Implications of biofuel support policies in Europe - a quantitative analysis in an open economy

EU biofuels support Biofuels modelling with CAPRI Scenario setting Main results Concluding remarks Biofuels production and use will remain mainly driven by public support Strong links of biofuels to agricultural markets Development of second generation technologies would ease food-fuel links

Quantitative analysis of morphological changes in yeast colonies growing on solid medium: the eccentricity and Fourier indices

The colony shape of four yeast species growing on agar medium wasmeasured for 116 days by image analysis. Initially, all the colonies are circular, with regular edges. The loss of circularity can be quantitatively estimated by the eccentricity index, Ei, calculated as the ratio between their orthogonal vertical and horizontal diameters. Ei can increase from 1 (complete circularity) to a maximum of 1.17–1.30, depending on the species. One colony inhibits its neighbour only when it has reached a threshold area. Then, Ei of the inhibited colony increases proportionally to the area of the inhibitory colony. The initial distance between colonies affects those threshold values but not the proportionality, Ei/area; this inhibition affects the shape but not the total surface of the colony. The appearance of irregularities in the edges is associated, in all the species, not with age but with nutrient exhaustion. The edge irregularity can be quantified by the Fourier index, Fi, calculated by the minimum number of Fourier coefficients that are needed to describe the colony contour with 99% fitness. An ad hoc function has been developed in Matlab v. 7.0 to automate the computation of the Fourier coefficients. In young colonies, Fi has a value between 2 (circumference) and 3 (ellipse). These values are maintained in mature colonies of Debaryomyces, but can reach values up to 14 in Saccharomyces.All the species studied showed the inhibition of growth in facing colony edges, but only three species showed edge irregularities associated with substrate exhaustion. Copyright © 2014 John Wiley & Sons, Ltd.

New perspectives on quantitative textural analysis

Process mineralogy provides the mineralogical information required by geometallurgists to address the inherent variation of geological data. The successful benefitiation of ores mostly depends on the ability of mineral processing to be efficiently adapted to the ore characteristics, being liberation one of the most relevant mineralogical parameters. The liberation characteristics of ores are intimately related to mineral texture. Therefore, the characterization of liberation necessarily requieres the identification and quantification of those textural features with a major bearing on mineral liberation. From this point of view grain size, bonding between mineral grains and intergrowth types are considered as the most influential textural attributes. While the quantification of grain size is a usual output of automated current technologies, information about grain boundaries and intergrowth types is usually descriptive and difficult to quantify to be included in the geometallurgical model. Aiming at the systematic and quantitative analysis of the intergrowth type within mineral particles, a new methodology based on digital image analysis has been developed. In this work, the ability of this methodology to achieve a more complete characterization of liberation is explored by the analysis of chalcopyrite in the rougher concentrate of the Kansanshi copper-gold mine (Zambia). Results obtained show that the method provides valuable textural information to achieve a better understanding of mineral behaviour during concentration processes. The potential of this method is enhanced by the fact that it provides data unavailable by current technologies. This opens up new perspectives on the quantitative analysis of mineral processing performance based on textural attributes.

Climate change technology transfer to developing countries: evidence analysis and policy recommendations

Developing countries are experiencing unprecedented levels of economic growth. As a result, they will be responsible for most of the future growth in energy demand and greenhouse gas (GHG) emissions. Curbing GHG emissions in developing countries has become one of the cornerstones of a future international agreement under the United Nations Framework Convention for Climate Change (UNFCCC). However, setting caps for developing countries’ GHG emissions has encountered strong resistance in the current round of negotiations. Continued economic growth that allows poverty eradication is still the main priority for most developing countries, and caps are perceived as a constraint to future growth prospects. The development, transfer and use of low-carbon technologies have more positive connotations, and are seen as the potential path towards low-carbon development. So far, the success of the UNFCCC process in improving the levels of technology transfer (TT) to developing countries has been limited. This thesis analyses the causes for such limited success and seeks to improve on the understanding about what constitutes TT in the field of climate change, establish the factors that enable them in developing countries and determine which policies could be implemented to reinforce these factors. Despite the wide recognition of the importance of technology and knowledge transfer to developing countries in the climate change mitigation policy agenda, this issue has not received sufficient attention in academic research. Current definitions of climate change TT barely take into account the perspective of actors involved in actual climate change TT activities, while respective measurements do not bear in mind the diversity of channels through which these happen and the outputs and effects that they convey. Furthermore, the enabling factors for TT in non-BRIC (Brazil, Russia, India, China) developing countries have been seldom investigated, and policy recommendations to improve the level and quality of TTs to developing countries have not been adapted to the specific needs of highly heterogeneous countries, commonly denominated as “developing countries”. This thesis contributes to enriching the climate change TT debate from the perspective of a smaller emerging economy (Chile) and by undertaking a quantitative analysis of enabling factors for TT in a large sample of developing countries. Two methodological approaches are used to study climate change TT: comparative case study analysis and quantitative analysis. Comparative case studies analyse TT processes in ten cases based in Chile, all of which share the same economic, technological and policy frameworks, thus enabling us to draw conclusions on the enabling factors and obstacles operating in TT processes. The quantitative analysis uses three methodologies – principal component analysis, multiple regression analysis and cluster analysis – to assess the performance of developing countries in a number of enabling factors and the relationship between these factors and indicators of TT, as well as to create groups of developing countries with similar performances. The findings of this thesis are structured to provide responses to four main research questions: What constitutes technology transfer and how does it happen? Is it possible to measure technology transfer, and what are the main challenges in doing so? Which factors enable climate change technology transfer to developing countries? And how do different developing countries perform in these enabling factors, and how can differentiated policy priorities be defined accordingly? vi Resumen Los paises en desarrollo estan experimentando niveles de crecimiento economico sin precedentes. Como consecuencia, se espera que sean responsables de la mayor parte del futuro crecimiento global en demanda energetica y emisiones de Gases de Efecto de Invernadero (GEI). Reducir las emisiones de GEI en los paises en desarrollo es por tanto uno de los pilares de un futuro acuerdo internacional en el marco de la Convencion Marco de las Naciones Unidas para el Cambio Climatico (UNFCCC). La posibilidad de compromisos vinculantes de reduccion de emisiones de GEI ha sido rechazada por los paises en desarrollo, que perciben estos limites como frenos a su desarrollo economico y a su prioridad principal de erradicacion de la pobreza. El desarrollo, transferencia y uso de tecnologias bajas en carbono tiene connotaciones mas positivas y se percibe como la via hacia un crecimiento bajo en carbono. Hasta el momento, la UNFCCC ha tenido un exito limitado en la promocion de transferencias de tecnologia (TT) a paises en desarrollo. Esta tesis analiza las causas de este resultado y busca mejorar la comprension sobre que constituye transferencia de tecnologia en el area de cambio climatico, cuales son los factores que la facilitan en paises en desarrollo y que politicas podrian implementarse para reforzar dichos factores. A pesar del extendido reconocimiento sobre la importancia de la transferencia de tecnologia a paises en desarrollo en la agenda politica de cambio climatico, esta cuestion no ha sido suficientemente atendida por la investigacion existente. Las definiciones actuales de transferencia de tecnologia relacionada con la mitigacion del cambio climatico no tienen en cuenta la diversidad de canales por las que se manifiestan o los efectos que consiguen. Los factores facilitadores de TT en paises en desarrollo no BRIC (Brasil, Rusia, India y China) apenas han sido investigados, y las recomendaciones politicas para aumentar el nivel y la calidad de la TT no se han adaptado a las necesidades especificas de paises muy heterogeneos aglutinados bajo el denominado grupo de "paises en desarrollo". Esta tesis contribuye a enriquecer el debate sobre la TT de cambio climatico con la perspectiva de una economia emergente de pequeno tamano (Chile) y el analisis cuantitativo de factores que facilitan la TT en una amplia muestra de paises en desarrollo. Se utilizan dos metodologias para el estudio de la TT a paises en desarrollo: analisis comparativo de casos de estudio y analisis cuantitativo basado en metodos multivariantes. Los casos de estudio analizan procesos de TT en diez casos basados en Chile, para derivar conclusiones sobre los factores que facilitan u obstaculizan el proceso de transferencia. El analisis cuantitativo multivariante utiliza tres metodologias: regresion multiple, analisis de componentes principales y analisis cluster. Con dichas metodologias se busca analizar el posicionamiento de diversos paises en cuanto a factores que facilitan la TT; las relaciones entre dichos factores e indicadores de transferencia tecnologica; y crear grupos de paises con caracteristicas similares que podrian beneficiarse de politicas similares para la promocion de la transferencia de tecnologia. Los resultados de la tesis se estructuran en torno a cuatro preguntas de investigacion: .Que es la transferencia de tecnologia y como ocurre?; .Es posible medir la transferencia de tecnologias de bajo carbono?; .Que factores facilitan la transferencia de tecnologias de bajo carbono a paises en desarrollo? y .Como se puede agrupar a los paises en desarrollo en funcion de sus necesidades politicas para la promocion de la transferencia de tecnologias de bajo carbono?

Optimización de la composición del hueco de fachada en materia de eficiencia energética. Propuesta de indicador como herramienta para el análisis integral del elemento acristalado = Energy performance optimization of window systems. Proposal of an indicator as a tool for an integrated analysis of glazing

La hipótesis de esta tesis es: "La optimización de la ventana considerando simultáneamente aspectos energéticos y aspectos relativos a la calidad ambiental interior (confort higrotérmico, lumínico y acústico) es compatible, siempre que se conozcan y consideren las sinergias existentes entre ellos desde las primeras fases de diseño". En la actualidad se desconocen las implicaciones de muchas de las decisiones tomadas en torno a la ventana; para que su eficiencia en relación a todos los aspectos mencionados pueda hacerse efectiva es necesaria una herramienta que aporte más información de la actualmente disponible en el proceso de diseño, permitiendo así la optimización integral, en función de las circunstancias específicas de cada proyecto. En la fase inicial de esta investigación se realiza un primer acercamiento al tema, a través del estado del arte de la ventana; analizando la normativa existente, los componentes, las prestaciones, los elementos experimentales y la investigación. Se observa que, en ocasiones, altos requisitos de eficiencia energética pueden suponer una disminución de las prestaciones del sistema en relación con la calidad ambiental interior, por lo que surge el interés por integrar al análisis energético aspectos relativos a la calidad ambiental interior, como son las prestaciones lumínicas y acústicas y la renovación de aire. En este punto se detecta la necesidad de realizar un estudio integral que incorpore los distintos aspectos y evaluar las sinergias que se dan entre las distintas prestaciones que cumple la ventana. Además, del análisis de las soluciones innovadoras y experimentales se observa la dificultad de determinar en qué medida dichas soluciones son eficientes, ya que son soluciones complejas, no caracterizadas y que no están incorporadas en las metodologías de cálculo o en las bases de datos de los programas de simulación. Por lo tanto, se plantea una segunda necesidad, generar una metodología experimental para llevar a cabo la caracterización y el análisis de la eficiencia de sistemas innovadores. Para abordar esta doble necesidad se plantea la optimización mediante una evaluación del elemento acristalado que integre la eficiencia energética y la calidad ambiental interior, combinando la investigación teórica y la investigación experimental. En el ámbito teórico, se realizan simulaciones, cálculos y recopilación de información de distintas tipologías de hueco, en relación con cada prestación de forma independiente (acústica, iluminación, ventilación). A pesar de haber partido con un enfoque integrador, resulta difícil esa integración detectándose una carencia de herramientas disponible. En el ámbito experimental se desarrolla una metodología para la evaluación del rendimiento y de aspectos ambientales de aplicación a elementos innovadores de difícil valoración mediante la metodología teórica. Esta evaluación consiste en el análisis comparativo experimental entre el elemento innovador y un elemento estándar; para llevar a cabo este análisis se han diseñado dos espacios iguales, que denominamos módulos de experimentación, en los que se han incorporado los dos sistemas; estos espacios se han monitorizado, obteniéndose datos de consumo, temperatura, iluminancia y humedad relativa. Se ha realizado una medición durante un periodo de nueve meses y se han analizado y comparado los resultados, obteniendo así el comportamiento real del sistema. Tras el análisis teórico y el experimental, y como consecuencia de esa necesidad de integrar el conocimiento existente se propone una herramienta de evaluación integral del elemento acristalado. El desarrollo de esta herramienta se realiza en base al procedimiento de diagnóstico de calidad ambiental interior (CAI) de acuerdo con la norma UNE 171330 “Calidad ambiental en interiores”, incorporando el factor de eficiencia energética. De la primera parte del proceso, la parte teórica y el estado del arte, se obtendrán los parámetros que son determinantes y los valores de referencia de dichos parámetros. En base a los parámetros relevantes obtenidos se da forma a la herramienta, que consiste en un indicador de producto para ventanas que integra todos los factores analizados y que se desarrolla según la Norma UNE 21929 “Sostenibilidad en construcción de edificios. Indicadores de sostenibilidad”. ABSTRACT The hypothesis of this thesis is: "The optimization of windows considering energy and indoor environmental quality issues simultaneously (hydrothermal comfort, lighting comfort, and acoustic comfort) is compatible, provided that the synergies between these issues are known and considered from the early stages of design ". The implications of many of the decisions made on this item are currently unclear. So that savings can be made, an effective tool is needed to provide more information during the design process than the currently available, thus enabling optimization of the system according to the specific circumstances of each project. The initial phase deals with the study from an energy efficiency point of view, performing a qualitative and quantitative analysis of commercial, innovative and experimental windows. It is observed that sometimes, high-energy efficiency requirements may mean a reduction in the system's performance in relation to user comfort and health, that's why there is an interest in performing an integrated analysis of indoor environment aspects and energy efficiency. At this point a need for a comprehensive study incorporating the different aspects is detected, to evaluate the synergies that exist between the various benefits that meet the window. Moreover, from the analysis of experimental and innovative windows, a difficulty in establishing to what extent these solutions are efficient is observed; therefore, there is a need to generate a methodology for performing the analysis of the efficiency of the systems. Therefore, a second need arises, to generate an experimental methodology to perform characterization and analysis of the efficiency of innovative systems. To address this dual need, the optimization of windows by an integrated evaluation arises, considering energy efficiency and indoor environmental quality, combining theoretical and experimental research. In the theoretical field, simulations and calculations are performed; also information about the different aspects of indoor environment (acoustics, lighting, ventilation) is gathered independently. Despite having started with an integrative approach, this integration is difficult detecting lack available tools. In the experimental field, a methodology for evaluating energy efficiency and indoor environment quality is developed, to be implemented in innovative elements which are difficult to evaluate using a theoretical methodology This evaluation is an experimental comparative analysis between an innovative element and a standard element. To carry out this analysis, two equal spaces, called experimental cells, have been designed. These cells have been monitored, obtaining consumption, temperature, luminance and relative humidity data. Measurement has been performed during nine months and results have been analyzed and compared, obtaining results of actual system behavior. To advance this optimization, windows have been studied from the point of view of energy performance and performance in relation to user comfort and health: thermal comfort, acoustic comfort, lighting comfort and air quality; proposing the development of a methodology for an integrated analysis including energy efficiency and indoor environment quality. After theoretical and experimental analysis and as a result of the need to integrate existing knowledge, a comprehensive evaluation procedure for windows is proposed. This evaluation procedure is developed according to the UNE 171330 "Indoor Environmental Quality", also incorporating energy efficiency and cost as factors to evaluate. From the first part of the research process, outstanding parameters are chosen and reference values of these parameters are set. Finally, based on the parameters obtained, an indicator is proposed as windows product indicator. The indicator integrates all factors analyzed and is developed according to ISO 21929-1:2011"Sustainability in building construction. Sustainability indicators. Part 1: Framework for the development of indicators and a core set of indicators for buildings".

DCE@urLAB: a dynamic contrast-enhanced MRI pharmacokinetic analysis tool for preclinical data

Background DCE@urLAB is a software application for analysis of dynamic contrast-enhanced magnetic resonance imaging data (DCE-MRI). The tool incorporates a friendly graphical user interface (GUI) to interactively select and analyze a region of interest (ROI) within the image set, taking into account the tissue concentration of the contrast agent (CA) and its effect on pixel intensity. Results Pixel-wise model-based quantitative parameters are estimated by fitting DCE-MRI data to several pharmacokinetic models using the Levenberg-Marquardt algorithm (LMA). DCE@urLAB also includes the semi-quantitative parametric and heuristic analysis approaches commonly used in practice. This software application has been programmed in the Interactive Data Language (IDL) and tested both with publicly available simulated data and preclinical studies from tumor-bearing mouse brains. Conclusions A user-friendly solution for applying pharmacokinetic and non-quantitative analysis DCE-MRI in preclinical studies has been implemented and tested. The proposed tool has been specially designed for easy selection of multi-pixel ROIs. A public release of DCE@urLAB, together with the open source code and sample datasets, is available at http://www.die.upm.es/im/archives/DCEurLAB/ webcite.

Diseño y aplicación de un programa integral de intervención psicológica en un equipo de futbol profesional

El desarrollo de la psicología del deporte y su inserción en el fútbol, requiere de un trabajo exhaustivo y riguroso en los aspectos principales de su intervención. El psicólogo deportivo aplicado al fútbol profesional debe poner en marcha muchos modelos óptimos de trabajo, que en la práctica diaria debe modificar para buscar soluciones óptimas a cada situación que se le presenta. La finalidad de esta investigación fue diseñar y aplicar un programa integral de intervención psicológica en un equipo de fútbol profesional, desde la práctica profesional de un psicólogo deportivo. Para lograr este fin, se ha utilizado la metodología cualitativa. Para la recogida de datos se ha hecho uso de la observación, la entrevista, los test y las notas de campo. Para el análisis de datos se ha utilizado tanto el análisis cualitativo como el análisis cuantitativo. Participaron los 41 futbolistas profesionales que conformaron la primera plantilla de la A.D. Alcorcón, equipo que participó en la 2ª División “A” de la Liga Profesional de Fútbol de España en las temporadas 2010-2011, 2011-2012 y 2012-2013, con edades comprendidas entre 22 y 33 años (M=28.45; DT=2.91), 20 y 34 años (M=28.57; DT=3.41) y 21 y 36 años (M=27.29; DT= 4.55) respectivamente. También participaron: 7 integrantes del cuerpo técnico, 6 integrantes cuerpo médico y 18 integrantes de los “otros factores” (director deportivo, secretario técnico, directivos, trabajadores, etc.). Los resultados mostraron que el establecimiento de metas, el liderazgo y la cohesión entre los integrantes de la plantilla son aspectos fundamentales a tener en cuenta cuando se trabaja en un equipo de fútbol profesional. Asimismo, existen diferencias significativas (p<.01) de las expectativas de éxito en relación al rendimiento y los estados de ánimo no son predictores de rendimiento del equipo. Se concluye, que este modo de trabajar (con todos los miembros implicados en el equipo), puede aportar elementos de intervención importantes, los cuáles pueden ayudar a la búsqueda de un mejor rendimiento del equipo y que lleve a la obtención de óptimos resultados, en esta actividad tan compleja como es el fútbol. ABSTRACT The development of sport psychology and its insertion in football, requires a thorough and rigorous work on major aspects of their intervention. The sports psychologist applied to professional football should launch many optimal working models in daily practice must be modified to find optimal solutions to every situation that is presented. The purpose of this research was to design and implement a comprehensive program of psychological intervention in a professional football team from the professional practice of a sports psychologist. To this end, we used qualitative methodology. For data collection was done using observation, interviews, tests and field notes. For data analysis has been used both qualitative analysis and quantitative analysis. Participants included 41 professional players who formed the first group of the A.D. Alcorcon, a team that participated in the 2nd Division "A" Professional Football League of Spain in 2010-2011, 2011-2012 and 2012- 2013 seasons, aged between 22 and 33 years (M = 28.45, SD = 2.91), 20 and 34 years (M = 28.57, SD = 3.41) and 21 and 36 years (M = 27.29, SD = 4.55) respectively. Also participating: seven members of the coaching staff, 6 medical staff members and 18 members of the "other factors" (sport director, technical secretary, managers, workers, etc.). The results showed that goal setting, leadership and cohesion among members of the workforce are key aspects to consider when working on a professional football team. Furthermore, significant differences (p <.01) expectations regarding the performance success and the moods are not predictors of performance. It is concluded, that this way of working (with all members involved in the team) can contribute important elements of intervention, which can help the search for a better performance of the team and that leads to the obtaining of optimal results, in this activity as complex as it is football.

Methods for the analysis of multi-scale cell dynamics from fluorescence microscopy images

La embriogénesis es el proceso mediante el cual una célula se convierte en un ser un vivo. A lo largo de diferentes etapas de desarrollo, la población de células va proliferando a la vez que el embrión va tomando forma y se configura. Esto es posible gracias a la acción de varios procesos genéticos, bioquímicos y mecánicos que interaccionan y se regulan entre ellos formando un sistema complejo que se organiza a diferentes escalas espaciales y temporales. Este proceso ocurre de manera robusta y reproducible, pero también con cierta variabilidad que permite la diversidad de individuos de una misma especie. La aparición de la microscopía de fluorescencia, posible gracias a proteínas fluorescentes que pueden ser adheridas a las cadenas de expresión de las células, y los avances en la física óptica de los microscopios han permitido observar este proceso de embriogénesis in-vivo y generar secuencias de imágenes tridimensionales de alta resolución espacio-temporal. Estas imágenes permiten el estudio de los procesos de desarrollo embrionario con técnicas de análisis de imagen y de datos, reconstruyendo dichos procesos para crear la representación de un embrión digital. Una de las más actuales problemáticas en este campo es entender los procesos mecánicos, de manera aislada y en interacción con otros factores como la expresión genética, para que el embrión se desarrolle. Debido a la complejidad de estos procesos, estos problemas se afrontan mediante diferentes técnicas y escalas específicas donde, a través de experimentos, pueden hacerse y confrontarse hipótesis, obteniendo conclusiones sobre el funcionamiento de los mecanismos estudiados. Esta tesis doctoral se ha enfocado sobre esta problemática intentando mejorar las metodologías del estado del arte y con un objetivo específico: estudiar patrones de deformación que emergen del movimiento organizado de las células durante diferentes estados del desarrollo del embrión, de manera global o en tejidos concretos. Estudios se han centrado en la mecánica en relación con procesos de señalización o interacciones a nivel celular o de tejido. En este trabajo, se propone un esquema para generalizar el estudio del movimiento y las interacciones mecánicas que se desprenden del mismo a diferentes escalas espaciales y temporales. Esto permitiría no sólo estudios locales, si no estudios sistemáticos de las escalas de interacción mecánica dentro de un embrión. Por tanto, el esquema propuesto obvia las causas de generación de movimiento (fuerzas) y se centra en la cuantificación de la cinemática (deformación y esfuerzos) a partir de imágenes de forma no invasiva. Hoy en día las dificultades experimentales y metodológicas y la complejidad de los sistemas biológicos impiden una descripción mecánica completa de manera sistemática. Sin embargo, patrones de deformación muestran el resultado de diferentes factores mecánicos en interacción con otros elementos dando lugar a una organización mecánica, necesaria para el desarrollo, que puede ser cuantificado a partir de la metodología propuesta en esta tesis. La metodología asume un medio continuo descrito de forma Lagrangiana (en función de las trayectorias de puntos materiales que se mueven en el sistema en lugar de puntos espaciales) de la dinámica del movimiento, estimado a partir de las imágenes mediante métodos de seguimiento de células o de técnicas de registro de imagen. Gracias a este esquema es posible describir la deformación instantánea y acumulada respecto a un estado inicial para cualquier dominio del embrión. La aplicación de esta metodología a imágenes 3D + t del pez zebra sirvió para desvelar estructuras mecánicas que tienden a estabilizarse a lo largo del tiempo en dicho embrión, y que se organizan a una escala semejante al del mapa de diferenciación celular y con indicios de correlación con patrones de expresión genética. También se aplicó la metodología al estudio del tejido amnioserosa de la Drosophila (mosca de la fruta) durante el cierre dorsal, obteniendo indicios de un acoplamiento entre escalas subcelulares, celulares y supracelulares, que genera patrones complejos en respuesta a la fuerza generada por los esqueletos de acto-myosina. En definitiva, esta tesis doctoral propone una estrategia novedosa de análisis de la dinámica celular multi-escala que permite cuantificar patrones de manera inmediata y que además ofrece una representación que reconstruye la evolución de los procesos como los ven las células, en lugar de como son observados desde el microscopio. Esta metodología por tanto permite nuevas formas de análisis y comparación de embriones y tejidos durante la embriogénesis a partir de imágenes in-vivo. ABSTRACT The embryogenesis is the process from which a single cell turns into a living organism. Through several stages of development, the cell population proliferates at the same time the embryo shapes and the organs develop gaining their functionality. This is possible through genetic, biochemical and mechanical factors that are involved in a complex interaction of processes organized in different levels and in different spatio-temporal scales. The embryogenesis, through this complexity, develops in a robust and reproducible way, but allowing variability that makes possible the diversity of living specimens. The advances in physics of microscopes and the appearance of fluorescent proteins that can be attached to expression chains, reporting about structural and functional elements of the cell, have enabled for the in-vivo observation of embryogenesis. The imaging process results in sequences of high spatio-temporal resolution 3D+time data of the embryogenesis as a digital representation of the embryos that can be further analyzed, provided new image processing and data analysis techniques are developed. One of the most relevant and challenging lines of research in the field is the quantification of the mechanical factors and processes involved in the shaping process of the embryo and their interactions with other embryogenesis factors such as genetics. Due to the complexity of the processes, studies have focused on specific problems and scales controlled in the experiments, posing and testing hypothesis to gain new biological insight. However, methodologies are often difficult to be exported to study other biological phenomena or specimens. This PhD Thesis is framed within this paradigm of research and tries to propose a systematic methodology to quantify the emergent deformation patterns from the motion estimated in in-vivo images of embryogenesis. Thanks to this strategy it would be possible to quantify not only local mechanisms, but to discover and characterize the scales of mechanical organization within the embryo. The framework focuses on the quantification of the motion kinematics (deformation and strains), neglecting the causes of the motion (forces), from images in a non-invasive way. Experimental and methodological challenges hamper the quantification of exerted forces and the mechanical properties of tissues. However, a descriptive framework of deformation patterns provides valuable insight about the organization and scales of the mechanical interactions, along the embryo development. Such a characterization would help to improve mechanical models and progressively understand the complexity of embryogenesis. This framework relies on a Lagrangian representation of the cell dynamics system based on the trajectories of points moving along the deformation. This approach of analysis enables the reconstruction of the mechanical patterning as experienced by the cells and tissues. Thus, we can build temporal profiles of deformation along stages of development, comprising both the instantaneous events and the cumulative deformation history. The application of this framework to 3D + time data of zebrafish embryogenesis allowed us to discover mechanical profiles that stabilized through time forming structures that organize in a scale comparable to the map of cell differentiation (fate map), and also suggesting correlation with genetic patterns. The framework was also applied to the analysis of the amnioserosa tissue in the drosophila’s dorsal closure, revealing that the oscillatory contraction triggered by the acto-myosin network organized complexly coupling different scales: local force generation foci, cellular morphology control mechanisms and tissue geometrical constraints. In summary, this PhD Thesis proposes a theoretical framework for the analysis of multi-scale cell dynamics that enables to quantify automatically mechanical patterns and also offers a new representation of the embryo dynamics as experienced by cells instead of how the microscope captures instantaneously the processes. Therefore, this framework enables for new strategies of quantitative analysis and comparison between embryos and tissues during embryogenesis from in-vivo images.