Genetic redundancy among durum wheat accessions as assessed with SSRs and endosperm proteins

Reducing duplication in ex-situ collections is complicated and requires good quality genetic markers. This study was conducted to assess the value of endosperm proteins and SSRs for validation of potential duplicates and monitoring intra-accession variability. Fifty durum wheat (Triticum turgidum ssp. durum) accessions grouped in 23 potential duplicates, and previously characterised for 30 agro-morphological traits, were analysed for gliadin and high molecular weight glutenin (HMWG) subunit alleles, total protein, and 24 SSRs, covering a wide genome area. Similarity and dissimilarity matrices were generated based on protein and SSRs alleles. For heterogeneous accessions at gliadins the percent pattern homology (PH) between gliadin patterns and the Nei’s coefficient of genetic identity (I) were computed. Eighteen duplicates identical for proteins showed none or less than 3 unshared SSRs alleles. For heterogeneous accessions PH and I values lower than 80 identified clearly off-types with more than 3 SSRs unshared. Only those biotypes differing in no more than one protein-coding locus were confirmed with SSRs. A good concordance among proteins, morphological traits, and SSR were detected. However, the discrepancy in similarity detected in some cases showed that it is advisable to evaluate redundancy through distinct approaches. The analysis in proteins together with SSRs data are very useful to identify duplicates, biotypes, close related genotypes, and contaminations

Las indemnizaciones por traslado de actividades económicas en las actuaciones urbanísticas

Se aborda en este trabajo el marco jurídico de las indemnizaciones que corresponden a los titulares de bienes y derechos distintos del suelo, para revisar a continuación la casuística que la jurisprudencia ha desarrollado sobre el resarcimiento de los daños y perjuicios ocasionados a los titulares de actividades económicas cuando éstas deben trasladarse por resultar incompatibles con la ejecución del planeamiento. Bajo la rúbrica de «traslado de industria», la jurisprudencia ha reconocido distintos supuestos indemnizatorios que, sin constituir un catálogo cerrado, permiten la identificación de los elementos comunes a la mayor parte de las situaciones juzgadas. The legal context of the compensations that holders of properties, and different rights are entitled, is approached in this work, revising next the casuistry that jurisprudence has developed about compensation of damages caused to holders of financial activities when these turned out incompatible with the execution of plans and must be moved. Jurisprudence has admitted different data of compensation under the round off «moving industry», which enable to identify the common interests of the most part of the judged situations

La absorción acústica a ruido de impacto en placas de aislamiento térmico de suelo radiante

Actualmente en el mercado existen una reducida variedad de materiales específicos de ruido de impactos. Los materiales que han de ser utilizados como material resiliente, han de cumplir unos valores muy bajos del módulo de elasticidad E. Mientras el valor del caucho blando está en el orden de los 100 kg/cm2, el valor del acero es de 2.100.000 kg/cm2 (21.000 veces mayor). Estos valores tan bajos hacen que diferencias de apenas 50 kg/cm2 produzcan variaciones muy importantes en las ganancias de aislamiento acústico. La realización de los ensayos de caracterización acústica a ruido de impacto en laboratorio es un proceso largo y caro. En primer lugar se necesita elaborar un forjado de referencia, que ha de ser ensayado de forma independiente. Con posterioridad, se ha de colocar la losa flotante, y volver a realizar la prueba. Con la diferencia de las medidas realizadas, se determinan los valores de módulo de elasticidad. Como alternativa a este método, en la ponencia del congreso “TECNIACÚSTICA GANDÍA 2006” sobre “estudio de cinco métodos para determinar las propiedades dinámicas de capas elásticas para la mejora del aislamiento a ruido de impactos”, presentada por Francisco Simón, David K. Anthony, Mª José Fernández, proponen un total de cinco alternativas al ensayo indicado en la norma. Al margen de las condiciones acústicas, las placas de suelo radiante necesitan garantizar unos valores mínimos de aislamiento térmico. Con las actuales necesidades normativas, la solución habitual consiste en la superposición de dos materiales: en primer lugar, inmediatamente sobre el forjado, se coloca el material encargado de proporcionar el aislamiento acústico, generalmente una lámina flexible de polietileno. Encima de ella se coloca la placa de aislamiento térmico, generalmente una plancha de poliestireno expandido con resaltes en las que se encajan las tuberías que conducen el agua calefactada. El poliestireno expandido convencional, no tiene unos valores de módulo elástico suficientemente bajo para poder actuar como material resiliente. Para conseguir estos valores, es necesario elastificar el material mediante su introducción en una prensa (Poliestireno expandido elastificado EEPS). La utilización de esta técnica es incompatible con el proceso de fabricación de planchas moldeadas con tetones para la integración de los soportes de las tuberías. La lámina flexible de polietileno, si tienes valores aceptables, tanto de aislamiento térmico como acústico, en cambio no es posible la integración de los tetones durante su proceso de fabricación para soportar las canalizaciones de agua. El objetivo de la investigación consiste en integrar en una única placa las características tanto térmicas como acústicas necesarias para satisfacer todas las necesidades. Como se ha indicado más arriba, los materiales resilientes han de cumplir unos valores muy bajos del módulo de elasticidad E. Mientras el valor del caucho blando está en el orden de los 100 kg/cm2, el valor del acero es de 2.100.000 kg/cm2 (21.000 veces mayor). Pero no es menos cierto que con acero, dando la forma adecuada (un helicoide) se consigue un elemento muy elástico, un muelle. Tal es así, que variando la forma se puede conseguir el módulo de elásticidad E deseado, resultando utilidades tan dispares como el resorte de un bolígrafo o la suspensión de un coche. Por otro lado, y como se ha indicado anteriormente, la determinación de los valores mecánicos de los materiales aislantes térmicos es cara y complicada. Como objetivo secundario de la investigación, se establece el proponer un ensayo alternativo, más rápido y económico que el propuesto por la norma para facilitar el estudio de nuevas alternativas, sin tener que hacer grandes desembolsos económicos en

Acoustic displacement triangle based on the individual element test

A three node, displacement based, acoustic element is developed. In order to avoid spurious rotational modes, a higher order stiffness is introduced. The higher order stiffness is developed from an incompatible strain field which computes element volume changes under nodal rotational displacements fields. The higher order strain satisfies the IET requirements, non affecting convergence. The higher order stiffness is modulated, element by element, with a factor. Thus, the displacement based formulation is capable of placing the spurious rotational modes over the range of physical compressional modes that can be accurately captured by the mesh.

ACE: And/or-parallel copying-based execution of logic programs

In this paper we present a novel execution model for parallel implementation of logic programs which is capable of exploiting both independent and-parallelism and or-parallelism in an efficient way. This model extends the stack copying approach, which has been successfully applied in the Muse system to implement or-parallelism, by integrating it with proven techniques used to support independent and-parallelism. We show how all solutions to non-deterministic andparallel goals are found without repetitions. This is done through recomputation as in Prolog (and in various and-parallel systems, like &-Prolog and DDAS), i.e., solutions of and-parallel goals are not shared. We propose a scheme for the efficient management of the address space in a way that is compatible with the apparently incompatible requirements of both and- and or-parallelism. We also show how the full Prolog language, with all its extra-logical features, can be supported in our and-or parallel system so that its sequential semantics is preserved. The resulting system retains the advantages of both purely or-parallel systems as well as purely and-parallel systems. The stack copying scheme together with our proposed memory management scheme can also be used to implement models that combine dependent and-parallelism and or-parallelism, such as Andorra and Prometheus.

Uso de marcadores moleculares para la racionalización y evaluación de la calidad en las colecciones de Recursos Fitogenéticos de trigo

Esta tesis tiene dos objetivos generales: el primero, analizar el uso de proteínas del endospermo y SSRs para la racionalización de las colecciones de trigo, y el segundo, estudiar la influencia de las proteínas del endospermo, del año de cultivo y del abonado nitrogenado en la calidad en un grupo de variedades locales españolas. Dentro del primer objetivo, se estudió la diversidad genética de la colección de Triticum monococcum L. (escaña menor), y de una muestra de la colección de Triticum turgidum L. (trigo duro) del CRF-INIA, con 2 y 6 loci de gliadinas, y 6 y 24 SSRs, para la escaña menor y el trigo duro, respectivamente. Ambas colecciones presentaron una gran diversidad genética, con una gran diferenciación entre las variedades y pequeña dentro de ellas. Los loci de gliadinas mostraron una gran variabilidad, siendo los loci Gli-2 los más útiles para distinguir variedades. En la escaña menor, las gliadinas presentaron mayor poder de discriminación que los SSRs; aunque en trigo duro los SSRs identificaron más genotipos. El número de alelos encontrado fue alto; 24 y 38 en gliadinas, y 29 y 203 en SSRs, en escaña menor y trigo duro, respectivamente. En trigo duro, se identificaron 17 alelos nuevos de gliadinas lo que demuestra que el germoplasma español es muy singular. En ambas especies, se detectaron asociaciones entre la variación alélica en prolaminas y el origen geográfico y filogenético de las variedades. La utilidad de las proteínas (6 loci de gliadinas, 2 loci de gluteninas y proteína total) y de los SSRs (24 loci) para verificar duplicados, y analizar la variabilidad intraaccesión, se estudió en 23 casos de duplicados potenciales de trigo duro. Los resultados indicaron que tanto los biotipos como las accesiones duplicadas mostraban el mismo genotipo en gliadinas, pocas diferencias o ninguna en las subunidades de gluteninas HMW y proteína total, y diferencias en menos de tres loci de SSRs. El mismo resultado se obtuvo para los biotipos de la colección de T. monococcum. Sin embargo, las discrepancias observadas en algunos casos entre proteínas y SSRs demostraron la utilidad del uso conjunto de ambos tipos de marcadores. Tanto las proteínas como los SSRs mostraron gran concordancia con los caracteres agro-morfológicos, especialmente cuando las diferencias entre los genotipos eran grandes. Sin embargo, los caracteres agro-morfológicos fueron menos discriminantes que los marcadores moleculares. Para el segundo objetivo de la tesis, se analizó la variación alélica en siete loci de prolaminas relacionados con la calidad en trigo duro: Glu-A1 y Glu-B1 de gluteninas HMW, Glu-A3, Glu-B3 y Glu-B2 de gluteninas B-LMW, y Gli-A1 y Gli-B1 de gliadinas. La submuestra analizada incluía variedades locales de todas las provincias españolas donde se ha cultivado tradicionalmente el trigo duro. Todos los loci, excepto el Glu-B2, mostraron gran variabilidad genética, siendo los Glu-3 los más polimórficos. En total, se identificaron 65 alelos, de los que 29 eran nuevos, que representan una fuente importante de variabilidad genética para la mejora de la calidad. Se detectaron diferencias en la composición en prolaminas entre la convar. turgidum y la zona norte, y la convar. durum y la zona sur; el genotipo Glu-B3new-1 - Gli-B1new-1 fue muy común en la convar. turgidum, mientras que el Glu-B3a - Gli-B1c, asociado con mejor calidad, fue más frecuente en la convar. durum. En la convar. turgidum, se observó mayor variabilidad que en la convar. durum, principalmente en los loci Glu-B1 y Glu-B3, lo que indica que esta convariedad puede ser una fuente valiosa de nuevos alelos de gluteninas. Esta submuestra fue evaluada para calidad (contenido en proteína, P, y test de sedimentación, SDSS) con dos dosis de abonado nitrogenado (N), y en dos años diferentes. No se detectaron interacciones Variedad × Año, ni Variedad × N en la calidad. Para la P, los efectos ambientales (año y N) fueron mayores que el efecto de la variedad, siendo, en general, mayor la P con dosis altas de N. La variedad influyó más en el test SDSS, que no se vio afectado por el año ni el N. El aumento del contenido en proteína no influyó significativamente sobre la fuerza del gluten estimada con el SDSS. Respecto a la influencia de las prolaminas en la fuerza del gluten, se confirmó la superioridad del Glu-B3a; aunque también se detectó una influencia alta y positiva de los alelos nuevos Glu-A3new-1, y Glu-B3new-6 y new-9. La no correlación entre el rendimiento (evaluado en un trabajo anterior) y la P, en las variedades adaptadas a bajo N, permitió seleccionar cuatro variedades locales con alto rendimiento y buena fuerza del gluten para producción con bajo N. SUMMARY There are two main objectives in this thesis: The first, to analyse the use of endosperm proteins and SSRs to rationalize the wheat collections, and the second, to study the influence on quality of endosperm proteins, year and nitrogen fertilization in a group of Spanish landraces. For the first objective, we studied the genetic diversity of the collection of Triticum monococcum L. (cultivated einkorn), and of a sample of the collection of Triticum turgidum L. (durum wheat) maintained at the CRF-INIA. Two and 6 gliadin loci, and 6 and 24 SSRs, were used for einkorn and durum wheat, respectively. Both collections possessed a high genetic diversity, being the differentiation large between varieties and small within them. Gliadin loci showed great variability, being the loci Gli-2 the most useful for distinguish among varieties. In einkorn, the gliadins showed higher discrimination power than SSRs; although SSRs identified more genotypes in durum wheat. Large number of alleles were found; 24 and 38 in gliadins, and 29 and 203 in SSRs, for einkorn and durum wheat, respectively. In durum wheat, 17 new alleles of gliadins were identified, which indicate that Spanish durum wheat germplasm is rather unique. Some associations between prolamin alleles and geographical and phylogenetic origin of varieties were found in both species. The value of endosperm proteins (6 gliadin loci, 2 glutenin loci and total protein) and SSRs (24 loci) for validation of duplicates, and monitoring the intra-accession variability, was studied in 23 potential duplicates of durum wheat. The results indicated that biotypes and duplicated accessions showed identical gliadin genotype, few or none differences in HMW glutenin subunits and total protein, and less than three different SSR loci. A similar result was obtained for biotypes of T. monococcum. However, the discrepancies in some cases support the convenience to use together both marker systems. A good concordance among endosperm proteins, agro-morphological traits and SSRs were also found, mainly when differences between genotypes were high. However, agro-morphological traits discriminated less between accessions than molecular markers. For the second objective of the thesis, we analysed the allelic variation at seven prolamin loci, involved in durum wheat quality: Glu-A1 and Glu-B1 of HMW glutenin, Glu-A3, Glu-B3 and Glu-B2 of B-LMW glutenin, and Gli-A1 and Gli-B1 of gliadin. The subsample analysed included landraces from all the Spanish provinces where the crop was traditionally cultivated. All the loci, except for Glu-B2, showed high genetic variability, being Glu-3 the most polymorphic. A total of 65 alleles were studied, 29 of them being new, which represent an important source of variability for quality improvement. Differences in prolamin composition were detected between convar. turgidum and the North zone, and the convar. durum and the South zone; the genotype Glu-B3new-1 - Gli-B1new-1 was very common in the convar. turgidum, while the Glu- B3a - Gli-B1c, associated with better quality, was more frequent in the convar. durum. Higher variability was detected in the convar. turgidum than in the convar. durum, mainly at the Glu-B1 and Glu-B3, showing that this convariety could be a valuable source of new glutenin alleles. The subsample was evaluated for quality (protein content, P, and sedimentation test, SDSS) with two doses of nitrogen fertiliser (N), and in two different years. No significant Variety x Year or Variety x Nitrogen interactions were detected. For P, environmental (year and N) effects were higher than variety effect, being P values , in general, larger with high dose of N. The variety exhibited a strong influence on SDSS test, which was not affected by year and N. Increasing values of P did not significantly influence on gluten strength, estimated with the SDSS. Respect to the prolamin effects on gluten strength, the superiority of Glu-B3a was confirmed; although a high positive effect of the new alleles Glu-A3new-1, and Glu-B3new-6 and new-9 was also detected. The no correlation between yield (evaluated in a previous research) and P, in the landraces adapted to low N, allowed to select four landraces with high yield and high gluten strength for low N production.

Ultra high frequency thin film saw devices

Durante los últimos años el flujo de datos en la transmisión que tiene lugar en los sistemas de comunicación ha aumentado considerablemente de forma que día a día se requieren más aplicaciones trabajando en un rango de frecuencias muy alto (3-30 GHz). Muchos de estos sistemas de comunicación incluyen dispositivos de onda acústica superficial (SAW) y por tanto se hace necesario el aumento de frecuencia a la que éstos trabajan. Pero este incremento de frecuencia de los dispositivos SAW no sólo es utilizado en los sistemas de comunicación, varios tipos de sensores, por ejemplo, aumentan su sensibilidad cuando la frecuencia a la que trabajan también lo hace. Tradicionalmente los dispositivos SAW se han fabricado sobre cuarzo, LiNbO3 y LiTaO3 principalmente. Sin embargo la principal limitación de estos materiales es su velocidad SAW. Además, debido a la alta temperatura a la que se depositan no pueden ser integrados en la tecnología de fabricación CMOS. El uso de la tecnología de capa delgada, en la que un material piezoeléctrico es depositado sobre un substrato, se está utilizando en las últimas décadas para incrementar la velocidad SAW de la estructura y poder obtener dispositivos trabajando en el rango de frecuencias requerido en la actualidad. Por otra parte, esta tecnología podría ser integrada en el proceso de fabricación CMOS. Durante esta tesis nos hemos centrado en la fabricación de dispositivos SAW trabajando a muy alta frecuencia. Para ello, utilizando la tecnología de capa delgada, hemos utilizado la estructura nitruro de aluminio (AlN) sobre diamante que permite conseguir velocidades SAW del sustrato que no se pueden alcanzar con otros materiales. El depósito de AlN se realizó mediante sputtering reactivo. Durante esta tesis se han realizado diferentes experimentos para optimizar dicho depósito de forma que se han obtenido los parámetros óptimos para los cuales se pueden obtener capas de AlN de alta calidad sobre cualquier tipo de sustrato. Además todo el proceso se realizó a baja temperatura para que el procesado de estos dispositivos pueda ser compatible con la tecnología CMOS. Una vez optimizada la estructura AlN/diamante, mediante litografía por haz de electrones se fabricaron resonadores SAW de tamaño nanométrico que sumado a la alta velocidad resultante de la combinación AlN/diamante nos ha permitido obtener dispositivos trabajando en el rango de 10-28 GHz con un alto factor de calidad y rechazo fuera de la banda. Estás frecuencias y prestaciones no han sido alcanzadas por el momento en resonadores de este tipo. Por otra parte, se han utilizado estos dispositivos para fabricar sensores de presión de alta sensibilidad. Estos dispositivos son afectados altamente por los cambios de temperatura. Se realizó también un exhaustivo estudio de cómo se comportan en temperatura estos resonadores, entre -250ºC y 250ºC (rango de temperaturas no estudiado hasta el momento) diferenciándose dos regiones una a muy baja temperatura en la que el dispositivo muestra un coeficiente de retraso en frecuencia (TCF) relativamente bajo y otra a partir de los -100ºC en la que el TCF es similar al observado en la bibliografía. Por tanto, durante esta tesis se ha optimizado el depósito de AlN sobre diamante para que sea compatible con la tecnología CMOS y permita el procesado de dispositivos trabajando a muy alta frecuencia con altas prestaciones para comunicaciones y sensores. ABSTRACT The increasing volume of information in data transmission systems results in a growing demand of applications working in the super-high-frequency band (3–30 GHz). Most of these systems work with surface acoustic wave (SAW) devices and thus there is a necessity of increasing their resonance frequency. Moreover, sensor application includes this kind of devices. The sensitivity of them is proportional with its frequency. Traditionally, quartz, LiNbO3 and LiTaO3 have been used in the fabrication of SAW devices. These materials suffer from a variety of limitations and in particular they have low SAW velocity as well as being incompatible with the CMOS technology. In order to overcome these problems, thin film technology, where a piezoelectric material is deposited on top of a substrate, has been used during the last decades. The piezoelectric/substrate structure allows to reach the frequencies required nowadays and could be compatible with the mass electronic production CMOS technology. This thesis work focuses on the fabrication of SAW devices working in the super-high-frequency range. Thin film technology has been used in order to get it, especially aluminum nitride (AlN) deposited by reactive sputtering on diamond has been used to increase the SAW velocity. Different experiments were carried out to optimize the parameters for the deposit of high quality AlN on any kind of substrates. In addition, the system was optimized under low temperature and thus this process is CMOS compatible. Once the AlN/diamond was optimized, thanks to the used e-beam lithography, nanometric SAW resonators were fabricated. The combination of the structure and the size of the devices allow the fabrication of devices working in the range of 10-28 GHz with a high quality factor and out of band rejection. These high performances and frequencies have not been reached so far for this kind of devices. Moreover, these devices have been used as high sensitivity pressure sensors. They are affected by temperature changes and thus a wide temperature range (-250ºC to 250ºC) study was done. From this study two regions were observed. At very low temperature, the temperature coefficient of frequency (TCF) is low. From -100ºC upwards the TCF is similar to the one appearing in the literature. Therefore, during this thesis work, the sputtering of AlN on diamond substrates was optimized for the CMOS compatible fabrication of high frequency and high performance SAW devices for communication and sensor application.

Towards a lightweight mobile semantic-based approach for enhancing interaction with smart objects

This work describes a semantic extension for a user-smart object interaction model based on the ECA paradigm (Event-Condition-Action). In this approach, smart objects publish their sensing (event) and action capabilities in the cloud and mobile devices are prepared to retrieve them and act as mediators to configure personalized behaviours for the objects. In this paper, the information handled by this interaction system has been shaped according several semantic models that, together with the integration of an embedded ontological and rule-based reasoner, are exploited in order to (i) automatically detect incompatible ECA rules configurations and to (ii) support complex ECA rules definitions and execution. This semantic extension may significantly improve the management of smart spaces populated with numerous smart objects from mobile personal devices, as it facilitates the configuration of coherent ECA rules.

¿Existe una investigación nacional en informática? Lectura crítica del anuario español de la investigación en informática

No se discute el interés de contar con un fichero de los proyectos de investigación en informática, con una información detallada y al mismo tiempo global de los esfuerzos en dicho terreno. La utilidad de esta información no ofrecería discusión si se desprendiera como maduro fruto de una realidad tangible. Cuando, por el contrario, aparece como fruto inesperado, incompatible con las características productivas de un terreno sistemáticamente no abonado, debe generar cautelas sin cuento.

An architecture for a heterogeneous private IaaS management system

Cloud computing and, more particularly, private IaaS, is seen as a mature technology with a myriad solutions tochoose from. However, this disparity of solutions and products has instilled in potential adopters the fear of vendor and data lock-in. Several competing and incompatible interfaces and management styles have given even more voice to these fears. On top of this, cloud users might want to work with several solutions at the same time, an integration that is difficult to achieve in practice. In this paper, we propose a management architecture that tries to tackle these problems; it offers a common way of managing several cloud solutions, and an interface that can be tailored to the needs of the user. This management architecture is designed in a modular way, and using a generic information model. We have validated our approach through the implementation of the components needed for this architecture to support a sample private IaaS solution: OpenStack

Development of a management system for virtual machines on private clouds

Cloud computing and, more particularly, private IaaS, is seen as a mature technol- ogy with a myriad solutions to choose from. However, this disparity of solutions and products has instilled in potential adopters the fear of vendor and data lock- in. Several competing and incompatible interfaces and management styles have increased even more these fears. On top of this, cloud users might want to work with several solutions at the same time, an integration that is difficult to achieve in practice. In this Master Thesis I propose a management architecture that tries to solve these problems; it provides a generalized control mechanism for several cloud infrastructures, and an interface that can meet the requirements of the users. This management architecture is designed in a modular way, and using a generic infor- mation model. I have validated the approach through the implementation of the components needed for this architecture to support a sample private IaaS solution: OpenStack.

Caracterización de la necrosis sistémica inducida por la interacción sinérgica entre el Virus X de la patata y potyvirus en Nicotiana benthamiana

Los virus de plantas pueden causar enfermedades severas que conllevan serias pérdidas económicas a nivel mundial. Además, en la naturaleza son comunes las infecciones simultáneas con distintos virus que conducen a la exacerbación de los síntomas de enfermedad, fenómeno al que se conoce como sinergismo viral. Una de las sintomatologías más severas causadas por los virus en plantas susceptibles es la necrosis sistémica (NS), que incluso puede conducir a la muerte del huésped. Este fenotipo ha sido comparado en ocasiones con la respuesta de resistencia de tipo HR, permitiendo establecer una serie de paralelismos entre ambos tipos de respuesta que sugieren que la NS producida en interacciones compatibles sería el resultado de una respuesta hipersensible sistémica (SHR). Sin embargo, los mecanismos moleculares implicados en el desarrollo de la NS, su relación con procesos de defensa antiviral o su relevancia biológica aún no son bien entendidos, al igual que tampoco han sido estudiados los cambios producidos en la planta a escala genómica en infecciones múltiples que muestran sinergismo en patología. En esta tesis doctoral se han empleado distintas aproximaciones de análisis de expresión génica, junto con otras técnicas genéticas y bioquímicas, en el sistema modelo de Nicotiana benthamiana para estudiar la NS producida por la infección sinérgica entre el Virus X de la patata (PVX) y diversos potyvirus. Se han comparado los cambios producidos en el huésped a nivel genómico y fisiológico entre la infección doble con PVX y el Virus Y de la patata (PVY), y las infecciones simples con PVX o PVY. Además, los cambios transcriptómicos y hormonales asociados a la infección con la quimera viral PVX/HC‐Pro, que reproduce los síntomas del sinergismo entre PVX‐potyvirus, se han comparado con aquellos producidos por otros dos tipos de muerte celular, la PCD ligada a una interacción incompatible y la PCD producida por la disfunción del proteasoma. Por último, técnicas de genética reversa han permitido conocer la implicación de factores del huésped, como las oxilipinas, en el desarrollo de la NS asociada al sinergismo entre PVXpotyvirus. Los resultados revelan que, respecto a las infecciones con solo uno de los virus, la infección doble con PVX‐PVY produce en el huésped diferencias cualitativas además de cuantitativas en el perfil transcriptómico relacionado con el metabolismo primario. Otros cambios en la expresión génica, que reflejan la activación de mecanismos de defensa, correlacionan con un fuerte estrés oxidativo en las plantas doblemente infectadas que no se detecta en las infecciones simples. Además, medidas en la acumulación de determinados miRNAs implicados en diversos procesos celulares muestran como la infección doble altera de manera diferencial tanto la acumulación de estos miRNAs como su funcionalidad, lo cual podría estar relacionado con los cambios en el transcriptoma, así como con la sintomatología de la infección. La comparación a nivel transcriptómico y hormonal entre la NS producida por PVX/HC‐Pro y la interacción incompatible del Virus del mosaico del tabaco en plantas que expresan el gen N de resistencia (SHR), muestra que la respuesta en la interacción compatible es similar a la que se produce durante la SHR, si bien se presenta de manera retardada en el tiempo. Sin embargo, los perfiles de expresión de genes de defensa y de respuesta a hormonas, así como la acumulación relativa de ácido salicílico (SA), ácido jasmonico (JA) y ácido abscísico, en la interacción compatible son más semejantes a la respuesta PCD producida por la disfunción del proteasoma que a la interacción incompatible. Estos datos sugieren una contribución de la interferencia sobre la funcionalidad del proteasoma en el incremento de la patogenicidad, observado en el sinergismo PVX‐potyvirus. Por último, los resultados obtenidos al disminuir la expresión de 9‐LOX, α‐DOX1 y COI1, relacionados con la síntesis o con la señalización de oxilipinas, y mediante la aplicación exógena de JA y SA, muestran la implicación del metabolismo de las oxilipinas en el desarrollo de la NS producida por la infección sinérgica entre PVXpotyvirus en N. benthamiana. Además, estos resultados indican que la PCD asociada a esta infección, al igual que ocurre en interacciones incompatibles, no contiene necesariamente la acumulación viral, lo cual indica que necrosis e inhibición de la multiplicación viral son procesos independientes. ABSTRACT Plant viruses cause severe diseases that lead to serious economic losses worldwide. Moreover, simultaneous infections with several viruses are common in nature leading to exacerbation of the disease symptoms. This phenomenon is known as viral synergism. Systemic necrosis (SN) is one of the most severe symptoms caused by plant viruses in susceptible plants, even leading to death of the host. This phenotype has been compared with the hypersensitive response (HR) displayed by resistant plants, and some parallelisms have been found between both responses, which suggest that SN induced by compatible interactions could be the result of a systemic hypersensitive response (SHR). However, the molecular mechanisms involved in the development of SN, its relationship with antiviral defence processes and its biological relevance are still unknown. Furthermore, the changes produced in plants by mixed infections that cause synergistic pathological effects have not been studied in a genome‐wide scale. In this doctoral thesis different approaches have been used to analyse gene expression, together with other genetic and biochemical techniques, in the model plant Nicotiana benthamiana, in order to study the SN produced by the synergistic infection of Potato virus X (PVX) with several potyviruses. Genomic and physiological changes produced in the host by double infection with PVX and Potato virus Y (PVY), and by single infection with PVX or PVY have been compared. In addition, transcriptional and hormonal changes associated with infection by the chimeric virus PVX/HC‐Pro, which produces synergistic symptoms similar to those caused by PVX‐potyvirus, have been compared with those produced by other types of cell death. These types of cell death are: PCD associated with an incompatible interaction, and PCD produced by proteasome disruption. Finally, reverse genetic techniques have revealed the involvement of host factors, such as oxylipins, in the development of SN associated with PVX‐potyvirus synergism. The results revealed that compared with single infections, double infection with PVX‐PVY produced qualitative and quantitative differences in the transcriptome profile, mainly related to primary metabolism. Other changes in gene expression, which reflected the activation of defence mechanisms, correlated with a severe oxidative stress in doubly infected plants that was undetected in single infections. Additionally, accumulation levels of several miRNAs involved in different cellular processes were measured, and the results showed that double infection not only produced the greatest variations in miRNA accumulation levels but also in miRNA functionality. These variations could be related with transcriptomic changes and the symptomatology of the infection. Transcriptome and hormone level comparisons between SN induced by PVX/HCPro and the incompatible interaction produced by Tobacco mosaic virus in plants expressing the N resistance gene (SHR), showed some similarities between both responses, even though the compatible interaction appeared retarded in time. Nevertheless, the expression profiles of both defence‐related genes and hormoneresponsive genes, as well as the relative accumulation of salicylic acid (SA), jasmonic acid (JA) and abscisic acid in the compatible interaction are more similar to the PCD response produced by proteasome disruption. These data suggest that interference with proteasome functionality contributes to the increase in pathogenicity associated with PVX‐potyvirus synergism. Finally, the results obtained by reducing the expression of 9‐LOX, α‐DOX1 and COI1, related with synthesis or signalling of oxylipins, and by applying exogenously JA and SA, revealed that oxylipin metabolism is involved in the development of SN induced by PVX‐potyvirus synergistic infections in N. benthamiana. Moreover, these results also indicated that PVX‐potyvirus associated PCD does not necessarily restrict viral accumulation, as is also the case in incompatible interactions. This indicates that both necrosis and inhibition of viral multiplication are independent processes.

Análisis de la durabilidad de la cubierta plana invertida, a través del estudio de las interacciones e incompatibilidades entre las membranas sintéticas y el poliestireno extrusionado

La cubierta plana invertida se forma, cuando sobre una membrana impermeable se coloca un aislamiento térmico. Estos materiales pueden separarse con capas auxiliares que impiden el contacto directo entre ellos. Muchos de los materiales que forman esta solución constructiva pueden ser polímeros, como lo son algunas membranas impermeables, las capas auxiliares separadoras o el poliestireno extrusionado (XPS). La mayoría de los polímeros son incompatibles entre sí, por lo que en esta tesis se plantea como hipótesis la posibilidad de que se produzcan interacciones e incompatibilidades entre algunos de estos materiales. Por ello se hace una búsqueda bibliográfica y documental de otras investigaciones que pudieran estar relacionadas con el tema, y se estudian y analizan normas y documentación facilitada por fabricantes. Sin embargo, tras consultar toda la bibliografía y documentación que se referencia en esta tesis doctoral, no fue encontrado ningún trabajo de investigación sobre la influencia de la interacción entre los materiales que componen las cubiertas planas invertidas, y de cómo afecta esta a la durabilidad de las mismas. El propósito de esta tesis es el análisis de la durabilidad de la cubierta plana invertida, desde el punto de vista de las interacciones e incompatibilidades que pueden producirse entre los materiales formantes de esta solución constructiva. Además de este objetivo general, se estudian alternativas que puedan prolongar el ciclo de vida de la cubierta plana invertida. Para ello, se desarrolla un plan experimental con el fin de analizar dichas incompatibilidades, y estudiar los factores que las condicionan. Algunos de los resultados obtenidos, muestran que determinadas láminas impermeables utilizadas normalmente para la construcción de cubiertas planas, pueden interactuar con el XPS y sufrir deterioro. El contacto con el mismo, la incorrecta separación, la presión y el calor, son factores determinantes para que se produzca deterioro. Se puede señalar como una de las conclusiones de esta investigación, que la protección térmica que proporciona el XPS a la cubierta plana invertida, puede no ser suficiente (dependiendo del espesor del mismo, y de la ubicación de la cubierta fundamentalmente), para reducir la cantidad de calor que alcanza la línea de contacto entre los materiales, y por tanto paliar las interacciones que se producen. Además, aunque los geotextiles utilizados como capas auxiliares separadoras, en los gramajes por metro cuadrado, recomendados por algunas de las normas reguladoras de este tipo de cubiertas minoran las interacciones, estas siguen produciéndose. ABSTRACT The inverted flat roof is formed from a waterproofing membrane on which the thermal insulation is placed. These materials may be separated with auxiliary layers, which prevent the direct contact between them. Many of the materials forming this constructive solution can be polymers, such as some waterproofing membranes, the auxiliary separating layers, or the extruded polystyrene board (XPS). Most polymers are incompatible, so this thesis hypothesized that interactions and incompatibilities between some of these materials might be possible. Therefore, a literature search, and other documentation that could be related to the topic, are studied and analyzed, as well as, standards and documentation provided by manufacturers. However, after consulting all literature and documents referenced in this dissertation, it was not found any research about the influence of interaction between the materials forming the inverted flat roof, and how this affects to the durability of them. The purpose of this thesis is the analysis of the durability of the inverted flat roof, from the point of view of interactions and incompatibilities may occur between the materials setting up this constructive solution. Along with this general objective, alternatives that can prolong the life cycle of the inverted roof are studied. To get this, an experimental plan is developed, in order to analyze these incompatibilities, and study the factors conditioning them. Some of the results show, that certain normally used waterproofing laminas for building flat roofs, may interact with XPS producing lamina deterioration. Contact, incorrect separation, pressure and heat, are determinant factors for degradation. It can be pointed out, as one of the conclusions of this research, that the thermal protection provided by XPS to the inverted flat roof, cannot be enough (depending on the XPS thickness, and the location of the flat mainly) to reduce the amount of heat that reaches the contact line between materials, and thus to cut down interactions. Furthermore, although geotextiles used as auxiliary separating layers, within the weights per square meter recommended by some of the regulating rules of this type of roofs reduce interactions, these still occur.

Expresión de la resistencia en plantas de tomate a nematodos formadores de nódulos (Meloidogyne javanica)

La resistencia genética mediada por los genes R es uno de los sistemas de defensa de las plantas frente a patógenos y se activa una vez que los patógenos han superado la defensa basal que otorgan la cutícula y pared celular. Los mecanismos de resistencia genética se inician a su vez, por el reconocimiento de productos derivados de genes de avirulencia de los patógenos (avr) por parte de las proteínas R. Tanto la respuesta de defensa basal como la respuesta de defensa por genes R están influenciadas por patrones de regulación hormonal, que incluye a las principales hormonas vegetales ácido salicílico (SA), ácido jasmónico (JA) y etileno (ET). En tomate (Solanum lycopersicum) uno de los genes R es el gen MiG1, que confiere resistencia a nematodos formadores de nódulos (Meloidogyne javanica, M. incognita y M. arenaria). Uno de los eventos más importantes que caracterizan a la respuesta de resistencia es la reacción hipersensible (HR), que está mediada por la activación temprana de una serie de sistemas enzimáticos, entre los que destaca el de las peroxidasas (PRXs) Clase III. Su función es importante tanto para limitar el establecimiento y expansión del nematodo, al generar ambientes altamente tóxicos por su contribución en la producción masiva de ROS, como por su implicación en la síntesis y depósito de lignina generando barreras estructurales en el sitio de infección. Además de estos mecanismos de defensa asociados a la resistencia constitutiva, las plantas pueden desarrollar resistencia sistémica adquirida (SAR) que en la naturaleza ocurre, en ocasiones, en una fase posterior a que la planta haya sufrido el ataque de un patógeno. Así mismo hay diferentes productos de origen químico como el benzotiadiazol o BTH (ácido S-metil benzol-(1,2,3)-tiadiozole-7-carbónico ester) que pueden generar esta misma respuesta SAR. Como resultado, la planta adquiere resistencia sistémica frente a nuevos ataques de patógenos. En este contexto, el presente trabajo aborda en primer lugar el análisis comparativo, mediante microarrays de oligonucleótidos, de los transcriptomas de los sistemas radicales de plantas de tomate de 8 semanas de edad de dos variedades, una portadora del gen de resistencia MiG1 (Motelle) y otra carente del mismo y, por tanto, susceptible (Moneymaker), antes y después de la infección por M. javanica. Previo a la infección se observó que la expresión de un gran número de transcritos era más acusada en la variedad resistente que en la susceptible, entre ellos el propio gen MiG1 o los genes PrG1 (o P4), LEJA1 y ER24, lo que indica que, en ausencia de infección, las rutas hormonales del SA, JA y ET están más activas en la raíz de la variedad resistente. Por el contrario, un número mucho menor de transcritos presentaban su expresión más reducida en Motelle que en Moneymaker, destacando un gen de señalización para sintetizar la hormona giberelina (GA). La infección por M. javanica causa importantes cambios transcripcionales en todo el sistema radical que modifican sustancialmente las diferencias basales entre plantas Motelle y Moneymaker, incluida la sobreexpresión en la variedad resistente de los transcritos de MiG1, que se reduce parcialmente, mientras que las rutas hormonales del SA y el JA continuan más activas que en la susceptible (evidente por los genes PrG1 y LEJA1). Además, los cambios asociados a la infección del nematodo se evidencian por las grandes diferencias entre los dos tiempos post-infección considerados, de tal forma que en la fase temprana (2 dpi) de la interacción compatible predomina la sobreexpresión de genes de pared celular y en la tardía (12 dpi) los relacionados con el ARN. En el análisis de la interacción incompatible, aunque también hay muchas diferencias entre ambas fases, hay que destacar la expresión diferencial común de los genes loxA y mcpi (sobrexpresados) y del gen loxD (reprimido) por su implicación en defensa en otras interacciones planta-patógeno. Cabe destacar que entre las interacciones compatible e incompatible hubo muy pocos genes en común. En la etapa temprana de la interacción compatible destacó la activación de genes de pared celular y la represión de la señalización; en cambio, en la interacción incompatible hubo proteínas principalmente implicadas en defensa. A los 12 días, en la interacción compatible los genes relacionados con el ARN y la pared celular se sobreexpresaban principalmente, y se reprimían los de proteínas y transporte, mientras que en la incompatible se sobreexpresaron los relacionados con el estrés, el metabolismo secundario y el de hormonas y se reprimieron los de ARN, señalización, metabolismo de hormonas y proteínas. Por otra parte, la técnica de silenciamiento génico VIGS reveló que el gen TGA 1a está implicado en la resistencia mediada por el gen MiG1a M. javanica. Así mismo se evaluó el transcriptoma de todo el sistema radical de la variedad susceptible tras la aplicación del inductor BTH, y se comparó con el transcriptoma de la resistente. Los resultados obtenidos revelan que el tratamiento con BTH en hojas de Moneymaker ejerce notables cambios transcripcionales en la raíz; entre otros, la activación de factores de transcripción Myb (THM16 y THM 27) y del gen ACC oxidasa. Las respuestas inducidas por el BTH parecen ser de corta duración ya que no hubo transcritos diferenciales comunes a las dos fases temporales de la infección comparadas (2 y 12 dpi). El transcriptoma de Moneymaker tratada con BTH resultó ser muy diferente al de la variedad resistente Motelle, ambas sin infectar, destacando la mayor expresión en el primero del gen LeEXP2, una expansina relacionada con defensa frente a nematodos. Las respuestas inducidas por los nematodos en Moneymaker-BTH también fueron muy distintas a las observadas previamente en la interacción incompatible mediada por MiG1, pues sólo se detectaron 2 genes sobreexpresados comunes a ambos eventos. Finalmente, se abordó el estudio de la expresión diferencial de genes que codifican PRXs y su relación con la resistencia en la interacción tomate/M. javanica. Para ello, se realizó en primer lugar el estudio del análisis del transcriptoma de tomate de la interacción compatible, obtenido en un estudio previo a partir de tejido radical infectado en distintos tiempos de infección. Se han identificado 16 unigenes de PRXs con expresión diferencial de los cuales 15 se relacionan por primera vez con la respuesta a la infección de nematodos. La mayoría de los genes de PRXs identificados, 11, aparecen fuertemente reprimidos en el sitio de alimentación, en las células gigantes (CG). Dada la implicación directa de las PRXs en la activación del mecanismo de producción de ROS, la supresión de la expresión génica local de genes de PRXs en el sitio de establecimiento y alimentación pone de manifiesto la capacidad del nematodo para modular y superar la respuesta de defensa de la planta de tomate en la interacción compatible. Posteriormente, de estos genes identificados se han elegido 4: SGN-U143455, SGN-U143841 y SGN-U144042 reprimidos en el sitio de infección y SGN-U144671 inducido, cuyos cambios de expresión se han determinado mediante análisis por qRT-PCR y de hibridación in situ en dos tiempos de infección (2 dpi y 4 dpi) y en distintos tejidos radicales de tomate resistente y susceptible. Los patrones de expresión obtenidos demuestran que en la interacción incompatible la transcripción global de los 4 genes estudiados se dispara en la etapa más temprana en el sitio de infección, detectándose la localización in situ de transcritos en el citoplasma de las células corticales de la zona meristemática afectadas por el nematodo. A 4 dpi se observó que los niveles de expresión en el sitio de infección cambian de tendencia y los genes SGN-U144671 y SGN-U144042 se reprimen significativamente. Los diferentes perfiles de expresión de los genes PRXs en los dos tiempos de infección sugieren que su inducción en las primeras 48 horas es crucial para la respuesta de defensa relacionada con la resistencia frente a la invasión del nematodo. Por último, al analizar el tejido radical sistémico, se detectó una inducción significativa de la expresión en la fase más tardía de la infección del gen SGN-U144042 en el genotipo susceptible y del SGN-U143841 en ambos genotipos. En este estudio se describe por primera vez la inducción de la expresión sistémica de genes de PRXs en tomate durante la interacción compatible e incompatible con M. javanica lo que sugiere su posible implicación funcional en la respuesta de defensa SAR activada por la infección previa del nematodo. ABSTRACT Plants defend themselves from pathogens by constitutive and/or induced defenses. A common type of induced defense involves plant resistance genes (R), which are normally activated in response to attack by specific pathogen species. Typically, a specific plant R protein recognizes a specific pathogen avirulence (avr) compound. This initiates a complex biochemical cascade inside the plant that results in synthesis of antipathogen compounds. This response can involve chemical signaling, transcription, translation, enzymes and metabolism, and numerous plant hormones such as salicylic acid (SA), jasmonates (JA) and ethylene (ET). Induced plant defense can also activate Class III peroxidases (PRXs), which produce reactive oxygen species (ROS), regulate extracellular H2O2, and play additional roles in plant defense. R-gene activation and the resulting induced defense often remain localized in the specific tissues invaded by the plant pathogen. In other cases, the plant responds by signaling the entire plant to produce defense compounds (systemic induction). Plant defense can also be induced by the exogenous application of natural or synthetic elicitors, such as benzol-(1,2,3)-thiadiazole-7-carbothionic acid. There is much current scientific interest in R-genes and elicitors, because they might be manipulated to increase agricultural yield. Scientists also are interested in systemic induction, because this allows the entire plant to be defended. In this context, one of the aims of this investigation was the transcriptoma analysis of the root systems of two varieties of tomato, the resistant variety (Motelle) that carrier MiG1 and the susceptible (Moneymaker) without MiG1, before and after infection with M. javanica. The overexpression was more pronounced in the transcriptoma of the resistant variety compared with susceptible, before infection, including the MiG1 gene, PrG1 (or P4) genes, LEJA1 and ER24, indicating that hormone SA, JA and ET are active in the resistant variety. Moreover, GA hormone presents an opposite behavior. M. javanica infection causes significant transcriptional changes in both compatible (Moneymaker-M. javanica) and incompatible (Motelle-M. javanica) interaction. In the incompatible transcriptome root system, was notably reduced the expression of the MiG1 gene, and a continuity in the expression of the hormonal pathways of SA and JA. In other hand, transcriptional profile changes during compatible interaction were associated with nematode infection. The large differences between the two times point infection considered (2 dpi and 12 dpi) indicates an overexpression of cell wall related genes in the first phase, and conversely an overexpression of RNA genes in the late phase. Transcriptoma analysis of incompatible interaction, although there were differences between the two phases, should be highlighted the common differential gene expression: loxA and mcpi (overexpressed) and loxD gene (suppressed), as they are involved in defenses in other plant-pathogen interactions. The VIGS tool has provided evidence that TGA 1a is involved in MiG1 mediated resistance to M. javanica. Likewise, the systemic application of BTH was assessed and compared with susceptible and resistant variety. Root system transcriptoma of BTH treatment on leaves showed the activation of Myb transcription factors (THM16 and THM27), the ACC oxidase gene. and the LeEXP2 gene, encoding for an expansin enzyme, related with defense against nematodes. The activation appears to be reduced by subsequent infection and establishment of nematodes. To assist in elucidate the role of tomato PRXs in plant defence against M. javanica, the transcriptome obtained previously from isolated giant cells (GC) and galls at 3 and 7 dpi from the compatible interaction was analysed. A total of 18 different probes corresponding to 16 PRX encoding genes were differentially expressed in infection site compared to the control uninfected root tissues. Most part of them (11) was down-regulated. These results yielded a first insight on 15 of the PRX genes responding to tomato–Meloidogyne interaction and confirm that repression of PRX genes might be crucial for feeding site formation at the initial stages of infection. To study the involvement of PRX genes in resistance response, four genes have been selected: SGN-U143455, SGN-U143841 and SGN-U144042 consistently down-regulated and SGN-U144671 consistently up-regulated at infection site in compatible interaction. The expression changes were determined by qRT-PCR and in situ location at 2 dpi and 4 dpi, and in different root tissues of resistant and susceptible plants. Early upon infection (2 dpi), the transcripts levels of the four genes were strongly increased in infected tissue of resistant genotype. In situ hybridization showed transcript accumulation of them in meristem cortical cells, where the nematode made injury. The results obtained provide strong evidence that early induction of PRX genes is important for defence response of the resistance against nematode invasion. Moreover, the induction patterns of SGN-U144042 gene observed at 4 dpi in distal noninfected root tissue into the susceptible genotype and of SGN-U143841 gene in both genotypes suggest a potential involvement of PRX in the systemic defence response.

Epigenetic variability in the genetically uniform forest tree species Pinus pinea L

There is an increasing interest in understanding the role of epigenetic variability in forest species and how it may contribute to their rapid adaptation to changing environments. In this study we have conducted a genome-wide analysis of cytosine methylation pattern in Pinus pinea, a species characterized by very low levels of genetic variation and a remarkable degree of phenotypic plasticity. DNA methylation profiles of different vegetatively propagated trees from representative natural Spanish populations of P. pinea were analyzed with the Methylation Sensitive Amplified Polymorphism (MSAP) technique. A high degree of cytosine methylation was detected (64.36% of all scored DNA fragments). Furthermore, high levels of epigenetic variation were observed among the studied individuals. This high epigenetic variation found in P. pinea contrasted with the lack of genetic variation based on Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP) data. In this manner, variable epigenetic markers clearly discriminate individuals and differentiates two well represented populations while the lack of genetic variation revealed with the AFLP markers fail to differentiate at both, individual or population levels. In addition, the use of different replicated trees allowed identifying common polymorphic methylation sensitive MSAP markers among replicates of a given propagated tree. This set of MSAPs allowed discrimination of the 70% of the analyzed trees.