Inference Models in DNA Computing

La computación molecular es una disciplina que se ocupa del diseño e implementación de dispositivos para el procesamiento de información sobre un sustrato biológico, como el ácido desoxirribonucleico (ADN), el ácido ribonucleico (ARN) o las proteínas. Desde que Watson y Crick descubrieron en los años cincuenta la estructura molecular del ADN en forma de doble hélice, se desencadenaron otros descubrimientos, como las enzimas de restricción o la reacción en cadena de la polimerasa (PCR), contribuyendo de manera determinante a la irrupción de la tecnología del ADN recombinante. Gracias a esta tecnología y al descenso vertiginoso de los precios de secuenciación y síntesis del ADN, la computación biomolecular pudo abandonar su concepción puramente teórica. El trabajo presentado por Adleman (1994) logró resolver un problema de computación NP-completo (El Problema del Camino de Hamilton dirigido) utilizando únicamente moléculas de ADN. La gran capacidad de procesamiento en paralelo ofrecida por las técnicas del ADN recombinante permitió a Adleman ser capaz de resolver dicho problema en tiempo polinómico, aunque a costa de un consumo exponencial de moléculas de ADN. Utilizando algoritmos de fuerza bruta similares al utilizado por Adleman se logró resolver otros problemas NP-completos, como por ejemplo el de Satisfacibilidad de Fórmulas Lógicas / SAT (Lipton, 1995). Pronto se comprendió que la computación biomolecular no podía competir en velocidad ni precisión con los ordenadores de silicio, por lo que su enfoque y objetivos se centraron en la resolución de problemas con aplicación biomédica (Simmel, 2007), dejando de lado la resolución de problemas clásicos de computación. Desde entonces se han propuesto diversos modelos de dispositivos biomoleculares que, de forma autónoma (sin necesidad de un bio-ingeniero realizando operaciones de laboratorio), son capaces de procesar como entrada un sustrato biológico y proporcionar una salida también en formato biológico: procesadores que aprovechan la extensión de la polimerasa (Hagiya et al., 1997), autómatas que funcionan con enzimas de restricción (Benenson et al., 2001) o con deoxiribozimas (Stojanovic et al., 2002), o circuitos de hibridación competitiva (Yurke et al., 2000). Esta tesis presenta un conjunto de modelos de dispositivos de ácidos nucleicos capaces de implementar diversas operaciones de computación lógica aprovechando técnicas de computación biomolecular (hibridación competitiva del ADN y reacciones enzimáticas) con aplicaciones en diagnóstico genético. El primer conjunto de modelos, presentados en el Capítulo 5 y publicados en Sainz de Murieta and Rodríguez-Patón (2012b), Rodríguez-Patón et al. (2010a) y Sainz de Murieta and Rodríguez-Patón (2010), define un tipo de biosensor que usa hebras simples de ADN para codificar reglas sencillas, como por ejemplo "SI hebra-ADN-1 Y hebra-ADN-2 presentes, ENTONCES enfermedad-B". Estas reglas interactúan con señales de entrada (ADN o ARN de cualquier tipo) para producir una señal de salida (también en forma de ácido nucleico). Dicha señal de salida representa un diagnóstico, que puede medirse mediante partículas fluorescentes técnicas FRET) o incluso ser un tratamiento administrado en respuesta a un conjunto de síntomas. El modelo presentado en el Capítulo 5, publicado en Rodríguez-Patón et al. (2011), es capaz de ejecutar cadenas de resolución sobre fórmulas lógicas en forma normal conjuntiva. Cada cláusula de una fórmula se codifica en una molécula de ADN. Cada proposición p se codifica asignándole una hebra simple de ADN, y la correspondiente hebra complementaria a la proposición ¬p. Las cláusulas se codifican incluyendo distintas proposiciones en la misma hebra de ADN. El modelo permite ejecutar programas lógicos de cláusulas Horn aplicando múltiples iteraciones de resolución en cascada, con el fin de implementar la función de un nanodispositivo autónomo programable. Esta técnica también puede emplearse para resolver SAP sin ayuda externa. El modelo presentado en el Capítulo 6 se ha publicado en publicado en Sainz de Murieta and Rodríguez-Patón (2012c), y el modelo presentado en el Capítulo 7 se ha publicado en (Sainz de Murieta and Rodríguez-Patón, 2013c). Aunque explotan métodos de computación biomolecular diferentes (hibridación competitiva de ADN en el Capítulo 6 frente a reacciones enzimáticas en el 7), ambos modelos son capaces de realizar inferencia Bayesiana. Funcionan tomando hebras simples de ADN como entrada, representando la presencia o la ausencia de un indicador molecular concreto (una evidencia). La probabilidad a priori de una enfermedad, así como la probabilidad condicionada de una señal (o síntoma) dada la enfermedad representan la base de conocimiento, y se codifican combinando distintas moléculas de ADN y sus concentraciones relativas. Cuando las moléculas de entrada interaccionan con las de la base de conocimiento, se liberan dos clases de hebras de ADN, cuya proporción relativa representa la aplicación del teorema de Bayes: la probabilidad condicionada de la enfermedad dada la señal (o síntoma). Todos estos dispositivos pueden verse como elementos básicos que, combinados modularmente, permiten la implementación de sistemas in vitro a partir de sensores de ADN, capaces de percibir y procesar señales biológicas. Este tipo de autómatas tienen en la actualidad una gran potencial, además de una gran repercusión científica. Un perfecto ejemplo fue la publicación de (Xie et al., 2011) en Science, presentando un autómata biomolecular de diagnóstico capaz de activar selectivamente el proceso de apoptosis en células cancerígenas sin afectar a células sanas.

Estudio del impacto del usuario final en los procesos de desarrollo de sistemas de información

Durante décadas y aun en la actualidad muchas organizaciones, a nivel mundial, continúan afrontando pérdidas significativas debido a fracasos parciales y totales respecto a sus inversiones en sistemas de información (SI), planteando serios retos a los niveles gerenciales y los profesionales de SI. Estadísticas alarmantes y décadas de experiencia en la praxis en el área de SI en diversas organizaciones llevan al autor a poner el énfasis en los usuarios finales internos (UF) que son designados como representantes (UFR) de sus pares en los proyectos de desarrollo de SI (PDSI) por considerarlos como factores influyentes de manera significativa en el problema. Particularmente, con enfoque en ciertos factores de los UFR críticos para el éxito de los PDSI, con dimensiones analizadas de forma aislada o incompleta en otros estudios empíricos, a la fecha. No se encontraron estudios en Latinoamérica ni en otras latitudes que abordasen el fenómeno del éxito/fracaso de los SI desde el punto de vista adoptado en esta tesis. Por ello, esta investigación empírica ha evaluado en qué grado estos factores pudiesen influenciar los resultados durante el desarrollo e implementación de SI y su posible impacto en la satisfacción de los UF, siendo esta última aceptada por variados autores como la principal medida del éxito de los SI. Este estudio fue realizado en América Latina en las cuatro grandes empresas industriales que integran verticalmente el sector aluminio de Venezuela, sometidas a un macro PDSI para instalar el paquete, de tipo ERP, SAP/R3. Experimentados profesionales fueron encuestados o entrevistados, tales como altos ejecutivos, desarrolladores, líderes de proyecto y líderes de los UF. Un enfoque metodológico de triangulación permitió combinar un análisis cuantitativo con un análisis cualitativo interpretativo del tipo hermenéutico/dialéctico, hallándose resultados convergentes y complementarios. Un análisis estadístico, utilizando Partial Least Squares (PLS), seguido de un análisis hermenéutico/dialéctico. Los resultados confirmaron un hecho importante: en los casos problemáticos, paradójicamente, los orígenes de las razones de rechazo de esos SI argumentadas por los UF, en alto grado, apuntaron a los UFR o a ellos mismos. Los resultados también confirmaron la prevalencia de factores de orden cognitivo, conductual y político en estas organizaciones sobre los tecnológicos, al igual que el alto riesgo de dar por sentado la presencia y calidad de los factores requeridos de los UFR y de los otros factores estudiados. La validación estadística del modelo propuesto reveló al constructo conocimientos de los UFR como la principal variable latente, con los variables indicadoras que componen este constructo ejerciendo la mayor influencia sobre la calidad y el éxito de los SI. Un hallazgo contrario al de otros estudios, mostró que los conocimientos sobre las tecnologías de la información (TI) fueron los menos relevantes. Los SI de nómina y de administración de los RRHH fueron los más problemáticos, como suele ser el caso, por su complejidad en organizaciones grandes. Las conclusiones principales confirman el decisivo rol de los UF para el éxito de los PDSI y su relación con la creciente problemática planteada, la cual amerita más investigación y de las organizaciones una mayor atención y preparación. Descuidar los factores humanos y sociales así como una efectiva planificación y gestión de los mismos en preparación para estos proyectos origina serios riesgos. No obstante las limitaciones de este trabajo, la problemática analizada suele influir en los PDSI en diversas organizaciones, indistintamente de su tamaño o tipo de SI, estimándose, por tanto, que los resultados, conclusiones y recomendaciones de esta investigación tienen un alto grado de generalización. Una relación de indicadores claves es suministrada con fines preventivos. Finalmente, los factores evaluados pueden usarse para ampliar el modelo reconocido de DeLone y McLean (2003), conectándolos como variables latentes de sus variables independientes calidad de la información y calidad del SI. ABSTRACT For decades, many organizations worldwide have been enduring heavy losses due to partial and total failures regarding their investments in information systems (IS), posing serious challenges to all management levels and IS practitioners. Alarming statistics in this regard and decades of practice in the IS area lead the author to place an emphasis on the end users (EU) who are appointed in representation of their peers (EUR) to IS development projects (ISDP), considering them as highly influential factors on the problem. Especially, focusing on certain EUR success factors, and their dimensions, deemed critical to any IS development and implementation, omitted or not thoroughly analyzed neither in the theory nor in the empirical research on the subject, so far. No studies were found in Latin America or elsewhere addressing the phenomenon of IS success/failure from the perspective presented herein. Hence, this empirical research has assessed to what degree such factors can influence the outcomes of an ISDP and their feasible impact on the EU´s satisfaction, being the latter accepted by several authors as the main measure of IS success. This study was performed in Latin America embracing four major industrial enterprises, which vertically integrate the aluminum sector of Venezuela, subjected to a macro ISDP to install the ERP-type package SAP/R3. The field work included surveying and interviewing experienced professionals such as IS executives, IS developers, IS project leaders and end-user project leaders. A triangulation methodological approach allowed combining quantitative and interpretive analyses, obtaining convergent and complementing results. A statistical analysis, using Partial Least Squares (PLS), was carried out followed by a hermeneutical/dialectical analysis. Results confirmed a major finding: in problematic cases, paradoxically, the origins of IS rejection reasons argued by the EU, at a high degree, were usually traceable to the EUR and themselves. The results also confirmed the prevalence of cognitive, behavioral and political factors in these organizations as well as the high risk of taking for granted the presence and quality of those factors demanded from the EUR. The statistical validation of the proposed model revealed the construct EUR knowledge as the main latent variable, with its items exerting a major influence on IS quality and success. Another finding, in contradiction with that of other studies, proved knowledge of information technology (IT) aspects to be irrelevant. The payroll and the human resources administration IS were the most problematic, as is usually the case in large companies. The main conclusions confirm the EU´s decisive role for IS success and their relationship with the problem, which continues, demanding more research and, from organizations, more attention and preparation. Neglecting human and social factors in organizations as well as their effective planning and management in preparation for ISDP poses serious risks. Despite the limitations of this work, the analyzed problem tends to influence ISDP in a wide range of organizations; regardless of their size or type of IS, thus showing a high degree of generalization. Therefore it is believed that the results, conclusions and suggestions of this research have a high degree of generalization. A detailed checklist comprising key measures is provided for preventive actions. Finally, the factors evaluated can be used to expand the well-known model of DeLone & McLean (2003), by connecting them as latent variables of its independent variables information quality and IS quality.

Simulación de seguimiento de blancos en sistemas radar. Parte 2

El proyecto consiste en el diseño y estudio de un software cuyas prestaciones estén orientadas a gestionar una simulación de un sistema de radar. El prototipo de este entorno de simulación se ha realizado en el lenguaje Matlab debido a que inicialmente se considera el más adecuado para el tratamiento de las señales que los sistemas de radar manejan para realizar sus cálculos. Se ha escogido como modelo el software desarrollado por la compañía SAP para gestionar los E.R.P.s de grandes empresas. El motivo es que es un software cuyo diseño y funcionalidad es especialmente adecuado para la gestión ordenada de una cantidad grande de datos diversos de forma integrada. Diseñar e implementar el propio entorno es una tarea de enorme complejidad y que requerirá el esfuerzo de una cantidad importante de personas; por lo que este proyecto se ha limitado, a un prototipo básico con una serie de características mínimas; así como a indicar y dejar preparado el camino por el que deberán transcurrir las futuras agregaciones de funcionalidad o mejoras. Funcionalmente, esto es, independientemente de la implementación específica con la que se construya el entorno de simulación, se ha considerado dividir las características y prestaciones ofrecidas por el sistema en bloques. Estos bloques agruparán los componentes relacionados con un aspecto específico de la simulación, por ejemplo, el bloque 1, es el asignado a todo lo relacionado con el blanco a detectar. El usuario del entorno de simulación interactuará con el sistema ejecutando lo que se llaman transacciones, que son agrupaciones lógicas de datos a introducir/consultar en el sistema relacionados y que se pueden ejecutar de forma independiente. Un ejemplo de transacción es la que permite mantener una trayectoria de un blanco junto con sus parámetros, pero también puede ser una transacción la aplicación que permite por ejemplo, gestionar los usuarios con acceso al entorno. Es decir, las transacciones son el componente mínimo a partir del cual el usuario puede interactuar con el sistema. La interfaz gráfica que se le ofrecerá al usuario, está basada en modos, que se pueden considerar “ventanas” independientes entre sí dentro de las cuáles el usuario ejecuta sus transacciones. El usuario podrá trabajar con cuantos modos en paralelo desee y cambiar según desee entre ellos. La programación del software se ha realizado utilizando la metodología de orientación a objetos y se ha intentado maximizar la reutilización del código así como la configurabilidad de su funcionalidad. Una característica importante que se ha incorporado para garantizar la integridad de los datos es un diccionario sintáctico. Para permitir la persistencia de los datos entre sesiones del usuario se ha implementado una base de datos virtual (que se prevé se reemplace por una real), que permite manejar, tablas, campos clave, etc. con el fin de guardar todos los datos del entorno, tanto los de configuración que solo serían responsabilidad de los administradores/desarrolladores como los datos maestros y transaccionales que serían gestionados por los usuarios finales del entorno de simulación. ABSTRACT. This end-of-degree project comprises the design, study and implementation of a software based application able to simulate the various aspects and performance of a radar system. A blueprint for this application has been constructed upon the Matlab programming language. This is due to the fact that initially it was thought to be the one most suitable to the complex signals radar systems usually process; but it has proven to be less than adequate for all the other core processes the simulation environment must provide users with. The software’s design has been based on another existing software which is the one developed by the SAP company for managing enterprises, a software categorized (and considered the paradigm of) as E.R.P. software (E.R.P. stands for Enterprise Resource Planning). This software has been selected as a model because is very well suited (its basic features) for working in an orderly fashion with a pretty good quantity of data of very diverse characteristics, and for doing it in a way which protects the integrity of the data. To design and construct the simulation environment with all its potential features is a pretty hard task and requires a great amount of effort and work to be dedicated to its accomplishment. Due to this, the scope of this end-of-degree project has been focused to design and construct a very basic prototype with minimal features, but which way future developments and upgrades to the systems features should go has also been pointed. In a purely functional approach, i.e. disregarding completely the specific implementation which accomplishes the simulation features, the different parts or aspects of the simulation system have been divided and classified into blocks. The blocks will gather together and comprise the various components related with a specific aspect of the simulation landscape, for example, block number one will be the one dealing with all the features related to the radars system target. The user interaction with the system will be based on the execution of so called transactions, which essentially consist on bunches of information which logically belong together and can thus be managed together. A good example, could be a transaction which permits to maintain a series of specifications for target’s paths; but it could also be something completely unrelated with the radar system itself as for example, the management of the users who can access the system. Transactions will be thus the minimum unit of interaction of users with the system. The graphic interface provided to the user will be mode based, which can be considered something akin to a set of independent windows which are able on their own to sustain the execution of an independent transaction. The user ideally should be able to work with as many modes simultaneously as he wants to, switching his focus between them at will. The approach to the software construction has been based on the object based paradigm. An effort has been made to maximize the code’s reutilization and also in maximizing its customizing, i.e., same sets of code able to perform different tasks based on configuration data. An important feature incorporated to the software has been a data dictionary (a syntactic one) which helps guarantee data integrity. Another important feature that allow to maintain data persistency between user sessions, is a virtual relational data base (which should in future times become a real data base) which allows to store data in tables. The data store in this tables comprises both the system’s configuration data (which administrators and developers will maintain) and also master and transactional data whose maintenance will be the end users task.

Stem CO2 efflux and its contribution to ecosystem CO2 efflux decrease with drought in a Mediterranean forest stand

tThe rate of metabolic processes demanding energy in tree stems changes in relation with prevailing cli-matic conditions. Tree water availability can affect stem respiration through impacts on growth, phloemtransport or maintenance of diverse cellular processes, but little is known on this topic. Here we moni-tored seasonal changes in stem CO2efflux (Fs), radial growth, sap flow and non-structural carbohydrates intrees of Quercus ilex in a Mediterranean forest stand subjected since 2003 to either partial (33%) through-fall exclusion (E) or unchanged throughfall (C). Fsincreased exponentially during the day by an effectof temperature, although sap flow attenuated the increase in Fsduring the day time. Over the year, Fsalso increased exponentially with increasing temperatures, but Fscomputed at a standard temperatureof 15?C (F15s) varied by almost 4-fold among dates. F15swas the highest after periods of stem growth anddecreased as tree water availability decreased, similarly in C and E treatments. The decline in F15swas notlinked to a depletion of soluble sugars, which increased when water stress was higher. The proportionof ecosystem respiration attributed to the stems was highest following stem growth (23.3%) and lowestduring the peak of drought (6.5%). High within-year variability in F15smakes unadvisable to pool annualdata of Fsvs. temperature to model Fsat short time scales (hours to months) in Mediterranean-type for-est ecosystems. We demonstrate that water availability is an important factor governing stem CO2effluxand suggest that trees in Mediterranean environments acclimate to seasonal drought by reducing stemrespiration. Stem respiratory rates do not seem to change after a long-term increase in drought intensity,however.

Unearthing the roots of degradation of Quercus pyrenaica coppices: an integrative perspective from clonal structure to carbon budgets

Quercus pyrenaica es una especie rebrotadora de raíz intensa e históricamente aprovechada en monte bajo para la obtención de leñas, carbón y pastos. Debido al éxodo rural y a la aparición de nuevas fuentes energéticas, este aprovechamiento fue abandonado en la década de 1970. Desde entonces, las bajas producciones de madera y bellota y el puntisecado de los pies evidencian el generalizado estancamiento de estas masas. Uno de los mayores retos actuales de la selvicultura en el ámbito mediterráneo es encontrar usos alternativos para estos montes abandonados, siendo la conversión a monte alto una de las alternativas preferidas. Se han realizado resalveos de conversión, sin embrago, éstos se aplican sin un conocimiento integral de las causas de la degradación. En esta tesis doctoral, estudiamos un hipotético desequilibrio entre la parte radical y la parte aérea (R:S) de las cepas de rebollo como causa subyacente de su decaimiento. En una parcela experimental, aprovechada al menos desde el siglo XII, se realizaron análisis genéticos a priori para elucidar la estructura genética del rodal, y así estudiar la influencia del tamaño clonal en el funcionamiento de las cepas. Las cepas de mayor tamaño presentaron un menor crecimiento diametral de sus pies, así como mayores tasas de respiración radical, estimadas a partir de flujos internos de CO2 a través del xilema (FT) y de los flujos de CO2 del suelo. Estos resultados sugieren que el desequilibrio R:S aumenta con el tamaño clonal, dado que la eliminación periódica de órganos aéreos, al mismo tiempo que las raíces permanecen intactas, da lugar a un gran desarrollo del sistema radical que consume gran parte de los carbohidratos no estructurales (NSC) en respiración de mantenimiento, comprometiendo así el desarrollo de órganos aéreos. Se excavaron y pesaron dos cepas compuestas por cuatro y ocho pies, las cuales mostraron ratios R:S (0.5 y 1, respectivamente) superiores a los registrados en pies de origen sexual. Al igual que en otras especies rebrotadoras de raíz, se observaron altas concentraciones de NSC en las raíces (> 20% en primavera) y una gran proporción de albura en el sistema radical (52%) que alberga una notable reserva de NSC (87 kg en la cepa de mayor tamaño). En el sistema radical de dicha cepa, estimada mediante dataciones radiocarbónicas en 550 años de edad, se contaron 248 uniones radicales. La persistencia de sistemas radicales grandes, viejos, y altamente interconectados sugiere que la gran cantidad de recursos almacenados y consumidos en las raíces compensan un pobre desarrollo aéreo con una alta resiliencia vegetativa. Para un mejor entendimiento de los balances de carbono y del agotamiento de NSC en las cepas de rebollo, se midieron los flujos internos y externos de CO2 en troncos y los flujos de CO2 del suelo, y se estimó la respiración de órganos aéreos (RS) y subterráneos (RR). Estacionalmente, RS y RR reflejaron las dinámicas de flujo de savia y de crecimiento del tronco, y estuvieron determinadas principalmente por los flujos externos de CO2, dada la escasa contribución de FT a RS y RR (< 10% y < 2%, respectivamente). En una escala circadiana, la contribución de FT a RS aumentó hasta un 25% en momentos de alta transpiración. Las bajas concentraciones de CO2 en el xilema ([CO2] hasta un 0.11%) determinaron comparativamente unos bajos FT, probablemente causados por una limitada respiración del xilema y una baja resistencia a la difusión radial del CO2 impuestos por la sequía estival. Los pulsos de [CO2] observados tras las primeras lluvias de otoño apoyan esta idea. A lo largo del periodo vegetativo, el flujo medio de CO2 procedente del suelo (39 mol CO2 day-1) fue el mayor flujo respiratorio, tres y cuatro veces superior a RS (12 mol CO2 day-1) y RR (8-9 mol CO2 day-1), respectivamente. Ratios RR/RS menores que la unidad evidencian un importante peso de la respiración aérea como sumidero de carbono adicional. Finalmente, se ensayó el zanjado de raíces y el anillamiento de troncos como tratamientos selvícolas alternativos con el objetivo de aumentar las reservas de NSC en los troncos de las cepas. Los resultados preliminares desaconsejan el zanjado de raíces por el alto coste derivado posiblemente de la cicatrización de las heridas. El anillado de troncos imposibilitó el transporte de NSC a las raíces y aumentó la concentración de almidón por encima de la zona anillada, mientras que sistema radical se mantiene por los pies no anillados de la cepa. Son necesarias más mediciones y datos adicionales para comprobar el mantenimiento de esta respuesta positiva a largo plazo. Para concluir, destacamos la necesidad de estudios multidisciplinares que permitan una comprensión integral de la degradación de los rebollares ibéricos para poder aplicar a posteriori una gestión adecuada en estos montes bajos abandonados. ABSTRACT Quercus pyrenaica is a vigorous root-resprouting species intensively and historically coppiced for firewood, charcoal and woody pastures. Due to the rural exodus and the appearance of new energy sources, coppicing was abandoned towards 1970. Since then, tree overaging has resulted in stand stagnation displayed by slow stem growth, branch dieback, and scarce acorn production. The urgent need to find new alternative uses for abandoned coppices is recognized as one of the biggest challenges which currently faces Mediterranean silviculture; conversion into high forest by thinning is one of the preferred alternatives. For this aim, thinning has been broadly applied and seldom tested, although without a comprehensive understanding of the causes of stand stagnation. In this PhD study, we test the hypothesis of an imbalance between above- and below-ground organs, result of long term coppicing, as the underlying cause of Q. pyrenaica decay. In an experimental plot coppiced since at least the 12th century, genetic analyses were performed a priori to elucidate inconspicuous clonal structure of Q. pyrenaica to evaluate how clonal size affects the functioning of these multi-stemmed trees. Clonal size negatively affected diametric stem growth, whereas root respiration rates, measured by internal fluxes of CO2 through xylem (FT) and soil CO2 efflux, increased with clonal size. These results suggest root-to-shoot (R:S) imbalance intensifying with clonal size: periodic removal of aboveground organs whilst belowground organs remain undisturbed may have led to massive root systems which consume a great proportion of non-structural carbohydrates (NSC) for maintenance respiration, thus constraining aboveground performance. Furthermore, excavation of two multi-stemmed trees, composed by four and eight stems, revealed R:S ratios (0.5 and 1, respectively) greater than those reported for sexually regenerated trees. Moreover, as similarly observed in several root-resprouting species, NSC allocation to roots was favored ([NSC] > 20% in spring): a large proportion of sapwood maintained throughout the root system (52%) stored a remarkable NSC pool of 87 kg in the case of the largest clone. In this root system of the eight-stemmed tree, 248 root connections were counted and, by radiocarbon dating, its age was estimated to be 550-years-old. Persistence of massive, old and highly interconnected root systems suggests that enhanced belowground NSC storage and consumption reflects a trade-off between vegetative resilience and aboveground development. For a better understanding of tree carbon budget and the potential role of carbon starvation in Q. pyrenaica decay, internal and external stem CO2 fluxes and soil CO2 effluxes were monitored to evaluate respiratory costs above- and below-ground. On a seasonal scale, stem and root respiration (RS and RR) mirrored sap flow and stem growth dynamics. Respiration was determined to the greatest extent by external fluxes of CO2 to the atmosphere or soil, since FT accounted for a low proportion of RS and RR (< 10% and < 2%, respectively). On a diel scale, the contribution of FT to RS increased up to 25% at high transpiration rates. Comparatively low FT was determined by the low concentration of xylem CO2 registered ([CO2] as low as 0.11%), likely as a consequence of constrained xylem respiration and reduced resistance to CO2 radial diffusion imposed by summer drought. Xylem [CO2] pulses following first autumn rains support this idea. Averaged over the growing season, soil CO2 efflux was the greatest respiratory flux (39 mol CO2 day-1), three and four times greater than RS (12 mol CO2 day-1) and RR (8-9 mol CO2 day-1), respectively. Ratios of RR/RS below one evidence an additional and important weight of aboveground respiration as a tree carbon sink. Finally, root trenching and stem girdling were tested as complimentary treatments to thinning as a means to improve carbon reserves in stems of clonal trees. Preliminary results discouraged root trenching due to the high cost likely incurred for wound closure. Stem girdling successfully blocked NSC translocation downward, increasing starch concentrations above the girdled zone whilst the root system is fed by non-girdled stems within the clone. Further measurements and ancillary data are necessary to verify that this positive effect hold over time. To conclude, the need of multidisciplinary approaches for an integrative understanding on the functioning of abandoned Q pyrenaica coppices is highlighted for an appropriate management of these stands.

Criterios de dimensionamiento en estado límite de servicio de tableros de puentes con sistema de atirantamiento extradosado

Los criterios de dimensionamiento en tableros de hormigón pretensado están claramente establecidos para sistemas de pretensado convencional adherente o no, interior o exterior a la losa del tablero así como para sistemas de atirantamiento convencionales. Pero no para sistemas de atirantamiento no convencional como los puentes de atirantamiento extradosado. Con la realización de este trabajo, se pretende llegar a unos criterios de dimensionamiento en Estado Límite de Servicio (ELS), analizando los criterios de dimensionamiento ya existentes en sistemas de atirantamiento convencional, estableciendo las bases para su generalización al sistema de atirantamiento extradosado. El desarrollo del presente proyecto comenzará con una breve introducción sobre los sistemas estructurales con cables y tirantes, explicando sus características y comportamientos estructurales y dará paso al desarrollo del proyecto, utilizando para dicho estudio la modelización de un puente atirantado y otro dos extradosados, uno cuyos tirantes soportarán el 100% de la carga permanente mientras que en el otro soportarán el 60%. Se ha utilizado el programa de elementos finitos SAP 2000 v.17 para su modelación. Para llegar al dimensionamiento óptimo del puente extradosado, se han llevado a cabo diferentes cálculos para el predimensionamiento del pretensado, el efecto de la fluencia y el dimensionamiento final del pretensado. Llegando finalmente al coste que supondría el acero de cada una de las tipologías estudiadas.

Respuestas anatómico fisiológicas frente a estrés hídrico en plantaciones de especies de crecimiento rápido para la producción de biomasa

El objetivo general de la presente Tesis es identificar algunas de las características anatómico-fisiológicas que confieren la capacidad de alcanzar una mejor productividad bajo clima mediterráneo a plantas de diversos genotipos de los géneros Populus y Eucalyptus, caracterizados por su carácter pionero, elevado crecimiento y vulnerabilidad a la cavitación. En los dos primeros capítulos se hace un seguimiento de la conductancia estomática a una selección de clones de eucalipto cultivados en invernadero, sometidos a diferentes dotaciones hídricas. Se realizaron además mediciones periódicas del pH de la savia del tallo y de la pérdida de conductividad hidráulica para investigar su implicación en la regulación química e hidraúlica del cierre estomático. Las variaciones en el pH de la savia obtenidas parecen responder a cambios en el déficit de presión de vapor de agua atmosférico y no a diferencias en la disponibilidad de agua en el suelo. La conductancia estomática presentó una correlación positiva significativa con el pH de la savia, pero no con la conductividad hidráulica. La variabilidad de la conductividad hidráulica máxima se discute a la luz de recientes investigaciones sobre los materiales constituyentes de las membranas de las punteaduras. Los clones que mostraron mayores conductancias hidráulicas y estomáticas presentaron valores más altos de producción y supervivencia, poniendo de manifiesto la utilidad del estudio de estas variables. Por el contrario, los valores más bajos de conductancia estomática e hidraúlica se encontraron en clones que han resultado un fracaso en plantaciones comerciales, en particular, fue destacable el mal resultado de un clon procedente de autocruzamiento respecto de otros híbridos. En el tercer capítulo de la tesis se estudian características anatómicas y funcionales del xilema relacionadas con la eficiencia en el transporte de agua a las hojas, y que pueden afectar directa o indirectamente a la transpiración y al crecimiento. Los estudios anatómicos fueron realizados sobre brotes anuales de chopo en una plantación situada en Granada, en condiciones de riego limitante. La combinación de rasgos anatómicos más favorable de cara a la producción de biomasa fue una densidad alta de vasos de diámetro intermedio. Los clones más productivos figuraron entre los más resistentes a la cavitación. Para estudiar el crecimiento de masas arboladas se utilizan frecuentemente parámetros fisiológicos como el índice de area foliar (LAI). La estimación del LAI a partir de fotografías hemisféricas aplicada a tallares de chopo plantados a alta densidad y a turno corto para biomasa se lleva a cabo mediante una metodología reciente empleada y discutida en el cuarto capítulo de la Tesis. Los resultados muestran que las diferencias de producción existentes entre genotipos, localidades de medición con diferentes dosis de riego, y años, pueden predecirse a partir de la determinación del índice de área foliar tanto por métodos directos como indirectos de estimación. Tanto los estudios realizados en eucalipto como en chopo han mostrado que los genotipos con menores producciones de biomasa en campo alcanzaron los menores valores de conductancia estomática en las condiciones más favorables así como el menor número de vasos en el xilema. La estrecha relación entre crecimiento y LAI confirma una vez más la importancia del desarrollo de la copa para sostener un buen crecimiento. El mayor desarrollo de la copa y rendimiento en biomasa se midieron en uno de los clones con un número de vasos más elevado, y menor vulnerabilidad a la cavitación en condiciones de estrés. Estos resultados ponen de manifiesto la importancia de las características anatómicas y funcionales del xilema como condicionantes del patrón de crecimiento de las plantas y el comportamiento de los estomas. ABSTRACT A number of anatomical xylem traits and physiological variables were analyzed in genotypes of both the Populus and Eucalyptus genera with the main aim of identifying traits in the genotypes which confer the ability to produce an acceptable biomass yield under Mediterranean climatic conditions. In the first two chapters of this PhD, the results of two experiments carried out on several clones of the species Eucalyptus globulus Labill. are presented. Chapters three and four include the results of another two trials on four poplar hybrid genotypes. One of the initial plant responses to water stress is stomatal closure, which can be triggered by hydraulic and/or chemical signals. The two first chapters of this PhD deal with trials in which stomatal conductance and percentage loss of hydraulic conductivity were monitored on a set of eucalyptus clones supplied by ENCE (former National Cellulose Company) and currently used in the company’s own commercial plantings. The experimental trials were carried out in greenhouses and the plants were submitted to two different watering regimes. The pH of the stem sap was periodically measured as the greenhouse temperature and humidity changed. The aim of these measurements was to investigate the role of both sap pH and percentage loss of hydraulic conductivity on stomatal regulation. The results obtained suggest that changes in sap pH are a response to vapor pressure deficit changes rather than to differences in soil water availability. We found significant correlation between stomatal conductance and sap pH, although no significant relationship was found between stomatal conductance and hydraulic conductivity. Variability in maximum hydraulic conductivity is discussed based on recent pit membrane constituent research. The study of hydraulic conductivity proved helpful in order to detect the clones with both higher growth and greater chance of survival, since clones displaying the lowest hydraulic conductivities were those that failed in commercial plantings. Anatomical xylem traits define the water transport efficiency to leaves and can therefore limit transpiration and growth. The third chapter of this PhD addresses anatomical xylem traits in poplar. One year old stem samples were taken from a water-stressed trial in Granada. The anatomical xylem study proved useful for detecting the lowest yielding genotypes. Clones with intermediate vessel size and high vessel densities were found to be those with the highest biomass yield. Differences in cavitation resistance depending on the clone tested and the water treatment applied were also found. The clones with the highest biomass yield were found to be among the most cavitation resistant clones in each watering regime. Xylem and physiological traits along with stomatal behavior are useful tools to determine plant growth. In order to study plantings or forests, it is more common to employ other physiological variables such as leaf area index (LAI). LAI estimation from hemispherical photographs applied to short rotation woody crops is a recently developed method that still requires fine tuning through further investigation. In the fourth chapter, data from LAI monitoring over two consecutive years were analyzed in two different locations where different irrigation treatments were applied. The results showed that differences in yield between genotypes, different irrigation regimes and years could be predicted by using the LAI estimates, either through direct or indirect estimation methods. Our studies of poplar and eucalyptus have shown that the field-grown genotypes with the lowest biomass yield displayed the lowest values of stomatal conductance under the most favorable environmental conditions and also had a low number of xylem conduits. The close relationship between LAI and growth highlights the importance of crown development in biomass growth. The highest LAI and biomass yield were recorded in one of the clones with higher vessel density and the lowest vulnerability to cavitation under stress conditions. These results underline the importance of research into anatomical and functional traits as factors influencing plant growth patterns and stomatal behavior.