Desarrollo de un gestor de plantillas de mensajes HL7 para la carga de datos clínicos

El trabajo presentado a lo largo de este documento es el resultado del TFG1 realizado por Israel Suárez Santiago, alumno de la Escuela Técnica Superior de Ingenieros Informáticos (ETSIINF) de la Universidad Politécnica de Madrid (UPM). Dicho trabajo tiene como finalidad proporcionar una herramienta que, basada en estándares previamente estudiados, permita la fácil creación y gestión de plantillas de mensajes HL7v32 a las que posteriormente se le añadirán datos clínicos que serán insertados en una base de datos para su fácil acceso y consulta. La herramienta desarrollada únicamente facilita una serie de opciones para la creación de la plantilla en sí, que servirá como base para la creación de mensajes HL7v3, es decir, no permite la inclusión de datos específicos en las plantillas generadas, que deberá hacerse con alguna herramienta externa o bien manualmente. Las plantillas generadas por la herramienta se basan principalmente en el estándar CDA3, que proporciona una amplia guía para la correcta generación de mensajes HL7v3. La herramienta garantiza que las plantillas resultantes estarán correctamente formadas, siendo acordes al estándar anteriormente citado y siendo, además, sintácticamente correctas, es decir, el documento .xml generado no contendrá errores. ---ABSTRACT---This document is the result of the TFG developed by Israel Suárez Santiago, student of Escuela Técnica Superior de Ingenieros Informáticos (ETSIINF) of the Universidad Politécnica de Madrid (UPM). This work aims to offer a tool based on standards that can facilitate and manage the creation of HL7v3 templates. Clinical data will be added to those templates in order to load them into a database and query them fast and easily. The tool only facilitates several options to create the template, that will be used to generate the HL7v3 messages, but it does not permit the inclusion of data on them. The inclusion of data will be done manually or using an external tool. The generated templates are based mainly on the CDA1 standard, that provides a widely guide to create HL7v32 messages. The tool guarantees that the resulting templates have been correctly generated, following the previous standard and with no errors in the .xml document generated.

Nanoinformatics approaches for information extraction and text mining in nanomedical research texts

La nanotecnología es un área de investigación de reciente creación que trata con la manipulación y el control de la materia con dimensiones comprendidas entre 1 y 100 nanómetros. A escala nanométrica, los materiales exhiben fenómenos físicos, químicos y biológicos singulares, muy distintos a los que manifiestan a escala convencional. En medicina, los compuestos miniaturizados a nanoescala y los materiales nanoestructurados ofrecen una mayor eficacia con respecto a las formulaciones químicas tradicionales, así como una mejora en la focalización del medicamento hacia la diana terapéutica, revelando así nuevas propiedades diagnósticas y terapéuticas. A su vez, la complejidad de la información a nivel nano es mucho mayor que en los niveles biológicos convencionales (desde el nivel de población hasta el nivel de célula) y, por tanto, cualquier flujo de trabajo en nanomedicina requiere, de forma inherente, estrategias de gestión de información avanzadas. Desafortunadamente, la informática biomédica todavía no ha proporcionado el marco de trabajo que permita lidiar con estos retos de la información a nivel nano, ni ha adaptado sus métodos y herramientas a este nuevo campo de investigación. En este contexto, la nueva área de la nanoinformática pretende detectar y establecer los vínculos existentes entre la medicina, la nanotecnología y la informática, fomentando así la aplicación de métodos computacionales para resolver las cuestiones y problemas que surgen con la información en la amplia intersección entre la biomedicina y la nanotecnología. Las observaciones expuestas previamente determinan el contexto de esta tesis doctoral, la cual se centra en analizar el dominio de la nanomedicina en profundidad, así como en el desarrollo de estrategias y herramientas para establecer correspondencias entre las distintas disciplinas, fuentes de datos, recursos computacionales y técnicas orientadas a la extracción de información y la minería de textos, con el objetivo final de hacer uso de los datos nanomédicos disponibles. El autor analiza, a través de casos reales, alguna de las tareas de investigación en nanomedicina que requieren o que pueden beneficiarse del uso de métodos y herramientas nanoinformáticas, ilustrando de esta forma los inconvenientes y limitaciones actuales de los enfoques de informática biomédica a la hora de tratar con datos pertenecientes al dominio nanomédico. Se discuten tres escenarios diferentes como ejemplos de actividades que los investigadores realizan mientras llevan a cabo su investigación, comparando los contextos biomédico y nanomédico: i) búsqueda en la Web de fuentes de datos y recursos computacionales que den soporte a su investigación; ii) búsqueda en la literatura científica de resultados experimentales y publicaciones relacionadas con su investigación; iii) búsqueda en registros de ensayos clínicos de resultados clínicos relacionados con su investigación. El desarrollo de estas actividades requiere el uso de herramientas y servicios informáticos, como exploradores Web, bases de datos de referencias bibliográficas indexando la literatura biomédica y registros online de ensayos clínicos, respectivamente. Para cada escenario, este documento proporciona un análisis detallado de los posibles obstáculos que pueden dificultar el desarrollo y el resultado de las diferentes tareas de investigación en cada uno de los dos campos citados (biomedicina y nanomedicina), poniendo especial énfasis en los retos existentes en la investigación nanomédica, campo en el que se han detectado las mayores dificultades. El autor ilustra cómo la aplicación de metodologías provenientes de la informática biomédica a estos escenarios resulta efectiva en el dominio biomédico, mientras que dichas metodologías presentan serias limitaciones cuando son aplicadas al contexto nanomédico. Para abordar dichas limitaciones, el autor propone un enfoque nanoinformático, original, diseñado específicamente para tratar con las características especiales que la información presenta a nivel nano. El enfoque consiste en un análisis en profundidad de la literatura científica y de los registros de ensayos clínicos disponibles para extraer información relevante sobre experimentos y resultados en nanomedicina —patrones textuales, vocabulario en común, descriptores de experimentos, parámetros de caracterización, etc.—, seguido del desarrollo de mecanismos para estructurar y analizar dicha información automáticamente. Este análisis concluye con la generación de un modelo de datos de referencia (gold standard) —un conjunto de datos de entrenamiento y de test anotados manualmente—, el cual ha sido aplicado a la clasificación de registros de ensayos clínicos, permitiendo distinguir automáticamente los estudios centrados en nanodrogas y nanodispositivos de aquellos enfocados a testear productos farmacéuticos tradicionales. El presente trabajo pretende proporcionar los métodos necesarios para organizar, depurar, filtrar y validar parte de los datos nanomédicos existentes en la actualidad a una escala adecuada para la toma de decisiones. Análisis similares para otras tareas de investigación en nanomedicina ayudarían a detectar qué recursos nanoinformáticos se requieren para cumplir los objetivos actuales en el área, así como a generar conjunto de datos de referencia, estructurados y densos en información, a partir de literatura y otros fuentes no estructuradas para poder aplicar nuevos algoritmos e inferir nueva información de valor para la investigación en nanomedicina. ABSTRACT Nanotechnology is a research area of recent development that deals with the manipulation and control of matter with dimensions ranging from 1 to 100 nanometers. At the nanoscale, materials exhibit singular physical, chemical and biological phenomena, very different from those manifested at the conventional scale. In medicine, nanosized compounds and nanostructured materials offer improved drug targeting and efficacy with respect to traditional formulations, and reveal novel diagnostic and therapeutic properties. Nevertheless, the complexity of information at the nano level is much higher than the complexity at the conventional biological levels (from populations to the cell). Thus, any nanomedical research workflow inherently demands advanced information management. Unfortunately, Biomedical Informatics (BMI) has not yet provided the necessary framework to deal with such information challenges, nor adapted its methods and tools to the new research field. In this context, the novel area of nanoinformatics aims to build new bridges between medicine, nanotechnology and informatics, allowing the application of computational methods to solve informational issues at the wide intersection between biomedicine and nanotechnology. The above observations determine the context of this doctoral dissertation, which is focused on analyzing the nanomedical domain in-depth, and developing nanoinformatics strategies and tools to map across disciplines, data sources, computational resources, and information extraction and text mining techniques, for leveraging available nanomedical data. The author analyzes, through real-life case studies, some research tasks in nanomedicine that would require or could benefit from the use of nanoinformatics methods and tools, illustrating present drawbacks and limitations of BMI approaches to deal with data belonging to the nanomedical domain. Three different scenarios, comparing both the biomedical and nanomedical contexts, are discussed as examples of activities that researchers would perform while conducting their research: i) searching over the Web for data sources and computational resources supporting their research; ii) searching the literature for experimental results and publications related to their research, and iii) searching clinical trial registries for clinical results related to their research. The development of these activities will depend on the use of informatics tools and services, such as web browsers, databases of citations and abstracts indexing the biomedical literature, and web-based clinical trial registries, respectively. For each scenario, this document provides a detailed analysis of the potential information barriers that could hamper the successful development of the different research tasks in both fields (biomedicine and nanomedicine), emphasizing the existing challenges for nanomedical research —where the major barriers have been found. The author illustrates how the application of BMI methodologies to these scenarios can be proven successful in the biomedical domain, whilst these methodologies present severe limitations when applied to the nanomedical context. To address such limitations, the author proposes an original nanoinformatics approach specifically designed to deal with the special characteristics of information at the nano level. This approach consists of an in-depth analysis of the scientific literature and available clinical trial registries to extract relevant information about experiments and results in nanomedicine —textual patterns, common vocabulary, experiment descriptors, characterization parameters, etc.—, followed by the development of mechanisms to automatically structure and analyze this information. This analysis resulted in the generation of a gold standard —a manually annotated training or reference set—, which was applied to the automatic classification of clinical trial summaries, distinguishing studies focused on nanodrugs and nanodevices from those aimed at testing traditional pharmaceuticals. The present work aims to provide the necessary methods for organizing, curating and validating existing nanomedical data on a scale suitable for decision-making. Similar analysis for different nanomedical research tasks would help to detect which nanoinformatics resources are required to meet current goals in the field, as well as to generate densely populated and machine-interpretable reference datasets from the literature and other unstructured sources for further testing novel algorithms and inferring new valuable information for nanomedicine.

Nuevos Esquemas de Visualizaciones para Mejorar la Comprensibilidad de Modelos de Data Mining

La gran cantidad de datos que se registran diariamente en los sistemas de base de datos de las organizaciones ha generado la necesidad de analizarla. Sin embargo, se enfrentan a la complejidad de procesar enormes volúmenes de datos a través de métodos tradicionales de análisis. Además, dentro de un contexto globalizado y competitivo las organizaciones se mantienen en la búsqueda constante de mejorar sus procesos, para lo cual requieren herramientas que les permitan tomar mejores decisiones. Esto implica estar mejor informado y conocer su historia digital para describir sus procesos y poder anticipar (predecir) eventos no previstos. Estos nuevos requerimientos de análisis de datos ha motivado el desarrollo creciente de proyectos de minería de datos. El proceso de minería de datos busca obtener desde un conjunto masivo de datos, modelos que permitan describir los datos o predecir nuevas instancias en el conjunto. Implica etapas de: preparación de los datos, procesamiento parcial o totalmente automatizado para identificar modelos en los datos, para luego obtener como salida patrones, relaciones o reglas. Esta salida debe significar un nuevo conocimiento para la organización, útil y comprensible para los usuarios finales, y que pueda ser integrado a los procesos para apoyar la toma de decisiones. Sin embargo, la mayor dificultad es justamente lograr que el analista de datos, que interviene en todo este proceso, pueda identificar modelos lo cual es una tarea compleja y muchas veces requiere de la experiencia, no sólo del analista de datos, sino que también del experto en el dominio del problema. Una forma de apoyar el análisis de datos, modelos y patrones es a través de su representación visual, utilizando las capacidades de percepción visual del ser humano, la cual puede detectar patrones con mayor facilidad. Bajo este enfoque, la visualización ha sido utilizada en minería datos, mayormente en el análisis descriptivo de los datos (entrada) y en la presentación de los patrones (salida), dejando limitado este paradigma para el análisis de modelos. El presente documento describe el desarrollo de la Tesis Doctoral denominada “Nuevos Esquemas de Visualizaciones para Mejorar la Comprensibilidad de Modelos de Data Mining”. Esta investigación busca aportar con un enfoque de visualización para apoyar la comprensión de modelos minería de datos, para esto propone la metáfora de modelos visualmente aumentados. ABSTRACT The large amount of data to be recorded daily in the systems database of organizations has generated the need to analyze it. However, faced with the complexity of processing huge volumes of data over traditional methods of analysis. Moreover, in a globalized and competitive environment organizations are kept constantly looking to improve their processes, which require tools that allow them to make better decisions. This involves being bettered informed and knows your digital story to describe its processes and to anticipate (predict) unanticipated events. These new requirements of data analysis, has led to the increasing development of data-mining projects. The data-mining process seeks to obtain from a massive data set, models to describe the data or predict new instances in the set. It involves steps of data preparation, partially or fully automated processing to identify patterns in the data, and then get output patterns, relationships or rules. This output must mean new knowledge for the organization, useful and understandable for end users, and can be integrated into the process to support decision-making. However, the biggest challenge is just getting the data analyst involved in this process, which can identify models is complex and often requires experience not only of the data analyst, but also the expert in the problem domain. One way to support the analysis of the data, models and patterns, is through its visual representation, i.e., using the capabilities of human visual perception, which can detect patterns easily in any context. Under this approach, the visualization has been used in data mining, mostly in exploratory data analysis (input) and the presentation of the patterns (output), leaving limited this paradigm for analyzing models. This document describes the development of the doctoral thesis entitled "New Visualizations Schemes to Improve Understandability of Data-Mining Models". This research aims to provide a visualization approach to support understanding of data mining models for this proposed metaphor visually enhanced models.