First report of Fusarium verticillioides causing stalk and root rot of sorghum in Spain

Podredumbre del tallo y la raíz del sorgo causada por Fusarium verticillioides en España

Estudio molecular de gluteninas de alto y bajo peso molecular en Triticum aestivum ssp. vulgare L. y su relación con la calidad panadera

El trigo blando (Triticum aestivum ssp vulgare L., AABBDD, 2n=6x=42) presenta propiedades viscoélasticas únicas debidas a la presencia en la harina de las prolaminas: gluteninas y gliadinas. Ambos tipos de proteínas forman parte de la red de gluten. Basándose en la movilidad en SDS-PAGE, las gluteninas se clasifican en dos grupos: gluteninas de alto peso molecular (HMW-GS) y gluteninas de bajo peso molecular (LMW-GS). Los genes que codifican para las HMW-GS se encuentran en tres loci del grupo 1 de cromosomas: Glu-A1, Glu-B1 y Glu-D1. Cada locus codifica para uno o dos polipéptidos o subunidades. La variación alélica de las HMW-GS es el principal determinante de de la calidad harino-panadera y ha sido ampliamente estudiado tanto a nivel de proteína como de ADN. El conocimiento de estas proteínas ha contribuido sustancialmente al progreso de los programas de mejora para la calidad del trigo. Comparadas con las HMW-GS, las LMW-GS forman una familia proteica mucho más compleja. La mayoría de los genes LMW se localizan en el grupo 1 de cromosomas en tres loci: Glu-A3, Glu-B3 y Glu-D3 que se encuentran estrechamente ligados a los loci que codifican para gliadinas. El número de copias de estos genes ha sido estimado entre 10-40 en trigo hexaploide, pero el número exacto aún se desconoce debido a la ausencia de un método eficiente para diferenciar los miembros de esta familia multigénica. La nomenclatura de los alelos LMW-GS por electroforesis convencional es complicada, y diferentes autores asignan distintos alelos a la misma variedad lo que dificulta aún más el estudio de esta compleja familia. El uso de marcadores moleculares para la discriminación de genes LMW, aunque es una tarea dificil, puede ser muy útil para los programas de mejora. El objetivo de este trabajo ha sido profundizar en la relación entre las gluteninas y la calidad panadera y desarrollar marcadores moleculares que permitan ayudar en la correcta clasificación de HMW-GS y LMW-GS. Se han obtenido dos poblaciones de líneas avanzadas F4:6 a partir de los cruzamientos entre las variedades ‘Tigre’ x ‘Gazul’ y ‘Fiel’ x ‘Taber’, seleccionándose para los análisis de calidad las líneas homogéneas para HMW-GS, LMW-GS y gliadinas. La determinación alélica de HMW-GS se llevó a cabo por SDS-PAGE, y se complementó con análisis moleculares, desarrollándose un nuevo marcador de PCR para diferenciar entre las subunidades Bx7 y Bx7*del locus Glu-B1. Resumen 2 La determinación alélica para LMW-GS se llevó a cabo mediante SDS-PAGE siguiendo distintas nomenclaturas y utilizando variedades testigo para cada alelo. El resultado no fue concluyente para el locus Glu-B3, así que se recurrió a marcadores moleculares. El ADN de los parentales y de los testigos se amplificó usando cebadores diseñados en regiones conservadas de los genes LMW y fue posteriormente analizado mediante electroforesis capilar. Los patrones de amplificación obtenidos fueron comparados entre las distintas muestras y permitieron establecer una relación con los alelos de LMW-GS. Con este método se pudo aclarar la determinación alélica de este locus para los cuatro parentales La calidad de la harina fue testada mediante porcentaje de contenido en proteína, prueba de sedimentación (SDSS) y alveógrafo de Chopin (parámetros P, L, P/L y W). Los valores fueron analizados en relación a la composición en gluteninas. Las líneas del cruzamiento ‘Fiel’ x ‘Taber’ mostraron una clara influencia del locus Glu-A3 en la variación de los valores de SDSS. Las líneas que llevaban el nuevo alelo Glu-A3b’ presentaron valores significativamente mayores que los de las líneas con el alelo Glu-A3f. En las líneas procedentes del cruzamiento ‘Tigre ’x ‘Gazul’, los loci Glu-B1 y Glu-B3 loci mostraron ambos influencia en los parámetros de calidad. Los resultados indicaron que: para los valores de SDSS y P, las líneas con las HMW-GS Bx7OE+By8 fueron significativamente mejores que las líneas con Bx17+By18; y las líneas que llevaban el alelo Glu-B3ac presentaban valores de P significativamente superiores que las líneas con el alelo Glu-B3ad y significativamente menores para los valores de L . El análisis de los valores de calidad en relación a los fragmentos LMW amplificados, reveló un efecto significativo entre dos fragmentos (2-616 y 2-636) con los valores de P. La presencia del fragmento 2-636 estaba asociada a valores de P mayores. Estos fragmentos fueron clonados y secuenciados, confirmándose que correspondían a genes del locus Glu-B3. El estudio de la secuencia reveló que la diferencia entre ambos se hallaba en algunos SNPs y en una deleción de 21 nucleótidos que en la proteína correspondería a un InDel de un heptapéptido en la región repetida de la proteína. En este trabajo, la utilización de líneas que difieren en el locus Glu-B3 ha permitido el análisis de la influencia de este locus (el peor caracterizado hasta la fecha) en la calidad panadera. Además, se ha validado el uso de marcadores moleculares en la determinación alélica de las LMW-GS y su relación con la calidad panadera. Summary 3 Bread wheat (Triticum aestivum ssp vulgare L., AABBDD, 2n=6x=42) flour has unique dough viscoelastic properties conferred by prolamins: glutenins and gliadins. Both types of proteins are cross-linked to form gluten polymers. On the basis of their mobility in SDS-PAGE, glutenins can be classified in two groups: high molecular weight glutenins (HMW-GS) and low molecular weight glutenins (LMW-GS). Genes encoding HMW-GS are located on group 1 chromosomes in three loci: Glu-A1, Glu-B1 and Glu-D1, each one encoding two polypeptides, named subunits. Allelic variation of HMW-GS is the most important determinant for bread making quality, and has been exhaustively studied at protein and DNA level. The knowledge of these proteins has substantially contributed to genetic improvement of bread quality in breeding programs. Compared to HMW-GS, LMW-GS are a much more complex family. Most genes encoded LMW-GS are located on group 1 chromosomes. Glu-A3, Glu-B3 and Glu-D3 loci are closely linked to the gliadin loci. The total gene copy number has been estimated to vary from 10–40 in hexaploid wheat. However, the exact copy number of LMW-GS genes is still unknown, mostly due to lack of efficient methods to distinguish members of this multigene family. Nomenclature of LMW-GS alleles is also unclear, and different authors can assign different alleles to the same variety increasing confusion in the study of this complex family. The use of molecular markers for the discrimination of LMW-GS genes might be very useful in breeding programs, but their wide application is not easy. The objective of this work is to gain insight into the relationship between glutenins and bread quality, and the developing of molecular markers that help in the allele classification of HMW-GS and LMW-GS. Two populations of advanced lines F4:6 were obtained from the cross ‘Tigre’ x ‘Gazul’ and ‘Fiel’ x ‘Taber’. Lines homogeneous for HMW-GS, LMW-GS and gliadins pattern were selected for quality analysis. The allele classification of HMW-GS was performed by SDS-PAGE, and then complemented by PCR analysis. A new PCR marker was developed to undoubtedly differentiate between two similar subunits from Glu-B1 locus, Bx7 and Bx7*. The allele classification of LMW-GS was initially performed by SDS-PAGE following different established nomenclatures and using standard varieties. The results were not completely concluding for Glu-B3 locus, so a molecular marker system was applied. DNA from parental lines and standard varieties was amplified using primers designed in conserved domains of LMW genes and analyzed by capillary electrophoresis. The pattern of amplification products obtained was compared among samples and related to the protein allele classification. It was possible to establish a correspondence between specific amplification products and almost all LMW alleles analyzed. With this method, the allele classification of the four parental lines was clarified. Flour quality of F4:6 advanced lines were tested by protein content, sedimentation test (SDSS) and alveograph (P, L, P/L and W). The values were analyzed in relation to the lines prolamin composition. In the ‘Fiel’ x ‘Taber’ population, Glu-A3 locus showed an influence in SDSS values. Lines carrying new allele Glu-A3b’, presented a significantly higher SDSS value than lines with Glu-A3f allele. In the ‘Tigre ’x ‘Gazul’ population, the Glu-B1 and Glu-B3 loci also showed an effect in quality parameters, in SDSS, and P and L values. Results indicated that: for SDSS and P, lines with Bx7OE+By8 were significantly better than lines with Bx17+By18; lines carrying Glu-B3ac allele had a significantly higher P values than Glu-B3ad allele values. lines with and lower L The analysis of quality parameters and amplified LMW fragments revealed a significant influence of two peaks (2-616 y 2-636) in P values. The presence of 2-636 peak gave higher P values than 2-616. These fragments had been cloned and sequenced and identified as Glu-B3 genes. The sequence analysis revealed that the molecular difference between them was some SNPs and a small deletion of 21 nucleotides that in the protein would produce an InDel of a heptapeptide in the repetitive region. In this work, the analysis of two crosses with differences in Glu-3 composition has made possible to study the influence of LMG-GS in quality parameters. Specifically, the influence of Glu-B3, the most interesting and less studied loci has been possible. The results have shown that Glu-B3 allele composition influences the alveograph parameter P (tenacity). The existence of different molecular variants of Glu-B3 alleles have been assessed by using a molecular marker method. This work supports the use of molecular approaches in the study of the very complex LMW-GS family, and validates their application in the analysis of advanced recombinant lines for quality studies.

Influencia de gluteninas LMW en la fuerza del gluten de variedades locales españolas de trigo panadero (Triticum aestivum ssp. vulgare L.)

Las prolaminas son las principales proteínas del endospermo de los trigos panaderos que están relacionadas con la calidad panadera. El objetivo de este trabajo es caracterizar gluteninas LMW según la nomenclatura de Liu et al y relacionarlas con la fuerza panadera

Análisis de una cartera de extensión agrícola para sorgo (Sorghum bicolor L. Moench) en los estados Barinas y Portuguesa, Venezuela.

La presente investigación tuvo como objetivo evaluar el rendimiento y riesgo que presenta la cartera de fincas productoras de sorgo, en los estados Portuguesa y Barinas (Venezuela), adscritas al Programa de Extensión Agrícola Italven S. A. (PEAISA). La muestra fue conformada por 39 fincas localizadas en tres municipios del estado Portuguesa y 72 fincas ubicadas en siete municipios del estado Barinas. En todas se produjo sorgo, a la salida de lluvias, durante 2006. Se consideraron las variables estado, municipio, área cosechada, híbridos cultivados, rendimiento y coeficiente de variación (riesgo). Se empleó distribución de frecuencias de la superficie cosechada de sorgo por finca para medir la concentración de la cartera y se realizaron comparaciones de promedio de rendimiento con las pruebas de t de student y de Tukey, además se utilizó la curva normal para determinar probabilidades de rendimiento. Entre los resultados más importantes destacan: 1) La cartera del PEAISA, conformada por fincas pequeñas y medianas, no presenta riesgo de concentración en un determinado segmento de tamaño, pero la producción total está concentrada (81,2%) en el estado Barinas, 2) Aunque se ubicó en la media nacional, se logró un mayor rendimiento promedio/ha de sorgo en el estado Barinas en comparación con Portuguesa, con riesgo de explotación similar en ambos estados, 3) El híbrido de sorgo Tecsen 120 igualó al Chaguarama VII, pero superó en rendimiento al Himeca 101, híbrido que pudiera ser descartado de la cartera por su bajo rendimiento y mayor riesgo de explotación. Esta información se analizó adicionalmente con una matriz denominada productividad-riesgo, que fue un desarrollo original de este trabajo.

Evaluación de la calidad funcional y sensorial en cultivares de Triticum aestivum ssp. vulgare y ssp. spelta en cultivo ecológico

En esta Tesis Doctoral se ha estudiado la influencia del cultivar sobre el comportamiento reológico y panadero de cinco cultivares de trigo sembrados en el mismo año y en el mismo ambiente, en condiciones de cultivo ecológico. Tres de ellos eran de trigo panadero (Triticum aestivum ssp. vulgare), ‘Bonpain’, ‘Craklin’ y ‘Sensas’ y los otros dos de trigo espelta (Triticum aestivum ssp. spelta), ‘Espelta Álava’ y ‘Espelta Navarra’. Actualmente, el alohexaploide trigo panadero (2n=6x=42 genomio AABBDD) supone en torno al 90% del trigo cultivado en el mundo. En cambio, el cultivo del trigo alohexaploide espelta (2n=6x=42 genomio AABBDD) se limita a pequeñas regiones de Europa y de América del Norte. En España, el cultivo de trigo espelta se ha mantenido durante años ligado a la región de Asturias, aunque en la actualidad su cultivo está empezando a diversificarse hacia otras regiones. Esto se debe, fundamentalmente, a su potencial nutricional y a su adaptabilidad a condiciones de agricultura sostenible. El reciente resurgimiento de la espelta en productos de panificación, se debe, en gran parte, a la percepción del consumidor de que se trata de un producto ”más saludable” y “más natural” y con menor requerimiento de insumos que los trigos modernos. A medida que el consumo de alimentos a base de harina de espelta aumenta, se plantea la necesidad de evaluar su calidad harino-panadera, nutricional y sensorial en comparación con los productos elaborados con variedades de trigo común. Se caracterizaron las gluteninas de alto peso molecular (HMW) y las puroindolinas de los cinco cultivares. Se evaluó la calidad del grano, la reología de sus masas y se analizó la calidad instrumental y sensorial de sus panes. Para tal fin se ha puesto a punto un protocolo de panificación adecuado a las características particulares de los trigos espelta y se ha propuesto para el análisis sensorial de los panes un protocolo de selección, entrenamiento y validación de jueces. Teniendo en cuenta la composición en gluteninas HMW de los cultivares, se comprobó su influencia en el volumen de sedimentación y en la fuerza panadera. La composición en puroindolinas se vió reflejada en el parámetro dureza del endospermo. Los resultados indicaron que hay diferencias entre trigo panadero y trigo espelta en parámetros como, la tenacidad y el equilibrio de sus masas, la capacidad de absorción de agua de la harina y el comportamiento de la masa durante el amasado. Los trigos espeltas mostraron menor valor en el tiempo en alcanzar la presión máxima y la tolerancia al amasado, mientras que presentaron valores superiores en el decaimiento a los 250 y 450 segundos respectivamente. Respecto a la calidad de los panes elaborados, los trigos espeltas tenían mayor elasticidad en la miga y mayores valores en el área y en el diámetro de sus alveolos. Estas diferencias en la estructura y textura de la miga fueron también detectadas a nivel sensorial por el panel de jueces. Mediante el perfil sensorial descriptivo, se determinó que uno de los dos panes elaborado con trigo espelta (‘Espelta Navarra’) fue el pan más complejo considerando conjuntamente los atributos de aroma y flavor. En este trabajo no se apreciaron diferencias entre ambos tipos de trigo ni en el contenido en proteína, ni en minerales, ni en la viscosidad de su almidón. ABSTRACT In this Doctoral Thesis, the influence of various cultivars on rheological and baking behavior was studied. Five wheat cultivars were used, all planted in the same year and same organic farming environment. Three were bread wheat (Triticum aestivum ssp. vulgare), 'Bonpain', 'Craklin' and 'Sensas' and the other two were spelt wheat (Triticum aestivum ssp. spelta) , 'Espelta Álava' and 'Espelta Navarra' . Currently, the allohexaploid bread wheat (2n=6x=42 genome AABBDD) represents about 90% of global wheat production. On the other hand, allohexaploid spelt wheat (2n=6x=42 genome AABBDD) is merely produced in small areas of Europe and North America. For many years, the cultivation of spelt wheat in Spain was limited to the region of Asturias, although nowadays its production has begun to spread into other regions. This is owing to its nutritional potential and adaptability to conditions of sustainable agriculture. The recent resurgence of spelt in baking products is mainly due to consumers perception of it, as "healthier" and "more natural", and to the fewer agricultural input requirements compared to modern wheat products. As the consumption of foods made from spelt flour increases, there is a need to assess its baking, nutritional and sensory quality, compared to products made with common varieties of wheat. High molecular weight glutenins and puroindolines from the five cultivars were characterized. The quality of the grain and the rheology of the dough were evaluated and the instrumental and sensory quality of its breads were analyzed. To this end it a baking protocol was appropriately developed to the particular characteristics of spelt wheat and a selection protocol was proposed for the sensory analysis of breads, after proper training and validation of judges. Considering the HMW glutenin composition of the cultivars, the influence on the sedimentation volume and the baking strength was proven. The composition of puroindolines was reflected in the endosperm hardness parameter. The results show that there are differences between bread wheat and spelt wheat on parameters such as the tenacity and tenacity/elasticity ratio of their masses, the water absorption capacity of the flour and the behavior of the dough during kneading. The values for total time to reach maximum pressure and tolerance to mixing were lower for spelt wheat, and higher values were found for the drop at 250 s and 450 s. Regarding the quality of manufactured bread, spelt wheat had the greatest elasticity of the crumb and higher values in the area and diameter of the cells. These differences in the structure and texture of the crumb were also noticed at a sensory level by the panel of judges. It was determined by a descriptive sensory profile that one of the two loaves of bread made with spelt ('Espelta Navarra') was the most complex in the sense of its attributes of scents and flavors altogether. In this study, no differences were appreciated between the two types of wheat or the protein composition, or minerals or viscosity of the starch.