será creada exclusivamente mediante herramientas “open source”, con capacidad de ser actualizada y ampliada posteriormente sin necesidad de disponer de ningún software “propietario”. Asimismo, se incorpora una un amplio volumen de recursos de información de Nicaragua como avance del banco de datos asociado al Proyecto, metadatados según la norma actual ISO 19115 (Perfil NEM v1.1).

Linked Data at the Spanish National Library and the application of IFLA RDFS models

The Spanish National Library (Biblioteca Nacional de España1. BNE) and the Ontology Engineering Group2 of Universidad Politécnica de Madrid are working on the joint project ?Preliminary Study of Linked Data?, whose aim is to enrich the Web of Data with the BNE authority and bibliographic records. To this end, they are transforming the BNE information to RDF following the Linked Data principles3 proposed by Tim Berners Lee.

Análisis bibliométrico de las publicaciones científicas colombianas en la categoría Engineering, Multidisciplinary en la base de datos del Web of Science (1997-2009)

El trabajo ha caracterizado el área de Engineering, Multidisciplinary en Colombia, revisándose a nivel institucional a través de la base de datos Web of Science, los trabajos realizados por investigadores en universidades colombianas, y publicados en revistas internacionales con factor de impacto entre 1997 y 2009. En el contexto de América Latina se han publicado 2, 195 trabajos del tipo artículo o revisión en 83 revistas, y a nivel de Colombia se han encontrado 419 artículos publicados en 23 revistas. También se han analizado las Universidades mediante indicadores bibliométricos (Factor de Impacto Ponderado y Relativo y el número medio de citas por documento), encontrándose toda la producción científica localizada en 37 Universidades y destacando la Universidad Nacional de Colombia por el número de documentos, la Universidad Pontificia Bolivariana por la ratio citas frente a documentos, y la Universidad Pedagógica y Tecnológica de Colombia por el Factor de Impacto.

Análisis bibliométrico de las publicaciones científicas mexicanas en la categoría de Engineering, Chemical en la base de datos del Web of Science (1997-2008)

El proposito del trabajo ha sido caracterizar el área de Ingeniería Química en México. Para ello, se ha revisado a nivel institucional, a través de la base de datos Web of Science (WoS), los trabajos sobre Ingeniería Química realizados por investigadores en Instituciones mexicanas y publicados en revistas internacionales con factor de impacto entre 1997 y 2008. Se ha partido del contexto de América Latina, donde se han publicado 6,183 trabajos del tipo artículo o revisión en 119 revistas, y a nivel de México se han encontrado 1,302 artículos publicados en 87 revistas la mayoría en inglés (96.08%), pero también en español (3.69%) y en francés (0.23%). Por otro lado, se han analizado las Universidades y Centros de Investigación desde el punto de vista cuantitativo y cualitativo mediante diversos indicadores bibliométricos como el Factor de Impacto Ponderado, el Factor de Impacto Relativo y la relación entre el número de citas y el número de documentos, encontrándose que de entre las cinco instituciones más productivas destaca el Instituto Mexicano del Petróleo por el número de documentos y la Universidad Nacional Autónoma de México por la relación citas frente a documentos, y por el Factor de Impacto Ponderado.

Análisis bibliométrico de las publicaciones científicas uruguayas en la categoría Engineering, Chemical en la base de datos Web of Science (1997-2008)

El prop´osito del trabajo ha sido caracterizar el ´area de Ingenier´ıa Qu´ımica en M´exico. Para ello, se ha revisado a nivel institucional, a trav´es de la base de datos Web of Science (WoS), los trabajos sobre Ingenier´ıa Qu´ımica realizados por investigadores en Instituciones mexicanas y publicados en revistas internacionales con factor de impacto entre 1997 y 2008. Se ha partido del contexto de Am´erica Latina, donde se han publicado 6,183 trabajos del tipo art´ıculo o revisi´on en 119 revistas, y a nivel de M´exico se han encontrado 1,302 art´ıculos publicados en 87 revistas la mayor´ıa en ingl´es (96.08%), pero tambi´en en espa˜nol (3.69%) y en franc´es (0.23%). Por otro lado, se han analizado las Universidades y Centros de Investigaci´on desde el punto de vista cuantitativo y cualitativo mediante diversos indicadores bibliom´etricos como el Factor de Impacto Ponderado, el Factor de Impacto Relativo y la relaci´on entre el n´umero de citas y el n´umero de documentos, encontr´andose que de entre las cinco instituciones m´as productivas destaca el Instituto Mexicano del Petr´oleo por el n´umero de documentos y la Universidad Nacional Aut´onoma de M´exico por la relaci´on citas frente a documentos, y por el Factor de Impacto Ponderado

e-MIR2: a public online inventory of medical informatics resources

Background. Over the last years, the number of available informatics resources in medicine has grown exponentially. While specific inventories of such resources have already begun to be developed for Bioinformatics (BI), comparable inventories are as yet not available for Medical Informatics (MI) field, so that locating and accessing them currently remains a hard and time-consuming task. Description. We have created a repository of MI resources from the scientific literature, providing free access to its contents through a web-based service. Relevant information describing the resources is automatically extracted from manuscripts published in top-ranked MI journals. We used a pattern matching approach to detect the resources? names and their main features. Detected resources are classified according to three different criteria: functionality, resource type and domain. To facilitate these tasks, we have built three different taxonomies by following a novel approach based on folksonomies and social tagging. We adopted the terminology most frequently used by MI researchers in their publications to create the concepts and hierarchical relationships belonging to the taxonomies. The classification algorithm identifies the categories associated to resources and annotates them accordingly. The database is then populated with this data after manual curation and validation. Conclusions. We have created an online repository of MI resources to assist researchers in locating and accessing the most suitable resources to perform specific tasks. The database contained 282 resources at the time of writing. We are continuing to expand the number of available resources by taking into account further publications as well as suggestions from users and resource developers.

Identifying the semantics of eligibility criteria of clinical trials based on relevant medical ontologies

An important objective of the INTEGRATE project1 is to build tools that support the efficient execution of post-genomic multi-centric clinical trials in breast cancer, which includes the automatic assessment of the eligibility of patients for available trials. The population suited to be enrolled in a trial is described by a set of free-text eligibility criteria that are both syntactically and semantically complex. At the same time, the assessment of the eligibility of a patient for a trial requires the (machineprocessable) understanding of the semantics of the eligibility criteria in order to further evaluate if the patient data available for example in the hospital EHR satisfies these criteria. This paper presents an analysis of the semantics of the clinical trial eligibility criteria based on relevant medical ontologies in the clinical research domain: SNOMED-CT, LOINC, MedDRA. We detect subsets of these widely-adopted ontologies that characterize the semantics of the eligibility criteria of trials in various clinical domains and compare these sets. Next, we evaluate the occurrence frequency of the concepts in the concrete case of breast cancer (which is our first application domain) in order to provide meaningful priorities for the task of binding/mapping these ontology concepts to the actual patient data. We further assess the effort required to extend our approach to new domains in terms of additional semantic mappings that need to be developed.

Datos enlazados en la Biblioteca Nacional de España

Datos enlazados en la Biblioteca Nacional de España

Aplicación de tecnologías de la web semántica para la catalogación de contenidos musicales

El siguiente artículo describe el proceso de aplicación de tecnologías de la Web semántica para el enriquecimiento de una biblioteca de contenidos musicales, en el contexto del proyecto Semusici. El propósito del proyecto Semusici es investigar como las tecnologías de la Web semántica pueden ser aplicadas a bibliotecas digitales y como esto puede mejorar la búsqueda y la accesibilidad. Este proyecto parte de los resultados del proyecto de eContent Harmos, que definía una taxonomía musical para la catalogación de clases magistrales, y propone una metodología para la conversión de esta taxonomía en una ontología y la migración de los contenidos de Harmos.

Documentación en Arqueología. Aplicaciones del Núcleo Español de Metadatos

RESUMEN Las aplicaciones de los Sistemas de Información Geográfica (SIG) a la Arqueología, u otra disciplina humanística no son una novedad. La evolución de los mismos hacia sistemas distribuidos e interoperables, y estructuras donde las políticas de uso, compartido y coordinado de los datos sí lo son, estando todos estos aspectos contemplados en la Infraestructura de Datos Espaciales. INSPIRE es el máximo exponente europeo en cuestiones de iniciativa y marco legal en estos aspectos. La metodología arqueológica recopila y genera gran cantidad de datos, y entre los atributos o características intrínsecas están la posición y el tiempo, aspectos que tradicionalmente explotan los SIG. Los datos se catalogan, organizan, mantienen, comparten y publican, y los potenciales consumidores comienzan a tenerlos disponibles. Toda esta información almacenada de forma tradicional en fichas y posteriormente en bases de datos relacionadas alfanuméricas pueden ser considerados «metadatos» en muchos casos por contener información útil para más usuarios en los procesos de descubrimiento, y explotación de los datos. Además estos datos también suelen ir acompañados de información sobre ellos mismos, que describe su especificaciones, calidad, etc. Cotidianamente usamos los metadatos: ficha bibliográfica del libro o especificaciones de un ordenador. Pudiéndose definir como: «información descriptiva sobre el contexto, calidad, condición y características de un recurso, dato u objeto que tiene la finalidad de facilitar su recuperación, identificación,evaluación, preservación y/o interoperabilidad». En España existe una iniciativa para estandarizar la descripción de los metadatos de los conjuntos de datos geoespaciales: Núcleo Español de Metadatos (NEM), los mismos contienen elementos para la descripción de las particularidades de los datos geográficos, que incluye todos los registros obligatorios de la Norma ISO19115 y del estudio de metadatos Dublin Core, tradicionalmente usado en contextos de Biblioteconomía. Conscientes de la necesidad de los metadatos, para optimizar la búsqueda y recuperación de los datos, se pretende formalizar la documentación de los datos arqueológicos a partir de la utilización del NEM, consiguiendo así la interoperabilidad de la información arqueológica. SUMMARY The application of Geographical Information Systems (GIS) to Archaeology and other social sciences is not new. Their evolution towards inter-operating, distributed systems, and structures in which policies for shared and coordinated data use are, and all these aspects are included in the Spatial Data Infrastructure (SDI). INSPIRE is the main European exponent in matters related to initiative and legal frame. Archaeological methodology gathers and creates a great amount of data, and position and time, aspects traditionally exploited by GIS, are among the attributes or intrinsic characteristics. Data are catalogued, organised, maintained, shared and published, and potential consumers begin to have them at their disposal. All this information, traditionally stored as cards and later in relational alphanumeric databases may be considered «metadata» in many cases, as they contain information that is useful for more users in the processes of discovery and exploitation of data. Moreover, this data are often accompanied by information about themselves, describing its especifications, quality, etc. We use metadata very often: in a book’s bibliographical card, or in the description of the characteristics of a computer. They may be defined as «descriptive information regarding the context, quality, condition and characteristics of a resource, data or object with the purpose of facilitating is recuperation, identification, evaluation, preservation and / interoperability.» There is an initiative in Spain to standardise the description of metadata in sets of geo-spatial data: the Núcleo Español de Metadatos (Spanish Metadata Nucleus), which contains elements for the description of the particular characteristics of geographical data, includes all the obligatory registers from the ISO Norm 19115 and from the metadata study Dublin Core, traditionally used in library management. Being aware of the need of metadata, to optimise the search and retrieval of data, the objective is to formalise the documentation of archaeological data from the Núcleo Español de Metadatos (Spanish Metadata Nucleus), thus obtaining the interoperability of the archaeological information.

Una aproximación a la integración en Open Data de los recursos INSPIRE de la IDEE.

Este trabajo, «Una aproximación a Ia integración en Open Data de los recursos Inspire de Ia IDEE », tiene por objetivo el construir un puente entre las Infraestructuras de Datos Espaciales (IDE) y el mundo de los «datos abiertos » aprovechando el marco legal de la Reutilización de la Información del Sector Público (RISP). Tras analizar qué es RISP y en particular los datos abiertos, y cómo se implementa en distintas Administraciones, se estudian los requisitos técnicos y legales necesarios para construir el «traductor» que permita canalizar la información IDE en el portal central de reutilización de información español datos.gob.es, dando una mayor visibilidad a los recursos INSPIRE. El trabajo se centra específicamente en dos puntos: en primer lugar en proporcionar y documentar la solución técnica que sirva en primera instancia para que el Instituto Geográfico Nacional aporte con más eficiencia sus recursos a datos.gob.es. En segundo lugar, a estudiar la aplicabilidad de esta misma solución al ámbito de la IDE de España (IDEE), señalando problemas detectados en el análisis de su contenido y sugiriendo recomendaciones para minimizar los problemas de su potencial reutilización. ABSTRACT: This work titled «Analysis of the integration of INSPIRE resources coming from Spanish Spatial Data Infrastructure within the National Public Sector Information portal», aims to build a bridge between the Spatial Data Infrastructures (SDI ) and the world of "Open Data" taking advantage of the legal framework on the Re-use of Public Sector Information (PSI) . After analyzing what PSI reuse and Open Data is and how it is implemented by different administrations, a study to extract the technical and legal requirements is done to build the "translator" that will allow adding SDI resources within the Spanish portal for the PSI reuse data .gob.es while giving greater visibility to INSPIRE. This document specifically focuses on two aspects: first to provide and document the technical solution that serves primarily for the National Geographic Institute to supply more efficiently its resources to datos.gob.es. Secondly, to study the applicability of the proposed solution to the whole Spanish SDI (IDEE), noting identified problems and suggesting recommendations to minimize problems of its potential reuse.

Structuring research methods and data with the research object model: genomics workflows as a case study

Background: One of the main challenges for biomedical research lies in the computer-assisted integrative study of large and increasingly complex combinations of data in order to understand molecular mechanisms. The preservation of the materials and methods of such computational experiments with clear annotations is essential for understanding an experiment, and this is increasingly recognized in the bioinformatics community. Our assumption is that offering means of digital, structured aggregation and annotation of the objects of an experiment will provide necessary meta-data for a scientist to understand and recreate the results of an experiment. To support this we explored a model for the semantic description of a workflow-centric Research Object (RO), where an RO is defined as a resource that aggregates other resources, e.g., datasets, software, spreadsheets, text, etc. We applied this model to a case study where we analysed human metabolite variation by workflows. Results: We present the application of the workflow-centric RO model for our bioinformatics case study. Three workflows were produced following recently defined Best Practices for workflow design. By modelling the experiment as an RO, we were able to automatically query the experiment and answer questions such as “which particular data was input to a particular workflow to test a particular hypothesis?”, and “which particular conclusions were drawn from a particular workflow?”. Conclusions: Applying a workflow-centric RO model to aggregate and annotate the resources used in a bioinformatics experiment, allowed us to retrieve the conclusions of the experiment in the context of the driving hypothesis, the executed workflows and their input data. The RO model is an extendable reference model that can be used by other systems as well.

Repertorios bibliográficos (XVII) Ensayo de una bibliográfia comentada de manuales de artes, ciencias, oficios, costumbres públicas y privadas de España (Siglos XVI al XIX)

Estudio del “Ensayo de una bibliografía comentada de manuales …” realizado por Vicente Castañeda y publicado en el año 1955 por la Real Academia de la Historia. El ensayo recoge las obras que coleccionaba el autor de libros de divulgación, tratados y manuales de todo tipo sobre conocimientos populares en materia científica, artística, costumbres, diversiones y oficios manuales que se publicaban en 8º principalmente.

Archivos de arquitectura “en abierto”

Pretendemos compartir la experiencia de dos instituciones que han difundido “en abierto” el fruto de sus trabajos: el COAM con la plataforma Guía de Arquitectura de Madrid y la Biblioteca de la ETSAM con la colección Archivo de Arquitectura. Aunque surgieron independientemente, resultan complementarias y podrían ser el origen de un proyecto de colaboración más ambicioso entre estos centros y otros interesados en los archivos de arquitectura. Este material es fuente primaria para el estudio de la disciplina, resulta imprescindible para intervenir en el patrimonio arquitectónico y guarda buena parte de la memoria de nuestro entorno. Como pensamos que su divulgación es necesaria, proponemos crear una plataforma digital que de acceso en abierto a esta documentación mediante la recolección de metadatos, de modo que sea posible llegar hasta el documento digitalizado. Así se pondrían estos archivos al alcance de todos: especialistas, comunidad universitaria y público en general.