Extracción de Reglas de Asociación en una Base de Datos Clínicos de Pacientes con Vih/Sida

En la actualidad, las personas infectadas por el VIH con acceso a tratamiento retrasan indefinidamente su entrada en la fase SIDA de la enfermedad, convirtiéndose en pacientes crónicos. Un mayor conocimiento del comportamiento del virus y de cómo afecta a las personas infectadas podría conducirnos a optimizar el tratamiento y con ello mejorar la calidad de vida de los pacientes. En este contexto aparece la minería de datos, un conjunto de metodologías que, aplicadas a grandes bases de datos, nos permiten obtener información novedosa y potencialmente útil oculta en ellas. Este trabajo de investigación realiza una primera aproximación al problema mediante la búsqueda de asociaciones en una base de datos en la que se registran las historias clínicas electrónicas de personas infectadas que son tratadas en el Hospital Clínic de Barcelona.

Aspectos metodológicos para la evaluación de sistemas de tomografía por emisión de positrones empleando técnicas Montecarlo, protocolos estandarizados y diferentes trazadores

Esta tesis analiza los elementos que afectan a la evaluación del rendimiento dentro de la técnica de radiodiagnóstico mediante tomografía por emisión de positrones (PET), centrándose en escáneres preclínicos. Se exploran las posibilidades de los protocolos estándar de evaluación sobre los siguientes aspectos: su uso como herramienta para validar programas de simulación Montecarlo, como método para la comparación de escáneres y su validez en el estudio del efecto sobre la calidad de imagen al utilizar radioisótopos alternativos. Inicialmente se estudian los métodos de evaluación orientados a la validación de simulaciones PET, para ello se presenta el programa GAMOS como entorno de simulación y se muestran los resultados de su validación basada en el estándar NEMA NU 4-2008 para escáneres preclínicos. Esta validación se ha realizado mediante la comparación de los resultados simulados frente a adquisiciones reales en el equipo ClearPET, describiendo la metodología de evaluación y selección de los parámetros NEMA. En este apartado también se mencionan las aportaciones desarrolladas en GAMOS para aplicaciones PET, como la inclusión de herramientas para la reconstrucción de imágenes. Por otro lado, la evaluación NEMA del ClearPET es utilizada para comparar su rendimiento frente a otro escáner preclínico: el sistema rPET-1. Esto supone la primera caracterización NEMA NU 4 completa de ambos equipos; al mismo tiempo que se analiza cómo afectan las importantes diferencias de diseño entre ellos, especialmente el tamaño axial del campo de visión y la configuración de los detectores. El 68Ga es uno de los radioisótopos no convencionales en imagen PET que está experimentando un mayor desarrollo, sin embargo, presenta la desventaja del amplio rango o distancia recorrida por el positrón emitido. Además del rango del positrón, otra propiedad física característica de los radioisótopos PET que puede afectar a la imagen es la emisión de fotones gamma adicionales, tal como le ocurre al isótopo 48V. En esta tesis se evalúan dichos efectos mediante estudios de resolución espacial y calidad de imagen NEMA. Finalmente, se analiza el alcance del protocolo NEMA NU 4-2008 cuando se utiliza para este propósito, adaptándolo a tal fin y proponiendo posibles modificaciones. Abstract This thesis analyzes the factors affecting the performance evaluation in positron emission tomography (PET) imaging, focusing on preclinical scanners. It explores the possibilities of standard protocols of assessment on the following aspects: their use as tools to validate Monte Carlo simulation programs, their usefulness as a method for comparing scanners and their validity in the study of the effect of alternative radioisotopes on image quality. Initially we study the methods of performance evaluation oriented to validate PET simulations. For this we present the GAMOS program as a simulation framework and show the results of its validation based on the standard NEMA NU 4-2008 for preclinical PET scanners. This has been accomplished by comparing simulated results against experimental acquisitions in the ClearPET scanner, describing the methodology for the evaluation and selection of NEMA parameters. This section also mentions the contributions developed in GAMOS for PET applications, such as the inclusion of tools for image reconstruction. Furthermore, the evaluation of the ClearPET scanner is used to compare its performance against another preclinical scanner, specifically the rPET-1 system. This is the first complete NEMA NU 4 based characterization study of both systems. At the same time we analyze how do the significant design differences of these two systems, especially the size of the axial field of view and the detectors configuration affect their performance characteristics. 68Ga is one of the unconventional radioisotopes in PET imaging the use of which is currently significantly increasing; however, it presents the disadvantage of the long positron range (distance traveled by the emitted positron before annihilating with an electron). Besides the positron range, additional gamma photon emission is another physical property characteristic of PET radioisotopes that can affect the reconstructed image quality, as it happens to the isotope 48V. In this thesis we assess these effects through studies of spatial resolution and image quality. Finally, we analyze the scope of the NEMA NU 4-2008 to carry out such studies, adapting it and proposing possible modifications.

Multimodal non-rigid image registration methods for therapy and surgery planning

La planificación pre-operatoria se ha convertido en una tarea esencial en cirugías y terapias de marcada complejidad, especialmente aquellas relacionadas con órgano blando. Un ejemplo donde la planificación preoperatoria tiene gran interés es la cirugía hepática. Dicha planificación comprende la detección e identificación precisa de las lesiones individuales y vasos así como la correcta segmentación y estimación volumétrica del hígado funcional. Este proceso es muy importante porque determina tanto si el paciente es un candidato adecuado para terapia quirúrgica como la definición del abordaje a seguir en el procedimiento. La radioterapia de órgano blando es un segundo ejemplo donde la planificación se requiere tanto para la radioterapia externa convencional como para la radioterapia intraoperatoria. La planificación comprende la segmentación de tumor y órganos vulnerables y la estimación de la dosimetría. La segmentación de hígado funcional y la estimación volumétrica para planificación de la cirugía se estiman habitualmente a partir de imágenes de tomografía computarizada (TC). De igual modo, en la planificación de radioterapia, los objetivos de la radiación se delinean normalmente sobre TC. Sin embargo, los avances en las tecnologías de imagen de resonancia magnética (RM) están ofreciendo progresivamente ventajas adicionales. Por ejemplo, se ha visto que el ratio de detección de metástasis hepáticas es significativamente superior en RM con contraste Gd–EOB–DTPA que en TC. Por tanto, recientes estudios han destacado la importancia de combinar la información de TC y RM para conseguir el mayor nivel posible de precisión en radioterapia y para facilitar una descripción precisa de las lesiones del hígado. Con el objetivo de mejorar la planificación preoperatoria en ambos escenarios se precisa claramente de un algoritmo de registro no rígido de imagen. Sin embargo, la gran mayoría de sistemas comerciales solo proporcionan métodos de registro rígido. Las medidas de intensidad de voxel han demostrado ser criterios de similitud de imágenes robustos, y, entre ellas, la Información Mutua (IM) es siempre la primera elegida en registros multimodales. Sin embargo, uno de los principales problemas de la IM es la ausencia de información espacial y la asunción de que las relaciones estadísticas entre las imágenes son homogéneas a lo largo de su domino completo. La hipótesis de esta tesis es que la incorporación de información espacial de órganos al proceso de registro puede mejorar la robustez y calidad del mismo, beneficiándose de la disponibilidad de las segmentaciones clínicas. En este trabajo, se propone y valida un esquema de registro multimodal no rígido 3D usando una nueva métrica llamada Información Mutua Centrada en el Órgano (Organ-Focused Mutual Information metric (OF-MI)) y se compara con la formulación clásica de la Información Mutua. Esto permite mejorar los resultados del registro en áreas problemáticas incorporando información regional al criterio de similitud, beneficiándose de la disponibilidad real de segmentaciones en protocolos estándares clínicos, y permitiendo que la dependencia estadística entre las dos modalidades de imagen difiera entre órganos o regiones. El método propuesto se ha aplicado al registro de TC y RM con contraste Gd–EOB–DTPA así como al registro de imágenes de TC y MR para planificación de radioterapia intraoperatoria rectal. Adicionalmente, se ha desarrollado un algoritmo de apoyo de segmentación 3D basado en Level-Sets para la incorporación de la información de órgano en el registro. El algoritmo de segmentación se ha diseñado específicamente para la estimación volumétrica de hígado sano funcional y ha demostrado un buen funcionamiento en un conjunto de imágenes de TC abdominales. Los resultados muestran una mejora estadísticamente significativa de OF-MI comparada con la Información Mutua clásica en las medidas de calidad de los registros; tanto con datos simulados (p<0.001) como con datos reales en registro hepático de TC y RM con contraste Gd– EOB–DTPA y en registro para planificación de radioterapia rectal usando OF-MI multi-órgano (p<0.05). Adicionalmente, OF-MI presenta resultados más estables con menor dispersión que la Información Mutua y un comportamiento más robusto con respecto a cambios en la relación señal-ruido y a la variación de parámetros. La métrica OF-MI propuesta en esta tesis presenta siempre igual o mayor precisión que la clásica Información Mutua y consecuentemente puede ser una muy buena alternativa en aplicaciones donde la robustez del método y la facilidad en la elección de parámetros sean particularmente importantes. Abstract Pre-operative planning has become an essential task in complex surgeries and therapies, especially for those affecting soft tissue. One example where soft tissue preoperative planning is of high interest is liver surgery. It involves the accurate detection and identification of individual liver lesions and vessels as well as the proper functional liver segmentation and volume estimation. This process is very important because it determines whether the patient is a suitable candidate for surgical therapy and the type of procedure. Soft tissue radiation therapy is a second example where planning is required for both conventional external and intraoperative radiotherapy. It involves the segmentation of the tumor target and vulnerable organs and the estimation of the planned dose. Functional liver segmentations and volume estimations for surgery planning are commonly estimated from computed tomography (CT) images. Similarly, in radiation therapy planning, targets to be irradiated and healthy and vulnerable tissues to be protected from irradiation are commonly delineated on CT scans. However, developments in magnetic resonance imaging (MRI) technology are progressively offering advantages. For instance, the hepatic metastasis detection rate has been found to be significantly higher in Gd–EOB–DTPAenhanced MRI than in CT. Therefore, recent studies highlight the importance of combining the information from CT and MRI to achieve the highest level of accuracy in radiotherapy and to facilitate accurate liver lesion description. In order to improve those two soft tissue pre operative planning scenarios, an accurate nonrigid image registration algorithm is clearly required. However, the vast majority of commercial systems only provide rigid registration. Voxel intensity measures have been shown to be robust measures of image similarity, and among them, Mutual Information (MI) is always the first candidate in multimodal registrations. However, one of the main drawbacks of Mutual Information is the absence of spatial information and the assumption that statistical relationships between images are the same over the whole domain of the image. The hypothesis of the present thesis is that incorporating spatial organ information into the registration process may improve the registration robustness and quality, taking advantage of the clinical segmentations availability. In this work, a multimodal nonrigid 3D registration framework using a new Organ- Focused Mutual Information metric (OF-MI) is proposed, validated and compared to the classical formulation of the Mutual Information (MI). It allows improving registration results in problematic areas by adding regional information into the similitude criterion taking advantage of actual segmentations availability in standard clinical protocols and allowing the statistical dependence between the two modalities differ among organs or regions. The proposed method is applied to CT and T1 weighted delayed Gd–EOB–DTPA-enhanced MRI registration as well as to register CT and MRI images in rectal intraoperative radiotherapy planning. Additionally, a 3D support segmentation algorithm based on Level-Sets has been developed for the incorporation of the organ information into the registration. The segmentation algorithm has been specifically designed for the healthy and functional liver volume estimation demonstrating good performance in a set of abdominal CT studies. Results show a statistical significant improvement of registration quality measures with OF-MI compared to MI with both simulated data (p<0.001) and real data in liver applications registering CT and Gd–EOB–DTPA-enhanced MRI and in registration for rectal radiotherapy planning using multi-organ OF-MI (p<0.05). Additionally, OF-MI presents more stable results with smaller dispersion than MI and a more robust behavior with respect to SNR changes and parameters variation. The proposed OF-MI always presents equal or better accuracy than the classical MI and consequently can be a very convenient alternative within applications where the robustness of the method and the facility to choose the parameters are particularly important.

Estudio e implementación de protocolos de enrutamiento de redes malladas inalámbricas en entornos rurales

Este proyecto surge de la problemática de llevar las tecnologías de la información a las zonas más alejadas e inaccesibles, donde generalmente se dan los mayores índices de pobreza. Para ello se propone el estudio de la viabilidad de las redes malladas inalámbricas aplicadas en entornos rurales. Las redes malladas tienen una filosofía distribuida que permite mayores coberturas con un menor presupuesto, además de ofrecer una mayor seguridad en caso de catástrofes y una gran independencia de las grandes redes de los proveedores de Internet. Esto hace que puedan ser una interesante alternativa a las redes de comunicación inalámbrica convencionales. En primer lugar se intenta analizar cu ́les son los protocolos de encaminamiento más adecuados para redes malladas en este tipo de escenarios rurales, donde el medio inalámbrico es adverso e inestable y la logística es más complicada. En concreto, se ha desplegado para su posterior estudio, una red experimental rural en un entorno altoandino. En dicha red se comparan dos soluciones de encaminamiento de código abierto, Batman-adv y IEEE 802.11s. Adicionalmente, el proyecto intentar difundir la tecnología y transferir los conocimientos aprendidos a través de diversos talleres de capacitación,artículo técnico sobre la comparación de las prestaciones Batman-adv y IEEE 802.11s, y la creación de un proyecto de red comunitaria libre llamado MESH-RURAL, el cual facilitar ́ la implementación de redes malladas inalámbricas con estas dos soluciones de encaminamiento.

Protocolos de reconciliación de información óptimos y no interactivos para distribución cuántica de claves

Propuesta de protocolos de reconciliación de información basados en códigos LDPC no interactivos aplicados a la distribución cuántica de claves.

Evaluación de protocolos de encaminamiento en una red inalámbrica mallada desplegada en una zona rural

The implementation of wireless communication systems in rural areas through the deployment of data networks in infrastructure mode is often inadequate due to its high cost and no fault tolerant centralized structure. Mesh networks can overcome these limitations while increases the coverage area in a more flexible way. This paper proposes the performance evaluation of the routing protocols IEEE 802.11s and Batman-Adv on an experimental wireless mesh network deployed in a rural environment called Lachocc, which is a community located at 4700 MASL in the Huancavelica region in Peru. The evaluation was based on the measurement of quality of service parameters such as bandwidth, delay and delay variation. As a result, it was determined that both protocols offer a good performance, but in most of the cases, Batman-Adv provides slightly better performance

Estimación de la peligrosidad sísmica mediante protocolos de juicios de expertos

Este trabajo estudia la aportación que los métodos de agregación de juicios de expertos pueden realizar en el cálculo de la peligrosidad sísmica de emplazamientos. Se han realizado cálculos en dos emplazamientos de la Península Ibérica: Mugardos (La Coruña) y Cofrentes (Valencia) que están sometidos a regímenes tectónicos distintos y que, además, alojan instalaciones industriales de gran responsabilidad. Las zonas de estudio, de 320 Km de radio, son independientes. Se ha aplicado un planteamiento probabilista a la estimación de la tasa anual de superación de valores de la aceleración horizontal de pico y se ha utilizado el Método de Montecarlo para incorporar a los resultados la incertidumbre presente en los datos relativos a la definición de cada fuente sismogenética y de su sismicidad. Los cálculos se han operado mediante un programa de ordenador, desarrollado para este trabajo, que utiliza la metodología propuesta por el Senior Seismic Hazard Analysis Commitee (1997) para la NRC. La primera conclusión de los resultados ha sido que la Atenuación es la fuente principal de incertidumbre en las estimaciones de peligrosidad en ambos casos. Dada la dificultad de completar los datos históricos disponibles de esta variable se ha estudiado el comportamiento de cuatro métodos matemáticos de agregación de juicios de expertos a la hora de estimar una ley de atenuación en un emplazamiento. Los datos de partida se han obtenido del Catálogo de Isosistas del IGN. Los sismos utilizados como variables raíz se han elegido con el criterio de cubrir uniformemente la serie histórica disponible y los valores de magnitud observados. Se ha asignado un panel de expertos particular a cada uno de los dos emplazamientos y se han aplicado a sus juicios los métodos de Cooke, equipesos, Apostolakis_Mosleh y Morris. Sus propuestas se han comparado con los datos reales para juzgar su eficacia y su facilidad de operación. A partir de los resultados se ha concluido que el método de Cooke ha mostrado el comportamiento más eficiente y robusto para ambos emplazamientos. Este método, además, ha permitido identificar, razonadamente, a aquellos expertos que no deberían haberse introducido en un panel. The present work analyses the possible contribution of the mathematical methods of aggregation in the assessment of Seismic Hazzard. Two sites, in the Iberian Peninsula, have been considered: Mugardos ( La Coruña) and Cofrentes (Valencia).Both of them are subjected to different tectonic regimes an both accommodate high value industrial plants. Their areas of concern, with radius of 320 Km, are not overlapping. A probabilistic approach has been applied in the assessment the annual probability of exceedence of the horizontal peak acceleration. The Montecarlo Method has allowed to transfer the uncertainty in the models and parameters to the final results. A computer program has been developed for this purpose. The methodology proposed by the Senior Seismic Analysis Committee (1997) for the NRC has been considered. Attenuation in Ground motion has been proved to be the main source of uncertainty in seismic hazard for both sites. Taking into account the difficulties to complete existing historical data in this subject the performance of four mathematical methods of aggregation has been studied. Original data have been obtained from the catalogs of the Spanish National Institute of Geography. The seismic events considered were chosen to cover evenly the historical records and the observed values of magnitude. A panel of experts have been applied to each site and four aggregation methods have been developed : equal weights, Cooke, Apostolakis-Mosleh and Morris The four proposals have been compaired with the actual data to judge their performance and ease of application. The results have shown that the Method of Cooke have proved the most efficient and robust for both sites. This method, besides, allow the reasoned identification of those experts who should be rejected from the panel

Estudio preliminar acerca del uso de protocolos y actos comunicativos FIPA en el sistema COMPUTAPLEX

Este trabajo corresponde con la implementación de componentes software dentro de la Plataforma COMPUTAPLEX, la cual tiene como objetivo facilitar a los investigadores la realización de tareas del proceso experimental de ingeniería de software. Uno de los aportes a esta plataforma tecnológica corresponde con el desarrolló de los componentes necesarios para la recuperación de datos experimentales disponibles en diversas fuentes de datos, para ello se hizo uso de un mecanismo capaz de unificar la extracción de información de MySQL, ficheros excel y ficheros SPSS. Con ello diferentes grupos de investigación asociados pueden compartir y tener acceso a repositorios experimentales que se mantienen tanto de manera local como externa. Por otra parte, se ha realizado un estudio de la tecnología de agentes en la que se describe sus definiciones, lenguajes de comunicación, especificación FIPA, JADE como implementación FIPA y parser XML. Además para este trabajo se ha definido e implementado una ontología de comunicación entre agentes, la misma que fue diseñada en la herramienta Protégé. En lo que se refiere al desarrollo de componentes se hizo uso de una amplía variedad de tecnologías que incluye lenguaje de programación Java, framework JADE para el desarrollo de agentes, librería JENA para manejo de ontologías, librería SAXParser para lectura de archivos XML y patrón de diseño Factory. Finalmente se describe la metodología de trabajo utilizada en el proyecto, la cual por medio de la realización de varios ciclos iterativos permitió obtener prototipos que poco a poco fueron cubriendo las necesidades del producto software.----ABSTRACT---- This work relates to the implementation of software components within the platform Computaplex, which aims to enable researchers to conduct experimental software engineering process tasks. One of the contributions to this platform technology corresponds to the development of components which are necessary for the recovery of experimental data available in different data sources, to archive this goal a mechanism able to unify the extraction of information from MySQL, Excel and SPSS files was made. Therefore, associated research groups can share and access experimental repositories that remain both locally and externally. Moreover, it has been conducted a study of agent technology in its definition is described, languages communication, FIPA, JADE and FIPA implementation and XML parser. In addition to this work, it has been defined and implemented an ontology for communication between agents, the same as was designed in the Protégé tool. In what refers to the development of components, a wide range of technologies have been made which includes Java programming language, framework JADE for agent development, JENA library for handling ontologies, SAXParser for reading XML files and Factory design pattern. Finally, describing the work methodology used in this project, which through the implementation of several iterative cycles allowed to obtain prototypes were gradually meeting the needs of the software product.

Desarrollo de un gestor de plantillas de mensajes HL7 para la carga de datos clínicos

El trabajo presentado a lo largo de este documento es el resultado del TFG1 realizado por Israel Suárez Santiago, alumno de la Escuela Técnica Superior de Ingenieros Informáticos (ETSIINF) de la Universidad Politécnica de Madrid (UPM). Dicho trabajo tiene como finalidad proporcionar una herramienta que, basada en estándares previamente estudiados, permita la fácil creación y gestión de plantillas de mensajes HL7v32 a las que posteriormente se le añadirán datos clínicos que serán insertados en una base de datos para su fácil acceso y consulta. La herramienta desarrollada únicamente facilita una serie de opciones para la creación de la plantilla en sí, que servirá como base para la creación de mensajes HL7v3, es decir, no permite la inclusión de datos específicos en las plantillas generadas, que deberá hacerse con alguna herramienta externa o bien manualmente. Las plantillas generadas por la herramienta se basan principalmente en el estándar CDA3, que proporciona una amplia guía para la correcta generación de mensajes HL7v3. La herramienta garantiza que las plantillas resultantes estarán correctamente formadas, siendo acordes al estándar anteriormente citado y siendo, además, sintácticamente correctas, es decir, el documento .xml generado no contendrá errores. ---ABSTRACT---This document is the result of the TFG developed by Israel Suárez Santiago, student of Escuela Técnica Superior de Ingenieros Informáticos (ETSIINF) of the Universidad Politécnica de Madrid (UPM). This work aims to offer a tool based on standards that can facilitate and manage the creation of HL7v3 templates. Clinical data will be added to those templates in order to load them into a database and query them fast and easily. The tool only facilitates several options to create the template, that will be used to generate the HL7v3 messages, but it does not permit the inclusion of data on them. The inclusion of data will be done manually or using an external tool. The generated templates are based mainly on the CDA1 standard, that provides a widely guide to create HL7v32 messages. The tool guarantees that the resulting templates have been correctly generated, following the previous standard and with no errors in the .xml document generated.

Diseño e implementación de un algoritmo para la detección de la negación de textos clínicos en español

Vivimos en una época en la que cada vez existe una mayor cantidad de información. En el dominio de la salud la historia clínica digital ha permitido digitalizar toda la información de los pacientes. Estas historias clínicas digitales contienen una gran cantidad de información valiosa escrita en forma narrativa que sólo podremos extraer recurriendo a técnicas de procesado de lenguaje natural. No obstante, si se quiere realizar búsquedas sobre estos textos es importante analizar que la información relativa a síntomas, enfermedades, tratamientos etc. se puede refererir al propio paciente o a sus antecentes familiares, y que ciertos términos pueden aparecer negados o ser hipotéticos. A pesar de que el español ocupa la segunda posición en el listado de idiomas más hablados con más de 500 millones de hispano hablantes, hasta donde tenemos de detección de la negación, probabilidad e histórico en textos clínicos en español. Por tanto, este Trabajo Fin de Grado presenta una implementación basada en el algoritmo ConText para la detección de la negación, probabilidad e histórico en textos clínicos escritos en español. El algoritmo se ha validado con 454 oraciones que incluían un total de 1897 disparadores obteniendo unos resultado de 83.5 %, 96.1 %, 96.9 %, 99.7% y 93.4% de exactitud con condiciones afirmados, negados, probable, probable negado e histórico respectivamente. ---ABSTRACT---We live in an era in which there is a huge amount of information. In the domain of health, the electronic health record has allowed to digitize all the information of the patients. These electronic health records contain valuable information written in narrative form that can only be extracted using techniques of natural language processing. However, if you want to search on these texts is important to analyze if the relative information about symptoms, diseases, treatments, etc. are referred to the patient or family casework, and that certain terms may appear negated or be hypothesis. Although Spanish is the second spoken language with more than 500 million speakers, there seems to be no method of detection of negation, hypothesis or historical in medical texts written in Spanish. Thus, this bachelor’s final degree presents an implementation based on the ConText algorithm for the detection of negation, hypothesis and historical in medical texts written in Spanish. The algorithm has been validated with 454 sentences that included a total of 1897 triggers getting a result of 83.5 %, 96.1 %, 96.9 %, 99.7% and 93.4% accuracy with affirmed, negated, hypothesis, negated hypothesis and historical respectively.

Seguimiento de la actividad de pacientes en ensayos clínicos en redes sociales y otros repositorios públicos

Actualmente nos encontramos en la era de Internet y las nuevas tecnologías. Esto supone que queremos utilizar Internet para casi cualquier problema que se nos presente hoy en día. Al mismo tiempo vivimos un momento en el que los ensayos clínicos están siendo cruciales para la cura de enfermedades, algo que supone si no el más sí uno de los aspectos más importantes en nuestra vida. Pero el seguimiento de los ensayos clínicos presenta el problema de que finalizados tras cinco años de duración, toda comunicación con los pacientes que participaron en ellos se pierde y volver a contactar con ellos se convierte en una tarea ardua. De estas ideas básicas surge el desarrollo de este proyecto. Se ha querido unir las nuevas tecnologías y el beneficioso uso de Internet con la posibilidad de encontrar a pacientes sin tener que perder demasiado tiempo en ello y sin molestar a nadie por el camino. La aplicación que se plantea en este proyecto es, por tanto, una aplicación web basada en PHP, HTML5 y CSS3 que sea capaz de leer información personal de pacientes almacenada en CRFs y que con ella realice búsquedas en redes sociales destinadas a la medicina y así, de esta manera, poder constatar qué ha sido del paciente. Para ello primero se tendrá que realizar un exhaustivo estudio de las redes sociales y repositorios electrónicos clínicos que hay actualmente en el mercado. Una vez identificados estos recursos y sus posibles elementos de desarrollo se estudiarán las herramientas de manejo de Case Report Forms disponibles, que sean de código abierto, para poder usarlas como punto de lectura de los datos del paciente. Una vez disponible esta información sólo será necesario hacer que la aplicación lea los datos y realice las búsquedas en las redes sociales seleccionadas. En definitiva, se ha diseñado un sistema que facilite el seguimiento de pacientes de estudios clínicos al equipo médico.

Comparativa de protocolos de recuperación de rotura de ligamento cruzado anterior de la rodilla en el fútbol profesional y amateur

La lesión dentro del deporte es un proceso complejo con un gran impacto a nivel tanto socio-económico como en la salud y el rendimiento del deportista. Debido a la amplitud de este campo de investigación el presente trabajo se centra en el estudio de una lesión, denominada de gravedad, la rotura del ligamento cruzado anterior de la rodilla. La elección de esta lesión, como mayor exponente de repercusión de una lesión y en específico en el fútbol, deporte de mayor transcendencia en nuestra sociedad, hace este caso un magnífico ejemplo para apreciar la complejidad del proceso de recuperación de un deportista. Esto se hará analizando el proceso de recuperación de dicha lesión desde el momento que se produce hasta la vuelta del deportista a la competición, centrando la atención en la figura del readaptador, como profesional de la actividad física, y las técnicas de recuperación funcional, reentrenamiento al esfuerzo y trabajo preventivo que se utilizan. Para ello se lleva a cabo el análisis de un caso real a nivel profesional, en la Primera División Española, durante la temporada 2011/2012 y además se valora la situación actual del proceso de rehabilitación y readaptación a nivel amateur mediante la comparación con un caso real de categoría juvenil.

Desarrollo de un proceso de normalización semántica de bases de datos en ensayos clínicos

El trabajo se enmarca dentro de los proyecto INTEGRATE y EURECA, cuyo objetivo es el desarrollo de una capa de interoperabilidad semántica que permita la integración de datos e investigación clínica, proporcionando una plataforma común que pueda ser integrada en diferentes instituciones clínicas y que facilite el intercambio de información entre las mismas. De esta manera se promueve la mejora de la práctica clínica a través de la cooperación entre instituciones de investigación con objetivos comunes. En los proyectos se hace uso de estándares y vocabularios clínicos ya existentes, como pueden ser HL7 o SNOMED, adaptándolos a las necesidades particulares de los datos con los que se trabaja en INTEGRATE y EURECA. Los datos clínicos se representan de manera que cada concepto utilizado sea único, evitando ambigüedades y apoyando la idea de plataforma común. El alumno ha formado parte de un equipo de trabajo perteneciente al Grupo de Informática de la UPM, que a su vez trabaja como uno de los socios de los proyectos europeos nombrados anteriormente. La herramienta desarrollada, tiene como objetivo realizar tareas de homogenización de la información almacenada en las bases de datos de los proyectos haciendo uso de los mecanismos de normalización proporcionados por el vocabulario médico SNOMED-CT. Las bases de datos normalizadas serán las utilizadas para llevar a cabo consultas por medio de servicios proporcionados en la capa de interoperabilidad, ya que contendrán información más precisa y completa que las bases de datos sin normalizar. El trabajo ha sido realizado entre el día 12 de Septiembre del año 2014, donde comienza la etapa de formación y recopilación de información, y el día 5 de Enero del año 2015, en el cuál se termina la redacción de la memoria. El ciclo de vida utilizado ha sido el de desarrollo en cascada, en el que las tareas no comienzan hasta que la etapa inmediatamente anterior haya sido finalizada y validada. Sin embargo, no todas las tareas han seguido este modelo, ya que la realización de la memoria del trabajo se ha llevado a cabo de manera paralela con el resto de tareas. El número total de horas dedicadas al Trabajo de Fin de Grado es 324. Las tareas realizadas y el tiempo de dedicación de cada una de ellas se detallan a continuación:  Formación. Etapa de recopilación de información necesaria para implementar la herramienta y estudio de la misma [30 horas.  Especificación de requisitos. Se documentan los diferentes requisitos que ha de cumplir la herramienta [20 horas].  Diseño. En esta etapa se toman las decisiones de diseño de la herramienta [35 horas].  Implementación. Desarrollo del código de la herramienta [80 horas].  Pruebas. Etapa de validación de la herramienta, tanto de manera independiente como integrada en los proyectos INTEGRATE y EURECA [70 horas].  Depuración. Corrección de errores e introducción de mejoras de la herramienta [45 horas].  Realización de la memoria. Redacción de la memoria final del trabajo [44 horas].---ABSTRACT---This project belongs to the semantic interoperability layer developed in the European projects INTEGRATE and EURECA, which aims to provide a platform to promote interchange of medical information from clinical trials to clinical institutions. Thus, research institutions may cooperate to enhance clinical practice. Different health standards and clinical terminologies has been used in both INTEGRATE and EURECA projects, e.g. HL7 or SNOMED-CT. These tools have been adapted to the projects data requirements. Clinical data are represented by unique concepts, avoiding ambiguity problems. The student has been working in the Biomedical Informatics Group from UPM, partner of the INTEGRATE and EURECA projects. The tool developed aims to perform homogenization tasks over information stored in databases of the project, through normalized representation provided by the SNOMED-CT terminology. The data query is executed against the normalized version of the databases, since the information retrieved will be more informative than non-normalized databases. The project has been performed from September 12th of 2014, when initiation stage began, to January 5th of 2015, when the final report was finished. The waterfall model for software development was followed during the working process. Therefore, a phase may not start before the previous one finishes and has been validated, except from the final report redaction, which has been carried out in parallel with the others phases. The tasks that have been developed and time for each one are detailed as follows:  Training. Gathering the necessary information to develop the tool [30 hours].  Software requirement specification. Requirements the tool must accomplish [20 hours].  Design. Decisions on the design of the tool [35 hours].  Implementation. Tool development [80 hours].  Testing. Tool evaluation within the framework of the INTEGRATE and EURECA projects [70 hours].  Debugging. Improve efficiency and correct errors [45 hours].  Documenting. Final report elaboration [44 hours].

Uso de técnicas de minería de texto para la identificación de ensayos clínicos en nanomedicina

La nanotecnología es el estudio que la mayoría de veces es tomada como una meta tecnológica que nos ayuda en el área de investigación para tratar con la manipulación y el control en forma precisa de la materia con dimensiones comprendidas entre 1 y 100 nanómetros. Recordando que el prefijo nano proviene del griego vavoc que significa enano y corresponde a un factor de 10^-9, que aplicada a las unidades de longitud corresponde a una mil millonésima parte de un metro. Ahora sabemos que esta ciencia permite trabajar con estructuras moleculares y sus átomos, obteniendo materiales que exhiben fenómenos físicos, químicos y biológicos, muy distintos a los que manifiestan los materiales usados con una longitud mayor. Por ejemplo en medicina, los compuestos manométricos y los materiales nano estructurados muchas veces ofrecen una mayor eficacia con respecto a las formulaciones químicas tradicionales, ya que muchas veces llegan a combinar los antiguos compuestos con estos nuevos para crear nuevas terapias e inclusive han llegado a reemplazarlos, revelando así nuevas propiedades diagnósticas y terapéuticas. A su vez, la complejidad de la información a nivel nano es mucho mayor que en los niveles biológicos convencionales y, por tanto, cualquier flujo de trabajo en nano medicina requiere, de forma inherente, estrategias de gestión de información avanzadas. Muchos investigadores en la nanotecnología están buscando la manera de obtener información acerca de estos materiales nanométricos, para mejorar sus estudios que muchas veces lleva a probar estos métodos o crear nuevos compuestos para ayudar a la medicina actual, contra las enfermedades más poderosas como el cáncer. Pero en estos días es muy difícil encontrar una herramienta que les brinde la información específica que buscan en los miles de ensayos clínicos que se suben diariamente en la web. Actualmente, la informática biomédica trata de proporcionar el marco de trabajo que permita lidiar con estos retos de la información a nivel nano, en este contexto, la nueva área de la nano informática pretende detectar y establecer los vínculos existentes entre la medicina, la nanotecnología y la informática, fomentando así la aplicación de métodos computacionales para resolver las cuestiones y problemas que surgen con la información en la amplia intersección entre la biomedicina y la nanotecnología. Otro caso en la actualidad es que muchos investigadores de biomedicina desean saber y comparar la información dentro de los ensayos clínicos que contiene temas de nanotecnología en las diferentes paginas en la web por todo el mundo, obteniendo en si ensayos clínicos que se han creado en Norte América, y ensayos clínicos que se han creado en Europa, y saber si en este tiempo este campo realmente está siendo explotado en los dos continentes. El problema es que no se ha creado una herramienta que estime un valor aproximado para saber los porcentajes del total de ensayos clínicos que se han creado en estas páginas web. En esta tesis de fin de máster, el autor utiliza un mejorado pre-procesamiento de texto y un algoritmo que fue determinado como el mejor procesamiento de texto en una tesis doctoral, que incluyo algunas pruebas con muchos de estos para obtener una estimación cercana que ayudaba a diferenciar cuando un ensayo clínico contiene información sobre nanotecnología y cuando no. En otras palabras aplicar un análisis de la literatura científica y de los registros de ensayos clínicos disponibles en los dos continentes para extraer información relevante sobre experimentos y resultados en nano medicina (patrones textuales, vocabulario en común, descriptores de experimentos, parámetros de caracterización, etc.), seguido el mecanismo de procesamiento para estructurar y analizar dicha información automáticamente. Este análisis concluye con la estimación antes mencionada necesaria para comparar la cantidad de estudios sobre nanotecnología en estos dos continentes. Obviamente usamos un modelo de datos de referencia (gold standard) —un conjunto de datos de entrenamiento anotados manualmente—, y el conjunto de datos para el test es toda la base de datos de estos registros de ensayos clínicos, permitiendo distinguir automáticamente los estudios centrados en nano drogas, nano dispositivos y nano métodos de aquellos enfocados a testear productos farmacéuticos tradicionales.---ABSTRACT---Nanotechnology is the scientific study that usually is seen as a technological goal that helps us in the investigation field to deal with the manipulation and precise control of the matter with dimensions that range from 1 to 100 nanometers. Remembering that the prefix nano comes from the Greek word νᾶνος, meaning dwarf and denotes a factor of 10^-9, that applyied the longitude units is equal to a billionth of a meter. Now we know that this science allows us to work with molecular structures and their atoms, obtaining material that exhibit physical, chemical and biological phenomena very different to those manifesting in materials with a bigger longitude. As an example in medicine, the nanometric compounds and the materials in nano structures are often offered with more effectiveness regarding to the traditional chemical formulas. This is due to the fact that many occasions combining these old compounds with the new ones, creates new therapies and even replaced them, reveling new diagnostic and therapeutic properties. Even though the complexity of the information at nano level is greater than that in conventional biologic level and, thus, any work flow in nano medicine requires, in an inherent way, advance information management strategies. Many researchers in nanotechnology are looking for a way to obtain information about these nanometric materials to improve their studies that leads in many occasions to prove these methods or to create a new compound that helps modern medicine against powerful diseases, such as cancer. But in these days it is difficult to find a tool that searches and provides a specific information in the thousands of clinic essays that are uploaded daily on the web. Currently, the bio medic informatics tries to provide the work frame that will allow to deal with these information challenge in nano level. In this context, the new area of nano informatics pretends to detect and establish the existing links between medicine, nanotechnology and informatics, encouraging the usage of computational methods to resolve questions and problems that surge with the wide information intersection that is between biomedicine and nanotechnology. Another present case, is that many biomedicine researchers want to know and be able to compare the information inside those clinic essays that contains subjects of nanotechnology on the different webpages across the world, obtaining the clinic essays that has been done in North America and the essays done in Europe, and thus knowing if in this time, this field is really being exploited in both continents. In this master thesis, the author will use an enhanced text pre-processor with an algorithm that was defined as the best text processor in a doctoral thesis, that included many of these tests to obtain a close estimation that helps to differentiate when a clinic essay contains information about nanotechnology and when it does not. In other words, applying an analysis to the scientific literature and clinic essay available in both continents, in order to extract relevant information about experiments and the results in nano-medicine (textual patterns, common vocabulary, experiments descriptors, characterization parameters, etc.), followed by the mechanism process to structure and analyze said information automatically. This analysis concludes with the estimation, mentioned before, needed to compare the quantity of studies about nanotechnology in these two continents. Obviously we use a data reference model (Gold standard) – a set of training data manually annotated –, and the set of data for the test conforms the entire database of these clinic essay registers, allowing to distinguish automatically the studies centered on nano drugs, nano devices and nano methods of those focus on testing traditional pharmaceutical products.

Unificación de los protocolos de multipunto fiable optimizando la escalabilidad y el retardo

Las aplicaciones distribuidas que precisan de un servicio multipunto fiable son muy numerosas, y entre otras es posible citar las siguientes: bases de datos distribuidas, sistemas operativos distribuidos, sistemas de simulación interactiva distribuida y aplicaciones de distribución de software, publicaciones o noticias. Aunque en sus orígenes el dominio de aplicación de tales sistemas distribuidos estaba reducido a una única subred (por ejemplo una Red de Área Local) posteriormente ha surgido la necesidad de ampliar su aplicabilidad a interredes. La aproximación tradicional al problema del multipunto fiable en interredes se ha basado principalmente en los dos siguientes puntos: (1) proporcionar en un mismo protocolo muchas garantías de servicio (por ejemplo fiabilidad, atomicidad y ordenación) y a su vez algunas de éstas en distintos grados, sin tener en cuenta que muchas aplicaciones multipunto que precisan fiabilidad no necesitan otras garantías; y (2) extender al entorno multipunto las soluciones ya adoptadas en el entorno punto a punto sin considerar las características diferenciadoras; y de aquí, que se haya tratado de resolver el problema de la fiabilidad multipunto con protocolos extremo a extremo (protocolos de transporte) y utilizando esquemas de recuperación de errores, centralizados (las retransmisiones se hacen desde un único punto, normalmente la fuente) y globales (los paquetes solicitados se vuelven a enviar al grupo completo). En general, estos planteamientos han dado como resultado protocolos que son ineficientes en tiempo de ejecución, tienen problemas de escalabilidad, no hacen un uso óptimo de los recursos de red y no son adecuados para aplicaciones sensibles al retardo. En esta Tesis se investiga el problema de la fiabilidad multipunto en interredes operando en modo datagrama y se presenta una forma novedosa de enfocar el problema: es más óptimo resolver el problema de la fiabilidad multipunto a nivel de red y separar la fiabilidad de otras garantías de servicio, que pueden ser proporcionadas por un protocolo de nivel superior o por la propia aplicación. Siguiendo este nuevo enfoque se ha diseñado un protocolo multipunto fiable que opera a nivel de red (denominado RMNP). Las características más representativas del RMNP son las siguientes; (1) sigue una aproximación orientada al emisor, lo cual permite lograr un grado muy alto de fiabilidad; (2) plantea un esquema de recuperación de errores distribuido (las retransmisiones se hacen desde ciertos encaminadores intermedios que siempre estarán más cercanos a los miembros que la propia fuente) y de ámbito restringido (el alcance de las retransmisiones está restringido a un cierto número de miembros). Este esquema hace posible optimizar el retardo medio de distribución y disminuir la sobrecarga introducida por las retransmisiones; (3) incorpora en ciertos encaminadores funciones de agregación y filtrado de paquetes de control, que evitan problemas de implosión y reducen el tráfico que fluye hacia la fuente. Con el fin de evaluar el comportamiento del protocolo diseñado, se han realizado pruebas de simulación obteniéndose como principales conclusiones que, el RMNP escala correctamente con el tamaño del grupo, hace un uso óptimo de los recursos de red y es adecuado para aplicaciones sensibles al retardo.---ABSTRACT---There are many distributed applications that require a reliable multicast service, including: distributed databases, distributed operating systems, distributed interactive simulation systems and distribution applications of software, publications or news. Although the application domain of distributed systems of this type was originally confíned to a single subnetwork (for example, a Local Área Network), it later became necessary extend their applicability to internetworks. The traditional approach to the reliable multicast problem in internetworks is based mainly on the following two points: (1) provide a lot of service guarantees in one and the same protocol (for example, reliability, atomicity and ordering) and different levéis of guarantee in some cases, without taking into account that many multicast applications that require reliability do not need other guarantees, and (2) extend solutions adopted in the unicast environment to the multicast environment without taking into account their distinctive characteristics. So, the attempted solutions to the multicast reliability problem were end-to-end protocols (transport protocols) and centralized error recovery schemata (retransmissions made from a single point, normally the source) and global error retrieval schemata (the requested packets are retransmitted to the whole group). Generally, these approaches have resulted in protocols that are inefficient in execution time, have scaling problems, do not make optimum use of network resources and are not suitable for delay-sensitive applications. Here, the multicast reliability problem is investigated in internetworks operating in datagram mode and a new way of approaching the problem is presented: it is better to solve to the multicast reliability problem at network level and sepárate reliability from other service guarantees that can be supplied by a higher protocol or the application itself. A reliable multicast protocol that operates at network level (called RMNP) has been designed on the basis of this new approach. The most representative characteristics of the RMNP are as follows: (1) it takes a transmitter-oriented approach, which provides for a very high reliability level; (2) it provides for an error retrieval schema that is distributed (the retransmissions are made from given intermedíate routers that will always be closer to the members than the source itself) and of restricted scope (the scope of the retransmissions is confined to a given number of members), and this schema makes it possible to optimize the mean distribution delay and reduce the overload caused by retransmissions; (3) some routers include control packet aggregation and filtering functions that prevent implosión problems and reduce the traffic flowing towards the source. Simulation test have been performed in order to evalúate the behaviour of the protocol designed. The main conclusions are that the RMNP scales correctly with group size, makes optimum use of network resources and is suitable for delay-sensitive applications.