Conceptualización e Infraestructura para la Investigación Experimental en Ingeniería del Software

Antecedentes: Esta investigación se enmarca principalmente en la replicación y secundariamente en la síntesis de experimentos en Ingeniería de Software (IS). Para poder replicar, es necesario disponer de todos los detalles del experimento original. Sin embargo, la descripción de los experimentos es habitualmente incompleta debido a la existencia de conocimiento tácito y a la existencia de otros problemas tales como: La carencia de un formato estándar de reporte, la inexistencia de herramientas que den soporte a la generación de reportes experimentales, etc. Esto provoca que no se pueda reproducir fielmente el experimento original. Esta problemática limita considerablemente la capacidad de los experimentadores para llevar a cabo replicaciones y por ende síntesis de experimentos. Objetivo: La investigación tiene como objetivo formalizar el proceso experimental en IS, de modo que facilite la comunicación de información entre experimentadores. Contexto: El presente trabajo de tesis doctoral ha sido desarrollado en el seno del Grupo de Investigación en Ingeniería del Software Empírica (GrISE) perteneciente a la Escuela Técnica Superior de Ingenieros Informáticos (ETSIINF) de la Universidad Politécnica de Madrid (UPM), como parte del proyecto TIN2011-23216 denominado “Tecnologías para la Replicación y Síntesis de Experimentos en Ingeniería de Software”, el cual es financiado por el Gobierno de España. El grupo GrISE cumple a la perfección con los requisitos necesarios (familia de experimentos establecida, con al menos tres líneas experimentales y una amplia experiencia en replicaciones (16 replicaciones hasta 2011 en la línea de técnicas de pruebas de software)) y ofrece las condiciones para que la investigación se lleve a cabo de la mejor manera, como por ejemplo, el acceso total a su información. Método de Investigación: Para cumplir este objetivo se opta por Action Research (AR) como el método de investigación más adecuado a las características de la investigación, para obtener resultados a través de aproximaciones sucesivas que abordan los problemas concretos de comunicación entre experimentadores. Resultados: Se formalizó el modelo conceptual del ciclo experimental desde la perspectiva de los 3 roles principales que representan los experimentadores en el proceso experimental, siendo estos: Gestor de la Investigación (GI), Gestor del Experimento (GE) y Experimentador Senior (ES). Por otra parte, se formalizó el modelo del ciclo experimental, a través de: Un workflow del ciclo y un diagrama de procesos. Paralelamente a la formalización del proceso experimental en IS, se desarrolló ISRE (de las siglas en inglés Infrastructure for Sharing and Replicating Experiments), una prueba de concepto de entorno de soporte a la experimentación en IS. Finalmente, se plantearon guías para el desarrollo de entornos de soporte a la experimentación en IS, en base al estudio de las características principales y comunes de los modelos de las herramientas de soporte a la experimentación en distintas disciplinas experimentales. Conclusiones: La principal contribución de la investigación esta representada por la formalización del proceso experimental en IS. Los modelos que representan la formalización del ciclo experimental, así como la herramienta ISRE, construida a modo de evaluación de los modelos, fueron encontrados satisfactorios por los experimentadores del GrISE. Para consolidar la validez de la formalización, consideramos que este estudio debería ser replicado en otros grupos de investigación representativos en la comunidad de la IS experimental. Futuras Líneas de Investigación: El cumplimiento de los objetivos, de la mano con los hallazgos alcanzados, han dado paso a nuevas líneas de investigación, las cuales son las siguientes: (1) Considerar la construcción de un mecanismo para facilitar el proceso de hacer explícito el conocimiento tácito de los experimentadores por si mismos de forma colaborativa y basados en el debate y el consenso , (2) Continuar la investigación empírica en el mismo grupo de investigación hasta cubrir completamente el ciclo experimental (por ejemplo: experimentos nuevos, síntesis de resultados, etc.), (3) Replicar el proceso de investigación en otros grupos de investigación en ISE, y (4) Renovar la tecnología de la prueba de concepto, tal que responda a las restricciones y necesidades de un entorno real de investigación. ABSTRACT Background: This research addresses first and foremost the replication and also the synthesis of software engineering (SE) experiments. Replication is impossible without access to all the details of the original experiment. But the description of experiments is usually incomplete because knowledge is tacit, there is no standard reporting format or there are hardly any tools to support the generation of experimental reports, etc. This means that the original experiment cannot be reproduced exactly. These issues place considerable constraints on experimenters’ options for carrying out replications and ultimately synthesizing experiments. Aim: The aim of the research is to formalize the SE experimental process in order to facilitate information communication among experimenters. Context: This PhD research was developed within the empirical software engineering research group (GrISE) at the Universidad Politécnica de Madrid (UPM)’s School of Computer Engineering (ETSIINF) as part of project TIN2011-23216 entitled “Technologies for Software Engineering Experiment Replication and Synthesis”, which was funded by the Spanish Government. The GrISE research group fulfils all the requirements (established family of experiments with at least three experimental lines and lengthy replication experience (16 replications prior to 2011 in the software testing techniques line)) and provides favourable conditions for the research to be conducted in the best possible way, like, for example, full access to information. Research Method: We opted for action research (AR) as the research method best suited to the characteristics of the investigation. Results were generated successive rounds of AR addressing specific communication problems among experimenters. Results: The conceptual model of the experimental cycle was formalized from the viewpoint of three key roles representing experimenters in the experimental process. They were: research manager, experiment manager and senior experimenter. The model of the experimental cycle was formalized by means of a workflow and a process diagram. In tandem with the formalization of the SE experimental process, infrastructure for sharing and replicating experiments (ISRE) was developed. ISRE is a proof of concept of a SE experimentation support environment. Finally, guidelines for developing SE experimentation support environments were designed based on the study of the key features that the models of experimentation support tools for different experimental disciplines had in common. Conclusions: The key contribution of this research is the formalization of the SE experimental process. GrISE experimenters were satisfied with both the models representing the formalization of the experimental cycle and the ISRE tool built in order to evaluate the models. In order to further validate the formalization, this study should be replicated at other research groups representative of the experimental SE community. Future Research Lines: The achievement of the aims and the resulting findings have led to new research lines, which are as follows: (1) assess the feasibility of building a mechanism to help experimenters collaboratively specify tacit knowledge based on debate and consensus, (2) continue empirical research at the same research group in order to cover the remainder of the experimental cycle (for example, new experiments, results synthesis, etc.), (3) replicate the research process at other ESE research groups, and (4) update the tools of the proof of concept in order to meet the constraints and needs of a real research environment.

Translocation and Functional Analysis of Pseudomonas savastanoi pv. savastanoi NCPPB 3335 Type III Secretion System Effectors Reveals Two Novel Effector Families of the Pseudomonas syringae Complex

Pseudomonas savastanoi pv. savastanoi NCPPB 3335 causes olive knot disease and is a model pathogen for exploring bacterial infection of woody hosts. The type III secretion system (T3SS) effector repertoire of this strain includes 31 effector candidates plus two novel candidates identified in this study which have not been reported to translocate into plant cells. In this work, we demonstrate the delivery of seven NCPPB 3335 effectors into Nicotiana tabacum leaves, including three proteins from two novel families of the P. syringae complex effector super-repertoire (HopBK and HopBL), one of which comprises two proteins (HopBL1 and HopBL2) that harbor a SUMO protease domain. When delivered by P. fluorescens heterologously expressing a P. syringae T3SS, all seven effectors were found to suppress the production of defense-associated reactive oxygen species. Moreover, six of these effectors, including the truncated versions of HopAA1 and HopAZ1 encoded by NCPPB 3335, suppressed callose deposition. The expression of HopAZ1 and HopBL1 by functionally effectorless P. syringae pv. tomato DC3000D28E inhibited the hypersensitive response in tobacco and, additionally, expression of HopBL2 by this strain significantly increased its competitiveness in N. benthamiana. DNA sequences encoding HopBL1 and HopBL2 were uniquely detected in a collection of 31 P. savastanoi pv. savastanoi strains and other P. syringae strains isolated from woody hosts, suggesting a relevant role of these two effectors in bacterial interactions with olive and other woody plants.

Contextualización teórica del acto pedagógico en la enseñanza y el aprendizaje del proyecto arquitectónico: el caso de la E.T.S.A.M.

El taller de proyectos constituye el núcleo de la enseñanza arquitectónica. Estudiar sus procesos educativos en la actualidad implica la contextualización teórica del acto educativo y la revisión histórica de la evolución de su estructura social. Esta estructura, es heredera de la larga tradición del taller donde los maestros de obra, artesanos, arquitectos y artistas, se ocupaban desde siempre de la enseñanza de la construcción, de la artesanía, del diseño arquitectónico y del arte. Los aprendices se sometían a la autoridad de sus maestros y pasaban horas practicando, produciendo y aprendiendo junto a ellos. Con la aparición de las primeras Academias de arte y posteriormente de arquitectura, se evidenció un progresivo interés de los Estados hacía los productos artísticos y arquitectónicos. La consideración de las artes y de la arquitectura como proyecto estatal, supuso la construcción lenta, pero consolidable, de un proyecto educativo paralelo, coexistiendo simultáneamente con los talleres de los maestros, pero sin posibilidad de integración, hasta mucho más tarde. La “teoría”, que es de lo que se ocupaba la academia, con la “práctica” que es lo que se desarrollaba en el taller, no encontraban fácilmente la manera de encajarse y complementarse mutuamente en un proyecto educativo común. Las concepciones educativas de ambos, afrontaban la enseñanza y el aprendizaje desde puntos de vista también diferentes; mientras la Academia representaba el conocimiento validado y explicitado, en el taller se trabajaba con un conocimiento tácito e implícito. En la práctica artística del taller era donde se producía el aprendizaje mientras que en la Academia es donde se validaba. Esta estructura llegó en muchas ocasiones a situaciones extremas, no siendo casual que las más grandes crisis registradas en la historia de la enseñanza de las artes, coincidieran con un aumento de la distancia entre estas dos “instituciones”, talleres y academias. Por otra parte, parece que cualquier proyecto o concepto innovador, se ha fundado sobre la redistribución de estos equilibrios perdidos. En dicho contexto, en el campo de la educación y especialmente en el siglo XX, surge un debate que se estructura en base a los fines de la educación, contemplando dos posturas bien diferenciadas. Una de ellas sostiene como fin primordial de la educación, el desarrollo de la conciencia y la reciprocidad social del individuo. La otra, fija como fin el desarrollo de su singularidad. La búsqueda del equilibrio entre ambas, parte del interés por fomentar el crecimiento de lo que cada ser humano posee de individual, armonizándolo con la unidad orgánica del grupo social al que pertenece (Read 2010, 33). Sobre esta tensión se han basado muchos de los discursos pedagógicos y especialmente los aquí usados. La estructura social en los talleres de proyectos arquitectónicos, presenta hoy día una máxima integración entre las dos instituciones, el taller y la Academia, tanto a nivel del espacio, donde tiene lugar la enseñanza, como a nivel conceptual y pedagógico. Los talleres de proyectos poseen un formato de enseñanza y aprendizaje que constituye un paradigma (Schön, 2008) no solo dentro, sino también fuera del campo arquitectónico. Bajo este formato se complementa el aprendizaje práctico con el teórico y la producción, con la validación del conocimiento. Aunque tal estructura pedagógica presenta importantes variaciones entre unas escuelas de arquitectura y otras, los principales procesos que tienen lugar, son lo suficientemente similares, como para poder ser examinados desde una perspectiva común. Esta investigación, estudia el taller de proyectos desde un aspecto pedagógico, que contempla tanto los discursos educativos, como la historia de la evolución del taller como constructo social. El análisis se estructura sobre los elementos fundantes del acto didáctico: un sujeto que aprende, un sujeto que enseña, un método, la estrategia o procedimiento a través del que se enseña, un contenido y el propio acto docente (Sánchez Cerezo, 1994, 530). Además, se han añadido otros dos elementos que se consideran fundamentales para llevar a cabo el estudio: el contexto de la enseñanza, tanto el tangible como el intangible y la evaluación de la enseñanza y del aprendizaje. El caso de estudio de la presente investigación se sitúa en la Escuela de Arquitectura de Madrid en la actualidad. Sin embargo, no se pretende generar un retrato exacto de esta institución sino utilizarla como ejemplo principal en el desarrollo de los capítulos del método, contenido, acto docente y contexto, en los que también se introducen ejemplos de otras escuelas de arquitectura que amplían los argumentos presentados que constituyen la contextualización teórica del acto pedagógico en los talleres de proyectos arquitectónicos. ABSTRACT Design studio constitutes the core of architectural education. To study its current educational processes involves a theoretical approach of its educational praxis and an historic revision of how its social structure evolved. This structure is inherited from the long tradition of the workshop in which master masons, craftsmen, architects and artists have always been in charge of teaching construction, crafts, architectural design and art. Apprentices were subjected to the authority of their teachers and spent hours practicing, producing and learning along with them. With the establishment of the first Academies of Art and later of Architecture, the interest of the State in artistic and architectural products started growing. The understanding of arts and architecture as a state project entailed the slow, but robust development of a parallel education project. This project coexisted with the masters’ workshops, without the possibility of integration between two, until much later. It was difficult to find a way to synthesize academic “theory” with workshop “practice”. The workshops’ and the Academy's conception about teaching and learning differed significantly. While the Academy represented a verified and explicit knowledge, the workshop worked with a tacit and implicit knowledge. The workshops produced education through artistic practice, while the the Academy organized and verified knowledge. This dual framework has on occasions reached extremes. It is no accident that the biggest known crises in the history of arts education coincide with an increase in the distance between these two "institutions", the workshops and Academies. Furthermore, it seems that most innovative concepts or projects have been founded on restoring the lost balance between the two. In this context, in the field of education, and especially during the 20th century, a debate that contemplated the purpose of education and resulted in two quite differentiated approaches, emerged,. One position claims as the primary purpose of education the development of social awareness and mutuality in individuals. The other approach sets as a purpose developing each student's uniqueness. The quest for the right balance between these two positions is based on the assumption that the general purpose of education is to foster the growth of what is individual in each human being, at the same time harmonizing the individuality thus educed with the organic unity of the social group to which the individual belongs (Read, 2010, 33). This tension forms the basis for many pedagogical discourses, especially the ones utilized in this dissertation. The social structure of architecture studios today demonstrates a very high level of integration between the two institutions, the workshop and the Academy, both in terms of space —where the teaching takes place— as well as on a conceptual and pedagogical level. Architecture studios today have developed a format for teaching and learning that has established a paradigm (Schön, 2008) , not only in architecture, but also in other fields. Under this paradigm, practical and theoretical learning, as well as production and verification of knowledge, complement each other. And although this pedagogical structure presents important variations among different schools of architecture, the principal processes that take place in the studio are sufficiently similar so as to be examined from a common perspective. This research examines the architecture studio from a pedagogical point of view, that takes into account both the educational discourses, as well as the historical evolution of the workshop as a social structure. The analysis presented here is structured on the fundamentals of the teaching act: an individual learning, an individual teaching, a method, strategy or procedure for teaching and learning, the content and the teaching act itself (Sánchez Cerezo, 1994, 530). Two extra elements that were considered essential for carrying out this study have also been added: the context in which teaching takes place, tangible as well as intangible, and the evaluation of teaching and learning. The Madrid School of Architecture in the present day served as a case study. However the aim is not to generate an accurate portrayal of this school but to use it as the principal example for the development of the chapters of method, content, teaching act and context. In addition to that, examples from other schools of architecture are introduced in order to further the presented arguments that constitute the theoretical contextualization of the pedagogical act in architecture studios.

Guidelines of natural zeolites characterization for acid mine drainage treatment. Case study Guayaquil, Ecuador

Zeolites constitute one of the less common groups of tectosilicates. Zeoli1es with pores between -2 to 10 A in their structures have strong sorption capacity and are widely used in industrial and municipal operations to eliminate toxic substances. One of the major environmental problems in the mining activity is the treating of acid mine drainage. In this context, it is very important to search alternatives to manage this challenge. One feasible alternative is using zeolitic tuffs. The results of the physical-chemical characterization of zeolitic tuffs are the c1ue lo continue or not with deeper analysis and tests 01 acid mine drainage treatments. The guidelines to reach this purpose are the main goal of this work. Zeolite 1uff samples (named as XB_01 and XB_02) studied in this work were laken rn the Late Cretaceous Coastal Cayo Arch Ecuador, specifically in the Guaraguao River, showing the most important characteristics of heulandite zeolitic tuffs. X-ray powder diffraction (XRD) tests were developed in order to confirm that the samples belong to the heulandite-type zeoli1ic tuffs. Additionally, Thermogravimetric analysis (TG), Inductively coupled plasma-atomic emission spectroscopy (ICP-AES) and X-ray fluorescence (XRF) of the samples was necessary in order to define the Si/Al ratio and the main mineralogical phases. The XB_01 sample shows a higher ratio Si/Al than XB_02 sample. The cation exchange capacity est was the fundamental step to define the potentiality of the zeolite to use in acid mine drainage treatment Three methodologies were employed to determine the cation exchange capacity. The Cuban standard 626 and the ammonium exchange methodologies reflect results more consistent with each other. This is the starting point to continue with deeper studies such as breakthrough curves for heavy metal ions found in acid mine waters.