Patrol team language identification system for DARPA RATS P1 evaluation

This paper describes the language identification (LID) system developed by the Patrol team for the first phase of the DARPA RATS (Robust Automatic Transcription of Speech) program, which seeks to advance state of the art detection capabilities on audio from highly degraded communication channels. We show that techniques originally developed for LID on telephone speech (e.g., for the NIST language recognition evaluations) remain effective on the noisy RATS data, provided that careful consideration is applied when designing the training and development sets. In addition, we show significant improvements from the use of Wiener filtering, neural network based and language dependent i-vector modeling, and fusion.

Systems and technologies for objective evaluation of technical skills in laparoscopic surgery

Minimally invasive surgery is a highly demanding surgical approach regarding technical requirements for the surgeon, who must be trained in order to perform a safe surgical intervention. Traditional surgical education in minimally invasive surgery is commonly based on subjective criteria to quantify and evaluate surgical abilities, which could be potentially unsafe for the patient. Authors, surgeons and associations are increasingly demanding the development of more objective assessment tools that can accredit surgeons as technically competent. This paper describes the state of the art in objective assessment methods of surgical skills. It gives an overview on assessment systems based on structured checklists and rating scales, surgical simulators, and instrument motion analysis. As a future work, an objective and automatic assessment method of surgical skills should be standardized as a means towards proficiency-based curricula for training in laparoscopic surgery and its certification.

Multidimensional, multislaces, and multiscale MRI for quality evaluation in food.

InsideFood explicitly aims at measuring food microstructure, the spatial distribution of food components within foods, with state of the art tomographic, spectroscopic and texture measurement techniques including X-ray micro-and nano CT, MRI,OCT, NMR, TRS and SRS, and acoustic emission. Nutritional quality (sugar and gluten free cereal products), sensory quality (texture of all foods) and safety (foreign material detection in cereal products) are considered. Online and inline techniques including NMR, MRI, TRS, SRS and X-ray imaging to visualise and monitor structure will be developed.

Integrated studies for the evaluation of conservation treatments on stone material from archaeological sites. Application to the case of Mérida (Spain)

In recent decades archaeological sites have been subject of many interventions. The application of conservation treatments, such us consolidation and protection ones by means of using, for instance, synthetic resins or organosilicic compounds, has been demonstrated inadequate in many cases, and even harmful for the heritage materials [1]. Evaluation studies should be a mandatory task, ideally before and after the intervention, but both tasks are complex and unusual in the case of archaeological heritage. Moreover, there is a general lack of knowledge in the mid and long term effects of these treatments, and how to act when these have resulted in deterioration of the original material. Remains of Roman Augusta Emerita, located in Merida (Spain), have gone through many interventions since the first archaeological campaign, in 1910. Some of them have demonstrated already to be harmful [2], others, more recent, must be evaluated in order to determine its effectiveness and durability, considering that many of these treatments are currently still applied. For this purpose a range of parameters has been measured such as color, surface hardness and roughness, mechanical or hydric properties, porosity, etc. on the original material (granite, marble and mortars mainly), and then the transformations of those same parameters analyzed after treatment, both in situ, in places where a intervention is documented, and in the laboratory, in samples. The study is being conducted both in the laboratory (Petrophysics Laboratory within IGEO) and in situ, on selected archaeological sites of Mérida (Theater and House of Mitreo). The comparison of results in untreated and treated areas of the site, and in treated-untreated samples, allows the distinction of variables that affect the interaction between products and stone material, issues such us effectiveness and durability of treatment and its validation or dismissal.

Application of NMR techniques for the evaluation of fruit internal quality and physical properties of food

Los alimentos son sistemas complejos, formados por diversas estructuras a diferentes escalas: macroscópica y microscópica. Muchas propiedades de los alimentos, que son importantes para su procesamiento, calidad y tratamiento postcosecha, están relacionados con su microestructura. La presente tesis doctoral propone una metodología completa para la determinación de la estructura de alimentos desde un punto de vista multi-escala, basándose en métodos de Resonancia Magnética Nuclear (NMR). Las técnicas de NMR son no invasivas y no destructivas y permiten el estudio tanto de macro- como de microestructura. Se han utilizado distintos procedimientos de NMR dependiendo del nivel que se desea estudiar. Para el nivel macroestructural, la Imagen de Resonancia Magnética (MRI) ha resultado ser muy útil para la caracterización de alimentos. Para el estudio microestructural, la MRI requiere altos tiempos de adquisición, lo que hace muy difícil la transferencia de esta técnica a aplicaciones en industria. Por tanto, la optimización de procedimientos de NMR basados en secuencias relaxometría 2D T1/T2 ha resultado ser una estrategia primordial en esta tesis. Estos protocolos de NMR se han implementado satisfactoriamente por primera vez en alto campo magnético. Se ha caracterizado la microestructura de productos alimentarios enteros por primera vez utilizando este tipo de protocolos. Como muestras, se han utilizado dos tipos de productos: modelos de alimentos y alimentos reales (manzanas). Además, como primer paso para su posterior implementación en la industria agroalimentaria, se ha mejorado una línea transportadora, especialmente diseñada para trabajar bajo condiciones de NMR en trabajos anteriores del grupo LPF-TAGRALIA. Se han estudiado y seleccionado las secuencias más rápidas y óptimas para la detección de dos tipos de desórdenes internos en manzanas: vitrescencia y roturas internas. La corrección de las imágenes en movimiento se realiza en tiempo real. Asimismo, se han utilizado protocolos de visión artificial para la clasificación automática de manzanas potencialmente afectadas por vitrescencia. El presente documento está dividido en diferentes capítulos: el Capítulo 2 explica los antecedentes de la presente tesis y el marco del proyecto en el que se ha desarrollado. El Capítulo 3 recoge el estado del arte. El Capítulo 4 establece los objetivos de esta tesis doctoral. Los resultados se dividen en cinco sub-secciones (dentro del Capítulo 5) que corresponden con los trabajos publicados bien en revistas revisadas por pares, bien en congresos internacionales o bien como capítulos de libros revisados por pares. La Sección 5.1. es un estudio del desarrollo de la vitrescencia en manzanas mediante MRI y lo relaciona con la posición de la fruta dentro de la copa del árbol. La Sección 5.2 presenta un trabajo sobre macro- y microestructura en modelos de alimentos. La Sección 5.3 es un artículo en revisión en una revista revisada por pares, en el que se hace un estudio microestrcutural no destructivo mediante relaxometría 2D T1/T2. la Sección 5.4, hace una comparación entre manzanas afectadas por vitrescencia mediante dos técnicas: tomografía de rayos X e MRI, en manzana. Por último, en la Sección 5.5 se muestra un trabajo en el que se hace un estudio de secuencias de MRI en línea para la evaluación de calidad interna en manzanas. Los siguientes capítulos ofrecen una discusión y conclusiones (Capítulo 6 y 7 respectivamente) de todos los capítulos de esta tesis doctoral. Finalmente, se han añadido tres apéndices: el primero con una introducción de los principios básicos de resonancia magnética nuclear (NMR) y en los otros dos, se presentan sendos estudios sobre el efecto de las fibras en la rehidratación de cereales de desayuno extrusionados, mediante diversas técnicas. Ambos trabajos se presentaron en un congreso internacional. Los resultados más relevantes de la presente tesis doctoral, se pueden dividir en tres grandes bloques: resultados sobre macroestructura, resultados sobre microestructura y resultados sobre MRI en línea. Resultados sobre macroestructura: - La imagen de resonancia magnética (MRI) se aplicó satisfactoriamente para la caracterización de macroestructura. En particular, la reconstrucción 3D de imágenes de resonancia magnética permitió identificar y caracterizar dos tipos distintos de vitrescencia en manzanas: central y radial, que se caracterizan por el porcentaje de daño y la conectividad (número de Euler). - La MRI proveía un mejor contraste para manzanas afectadas por vitrescencia que las imágenes de tomografía de rayos X (X-Ray CT), como se pudo verificar en muestras idénticas de manzana. Además, el tiempo de adquisición de la tomografía de rayos X fue alrededor de 12 veces mayor (25 minutos) que la adquisición de las imágenes de resonancia magnética (2 minutos 2 segundos). Resultados sobre microestructura: - Para el estudio de microestructura (nivel subcelular) se utilizaron con éxito secuencias de relaxometría 2D T1/T2. Estas secuencias se usaron por primera vez en alto campo y sobre piezas de alimento completo, convirtiéndose en una forma no destructiva de llevar a cabo estudios de microestructura. - El uso de MRI junto con relaxometría 2D T1/T2 permite realizar estudios multiescala en alimentos de forma no destructiva. Resultados sobre MRI en línea: - El uso de imagen de resonancia magnética en línea fue factible para la identificación de dos tipos de desórdenes internos en manzanas: vitrescencia y podredumbre interna. Las secuencias de imagen tipo FLASH resultaron adecuadas para la identificación en línea de vitrescencia en manzanas. Se realizó sin selección de corte, debido a que la vitrescencia puede desarrollarse en cualquier punto del volumen de la manzana. Se consiguió reducir el tiempo de adquisición, de modo que se llegaron a adquirir 1.3 frutos por segundos (758 ms por fruto). Las secuencias de imagen tipo UFLARE fueron adecuadas para la detección en línea de la podredumbre interna en manzanas. En este caso, se utilizó selección de corte, ya que se trata de un desorden que se suele localizar en la parte central del volumen de la manzana. Se consiguió reducir el tiempo de adquisicón hasta 0.67 frutos por segundo (1475 ms por fruto). En ambos casos (FLASH y UFLARE) fueron necesarios algoritmos para la corrección del movimiento de las imágenes en tiempo real. ABSTRACT Food is a complex system formed by several structures at different scales: macroscopic and microscopic. Many properties of foods that are relevant to process engineering or quality and postharvest treatments are related to their microstructure. This Ph.D Thesis proposes a complete methodology for food structure determination, in a multiscale way, based on the Nuclear Magnetic Resonance (NMR) phenomenon since NMR techniques are non-invasive and non-destructive, and allow both, macro- and micro-structure study. Different NMR procedures are used depending on the structure level under study. For the macrostructure level, Magnetic Resonance Imaging (MRI) revealed its usefulness for food characterization. For microstructure insight, MRI required high acquisition times, which is a hindrance for transference to industry applications. Therefore, optimization of NMR procedures based on T1/T2 relaxometry sequences was a key strategy in this Thesis. These NMR relaxometry protocols, are successfully implemented in high magnetic field. Microstructure of entire food products have been characterized for the first time using these protocols. Two different types of food products have been studied: food models and actual food (apples). Furthermore, as a first step for the food industry implementation, a grading line system, specially designed for working under NMR conditions in previous works of the LPF-TAGRALIA group, is improved. The study and selection of the most suitable rapid sequence to detect two different types of disorders in apples (watercore and internal breakdown) is performed and the real time image motion correction is applied. In addition, artificial vision protocols for the automatic classification of apples potentially affected by watercore are applied. This document is divided into seven different chapters: Chapter 2 explains the thesis background and the framework of the project in which it has been worked. Chapter 3 comprises the state of the art. Chapter 4 establishes de objectives of this Ph.D thesis. The results are divided into five different sections (in Chapter 5) that correspond to published peered reviewed works. Section 5.1 assesses the watercore development in apples with MRI and studies the effect of fruit location in the canopy. Section 5.2 is an MRI and 2D relaxometry study for macro- and microstructure assessment in food models. Section 5.3 is a non-destructive microstructural study using 2D T1/T2 relaxometry on watercore affected apples. Section 5.4 makes a comparison of X-ray CT and MRI on watercore disorder of different apple cultivars. Section 5.5, that is a study of online MRI sequences for the evaluation of apple internal quality. The subsequent chapters offer a general discussion and conclusions (Chapter 6 and Chapter 7 respectively) of all the works performed in the frame of this Ph.D thesis (two peer reviewed journals, one book chapter and one international congress).Finally, three appendices are included in which an introduction to NMR principles is offered and two published proceedings regarding the effect of fiber on the rehydration of extruded breakfast cereal are displayed. The most relevant results can be summarized into three sections: results on macrostructure, results on microstructure and results on on-line MRI. Results on macrostructure: - MRI was successfully used for macrostructure characterization. Indeed, 3D reconstruction of MRI in apples allows to identify two different types of watercore (radial and block), which are characterized by the percentage of damage and the connectivity (Euler number). - MRI provides better contrast for watercore than X-Ray CT as verified on identical samples. Furthermore, X-Ray CT images acquisition time was around 12 times higher (25 minutes) than MRI acquisition time (2 minutes 2 seconds). Results on microstructure: - 2D T1/T2 relaxometry were successfully applied for microstructure (subcellular level) characterization. 2D T1/T2 relaxometry sequences have been applied for the first time on high field for entire food pieces, being a non-destructive way to achieve microstructure study. - The use of MRI together with 2D T1/T2 relaxometry sequences allows a non-destructive multiscale study of food. Results on on-line MRI: - The use of on-line MRI was successful for the identification of two different internal disorders in apples: watercore and internal breakdown. FLASH imaging was a suitable technique for the on-line detection of watercore disorder in apples, with no slice selection, since watercore is a physiological disorder that may be developed anywhere in the apple volume. 1.3 fruits were imaged per second (768 ms per fruit). UFLARE imaging is a suitable sequence for the on-line detection of internal breakdown disorder in apples. Slice selection was used, as internal breakdown is usually located in the central slice of the apple volume. 0.67 fruits were imaged per second (1475 ms per fruit). In both cases (FLASH and UFLARE) motion correction was performed in real time, during the acquisition of the images.

Ontology Evaluation: a pitfall-based approach to ontology diagnosis

La evaluación de ontologías, incluyendo diagnóstico y reparación de las mismas, es una compleja actividad que debe llevarse a cabo en cualquier proyecto de desarrollo ontológico para comprobar la calidad técnica de las ontologías. Sin embargo, existe una gran brecha entre los enfoques metodológicos sobre la evaluación de ontologías y las herramientas que le dan soporte. En particular, no existen enfoques que proporcionen guías concretas sobre cómo diagnosticar y, en consecuencia, reparar ontologías. Esta tesis pretende avanzar en el área de la evaluación de ontologías, concretamente en la actividad de diagnóstico. Los principales objetivos de esta tesis son (a) ayudar a los desarrolladores en el diagnóstico de ontologías para encontrar errores comunes y (b) facilitar dicho diagnóstico reduciendo el esfuerzo empleado proporcionando el soporte tecnológico adecuado. Esta tesis presenta las siguientes contribuciones: • Catálogo de 41 errores comunes que los ingenieros ontológicos pueden cometer durante el desarrollo de ontologías. • Modelo de calidad para el diagnóstico de ontologías alineando el catálogo de errores comunes con modelos de calidad existentes. • Diseño e implementación de 48 métodos para detectar 33 de los 41 errores comunes en el catálogo. • Soporte tecnológico OOPS!, que permite el diagnstico de ontologías de forma (semi)automática. De acuerdo con los comentarios recibidos y los resultados de los test de satisfacción realizados, se puede afirmar que el enfoque desarrollado y presentado en esta tesis ayuda de forma efectiva a los usuarios a mejorar la calidad de sus ontologías. OOPS! ha sido ampliamente aceptado por un gran número de usuarios de formal global y ha sido utilizado alrededor de 3000 veces desde 60 países diferentes. OOPS! se ha integrado en software desarrollado por terceros y ha sido instalado en empresas para ser utilizado tanto durante el desarrollo de ontologías como en actividades de formación. Abstract Ontology evaluation, which includes ontology diagnosis and repair, is a complex activity that should be carried out in every ontology development project, because it checks for the technical quality of the ontology. However, there is an important gap between the methodological work about ontology evaluation and the tools that support such an activity. More precisely, not many approaches provide clear guidance about how to diagnose ontologies and how to repair them accordingly. This thesis aims to advance the current state of the art of ontology evaluation, specifically in the ontology diagnosis activity. The main goals of this thesis are (a) to help ontology engineers to diagnose their ontologies in order to find common pitfalls and (b) to lessen the effort required from them by providing the suitable technological support. This thesis presents the following main contributions: • A catalogue that describes 41 pitfalls that ontology developers might include in their ontologies. • A quality model for ontology diagnose that aligns the pitfall catalogue to existing quality models for semantic technologies. • The design and implementation of 48 methods for detecting 33 out of the 41 pitfalls defined in the catalogue. • A system called OOPS! (OntOlogy Pitfall Scanner!) that allows ontology engineers to (semi)automatically diagnose their ontologies. According to the feedback gathered and satisfaction tests carried out, the approach developed and presented in this thesis effectively helps users to increase the quality of their ontologies. At the time of writing this thesis, OOPS! has been broadly accepted by a high number of users worldwide and has been used around 3000 times from 60 different countries. OOPS! is integrated with third-party software and is locally installed in private enterprises being used both for ontology development activities and training courses.