An Automatic Quantification and Registration Strategy to Create a Gene Expression Atlas of Zebrafish Embryogenesis

In order to properly understand and model the gene regulatory networks in animals development, it is crucial to obtain detailed measurements, both in time and space, about their gene expression domains. In this paper, we propose a complete computational framework to fulfill this task and create a 3D Atlas of the early zebrafish embryogenesis annotated with both the cellular localizations and the level of expression of different genes at different developmental stages. The strategy to construct such an Atlas is described here with the expression pattern of 5 different genes at 6 hours of development post fertilization.

Multi-microphone recordings (EigenMike32) inside a WFS system (Iosono) through Ambisonics techniques using Matlab

El audio multicanal ha avanzado a pasos agigantados en los últimos años, y no solo en las técnicas de reproducción, sino que en las de capitación también. Por eso en este proyecto se encuentran ambas cosas: un array microfónico, EigenMike32 de MH Acoustics, y un sistema de reproducción con tecnología Wave Field Synthesis, instalado Iosono en la Jade Höchscule Oldenburg. Para enlazar estos dos puntos de la cadena de audio se proponen dos tipos distintos de codificación: la reproducción de la toma horizontal del EigenMike32; y el 3er orden de Ambisonics (High Order Ambisonics, HOA), una técnica de codificación basada en Armónicos Esféricos mediante la cual se simula el campo acústico en vez de simular las distintas fuentes. Ambas se desarrollaron en el entorno Matlab y apoyadas por la colección de scripts de Isophonics llamada Spatial Audio Matlab Toolbox. Para probar éstas se llevaron a cabo una serie de test en los que se las comparó con las grabaciones realizadas a la vez con un Dummy Head, a la que se supone el método más aproximado a nuestro modo de escucha. Estas pruebas incluían otras grabaciones hechas con un Doble MS de Schoeps que se explican en el proyecto “Sally”. La forma de realizar éstas fue, una batería de 4 audios repetida 4 veces para cada una de las situaciones garbadas (una conversación, una clase, una calle y un comedor universitario). Los resultados fueron inesperados, ya que la codificación del tercer orden de HOA quedo por debajo de la valoración Buena, posiblemente debido a la introducción de material hecho para un array tridimensional dentro de uno de 2 dimensiones. Por el otro lado, la codificación que consistía en extraer los micrófonos del plano horizontal se mantuvo en el nivel de Buena en todas las situaciones. Se concluye que HOA debe seguir siendo probado con mayores conocimientos sobre Armónicos Esféricos; mientras que el otro codificador, mucho más sencillo, puede ser usado para situaciones sin mucha complejidad en cuanto a espacialidad. In the last years the multichannel audio has increased in leaps and bounds and not only in the playback techniques, but also in the recording ones. That is the reason of both things being in this project: a microphone array, EigenMike32 from MH Acoustics; and a playback system with Wave Field Synthesis technology, installed by Iosono in Jade Höchscule Oldenburg. To link these two points of the audio chain, 2 different kinds of codification are proposed: the reproduction of the EigenMike32´s horizontal take, and the Ambisonics´ third order (High Order Ambisonics, HOA), a codification technique based in Spherical Harmonics through which the acoustic field is simulated instead of the different sound sources. Both have been developed inside Matlab´s environment and supported by the Isophonics´ scripts collection called Spatial Audio Matlab Toolbox. To test these, a serial of tests were made in which they were compared with recordings made at the time by a Dummy Head, which is supposed to be the closest method to our hearing way. These tests included other recording and codifications made by a Double MS (DMS) from Schoeps which are explained in the project named “3D audio rendering through Ambisonics techniques: from multi-microphone recordings (DMS Schoeps) to a WFS system, through Matlab”. The way to perform the tests was, a collection made of 4 audios repeated 4 times for each recorded situation (a chat, a class, a street and college canteen or Mensa). The results were unexpected, because the HOA´s third order stood under the Well valuation, possibly caused by introducing material made for a tridimensional array inside one made only by 2 dimensions. On the other hand, the codification that consisted of extracting the horizontal plane microphones kept the Well valuation in all the situations. It is concluded that HOA should keep being tested with larger knowledge about Spherical Harmonics; while the other coder, quite simpler, can be used for situations without a lot of complexity with regards to spatiality.

Diseño, optimización y análisis de sistemas basados en técnicas láser, para el modelado geométrico, registro y documentación, aplicados a entidades de interés patrimonial.

El objetivo de la presente tesis doctoral es el desarrollo e implementación de un sistema para mejorar la metodología de extracción de la información geométrica necesaria asociada a los procesos de documentación de entidades de interés patrimonial, a partir de la información proporcionada por el empleo de sensores láser, tanto aéreos como terrestres. Para ello, inicialmente se realiza una presentación y justificación de los antecedentes y la problemática en el registro de información geométrica para el patrimonio, detallando todos aquellos sistemas de registro y análisis de la información geométrica utilizados en la actualidad. Este análisis permitirá realizar la comparación con los sistemas de registro basados en técnicas láser, aportando sugerencias de utilización para cada caso concreto. Posteriormente, se detallan los sistemas de registro basados en técnicas láser, comenzando por los sensores aerotransportados y concluyendo con el análisis pormenorizado de los sensores terrestres, tanto en su aplicación en modo estático como móvil. Se exponen las características técnicas y funcionamiento de cada uno de ellos, así como los ámbitos de aplicación y productos generados. Se analizan las fuentes de error que determinan la precisión que puede alcanzar el sistema. Tras la exposición de las características de los sistemas LiDAR, se detallan los procesos a realizar con los datos extraídos para poder generar la información necesaria para los diferentes tipos de objetos analizados. En esta exposición, se hace hincapié en los posibles riesgos que pueden ocurrir en algunas fases delicadas y se analizarán los diferentes algoritmos de filtrado y clasificación de los puntos, fundamentales en el procesamiento de la información LiDAR. Seguidamente, se propone una alternativa para optimizar los modelos de procesamiento existentes, basándose en el desarrollo de algoritmos nuevos y herramientas informáticas que mejoran el rendimiento en la gestión de la información LiDAR. En la implementación, se han tenido en cuenta características y necesidades particulares de la documentación de entidades de interés patrimonial, así como los diferentes ámbitos de utilización del LiDAR, tanto aéreo como terrestre. El resultado es un organigrama de las tareas a realizar desde la nube de puntos LiDAR hasta el cálculo de los modelos digitales del terreno y de superficies. Para llevar a cabo esta propuesta, se han desarrollado hasta 19 algoritmos diferentes que comprenden implementaciones para el modelado en 2.5D y 3D, visualización, edición, filtrado y clasificación de datos LiDAR, incorporación de información de sensores pasivos y cálculo de mapas derivados, tanto raster como vectoriales, como pueden ser mapas de curvas de nivel y ortofotos. Finalmente, para dar validez y consistencia a los desarrollos propuestos, se han realizado ensayos en diferentes escenarios posibles en un proceso de documentación del patrimonio y que abarcan desde proyectos con sensores aerotransportados, proyectos con sensores terrestres estáticos a media y corta distancia, así como un proyecto con un sensor terrestre móvil. Estos ensayos han permitido definir los diferentes parámetros necesarios para el adecuado funcionamiento de los algoritmos propuestos. Asimismo, se han realizado pruebas objetivas expuestas por la ISPRS para la evaluación y comparación del funcionamiento de algoritmos de clasificación LiDAR. Estas pruebas han permitido extraer datos de rendimiento y efectividad del algoritmo de clasificación presentado, permitiendo su comparación con otros algoritmos de prestigio existentes. Los resultados obtenidos han constatado el funcionamiento satisfactorio de la herramienta. Esta tesis está enmarcada dentro del proyecto Consolider-Ingenio 2010: “Programa de investigación en tecnologías para la valoración y conservación del patrimonio cultural” (ref. CSD2007-00058) realizado por el Consejo Superior de Investigaciones Científicas y la Universidad Politécnica de Madrid. ABSTRACT: The goal of this thesis is the design, development and implementation of a system to improve the extraction of useful geometric information in Heritage documentation processes. This system is based on information provided by laser sensors, both aerial and terrestrial. Firstly, a presentation of recording geometric information for Heritage processes is done. Then, a justification of the background and problems is done too. Here, current systems for recording and analyzing the geometric information are studied. This analysis will perform the comparison with the laser system techniques, providing suggestions of use for each specific case. Next, recording systems based on laser techniques are detailed. This study starts with airborne sensors and ends with terrestrial ones, both in static and mobile application. The technical characteristics and operation of each of them are described, as well as the areas of application and generated products. Error sources are also analyzed in order to know the precision this technology can achieve. Following the presentation of the LiDAR system characteristics, the processes to generate the required information for different types of scanned objects are described; the emphasis is on the potential risks that some steps can produce. Moreover different filtering and classification algorithms are analyzed, because of their main role in LiDAR processing. Then, an alternative to optimize existing processing models is proposed. It is based on the development of new algorithms and tools that improve the performance in LiDAR data management. In this implementation, characteristics and needs of the documentation of Heritage entities have been taken into account. Besides, different areas of use of LiDAR are considered, both air and terrestrial. The result is a flowchart of tasks from the LiDAR point cloud to the calculation of digital terrain models and digital surface models. Up to 19 different algorithms have been developed to implement this proposal. These algorithms include implementations for 2.5D and 3D modeling, viewing, editing, filtering and classification of LiDAR data, incorporating information from passive sensors and calculation of derived maps, both raster and vector, such as contour maps and orthophotos. Finally, in order to validate and give consistency to the proposed developments, tests in different cases have been executed. These tests have been selected to cover different possible scenarios in the Heritage documentation process. They include from projects with airborne sensors, static terrestrial sensors (medium and short distances) to mobile terrestrial sensor projects. These tests have helped to define the different parameters necessary for the appropriate functioning of the proposed algorithms. Furthermore, proposed tests from ISPRS have been tested. These tests have allowed evaluating the LiDAR classification algorithm performance and comparing it to others. Therefore, they have made feasible to obtain performance data and effectiveness of the developed classification algorithm. The results have confirmed the reliability of the tool. This investigation is framed within Consolider-Ingenio 2010 project titled “Programa de investigación en tecnologías para la valoración y conservación del patrimonio cultural” (ref. CSD2007-00058) by Consejo Superior de Investigaciones Científicas and Universidad Politécnica de Madrid.

Tecnología de registro y reproducción sonora para entornos de realidad virtual

Este proyecto de fin de carrera tiene como objetivo obtener una visión detallada de los sistemas y tecnologías de grabación y reproducción utilizadas para aplicaciones de audio 3D y entornos de realidad virtual, analizando las diferentes alternativas existentes, su funcionamiento, características, detalles técnicos y sus ámbitos de aplicación. Como punto de partida se estudiará la teoría psicoacústica y la localización de fuentes sonoras en el espacio, base para el estudio de los sistemas de audio 3D. Se estudiará tanto la espacialización sonora en un espacio real y la espacialización virtual (simulación mediante procesado de información de la localización de fuentes sonoras), en los que intervienen algunos fenómenos acústicos y psicoacústicos como ITD, o diferencia de tiempo que existe entre una señal acústica que llega a los pabellones auditivos, la ILD, o diferencia de intensidad o amplitud que hay entre la señal que llega a los pabellones auditivos y la localización espacial mediante otra serie de mecanismos biaurales. Tras una visión general de la teoría psicoacústica y la espacialización sonora, se analizarán con detalle los elementos de grabación y reproducción existentes para audio 3D. Concretamente, a lo largo del proyecto se profundizará en el funcionamiento del sistema estéreo, caracterizado por el posicionamiento sonoro mediante la utilización de dos canales; del sistema biaural, caracterizado por reconstruir campos sonoros mediante el uso de las HRTF; de los sistemas multicanal, detallando gran parte de las alternativas y configuraciones existentes; del sistema Ambiophonics, caracterizado por implementar filtros de cruce; del sistema Ambisonics, y sus diferentes formatos y técnicas de codificación y decodificación; y del sistema Wavefield Synthesis, caracterizado por recrear ambientes sonoros en grandes espacios. ABSTRACT This project aims to get a detailed view of recording and reproducing systems and technologies used to 3D audio applications and virtual reality environments, analyzing the different alternatives available, their functioning, features, technical details and their different scopes of applications. As a starting point, will be studied the psychoacoustic theory and the localization of sound sources in space, basis for the 3D audio study. Will be studied both the spacialization of sound sources in real space as virtual spatialization of sound sources (simulation by information processing of localization of sound sources), in which involves some acoustic and psychoacoustic phenomena like ITD (or the Interaural time difference), the ILD, (or the Interaural Level Difference) and spatial localization by another set of binaural mechanisms. After a general overview of the psychoacoustics theory and the sound spatialization, will be analyzed in detail existing methods of recording and reproducing for 3D audio. Specifically, during the project will analyze the characteristics of the stereo systems, characterized by sound positioning using two channels; the binaural systems, characterized by reconstructing sound fields by using the HRTF; the multichannel systems, detailing many of the existing alternatives and configurations; the Ambiophonics system, which is characterized by implementing crosstalk elimination techniques; the Ambiosonics system, and its various formats and encoding and decoding techniques; and the Wavefield Synthesis system, characterized by recreate soundscapes in large spaces.

Interfaz gráfica y fase de pruebas de software de vídeo forense (Sistema de codificación DV)

El presente proyecto fin de carrera, realizado por el ingeniero técnico en telecomunicaciones Pedro M. Matamala Lucas, es la fase final de desarrollo de un proyecto de mayor magnitud correspondiente al software de vídeo forense SAVID. El propósito del proyecto en su totalidad es la creación de una herramienta informática capacitada para realizar el análisis de ficheros de vídeo, codificados y comprimidos por el sistema DV –Digital Video-. El objetivo del análisis, es aportar información acerca de si la cinta magnética presenta indicios de haber sido manipulada con una edición posterior a su grabación original, además, de mostrar al usuario otros datos de interés como las especificaciones técnicas de la señal de vídeo y audio. Por lo tanto, se facilitará al usuario, analista de vídeo forense, información que le ayude a valorar la originalidad del contenido del soporte que es sujeto del análisis. El objetivo específico de esta fase final, es la creación de la interfaz de usuario del software, que informa tanto del código binario de los sectores significativos, como de su interpretación tras el análisis. También permitirá al usuario el reporte de los resultados, además de otras funcionalidades que le permitan la navegación por los sectores del código que han sido modificados como efecto colateral de la edición de la cinta magnética original. Otro objetivo importante del proyecto ha sido la investigación de metodologías y técnicas de desarrollo de software para su posterior implementación, buscando con esto, una mayor eficiencia en la gestión del tiempo y una mayor calidad de software con el fin de garantizar su evolución y sostenibilidad en el futuro. Se ha hecho hincapié en las metodologías ágiles que han ido ganando relevancia en el sector de las tecnologías de la información en las últimas décadas, sustituyendo a metodologías clásicas como el desarrollo en cascada. Su flexibilidad durante el ciclo de vida del software, permite obtener mejores resultados cuando las especificaciones no están del todo definidas, ajustándose de este modo a las condiciones del proyecto. Resumiendo las especificaciones técnicas del software, C++ es el lenguaje de programación orientado a objetos con el que se ha desarrollado, utilizándose la tecnología MFC -Microsoft Foundation Classes- para la implementación. Es un proyecto MFC de tipo cuadro de dialogo,creado, compilado y publicado, con la herramienta de desarrollo integrado Microsoft Visual Studio 2010. La arquitectura con la que se ha estructurado es la arquetípica de tres capas, compuesta por la interfaz de usuario, capa de negocio y capa de acceso a datos. Se ha visto necesario configurar el proyecto con compatibilidad con CLR –Common Languages Runtime- para poder implementar la funcionalidad de creación de reportes. Acompañando a la aplicación informática, se presenta la memoria del proyecto y sus anexos correspondientes a los documentos EDRF –Especificaciones Detalladas de Requisitos funcionales-, EIU –Especificaciones de Interfaz de Usuario , DT -Diseño Técnico- y Guía de Usuario. SUMMARY. This dissertation, carried out by the telecommunications engineer Pedro M. Matamala Lucas, is in its final stage and is part of a larger project for the software of forensic video called SAVID. The purpose of the entire project is the creation of a software tool capable of analyzing video files that are coded and compressed by the DV -Digital Video- System. The objective of the analysis is to provide information on whether the magnetic tape shows signs of having been tampered with after the editing of the original recording, and also to show the user other relevant data and technical specifications of the video signal and audio. Therefore the user, forensic video analyst, will have information to help assess the originality of the content of the media that is subject to analysis. The specific objective of this final phase is the creation of the user interface of the software that provides information about the binary code of the significant sectors and also its interpretation after analysis. It will also allow the user to report the results, and other features that will allow browsing through the sections of the code that have been modified as a secondary effect of the original magnetic tape being tampered. Another important objective of the project is the investigation of methodologies and software development techniques to be used in deployment, with the aim of greater efficiency in time management and enhanced software quality in order to ensure its development and maintenance in the future. Agile methodologies, which have become important in the field of information technology in recent decades, have been used during the execution of the project, replacing classical methodologies such as Waterfall Development. The flexibility, as the result of using by agile methodologies, during the software life cycle, produces better results when the specifications are not fully defined, thus conforming to the initial conditions of the project. Summarizing the software technical specifications, C + + the programming language – which is object oriented and has been developed using technology MFC- Microsoft Foundation Classes for implementation. It is a project type dialog box, created, compiled and released with the integrated development tool Microsoft Visual Studio 2010. The architecture is structured in three layers: the user interface, business layer and data access layer. It has been necessary to configure the project with the support CLR -Common Languages Runtime – in order to implement the reporting functionality. The software application is submitted with the project report and its annexes to the following documents: Functional Requirements Specifications - Detailed User Interface Specifications, Technical Design and User Guide.

El sistema de grabación y reproducción sonora ambiofónico

Este proyecto fin de carrera trata del sistema de grabación y reproducción sonora ambiofónico, destacar que este sistema y la tecnología que emplea es de dominio público. La ambiofonía se basa en un amalgama de investigaciones recientes y de los ya bien sabidos principios psicoacústicos y binaurales. Estos avances han expandido nuevas fronteras en lo concerniente a la grabación y reproducción de audio, así como de presentar al oyente un campo sonoro a la entrada de sus oídos lo más parecido posible al campo sonoro al que se expondría al oyente en el momento y lugar de la toma de sonido, es decir, reconstruye un campo sonora binaural. Este sistema ha podido desarrollarse, de una manera bastante satisfactoria, gracias a todos los estudios y textos anteriores en materia de psicoacústica y del mecanismo de escucha humano. Otro factor gracias al cual es posible y asequible, tanto el desarrollo como el disfrute de esta tecnología, es el hecho que en nuestros días es muy económico disponer de ordenadores lo suficientemente potentes y rápidos para realizar el procesado de señales que se requiere de una manera bastante rápida. Los desarrolladores de dicha tecnología han publicado diversos documentos y archivos descargables de la red con aplicaciones para la implementación de sistemas ambiofónicos de manera gratuita para uso privado. El sistema ambiofónico se basa en la combinación de factores psicoacústicos ignorados o subestimados y lo ya sabido sobre las propiedades acústicas de salas, tanto de salas en las que tienen lugar las ejecuciones musicales (auditorios, teatros, salas de conciertos...), como de salas de escucha (salones de domicilios, controles de estudios...). En la parte práctica del proyecto se van a realizar una serie de grabaciones musicales empleando tanto técnicas estereofónicas tradicionales como ambiofónicas de grabación con el fin de describir y comparar ambas técnicas microfónicas. También servirá para estudiar hasta que punto es favorable subjetivamente para el oyente el hecho de realizar la toma de sonido teniendo en cuenta las propiedades del sistema de reproducción ambiofónico. Esta comparación nos dará una idea de hasta donde se puede llegar, en cuanto a sensación de realidad para el oyente, al tener en cuenta durante el proceso de grabación efectos como la respuesta del pabellón auditivo del oyente, la cual es única, y que posteriormente la diafonía interaural va a ser cancelada mediante un procesado digital de señal. ABSTRACT. This final project is about the ambiophonic recording and playback system, note that this system and the technology it uses is of public domain. Ambiophonics is based on an amalgam of recent research and to the well known and binaural psychoacoustic principles. These advances have expanded new frontiers with regard to the audio recording and playback, as well as to present the listener a sound field at the entrance of their ears as close as possible to the sound field that would the listener be exposed to at the time and place of the mucial interpretation, so we can say that ambiophonics reconstructs a binaural sound field . This system has been developed, in a fairly satisfactory way, thanks to all the studies and previous texts on psychoacoustics and human listening mechanism. Another factor by which it is possible and affordable, both the development and the enjoyment of this technology, is the fact that in our days is inexpensive to usres to own computers that are powerful and fast enough to perform the signal processing that is required in a short time. The developers of this technology have published several documents and downloadable files on the network with applications for ambiophonics system implementation for free. Ambiophonics is based on a combination of factors ignored or underestimated psychoacousticly and what is already known about the acoustic properties of rooms, including rooms where musical performances take place (auditoriums, theaters, concert halls...), and listening rooms (concet halls, studios controls...). In the practical part of the project will be making a series of musical recordings using both traditional stereo recording techniques and recording techiniques compatible with ambiophonics in order to describe and compare both recording techniques. It will also examine to what extent is subjectively favorable for the listener the fact of considering the playback system properties of ambiophonics during the recording stage. This comparison will give us an idea of how far can we get, in terms of sense of reality to the listener, keeping in mind during the recording process the effects introduced by the response of the ear of the listener, which is unique, and that the subsequently interaural crosstalk will be canceled by a digital signal processing.

Simulation-based evaluation of susceptibility distortion correction methods in diffusion MRI for connectivity analysis

Connectivity analysis on diffusion MRI data of the whole-brain suffers from distortions caused by the standard echo-planar imaging acquisition strategies. These images show characteristic geometrical deformations and signal destruction that are an important drawback limiting the success of tractography algorithms. Several retrospective correction techniques are readily available. In this work, we use a digital phantom designed for the evaluation of connectivity pipelines. We subject the phantom to a “theoretically correct” and plausible deformation that resembles the artifact under investigation. We correct data back, with three standard methodologies (namely fieldmap-based, reversed encoding-based, and registration- based). Finally, we rank the methods based on their geometrical accuracy, the dropout compensation, and their impact on the resulting connectivity matrices.

Nuevos métodos y herramientas para la creación y utilización de recursos multimedia en la educación

La educación y los entornos educativos están en constante evolución. Tanto alumnos como educadores cambian de hábitos, de maneras de aprender, de gustos, de dispositivos que manejan y de aplicaciones que usan regularmente entre otras cosas. Todos estos cambios vienen acompañados y fomentados en gran medida por la evolución paralela que experimenta la tecnología, tanto software en los programas utilizados, como hardware en los dispositivos y capacidades de éstos. La educación debe también adaptarse a estos cambios, tanto personales como tecnológicos y sacar el mayor provecho de ellos. El uso de Sistemas de Gestión del Aprendizaje está muy extendido en todos los centros educativos. Estos sistemas poseen un gran número de características y funcionalidades que permiten desde la aplicación de un modelo didáctico totalmente tradicional en el que el profesor imparte un contenido y los alumnos lo reciben a uno totalmente innovador en el que ocurren procesos totalmente diferentes. Por otro lado, el potencial que ofrecen los recursos multimedia no ha sido completamente aprovechado en la educación y supone una gran oportunidad. Esta tesis doctoral propone un conjunto de métodos y herramientas para la creación y el uso de recursos multimedia en la educación. Para ello el desarrollo de esta tesis parte de la definición de un modelo didáctico social, colaborativo y centrado en el alumno que servirá de hilo conductor y que integrará los diferentes y métodos y herramientas estudiados y desarrollados. En un primer paso se identifican varias herramientas y métodos para el aula, tales son la grabación de clases, donde se crea y posteriormente se mejora un carrito portátil de grabación que da muy buen resultado, las herramientas de grabación de screencast y la videoconferencia. Estas herramientas además se integran en una plataforma colaborativa dando lugar a una arquitectura completa y escalable que permite la realización de dichas actividades y la interconexión sencilla con el Sistema de Gestión del Aprendizaje. A continuación y ya en un entorno totalmente online se desarrolla una nueva plataforma de e-learning llamada Virtual Science Hub (ViSH) que consta de cuatro funcionalidades principales, red social, videoconferencia, repositorio educativo y herramienta de autor. En esta plataforma se aplicaron técnicas de recomendación proactiva tanto de recursos educativos como de otros usuarios similares. Por último se validó el modelo educativo completo usando algunas de las herramientas identificadas y desarrolladas en dos escenarios diferentes con gran éxito. Finalmente, esta tesis discute las conclusiones obtenidas a lo largo de la extensa investigación llevada a cabo y que ha propiciado la consecución de una buena base teórica y práctica para la creación de herramientas y métodos para la generación y el uso de recursos multimedia en la educación. ABSTRACT Education and learning environments are constantly evolving. Students and educators change the things their habits, their ways of learning, the things they like or the devices and applications that they use regularly among other things. All these changes are accompanied and fostered by the parallel evolution that technology experiences, both in the software programs used as in the hardware and capabilities of these devices. Education must also adapt to these changes, both personal and technological and get the most out of them. Learning Management Systems are widely used in all educational centers. These systems have a large number of features and functionalities. They allow from the implementation of a traditional teaching model in which the teacher gives content and students receive it to one absolutely innovative teaching model where totally different processes occur. Furthermore, the potential of multimedia resources has not been fully exploited in education and can be a great opportunity. This thesis proposes a set of methods and tools for the creation and use of multimedia in education. The development of this thesis starts with the definition of a social, collaborative and learner-centered model, that serves as a common thread and that integrates different tools and methods studied and developed. In a first step, several tools and methods for the classroom are identified, such as recording, where a portable kit is created and then improved giving very good results, screencast recording and videoconferencing. These tools also are integrated into a collaborative platform resulting in a complete, scalable architecture that enables the execution of such activities and a simple interconnection with the Learning Management System. In an fully online environment a new e-learning platform called Virtual Science Hub (ViSH) is created. It consists of four main features that combine and complement each other, social network, videoconferencing, educational repository and authoring tool. In this platform proactive recommendation of both educational resources and similar users is applied. In a last step the entire educational model using some of the tools identified and developed is successfully validated in two different scenarios. Finally, this thesis discusses the findings obtained during the extensive research carried out and has led to the achievement of a good theoretical and practical basis for the development of tools and methods for the generation and use of multimedia in education.

Image processing methods for human brain connectivity analysis from in-vivo diffusion MRI

The structural connectivity of the brain is considered to encode species-wise and subject-wise patterns that will unlock large areas of understanding of the human brain. Currently, diffusion MRI of the living brain enables to map the microstructure of tissue, allowing to track the pathways of fiber bundles connecting the cortical regions across the brain. These bundles are summarized in a network representation called connectome that is analyzed using graph theory. The extraction of the connectome from diffusion MRI requires a large processing flow including image enhancement, reconstruction, segmentation, registration, diffusion tracking, etc. Although a concerted effort has been devoted to the definition of standard pipelines for the connectome extraction, it is still crucial to define quality assessment protocols of these workflows. The definition of quality control protocols is hindered by the complexity of the pipelines under test and the absolute lack of gold-standards for diffusion MRI data. Here we characterize the impact on structural connectivity workflows of the geometrical deformation typically shown by diffusion MRI data due to the inhomogeneity of magnetic susceptibility across the imaged object. We propose an evaluation framework to compare the existing methodologies to correct for these artifacts including whole-brain realistic phantoms. Additionally, we design and implement an image segmentation and registration method to avoid performing the correction task and to enable processing in the native space of diffusion data. We release PySDCev, an evaluation framework for the quality control of connectivity pipelines, specialized in the study of susceptibility-derived distortions. In this context, we propose Diffantom, a whole-brain phantom that provides a solution to the lack of gold-standard data. The three correction methodologies under comparison performed reasonably, and it is difficult to determine which method is more advisable. We demonstrate that susceptibility-derived correction is necessary to increase the sensitivity of connectivity pipelines, at the cost of specificity. Finally, with the registration and segmentation tool called regseg we demonstrate how the problem of susceptibility-derived distortion can be overcome allowing data to be used in their original coordinates. This is crucial to increase the sensitivity of the whole pipeline without any loss in specificity.

Entorno sin cinta para producción de televisión en alta definición

En este proyecto se propone un entorno de producción para televisión en alta definición donde las cintas magnéticas para la captura, modificación, gestión y transferencia de los contenidos audiovisuales, quedan sustituidas por servidores informáticos y sistemas de almacenamiento basados en las tecnologías de la información. Dicho entorno sin cintas tiene como misión la realización de la fase de la producción de los contenidos televisivos. Se trata de un centra independiente, en una ubicación remota respecto a las instalaciones centrales de la empresa emisora de televisión. La conexión del entorno sin cinta con los servicios centrales de la cadena se realiza por medio de redes de datos de alta velocidad y por enlace de radiofrecuencia. Por estos medios los sistemas de redacción comunican datos y escaletas, se reciben las señales de contribución que intervienen en los programas, se envía la serial realizada para emisión y se transfieren los materiales grabados al área de Postproducción para su elaboración final. Se plantean dos estudios de televisión dotados de servidores de video y de un almacenamiento compartido para una gestión ágil, unificada y flexible de las demandas de los programas. Además de la eliminación del lento y pesado trabajo de manipulación de las cintas, la producción resulta mucho mas ágil porque se eliminan tiempos de espera por la posibilidad de acceso simultaneo de varios usuarios a un mismo contenido. También se suprimen los tiempos de digitalización y descarga del material grabado, porque los sistemas implementados permiten la ingesta directa de las señales recibidas. Los contenidos de varias jornadas de grabación, en calidad HD, se conservan en el sistema de almacenamiento para la elaboración de materiales en el propio centra y para su transferencia al departamento central correspondiente. Mediante aplicaciones software se busca la integración del trabajo de la redacción de los programas con los procesos de producción de los estudios. El diseño que se propone para los diferentes subsistemas técnicos de los estudios esta orientado a lograr una alta fiabilidad, operatividad y adaptabilidad a las demandas técnicas de la producción audiovisual de los diferentes tipos de programas. Al tratarse de una propuesta conceptual, de manera general no se basa en equipos de marcas o fabricantes concretos sino mas bien en las metodologías concretas de trabajo. Cuando se ejemplifica algún dispositivo en particular es debido a que el concepto tecnológico del mismo es novedoso destaca de manera especial sobre la generalidad de los equipos existentes para esa funcionalidad. ABSTRACT. This project hopes to propose a television production platform that uses computers, servers and storage systems based on information technologies, rather than video tape recorders for ingesting, editing and making TV programs. This tapeless system has as its mission the production of all kind of television contents, employing IT systems, without the use of magnetic tapes. We envision an independent TV production center located in a remote location, in relation to the main broadcaster facilities, where all communications between this broadcasting center and the remote independent tapeless center would occur via high speed internet and a radiofrequency link as a back up. In this way, the Newsroom systems communicate data and rundowns; contribution feeds are received; PGM signal are codified and transmitted; and stored media are transferred to the post production area for final editing, playout and archive. Two TV studios are proposed, equipped with video servers and sharing media storage for agile, unified and flexible management of the production requirements. Apart from completely eliminating the slow and hard work resulting from handling a lot of traditional magnetic tapes, the production ends up being much quicker due to the fact that there is no waiting time between recording and viewing. This also enables several users to access and view the same material at the same time. The digitalization and downloading time is also greatly reduced due to the direct ingestion of contribution feeds to the system. The HD content of various days of recording, are stored for future use for whichever department needs the footage in the future. Through software applications, there will be complete integration between the Newsroom work and the production process of the studios. The proposed design for the various technical subsystems in the recording studio is directed towards achieving optimum reliability and operational capability: they are easily adaptable to the technical demands of the audiovisual production of the different programs. Because we are dealing with a conceptual proposal, in general terms, we are not defining the brands or manufacturers of the technical equipment, but rather we are specifying the methods which we plan to implement. When some equipment is highlighted, it's only because that specific brand exemplifies a higher performance than any other equipment in the range.

Prototipo experimental para implementar las solicitaciones del viento en los buques amarrados. Aplicación a un crucero

Habitualmente en los ensayos de barcos amarrados se reproduce la acción del oleaje. Se ha diseñado un sistema para la reproducción del efecto del viento en estos ensayos, utilizando motores, poleas, hilos de conexión, muelles, galgas y controladoras, de forma que la fuerza ejercida por el viento, previamente calculada considerando las características del barco y del viento, se transmite al barco mediante los elementos que componen el sistema. Este sistema consiste en un circuito cerrado de transmisión de fuerza con un motor que simultáneamente actúa sobre dos muelles deformándolos en sentidos opuestos, los cuales transmiten las fuerzas en los costados del buque, siendo la diferencia del alargamiento de los muelles la fuerza resultante sobre el barco. El sistema se aplicó a un buque crucero, obteniendo unos resultados que muestran la importancia de tener en cuenta el viento racheado como un agente adicional al oleaje que provoca movimientos y esfuerzos en las amarras y defensas elevados, dependiendo de su intensidad y dirección. Se ensayaron tres condiciones: modelo alimentado únicamente con olas, solo con viento y con ambos. En cada ensayo realizado se registraron los movimientos del buque, las fuerzas en las amarras y las reacciones en las defensas. La aportación de la Tesis es un sistema mecánico para excitar el modelo del buque amarrado con viento racheado superpuesto a la acción del oleaje. Evidentemente los resultados que se obtengan se ajustarán más a la situación real que reproduciendo sólo el oleaje. ABSTRACT Traditionally, moored ship tests with small-scale models only take into account the disturbance effect of waves. In this thesis, the design and testing of a system also implementing the effect of wind in moored ships is analyzed. The system is based on rotatory actuators acting on linear springs. This solution has a swift enough response to reproduce the fluctuating component of the wind. Three scenarios have been tested: waves, wind and combination of both. In order to assess the results, different sensors are connected to a computer for data acquisition, allowing the recording and subsequent analysis of the measured variables (forces in ropes, reactions in fenders and ship motions). The results obtained from the experiments show a great impact when wind effect is considered. A superposition effect is observed when waves and wind act together on the ship, emphasizing therefore the importance of taking the wind into account in berthed vessel tests, achieving safer and more realistic results.

Restauración del sonido fílmico

La restauración fílmica del audio es un proceso bastante complejo y se ha indagado poco en este campo. Antes de restaurar cualquier archivo, se debe preservar y conservar los archivos de la mejor manera posible. La preservación son las medidas que se deben tomar para garantizar el acceso permanente y la conservación asegura le existencia del archivo en su forma más original. Mientras que la restauración se basa en el estudio de los posibles deterioros que sufren los soportes fílmicos en el tiempo y los procesos que existen para corregirlos. La restauración siempre debe conservar la mayor originalidad posible, es decir debe mantener el audio como originalmente se expuso por primera vez. En la primera etapa, se identifican los posibles deterioros que se producen en los archivos, si conocemos en qué momento fue grabada la películas y cómo fue grabada, es decir con que máquina se realizó la grabación y el soporte fílmico en el que está grabado. Tanto las máquinas como los soportes han ido evolucionando a lo largo de la historia. El estudio de los soportes fílmicos nos permite conocer las degradaciones que sufren a lo largo del tiempo los archivos y por consecuencia, conocer las posibles restauraciones. Para intentar evitar degradaciones mayores, se intenta preservar y conservar en condiciones óptimas para el soporte. Según el soporte del archivo, tendrá unas condiciones típicas de temperatura, humedad, ventilación… en las cuales el material se conserva de la mejor manera. Tras estos pasos, se procede a restaurar. La restauración más típica es con materiales fotoquímicos, pero es bastante compleja y por tanto, en el proyecto se analiza la restauración tras digitalizar los archivos fílmicos. Para poder digitalizar correctamente los archivos, debemos tener presentes las normas y reglas de digitalización que están establecidas. La digitalización permite identificar las alteraciones típicas que aparecen en los materiales fílmicos, gracias a la herramienta del espectrograma podemos conocer las posibles soluciones de restauración para cada alteración. Las alteraciones que podemos encontrar e identificar son: · Zumbidos e Interferencias. · Siseo y Silbido. · Crujidos. · Pops y Clics. · Wow. · Lagunas o Abandonos. · Ruidos intermitentes. · Reverberación. La última parte del proyecto, una vez que se tienen todas las alteraciones típicas de los archivos fílmicos identificadas, se procede al estudio de cada una de ellas con las herramientas del espectrograma y se realiza el estudio de una manera más técnica. Con el espectrograma se determinan las herramientas que solucionan cada alteración como Reverb para la reverberación, Decrackle para los crujidos… y en el marco técnico se determina las características que tiene cada herramienta, es decir el tipo de filtro, ventana… que se puede utilizar para poder restaurar el audio de cada alteración. La restauración digital es un campo aún por investigar, pero se debería de empezar a concienciar que es una solución factible. Que este tipo de restauración puede mantener el sonido original y no va a modificar los archivos, como muchas veces se piensa. Ya que el paso del tiempo, poco a poco, ira degradando y destruyendo los soportes fílmicos en los que se encuentran, y el principal objetivo que se pretende conseguir es que los materiales fílmicos perduren a lo largo de la historia. ABSTRACT. The film audio restoration is a fairly complex process and little research has been done in this field. Before restoring any files, you must preserve and keep the files in the best way possible. The preservation is the measures to be taken to ensure continued access to and preservation ensures existence of the file in its original form. The restoration is based on the study of possible damage suffered by the film media in time and the processes that exist to correct them. The restoration must always retain the most original as possible, i.e. to keep the audio as originally discussed for the first time. In the first stage, potential impairments that occur in the files are identified, if you know what time it was recorded the movies and how it was recorded, i.e. that machine recording and film media on which is recorded took place. Both machines as media have evolved throughout history. The study of film media lets us know the suffering degradations over time and result files, make possible restorations. To try to prevent further degradation, are intended to preserve and keep in good condition for support. Depending on the media file, will have typical conditions of temperature, humidity, ventilation... in which the material is preserved in the best way. After these steps, we proceed to restore. The most typical is with photochemical restoration materials, but is rather complex and therefore the restoration project is analyzed after scanning film archives. To successfully scan the files must be aware of the rules and regulations are established digitization. Digitization allows identifying the typical alterations that appear in the film materials, thanks to the tool spectrogram we know the possible restoration solutions for each alteration. The alterations that can find and identify are: · Buzz and Interference. · Hiss and Hissing. · Crackle. · Pops and Clicks. · Wow and Flutter. · Audio Dropouts. The last part of the project, when we have all the typical alterations identified film archives, proceed to the study of each of them with the tools of spectrogram and the study of a more technical way is done . With the spectrogram tools that solve every alteration as Reverb for reverb, Decrackle for cracks... and the technical framework the features that each tool is determined, i.e. the type of filter, window... that can be used are determined for to restore the audio of each alteration. Digital restoration is an area for future research, but should start aware that it is a feasible solution. This type of restoration can keep the original sound and will not modify files, as is often thought. Since the passage of time, gradually degrading and destroying anger film media in which they are, and the main objective to be achieved is that the film materials endure throughout history.

CyberAula 2.0: Integration of Moodle with videoconferencing and lecture recording services.

This paper describes the CyberAula 2.0 project which presents an integrated solution for videoconferencing and lecture recording as a mechanism to support subjects which need to be promoted or discontinued within the framework of the European convergence process. Our solution is made up of a web portal, a videoconferencing tool and an economical and easily transportable hardware kit. Recording sessions can be exported to SCORM and LOM compliant files which can be imported by an LMS. The validation process is currently being carried out in five scenarios at our university that use Moodle as a way to deliver content to students.

Multimodal non-rigid image registration methods for therapy and surgery planning

La planificación pre-operatoria se ha convertido en una tarea esencial en cirugías y terapias de marcada complejidad, especialmente aquellas relacionadas con órgano blando. Un ejemplo donde la planificación preoperatoria tiene gran interés es la cirugía hepática. Dicha planificación comprende la detección e identificación precisa de las lesiones individuales y vasos así como la correcta segmentación y estimación volumétrica del hígado funcional. Este proceso es muy importante porque determina tanto si el paciente es un candidato adecuado para terapia quirúrgica como la definición del abordaje a seguir en el procedimiento. La radioterapia de órgano blando es un segundo ejemplo donde la planificación se requiere tanto para la radioterapia externa convencional como para la radioterapia intraoperatoria. La planificación comprende la segmentación de tumor y órganos vulnerables y la estimación de la dosimetría. La segmentación de hígado funcional y la estimación volumétrica para planificación de la cirugía se estiman habitualmente a partir de imágenes de tomografía computarizada (TC). De igual modo, en la planificación de radioterapia, los objetivos de la radiación se delinean normalmente sobre TC. Sin embargo, los avances en las tecnologías de imagen de resonancia magnética (RM) están ofreciendo progresivamente ventajas adicionales. Por ejemplo, se ha visto que el ratio de detección de metástasis hepáticas es significativamente superior en RM con contraste Gd–EOB–DTPA que en TC. Por tanto, recientes estudios han destacado la importancia de combinar la información de TC y RM para conseguir el mayor nivel posible de precisión en radioterapia y para facilitar una descripción precisa de las lesiones del hígado. Con el objetivo de mejorar la planificación preoperatoria en ambos escenarios se precisa claramente de un algoritmo de registro no rígido de imagen. Sin embargo, la gran mayoría de sistemas comerciales solo proporcionan métodos de registro rígido. Las medidas de intensidad de voxel han demostrado ser criterios de similitud de imágenes robustos, y, entre ellas, la Información Mutua (IM) es siempre la primera elegida en registros multimodales. Sin embargo, uno de los principales problemas de la IM es la ausencia de información espacial y la asunción de que las relaciones estadísticas entre las imágenes son homogéneas a lo largo de su domino completo. La hipótesis de esta tesis es que la incorporación de información espacial de órganos al proceso de registro puede mejorar la robustez y calidad del mismo, beneficiándose de la disponibilidad de las segmentaciones clínicas. En este trabajo, se propone y valida un esquema de registro multimodal no rígido 3D usando una nueva métrica llamada Información Mutua Centrada en el Órgano (Organ-Focused Mutual Information metric (OF-MI)) y se compara con la formulación clásica de la Información Mutua. Esto permite mejorar los resultados del registro en áreas problemáticas incorporando información regional al criterio de similitud, beneficiándose de la disponibilidad real de segmentaciones en protocolos estándares clínicos, y permitiendo que la dependencia estadística entre las dos modalidades de imagen difiera entre órganos o regiones. El método propuesto se ha aplicado al registro de TC y RM con contraste Gd–EOB–DTPA así como al registro de imágenes de TC y MR para planificación de radioterapia intraoperatoria rectal. Adicionalmente, se ha desarrollado un algoritmo de apoyo de segmentación 3D basado en Level-Sets para la incorporación de la información de órgano en el registro. El algoritmo de segmentación se ha diseñado específicamente para la estimación volumétrica de hígado sano funcional y ha demostrado un buen funcionamiento en un conjunto de imágenes de TC abdominales. Los resultados muestran una mejora estadísticamente significativa de OF-MI comparada con la Información Mutua clásica en las medidas de calidad de los registros; tanto con datos simulados (p<0.001) como con datos reales en registro hepático de TC y RM con contraste Gd– EOB–DTPA y en registro para planificación de radioterapia rectal usando OF-MI multi-órgano (p<0.05). Adicionalmente, OF-MI presenta resultados más estables con menor dispersión que la Información Mutua y un comportamiento más robusto con respecto a cambios en la relación señal-ruido y a la variación de parámetros. La métrica OF-MI propuesta en esta tesis presenta siempre igual o mayor precisión que la clásica Información Mutua y consecuentemente puede ser una muy buena alternativa en aplicaciones donde la robustez del método y la facilidad en la elección de parámetros sean particularmente importantes. Abstract Pre-operative planning has become an essential task in complex surgeries and therapies, especially for those affecting soft tissue. One example where soft tissue preoperative planning is of high interest is liver surgery. It involves the accurate detection and identification of individual liver lesions and vessels as well as the proper functional liver segmentation and volume estimation. This process is very important because it determines whether the patient is a suitable candidate for surgical therapy and the type of procedure. Soft tissue radiation therapy is a second example where planning is required for both conventional external and intraoperative radiotherapy. It involves the segmentation of the tumor target and vulnerable organs and the estimation of the planned dose. Functional liver segmentations and volume estimations for surgery planning are commonly estimated from computed tomography (CT) images. Similarly, in radiation therapy planning, targets to be irradiated and healthy and vulnerable tissues to be protected from irradiation are commonly delineated on CT scans. However, developments in magnetic resonance imaging (MRI) technology are progressively offering advantages. For instance, the hepatic metastasis detection rate has been found to be significantly higher in Gd–EOB–DTPAenhanced MRI than in CT. Therefore, recent studies highlight the importance of combining the information from CT and MRI to achieve the highest level of accuracy in radiotherapy and to facilitate accurate liver lesion description. In order to improve those two soft tissue pre operative planning scenarios, an accurate nonrigid image registration algorithm is clearly required. However, the vast majority of commercial systems only provide rigid registration. Voxel intensity measures have been shown to be robust measures of image similarity, and among them, Mutual Information (MI) is always the first candidate in multimodal registrations. However, one of the main drawbacks of Mutual Information is the absence of spatial information and the assumption that statistical relationships between images are the same over the whole domain of the image. The hypothesis of the present thesis is that incorporating spatial organ information into the registration process may improve the registration robustness and quality, taking advantage of the clinical segmentations availability. In this work, a multimodal nonrigid 3D registration framework using a new Organ- Focused Mutual Information metric (OF-MI) is proposed, validated and compared to the classical formulation of the Mutual Information (MI). It allows improving registration results in problematic areas by adding regional information into the similitude criterion taking advantage of actual segmentations availability in standard clinical protocols and allowing the statistical dependence between the two modalities differ among organs or regions. The proposed method is applied to CT and T1 weighted delayed Gd–EOB–DTPA-enhanced MRI registration as well as to register CT and MRI images in rectal intraoperative radiotherapy planning. Additionally, a 3D support segmentation algorithm based on Level-Sets has been developed for the incorporation of the organ information into the registration. The segmentation algorithm has been specifically designed for the healthy and functional liver volume estimation demonstrating good performance in a set of abdominal CT studies. Results show a statistical significant improvement of registration quality measures with OF-MI compared to MI with both simulated data (p<0.001) and real data in liver applications registering CT and Gd–EOB–DTPA-enhanced MRI and in registration for rectal radiotherapy planning using multi-organ OF-MI (p<0.05). Additionally, OF-MI presents more stable results with smaller dispersion than MI and a more robust behavior with respect to SNR changes and parameters variation. The proposed OF-MI always presents equal or better accuracy than the classical MI and consequently can be a very convenient alternative within applications where the robustness of the method and the facility to choose the parameters are particularly important.

Organ-focused mutual information for nonrigid multimodal registration of liver CT and Gd–EOB–DTPA-enhanced MRI

Accurate detection of liver lesions is of great importance in hepatic surgery planning. Recent studies have shown that the detection rate of liver lesions is significantly higher in gadoxetic acid-enhanced magnetic resonance imaging (Gd–EOB–DTPA-enhanced MRI) than in contrast-enhanced portal-phase computed tomography (CT); however, the latter remains essential because of its high specificity, good performance in estimating liver volumes and better vessel visibility. To characterize liver lesions using both the above image modalities, we propose a multimodal nonrigid registration framework using organ-focused mutual information (OF-MI). This proposal tries to improve mutual information (MI) based registration by adding spatial information, benefiting from the availability of expert liver segmentation in clinical protocols. The incorporation of an additional information channel containing liver segmentation information was studied. A dataset of real clinical images and simulated images was used in the validation process. A Gd–EOB–DTPA-enhanced MRI simulation framework is presented. To evaluate results, warping index errors were calculated for the simulated data, and landmark-based and surface-based errors were calculated for the real data. An improvement of the registration accuracy for OF-MI as compared with MI was found for both simulated and real datasets. Statistical significance of the difference was tested and confirmed in the simulated dataset (p < 0.01).